Rolled up magazines on blue background

All Publications

2025 in
In: (Proceedings - 2025 IEEE/CVF International Conference on Computer Vision Workshops, ICCV-W 2025, 19-20 October 2025, Honolulu). 10662 Los Vaqueros Circle, Po Box 3014, Los Alamitos, Ca 90720-1264 Usa: Ieee Computer Soc, 2025. 1136-1144

Boada, J.C. ; Umer, R.M. ; Marr, C.

CytoDiff: AI-Driven Cytomorphology Image Synthesis for Medical Diagnostics.
2025 in
In: (Proceedings 2025 IEEE Cvf International Conference on Computer Vision Workshops Iccv W 2025, 19-20 October 2025, Honolulu). 10662 Los Vaqueros Circle, Po Box 3014, Los Alamitos, Ca 90720-1264 Usa: Ieee Computer Soc, 2025. 1193-1203

Gindra, R. ; Palla, G. ; Nguyen, M. ; Wagner, S. ; Tran, M. ; Theis, F.J. ; Saur, D. ; Crawford, L. ; Peng, T.

A Large-Scale Benchmark of Cross-Modal Learning for Histology and Gene Expression in Spatial Transcriptomics.
2025 in
In: (47th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBC 2025, 14-18 July 2025, Copenhagen). 345 E 47th St, New York, Ny 10017 Usa: Ieee, 2025. 5 ( ; Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society)

Baumeister, E. ; Jaeger, K.M. ; Nissen, M. ; Eskofier, B.M. ; Leutheuser, H.

Non-invasive fetal ECG standardization: Assessing the influence of electrode configurations and fetal position.
2025 in
In: (47th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBC 2025, 14-18 July 2025, Copenhagen). 345 E 47th St, New York, Ny 10017 Usa: Ieee, 2025. 6 ( ; Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society)

Seifer, A. ; Jahnel, L. ; Kuederle, A. ; Hannemann, R. ; Eskofier, B.M.

Fully automated gait analysis with earables: Evaluation of an End2End pipeline with hearing-aid integrated accelerometers.
2025 in
In: (20th Machine Learning in Computational Biology, MLCB 2025, 10-11 September 2025, New York). 2025. accepted ( ; 311)

Chaudhary, S. ; Voigts, A. ; Vilov, S. ; Heinig, M. ; Casale, F.P.

AI-based histopathology phenotyping reveals germline loci shaping breast cancer morphology.
Cell 188, 640-652 (2025)

Major Depressive Disorder Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium (Cai, N.)

Trans-ancestry genome-wide study of depression identifies 697 associations implicating cell types and pharmacotherapies.
2025 in
In: (2025 IEEE Conference on Secure and Trustworthy Machine Learning (SaTML), 09-11 April 2025, Copenhagen, DENMARK). 10662 Los Vaqueros Circle, Po Box 3014, Los Alamitos, Ca 90720-1264 Usa: Ieee Computer Soc, 2025. 858-878

Schwethelm, K. ; Kaiser, J. ; Kuntzer, J. ; Yigitsoy, M. ; Rueckert, D. ; Kaissis, G.

Differentially Private Active Learning: Balancing Effective Data Selection and Privacy.
2025 in
In: (63rd Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics, ACL 2025, 27 July - 1 August 2025, Vienna). 2025. 15245-15266

Pacchiardi, L. ; Voudouris, K. ; Slater, B. ; Martínez-Plumed, F. ; Hernández-Orallo, J. ; Zhou, L. ; Schellaert, W.

PredictaBoard: Benchmarking LLM Score Predictability.
2025 in
In: (32nd IEEE International Conference on Image Processing, ICIP 2025, 14-17 September 2025, Anchorage). 2025. 474-479

Li, X. ; Windsheimer, M. ; Sadeghi, M. ; Eskofier, B.M. ; Kaup, A.

Optimized learned image compression for facial expression recognition.

Henao, J. ; Kindt, A. ; Seegmüller, T. ; Foerster, K. ; Flemmer, A.W. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Frankenberger, M. ; Theis, F.J. ; Schubert, B. ; List, M. ; Hilgendorff, A.

Multi-omic signatures relate to the severity of pulmonary outcome in neonates traced into adult disease.
Cell Syst. 16:101200 (2025)

Moffitt, J.R. ; Li, M. ; Nie, Q. ; Kanemaru, K. ; Teichmann, S.A. ; Dar, D. ; Kagohara, L.T. ; Itzkovitz, S. ; Vento-Tormo, R. ; Yanai, I. ; Fertig, E.J. ; Theis, F.J.

What is the main bottleneck in deriving biological understanding from spatial transcriptomic profiling?
IEEE J. Microw., DOI: 10.1109/JMW.2025.3642570 (2025)

Engel, L. ; Bergmann, M. ; Kammel, C. ; Ullmann, I. ; Eskofier, B.M. ; Vossiek, M.

Fully automated, AI-driven multimodal annotation framework for human-centric radar applied to deep learning-based people localization.
Poster: (2025)

Gao, T. ; Varathan, P. ; Huang, Y.N. ; Yu, M. ; Arnold, M. ; Kaddurah-Daouk, R.F. ; Saykin, A.J. ; Nho, K. ; Yan, J.

Temporal ordering of blood metabolites and CSF biomarkersreveals early changes in lipid composition in Alzheimer’sdisease.
Mol. Cell. Proteomics 25:101501 (2025)

Klaproth-Andrade, D. ; Bruns, Y. ; Gabriel, W. ; Nix, C. ; Bergant, V. ; Pichlmair, A. ; Wilhelm, M. ; Gagneur, J.

Modanovo: A unified model for post-translational modification-aware de novo sequencing using experimental spectra from in vivo and synthetic peptides.

Heumos, L. ; Ji, Y. ; May, L. ; Green, T.D. ; Peidli, S. ; Zhang, X. ; Wu, X. ; Ostner, J. ; Schumacher, A. ; Hrovatin, K. ; Müller, M. ; Chong, F. ; Sturm, G. ; Tejada Lapuerta, A. ; Dann, E. ; Dong, M. ; Pinto, G. ; Bahrami, M. ; Gold, I. ; Rybakov, S. ; Namsaraeva, A. ; Moinfar, A.A. ; Zheng, Z. ; Roellin, E. ; Mekki, I.I ; Sander, C. ; Lotfollahi, M. ; Schiller, H.B. ; Theis, F.J.

Pertpy: An end-to-end framework for perturbation analysis.
In:. 1000 20th St, Po Box 10, Bellingham, Wa 98227-0010 Usa: Spie-int Soc Optical Engineering, 2025. 2 (Proc. SPIE ; 13938)

Berger, C. ; Kim, M. ; Platz, L.I. ; Eigenberger, A. ; Prantl, L. ; Liu, P. ; Gujrati, V. ; Ntziachristos, V. ; Jüstel, D. ; Pleitez, M.A.

Setting the stage for intraoperative histological quality guidance in autologous fat treatments via computed optoacoustic microscopy.
In:. 1000 20th St, Po Box 10, Bellingham, Wa 98227-0010 Usa: Spie-int Soc Optical Engineering, 2025. 3 (Proc. SPIE ; 13938)

Bader, M. ; Mc Larney, B.E. ; Pinker, K. ; Grimm, J. ; Jüstel, D. ; Ntziachristos, V.

Towards obtaining reliable spectral biomarkers of breast cancer in multispectral optoacoustic tomography.
In:. 1000 20th St, Po Box 10, Bellingham, Wa 98227-0010 Usa: Spie-int Soc Optical Engineering, 2025. 3 (Proc. SPIE ; 13938)

Gehmeyr, M. ; Rojas López, M.B. ; Nitkunanantharajah, S. ; Preißl, H. ; Vosseler, A. ; Jumpertz Von Schwartzenberg, R. ; Birkenfeld, A.L. ; Jüstel, D. ; Ntziachristos, V.

Skin flattening of raster-scan optoacoustic mesoscopy (RSOM) reconstructions based on polynomial fitting.
In:. 1000 20th St, Po Box 10, Bellingham, Wa 98227-0010 Usa: Spie-int Soc Optical Engineering, 2025. 3 (Proc. SPIE ; 13938)

Rojas López, M.B. ; Gehmeyr, M. ; Nitkunanantharajah, S. ; Preissl, H. ; Vosseler, A. ; Jumpertz Von Schwartzenberg, R. ; Birkenfeld, A.L. ; Jüstel, D. ; Ntziachristos, V.

Automatic real-time quality assessment for optoacoustic mesoscopy data.
Poster: (2025)

Fish, L.A. ; Canchi, S. ; Telpoukhovskaia, M. ; Luquez, T. ; Algoo, J. ; Hadad, N. ; Gurdon, B. ; Dai, M. ; Ouellette, A.R. ; Neuner, S.M. ; Dunn, A.R. ; Willcox, J.A.L. ; Wu, Y. ; Dumitrescu, L. ; Bellur, O. ; Zhang, J. ; O'Connell, K.M. ; Dammer, E.B. ; Seyfried, N.T. ; Muzumdar, S. ; Gillis, J. ; Robson, P. ; Arnold, M. ; Hohman, T.J. ; Philip, V.M. ; Menon, V. ; Kaczorowski, C.C.

Interrogating conserved transcriptomic signatures of cognitive resilience in the frontal cortex.
Bioengineering 12:1320 (2025)

Zheng, H. ; Sharma, P. ; Johnson, M. ; Danieletto, M. ; Alleva, E. ; Charney, A.W. ; Nadkarni, G.N. ; Sarabu, C. ; Eskofier, B.M. ; Ahuja, Y. ; Richter, F. ; Klang, E. ; Gangadharan, S. ; Richter, F. ; Holmes, E. ; Glicksberg, B.S.

Integration of artificial intelligence and wearable devices in pediatric clinical care: A review.
Stem Cell Res. 90:103892 (2025)

Gasparini, G. ; Kraus, C. ; Rusha, E. ; Orschmann, T. ; Wortmann, S.B. ; Mayr, J.H. ; Ardissone, A. ; Iuso, A.

Generation of two human iPSC lines from fibroblasts of BPAN patients carrying pathogenic variants in the WDR45 gene.

Oak, M.S. ; Stock, M. ; Janeva, A. ; Mezes, M. ; Hynes-Allen, A.M. ; Straub, T. ; Forné, I. ; Ettinger, A. ; Hamperl, S. ; Imhof, A. ; van den Ameele, J. ; Scialdone, A. ; Hörmanseder, E.

Pre-marking chromatin with H3K4 methylation is required for accurate zygotic genome activation and development.

Pauli, J. ; Garger, D. ; Peymani, F. ; Wettich, J. ; Sachs, N. ; Wirth, J. ; Steiger, K. ; Hillig, C. ; Zhang, H. ; Tabas, I. ; Tall, A.R. ; Li, M. ; Reilly, M.P. ; Branzan, D. ; Prokisch, H. ; Menden, M.P. ; Maegdefessel, L.

Single cell spatial transcriptomics integration deciphers the morphological heterogeneity of atherosclerotic carotid arteries.
Aging 17, 2902-2915 (2025)

Saad, R. ; Costeira, R. ; Matias-Garcia, P.R. ; Villicaña, S. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Peters, A. ; Kastenmüller, G. ; Rodriguez-Mateos, A. ; Dias, C. ; Menni, C. ; Waldenberger, M. ; Bell, J.T.

Theobromine is associated with slower epigenetic ageing.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 47478-47508 ( ; 267)

Palma, A. ; Rybakov, S. ; Hetzel, L. ; Günnemann, S. ; Theis, F.J.

Enforcing Latent Euclidean Geometry in Single-Cell VAEs for Manifold Interpolation.

Fleischmann, S. ; Kurz, M. ; Richer, R. ; Abel, L. ; Gambietz, M. ; Eskofier, B.M. ; Rohleder, N. ; Koelewijn, A.D.

Investigating psychosocial stress arising from marker-based optical motion capture and subsequent effects on gait.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 61769-61789 ( ; 267)

von Kleist, H. ; Wendland, J.R. ; Shpitser, I. ; Marr, C.

Feature Importance Metrics in the Presence of Missing Data.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 61790-61809 ( ; 267)

von Rohrscheidt, J.C. ; Rieck, B.

Diss-l-ECT: Dissecting Graph Data with Local Euler Characteristic Transforms.
Nature 649, 406–415 (2025)

Grotzinger, A.D. ; Werme, J. ; Peyrot, W.J. ; Frei, O. ; de Leeuw, C. ; Bicks, L.K. ; Guo, Q. ; Margolis, M.P. ; Coombes, B.J. ; Batzler, A. ; Pazdernik, V. ; Biernacka, J.M. ; Andreassen, O.A. ; Anttila, V. ; Børglum, A.D. ; Breen, G. ; Cai, N. ; Demontis, D. ; Edenberg, H.J. ; Faraone, S.V. ; Franke, B. ; Gandal, M.J. ; Gelernter, J. ; Hatoum, A.S. ; Hettema, J.M. ; Johnson, E.C. ; Jonas, K.G. ; Knowles, J.A. ; Koenen, K.C. ; Maihofer, A.X. ; Mallard, T.T. ; Mattheisen, M. ; Mitchell, K.S. ; Neale, B.M. ; Nievergelt, C.M. ; Nurnberger, J.I. ; O'Connell, K.S. ; Peterson, R.E. ; Robinson, E.B. ; Sanchez-Roige, S.S. ; Santangelo, S.L. ; Scharf, J.M. ; Stefansson, H. ; Stefansson, K. ; Stein, M.B. ; Strom, N.I. ; Thornton, L.M. ; Tucker-Drob, E.M. ; Verhulst, B. ; Waldman, I.D. ; Walters, G.B. ; Wray, N.R. ; Yu, D. ; Lee, P.H. ; Kendler, K.S. ; Smoller, J.W.

Mapping the genetic landscape across 14 psychiatric disorders.
Med. Image Anal. 109:103890 (2025)

Spieker, V. ; Eichhorn, H. ; Huang, W. ; Stelter, J.K. ; Catalan, T. ; Braren, R.F. ; Rueckert, D. ; Sahli Costabal, F. ; Hammernik, K. ; Karampinos, D.C. ; Prieto, C. ; Schnabel, J.A.

PISCO: Self-supervised k-space regularization for improved neural implicit k-space representations of dynamic MRI.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 53645-53662 ( ; 267)

Schulze Buschoff, L.M. ; Voudouris, K. ; Akata, E. ; Bethge, M. ; Tenenbaum, J.B. ; Schulz, E.

Testing the Limits of Fine-Tuning for Improving Visual Cognition in Vision Language Models.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 11405-11434 ( ; 267)

Coupette, C. ; Wayland, J.D. ; Simons, E. ; Rieck, B.

No Metric to Rule Them All: Toward Principled Evaluations of Graph-Learning Datasets.
IEEE J. Biomed. Health Inform. 29, 8871 - 8875 (2025)

Zhang, J. ; Fu, H. ; Petitjean, C. ; Li, X. ; Schnabel, J.A.

Guest Editorial: Special Issue on Foundation Models in Medical Imaging.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-025-02880-3 (2025)

Haas, D. ; Weindl, D. ; Kakimoto, P. ; Trautmann, E.-M. ; Schessner, J.P. ; Mao, X. ; Gerl, M.J. ; Gerwien, M. ; Müller, T.D. ; Klose, C. ; Cheng, X. ; Hasenauer, J. ; Krahmer, N.

C-COMPASS: A user-friendly neural network tool profiles cell compartments at protein and lipid levels.
Int. J. Cancer, DOI: 10.1002/ijc.70274 (2025)

Sauer, M. ; Lucas, M.C. ; Prokosch, V. ; Keßler, T. ; Risch, T. ; Laner, A. ; Henkel, J. ; Benet-Pages, A. ; Hallermayr, A. ; Steinke-Lange, V. ; Holinski-Feder, E. ; Klink, B.

Improving genetic diagnosis of hereditary tumor syndromes: From expanded gene panels to functional genomics.
Diabetes Care 49, 282-291 (2025)

Ge, J. ; Han, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Yu, S. ; Zheng, J. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Schlesinger, S. ; Koenig, W. ; Linkohr, B. ; Thorand, B. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Integrative metabolomics of targeted and non-targeted analyses in T2D progression.
Clin. Parkinsonism Relat. Disord. 13:100406 (2025)

Kasprzak, J. ; Dulski, J. ; Schinwelski, M. ; Krygier, M. ; Zech, M. ; Sławek, J.

ACTB-associated dystonia-deafness syndrome with good response to DBS GPi revisited.

Fleischmann, S. ; Shanbhag, J. ; Miehling, J. ; Wartzack, S. ; Ong, C.-N. ; Eskofier, B.M. ; Koelewijn, A.D.

A model of the cerebellum generates gait adaptations in a reflex-based neuromusculoskeletal model during split-belt walking.

Vieregge, M. ; Kuzkina, A. ; Janzen, A. ; Oertel, W.H. ; Sommerauer, M. ; Volkmann, J. ; Doppler, K.

Dermal alpha-synuclein aggregation in seed amplification assays for parkinson's disease subtype differentiation.

Chen, X. ; Raghunathan, K. ; Bao, B. ; Ngwa, E. ; Kwong, A. ; Wu, Z. ; Babcock, S. ; Baek, C. ; Ye, G. ; Muppirala, A. ; Peng, Q. ; Rutlin, M. ; Bhaumik, M. ; Yang, D. ; Kotlarz, D.M. ; Jadhav, U. ; Rao, M. ; Weerapana, E. ; Zhou, X. ; Ordovas-Montanes, J. ; Snapper, S.B. ; Thiagarajah, J.R.

A niche-dependent redox rheostat regulates epithelial stem cell fate.
Photoacoustics 46:100785 (2025)

Bader, M. ; Longo, A. ; Jüstel, D. ; Ntziachristos, V.

Low frequency detection in clinical multispectral optoacoustic tomography.
In: (, 10 September 2025, Antwerp). 2025. S324 - S324 (J. Invest. Dermatol. ; 145)

Scala, E. ; Hillig, C. ; Mercurio, L. ; Fania, L. ; Gubinelli, E. ; Madonna, S. ; Menden, M.P. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S. ; Albanesi, C.

331 IL-34 expression and function in hidradenitis suppurativa and psoriasis.
Bioinformatics 41:btaf628 (2025)

Klaproth-Andrade, D. ; Scheller, I.F. ; Tsitsiridis, G. ; Liokatis, S. ; Mertes, C. ; Smirnov, D. ; Prokisch, H. ; Yépez, V.A. ; Gagneur, J.

PROTRIDER: Protein abundance outlier detection from mass spectrometry-based proteomics data with a conditional autoencoder.
Med. J. Aust. 223, S36-S41 (2025)

Quon, S. ; Johanson, T.M. ; Wadhwa, R. ; Faiz, A. ; Flynn, A. ; Anderson, G.P. ; Cox, A.J. ; West, N.P. ; Menden, M.P. ; Allan, R.S.

Technological advances in the search for a CURE for asthma.
Med. J. Aust. 223, S24-S31 (2025)

Lodge, C. ; Dai, X. ; Laing, I.A. ; Menden, M.P. ; Flynn, A. ; Anderson, G.P. ; Ranganathan, S. ; Dharmage, S.C.

Evidence from Australian cohort studies about asthma trajectories and transitions across the life course: A narrative review.
Nucleic Acids Res. 54, D652-D660 (2025)

Türei, D. ; Schaul, J. ; Palacio-Escat, N. ; Bohár, B. ; Bai, Y. ; Ceccarelli, F. ; Çevrim, E. ; Daley, M. ; Darcan, M. ; Dimitrov, D. ; Dogan, T. ; Domingo-Fernández, D. ; Dugourd, A. ; Gábor, A. ; Gul, L. ; Hall, B.A. ; Hoyt, C.T. ; Ivanova, O. ; Klein, M. ; Lawrence, T. ; Mañanes, D. ; Módos, D. ; Müller-Dott, S. ; Ölbei, M. ; Schmidt, C. ; Şen, B. ; Theis, F.J. ; Ünlü, A. ; Ulusoy, E. ; Valdeolivas, A. ; Korcsmáros, T. ; Saez-Rodriguez, J.

OmniPath: Integrated knowledgebase for multi-omics analysis.
Med. Image Anal. 108:103854 (2025)

Reithmeir, A. ; Spieker, V. ; Sideri-Lampretsa, V. ; Rueckert, D. ; Schnabel, J.A. ; Zimmer, V.A.

From model based to learned regularization in medical image registration: A comprehensive review.
Nucleic Acids Res. 54, D1331-D1335 (2025)

Casper, J. ; Speir, M.L. ; Raney, B.J. ; Perez, G. ; Nassar, L.R. ; Lee, C.M. ; Hinrichs, A.S. ; Gonzalez, J.N. ; Fischer, C. ; Diekhans, M. ; Clawson, H. ; Benet-Pages, A. ; Barber, G.P. ; Vaske, C.J. ; van Baren, M.J. ; Wang, K. ; Rodriguez, Y.J.P. ; Jenkins-Kiefer, J.A. ; Chalamala, M. ; Haussler, D. ; Kent, W.J. ; Haeussler, M.

The UCSC Genome Browser database: 2026 update.
Diabetes Obes. Metab. 27, 6323-6332 (2025)

Sheu, W.H. ; Lee, C.Y. ; Wang, Y.W. ; Liao, C.S. ; Hsiao, T.H. ; Suzuki, K. ; Hatzikotoulas, K. ; Morris, A.P. ; Chen, Y.I. ; Rotter, J.I.

Glycaemic responses to metformin monotherapy by SNP clusters in patients with type 2 diabetes.

Ruppert, Z. ; Sárközy, M. ; Rákóczi, B. ; Dukay, B. ; Hajdu, P. ; Szűcs, G. ; Galla, Z. ; Hunya, A. ; Kovács, F. ; Kriston, A. ; Monostori, P. ; Horvath, P. ; Cserni, G. ; Tiszlavicz, L. ; Csont, T. ; Vigh, L. ; Sántha, M. ; Török, Z. ; Tóth, M.E.

Overexpression of the human heat shock protein B1 alters obesity-related metabolic changes in a sex-dependent manner in a mouse model of metabolic syndrome.
Neurol. Sci. 46, 5657-5669 (2025)

Yarahmadi, F. ; Shoiebi, A. ; Shariati, M. ; Zech, M. ; Sadr-Nabavi, A.

Generalized dystonia unraveled: Molecular mechanisms, diagnostic strategies, and treatment paradigms.
J. Neuromuscul. Dis. 13, 769-773 (2025)

Krenn, M. ; Schmidt, A. ; Wagner, M. ; Ernst, M. ; Graf, E. ; Zulehner, G. ; Cetin, H. ; Zimprich, F. ; Rath, J.

AlphaMissense prediction for the evaluation of missense variants in the diagnostic setting of neuromuscular disorders.
Neuropediatrics, DOI: 10.1055/a-2747-7443 (2025)

Engel, J.M. ; Dzinovic, I. ; Zech, M. ; Janzarik, W.G.

Novel pathogenic GCH1 variant in familial Dopa-responsive dystonia.

Wasserer, S. ; Litman, T. ; Hebsgaard, J. ; Jargosch, M. ; Hillig, C. ; Pilz, A.C. ; Garzorz-Stark, N. ; Biedermann, T. ; Blanchetot, C. ; Menden, M.P. ; Mortensen, M.S. ; Skak-Nielsen, T. ; Bertelsen, M. ; Ursoe, B. ; Lauffer, F. ; Martel, B.C. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S.

Neutralizing IL-22RA1 improves histological and molecular alterations associated with atopic dermatitis pathogenesis.

Merkevicius, K. ; Smirnov, D. ; Schlieben, L.D. ; Ganetzky, R.D. ; Feichtinger, R.G. ; Jiang, H. ; Fang, F. ; Ebihara, T. ; Murayama, K. ; Ferrera, G. ; Ardissone, A. ; Rokicki, D. ; Wesol-Kucharska, D. ; Schröder, S. ; Bauer, P. ; Bertoli-Avella, A.M. ; Østergaard, E. ; Freisinger, P. ; Janssen, M.C.H. ; Wagner, M. ; Abouyousef, O. ; Alhaddad, B. ; AlAbdi, L. ; Alkuraya, F.S. ; Alston, C.L. ; Baghdasaryan, A. ; Barca, D. ; Barić, I. ; Bellusci, M. ; Bevot, A. ; Boltshauser, E. ; Borggraefe, I. ; Bouchereau, J. ; Bruno, C. ; Burnyte, B. ; Calhoun, A. ; Casas, K. ; Coker, M. ; Crushell, E. ; de Lonlay, P. ; Dionisi-Vici, C. ; Distelmaier, F. ; Falk, M.J. ; Ferreira, A.C.F. ; Ferreira, C.R. ; Ficicioglu, C. ; Fatma Gokçay, G. ; Häberle, J. ; Heath, O. ; Hellenschmidt, A. ; Hoefele, J. ; Hoffmann, G.F. ; Honzík, T. ; Huemer, M. ; Janeiro, P. ; Karaa, A. ; Seher Kasapkara, C. ; Kern, I. ; Klepper, J. ; Klopstock, T. ; Knerr, I. ; Koch, J. ; Krumina, Z. ; Lamperti, C. ; Lebigot, E. ; Liu, Z. ; Maier, E.M. ; Martinelli, D. ; McFarland, R. ; Mendelsohn, B.A. ; Molnar, M.J. ; Mundy, H. ; Nassogne, M.C. ; Oliveira, A.I. ; Õunap, K. ; Panicucci, C. ; Parikh, S. ; Peters, H. ; Pichard, S. ; Plecko, B. ; Ramadža, D.P. ; Repetto, G.M. ; Rivera, I.A. ; Rodenburg, R.J. ; Rossi, A. ; Schiff, M. ; Seidemann, K. ; Smith, W.E. ; Soares, S. ; Siri, B. ; Steinbrücker, K. ; Striano, P. ; Sykut-Cegielska, J. ; Tal, G. ; Taylor, R.W. ; Tsiakas, K. ; Kalkan Ucar, S. ; van Konijnenburg, E.H. ; Woidy, M. ; Yaplito-Lee, J. ; Yildiz, Y. ; Zenker, M. ; Zsidegh, P. ; Westphal, D.S. ; Sperl, W. ; Meitinger, T. ; Brown, G.K. ; Prokisch, H. ; Mayr, J.A. ; Wortmann, S.B.

The genotypic and phenotypic landscape of PDHA1-related pyruvate dehydrogenase complex deficiency.

Shetab Boushehri, S. ; Kazeminia, S. ; Gruber, A. ; Matek, C. ; Spiekermann, K. ; Pohlkamp, C. ; Haferlach, T. ; Marr, C.

A large expert-annotated single-cell peripheral blood dataset for hematological disease diagnostics.
Psychophysiology 62:e70176 (2025)

Richer, R. ; Jorkowitz, J. ; Stühler, S. ; Abel, L. ; Kurz, M. ; Oesten, M. ; Griesshammer, S.G. ; Albrecht, N.C. ; Küderle, A. ; Ostgathe, C. ; Kolpin, A. ; Steigleder, T. ; Rohleder, N. ; Eskofier, B.M.

PEPbench-open, reproducible, and systematic benchmarking of automated pre-ejection period extraction algorithms.
Stud. Health Technol. Inform. 331, 292-306 (2025)

Njipouombe Nsangou, Y.A. ; Kumar Halder, R. ; Uddin, A. ; Engel, L. ; Kotsis, F. ; Schultheiss, U.T. ; Raffler, J. ; Kosch, R. ; Altenbuchinger, M. ; Zacharias, H.U. ; Kastenmüller, G. ; Dönitz, J.

Use of client-side machine learning models for privacy-preserving healthcare predictions - a deployment case study.

Borkowski, K. ; Liang, N. ; Zhao, N. ; Arnold, M. ; Huynh, K. ; Karu, N. ; MahmoudianDehkordi, S. ; Kueider-Paisley, A. ; Kanekiyo, T. ; Bu, G. ; Kaddurah-Daouk, R.

APOE genotype influences on the brain metabolome of aging mice - role for mitochondrial energetics in mechanisms of resilience in APOE2 genotype.

Scholl, L.S. ; Demleitner, A.F. ; Riedel, J. ; Adachi, S. ; Neuenroth, L. ; Meijs, C. ; Tzeplaeff, L. ; Caldi Gomes, L. ; Galhoz, A. ; Cordts, I. ; Lenz, C. ; Menden, M.P. ; Lingor, P.

Identification and validation of a tear fluid-derived protein biomarker signature in patients with amyotrophic lateral sclerosis.
Bioinformatics 41:btaf467 (2025)

Hingerl, J.C. ; Karollus, A. ; Gagneur, J.

Flashzoi: An enhanced Borzoi for accelerated genomic analysis.
Mov. Disord., DOI: 10.1002/mds.70030 (2025)

Al-Azzani, M. ; Weber, S. ; Ramalingam, N. ; Ramón, M. ; Shvachiy, L. ; Mestre, G. ; Zech, M. ; Sicking, K. ; de Opakua, A.I. ; Jayanthi, V. ; Amaral, L.A. ; Agarwal, A. ; Chandran, A. ; Chaves, S.R. ; Winkelmann, J. ; Trenkwalder, C. ; Schwager, M. ; Pauli, S. ; Dettmer, U. ; Fernández, C.O. ; Lautenschläger, J. ; Zweckstetter, M. ; Busnadiego, R.F. ; Mollenhauer, B. ; Outeiro, T.F.

A novel α-synuclein K58N missense variant in a patient with Parkinson's disease.
Bioinformatics 41:btaf607 (2025)

Lucarelli, D. ; Kos, T. ; Shull, C. ; Jimenez, S. ; Öllinger, R. ; Rad, R. ; Saur, D. ; Theis, F.J.

QuiCAT: A scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences.

Grass, C. ; Ober, F. ; Sixt, C. ; Nemati Moud, B. ; Antoshkina, I. ; Eberstadt, F. ; Puhach, A. ; Avar, G. ; Keßler, A. ; O'Neill, T.J. ; Seeholzer, T. ; Kranich, J. ; Brocker, T. ; Lammens, K. ; Menden, M.P. ; Zielinski, C.E. ; Krappmann, D.

LUBAC modulates CBM complex functions downstream of TRAF6 in T cells.

Tzeplaeff, L. ; Galhoz, A. ; Meijs, C. ; Caldi Gomes, L. ; Kovac, A. ; Menzel, A. ; Değirmenci, H. ; Alaamel, A. ; Kaya, H.C. ; Çelik, A.G. ; Dinçer, S. ; Korucuk, M. ; Karaüzüm, S.B. ; Bayraktar, E. ; Çiftçi, V. ; Bilge, U. ; Koc, F. ; Demleitner, A.F. ; Buchberger, A.M.S. ; von Heynitz, R. ; Gmeiner, V. ; Knellwolf, C. ; Mouzouri, M. ; Wuu, J. ; Basak, A.N. ; Andersen, P.M. ; Kohlmayer, F. ; Ashton, N.J. ; Kuban, W. ; Lenz, C. ; Rogers, M.L. ; Zilka, N. ; Corcia, P. ; Lerner, Y. ; Weber, M. ; Turčanova Koprušakova, M. ; Uysal, H. ; Benatar, M. ; Menden, M.P. ; Lingor, P.

Identification of a presymptomatic and early disease signature for amyotrophic lateral sclerosis (ALS): Protocol of the premodiALS study.
Nat. Biotechnol. 43, 1755-1757 (2025)

Kuehl, M. ; Schaub, D.P. ; Carli, F. ; Heumos, L. ; Hellmig, M. ; Fernández-Zapata, C. ; Kaiser, N. ; Schaul, J. ; Kulaga, A. ; Usanov, N. ; Krebs, C.F. ; Panzer, U. ; Bonn, S. ; Lobentanzer, S. ; Saez-Rodriguez, J. ; Puelles, V.G.

BioContextAI is a community hub for agentic biomedical systems.
Nat. Metab., DOI: 10.1038/s42255-025-01403-w (2025)

Ott, R. ; Zapardiel-Gonzalo, J. ; Kreitmaier, P. ; Casteels, K. ; Hommel, A. ; Kordonouri, O. ; Elding Larsson, H. ; Szypowska, A. ; Vatish, M. ; Zeggini, E. ; Knopff, A. ; Winkler, C. ; Ziegler, A.-G. ; Bonifacio, E. ; Hummel, S.

Blood methylome signatures in children exposed to maternal type 1 diabetes are linked to protection against islet autoimmunity.

Linkohr, B. ; Heier, M. ; Gieger, C. ; Thorand, B. ; Grallert, H. ; Holle, R. ; Karrasch, S. ; Koenig, W. ; Ladwig, K.H. ; Laxy, M. ; Lorenz-Depiereux, B. ; Rospleszcz, S. ; Schneider, A.E. ; Schulz, H. ; Schwettmann, L. ; Standl, M. ; Waldenberger, M. ; Wang-Sattler, R. ; Wolf, K. ; Dallavalle, M. ; Rückert-Eheberg, I.-M. ; Schneider, A. ; Leidl, R. ; Wichmann, H.-E. ; Peters, A.

Cohort profile: Cooperative health research in the region of Augsburg (KORA) 1984-2024.

Firsova, A.B. ; Marco Salas, S. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Sountoulidis, A. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Alonso Galicia, L. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Gote-Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K.B. ; Timens, W. ; Schiller, H.B. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C. ; Samakovlis, C.

Spatial single-cell atlas reveals regional variations in healthy and diseased human lung.

Boerstler, T. ; Kachkin, D. ; Gerasimova, E. ; Zagha, N. ; Furlanetto, F. ; Nayebzade, N. ; Zappia, L. ; Boisvert, M. ; Farrell, M. ; Ploetz, S. ; Prots, I. ; Regensburger, M. ; Günther, C. ; Winkler, J. ; Gupta, P. ; Theis, F.J. ; Karow, M. ; Falk, S. ; Winner, B. ; Krach, F.

Deciphering brain organoid heterogeneity by identifying key quality determinants.
Sci. Immunol. 10:eadu6730 (2025)

Kocher, K. ; Drost, F. ; Tesfaye, A.M. ; Moosmann, C. ; Schülein, C. ; Grotz, M. ; D'Ippolito, E. ; Graw, F. ; Spriewald, B. ; Busch, D.H. ; Bogdan, C. ; Tenbusch, M. ; Schubert, B. ; Schober, K.

Vaccination-induced T cell responses maintain polyclonality with high antigen receptor avidity.
Mov. Disord., DOI: 10.1002/mds.70072 (2025)

Sorrentino, U. ; Pavlov, M. ; Mirza-Schreiber, N. ; Brugger, M. ; Brunet, T. ; Tsoma, E. ; Saparov, A. ; Dzinovic, I. ; Harrer, P. ; Stehr, A.M. ; Wagner, M. ; Tilch, E. ; Wallacher, B. ; Alhasan, S. ; Koy, A. ; Di Fonzo, A. ; Kolníková, M. ; Kusikova, K. ; Havránková, P. ; Tautanova, R. ; Lösecke, S. ; Eck, S. ; Boesch, S. ; Necpál, J. ; Škorvánek, M. ; Jech, R. ; Prokisch, H. ; Winkelmann, J. ; Oexle, K. ; Graf, E. ; Zech, M.

Integrating long-read nanopore sequencing for precision resolution of genomic variants in dystonia.
Psychoneuroendocrinology 180:107560 (2025)

Ringgold, V. ; Burkhardt, F. ; Abel, L. ; Kurz, M. ; Müller, V. ; Richer, R. ; Eskofier, B.M. ; Shields, G.S. ; Rohleder, N.

Multimodal stress assessment: Connecting task-related changes in self-reported stress, salivary biomarkers, heart rate, and facial expressions in the context of the stress response to the Trier Social Stress Test.

Ratajczak, F. ; Heinig, M. ; Falter-Braun, P.

Exploring the omnigenic architecture of selected complex traits.
Cell Rep. Methods 5:101170 (2025)

Eling, N. ; Dorier, J. ; Rusakiewicz, S. ; Liechti, R. ; Devanand, P. ; Daniel, M. ; Windhager, J. ; Fernandez, B.P. ; Déglise, S. ; Despland, L. ; Benyagoub, A. ; Możejko, M. ; Uchal, D. ; Szczurek, E. ; Loboda, A. ; Sandkuijl, D. ; Parsotam, N. ; Hong, H.S. ; Morfouace, M. ; Guex, N. ; Coukos, G. ; Bodenmiller, B. ; Tissot, S. ; Schulz, D.M.

Multi-modal image analysis for large-scale cancer tissue studies within IMMUcan.
Bioinformatics 41:btaf491 (2025)

An, Y. ; Bergant, V. ; Grünke, C. ; Bonnal, B. ; Henrici, A. ; Pichlmair, A. ; Schubert, B. ; Marsico, A.

TransFactor-Prediction of pro-viral SARS-CoV-2 host factors using a protein language model.
ACS Nano 19, 39139-39156 (2025)

Voss, C. ; Han, L. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Haefner, V. ; Angelidis, I. ; Mayr, C.H. ; Berthing, T. ; Zhou, Q. ; Günther, E. ; Huzain, O. ; Schmid, O. ; Vogel, U. ; Schniering, J. ; Gaedcke, S. ; Theis, F.J. ; Schiller, H.B. ; Stöger, T.

Toward a ToxAtlas of carbon-based nanomaterials: Single-cell RNA sequencing reveals initiating cell circuits in pulmonary inflammation.
Mov. Disord., DOI: 10.1002/mds.70029 (2025)

Heger, L.M. ; Kertess, L. ; Kaufhold, C. ; Gubinelli, F. ; Cardona-Alberich, A. ; Özata, G. ; Müller, S.A. ; Tschirner, S.K. ; Stehling, O. ; Schifferer, M. ; Peron, C. ; Tiranti, V. ; Lill, R. ; Iuso, A. ; Zecca, L. ; Strupp, M. ; Oertel, W.H. ; Lichtenthaler, S.F. ; Burbulla, L.F.

Patient-derived neurons exhibit α-synuclein pathology and previously unrecognized major histocompatibility complex class I elevation in mitochondrial membrane protein-associated neurodegeneration.
Seizure 131, 454-457 (2025)

Krenn, M. ; Nenning, K.H. ; Aull-Watschinger, S. ; Pataraia, E. ; Wagner, M. ; Zimprich, F.

ADAM23 haploinsufficiency as a putative oligogenic contributor in an individual with focal epilepsy.
Cell Genom. 5:101004 (2025)

Piron, A. ; Szymczak, F. ; Folon, L. ; Crouch, D.J.M. ; Papadopoulou, T. ; Lytrivi, M. ; Tong, Y. ; Alvelos, M.I. ; Colli, M.L. ; Yi, X. ; Pekalski, M.L. ; Hatzikotoulas, K. ; Huerta-Chagoya, A. ; Taylor, H.J. ; Defrance, M. ; Todd, J.A. ; Eizirik, D.L. ; Mercader, J.M. ; Cnop, M.

Identification of novel type 1 and type 2 diabetes genes by co-localization of human islet eQTL and GWAS variants with colocRedRibbon.
BMC Genomics 26:974 (2025)

Hrovatin, K. ; Moinfar, A.A. ; Zappia, L. ; Parikh, S. ; Tejada Lapuerta, A. ; Lengerich, B. ; Kellis, M. ; Theis, F.J.

Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-025-02814-z (2025)

Tejada Lapuerta, A. ; Schaar, A. ; Gutgesell, R.M. ; Palla, G. ; Halle, L. ; Minaeva, M. ; Vornholz, L. ; Dony, L. ; Drummer, F. ; Richter, T. ; Bahrami, M. ; Theis, F.J.

Nicheformer: A foundation model for single-cell and spatial omics.
Transl. Psychiatry 15:460 (2025)

Amin, N. ; Liu, J. ; Sproviero, W. ; Arnold, M. ; Batra, R. ; Bonnechere, B. ; Chiou, Y.J. ; Fernandes, M. ; Krumsiek, J. ; Newby, D. ; Nho, K. ; Kim, J.P. ; Saykin, A.J. ; Shi, L. ; Winchester, L.M. ; Yang, Y. ; Nevado-Holgado, A.J. ; Kastenmüller, G. ; Kaddurah-Daouk, R. ; van Duijn, C.M.

Interplay between age, APOE Ɛ4 and the metabolome in plasma and brain in Alzheimer's disease.
Mol. Metab. 102:102257 (2025)

Sulaj, A. ; Nguyen, B.H.P. ; Poschet, G. ; Kliemank, E. ; Fleming, T. ; Henke, L. ; Neibig, W. ; Kopf, S. ; Hell, R. ; Longo, V.D. ; Herzig, S. ; Nawroth, P.P. ; Menden, M.P. ; Szendroedi, J.

Periodic fasting induced reconstitution of metabolic flexibility improves albuminuria in patients with type 2 diabetes.
Neurology 105:e214177 (2025)

Krenn, M. ; Wagner, M. ; Schüller, H.J. ; Pugna, I. ; Rath, J. ; Zulehner, G. ; Keritam, O. ; Weng, R. ; Koneczny, I. ; Schiavo, E. ; Damato, V. ; Kleinveld, V.E.A. ; Kiss, C. ; Gold, V. ; Quasthoff, S. ; Masi, G. ; O'Connor, K.C. ; Canning, J. ; Waters, P.J. ; Lenz, D. ; Blüthner, M. ; Pavlov, M. ; Graf, E. ; Winkelmann, J. ; Löscher, W.N. ; Zimprich, F. ; Cetin, H.

Screening for congenital myasthenic syndromes in adults with seronegative myasthenia gravis using next-generation sequencing.
Mov. Disord., DOI: 10.1002/mds.70079 (2025)

Travaglini, L. ; Jeon, C. ; Rizza, T. ; Novelli, A. ; Specchio, N. ; Piluso, A. ; Bertini, E. ; Iuso, A. ; Garone, G.

Biallelic variants in SLC27A3 cause a complex form of neurodegeneration with brain iron accumulation.
JACC-Basic Transl. Sci. 10:101390 (2025)

Daria, T. ; Iyer, K. ; Alkhairo, H. ; Kho, P.F. ; Suzuki, K. ; Hatzikotoulas, K. ; Southam, L. ; Taylor, H.J. ; Yin, X. ; Mandla, R. ; Huerta-Chagoya, A. ; Rayner, N.W. ; Levin, M.G. ; Damrauer, S.M. ; Tsao, P.S. ; Priest, J.R. ; Klarin, D. ; Pirruccello, J.P. ; Echouffo Tcheugui, J.B. ; Tcheandjieu, C.

Mendelian randomization suggests a causal link between glycemic traits and thoracic aortic structures and diseases.
Nat. Energy 10, 1274-1288 (2025)

Gathrid, S. ; Wayland, J.D. ; Wayland, S. ; Deshmukh, R. ; Wu, G.C.

Strategies to accelerate US coal power phase-out using contextual retirement vulnerabilities.
ERJ Open Res. 11:01183-2024 (2025)

Förster, K. ; Strobl, K. ; Kindt, A. ; Häfner, F. ; Schubert, B. ; Heinen, F. ; Flemmer, A.W. ; Steffinger, D. ; Dietrich, O. ; Stoecklein, S. ; Brinkmann, F. ; Hilgendorff, A.

Lung MRI scoring reveals persistence of emphysema-like changes in lungs of infants born preterm at (pre)school age.
ERJ Open Res. 11:01135-2024 (2025)

Gerckens, M. ; Richard, A. ; Arnold, P. ; Veit, T. ; Barton, J. ; Götschke, J. ; Milger, K. ; Kauke, T. ; Schneider, C. ; Michel, S. ; Irlbeck, M. ; Luecken, M. ; Yildirim, A.O.E. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Mümmler, C.

Multistate modelling of baseline lung allograft dysfunction in lung transplant recipients.

Jarchow, H. ; Bobrowski, C. ; Falk, S. ; Hermann, A. ; Kulaga, A. ; Põder, J.C. ; Unfried, M. ; Usanov, N. ; Zendeh, B. ; Kennedy, B.K. ; Lobentanzer, S. ; Fuellen, G.

Benchmarking large language models for personalized, biomarker-based health intervention recommendations.
Transp. Res. Pt. C-Emerg. Technol. 180:105360 (2025)

Natterer, E.S. ; Rao, S.R. ; Tejada Lapuerta, A. ; Engelhardt, R. ; Horl, S. ; Bogenberger, K.

Machine learning surrogates for agent-based models in transportation policy analysis.
Neuropediatrics, DOI: 10.1055/a-2731-5130 (2025)

Oberlack, A. ; Wagner, M.

Genetic variants and disease mechanisms - Lessons from monogenic childhood epilepsies.
Nat. Biotechnol., DOI: 10.1038/s41587-025-02859-7 (2025)

Su, J. ; Li, Z. ; Tao, T. ; Han, C. ; He, Y. ; Dai, F. ; Yuan, Q. ; Gao, Y. ; Si, T. ; Zhang, X. ; Zhou, Y. ; Shan, J. ; Zhou, X. ; Chang, X. ; Jiang, S. ; Ma, D. ; Steinegger, M. ; Ovchinnikov, S. ; Yuan, F. ; The OPMC (Heinzinger, M.)

Democratizing protein language model training, sharing and collaboration.
Front. Immunol. 16:1674907 (2025)

Li, L.Y. ; Höltje, M. ; Rasmussen, H.F. ; Halle, L. ; Mayrhofer, M. ; Blüthner, M. ; Prüss, H.

Binding of established antinuclear antibodies to neurons depends on tissue fixation and underlying autoantigens.

Sarnowski, C. ; Zhang, Y. ; Ammous, F. ; Shade, L.M.P. ; DiCorpo, D. ; Jian, X. ; Arnett, D.K. ; Austin, T.R. ; Beiser, A. ; Bis, J.C. ; Blangero, J. ; Boerwinkle, E. ; Bressler, J. ; Curran, J.E. ; DeCarli, C.S. ; Doddapaneni, H. ; Dupuis, J. ; Fardo, D.W. ; Florez, J.C. ; Gabriel, S. ; Gibbs, R.A. ; Glahn, D.C. ; Gupta, N. ; González, H.M. ; González, K.A. ; Hatzikotoulas, K. ; Hayden, K.M. ; Heckbert, S.R. ; Hidalgo, B. ; Huerta-Chagoya, A. ; Hughes, T.M. ; Kardia, S.L.R. ; Kooperberg, C.L. ; Launer, L.J. ; Longstreth, W.T. Jr. ; Mandla, R. ; Mathias, R.A. ; Morris, A.P. ; Mosley, T.H. ; Nasrallah, I.M. ; Nyquist, P.A. ; Psaty, B.M. ; Qi, Q. ; Raffield, L.M. ; Rayner, N.W. ; Reiner, A.P. ; Satizabal, C.L. ; Selvin, E. ; Sevilla-Gonzalez, M.D.R. ; Smith, A.V. ; Smith, J.A. ; Smith, K. ; Snively, B.M. ; Southam, L. ; Sofer, T. ; Suzuki, K. ; Taylor, H.J. ; Udler, M.S. ; Viaud-Martinez, K.A. ; Wassertheil-Smoller, S. ; Wood, A.C. ; Yanek, L.R. ; Yin, X. ; Manning, A.K. ; Rotter, J.I. ; Rich, S.S. ; Meigs, J.B. ; Fornage, M. ; Seshadri, S. ; Morrison, A.C.

Association of genetic scores related to insulin resistance with neurological outcomes in ancestrally diverse cohorts from the Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) program.
Genome Res. 35, 2682-2690 (2025)

Nappi, A. ; Shilova, L. ; Karaletsos, T. ; Cai, N. ; Casale, F.P.

BayesRVAT enhances rare-variant association testing through Bayesian aggregation of functional annotations.
IEEE trans. artif. intell., DOI: 10.1109/TAI.2025.3612905 (2025)

Zanca, D. ; Zugarini, A. ; Dietz, S. ; Altstidl, T.R. ; Ndjeuha, M.A.T. ; Chakraborty, M. ; Jami, N.V.S.J. ; Schwinn, L. ; Eskofier, B.M.

Contrastive language-image pretrained models are zero-shot human Scanpath predictors.
J. Math. Biol. 91:67 (2025)

Pupulin, M. ; Wang, X.S. ; Efendiyev, M.A. ; Giletti, T. ; Eberl, H.J.

A PDE-ODE coupled spatio-temporal mathematical model for fire blight during bloom.

Brunet, T. ; Zech, M. ; Schatz, U.A. ; Adamovičová, M. ; Wagner, M. ; Graf, E. ; Berutti, R. ; Weigand, H. ; Jech, R. ; Meitinger, T. ; Winkelmann, J. ; Brugger, M.

De novo variants in PPFIA2 in individuals with neurodevelopmental disorders.

Zhang, F. ; Dorn, T. ; Gnutti, B. ; Anikster, Y. ; Kuebler, S. ; Ahrens-Nicklas, R. ; Gosselin, R. ; Rahman, S. ; Durst, R. ; Zanuttigh, E. ; Güra, M. ; Poch, C.M. ; Meier, A.B. ; Laugwitz, K.L. ; Schüller, H.J. ; Messias, A.C. ; Sibon, O.C. ; Finazzi, D. ; Rippert, A.L. ; Li, D. ; Truxal, K. ; Nandi, D. ; Lampert, B.C. ; Yeo, M. ; Gardham, A. ; Nissan, B. ; Horowitz Cederboim, S. ; Moretti, A. ; Iuso, A.

Pantethine ameliorates dilated cardiomyopathy features in PPCS deficiency disorder in patients and cell line models.
Science 390:eadi8577 (2025)

DeMeo, B. ; Nesbitt, C. ; Miller, S.A. ; Burkhardt, D.B. ; Lipchina, I. ; Fu, D. ; Holderreith, P. ; Kim, D. ; Kolchenko, S. ; Szalata, A. ; Gupta, I. ; Kerr, C. ; Pfefer, T.J. ; Rojas-Rodriguez, R. ; Kuppassani, S. ; Kruidenier, L. ; Doshi, P.B. ; Zamanighomi, M. ; Collins, J.J. ; Shalek, A.K. ; Theis, F.J. ; Cortes, M.

Active learning framework leveraging transcriptomics identifies modulators of disease phenotypes.

Yang, K. ; Spitzer, H. ; Sterr, M. ; Hrovatin, K. ; de la O, S. ; Zhang, X. ; Setyono, E.S.A. ; Ud-Dean, M. ; Walzthoeni, T. ; Flisikowski, K. ; Flisikowska, T. ; Schnieke, A. ; Scheibner, K. ; Wells, J.M. ; Sneddon, J.B. ; Kessler, B. ; Wolf, E. ; Kemter, E. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.

A multimodal cross-species comparison of pancreas development.
J. Sleep Res. 34:e70210 (2025)

Stefani, A. ; Tang, Q. ; Clemens, S. ; DelRosso, L.M. ; García-Borreguero, D. ; Ferri, R. ; Frauscher, B. ; Holzknecht, E. ; Provini, F. ; Schormair, B. ; Winkelman, J.W. ; Högl, B.

Sleep related movement disorders: What's new and changing clinical practice.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-025-02854-5 (2025)

Hingerl, J.C. ; Martens, L.D. ; Karollus, A. ; Manz, T. ; Buenrostro, J.D. ; Theis, F.J. ; Gagneur, J.

scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution.

Schmid, K.T. ; Symeonidi, A. ; Hlushchenko, D. ; Richter, M.L. ; Tijhuis, A.E. ; Foijer, F. ; Colomé-Tatché, M.

Benchmarking scRNA-seq copy number variation callers.
Mol. Syst. Biol., DOI: 10.1038/s44320-025-00158-6 (2025)

Pietzner, M. ; Beuchel, C. ; Demircan, K. ; Hoffmann Anton, J. ; Zeng, W. ; Römisch-Margl, W. ; Yasmeen, S. ; Uluvar, B. ; Zoodsma, M. ; Koprulu, M. ; Kastenmüller, G. ; Carrasco-Zanini, J. ; Langenberg, C.

Machine learning-guided deconvolution of plasma protein levels.
Sci. Adv. 11:eadx0637 (2025)

Jargosch, M. ; Kuruvila, J. ; Scala, E. ; Grosch, J. ; Eigemann, J. ; Wasserer, S. ; Lekiashvili, S. ; Trautwein, N. ; Kowalewski, D.J. ; Böhner, A. ; Köseoglu, Y. ; Hillig, C. ; Thomas, J. ; Lauffer, F. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Menden, M.P. ; Walz, J.S. ; Kaesler, S. ; Eyerich, S. ; Blank, S. ; Rammensee, H.G. ; Biedermann, T. ; Eyerich, K. ; Kurgyis, Z. ; Freudenmann, L.K. ; Garzorz-Stark, N.

Immunopeptidome analysis reveals SERPINB3 as an autoantigen driving eczematized psoriasis.
In: (18th European Conference on Computer Vision, ECCV 2024, 29 September - 4 October 2024, Milan). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 92-111 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15079 LNCS)

Müller, P. ; Kaissis, G. ; Rueckert, D.

ChEX: Interactive Localization and Region Description in Chest X-Rays.
J. Neuromuscul. Dis. 13, 824-831 (2025)

Keritam, O. ; Haas, P. ; Klotz, S. ; Kastrati, K. ; Krenn, M. ; Wagner, M. ; Hasenoehrl, T. ; Weng, R. ; Zulehner, G. ; Kasprian, G. ; Regelsberger, G. ; Kiener, H. ; Gelpi, E. ; Zimprich, F. ; Cetin, H. ; Scherer, T. ; Jengojan, S.

Dermatomyositis masking late onset Pompe disease in a patient with proximal muscle weakness.
2025 in
In: (28th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, AISTATS 2025, 3-5 May 2025, Mai Khao). 2025. 5149-5157 ( ; 258)

Sun, X. ; Chen, N. ; Gossmann, A. ; Wohlrapp, M. ; Xing, Y. ; Dorigatti, E. ; Feistner, C. ; Drost, F. ; Scarcella, D. ; Beer, L.H. ; Marr, C.

M-HOF-Opt: Multi-Objective Hierarchical Output Feedback Optimization via Multiplier Induced Loss Landscape Scheduling.
Open Mind 9, 1037-1065 (2025)

Gruaz, L. ; Modirshanechi, A. ; Becker, S. ; Brea, J.

Merits of curiosity: A simulation study.
2025 in
In: (28th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, AISTATS 2025, 3-5 May 2025, Mai Khao). 2025. 1801-1809 ( ; 258)

Łazęcka, M. ; Szczurek, E.

Factor Analysis with Correlated Topic Model for Multi-Modal Data.
iScience 28:113342 (2025)

Rehawi, G. ; Hagenberg, J. ; Sämann, P.G. ; Moyon, L. ; Binder, E. ; List, M. ; Marsico, A. ; Knauer-Arloth, J.

Integrative gene and isoform co-expression networks reveal regulatory rewiring in stress-related psychiatric disorders.

Lynch, K.D. ; Curion, F. ; Yeung, H.Y. ; Rich-Griffin, C. ; Agarwal, D. ; Ferry, H. ; Slater, A.J. ; Culver, E.L. ; Chapman, R.W. ; Keshav, S. ; Klenerman, P. ; Dendrou, C.A.

Navigating the hepatic immune landscape with fine needle aspiration of the liver-an emerging technique.

Modirshanechi, A. ; Lin, W.H. ; Xu, H.A. ; Herzog, M.H. ; Gerstner, W.

Novelty as a drive of human exploration in complex stochastic environments.

Ali, M. ; Richter, S. ; Ertürk, A. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Graph neural networks learn emergent tissue properties from spatial molecular profiles.
J. R. Stat. Soc. Ser. B-Stat. Methodol., DOI: 10.1093/jrsssb/qkaf066 (2025)

Li, J. ; Chu, B.B. ; Scheller, I. ; Gagneur, J. ; Maathuis, M.H.

Root cause discovery via permutations and Cholesky decomposition.

Träuble, K. ; Munz, M. ; Pauli, J. ; Sachs, N. ; Vafadarnejad, E. ; Carrillo-Roa, T. ; Maegdefessel, L. ; Kastner, P. ; Heinig, M.

Integrated single-cell atlas of human atherosclerotic plaques.
Sci. Adv. 11:eady0080 (2025)

Melton, R. ; Jimenez, S. ; Elison, W. ; Tucciarone, L. ; Howell, A. ; Wang, G. ; Berti, D. ; Beebe, E.T. ; Miller, M. ; Zeng, C. ; McGrail, C. ; VanderStel, K. ; Korgaonkar, K. ; Elgamal, R. ; Mummey, H. ; Chiou, J. ; Griffin, E. ; Kusmartseva, I. ; Atkinson, M. ; Preissl, S. ; Theis, F.J. ; Sander, M. ; Gaulton, K.J.

Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs of type 1 diabetes progression.
Nat. Genet. 57, 2361-2370 (2025)

Yépez, V.A. ; Demidov, G. ; Ellwanger, K. ; Laurie, S. ; Luknárová, R. ; Joseph Maran, M.I. ; Hentrich, T. ; Sagath, L. ; van der Sanden, B. ; Astuti, G. ; Neveling, K. ; Batlle-Masó, L. ; Beijer, D. ; Brechtmann, F. ; Caballero-Oteyza, A. ; Dabad, M. ; Denommé-Pichon, A.S. ; Doornbos, C. ; Eddafir, Z. ; Estévez-Arias, B. ; Kilicarslan, O.A. ; Kolen, I.H.M. ; Krass, L. ; Lohmann, K. ; Londhe, S. ; López-Martín, E. ; Maassen, K. ; Macken, W. ; Martínez-Delgado, B. ; Mei, D. ; Mertes, C. ; Minardi, R. ; Morsy, H. ; Mueller, J.S. ; Natera-de Benito, D. ; Nelson, I. ; Oud, M.M. ; Paramonov, I. ; Picó, D. ; Piscia, D. ; Polavarapu, K. ; Raineri, E. ; Savarese, M. ; Smal, N. ; Steehouwer, M. ; Steyaert, W. ; Swertz, M.A. ; Thomsen, M. ; Töpf, A. ; Van de Vondel, L. ; van der Vries, G. ; Vitobello, A. ; Wilke, C. ; Zurek, B. ; T' Hoen, P.B. ; Matalonga, L. ; Vissers, L.E.L.M. ; Gilissen, C. ; Schulze-Hentrich, J. ; Beltran, S. ; Esteve-Codina, A. ; Hoischen, A. ; Gagneur, J. ; Graessner, H.

The Solve-RD Solvathons as a pan-European interdisciplinary collaboration to diagnose patients with rare disease.
IEEE J. Biomed. Health Inform. 29, 6128 - 6131 (2025)

Mortazavi, B.J. ; Chiu, Y.F. ; Lü, L. ; Das, A. ; Tourassi, G.D. ; Eskofier, B.M.

Guest editorial: Transforming healthcare and medicine with biomedical informatics and emerging AI.

Jaeger, K.M. ; Nissen, M. ; Leutheuser, H. ; Danzberger, N. ; Titzmann, A. ; Pontones, C.A. ; Goossens, C. ; Ziegler, P. ; Uhrig, S. ; Haeberle, L. ; Bleher, H. ; Kast, K. ; Kornhuber, J. ; Schoeffski, O. ; Braun, M. ; Fasching, P.A. ; Beckmann, M.W. ; Eskofier, B.M. ; Huebner, H.

Adherence to digital pregnancy care - lessons learned from the SMART start feasibility study.
Nat. Struct. Mol. Biol. 32, 2128-2129 (2025)

Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Noll, C. ; Schorpp, K.K. ; Rothenaigner, I. ; Ruiz-Morales, E.R. ; Lubatti, G. ; Agami, A. ; Hadian, K. ; Scialdone, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Addendum: Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development.
Microorganisms 13, 2379 - 2379 (2025)

Javanmardi, J. ; Schemmerer, M. ; Wallrafen-Sam, K. ; Neusser, J. ; Rubio‐Acero, R. ; Hoelscher, M. ; Kletke, T. ; Boehm, B.O. ; Schneider, M. ; Waldeck, E. ; Hoch, M. ; Böhmer, M.M. ; Geldmacher, C. ; Hasenauer, J. ; Wenzel, J.J. ; Wieser, A.

Continuous circulation of hepatitis E and A viruses during COVID-19 pandemic lockdowns in Munich, Germany—experience from three years of wastewater surveillance.
J. Invest. Dermatol. 145, 1921-1929.e13 (2025)

Kurzen, N. ; Mubarak, M. ; Eigemann, J. ; Seiringer, P. ; Wasserer, S. ; Hillig, C. ; Menden, M.P. ; Biedermann, T. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, K. ; Jargosch, M. ; Eyerich, S. ; Lauffer, F.

Death-associated protein kinase 1 dampens keratinocyte necroptosis and expression of genes in lichen planus.
Z. Gastroenterol. 63, e452 - e452 (2025)

Neckermann, L. ; Erdösi, P. ; Zhang, L. ; Assum, I. ; Dropmann, A. ; Alaoua, S. ; Büttner, M. ; Lin, T. ; Gerstner, M. ; Ebert, M.P. ; Bantel, H. ; Dooley, S. ; Kluth, A. ; Menden, M.P. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Hammad, S.

Preclinical evaluation of human ABCB5+ skin-derived stem cells reveals regenerative mechanisms and prognostic markers in a novel ACLF mouse model.

Erdmann, H. ; Schaub, A. ; Lucas, M.C. ; Scholz, V. ; Benet-Pages, A. ; Becker, K. ; Dineiger, C. ; Mayer, V. ; van Buren, I. ; Breithausen, E. ; Akbari, K. ; Cordts, I. ; Sauer, M. ; Schneider, C. ; Krakowsky, R. ; Schnabel, F. ; Dunker, K. ; Fabritius, L. ; Gerb, J. ; Grabova, D. ; Möhwald, K. ; Näher, M. ; Steinmetz, K. ; Thiessen, F. ; Jäck, A. ; Schneider-Gold, C. ; Zittel, S. ; Petersen, C. ; Schreyer, I. ; Mämecke, L. ; Wilfling, S. ; Wunderlich, G. ; Brenner, D. ; Hellenbroich, Y. ; Muhle, K. ; Huchtemann, T. ; Claus, I. ; Klopstock, T. ; Strupp, M. ; Levin, J. ; Höglinger, G. ; Huppert, D. ; Becker-Bense, S. ; Filippopulos, F. ; Kilpert, F. ; Leitão, E. ; Kaya, S. ; Depienne, C. ; Schöberl, F. ; Neuhann, T. ; Holinski-Feder, E. ; Zwergal, A. ; Abicht, A.

Repeat-associated ataxias in a German patient cohort analysed by targeted parallel long-read sequencing.
Nat. Genet. 57, 2079–2082 (2025)

Fatumo, S. ; Ojewunmi, O. ; Camenzuli, R. ; Kintu, C. ; Kamiza, A.B. ; Brandenburg, J.T. ; Kalungi, A. ; Kalyesubula, R. ; Salako, B. ; Nash, O. ; Crampin, A. ; Adeyemo, A. ; Nyirenda, M. ; Ramsay, M. ; Fabian, J. ; Langenberg, C. ; Köttgen, A. ; Robinson-Cohen, C. ; Franceschini, N. ; Nitsch, D. ; Tomlinson, L. ; KidneyGenAfrica Consortium (Zeggini, E.) ; Mulder, N. ; Pattaro, C. ; Rotimi, C. ; Morris, A.P. ; Brandenburg, J.T.

KidneyGenAfrica, a pan-African partnership to deliver research and training excellence in genomics of kidney disease.
Mol. Psychiatry, DOI: 10.1038/s41380-025-03264-x (2025)

Lu, Z.A. ; Ploner, A. ; Birgegård, A. ; Eating Disorders Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium (Zeggini, E. ; Wichmann, H.-E. ; Southam, L. ; Hatzikotoulas, K.) ; Landén, M. ; Bulik, C.M. ; Bergen, S.E.

Leveraging transdiagnostic genetic liability to psychiatric disorders to dissect clinical outcomes of anorexia nervosa.

Freimann, K. ; Brümmer, A. ; Warmerdam, R. ; Rupall, T.S. ; Hernández-Ledesma, A.L. ; Chiou, J. ; Holzinger, E.R. ; Maranville, J.C. ; Nakić, N. ; Ongen, H. ; Stefanucci, L. ; Turchin, M.C. ; Franke, L. ; Võsa, U. ; Jones, C.P. ; Medina-Rivera, A. ; Trynka, G. ; Kisand, K. ; Bergmann, S. ; PRECISESADS Clinical Consortium (Farzeen, A.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Prokisch, H.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Gieger, C.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Peters, A.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Stumvoll, M.)

Trans-eQTL mapping prioritises USP18 as a negative regulator of interferon response at a lupus risk locus.

Diosdi, A. ; Toth, T. ; Harmati, M. ; Istvan, G. ; Schrettner, B. ; Hapek, N. ; Kovács, F. ; Kriston, A. ; Buzas, K. ; Pampaloni, F. ; Piccinini, F. ; Horvath, P.

HCS-3DX, a next-generation AI-driven automated 3D-oid high-content screening system.
Nat. Genet. 57, 2589-2602 (2025)

Tomaz da Silva, P. ; Karollus, A. ; Hingerl, J. ; Galindez, G.S.T. ; Wagner, N. ; Hernandez-Alias, X. ; Incarnato, D. ; Gagneur, J.

Nucleotide dependency analysis of genomic language models detects functional elements.

Arruda, A.L. ; Bocher, O. ; Taylor, H.J. ; Cammann, D. ; Yoshiji, S. ; Yin, X. ; Zhao, C. ; Chen, J. ; Wood, A.C. ; Suzuki, K. ; Mercader, J.M. ; Spracklen, C.N. ; Meigs, J.B. ; Vujkovic, M.R. ; Smith, G.D. ; Rotter, J.I. ; Voight, B.F. ; Morris, A.P. ; Zeggini, E.

The effect of type 2 diabetes genetic predisposition on non-cardiovascular comorbidities.
Computational Brain & Behavior, DOI: 10.1007/s42113-025-00255-7 (2025)

Haridi, S. ; Schulz, E. ; Thalmann, M.

Context size and set size effects: The relevance of specific cues when searching long-term memory.
Technologies 13, 350 - 350 (2025)

Salehi, F. ; Zarifi, S.H. ; Bayat, S. ; Habibpour, M. ; Asemanrafat, A. ; Kleyer, A. ; Schett, G. ; Fritsch‐Stork, R. ; Eskofier, B.M.

Predicting disease activity score in rheumatoid arthritis patients treated with biologic disease-modifying antirheumatic drugs using machine learning models.
Genome Biol. 26:255 (2025)

Kang, S. ; Borgsmüller, N. ; Valecha, M. ; Markowska, M. ; Kuipers, J. ; Beerenwinkel, N. ; Posada, D. ; Szczurek, E.

DelSIEVE: Cell phylogeny modeling of single nucleotide variants and deletions from single-cell DNA sequencing data.
Int. J. Neuropsychopharmacol. 28, ii55 - ii56 (2025)

Fabila, N. ; Manaph, N.P.A. ; Rudkowsky, V. ; Sketriené, D. ; Li, Y. ; Anversa, R.G. ; Walker, L.C. ; Reichelt, A.C. ; Foldi, C.J. ; Menden, M.P. ; Brown, R.M.

694. Investigating the potential of psilocybin for compulsive eating in a rat model of binge eating.
Science 390:eadr8785 (2025)

Furtwangler, B. ; Uresin, N. ; Richter, S. ; Schuster, M.B. ; Barmpouri, D. ; Holze, H. ; Wenzel, A. ; Grønbæk, K. ; Theilgaard-Mönch, K. ; Theis, F.J. ; Schoof, E.M. ; Porse, B.T.

Mapping early human blood cell differentiation using single-cell proteomics and transcriptomics.
Mol. Psychiatry, DOI: 10.1038/s41380-025-03170-2 (2025)

Eising, E. ; Dzinovic, I. ; Vino, A. ; Stipdonk, L. ; Pavlov, M. ; Winkelmann, J. ; Sommer, M. ; Franken, M.J.P. ; Oexle, K. ; Fisher, S.E.

De novo protein-coding gene variants in developmental stuttering.
Iran. J. Basic Med. Sci. 28, 1328-1334 (2025)

Jamali, F. ; Shariati, M. ; Farzadfard, M. ; Winkelmann, J. ; Foroughipour, M. ; Kahaei, M.S. ; Sadr-Nabavi, A. ; Zech, M.

Calpain 7 as a novel candidate gene in genetic generalized epilepsy.
Int. J. Comput. Vis., DOI: 10.1007/s11263-025-02543-y (2025)

Panda, M.P. ; Tiezzi, M. ; Vilas, M. ; Roig, G. ; Eskofier, B.M. ; Zanca, D.

FovEx: Human-inspired explanations for vision transformers and convolutional neural networks.
GigaScience 14:giaf075 (2025)

Tucholski, T. ; Maennel, A. ; Njipouombe Nsangou, Y.A. ; Schuchardt, S. ; Gruber, M. ; Kellermeier, F. ; Dettmer, K. ; Oefner, P.J. ; Gronwald, W. ; Altenbuchinger, M. ; Dönitz, J. ; Zacharias, H.U.

MetaboSERV-a platform for selecting, exchanging, and visualizing metabolomics data with controlled data access.

Makarov, N. ; Bordukova, M. ; Quengdaeng, P ; Garger, D. ; Rodriguez-Esteban, R. ; Schmich, F. ; Menden, M.P.

Large language models forecast patient health trajectories enabling digital twins.
Sci. Adv. 11:eadu7319 (2025)

Berger, C. ; Kim, M. ; Platz, L.I. ; Eigenberger, A. ; Prantl, L. ; Liu, P. ; Gujrati, V. ; Ntziachristos, V. ; Jüstel, D. ; Pleitez, M.A.

Bayesian reconstruction of rapidly scanned mid-infrared optoacoustic signals enables fast, label-free chemical microscopy.
Genet. Epidemiol. 49:e70016 (2025)

Singh, A. ; Southam, L. ; Hatzikotoulas, K. ; Rayner, N.W. ; Suzuki, K. ; Taylor, H.J. ; Yin, X. ; Mandla, R. ; Huerta-Chagoya, A. ; Morris, A.P. ; Zeggini, E. ; Bocher, O.

Correcting for genomic inflation leads to loss of power in large-scale Genome-wide association study meta-analysis.
Nat. Biotechnol. 43, 1035-1040 (2025)

Luecken, M. ; Gigante, S. ; Burkhardt, D.B. ; Cannoodt, R. ; Strobl, D.C. ; Markov, N.S. ; Zappia, L. ; Palla, G. ; Lewis, W. ; Dimitrov, D. ; Vinyard, M.E. ; Magruder, D.S. ; Müller, M. ; Andersson, A. ; Dann, E. ; Qin, Q. ; Otto, D.J. ; Klein, M. ; Botvinnik, O.B. ; Deconinck, L. ; Waldrant, K. ; Yasa, S.N. ; Szałata, A. ; Benz, A. ; Li, Z. ; Bloom, J.M. ; Pisco, A.O. ; Saez-Rodriguez, J. ; Wulsin, D. ; Pinello, L. ; Saeys, Y. ; Theis, F.J. ; Krishnaswamy, S.

Defining and benchmarking open problems in single-cell analysis.

Brücke, C. ; Al-Azzani, M. ; Ramalingam, N. ; Ramón, M. ; Sousa, R.L. ; Buratti, F. ; Zech, M. ; Sicking, K. ; Amaral, L.A. ; Gelpi, E. ; Chandran, A. ; Agarwal, A. ; Chaves, S.R. ; Fernández, C.O. ; Dettmer, U. ; Lautenschläger, J. ; Zweckstetter, M. ; Busnadiego, R.F. ; Zimprich, A. ; Outeiro, T.F.

A novel alpha-synuclein G14R missense variant is associated with atypical neuropathological features.
Science 389:eadk3079 (2025)

Di Fraia, D. ; Marino, A. ; Lee, J.H. ; Kelmer Sacramento, E. ; Baumgart, M. ; Bagnoli, S. ; Balla, T. ; Schalk, F. ; Kamrad, S. ; Guan, R. ; Caterino, C. ; Giannuzzi, C. ; Tomaz da Silva, P. ; Sahu, A.K. ; Gut, H. ; Siano, G. ; Tiessen, M. ; Terzibasi-Tozzini, E. ; Fornasiero, E.F. ; Gagneur, J. ; Englert, C. ; Patil, K.R. ; Correia-Melo, C. ; Nedialkova, D.D. ; Frydman, J. ; Cellerino, A. ; Ori, A.

Altered translation elongation contributes to key hallmarks of aging in the killifish brain.
Hum. Genet., DOI: 10.1007/s00439-025-02761-x (2025)

Foco, L. ; De Bortoli, M. ; Del Greco M, F. ; Frommelt, L.S. ; Volani, C. ; Riekschnitz, D.A. ; Motta, B.M. ; Fuchsberger, C. ; Delerue, T. ; Völker, U. ; Huan, T. ; Gögele, M. ; Winkelmann, J. ; Dörr, M. ; Levy, D. ; Waldenberger, M. ; Teumer, A. ; Pramstaller, P.P. ; Rossini, A. ; Pattaro, C.

Genomic and molecular evidence that the LncRNA DSP-AS1 modulates desmoplakin expression.
Med. Genet. 37, 179-187 (2025)

Krey-Grauert, I. ; Ferro, I.F. ; Wagner, M.

Antisense oligonucleotide therapies for monogenic disorders.

Dasdelen, M.F. ; Dasdelen, Z.B. ; Almas, F. ; Cokkececi, B. ; Laguna, P. ; Rosette, J.d.l. ; Koçak, M.

Exploring the association between urinary incontinence and depression based on a series of large-scale national health studies in Türkiye.
Genome Biol. 26:216 (2025)

Bakhtiari, M. ; Bonn, S. ; Theis, F.J. ; Zolotareva, O. ; Baumbach, J.

FedscGen: Privacy-preserving federated batch effect correction of single-cell RNA sequencing data.
J. Hum. Genet., DOI: 10.1038/s10038-025-01356-8 (2025)

Nakamura, K. ; Kishita, Y. ; Imai-Okazaki, A. ; Omata, T. ; Nodera, M. ; Yatsuka, Y. ; Sugiura, A. ; Matsumoto, N. ; Prokisch, H. ; Matsumoto, H. ; Ohtake, A. ; Murayama, K. ; Okazaki, Y.

Identification of a pathogenic RNU4-2 variant in patients with mitochondrial disease: Broadening the spectrum of non-coding RNA gene variants in mitochondrial dysfunction.
PLoS Biol. 23:e3003260 (2025)

Binsfeld, C. ; Olayo-Alarcon, R. ; Pérez Jiménez, L. ; Wartel, M. ; Stadler, M. ; Mateus, A. ; Müller, C.L. ; Brochado, A.R.

Systematic screen uncovers regulator contributions to chemical cues in Escherichia coli.
Nat. Med. 31, 3151–3168 (2025)

Smit, R.A.J. ; Wade, K.H. ; Hui, Q. ; Arias, J.D. ; Yin, X. ; Christiansen, M.R. ; Yengo, L. ; Preuss, M.H. ; Nakabuye, M. ; Rocheleau, G. ; Graham, S.E. ; Buchanan, V.L. ; Sakaue, S. ; Vedantam, S. ; Wilson, E.P. ; Chen, S.H. ; Ferreira, T. ; Lüll, K. ; Akiyama, M. ; Allison, M.A. ; Alvarez, M. ; Andersen, M.K. ; Cañadas-Garre, M. ; Chai, J.F. ; Chesi, A. ; Choi, S.H. ; Christofidou, P. ; Delgado, G.E. ; Delitala, A. ; Deng, X. ; Eichelmann, F. ; Faul, J.D. ; Fernandez-Lopez, J.C. ; Guo, X. ; Gustafsson, S. ; Haworth, S.J. ; Heard-Costa, N. ; Hemerich, D. ; Highland, H.M. ; Katsuya, T. ; Kawaguchi, T. ; Leonard, H.L. ; Li, H. ; Liang, J. ; Lin, H. ; Lin, K. ; Lorés-Motta, L. ; Lyytikäinen, L.P. ; Malik, M.Z. ; Mattheisen, M. ; Melendez, T.L. ; Milaneschi, Y. ; Mononen, N. ; Mucha, S. ; Mykkänen, J. ; Nho, C.W. ; Nielsen, A.A. ; Ntalla, I. ; Pauper, M. ; Petersen, E.R.B. ; Petersen, L.V. ; Raffield, L.M. ; Rasheed, A. ; Rayner, N.W. ; Ruggiero, D. ; Shin, J.H. ; Sidore, C. ; Sim, X. ; Smith, J.A. ; Smyth, L.J. ; Southam, L. ; Tayo, B.O. ; Tesolin, P. ; Trompet, S. ; van Klinken, J.B. ; van Setten, J. ; Wang, C.A. ; Wang, Z. ; Wielscher, M. ; Zhou, W. ; Asselbergs, F.W. ; Åsvold, B.O. ; Bennett, D.A. ; Borja, J.B. ; Brandslund, I. ; Brumpton, B. ; Chandak, G.R. ; Chanock, S.J. ; Chaturvedi, N. ; Chen, Z. ; Cole, J.W. ; Dedoussis, G.V. ; den Hollander, A.I. ; Evans, M.K. ; Ferrucci, L. ; Fornage, M. ; Gieger, C. ; González-Villalpando, C. ; Gordon-Larsen, P. ; Grallert, H. ; Griffiths, L. ; Hansen, T. ; Hartman, C.A. ; Hattersley, A.T. ; Huang, W. ; Huffman, J.E. ; Ichihara, S. ; Ikram, M.A. ; Jöckel, K.H. ; Kardia, S.L.R. ; Karpe, F. ; Kiemeney, L.A.L.M. ; Kirchhof, P. ; Kraaijeveld, A.O. ; Kumari, M. ; Laakso, M. ; Lee, N.R. ; Lehtimäki, T. ; London, B. ; Lubitz, S.A. ; Mitchell, B.D. ; Mitchell, P. ; Nalls, M.A. ; Newton-Cheh, C. ; Niinikoski, H. ; Nikus, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Parra, E.J. ; Pennell, C.E. ; Peters, A. ; Province, M.A. ; Fatumo, S. ; McCaffery, J.M. ; Timpson, N.J. ; Zeggini, E. ; Hirschhorn, J.N. ; Sun, Y.V. ; Berndt, S.I. ; Loos, R.J.F.

Polygenic prediction of body mass index and obesity through the life course and across ancestries.

Maushagen, J. ; Nattenmüller, J. ; von Krüchten, R. ; Thorand, B. ; Peters, A. ; Rathmann, W. ; Adamski, J. ; Schlett, C.L. ; Bamberg, F. ; Wang-Sattler, R. ; Rospleszcz, S.

Serum metabolites characterize hepatic phenotypes and reveal shared pathways: results from population-based imaging.
Bioinformatics 41, i314-i322 (2025)

Ouologuem, S. ; Martens, L.D. ; Schaar, A. ; Shulman, M. ; Gagneur, J. ; Theis, F.J.

Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data.
Nat. Bio. Eng., DOI: 10.1038/s41551-025-01443-3 (2025)

Gasparin, F. ; Tietje, M.R. ; Katab, E. ; Nurdinova, A. ; Yuan, T. ; Chmyrov, A. ; Uluc, N. ; Jüstel, D. ; Bassermann, F. ; Ntziachristos, V. ; Pleitez, M.A.

Label-free protein-structure-sensitive live-cell microscopy for patient-specific assessment of myeloma therapy.
Trends Immunol. 46, 614-623 (2025)

Li, X. ; Rothämel, P. ; Nussbaum, C. ; Sperandio, M. ; Scheiermann, C.

Development of a circadian immune system.
2025 in
In: (13th International Conference on Learning Representations Iclr 2025, 24 - 28 April 2025, Singapur). 2025. 4972-4997

Demircan, C. ; Saanum, T. ; Jagadish, A.K. ; Binz, M. ; Schulz, E.

Sparse autoencoders reveal temporal difference learning in large language models.
Cell Genom. 5:100946 (2025)

Drost, F. ; Chernysheva, A. ; Albahah, M. ; Kocher, K. ; Schober, K. ; Schubert, B.

Benchmarking of T cell receptor-epitope predictors with ePytope-TCR.

Beumer, N. ; Imbusch, C.D. ; Kaufmann, T. ; Schmidleithner, L. ; Gütter, K. ; Stüve, P. ; Marchel, H. ; Weichenhan, D. ; Bähr, M. ; Ruhland, B. ; Marini, F. ; Sanderink, L. ; Ritter, U. ; Simon, M. ; Braband, K.L. ; Voss, M.M. ; Helbich, S.S. ; Mihoc, D.M. ; Hotz-Wagenblatt, A. ; Nassabi, H. ; Eigenberger, A. ; Prantl, L. ; Gebhard, C. ; Rehli, M. ; Strieder, N. ; Singh, K. ; Schmidl, C. ; Plass, C. ; Huehn, J. ; Hehlgans, T. ; Polansky, J.K. ; Brors, B. ; Delacher, M. ; Feuerer, M.

DNA hypomethylation traits define human regulatory T cells in cutaneous tissue and identify their blood recirculating counterparts.

Schmieder, R.S. ; Krefting, J. ; Ates, S. ; Schlieben, L.D. ; Arens, S. ; Kordonouri, O. ; Sander, M. ; Holdenrieder, S. ; Mall, V. ; Meitinger, T. ; von Scheidt, M. ; Koenig, W. ; Leipold, G. ; Prokisch, H. ; Schunkert, H. ; Sanin, V.

Clinical scores fail to sufficiently identify children with Familial Hypercholesterolemia.
2025 in
In: (13th International Conference on Learning Representations Iclr 2025, 24 - 28 April 2025, Singapur). 2025. 8375-8411

Kipnis, A. ; Voudouris, K. ; Schulze Buschoff, L.M. ; Schulz, E.

Metabench a sparse benchmark of reasoning and knowledge in large language models.
2025 in
In: (13th International Conference on Learning Representations Iclr 2025, 24 - 28 April 2025, Singapur). 2025. 95534-95557

Wu, S. ; Thalmann, M. ; Dayan, P. ; Akata, Z. ; Schulz, E.

Building, reusing, and generalizing abstract representations from concrete sequences.
2025 in
In: (13th International Conference on Learning Representations Iclr 2025, 24 - 28 April 2025, Singapur). 2025. 94750-94779

Ballester, R. ; Röell, E. ; Schmid, D.B. ; Alain, M. ; Casacuberta, C. ; Escalera, S. ; Rieck, B.

Mantra: The manifold triangulations assemblage.
2025 in
In: (13th International Conference on Learning Representations Iclr 2025, 24 - 28 April 2025, Singapur). 2025. 46012-46037

Lim, H. ; Choi, J. ; Choo, J. ; Schneider, S.

Sparse autoencoders reveal selective remapping of visual concepts during adaptation.
2025 in
In: (Proceedings on Privacy Enhancing Technologies). 2025. 236 - 274 ( ; 2025)

Raab, R. ; Bohr, A. ; Klede, K. ; Gmeiner, B. ; Eskofier, B.M.

Estimating Group Means Under Local Differential Privacy.

Osuala, R. ; Joshi, S. ; Tsirikoglou, A. ; Garrucho, L. ; Pinaya, W.H.L. ; Lang, D. ; Schnabel, J.A. ; Diaz, O. ; Lekadir, K.

Simulating dynamic tumor contrast enhancement in breast MRI using conditional generative adversarial networks.
Ann. Neurol., DOI: 10.1002/ana.27272 (2025)

Brooker, S.M. ; Novelli, M. ; Coukos, R. ; Prakash, N. ; Kamel, W.A. ; Amengual-Gual, M. ; Anheim, M. ; Barcia, G. ; Bardakjian, T.M. ; Baur, F. ; Berweck, S. ; Bölsterli, B.K. ; Brugger, M. ; Cassini, T. ; Chatron, N. ; Corner, B. ; Dafsari, H.S. ; de Sainte Agathe, J.M. ; Ellis, C.A. ; Ezell, K.M. ; Foucard, C. ; Frucht, S.J. ; Garcia, M.C. ; Gill, D. ; Guimier, A. ; Hamid, R. ; Heine-Suner, D. ; Herkenrath, P. ; Hully, M. ; Isaias, I.U. ; Januel, L. ; Laurencin, C. ; Laut, T. ; Lavillaureix, A. ; Lesca, G. ; Lesieur-Sebellin, M. ; Magistrelli, L. ; Marelli, C. ; Mefford, H.C. ; Mendelsohn, B.A. ; Mercimek-Andrews, S. ; Miller, C.A. ; Mohammad, S.S. ; Morgante, F. ; Nandipati, S. ; Opladen, T. ; Padmanaban, M. ; Pauni, M. ; Pezzoli, G. ; Piton, A. ; Ramond, F. ; Riboldi, G.M. ; Rougeot-Jung, C. ; Santos-Simarro, F. ; Scheffer, I.E. ; Serari, N. ; Stahl, C.M. ; Kung, A.S. ; Tarongí Sanchez, S. ; Thauvin-Robinet, C. ; Till, M. ; Tranchant, C. ; Troedson, C. ; Tropea, T.F. ; Vanakker, O. ; Vega, P. ; Wiese, M.L. ; Wieshmann, U.C. ; Williams, L.J. ; Wirth, T. ; Zech, M. ; Zempel, H. ; Roze, E. ; Leuzzi, V. ; Galosi, S. ; Fung, V.S.C. ; Carvill, G.L. ; Krainc, D. ; Gérard, E. ; Mencacci, N.E.

The spectrum of neurologic phenotypes associated with NUS1 pathogenic variants: A comprehensive case series.

He, M. ; Ding, M. ; Chocholoušková, M. ; Chin, C.F. ; Engvall, M. ; Malmgren, H. ; Wagner, M. ; Lauffer, M.C. ; Heisinger, J. ; Malicdan, M.C.V. ; Allamand, V. ; Durbeej, M. ; Delgado-Vega, A.M. ; Sejersen, T. ; Nordgren, A. ; Torta, F. ; Silver, D.L.

SPNS1 variants cause multi-organ disease and implicate lysophospholipid transport as critical for mTOR-regulated lipid homeostasis.
J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr., DOI: 10.1002/jpn3.70149 (2025)

Lenz, D. ; Abdulaziz, M. ; Peters, B. ; Wagner, M. ; Schlieben, L.D. ; Corman, V.M. ; Baumann, U. ; Bufler, P. ; Dattner, T. ; Ganschow, R. ; Genzel, K. ; Hammann, N. ; Hartleif, S. ; Hegen, B. ; Henning, S. ; Hoerning, A. ; Jankofsky, M. ; Junge, N. ; Kathemann, S. ; Knoppke, B. ; Kohl-Sobania, M. ; Laass, M.W. ; Lainka, E. ; Lurz, E. ; Melter, M. ; Müller, H. ; Pilic, D. ; Ries, M. ; Schiefele, L. ; Schwerd, T. ; Sturm, E. ; Wegner, M. ; Urschitz, M.S. ; Garbade, S.F. ; Wenning, D. ; Drosten, C. ; Fichtner, A. ; Kölker, S. ; Hoffmann, G.F. ; Prokisch, H. ; Staufner, C.

Paediatric acute liver failure: A prospective, nationwide, population-based surveillance study in Germany.

Turiello, R. ; Ng, S.S. ; Tan, E. ; van der Voort, G. ; Salim, N. ; Yong, M.C.R. ; Khassenova, M. ; Oldenburg, J. ; Rühl, H. ; Hasenauer, J. ; Surace, L. ; Toma, M. ; Bald, T. ; Hölzel, M. ; Corvino, D.

NKG7 is a stable marker of cytotoxicity across immune contexts and within the tumor microenvironment.
Mov. Disord. Clin. Pract., DOI: 10.1002/mdc3.70150 (2025)

Khosravi, S. ; Shoeibi, A. ; Sadr-Nabavi, A. ; Shariati, M. ; Zech, M. ; Winkelmann, J. ; Lang, A.E. ; Rohani, M.

AOPEP-related dystonia with supranuclear vertical gaze palsy.

Krygier, M. ; Zech, M. ; Chylińska, M. ; Świętoń, D. ; Zawadzka, M. ; Pollak, A. ; Kostrzewa, G. ; Mazurkiewicz-Bełdzińska, M. ; Płoski, R.

The attenuated phenotype of CNTNAP1-related neuropathy mimics spastic-dystonic cerebral palsy.
Ann. Neurol., DOI: 10.1002/ana.27290 (2025)

Svorenova, T. ; Romito, L.M. ; Kaymak, A. ; Mulroy, E. ; Cif, L. ; Moro, E. ; Zeuner, K.E. ; Zittel, S. ; Petry-Schmelzer, J.N. ; Gruber, D. ; Centen, L. ; Albanese, A. ; Ostrozovičová, M. ; Han, V. ; Magocova, V. ; Knorovsky, K. ; Kollova, A. ; Garavaglia, B. ; Golfrè-Andreasi, N. ; Reale, C. ; Mazzoni, A. ; Zorzi, G. ; Eleopra, R. ; Levi, V. ; Foltynie, T. ; Limousin, P. ; Akram, H. ; Zrinzo, L. ; Magrinelli, F. ; Murphy, D. ; Houlden, H. ; Kurian, M.A. ; Baiata, C. ; Paschen, S.A. ; Lohmann, K. ; Volkmann, J. ; Hamel, W. ; Barbe, M.T. ; van Egmond, M.E. ; Tijssen, M.A. ; Ambro, L. ; Jurkova, V. ; Jech, R. ; Havránková, P. ; Winkelmann, J. ; Zech, M. ; Škorvánek, M.

Deep brain stimulation for VPS16-related dystonia: A multicenter study.

Kurz, C. ; Merzhevich, T. ; Eskofier, B.M. ; Kather, J.N. ; Gmeiner, B.

Benchmarking vision-language models for diagnostics in emergency and critical care settings.
In: (Artificial Intelligence in Medicine). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 267-271 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15735 LNAI)

Merzhevich, T. ; Tanzanakis, A. ; Salin, E. ; Quiering, C. ; Kurz, C. ; Gmeiner, B. ; Eskofier, B.M.

Machine Learning Predictions of Overall and Progression-Free Survival in Advanced Breast Cancer.
Nature 644, 1002-1009 (2025)

Binz, M. ; Akata, E. ; Bethge, M. ; Brändle, F. ; Callaway, F. ; Coda-Forno, J. ; Dayan, P. ; Demircan, C. ; Eckstein, M.K. ; Éltető, N. ; Griffiths, T.L. ; Haridi, S. ; Jagadish, A.K. ; Ji-An, L. ; Kipnis, A. ; Kumar, S. ; Ludwig, T. ; Mathony. M. ; Mattar, M. ; Modirshanechi, A. ; Nath, S.S. ; Peterson, J.C. ; Rmus, M. ; Russek, E.M. ; Saanum, T. ; Schubert, J.A. ; Schulze Buschoff, L.M. ; Singhi, N. ; Sui, X. ; Thalmann, M. ; Theis, F.J. ; Truong, V. ; Udandarao, V. ; Voudouris, K. ; Wilson, R. ; Witte, K. ; Wu, S. ; Wulff, D.U. ; Xiong, H. ; Schulz, E.

A foundation model to predict and capture human cognition.
Cardiovasc. Diabetol. 24:252 (2025)

Lai, L. ; Juntilla, D.L. ; Gomez Alonso, M.D.C. ; Grallert, H. ; Thorand, B. ; Farzeen, A. ; Rathmann, W. ; Winkelmann, J. ; Prokisch, H. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Correction: Longitudinal association between DNA methylation and type 2 diabetes: Findings from the KORA F4/FF4 study.
Transl. Psychiatry 15:230 (2025)

Federmann, L.M. ; Sindermann, L. ; Primus, S.A. ; Raimondo, F. ; Oexle, K. ; Goltermann, J. ; Winkelmann, J. ; Nöthen, M.M. ; Amunts, K. ; Mühleisen, T.W. ; Cichon, S. ; Eickhoff, S.B. ; Hoffstaedter, F. ; Dannlowski, U. ; Patil, K.R. ; Forstner, A.J.

Neurobiological correlates of schizophrenia-specific and highly pleiotropic genetic risk scores for neuropsychiatric disorders.
Psychoneuroendocrinology 179:107528 (2025)

Abel, L. ; Richer, R. ; Burkhardt, F. ; Kurz, M. ; Ringgold, V. ; Schindler-Gmelch, L. ; Eskofier, B.M. ; Rohleder, N.

Body movements as biomarkers: Machine Learning-based prediction of HPA axis reactivity to stress.
Pancreatol. 25, 718-727 (2025)

Schmidt, A.W. ; Demidov, G. ; Krannich, F. ; Heinig, M. ; Ossowski, S. ; Witt, H. ; Rosendahl, J. ; Laumen, H.

Genome-wide discovery of enhancer - promoter interactions in the human pancreas using an improved Activity-By-Contact-based model.
EBioMedicine 118:105826 (2025)

Wang, T. ; Arnold, M. ; Huynh, K. ; Weinisch, P. ; Giles, C. ; Mellett, N.A. ; Duong, T. ; Marella, B. ; Nho, K. ; De Livera, A. ; Han, X. ; Blach, C. ; Yu, C. ; McNeil, J.J. ; Lacaze, P. ; Saykin, A.J. ; Kastenmüller, G. ; Meikle, P.J. ; Kaddurah-Daouk, R.

Trajectory of plasma lipidome associated with the risk of late-onset Alzheimer's disease: A longitudinal cohort study.
Cancer Cell 43, 1495-1511.e7 (2025)

Schweizer, L. ; Kenny, H.A. ; Krishnan, R. ; Kelliher, L. ; Bilecz, A.J. ; Heide, J. ; Donle, L. ; Shimizu, A. ; Metousis, A. ; Mendoza, R. ; Nordmann, T.M. ; Rauch, S. ; Richter, S. ; Li, Y. ; Rosenberger, F.A. ; Strauss, M.T. ; Kurnit, K.C. ; Thielert, M. ; Rodriguez, E. ; Müller-Reif, J.B. ; Yamada, S.D. ; Theis, F.J. ; Mund, A. ; Lastra, R.R. ; Mann, M. ; Lengyel, E.

Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression.
Rheumatology 64, 5673-5680 (2025)

Chen, S. ; Zhang, Y. ; Fan, T. ; Zeng, M. ; Yang, Q. ; Yang, H. ; Fang, X. ; Jin, X. ; Cao, P. ; Wang, Z. ; Hunter, D.J. ; Zhou, Y. ; Ding, C. ; Zhu, Z.

Associations of healthy lifestyle and genetic susceptibility with risks of osteoarthritis: A prospective cohort study.
Int. J. Gynecol. Obstet., DOI: 10.1002/ijgo.70251 (2025)

Meyer, B. ; Kfuri-Rubens, R. ; Schmidt, G. ; Tariq, M. ; Riedel, C. ; Recker, F. ; Riedel, F. ; Kiechle, M. ; Riedel, M.J.

Exploring the potential of AI-powered applications for clinical decision-making in gynecologic oncology.

Antonicka, H. ; Weraarpachai, W. ; Szigety, K.M. ; Kopajtich, R. ; Gibson, J.B. ; van Hove, J.L.K. ; Friederich, M.W. ; Lopriore, P. ; Neuhofer, C. ; Van Hove, R.A. ; Cole, M.A. ; Reisdorph, R. ; Peterson, J.T. ; Dempsey, K.J. ; Ganetzky, R.D. ; Mancuso, M. ; Prokisch, H. ; Shoubridge, E.A.

Bi-allelic mutations in FASTKD5 are associated with cytochrome c oxidase deficiency and early- to late-onset Leigh syndrome.
Nat. Genet., DOI: 10.1038/s41588-025-02271-6 (2025)

Schmidt, A. ; Danyel, M. ; Grundmann, K. ; Brunet, T. ; Klinkhammer, H. ; Hsieh, T.C. ; Engels, H. ; Peters, S. ; Knaus, A. ; Moosa, S. ; Averdunk, L. ; Boschann, F. ; Sczakiel, H.L. ; Schwartzmann, S. ; Mensah, M.A. ; Pantel, J.T. ; Holtgrewe, M. ; Bösch, A. ; Weiß, C. ; Weinhold, N. ; Suter, A.A. ; Stoltenburg, C. ; Neugebauer, J. ; Kallinich, T. ; Kaindl, A.M. ; Holzhauer, S. ; Bührer, C. ; Bufler, P. ; Kornak, U. ; Ott, C.E. ; Schülke, M. ; Nguyen, H.H.P. ; Hoffjan, S. ; Grasemann, C. ; Rothoeft, T. ; Brinkmann, F. ; Matar, N. ; Sivalingam, S. ; Perne, C. ; Mangold, E. ; Kreiss, M. ; Cremer, K. ; Betz, R.C. ; Mücke, M.B. ; Grigull, L. ; Klockgether, T. ; Spier, I. ; Heimbach, A. ; Bender, T. ; Brand, F. ; Stieber, C. ; Morawiec, A.M. ; Karakostas, P. ; Schäfer, V.S. ; Bernsen, S. ; Weydt, P. ; Castro-Gomez, S. ; Aziz, A. ; Grobe-Einsler, M. ; Kimmich, O. ; Kobeleva, X. ; Önder, D. ; Lesmann, H. ; Kumar, S. ; Tacik, P. ; Bhasin, M.A. ; Incardona, P. ; Lee-Kirsch, M.A. ; Berner, R. ; Schuetz, C. ; Körholz, J. ; Kretschmer, T. ; di Donato, N. ; Schrock, E. ; Heinen, A. ; Reuner, U. ; Hanßke, A.M. ; Kaiser, F.J. ; Manka, E. ; Munteanu, M. ; Kuechler, A. ; Cordula, K. ; Hirtz, R. ; Schlapakow, E. ; Schlein, C. ; Lisfeld, J. ; Kubisch, C. ; Herget, T. ; Hempel, M. ; Weiler-Normann, C. ; Ullrich, K. ; Schramm, C. ; Rudolph, C. ; Rillig, F. ; Groffmann, M. ; Muntau, A.C. ; Tibelius, A. ; Schwaibold, E.M.C. ; Schaaf, C.P. ; Zawada, M. ; Kaufmann, L. ; Hinderhofer, K. ; Okun, P.M. ; Kotzaeridou, U. ; Hoffmann, G.F. ; Choukair, D. ; Bettendorf, M. ; Spielmann, M. ; Ripke, A. ; Pauly, M. ; Munchau, A. ; Lohmann, K. ; Hüning, I. ; Hanker, B. ; Bäumer, T. ; Herzog, R. ; Hellenbroich, Y. ; Westphal, D.S. ; Strom, T. ; Kovacs, R. ; Riedhammer, K.M. ; Mayerhanser, K. ; Graf, E. ; Brugger, M. ; Hoefele, J. ; Oexle, K. ; Mirza-Schreiber, N. ; Berutti, R. ; Schatz, U. ; Krenn, M. ; Makowski, C. ; Weigand, H. ; Schröder, S. ; Rohlfs, M. ; Vill, K. ; Hauck, F. ; Borggraefe, I. ; Müller-Felber, W. ; Kurth, I. ; Elbracht, M. ; Knopp, C. ; Begemann, M. ; Kraft, F. ; Lemke, J.R. ; Hentschel, J. ; Platzer, K. ; Strehlow, V. ; Abou Jamra, R. ; Kehrer, M. ; Demidov, G. ; Beck-Wödl, S. ; Graessner, H. ; Sturm, M. ; Zeltner, L. ; Schöls, L.J. ; Magg, J. ; Bevot, A. ; Kehrer, C. ; Kaiser, N. ; Turro, E. ; Horn, D. ; Grüters-Kieslich, A. ; Klein, C. ; Mundlos, S. ; Nöthen, M. ; Riess, O. ; Meitinger, T. ; Krude, H. ; Krawitz, P.M. ; Haack, T. ; Ehmke, N. ; Wagner, M.

Author Correction: Next-generation phenotyping integrated in a national framework for patients with ultrarare disorders improves genetic diagnostics and yields new molecular findings.
Magn. Reson. Mater. Phys. Biol. Med., DOI: 10.1007/s10334-025-01266-y (2025)

Marchetto, E. ; Eichhorn, H. ; Gallichan, D. ; Schnabel, J.A. ; Ganz, M.

Agreement of image quality metrics with radiological evaluation in the presence of motion artifacts.
J. Neurol. 272:466 (2025)

Oertel, W.H. ; Henrich, M.T. ; Bergquist, F. ; Janzen, A. ; Geibl, F.F. ; Strupp, M.

"How to save a marriage": Treatment of REM sleep behavior disorder (RBD) with acetyl-leucine in a patient with Parkinson's disease.
J. Immunother. Cancer 13:e011698 (2025)

Andreu-Sanz, D. ; Gregor, L. ; Carlini, E. ; Scarcella, D. ; Marr, C. ; Kobold, S.

Predictive value of preclinical models for CAR-T cell therapy clinical trials: A systematic review and meta-analysis.

Jacob, M. ; Kölbel, H. ; Harrer, P. ; Kopajtich, R. ; Munot, P. ; Achleitner, M.T. ; Badmann, S. ; Brugger, M. ; Brunet, T. ; Bonne, G. ; Codina, M. ; Ebner, L.J.A. ; Eshraghi, P. ; Eyring, K. ; Farhat, A.S. ; Feichtinger, R.G. ; Graf, E. ; Marcé-Grau, A. ; Hahn, A. ; Houlden, H. ; Karimiani, E.G. ; Manel, V. ; Mayerhanser, K. ; Nectoux, J. ; Nelson, I. ; Phadke, R. ; Prokisch, H. ; Sadeghian, S. ; Saparov, A. ; Schänzer, A. ; Schara-Schmidt, U. ; Schmidt, J. ; Schüler, R. ; Sewry, C. ; Shariati, G. ; Slanz, S. ; Smirnov, D. ; Sukenik-Halevy, R. ; Tajsharghi, H. ; Toosi, M.B. ; Trujillano, L. ; Weis, J. ; Wilson, L.C. ; Ben Yaou, R. ; Zamani, M. ; Zech, M. ; Zschüntzsch, J. ; Kornak, U. ; Goméz-Andrés, D. ; Maroofian, R. ; Winkelmann, J. ; Roos, A. ; Distelmaier, F. ; Mayr, J.A. ; Wagner, M.

Deciphering DST-associated disorders: Biallelic variants affecting DST-b cause a congenital myopathy.
Sci. Adv. 11:eadr1644 (2025)

Primus, S.A. ; Hoffstaedter, F. ; Raimondo, F. ; Eickhoff, S.B. ; Winkelmann, J. ; Oexle, K. ; Patil, K.R.

Beyond volume: Unraveling the genetics of human brain geometry.

Koch, V. ; Ibrahim, A. ; Winkler, J. ; Eskofier, B.M. ; Regensburger, M. ; Gassner, H.

Outcome measures of instrumented gait analysis in hereditary spastic paraplegia: A systematic review.
Nat. Protoc., DOI: 10.1038/s41596-025-01223-y (2025)

Blondeel, E. ; Ernst, S.W. ; De Vuyst, F. ; Diosdi, A. ; Pinheiro, C. ; Estêvão, D. ; Rappu, P. ; Boiy, R. ; Dedeyne, S. ; Craciun, L. ; Goossens, V. ; Dehairs, J. ; Cruz, T. ; Audenaert, D. ; Ceelen, W. ; Linnebacher, M. ; Boterberg, T. ; Vandesompele, J. ; Mestdagh, P. ; Swinnen, J. ; Heino, J. ; Horvath, P. ; Oliveira, M.J. ; Hendrix, A. ; Demetter, P. ; De Wever, O.

Author Correction: Sequential orthogonal assays for longitudinal and endpoint characterization of three-dimensional spheroids.
In: (Supervised and Semi-supervised Multi-structure Segmentation and Landmark Detection in Dental Data). 2025. 21-29 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15571 LNCS)

Daza, L. ; Schnabel, J.A.

DiENTeS: Dynamic ENTity segmentation with local-global transformers.

Jurkute, N. ; Brennenstuhl, H. ; Kustermann, M. ; van Haute, L. ; Mutti, C.D. ; Bugiardini, E. ; Handa, T. ; Shimura, M. ; Petzold, A. ; Acheson, J. ; Robson, A.G. ; Macken, W.L. ; Hanna, M.G. ; Pitceathly, R.D.S. ; Merve, A. ; Kotzaeridou, U. ; Kölker, S. ; Freilinger, M. ; Erdler, M. ; Bittner, R.E. ; Mayr, J.A. ; Okazaki, Y. ; Murayama, K. ; Prokisch, H. ; Webster, A.R. ; Minczuk, M. ; Arno, G. ; Pemp, B. ; Hoffmann, G.F. ; Schmidt, W.M. ; Yu-Wai-Man, P.

Biallelic NSUN3 variants cause diverse phenotypic spectrum disease: From isolated optic atrophy to severe early-onset mitochondrial disorder.
Acc. Chem. Res. 58, 1831−1846 (2025)

Szymczak, P. ; Zarzecki, W. ; Wang, J. ; Duan, Y. ; Coelho, L.P. ; de la Fuente-Nunez, C. ; Szczurek, E.

AI-driven antimicrobial peptide discovery: Mining and generation.

Peters, B. ; Schlieben, L.D. ; Brennenstuhl, H. ; Arikan, C. ; Bedoyan, S.M. ; Bulut, F.D. ; Crushell, E. ; Dionisi-Vici, C. ; Drab, A. ; Fichtner, A. ; Garcia, A.G. ; Fry, D. ; Garbade, S.F. ; Hammann, N. ; Hadzic, N. ; Hegarty, R. ; Jørgensen, M.H. ; Laaß, M. ; Lainka, E. ; Leghlam, L. ; Lurz, E. ; Mungan, H.N. ; Pietrobattista, A. ; Polo, B. ; Socha, P. ; Squires, J.E. ; Sun, T. ; Vogel, G.F. ; Prokisch, H. ; Kölker, S. ; Hoffmann, G.F. ; Staufner, C. ; Lenz, D.

Hepatic phenotype in NBAS-associated disease: Clinical course, prognostic factors and outcome in 230 patients.
Nature Aging, DOI: 10.1038/s43587-025-00886-2 (2025)

Wang, J. ; Zhou, X. ; Yu, P. ; Yao, J. ; Guo, P. ; Xu, Q. ; Zhao, Y. ; Wang, G. ; Li, Q. ; Zhu, X. ; Wei, G.W. ; Wang, W. ; Ni, T.

A transcriptome-based human universal senescence index (hUSI) robustly predicts cellular senescence under various conditions.
2025 in
In: (22nd IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, ISBI 2025, 14-17 April 2025, Houston). 345 E 47th St, New York, Ny 10017 Usa: Ieee, 2025. 5

Endres, P. ; Koch, V. ; Schnabel, J. ; Marr, C.

CellPilot: A unified approach to automatic and interactive segmentation in histopathology.

Seifer, A.K. ; Küderle, A. ; Strobel, K. ; Hannemann, R. ; Eskofier, B.M.

The effect of hearing aid amplification on gait parameters: A pilot study using ear-worn motion sensors.

Tran, M. ; Schmidle, P. ; Guo, R.R. ; Wagner, S. ; Koch, V. ; Lupperger, V. ; Novotny, B. ; Murphree, D.H. ; Hardway, H.D. ; D'Amato, M. ; Lefkes, J. ; Geijs, D.J. ; Feuchtinger, A. ; Böhner, A. ; Kaczmarczyk, R. ; Biedermann, T. ; Amir, A.L. ; Mooyaart, A.L. ; Ciompi, F. ; Litjens, G. ; Wang, C. ; Comfere, N.I. ; Eyerich, K. ; Braun, S.A. ; Marr, C. ; Peng, T.

Generating dermatopathology reports from gigapixel whole slide images with HistoGPT.
eLife 14:RP105398 (2025)

Jocher, J. ; Janssen, P. ; Vieth, B. ; Edenhofer, F.C. ; Dietl, T. ; Térmeg, A. ; Spurk, P. ; Geuder, J. ; Enard, W. ; Hellmann, I.

Identification and comparison of orthologous cell types from primate embryoid bodies shows limits of marker gene transferability.
Mov. Disord. 40, 1725-1726 (2025)

Keritam, O. ; Badmann, S. ; Jacob, M. ; Harrer, P. ; Klein, C. ; Kurz, A. ; Cetin, H. ; Zech, M.

Rediscovery of the tubulin β-4A p.Arg2Gly variant in whispering dysphonia: A report from Austria.
Photoacoustics 44:100727 (2025)

Dehner, C. ; Lilaj, L. ; Ntziachristos, V. ; Zahnd, G. ; Jüstel, D.

Scale-equivariant deep model-based optoacoustic image reconstruction.
Nat. Rev. Psychol. 4, 363-364 (2025)

Voudouris, K. ; Cheke, L. ; Schulz, E.

Bringing comparative cognition approaches to AI systems.
2025 in
In: (58th Hawaii International Conference on System Sciences, HICSS 2025, 7-10 January 2025, Honolulu). 2025. 3563-3572

Altstidl, T. ; Michael Altstidl, J. ; Achenbach, S. ; Eskofier, B.M.

A cross-platform smartphone auscultation SDK and optimized filters for severe Aortic stenosis detection.

Schmerer, N. ; Janga, H. ; Aillaud, M. ; Hoffmann, J. ; Aznaourova, M. ; Wende, S. ; Steding, H. ; Halder, L.D. ; Uhl, M. ; Boldt, F. ; Stiewe, T. ; Nist, A. ; Jerrentrup, L. ; Kirschbaum, A. ; Ruppert, C. ; Rossbach, O. ; Ntini, E. ; Marsico, A. ; Valasarajan, C. ; Backofen, R. ; Linne, U. ; Pullamsetti, S.S. ; Schmeck, B. ; Schulte, L.N.

A searchable atlas of pathogen-sensitive lncRNA networks in human macrophages.
In: (Pediatric and Lifespan Data Science). 2025. 1-16 (Comm. Comp. Info. Sci. ; 2386 CCIS)

Wayland, J.D. ; Funk, R.J. ; Rieck, B.

Characterizing physician referral networks with Ricci Curvature.
In: (Research in Computational Molecular Biology). 2025. 428-431 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15647 LNBI)

Nappi, A. ; Cai, N. ; Casale, F.P.

Bayesian aggregation of multiple annotations enhances rare variant association testing.
2025 in
In: (ICASSP, IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing - Proceedings, 6-11 April 2025, Hyderabad). 345 E 47th St, New York, Ny 10017 Usa: Ieee, 2025. DOI: 10.1109/ICASSP49660.2025.10888433

Zhang, Y. ; Mezrag, L. ; Sun, X. ; Xu, C. ; MacDonald, K. ; Bhaskar, D. ; Krishnaswamy, S. ; Wolf, G. ; Rieck, B.

Principal curvatures estimation with applications to single cell data.
JOSS 10, 7698 - 7698 (2025)

Cannoodt, R. ; Deconinck, L. ; Couckuyt, A. ; Markov, N.S. ; Zappia, L. ; Luecken, M. ; Interlandi, M. ; Saeys, Y. ; Saelens, W.

funkyheatmap: Visualising data frames with mixed data types.
In: (Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2024). 2025. 113-123 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15401 LNCS)

Li, J. ; Kim, S.H. ; Müller, P. ; Felsner, F. ; Rueckert, D. ; Wiestler, B. ; Schnabel, J.A. ; Bercea, C.-I.

Language models meet anomaly detection for better interpretability and generalizability.
2025 in
In: (2025 IEEE Winter Conference on Applications of Computer Vision, WACV 2025, 28 February - 4 March 2025, Tucson). 10662 Los Vaqueros Circle, Po Box 3014, Los Alamitos, Ca 90720-1264 Usa: Ieee Computer Soc, 2025. 64-74

Berger, A.H. ; Lux, L. ; Shit, S. ; Ezhov, I. ; Kaissis, G. ; Menten, M.J. ; Rueckert, D. ; Paetzold, J.C.

Cross-domain and cross-dimension learning for image-to-graph transformers.
Magn. Reson. Med., DOI: 10.1002/mrm.30567 (2025)

Stelter, J. ; Weiss, K. ; Spieker, V. ; Schnabel, J.A. ; Braren, R.F. ; Karampinos, D.C.

B0 navigator enables respiratory motion navigation in radial stack-of-stars liver Look-Locker T1 mapping.

Hammann, N. ; Staufner, C. ; Schlieben, L.D. ; Dezsőfi-Gottl, A. ; Feichtinger, R.G. ; Häberle, J. ; Junge, N. ; Konstantopoulou, V. ; Kopajtich, R. ; McLin, V. ; Rymen, D. ; Slavetinsky, C. ; Sturm, E. ; Mayr, J.A. ; Wagner, M. ; Kölker, S. ; Prokisch, H. ; Hoffmann, G.F. ; Lenz, D.

Hepatic form of dihydrolipoamide dehydrogenase deficiency (DLDD): Phenotypic spectrum, laboratory findings, and therapeutic approaches in 52 patients.
Kidney Int. Rep. 10, 2384-2393 (2025)

Braunisch, M.C. ; Großewinkelmann, C.M. ; Menke, M. ; Hannane, N. ; Berutti, R. ; Ćomić, J. ; Günthner, R. ; Renders, L. ; Schmaderer, C. ; Heemann, U. ; Riedhammer, K.M. ; Wagner, M. ; Hoefele, J.

Estimating lifetime risk of autosomal recessive kidney diseases using population-based genotypic data.

Seep, L. ; Jost, P.J. ; Lisowski, C. ; Huang, H. ; Grein, S. ; Hermannsdottir, H. ; Kuellmer, K. ; Fromme, T. ; Klingenspor, M. ; Mass, E. ; Kurts, C. ; Hasenauer, J.

cOmicsArt-a customizable omics analysis and reporting tool.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, A5276 - A5276 (2025)

Faiz, A. ; Idrees, S. ; Johansen, M. ; Kovács, K.J. ; Boedijono, F. ; Chen, H. ; Galvao, I. ; Donovan, C. ; Kim, R. ; Sikkema, L. ; Strobl, D.C. ; Belz, G.T. ; Segal, L.N. ; Chotirmall, S.H. ; Nawijn, M.C. ; Lehmann, M. ; Kapellos, T. ; Gallego‐Ortega, D. ; Hansbro, P.M.

The Mouse Single Cell Lung Disease Atlas.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, A6856 - A6856 (2025)

Zöller, M. ; Mayr, C.H. ; Mastalerz, M. ; Dick, E. ; Chakraborty, A. ; Nakayma, M. ; Simon, L. ; Merl-Pham, J. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Schmid, O. ; Hauck, S.M. ; Schiller, H. B. ; Staab-Weijnitz, C.A.

Transient and Persistent Airway Proteome Changes Induced by Cigarette Smoke.
Pneumologie 79, S24 - S25 (2025)

Stoleriu, M.-G. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Schamberger, A.C. ; Heydarian, M. ; Gabriel, C. ; Najak, A. ; Disovic, A. ; Schneider, J. ; Gerckens, M. ; Burgstaller, G. ; Ding, Y. ; Doryab, A. ; Voss, C. ; Ketscher, C. ; Sienel, W. ; Kauke, T. ; Fertmann, J. ; Schneider, C. ; Behr, J. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Schubert, B. ; Hauck, S.M. ; Hatz, R. ; Schmid, O. ; Stöger, T. ; Schiller, H. B. ; Hilgendorff, A.

Development of advanced in-vitro human bronchial epithelial models and lung cell atlas in COPD enabled by thoracic surgery translational research.

Dorent, R. ; Khajavi, R. ; Idris, T. ; Ziegler, E. ; Somarouthu, B. ; Jacene, H.A. ; LaCasce, A.S. ; Deissler, J. ; Ehrhardt, J. ; Engelson, S. ; Fischer, S.M. ; Gu, Y. ; Handels, H. ; Kasai, S. ; Kondo, S. ; Maier‐Hein, K. ; Schnabel, J.A. ; Wang, G. ; Wang, L. ; Wald, T. ; Yang, G. ; Zhang, H. ; Zhang, M. ; Pieper, S. ; Harris, G.J. ; Kikinis, R. ; Kapur, T.

LNQ 2023 challenge: Benchmark of weakly-supervised techniques for mediastinal lymph node quantification.
Nat. Genet., DOI: 10.1038/s41588-025-02184-4 (2025)

Nava, C. ; Cogné, B. ; Santini, A. ; Leitão, E. ; Lecoquierre, F. ; Chen, Y. ; Stenton, S.L. ; Besnard, T. ; Heide, S. ; Baer, S. ; Jakhar, A. ; Neuser, S. ; Keren, B. ; Faudet, A. ; Forlani, S. ; Faoucher, M. ; Uguen, K. ; Platzer, K. ; Afenjar, A. ; Alessandri, J.L. ; Andres, S. ; Angelini, C. ; Aral, B. ; Arveiler, B. ; Attie-Bitach, T. ; Aubert Mucca, M. ; Banneau, G. ; Barakat, T.S. ; Baulac, S. ; Beneteau, C. ; Benkerdou, F. ; Bernard, V. ; Bézieau, S. ; Bonneau, D. ; Bonnet-Dupeyron, M.N. ; Boussion, S. ; Boute, O. ; Brischoux-Boucher, E. ; Bryen, S.J. ; Buratti, J. ; Busa, T. ; Caliebe, A. ; Capri, Y. ; Cassinari, K. ; Caumes, R. ; Cenni, C. ; Chambon, P. ; Charles, P. ; Christodoulou, J. ; Colson, C. ; Conrad, S. ; Cospain, A. ; Coursimault, J. ; Courtin, T. ; Couse, M. ; Coutton, C. ; Creveaux, I. ; D'Gama, A.M. ; Dauriat, B. ; de Sainte Agathe, J.M. ; Del Gobbo, G. ; Delahaye-Duriez, A. ; Delanne, J. ; Denommé-Pichon, A.S. ; Dieux-Coëslier, A. ; Do Souto Ferreira, L. ; Doco-Fenzy, M. ; Drukewitz, S. ; Duboc, V. ; Dubourg, C. ; Duffourd, Y. ; Dyment, D. ; El Chehadeh, S. ; Elmaleh, M. ; Faivre, L. ; Fennelly, S. ; Fischer, H. ; Fradin, M. ; Galludec Vaillant, C. ; Ganne, B. ; Ghoumid, J. ; Goel, H. ; Gokce-Samar, Z. ; Goldenberg, A. ; Gonfreville Robert, R. ; Gorokhova, S. ; Goujon, L. ; Granier, V. ; Gras, M. ; Greally, J.M. ; Greiten, B. ; Gueguen, P. ; Guerrot, A.M. ; Guha, S. ; Guimier, A. ; Haack, T.B. ; Hadj Abdallah, H. ; Halleb, Y. ; Harbuz, R. ; Harris, M. ; Hentschel, J. ; Héron, B. ; Hitz, M.P. ; Innes, A.M. ; Jadas, V. ; Januel, L. ; Jean-Marçais, N. ; Jobanputra, V. ; Jobic, F. ; Jornea, L. ; Jöst, C. ; Julia, S. ; Kaiser, F.J. ; Kaschta, D. ; Kaya, S. ; Ketteler, P. ; Khadija, B. ; Kilpert, F. ; Knopp, C. ; Kraft, F. ; Krey, I. ; Lackmy, M. ; Laffargue, F. ; Lambert, L. ; Lamont, R. ; Laugel, V. ; Laurie, S. ; Lauzon, J.L. ; Lebreton, L. ; Lebrun, M. ; Legendre, M. ; Leguern, E. ; Lehalle, D. ; Lejeune, E. ; Lesca, G. ; Lesieur-Sebellin, M. ; Levy, J.C. ; Linglart, A. ; Lyonnet, S. ; Lüthy, K. ; Ma, A.S. ; Mach, C. ; Mandel, J.L. ; Mansour-Hendili, L. ; Marcadier, J. ; Marin, V. ; Margot, H. ; Marquet, V. ; May, A. ; Mayr, J.A. ; Meridda, C. ; Michaud, V. ; Michot, C. ; Nadeau, G. ; Naudion, S. ; Nguyen, L.A. ; Nizon, M. ; Nowak, F. ; Odent, S. ; Olin, V. ; Osei-Owusu, I.A. ; Osmond, M. ; Õunap, K. ; Pasquier, L. ; Passemard, S. ; Pauly, M. ; Patat, O. ; Pensec, M. ; Perrin-Sabourin, L. ; Petit, F. ; Philippe, C. ; Planes, M. ; Poduri, A. ; Poirsier, C. ; Pouzet, A. ; Prince, B. ; Prouteau, C. ; Pujol, A. ; Racine, C. ; Rama, M. ; Ramond, F. ; Ranguin, K. ; Raway, M. ; Reis, A. ; Renaud, M. ; Revencu, N. ; Richard, A.C. ; Riera-Navarro, L. ; Rius, R. ; Rodriguez, D. ; Rodriguez-Palmero, A. ; Rondeau, S. ; Roser-Unruh, A. ; Rougeot Jung, C. ; Safraou, H. ; Satre, V. ; Saugier-Veber, P. ; Sauvestre, C. ; Schaefer, E. ; Shao, W. ; Schanze, I. ; Schlump, J.U. ; Schlüter Martin, A. ; Schluth-Bolard, C. ; Schuhmann, S. ; Schröder, C. ; Sebastin, M. ; Sigaudy, S. ; Spielmann, M. ; Spodenkiewicz, M. ; St Clair, L. ; Steffann, J. ; Stoeva, R. ; Surowy, H. ; Tarnopolsky, M.A. ; Todosi, C. ; Toutain, A. ; Tran Mau-Them, F. ; Unterlauft, A. ; Van-Gils, J. ; Vanlerberghe, C. ; Vasileiou, G. ; Vera, G. ; Verdel, A. ; Verloes, A. ; Vial, Y. ; Vignal, C. ; Vincent, M. ; Vincent-Delorme, C. ; Vincent-Devulder, A. ; Vitobello, A. ; Weber, S. ; Willems, M. ; Zaafrane-Khachnaoui, K. ; Zacher, P. ; Zeltner, L. ; Ziegler, A. ; Galej, W.P. ; Dollfus, H. ; Thauvin, C. ; Boycott, K.M. ; Marijon, P. ; Lermine, A. ; Malan, V. ; Rio, M. ; Kuechler, A. ; Isidor, B. ; Drunat, S. ; Smol, T. ; Chatron, N. ; Piton, A. ; Nicolas, G. ; Wagner, M. ; Abou Jamra, R. ; Héron, D. ; Mignot, C. ; Blanc, P.D. ; O'Donnell-Luria, A. ; Whiffin, N. ; Charbonnier, C. ; Charenton, C. ; Thevenon, J. ; Depienne, C.

Dominant variants in major spliceosome U4 and U5 small nuclear RNA genes cause neurodevelopmental disorders through splicing disruption.

Thomas, M. ; Brabenec, R. ; Gregor, L. ; Andreu-Sanz, D. ; Carlini, E. ; Müller, P.J. ; Gottschlich, A. ; Simnica, D. ; Kobold, S. ; Marr, C.

The role of single cell transcriptomics for efficacy and toxicity profiling of chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapies.
Expert Opin. Drug Discov. 20, 821-826 (2025)

Bordukova, M. ; Arneth, A.J. ; Makarov, N. ; Brown, R.M. ; Schneider-Futschik, E.K. ; Dharmage, S.C. ; Ekinci, E. ; Crack, P.J. ; Hatters, D.M. ; Stewart, A.G. ; Stroud, D. ; Sadras, T. ; Anderson, G.P. ; Schmich, F. ; Rodriguez-Esteban, R. ; Menden, M.P.

Generative AI and Digital twins: Shaping a paradigm shift from precision to truly personalized medicine.
Front. Digit. Health 7:1578917 (2025)

Rupp, L.H. ; Kumar, A. ; Sadeghi, M. ; Schindler-Gmelch, L. ; Keinert, M. ; Eskofier, B.M. ; Berking, M.

Stress can be detected during emotion-evoking smartphone use: A pilot study using machine learning.
2025 in
In: (The Thirteenth International Conference on Learning Representations (ICLR 2025 Spotlight)). 2025. accepted

Hetzel, L. ; Sommer, J. ; Rieck, B. ; Theis, F.J. ; Günnemann, S.

MAGNet: Motif-agnostic generation of molecules from scaffolds.
2025 in
In: (The Thirteenth International Conference on Learning Representations, ICLR 2025, 24 - 28 April 2025, Singapur). 2025. 6111-6151

Palma, A. ; Richter, T. ; Zhang, H. ; Lubetzk, M. ; Tong, A. ; Dittadi, A. ; Theis, F.J.

Multi-modal and multi-attribute generation of single cells with CFGen.
2025 in
In:. International Conference on Learning Representations, ICLR, 2025. accepted

Uscidda, T. ; Eyring, L. ; Roth, K. ; Theis, F.J. ; Akata, Z. ; Cuturi, M.C.

Disentangled representation learning with the gromov-monge gap.
In: (29th RECOMB 2025). 2025. 345-348 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15647 LNBI)

Litinetskaya, A. ; Schulman, M. ; Curion, F. ; Szalata, A. ; Omidi, A. ; Lotfollahi, M. ; Theis, F.J.

Integration and querying of multimodal single-cell data with PoE-VAE.
2025 in
(2025)

Papargyriou, A. ; Richter, T. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Reichert, M.

Single cell transcriptomic analysis of epithelial and mesenchymal tumour cells.
PLoS Comput. Biol. 21:e1012814 (2025)

Schulz, L. ; Streicher, Y. ; Schulz, E. ; Bhui, R. ; Dayan, P.

Mechanisms of mistrust: A Bayesian account of misinformation learning.
Acta Obstet. Gynecol. Scand., DOI: 10.1111/aogs.15123 (2025)

Riedel, M.J. ; Meyer, B. ; Kfuri-Rubens, R. ; Riedel, C. ; Amann, N. ; Kiechle, M. ; Riedel, F.

AI-driven simplification of surgical reports in gynecologic oncology: A potential tool for patient education.
Nat. Metab., DOI: 10.1038/s42255-025-01308-8 (2025)

Gutgesell, R.M. ; Khalil, A. ; Liskiewicz, A. ; Maity-Kumar, G. ; Novikoff, A. ; Grandl, G. ; Liskiewicz, D. ; Coupland, C. ; Karaoglu, Ö.E. ; Akindehin, S.E. ; Castelino, R.L. ; Curion, F. ; Liu, X. ; García-Cáceres, C. ; Cebrian Serrano, A. ; Douros, J.D. ; Knerr, P.J. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Sloop, K.W. ; Samms, R.J. ; Theis, F.J. ; Tschöp, M.H. ; Müller, T.D.

Publisher Correction: GIPR agonism and antagonism decrease body weight and food intake via different mechanisms in male mice.
Nat. Genet. 57, 1201–1212 (2025)

Xu, Q. ; Halle, L. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Kuijs, M. ; Riedweg, R. ; Kilik, U. ; Recaldin, T. ; Yu, Q. ; Rall, I. ; Frum, T. ; Adam, L. ; Parikh, S. ; Kfuri-Rubens, R. ; Gander, M. ; Klein, D. ; Curion, F. ; He, Z. ; Fleck, J.S. ; Oost, K. ; Kahnwald, M. ; Barbiero, S. ; Mitrofanova, O. ; Maciag, G.J. ; Jensen, K.B. ; Lutolf, M. ; Liberali, P. ; Spence, J.R. ; Gjorevski, N. ; Beumer, J. ; Treutlein, B. ; Theis, F.J. ; Camp, J.G.

An integrated transcriptomic cell atlas of human endoderm-derived organoids.
Z. Palliativmedizin, DOI: 10.1055/a-2589-9791 (2025)

Yip, J.B. ; Tran, T.T. ; Griesshammer, S.G. ; Malessa, A. ; Koelpin, A. ; Eskofier, B.M. ; Ostgathe, C. ; Steigleder, T.

Radarbasierte Atemerfassung auf einer Palliativstation.
ISME Commun. 5:ycaf062 (2025)

Mishra, A. ; McNichol, J. ; Fuhrman, J. ; Blei, D. ; Müller, C.L.

Variational inference for microbiome survey data with application to global ocean data.

von Kleist, H. ; Zamanian, A. ; Shpitser, I. ; Ahmidi, N.

Evaluation of active feature acquisition methods for time-varying feature settings.

Ben-Zion, Z. ; Witte, K. ; Jagadish, A.K. ; Duek, O. ; Harpaz-Rotem, I. ; Khorsandian, M.C. ; Burrer, A. ; Seifritz, E. ; Homan, P. ; Schulz, E. ; Spiller, T.R.

Assessing and alleviating state anxiety in large language models.
Neuro. Oncol. 27, 2281-2295 (2025)

Ruiz-Moreno, C. ; Salas, S.M. ; Samuelsson, E. ; Minaeva, M. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Grillo, M. ; Brandner, S. ; Roy, A. ; Forsberg-Nilsson, K. ; Kranendonk, M.E.G. ; Theis, F.J. ; Nilsson, M. ; Stunnenberg, H.G.

Charting the single-cell and spatial landscape of IDH-wildtype glioblastoma with GBmap.
Expert Opin. Drug Discov. 20, 765-783 (2025)

Withers, C.A. ; Rufai, A.M. ; Venkatesan, A. ; Tirunagari, S. ; Lobentanzer, S. ; Harrison, M. ; Zdrazil, B.

Natural language processing in drug discovery: Bridging the gap between text and therapeutics with artificial intelligence.
Nat. Metab. 7, 1282–1298 (2025)

Gutgesell, R.M. ; Khalil, A. ; Liskiewicz, A. ; Maity-Kumar, G. ; Novikoff, A. ; Grandl, G. ; Liskiewicz, D. ; Coupland, C. ; Karaoglu, Ö.E. ; Akindehin, S.E. ; Castelino, R.L. ; Curion, F. ; Liu, X. ; García-Cáceres, C. ; Cebrian Serrano, A. ; Douros, J.D. ; Knerr, P.J. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Sloop, K.W. ; Samms, R.J. ; Theis, F.J. ; Tschöp, M.H. ; Müller, T.D.

GIPR agonism and antagonism decrease body weight and food intake via different mechanisms in male mice.
Acta Neuropathol. 149:46 (2025)

Barba-Reyes, J.M. ; Harder, L. ; Salas, S.M. ; Jaisa-Aad, M. ; Muñoz-Castro, C. ; Garma, L.D. ; Rafati, N. ; Nilsson, M. ; Hyman, B.T. ; Serrano-Pozo, A. ; Muñoz-Manchado, A.B.

Oligodendroglia vulnerability in the human dorsal striatum in Parkinson's disease.
Mov. Disord. 40, 1388-1400 (2025)

Harrer, P. ; Krygier, M. ; Krenn, M. ; Kittke, V. ; Danis, M. ; Krastev, G. ; Saparov, A. ; Pichon, V. ; Malbos, M. ; Scherer, C. ; Dzinovic, I. ; Škorvánek, M. ; Kopajtich, R. ; Prokisch, H. ; Silvaieh, S. ; Grisold, A. ; Mazurkiewicz-Bełdzińska, M. ; de Sainte Agathe, J.M. ; Winkelmann, J. ; Necpál, J. ; Jech, R. ; Zech, M.

Expanding the allelic and clinical heterogeneity of movement disorders linked to defects of mitochondrial adenosine triphosphate synthase.

Peymani, F. ; Ebihara, T. ; Smirnov, D. ; Kopajtich, R. ; Ando, M. ; Bertini, E. ; Carrozzo, R. ; Diodato, D. ; Distelmaier, F. ; Fang, F. ; Ghezzi, D. ; Hempel, M. ; Iwanicka-Pronicka, K. ; Klopstock, T. ; Stenton, S. ; Lamperti, C. ; Liu, Z. ; Murtazina, A. ; Okamoto, Y. ; Okazaki, Y. ; Piekutowska-Abramczuk, D. ; Rötig, A. ; Ryzhkova, O. ; Schlein, C. ; Shagina, O. ; Takashima, H. ; Tsygankova, P.G. ; Zech, M. ; Meitinger, T. ; Shimura, M. ; Murayama, K. ; Prokisch, H.

Pleiotropic effects of MORC2 derive from its epigenetic signature.

Rajić, S. ; Delerue, T. ; Ronkainen, J. ; Zhang, R. ; Ciantar, J. ; Kostiniuk, D. ; Mishra, P.P. ; Lyytikäinen, L.P. ; Mononen, N. ; Kananen, L. ; Peters, A. ; Winkelmann, J. ; Kleber, M.E. ; Lorkowski, S. ; Kähönen, M. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; März, W. ; Harville, E.W. ; Sebert, S. ; Marttila, S. ; Raitoharju, E.

Regulation of nc886 (vtRNA2-1) RNAs is associated with cardiometabolic risk factors and diseases.

Koch, V. ; Holmberg, O. ; Blum, E. ; Sancar, E. ; Aytekin, A. ; Seguchi, M. ; Xhepa, E. ; Wiebe, J. ; Cassese, S. ; Kufner, S. ; Kessler, T. ; Sager, H. ; Voll, F. ; Rheude, T. ; Lenz, T. ; Kastrati, A. ; Schunkert, H. ; Schnabel, J.A. ; Joner, M. ; Marr, C. ; Nicol, P.

Deep learning model DeepNeo predicts neointimal tissue characterization using optical coherence tomography.
Nat. Hum. Behav. 9, 1380–1390 (2025)

Akata, E. ; Schulz, L. ; Coda-Forno, J. ; Oh, S.J. ; Bethge, M. ; Schulz, E.

Playing repeated games with large language models.
Nat. Protoc. 20, 2899-2941 (2025)

Blondeel, E. ; Ernst, S.W. ; De Vuyst, F. ; Diosdi, A. ; Pinheiro, C. ; Estêvão, D. ; Rappu, P. ; Boiy, R. ; Dedeyne, S. ; Craciun, L. ; Goossens, V. ; Dehairs, J. ; Cruz, T. ; Audenaert, D. ; Ceelen, W. ; Linnebacher, M. ; Boterberg, T. ; Vandesompele, J. ; Mestdagh, P. ; Swinnen, J. ; Heino, J. ; Horvath, P. ; Oliveira, M.J. ; Hendrix, A. ; De Metter, P. ; De Wever, O.

Sequential orthogonal assays for longitudinal and endpoint characterization of three-dimensional spheroids.
Mol. Syst. Biol. 21, 526 - 530 (2025)

Horvath, P. ; Coscia, F.

Spatial proteomics in translational and clinical research.
JMIR Form. Res. 9:e65357 (2025)

Keinert, M. ; Schindler-Gmelch, L. ; Rupp, L.H. ; Sadeghi, M. ; Richer, R. ; Capito, K. ; Eskofier, B.M. ; Berking, M.

The empkinS-EKSpression reappraisal training augmented with kinesthesia in depression: One-armed feasibility study.

Holch, J.W. ; Ohnmacht, A. ; Stintzing, S. ; Heinrich, K. ; Weiss, L. ; Probst, V. ; Stahler, A. ; Fischer von Weikersthal, L. ; Decker, T. ; Kiani, A. ; Kaiser, F. ; Heintges, T. ; Kahl, C. ; Kullmann, F. ; Link, H. ; Höffkes, H.G. ; Moehler, M. ; Modest, D.P. ; Menden, M.P. ; Heinemann, V.

FOLFIRI with cetuximab or bevacizumab in RAS wild-type metastatic colorectal cancer: Refining first-line treatment selection by combining clinical parameters: A post hoc analysis of the randomized open-label phase III trial FIRE-3/AIO KRK0306.

Olayo-Alarcon, R. ; Amstalden, M.K. ; Zannoni, A. ; Bajramovic, M. ; Sharma, C.M. ; Brochado, A.R. ; Rezaei, M. ; Müller, C.L.

Pre-trained molecular representations enable antimicrobial discovery.
Nature 640, 623-633 (2025)

Cui, H. ; Tejada Lapuerta, A. ; Brbic, M. ; Saez-Rodriguez, J. ; Cristea, S. ; Goodarzi, H. ; Lotfollahi, M. ; Theis, F.J. ; Wang, B.

Towards multimodal foundation models in molecular cell biology.
Transl. Psychiatry 15:153 (2025)

Worf, K. ; Matosin, N. ; Gerstner, N. ; Fröhlich, A.S. ; Koller, A.C. ; Degenhardt, F. ; Thiele, H. ; Rietschel, M. ; Udawela, M. ; Scarr, E. ; Dean, B. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Knauer-Arloth, J.

Exon-variant interplay and multi-modal evidence identify endocrine dysregulation in severe psychiatric disorders impacting excitatory neurons.

Rouskas, K. ; Bocher, O. ; Simistiras, A. ; Emmanouil, C. ; Mantas, P. ; Skoulakis, A. ; Park, Y.-C. ; Dimopoulos, A. ; Glentis, S. ; Kastenmüller, G. ; Zeggini, E. ; Dimas, A.S.

Periodic dietary restriction of animal products induces metabolic reprogramming in humans with effects on cardiometabolic health.

Hong, P. ; Waldenberger, M. ; Pritsch, M. ; Gilberg, L. ; Brand, I. ; Bruger, J. ; Frese, J. ; Castelletti, N. ; Garí, M. ; Geldmacher, C. ; Hoelscher, M. ; Peters, A. ; Matias-Garcia, P.R.

Differential DNA methylation 7 months after SARS-CoV-2 infection.
Cell Res. 35, 391–392 (2025)

Schmacke, N.A. ; Hornung, V.

Decoding NLRP3: Phase separation enters the scene.
Alzheimers Dement. 21:e70170 (2025)

Luan, Y. ; Zheng, L. ; Denecke, J. ; Dehsarvi, A. ; Roemer-Cassiano, S.N. ; Dewenter, A. ; Steward, A. ; Shcherbinin, S. ; Svaldi, D.O. ; Kotari, V. ; Higgins, I.A. ; Pontecorvo, M.J. ; Valentim, C. ; Schnabel, J.A. ; Casale, F.P. ; Dyrba, M. ; Teipel, S. ; Franzmeier, N. ; Ewers, M.

Multimodal spatial gradients to explain regional susceptibility to fibrillar tau in Alzheimer's disease.
Mov. Disord. Clin. Pract. 12, 1184-1186 (2025)

Schinwelski, M. ; Krygier, M. ; Sitek, E.J. ; Mazurkiewicz-Bełdzińska, M. ; Zech, M.

New progressive generalized dystonia phenotype in a patient with NBEA-related neurodevelopmental disease.
Mov. Disord. 40, 1009-1019 (2025)

Wirth, T. ; Kumar, K.R. ; Zech, M.

Long-read sequencing: The third generation of diagnostic testing for dystonia.
Nat. Med. 31, 2174–2178 (2025)

Wagner, M. ; Berecki, G. ; Fazeli, W. ; Nussbaum, C. ; Flemmer, A.W. ; Frizzo, S. ; Heer, F. ; Heinen, F. ; Horton, R. ; Jacotin, H. ; Motel, W. ; Spar, B. ; Klein, C. ; Siegel, C. ; Hübener, C. ; Stöcklein, S. ; Paolini, M. ; Staudt, M. ; Tacke, M. ; Wolff, M. ; Petrou, S. ; Souza, M. ; Borggraefe, I.

Antisense oligonucleotide treatment in a preterm infant with early-onset SCN2A developmental and epileptic encephalopathy.
Neurol. Genet. 11:e200260 (2025)

Krenn, M. ; Wagner, M. ; Trimmel, K. ; Bonelli, S. ; Rath, J. ; Jud, J. ; Schwarz, M. ; Milenkovic, I. ; Weng, R. ; Koren, J. ; Baumgartner, C. ; Brugger, M. ; Brunet, T. ; Graf, E. ; Winkelmann, J. ; Aull-Watschinger, S. ; Zimprich, F. ; Pataraia, E.

Holistic exome-based genetic testing in adults with epilepsy.

Carli, G. ; Dortmond, A. ; Janzen, A. ; Sittig, E. ; De Meyer, E. ; Leenders, K.L. ; Oertel, W.H. ; Meles, S.K.

Parkinson's Disease-Related pattern in isolated REM sleep behaviour disorder as a prodromal progression marker: 8-Year Follow-Up changes assessed at three time points.
Nature 641, 1217-1224 (2025)

Hatzikotoulas, K. ; Southam, L. ; Stefansdottir, L. ; Boer, C.G. ; McDonald, M.L. ; Pett, J.P. ; Park, Y.-C. ; Tuerlings, M. ; Mulders, R. ; Barysenka, A. ; Arruda, A.L. ; Tragante, V. ; Rocco, A. ; Bittner, N. ; Chen, S. ; Horn, S. ; Srinivasasainagendra, V. ; To, K. ; Katsoula, G. ; Kreitmaier, P. ; Tenghe, A.M.M. ; Gilly, A. ; Arbeeva, L. ; Chen, L.G. ; de Pins, A.M. ; Dochtermann, D. ; Henkel, C. ; Höijer, J. ; Ito, S. ; Lind, P.A. ; Lukusa-Sawalena, B. ; Minn, A.K.K. ; Mola-Caminal, M. ; Narita, A. ; Nguyen, C. ; Reimann, E. ; Silberstein, M.D. ; Skogholt, A.H. ; Tiwari, H.K. ; Yau, M.S. ; Yue, M. ; Zhao, W. ; Zhou, J.J. ; Alexiadis, G. ; Banasik, K. ; Brunak, S. ; Campbell, A. ; Cheung, J.T.S. ; Dowsett, J. ; Faquih, T.O. ; Faul, J.D. ; Fei, L. ; Fenstad, A.M. ; Funayama, T. ; Gabrielsen, M.E. ; Gocho, C. ; Gromov, K. ; Hansen, T. ; Hudjashov, G. ; Ingvarsson, T. ; Johnson, J.S. ; Jonsson, H. ; Kakehi, S. ; Karjalainen, J. ; Kasbohm, E. ; Lemmelä, S. ; Lin, K. ; Liu, X. ; Loef, M. ; Mangino, M. ; McCartney, D.L. ; Millwood, I.Y. ; Richman, J. ; Roberts, M.B. ; Ryan, K.A. ; Samartzis, D. ; Shivakumar, M. ; Skou, S.T. ; Sugimoto, S. ; Suzuki, K. ; Takuwa, H. ; Teder-Laving, M. ; Thomas, L. ; Tomizuka, K. ; Turman, C. ; Weiss, S. ; Wu, T.T. ; Zengini, E. ; Zhang, Y. ; Ferreira, M.A.R. ; Babis, G.C. ; Baras, A. ; Barker, T. ; Carey, D.J. ; Cheah, K.S.E. ; Chen, Z. ; Cheung, J.P.Y. ; Daly, M. ; de Mutsert, R. ; Eaton, C.B. ; Erikstrup, C. ; Furnes, O.N. ; Golightly, Y.M. ; Gudbjartsson, D.F. ; Hailer, N.P. ; Hayward, C. ; Hochberg, M.C. ; Homuth, G. ; Huckins, L.M. ; Hveem, K. ; Ikegawa, S. ; Ishijima, M. ; Isomura, M. ; Jones, M. ; Kang, J.H. ; Kardia, S.L.R. ; Kloppenburg, M. ; Kraft, P. ; Kumahashi, N. ; Kuwata, S. ; Lee, M.T.M. ; Lee, P.H. ; Lerner, R. ; Li, L. ; Lietman, S.A. ; Lotta, L.A. ; Lupton, M.K. ; Mägi, R. ; Martin, N.G. ; McAlindon, T.E. ; Medland, S.E. ; Michaëlsson, K. ; Mitchell, B.D. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Morris, A.P. ; Nabika, T. ; Nagami, F. ; Nelson, A.E. ; Ostrowski, S.R. ; Palotie, A. ; Pedersen, O.B. ; Rosendaal, F.R. ; Sakurai-Yageta, M. ; Schmidt, C.O. ; Sham, P.C. ; Singh, J.A. ; Smelser, D.T. ; Smith, J.A. ; Song, Y.Q. ; Sørensen, E. ; Tamiya, G. ; Tamura, Y. ; Terao, C. ; Thorleifsson, G. ; Troelsen, A. ; Tsezou, A. ; Uchio, Y. ; Uitterlinden, A.G. ; Ullum, H. ; Valdes, A.M. ; van Heel, D.A. ; Walters, R.G. ; Weir, D.R. ; Wilkinson, J.M. ; Winsvold, B.S. ; Yamamoto, M. ; Zwart, J.A. ; Stefansson, K. ; Meulenbelt, I. ; Teichmann, S.A. ; van Meurs, J.B.J. ; Styrkarsdottir, U. ; Zeggini, E.

Translational genomics of osteoarthritis in 1,962,069 individuals.
Front. Pharmacol. 16:1436972 (2025)

Soremekun, C. ; Jjingo, D. ; Kateete, D. ; Nash, O. ; Nitsch, D. ; Nyirenda, M. ; Gill, D. ; Zeggini, E. ; Grallert, H. ; Peters, A. ; Chikowore, T. ; Batini, C. ; Soremekun, O. ; Fatumo, S.

Mendelian randomization study highlights the role of hematological traits on Type-2 diabetes mellitus in African ancestry individuals.

Tutino, M. ; Yu, N.Y.-L. ; Hatzikotoulas, K. ; Park, Y.-C. ; Kreitmaier, P. ; Katsoula, G. ; Berner, R. ; Casteels, K. ; Elding Larsson, H. ; Kordonouri, O. ; Ołtarzewski, M. ; Szypowska, A. ; Ott, R. ; Weiss, A. ; Winkler, C. ; Zapardiel-Gonzalo, J. ; Petrera, A. ; Hauck, S.M. ; Bonifacio, E. ; Ziegler, A.-G. ; Zeggini, E.

Genetics of circulating proteins in newborn babies at high risk of type 1 diabetes.
Nat. Med. 31, 1386–1387 (2025)

Helmholtz Health Prevention Task Force (Peters, A.) ; Hamann, S. ; Leendertz, F.H. ; Lange, B. ; Guzman, C.A. ; Grün, B. ; Jewell, S. ; Breteler, M.M.B. ; Aziz, N.A. ; Schiattarella, G.G. ; Lee, Y.A. ; Landthaler, M. ; Gorski, S.A. ; Steindorf, K. ; Hoffmeister, M. ; Braun, A. ; Helmholtz Health Prevention Task Force (Ziegler, A.-G.) ; Helmholtz Health Prevention Task Force (von Mutius, E.) ; Helmholtz Health Prevention Task Force (Krüger, J.) ; Mons, U. ; Helmholtz Health Prevention Task Force (Zeggini, E.)

Helmholtz Health task force to strengthen prevention research and its translation globally.
Nat. Genet. 57, 897–909 (2025)

Birk, S. ; Bonafonte Pardás, I. ; Feriz, A.M. ; Boxall, A. ; Agirre, E. ; Memi, F. ; Maguza, A. ; Yadav, A. ; Armingol, E. ; Fan, R. ; Castelo-Branco, G. ; Theis, F.J. ; Bayraktar, O.A. ; Talavera-López, C. ; Lotfollahi, M.

Quantitative characterization of cell niches in spatially resolved omics data.
Nat. Commun. 16:2801 (2025)

Shafighi, S. ; Geras, A. ; Jurzysta, B. ; Sahaf Naeini, A. ; Filipiuk, I. ; Rączkowska, A. ; Toosi, H. ; Koperski, L. ; Thrane, K. ; Engblom, C. ; Mold, J.E. ; Chen, X. ; Hartman, J. ; Nowis, D. ; Carbone, A. ; Lagergren, J. ; Szczurek, E.

Author Correction: Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with Tumoroscope.

Diosdi, A. ; Piccinini, F. ; Boroczky, T. ; Dobra, G. ; Castellani, G. ; Buzas, K. ; Horvath, P. ; Harmati, M.

Single-cell light-sheet fluorescence 3D images of tumour-stroma spheroid multicultures.
JMIR Hum. Factors 12:e56798 (2025)

Flaucher, M. ; Berzins, S. ; Jaeger, K.M. ; Nissen, M. ; Rolny, J. ; Trißler, P. ; Eckl, S. ; Eskofier, B.M. ; Leutheuser, H.

Perception and evaluation of a knowledge transfer concept in a digital health application for patients with heart failure: Mixed methods study.

Hölzlwimmer, F.R. ; Lindner, J. ; Tsitsiridis, G. ; Wagner, N. ; Casale, F.P. ; Yépez, V.A. ; Gagneur, J.

Aberrant gene expression prediction across human tissues.
Nat. Biotechnol., DOI: 10.1038/s41587-024-02528-1 (2025)

Luo ; Molbay, M. ; Chen, Y. ; Horvath, I. ; Kadletz, K. ; Kick, B. ; Zhao, S. ; Al-Maskari, R. ; Singh, I. ; Ali, M. ; Bhatia, H.S. ; Minde, D.-P. ; Negwer, M. ; Höher, L. ; Calandra, G.M. ; Groschup, B. ; Su, J. ; Kimna, C. ; Rong, Z. ; Galensowske, N. ; Todorov, M.I. ; Jeridi, D. ; Ohn, T.-L. ; Roth, S. ; Simats, A. ; Singh, V. ; Khalin, I. ; Pan, C. ; Arus, B.A. ; Bruns, O.T. ; Zeidler, R. ; Liesz, A. ; Protzer, U. ; Plesnila, N. ; Ussar, S. ; Hellal, F. ; Paetzold, J.C. ; Elsner, M. ; Dietz, H. ; Ertürk, A.

Nanocarrier imaging at single-cell resolution across entire mouse bodies with deep learning.
Genome Res. 35, 755-768 (2025)

Steyaert, W. ; Sagath, L. ; Demidov, G. ; Yépez, V.A. ; Esteve-Codina, A. ; Gagneur, J. ; Ellwanger, K. ; Derks, R. ; Weiss, M.C. ; den Ouden, A. ; van den Heuvel, S. ; Swinkels, H. ; Zomer, N. ; Steehouwer, M. ; O'Gorman, L. ; Astuti, G. ; Neveling, K. ; Schüle, R. ; Xu, J. ; Synofzik, M. ; Beijer, D. ; Hengel, H. ; Schöls, L. ; Claeys, K.G. ; Baets, J. ; Van de Vondel, L. ; Ferlini, A. ; Selvatici, R. ; Morsy, H. ; Saeed Abd Elmaksoud, M. ; Straub, V. ; Müller, J. ; Pini, V. ; Perry, L. ; Sarkozy, A. ; Zaharieva, I. ; Muntoni, F. ; Bugiardini, E. ; Polavarapu, K. ; Horvath, R. ; Reid, E. ; Lochmüller, H. ; Spinazzi, M. ; Savarese, M. ; Matalonga, L. ; Laurie, S. ; Brunner, H.G. ; Graessner, H. ; Beltran, S. ; Ossowski, S. ; Vissers, L.E.L.M. ; Gilissen, C. ; Hoischen, A.

Unraveling undiagnosed rare disease cases by HiFi long-read genome sequencing.
Nat. Mach. Intell. 7, 346–362 (2025)

Consens, M.E. ; Dufault, C. ; Wainberg, M. ; Forster, D. ; Karimzadeh, M. ; Goodarzi, H. ; Theis, F.J. ; Moses, A. ; Wang, B.

Transformers and genome language models.
Philos. Trans. R. Soc. A - Math. Phys. Eng. Sci. 383:20240444 (2025)

Schmid, N. ; Fernandes del Pozo, D. ; Waegeman, W. ; Hasenauer, J.

Assessment of uncertainty quantification in universal differential equations.

Garrucho, L. ; Kushibar, K. ; Reidel, C.A. ; Joshi, S. ; Osuala, R. ; Tsirikoglou, A. ; Bobowicz, M. ; Del Riego, J. ; Catanese, A. ; Gwoździewicz, K. ; Cosaka, M.L. ; Abo-Elhoda, P.M. ; Tantawy, S.W. ; Sakrana, S.S. ; Shawky-Abdelfatah, N.O. ; Salem, A.M.A. ; Kozana, A. ; Divjak, E. ; Ivanac, G. ; Nikiforaki, K. ; Klontzas, M.E. ; García-Dosdá, R. ; Gulsun-Akpinar, M. ; Lafcı, O. ; Mann, R.M. ; Martín-Isla, C. ; Prior, F. ; Marias, K. ; Starmans, M.P.A. ; Strand, F. ; Diaz, O. ; Igual, L. ; Lekadir, K.

A large-scale multicenter breast cancer DCE-MRI benchmark dataset with expert segmentations.

Remus, S.L. ; Brugetti, K. ; Zimmer, V.A. ; Hesse, N. ; Reidler, P.L. ; Giunta, R.E. ; Schnabel, J.A. ; Demmer, W.

Personalized joint replacement: Landmark-free morphometric analysis of distal radii.
Parkinsonism Relat. Disord. 134:107795 (2025)

Stehr, A.M. ; Fischer, J. ; Mirza-Schreiber, N. ; Bernardi, K. ; Porrmann, J. ; Harrer, P. ; Kaiser, F. ; Jamra, R.A. ; Winkelmann, J. ; Jech, R. ; Koy, A. ; Oexle, K. ; Zech, M.

Corrigendum to "Variable expressivity of KMT2B variants at codon 2565 in patients with dystonia and developmental disorders" [Parkinson. Relat. Disord. (2025) 133 107319].
EMBO Rep. 26, 2232-2261 (2025)

Lang, J. ; Bergner, T. ; Zinngrebe, J. ; Lepelley, A. ; Vill, K. ; Leiz, S. ; Wlaschek, M. ; Wagner, M. ; Scharffetter-Kochanek, K. ; Fischer-Posovszky, P. ; Read, C. ; Crow, Y.J. ; Hirschenberger, M. ; Sparrer, K.M.J.

Distinct pathogenic mutations in ARF1 allow dissection of its dual role in cGAS-STING signalling.
Mitochondrion 83:102037 (2025)

Lopriore, P. ; Legati, A. ; Neuhofer, C. ; Gerfo, A.L. ; Kopajtich, R. ; Barresi, M. ; Cecchi, G. ; Pavlov, M. ; Izzo, R. ; Montano, V. ; Caligo, M.A. ; Berutti, R. ; Mancuso, M. ; Prokisch, H. ; Ghezzi, D.

An inherited mtDNA rearrangement, mimicking a single large-scale deletion, associated with MIDD and a primary cardiological phenotype.

van Doeselaar, L. ; Abromeit, A. ; Stark, T. ; Menegaz, D. ; Ballmann, M. ; Mitra, S. ; Yang, H. ; Rehawi, G. ; Huettl, R.E. ; Bordes, J. ; Narayan, S. ; Harbich, D. ; Deussing, J.M. ; Rammes, G. ; Czisch, M. ; Knauer-Arloth, J. ; Eder, M. ; Lopez, J.P. ; Schmidt, M.V.

FKBP51 in glutamatergic forebrain neurons promotes early life stress inoculation in female mice.
Nat. Methods 22, 834-844 (2025)

Zappia, L. ; Richter, S. ; Ramirez Suastegui, C. ; Kfuri-Rubens, R. ; Vornholz, L. ; Wang, W. ; Dietrich, O. ; Frishberg, A. ; Luecken, M. ; Theis, F.J.

Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying.
Nat. Methods 22, 813-823 (2025)

Salas, S.M. ; Kuemmerle, L. ; Mattsson-Langseth, C. ; Tismeyer, S. ; Avenel, C. ; Hu, T. ; Rehmann, H. ; Grillo, M. ; Czarnewski, P. ; Helgadottir, S. ; Tiklova, K. ; Andersson, A. ; Rafati, N. ; Chatzinikolaou, M. ; Theis, F.J. ; Luecken, M. ; Wählby, C. ; Ishaque, N. ; Nilsson, M.

Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows.
Curr. Neurol. Neurosci. Rep. 25:24 (2025)

Indelicato, E. ; Zech, M. ; Eberl, A. ; Boesch, S.

Insights on the shared genetic landscape of neurodevelopmental and movement disorders.
Parkinsonism Relat. Disord. 134:107781 (2025)

Kafantari, E. ; Hernandez, V.J. ; Necpál, J. ; Leonidou, M. ; Baureder, R. ; Hedberg-Oldfors, C. ; Jech, R. ; Zech, M. ; Schwartz, T.U. ; Puschmann, A.

TOR1AIP2 as a candidate gene for dystonia-hemichorea/hemiballism.
Nat. Mach. Intell. 7, 96-106 (2025)

Schulze Buschoff, L.M. ; Akata, E. ; Bethge, M. ; Schulz, E.

Visual cognition in multimodal large language models.
IEEE J. Microw. 5, 373-387 (2025)

Engel, L. ; Mueller, J. ; Rendon, E.J.F. ; Dorschky, E. ; Krauss, D. ; Ullmann, I. ; Eskofier, B.M. ; Vossiek, M.

Advanced millimeter wave radar-based human pose estimation enabled by a deep learning neural network trained with optical motion capture ground truth data.
Sci. Adv. 11:eadq2290 (2025)

Gerstner, N. ; Fröhlich, A.S. ; Matosin, N. ; Gagliardi, M. ; Cruceanu, C. ; Ködel, M. ; Rex-Haffner, M. ; Tu, X. ; Mostafavi, S. ; Ziller, M.J. ; Binder, E.B. ; Knauer-Arloth, J.

Contrasting genetic predisposition and diagnosis in psychiatric disorders: A multi-omic single-nucleus analysis of the human OFC.
In: (Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2024). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 191-203 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15274 LNCS)

Riess, A. ; Ziller, A. ; Kolek, S. ; Rueckert, D. ; Schnabel, J.A. ; Kaissis, G.

Complex-valued federated learning with differential privacy and MRI applications.
In: (Artificial Intelligence and Imaging for Diagnostic and Treatment Challenges in Breast Care). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 202-211 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15451 LNCS)

Garrucho, L. ; Delegue, E. ; Osuala, R. ; Kessler, D. ; Kushibar, K. ; Diaz, O. ; Lekadir, K. ; Igual, L.

Fat-suppressed breast MRI synthesis for domain adaptation in tumour segmentation.
In: (Medical Information Computing). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 224-234 (Comm. Comp. Info. Sci. ; 2240)

Ambekar, S. ; Schnabel, J.A. ; Lang, D.

Non-parametric neighborhood test-time generalization: Application to medical image classification.
In: (Medical Information Computing). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 266-276 (Comm. Comp. Info. Sci. ; 2240)

Avci, M.Y. ; Chan, E. ; Zimmer, V. ; Rueckert, D. ; Wiestler, B. ; Schnabel, J.A. ; Bercea, C.-I.

Unsupervised analysis of Alzheimer’s disease signatures using 3D deformable autoencoders.
In: (Artificial Intelligence and Imaging for Diagnostic and Treatment Challenges in Breast Care). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 54-64 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15451 LNCS)

Osuala, R. ; Lang, D. ; Riess, A. ; Kaissis, G. ; Szafranowska, Z. ; Skorupko, G. ; Diaz, O. ; Schnabel, J.A. ; Lekadir, K.

Enhancing the utility of privacy-preserving cancer classification using synthetic data.

Kaymak, A. ; Romito, L.M. ; Colucci, F. ; Andreasi, N.G. ; Telese, R. ; Rinaldo, S. ; Levi, V. ; Zorzi, G. ; Israel, Z. ; Arkadir, D. ; Bergman, H. ; Carecchio, M. ; Prokisch, H. ; Zech, M. ; Garavaglia, B. ; Mazzoni, A. ; Eleopra, R.

Genetic etiology influences the low-frequency components of globus pallidus internus electrophysiology in dystonia.
STAR Protoc. 6:103637 (2025)

Unterauer, E.M. ; Schentarra, E.M. ; Jevdokimenko, K. ; Shetab Boushehri, S. ; Marr, C. ; Opazo, F. ; Fornasiero, E.F. ; Jungmann, R.

Protocol for SUM-PAINT spatial proteomic imaging generating neuronal architecture maps in rat hippocampal neurons.

Ibarra-Arellano, M.A. ; Caprio, L.A. ; Hada, A. ; Stotzem, N. ; Cai, L.L. ; Shah, S.B. ; Walsh, Z.H. ; Melms, J.C. ; Wünneman, F. ; Bestak, K. ; Mansaray, I. ; Izar, B. ; Schapiro, D.

micronuclAI enables automated quantification of micronuclei for assessment of chromosomal instability.

Dorschky, E. ; Nitschké, M.J.E. ; Mayer, M. ; Weygers, I. ; Gassner, H. ; Seel, T. ; Eskofier, B.M. ; Koelewijn, A.D.

Comparing sparse inertial sensor setups for sagittal-plane walking and running reconstructions.
Stem Cell Rep. 20:102447 (2025)

Zikmund, T. ; Fiorentino, J. ; Penfold, C. ; Stock, M. ; Shpudeiko, P. ; Agarwal, G. ; Langfeld, L. ; Petrova, K. ; Peshkin, L. ; Hamperl, S. ; Scialdone, A. ; Hörmanseder, E.

Differentiation success of reprogrammed cells is heterogeneous in vivo and modulated by somatic cell identity memory.
Sci. Adv. 11:eado1350 (2025)

Neupane, J. ; Lubatti, G. ; Gross-Thebing, T. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Butler, R.H. ; Gross-Thebing, S. ; Dietmann, S. ; Scialdone, A. ; Surani, M.A.

The emergence of human primordial germ cell-like cells in stem cell-derived gastruloids.
In: (Graphs in Biomedical Image Analysis). 2025. 12–22 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15182)

Kiechle, J. ; Lang, D. ; Fischer, S.M. ; Felsner, L. ; Peeken, J.C. ; Schnabel, J.A.

Graph Neural Networks: A Suitable Alternative to MLPs in Latent 3D Medical Image Classification?
Ann. Neurol. 97, 809-825 (2025)

Sorrentino, U. ; O'Neill, A.G. ; Kollman, J.M. ; Jinnah, H.A. ; Zech, M.

Purine metabolism and dystonia: Perspectives of a long-promised relationship.
Parkinsonism Relat. Disord. 133:107351 (2025)

Stretavská, P. ; Necpál, J. ; Trúsiková, E. ; Okáľová, K. ; Latka, S. ; Jech, R. ; Zech, M.

Paroxysmal nocturnal dystonia in DNM1L-related syndrome.
JAMA Neurol. 82, 397-406 (2025)

Ripart, M. ; Spitzer, H. ; Williams, L.Z.J. ; Walger, L. ; Chen, A. ; Napolitano, A. ; Rossi-Espagnet, C. ; Foldes, S.T. ; Hu, W. ; Mo, J. ; Likeman, M. ; Rüber, T. ; Caligiuri, M.E. ; Gambardella, A. ; Guttler, C. ; Tietze, A. ; Lenge, M. ; Guerrini, R. ; Cohen, N.T. ; Wang, I. ; Kloster, A. ; Pinborg, L.H. ; Hamandi, K. ; Jackson, G. ; Tortora, D. ; Tisdall, M. ; Conde-Blanco, E. ; Pariente, J.C. ; Perez-Enriquez, C. ; Gonzalez-Ortiz, S. ; Mullatti, N. ; Vecchiato, K. ; Liu, Y. ; Kälviäinen, R. ; Sokol, D. ; Shetty, J. ; Sinclair, B. ; Vivash, L. ; Willard, A. ; Winston, G.P. ; Yasuda, C. ; Cendes, F. ; Shinohara, R.T. ; Duncan, J.S. ; Cross, J.H. ; Baldeweg, T. ; Robinson, E.C. ; Iglesias, J.E. ; Adler, S. ; Wagstyl, K. ; Fawaz, A. ; De Benedictis, A. ; De Palma, L. ; Zhang, K. ; Labate, A. ; Barba, C. ; You, X. ; Gaillard, W.D. ; Tang, Y. ; Wang, S. ; Davies, S. ; Semmelroch, M. ; Severino, M. ; Striano, P. ; Chari, A. ; D'Arco, F. ; Mankad, K. ; Bargallo, N. ; Pascual-Diaz, S. ; Delgado-Martinez, I. ; O'Muircheartaigh, J. ; Abela, E. ; Kandasamy, J. ; McLellan, A. ; Desmond, P. ; Lui, E. ; O'Brien, T.J. ; Whitaker, K.

Detection of epileptogenic focal cortical dysplasia using graph neural networks: A MELD Study.
Lancet Neurol. 24, 218-229 (2025)

Zhu, G. ; Didry-Barca, B. ; Seabra, L. ; Rice, G.I. ; Uggenti, C. ; Touimy, M. ; Rodero, M.P. ; Trapero, R.H. ; Bondet, V. ; Duffy, D.L. ; Gautier, P. ; Livingstone, K. ; Sutherland, F.J.H. ; Lebon, P. ; Parisot, M. ; Bole-Feysot, C. ; Masson, C. ; Cagnard, N. ; Nitschke, P. ; Anderson, G. ; Assmann, B. ; Barth, M. ; Boespflug-Tanguy, O. ; D'Arco, F. ; Dorboz, I. ; Giese, T. ; Hacohen, Y. ; Hančárová, M. ; Husson, M. ; Lepine, A. ; Lim, M. ; Mancardi, M.M. ; Melki, I. ; Neubauer, D. ; Sa, M. ; Sedláček, Z. ; Seitz, A. ; Rottman, M.S. ; Sanquer, S. ; Straussberg, R. ; Vlčková, M. ; Villéga, F. ; Wagner, M. ; Zerem, A. ; Marsh, J.A. ; Frémond, M.L. ; Kaliakatsos, M. ; Crow, Y.J. ; El-Daher, M.T. ; Lepelley, A.

Autoinflammatory encephalopathy due to PTPN1 haploinsufficiency: A case series.

Han, S. ; Yu, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Ge, J. ; Lin, J. ; Prehn, C. ; Petrera, A. ; Li, Y. ; Sam, F. ; Matullo, G. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Hauck, S.M. ; Herder, C. ; Roden, M. ; Casale, F.P. ; Cai, N. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

LEOPARD: Missing view completion for multi-timepoint omics data via representation disentanglement and temporal knowledge transfer.
Nat. Cell Biol. 27, 384–392 (2025)

Willem, T. ; Shitov, V.A. ; Luecken, M. ; Kilbertus, N. ; Bauer, S. ; Piraud, M. ; Buyx, A. ; Theis, F.J.

Biases in machine-learning models of human single-cell data.
Nat. Biotechnol. 43, 166-169 (2025)

Lobentanzer, S. ; Feng, S. ; Bruderer, N. ; Maier, A. ; The BioChatter Consortium (Lucarelli, D.) ; Wang, C. ; Baumbach, J. ; Abreu-Vicente, J. ; Krehl, N. ; Ma, Q. ; Lemberger, T. ; Saez-Rodriguez, J.

A platform for the biomedical application of large language models.

Zech, M. ; Dzinovic, I. ; Škorvánek, M. ; Harrer, P. ; Necpál, J. ; Kopajtich, R. ; Kittke, V. ; Tilch, E. ; Zhao, C. ; Tsoma, E. ; Sorrentino, U. ; Indelicato, E. ; Stehr, A.M. ; Saparov, A. ; Abela, L. ; Adamovičová, M. ; Afenjar, A. ; Assmann, B. ; Baloghova, J. ; Baumann, M. ; Berutti, R. ; Brezna, Z. ; Brugger, M. ; Brunet, T. ; Cogné, B. ; Colangelo, I. ; Conboy, E. ; Distelmaier, F. ; Eckenweiler, M. ; Garavaglia, B. ; Geerlof, A. ; Graf, E. ; Hackenberg, A. ; Harvanova, D. ; Haslinger, B. ; Havránková, P. ; Hoffmann, G.F. ; Janzarik, W.G. ; Keren, B. ; Kolníková, M. ; Kolokotronis, K. ; Kosutzka, Z. ; Koy, A. ; Krenn, M. ; Krygier, M. ; Kusikova, K. ; Maier, O. ; Meitinger, T. ; Mertes, C. ; Milenkovic, I. ; Monfrini, E. ; Mourao, A. ; Musacchio, T. ; Nizon, M. ; Ostrozovičová, M. ; Pavlov, M. ; Příhodová, I. ; Rektorová, I. ; Romito, L.M. ; Rybanska, B. ; Sadr-Nabavi, A. ; Schwenger, S. ; Shoeibi, A. ; Sitzberger, A. ; Smirnov, D. ; Švantnerová, J. ; Tautanova, R. ; Toelle, S.P. ; Ulmanová, O. ; Vetrini, F. ; Vill, K. ; Wagner, M. ; Weise, D. ; Zorzi, G. ; Di Fonzo, A. ; Oexle, K. ; Berweck, S. ; Mall, V. ; Boesch, S. ; Schormair, B. ; Prokisch, H. ; Jech, R. ; Winkelmann, J.

Combined genomics and proteomics unveils elusive variants and vast aetiologic heterogeneity in dystonia.
Parkinsonism Relat. Disord. 133:107323 (2025)

Krygier, M. ; Limanówka, M. ; Pietruszka, M. ; Chylińska, M. ; Mazurkiewicz-Bełdzińska, M. ; Zech, M.

TAOK1-related neurodevelopmental disorder: A new differential diagnosis for childhood-onset tremor!

Chew, S.M. ; Teumer, A. ; Matias-Garcia, P.R. ; Gieger, C. ; Winkelmann, J. ; Suhre, K. ; Herder, C. ; Rathmann, W. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Cross-sectional and longitudinal association of seven DNAm-based predictors with metabolic syndrome and type 2 diabetes.
Sci. Adv. 11:eadn8631 (2025)

Dony, L. ; Krontira, A.C. ; Kaspar, L. ; Ahmad, R. ; Demirel, I.S. ; Grochowicz, M. ; Schäfer, T. ; Begum, F. ; Sportelli, V. ; Raimundo, C. ; Koedel, M. ; Labeur, M. ; Cappello, S. ; Theis, F.J. ; Cruceanu, C. ; Binder, E.B.

Chronic exposure to glucocorticoids amplifies inhibitory neuron cell fate during human neurodevelopment in organoids.
Nature 639, 404-410 (2025)

Stæger, F.F. ; Andersen, M.K. ; Li, Z. ; Hjerresen, J.P. ; He, S. ; Santander, C.G. ; Jensen, R.T. ; Rex, K.F. ; Thuesen, A.C.B. ; Hanghøj, K. ; Seiding, I.H. ; Jørsboe, E. ; Stinson, S.E. ; Rasmussen, M.S. ; Balboa, R.F. ; Larsen, C.V.L. ; Bjerregaard, P. ; Schubert, M. ; Meisner, J. ; Linneberg, A. ; Grarup, N. ; Zeggini, E. ; Nielsen, R. ; Jørgensen, M.E. ; Hansen, T. ; Moltke, I. ; Albrechtsen, A.

Genetic architecture in Greenland is shaped by demography, structure and selection.
Cell Rep. Med. 6:101946 (2025)

Santos-Peral, A. ; Zaucha, M. ; Nikolova, E. ; Yaman, E. ; Puzek, B. ; Winheim, E. ; Goresch, S. ; Scheck, M.K. ; Lehmann, L. ; Dahlstroem, F. ; Karimzadeh, H. ; Thorn-Seshold, J. ; Jia, S. ; Luppa, F. ; Pritsch, M. ; Butt, J. ; Metz-Zumaran, C. ; Barba-Spaeth, G. ; Endres, S. ; Kim-Hellmuth, S. ; Waterboer, T. ; Krug, A.B. ; Rothenfußer, S.

Basal T cell activation predicts yellow fever vaccine response independently of cytomegalovirus infection and sex-related immune variations.

Ailer, E. ; Müller, C.L. ; Kilbertus, N.

Instrumental variable estimation for compositional treatments.
Mol. Syst. Biol. 21, 214-230 (2025)

Stock, M. ; Losert, C. ; Zambon, M. ; Popp, N. ; Lubatti, G. ; Hörmanseder, E. ; Heinig, M. ; Scialdone, A.

Leveraging prior knowledge to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-sequencing data.
Parkinsonism Relat. Disord. 133:107319 (2025)

Stehr, A.M. ; Fischer, J. ; Mirza-Schreiber, N. ; Bernardi, K. ; Porrmann, J. ; Harrer, P. ; Kaiser, F. ; Jamra, R.A. ; Winkelmann, J. ; Jech, R. ; Koy, A. ; Oexle, K. ; Zech, M.

Variable expressivity of KMT2B variants at codon 2565 in patients with dystonia and developmental disorders.
BMJ 388:e081554 (2025)

Lekadir, K. ; Frangi, A.F. ; Porras, A.R. ; Glocker, B. ; Cintas, C. ; Langlotz, C.P. ; Weicken, E. ; Asselbergs, F.W. ; Prior, F. ; Collins, G.S. ; Kaissis, G. ; Tsakou, G. ; Buvat, I. ; Kalpathy-Cramer, J. ; Mongan, J. ; Schnabel, J.A. ; Kushibar, K. ; Riklund, K. ; Marias, K. ; Amugongo, L.M. ; Fromont, L.A. ; Maier-Hein, L. ; Cerdá-Alberich, L. ; Martí-Bonmatí, L. ; Cardoso, M.J. ; Bobowicz, M. ; Shabani, M. ; Tsiknakis, M. ; Zuluaga, M.A. ; Fritzsche, M.C. ; Camacho, M. ; Linguraru, M.G. ; Wenzel, M. ; De Bruijne, M. ; Tolsgaard, M.G. ; Goisauf, M. ; Cano Abadía, M. ; Papanikolaou, N. ; Lazrak, N. ; Pujol, O. ; Osuala, R. ; Napel, S. ; Colantonio, S. ; Joshi, S. ; Klein, S. ; Aussó, S. ; Rogers, W.A. ; Salahuddin, Z. ; Starmans, M.P.A.

FUTURE-AI: International consensus guideline for trustworthy and deployable artificial intelligence in healthcare.
Parkinsonism Relat. Disord. 132:107274 (2025)

Quazza, F. ; Riant, F. ; Patera, M. ; Suppa, A. ; Satolli, S. ; Burglen, L. ; Zech, M. ; Boesch, S. ; Indelicato, E. ; Hainque, E. ; Apartis, E. ; Rodriguez, D. ; Doummar, D. ; Méneret, A. ; Ravelli, C.

Atypical ADCY5-related movement disorders: Highlighting adolescent/adult-onset cervical dystonia.
Nat. Genet. 57, 797–808 (2025)

Tejada Lapuerta, A. ; Bertin, P. ; Bauer, S. ; Aliee, H. ; Bengio, Y. ; Theis, F.J.

Causal machine learning for single-cell genomics.
IEEE Trans. Med. Imaging 44, 2002-2015 (2025)

Tran, M. ; Wagner, S. ; Weichert, W. ; Matek, C. ; Boxberg, M. ; Peng, T.

Navigating through whole slide images with hierarchy, multi-object, and multi-scale data.
Nat. Rev. Cardiol., DOI: 10.1038/s41569-025-01132-3 (2025)

Pekayvaz, K. ; Heinig, M. ; Stark, K.

Predictive cardio-omics: Translating single-cell multiomics into tools for personalized medicine.
Microbiome 13:38 (2025)

Rauer, L. ; De Tomassi, A. ; Müller, C.L. ; Hülpüsch, C. ; Traidl-Hoffmann, C. ; Reiger, M. ; Neumann, A.U.

De-biasing microbiome sequencing data: Bacterial morphology-based correction of extraction bias and correlates of chimera formation.
Nature 642, 182-190 (2025)

Keneskhanova, Z. ; McWilliam, K.R. ; Cosentino, R.O. ; Barcons-Simon, A. ; Dobrynin, A. ; Smith, J.E. ; Subota, I. ; Mugnier, M.R. ; Colomé-Tatché, M. ; Siegel, T.N.

Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes.
Nature, DOI: 10.1038/d41586-025-00107-1 (2025)

Klein, D. ; Theis, F.J.

Multimodal cell mapping with optimal transport.
Ann. Neurol. 97, 826-844 (2025)

Kaymak, A. ; Colucci, F. ; Ahmadipour, M. ; Andreasi, N.G. ; Rinaldo, S. ; Israel, Z. ; Arkadir, D. ; Telese, R. ; Levi, V. ; Zorzi, G. ; Carpaneto, J. ; Carecchio, M. ; Prokisch, H. ; Zech, M. ; Garavaglia, B. ; Bergman, H. ; Eleopra, R. ; Mazzoni, A. ; Romito, L.M.

Spiking patterns in the globus pallidus highlight convergent neural dynamics across diverse genetic dystonia syndromes.

Rendo, V. ; Schubert, M. ; Khuu, N. ; Suarez Peredo Rodriguez, M.F. ; Whyte, D. ; Ling, X. ; van den Brink, A. ; Huang, K. ; Swift, M. ; He, Y. ; Zerbib, J. ; Smith, R. ; Raaijmakers, J. ; Bandopadhayay, P. ; Guenther, L.M. ; Hwang, J.H. ; Iniguez, A. ; Moody, S. ; Seo, J.H. ; Stover, E.H. ; Garraway, L. ; Hahn, W.C. ; Stegmaier, K. ; Medema, R.H. ; Chowdhury, D. ; Colomé-Tatché, M. ; Ben-David, U. ; Beroukhim, R. ; Foijer, F.

A compendium of Amplification-Related Gain Of Sensitivity genes in human cancer.

Ray-Jones, H. ; Sung, C.K. ; Chan, L.T. ; Haglund, A. ; Artemov, P. ; Della Rosa, M. ; Ruje, L. ; Burden, F. ; Kreuzhuber, R. ; Litovskikh, A. ; Weyenbergh, E. ; Brusselaers, Z. ; Tan, V.X.H. ; Frontini, M. ; Wallace, C. ; Malysheva, V. ; Bottolo, L. ; Vigorito, E. ; Spivakov, M.

Genetic coupling of enhancer activity and connectivity in gene expression control.
Intensive Care Med. 51, 259-271 (2025)

Velho, T.R. ; Pinto, F. ; Ferreira, R.C. ; Pereira, R.M. ; Duarte, A. ; Harada, M. ; Willmann, K. ; Pedroso, D. ; Paixão, T. ; Guerra, N.C. ; Neves-Costa, A. ; Santos, I. ; Gouveia E Melo, R. ; Brito, D. ; Almeida, A.G. ; Nobre, A. ; Wang-Sattler, R. ; Köcher, T. ; Pedro, L.M. ; Moita, L.F.

Role of major cardiovascular surgery-induced metabolic reprogramming in acute kidney injury in critical care.

Binz, M. ; Alaniz, S. ; Roskies, A. ; Aczel, B. ; Bergstrom, C.T. ; Allen, C.E. ; Schad, D. ; Wulff, D.U. ; West, J.D. ; Zhang, Q. ; Shiffrin, R.M. ; Gershman, S.J. ; Popov, V. ; Bender, E.M. ; Marelli, M. ; Botvinick, M.M. ; Akata, Z. ; Schulz, E.

How should the advancement of large language models affect the practice of science?
IEEE J. Biomed. Health Inform., DOI: 10.1109/JBHI.2025.3530821 (2025)

Oesten, M. ; Abel, L. ; Albrecht, N.C. ; Richer, R. ; Langer, D. ; Griesshammer, S.G. ; Ghanem, K. ; Steigleder, T. ; Ostgathe, C. ; Koelpin, A. ; Eskofier, B.M.

Systematic investigation of heart sound propagation using continuous wave radar.
Nature 638, 1065–1075 (2025)

Klein, D. ; Palla, G. ; Lange, M. ; Klein, M. ; Piran, Z. ; Gander, M. ; Meng-Papaxanthos, L. ; Sterr, M. ; Saber, L. ; Jing, C. ; Bastidas-Ponce, A. ; Cota, P. ; Tarquis Medina, M. ; Parikh, S. ; Gold, I. ; Lickert, H. ; Bakhti, M. ; Nitzan, M. ; Cuturi, M.C. ; Theis, F.J.

Mapping cells through time and space with moscot.
Cell Death Differ. 32, 899-910 (2025)

Antoniolli, M. ; Solovey, M. ; Hildebrand, J.A. ; Freyholdt, T. ; Strobl, C.D. ; Bararia, D. ; Keay, W.D. ; Adolph, L. ; Heide, M. ; Passerini, V. ; Winter, L. ; Wange, L. ; Enard, W. ; Thieme, S. ; Blum, H. ; Rudelius, M. ; Mergner, J. ; Ludwig, C. ; Bultmann, S. ; Schmidt-Supprian, M. ; Leonhardt, H. ; Subklewe, M. ; von Bergwelt-Baildon, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Weigert, O.

ARID1A mutations protect follicular lymphoma from FAS-dependent immune surveillance by reducing RUNX3/ETS1-driven FAS-expression.
Research 8:0576 (2025)

Zhou, X. ; Zhu, X. ; Wang, W. ; Wang, J. ; Wen, H. ; Zhao, Y. ; Zhang, J. ; Xu, Q. ; Zhao, Z. ; Ni, T.

Comprehensive cellular senescence evaluation to aid targeted therapies.

Lessel, I. ; Baresic, A. ; Chinn, I.K. ; May, J. ; Goenka, A. ; Chandler, K.E. ; Posey, J.E. ; Afenjar, A. ; Averdunk, L. ; Bedeschi, M.F. ; Besnard, T. ; Brager, R. ; Brick, L. ; Brugger, M. ; Brunet, T. ; Byrne, S. ; Calle-Martín, O. ; Capra, V. ; Cardenas, P. ; Chappé, C. ; Chong, H.J. ; Cogné, B. ; Conboy, E. ; Cope, H. ; Courtin, T. ; Deb, W. ; Dilena, R. ; Dubourg, C. ; Elgizouli, M. ; Fernandes, E. ; Fitzgerald, K.K. ; Gangi, S. ; George-Abraham, J.K. ; Gucsavas-Calikoglu, M. ; Haack, T.B. ; Hadonou, M. ; Hanker, B. ; Hüning, I. ; Iascone, M. ; Isidor, B. ; Järvelä, I. ; Jin, J.J. ; Jorge, A.A.L. ; Josifova, D. ; Kalinauskiene, R. ; Kamsteeg, E.J. ; Keren, B. ; Kessler, E. ; Kölbel, H. ; Kozenko, M. ; Kubisch, C. ; Kuechler, A. ; Leal, S.M. ; Leppälä, J. ; Luu, S.M. ; Lyon, G.J. ; Madan-Khetarpal, S. ; Mancardi, M.M. ; Marchi, E. ; Mehta, L. ; Menendez, B. ; Morel, C.F. ; Harasink, S.M. ; Nevay, D.L. ; Nigro, V. ; Odent, S. ; Oegema, R. ; Pappas, J. ; Pastore, M.T. ; Perilla-Young, Y. ; Platzer, K. ; Powell-Hamilton, N. ; Rabin, R. ; Rekab, A. ; Rezende, R.C. ; Robert, L. ; Romano, F. ; Scala, M. ; Poths, K. ; Schrauwen, I. ; Sebastian, J. ; Short, J. ; Sidlow, R. ; Sullivan, J. ; Szakszon, K. ; Tan, Q.K.G. ; Wagner, M. ; Wieczorek, D. ; Yuan, B. ; Maeding, N. ; Strunk, D. ; Begtrup, A. ; Banka, S. ; Lupski, J.R. ; Tolosa, E. ; Lessel, D.

DNA-binding affinity and specificity determine the phenotypic diversity in BCL11B-related disorders.
Hum. Mol. Genet. 34, 469-480 (2025)

Singh, A. ; Bocher, O. ; Zeggini, E.

Insights into the molecular underpinning of type 2 diabetes complications.

Neth, B.J. ; Huynh, K. ; Giles, C. ; Wang, T. ; Mellett, N.A. ; Duong, T. ; Blach, C. ; Schimmel, L. ; Register, T.C. ; Blennow, K. ; Zetterberg, H. ; Batra, R. ; Schweickart, A. ; Dilmore, A.H. ; Martino, C. ; Arnold, M. ; Krumsiek, J. ; Han, X. ; Dorrestein, P.C. ; Knight, R. ; Meikle, P.J. ; Craft, S. ; Kaddurah-Daouk, R.

Consuming a modified Mediterranean ketogenic diet reverses the peripheral lipid signature of Alzheimer's disease in humans.
Nature 640, 782-792 (2025)

Chu, T. ; Wu, M. ; Höllbacher, B. ; de Almeida, G.P. ; Wurmser, C. ; Berner, J. ; Donhauser, L.V. ; Ann-Katrin, G. ; Lin, S. ; Cepeda-Mayorga, J.D. ; Kilb, I.I. ; Bongers, L. ; Toppeta, F. ; Strobl, P. ; Youngblood, B. ; Schulz, A.M. ; Zippelius, A. ; Knolle, P.A. ; Heinig, M. ; Hackstein, C.P. ; Zehn, D.

Precursors of exhausted T cells are preemptively formed in acute infection.

Braunsperger, A. ; Bauer, M. ; Brahim, C.B. ; Seep, L. ; Tischer, D. ; Peitzsch, M. ; Hasenauer, J. ; Figueroa, S.H. ; Worthmann, A. ; Heeren, J. ; Dyar, K.A. ; Koehler, K. ; Soriano-Arroquia, A. ; Schönfelder, M. ; Wackerhage, H.

Effects of time-of-day on the noradrenaline, adrenaline, cortisol and blood lipidome response to an ice bath.
Hepatology 81, E106-E107 (2025)

Lenz, D. ; Schlieben, L.D. ; Staufner, C. ; Prokisch, H.

Response to "the race against time in genetic testing for PALF".
Alzheimers Dement. 20, 1:e089802 (2025)

Liang, N. ; Nho, K. ; Newman, J.W. ; Arnold, M. ; Huynh, K. ; Meikle, P.J. ; Borkowski, K. ; Kaddurah-Daouk, R.

Peripheral metabolism informs on future cognitive decline and development of Alzheimer’s disease in population at risk.

Montanari, S. ; Jansen, R. ; Schranner, D. ; Kastenmüller, G. ; Arnold, M. ; Janiri, D. ; Sani, G. ; Bhattacharyya, S. ; Mahmoudian Dehkordi, S. ; Dunlop, B.W. ; Rush, A.J. ; Penninx, B.W.H.J. ; Kaddurah-Daouk, R. ; Milaneschi, Y.

Acylcarnitines metabolism in depression: Association with diagnostic status, depression severity and symptom profile in the NESDA cohort.

Arnold, M. ; Buyukozkan, M. ; Doraiswamy, P.M. ; Nho, K. ; Wu, T. ; Gudnason, V. ; Launer, L.J. ; Wang-Sattler, R. ; Adamski, J. ; de Jager, P.L. ; Ertekin-Taner, N. ; Bennett, D.A. ; Saykin, A.J. ; Peters, A. ; Suhre, K. ; Kaddurah-Daouk, R. ; Kastenmüller, G. ; Krumsiek, J.

Individual bioenergetic capacity as a potential source of resilience to Alzheimer's disease.

Bork, J. ; Markus, M.R.P. ; Ewert, R. ; Nauck, M. ; Templin, C. ; Völzke, H. ; Kastenmüller, G. ; Artati, A. ; Adamski, J. ; Dörr, M. ; Friedrich, N. ; Bahls, M.

The metabolic signature of cardiorespiratory fitness.
Cardiovasc. Diabetol. 24:19 (2025)

Lai, L. ; Juntilla, D.L. ; Del, M. ; Gomez Alonso, M.D.C. ; Grallert, H. ; Thorand, B. ; Farzeen, A. ; Rathmann, W. ; Winkelmann, J. ; Prokisch, H. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Longitudinal association between DNA methylation and type 2 diabetes: Findings from the KORA F4/FF4 study.
Brain Behav. Immun. 123, 353-369 (2025)

Hagenberg, J. ; Brückl, T.M. ; Erhart, M. ; Kopf-Beck, J. ; Ködel, M. ; Rehawi, G. ; Röh-Karamihalev, S. ; Sauer, S. ; Yusupov, N. ; Rex-Haffner, M. ; Spoormaker, V.I. ; Samann, P. ; Binder, E. ; Knauer-Arloth, J.

Dissecting depression symptoms: Multi-omics clustering uncovers immune-related subgroups and cell-type specific dysregulation.
JIMD Rep. 66:e70002 (2025)

Heckmann, K. ; Iuso, A. ; Reunert, J. ; Grueneberg, M. ; Seelhoefer, A. ; Rust, S. ; Fiermonte, G. ; Paradies, E. ; Piazzolla, C. ; Mannil, M. ; Marquardt, T.

Correction to “Expanding the genetic and clinicalspectrum of SLC25A42 associated disorders and testing ofpantothenic acid to improve CoA level in vitro”.
Blood 145, 1536-1552 (2025)

Gottschlich, A. ; Grünmeier, R. ; Hoffmann, G.V. ; Nandi, S. ; Kavaka, V. ; Müller, P.J. ; Jobst, J. ; Oner, A. ; Kaiser, R. ; Gärtig, J. ; Piseddu, I. ; Frenz-Wiessner, S. ; Fairley, S.D. ; Schulz, H. ; Igl, V. ; Janert, T.A. ; Di Fina, L. ; Mulkers, M. ; Thomas, M. ; Briukhovetska, D. ; Simnica, D. ; Carlini, E. ; Tsiverioti, C.A. ; Trefny, M.P. ; Lorenzini, T. ; Märkl, F. ; Mesquita, P. ; Brabenec, R. ; Strzalkowski, T. ; Stock, S. ; Michaelides, S. ; Hellmuth, J.C. ; Thelen, M. ; Reinke, S.N. ; Klapper, W. ; Gelebart, P.F. ; Nicolai, L. ; Marr, C. ; Beltrán, E. ; Megens, R.T.A. ; Klein, C. ; Baran-Marszak, F. ; Rosenwald, A. ; von Bergwelt-Baildon, M. ; Bröckelmann, P.J. ; Endres, S. ; Kobold, S.

Dissection of single-cell landscapes for the development of chimeric antigen receptor T cells in Hodgkin lymphoma.
Kidney Int. Rep. 10, 877-891 (2025)

Ćomić, J. ; Tilch, E. ; Riedhammer, K.M. ; Brugger, M. ; Brunet, T. ; Eyring, K. ; Vill, K. ; Redler, S. ; Tasic, V. ; Schmiedeke, E. ; Schäfer, F.M. ; Abazi-Emini, N. ; Jenetzky, E. ; Schwarzer, N. ; Widenmann, A. ; Lacher, M. ; Zech, M. ; Grasshoff-Derr, S. ; Geßner, M. ; Kabs, C. ; Seitz, B. ; Heydweiller, A.C. ; Muensterer, O. ; Lange-Sperandio, B. ; Rolle, U. ; Schumacher, J. ; Braunisch, M.C. ; Berutti, R. ; Reutter, H. ; Hoefele, J.

Trio exome sequencing in VACTERL association.
Nat. Mach. Intell., DOI: 10.1038/s42256-024-00934-3 (2025)

Richter, T. ; Bahrami, M. ; Xia, Y. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Delineating the effective use of self-supervised learning in single-cell genomics.
In: (Computer Vision – ECCV 2024). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 413-430 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15144)

Chobola, T. ; Liu, Y. ; Zhang, H. ; Schnabel, J.A. ; Peng, T.

Fast context-based low-light image enhancement via neural implicit representations.
In: (Ethics and Fairness in Medical Imaging). 2025. 34-45 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15198 LNCS)

Kaess, P. ; Ziller, A. ; Mantz, L. ; Rueckert, D. ; Fintelmann, F.J. ; Kaissis, G.

Fair and private CT contrast agent detection.
In: (Deep Generative Models). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 139-149 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15224 LNCS)

Daum, D. ; Osuala, R. ; Riess, A. ; Kaissis, G. ; Schnabel, J.A. ; di Folco, M.

On differentially private 3D medical image synthesis with controllable latent diffusion models.
In: (Deep Generative Models). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 87-97 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15224 LNCS)

Durrer, A. ; Wolleb, J. ; Bieder, F. ; Friedrich, P. ; Melie-Garcia, L. ; Ocampo Pineda, M.A. ; Bercea, C.-I. ; Hamamci, I.E. ; Wiestler, B. ; Piraud, M. ; Yaldizli, O. ; Granziera, C. ; Menze, B. ; Cattin, P.C. ; Kofler, F.

Denoising diffusion models for 3D healthy brain tissue inpainting.
In: (Simulation and Synthesis in Medical Imaging). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 167-176 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15187 LNCS)

Alaya, M.B. ; Lang, D. ; Wiestler, B. ; Schnabel, J.A. ; Bercea, C.-I.

MedEdit: Counterfactual diffusion-based image editing on brain MRI.
In: (Simplifying Medical Ultrasound). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 78-87 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15186 LNCS)

Rasheed, H. ; Dorent, R. ; Fehrentz, M. ; Kapur, T. ; Wells, W.M. ; Golby, A. ; Frisken, S. ; Schnabel, J.A. ; Haouchine, N.

Learning to match 2D keypoints across preoperative MR and intraoperative ultrasound.
In: (Simplifying Medical Ultrasound). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 220-230 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15186 LNCS)

Mykula, H. ; Gasser, L. ; Lobmaier, S. ; Schnabel, J.A. ; Zimmer, V. ; Bercea, C.-I.

Diffusion models for unsupervised anomaly detection in fetal brain ultrasound.