Rolled up magazines on blue background

Publications

EMBO J. 39:e105725 (2020)

Torres-Padilla, M.E. ; Bredenoord, A.L. ; Jongsma, K.R. ; Lunkes, A. ; Marelli, L. ; Pinheiro, I. ; Testa, G.

Thinking "ethical" when designing an international, cross-disciplinary biomedical research consortium.
Curr. Top. Dev. Biol. 142, 1-66 (2020)

Villalba, A. ; Götz, M. ; Borrell, V.

The regulation of cortical neurogenesis.

Ngo, D. ; Pratte, K.A. ; Flexeder, C. ; Petersen, H. ; Dang, H. ; Ma, Y. ; Keyes, M.J. ; Petersonl, B.D. ; Sitars, V. ; Gillenwater, L.A. ; Xu, H. ; Emson, C. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Graumann, J. ; Jain, D. ; Conomos, M.P. ; Tracy, R.P. ; Guo, X. ; Liu, Y. ; Johnson, W. ; Cornell, E. ; Durda, P. ; Taylor, K.D. ; Papanicolaou, G.J. ; Rich, S.S. ; Rotter, J.I. ; Rennard, S.I. ; Curtis, J.L. ; Woodruff, P. ; Comellas, A.P. ; Silverman, E.K. ; Crapo, J.D. ; Larson, M.G. ; Ramachandran, V.S. ; Wang, T.J. ; Gerszten, R.E. ; O'Connor, G.T. ; Barr, R. ; Couper, D. ; Dupuis, J. ; Manichaikul, A. ; O'Neal, W.K. ; Tesfaigzi, Y. ; Schulz, H. ; Bowler, R.P.

Systemic biomarkers of lung function and FEV1 decline across multiple cohorts.
BMC Public Health 20:1335 (2020)

Radon, K. ; Saathoff, E. ; Pritsch, M. ; Guggenbühl Noller, J.M. ; Kroidl, I. ; Olbrich, L. ; Thiel, V. ; Diefenbach, M. ; Riess, F. ; Förster, F. ; Theis, F.J. ; Wieser, A. ; Hoelscher, M. ; the KoCo19 collaboration group (Hasenauer, J. ; Fuchs, C. ; Castelletti, N. ; Zeggini, E. ; Laxy, M. ; Leidl, R. ; Schwettmann, L.)

Protocol of a population-based prospective COVID-19 cohort study Munich, Germany (KoCo19) (vol 20, 1036, 2020).
In:. 2020. 246-256 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 12265 LNCS)

Sadafi, A. ; Makhro, A. ; Bogdanova, A. ; Navab, N. ; Peng, T. ; Albarqouni, S. ; Marr, C.

Attention based multiple instance learning for classification of blood cell disorders.
STAR Protoc. 1:100228 (2020)

Bheda, P. ; Aguilar-Gómez, D. ; Kukhtevich, I. ; Becker, J. ; Charvin, G. ; Kirmizis, A. ; Schneider, R.

Microfluidics for single-cell lineage tracking over time to characterize transmission of phenotypes in Saccharomyces cerevisiae.
Cell Syst. 11, 653-662.e8 (2020)

Schuh, L. ; Loos, C. ; Pokrovsky, D. ; Imhof, A. ; Rupp, R.A.W. ; Marr, C.

H4K20 methylation is differently regulated by dilution and demethylation in proliferating and cell-cycle-arrested xenopus embryos.
In:. 2020. 174-183 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 12265 LNCS)

Peng, T. ; Lamm, L. ; Loeffler, D. ; Ahmed, N. ; Navab, N. ; Schroeder, T. ; Marr, C.

Background and illumination correction for time-lapse microscopy data with correlated foreground.
Nucleic Acids Res. 48, 11335-11346 (2020)

Chlis, N.-K. ; Rausch, L. ; Brocker, T. ; Kranich, J. ; Theis, F.J.

Predicting single-cell gene expression profiles of imaging flow cytometry data with machine learning.
Circ. Genom. Precis. Med. 13, 640-648 (2020)

Van Zuydam, N.R. ; Ladenvall, C. ; Voight, B.F. ; Strawbridge, R.J. ; Fernandez-Tajes, J. ; Rayner, N.W. ; Robertson, N.R. ; Mahajan, A. ; Vlachopoulou, E. ; Goel, A. ; Kleber, M.E. ; Nelson, C.P. ; Kwee, L.C. ; Esko, T. ; Mihailov, E. ; Mägi, R. ; Milani, L. ; Fischer, K. ; Kanoni, S. ; Kumar, J. ; Song, C. ; Hartiala, J.A. ; Pedersen, N.L. ; Perola, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Qu, L. ; Willems, S.M. ; Doney, A.S.F. ; Morris, A.D. ; Zheng, Y. ; Sesti, G. ; Hu, F.B. ; Qi, L. ; Laakso, M. ; Thorsteinsdottir, U. ; Grallert, H. ; van Duijn, C.M. ; Reilly, M.P. ; Ingelsson, E. ; Deloukas, P. ; Kathiresan, S. ; Metspalu, A. ; Shah, S.H. ; Sinisalo, J. ; Salomaa, V. ; Hamsten, A. ; Samani, N.J. ; Marz, W. ; Hazen, S.L. ; Watkins, H. ; Saleheen, D. ; Colhoun, H.M. ; Groop, L. ; McCarthy, M.I. ; SUMMIT Steering Committee; CARDIOGRAMplusC4D Steering Committee (Thorand, B.)

Genetic predisposition to coronary artery disease in type 2 diabetes mellitus.
Bioinformatics 36, 2, i610-i617 (2020)

Lotfollahi, M. ; Naghipourfar, M. ; Theis, F.J. ; Wolf, F.A.

Conditional out-of-distribution generation for unpaired data using transfer VAE.
Front. Immunol. 11:606338 (2020)

Ruschil, C. ; Gabernet, G. ; Lepennetier, G. ; Heumos, S. ; Kaminski, M. ; Hracsko, Z. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Ziemann, U. ; Nahnsen, S. ; Owens, G.P. ; Bennett, J.L. ; Hemmer, B. ; Kowarik, M.C.

Specific induction of double negative B cells during protective and pathogenic immune responses.
In:. 2020. 455-462 (Acta Hortic. ; 1297)

Jamshidnia, M. ; Kazemitabar, S.K. ; Lindermayr, C. ; Najafi Zarini, H.

Transformation of Nicotiana tabacum using the herbicide resistance bar gene as a selectable marker.
Annu. Rev. Genet. 54, 167-187 (2020)

Fiorentino, J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Scialdone, A.

Measuring and modeling single-cell heterogeneity and fate decision in mouse embryos.
Nature 588, 466-472 (2020)

Litviňuková, M. ; Talavera-López, C. ; Maatz, H. ; Reichart, D. ; Worth, C.L. ; Lindberg, E.L. ; Kanda, M. ; Polanski, K. ; Heinig, M. ; Lee, M. ; Nadelmann, E.R. ; Roberts, K. ; Tuck, L. ; Fasouli, E.S. ; DeLaughter, D.M. ; McDonough, B. ; Wakimoto, H. ; Gorham, J.M. ; Samari, S. ; Mahbubani, K.T. ; Saeb-Parsy, K. ; Patone, G. ; Boyle, J.J. ; Zhang, H. ; Viveiros, A. ; Oudit, G.Y. ; Bayraktar, O.A. ; Seidman, J.G. ; Seidman, C.E. ; Noseda, M. ; Hubner, N. ; Teichmann, S.A.

Cells of the adult human heart.
Tumordiagnos. Ther. 41, 666-668 (2020)

Matek, C. ; Spiekermann, K. ; Marr, C.

Zytomorphologische Diagnostik mithilfe von künstlicher Intelligenz (KI).

Kranich, J. ; Chlis, N.-K. ; Rausch, L. ; Latha, A. ; Schifferer, M. ; Kurz, T. ; Foltyn-Arfa Kia, A. ; Simons, M. ; Theis, F.J. ; Brocker, T.

In vivo identification of apoptotic and extracellular vesicle-bound live cells using image-based deep learning.
Photoacoustics 20:100203 (2020)

Chlis, N.-K. ; Karlas, A. ; Fasoula, N.-A. ; Kallmayer, M. ; Eckstein, H.H. ; Theis, F.J. ; Ntziachristos, V. ; Marr, C.

A sparse deep learning approach for automatic segmentation of human vasculature in multispectral optoacoustic tomography.
Lect. Notes Comput. Sc. 12396 LNCS, 105-114 (2020)

Ansari, M. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Learning Tn5 sequence bias from ATAC-seq on naked chromatin.
Nucleic Acids Res. 48, 11394-11407 (2020)

Monteagudo-Sánchez, A. ; Hernandez Mora, J.R. ; Simon, C. ; Burton, A. ; Tenorio, J. ; Lapunzina, P. ; Clark, S. ; Esteller, M. ; Kelsey, G. ; López-Siguero, J.P. ; de Nanclares, G.P. ; Torres-Padilla, M.E. ; Monk, D.

The role of ZFP57 and additional KRAB-zinc finger proteins in the maintenance of human imprinted methylation and multi-locus imprinting disturbances.
Genome Biol. 21:259 (2020)

Hofmeister, B.T. ; Denkena, J. ; Colomé-Tatché, M. ; Shahryary, Y. ; Hazarika, R. ; Grimwood, J. ; Mamidi, S. ; Jenkins, J. ; Grabowski, P.P. ; Sreedasyam, A. ; Shu, S. ; Barry, K. ; Lail, K. ; Adam, C. ; Lipzen, A. ; Sorek, R. ; Kudrna, D. ; Talag, J. ; Wing, R. ; Hall, D.W. ; Jacobsen, D. ; Tuskan, G.A. ; Schmutz, J. ; Johannes, F. ; Schmitz, R.J.

A genome assembly and the somatic genetic and epigenetic mutation rate in a wild long-lived perennial Populus trichocarpa.
Genome Biol. 21:33023650 (2020)

Shahryary, Y. ; Symeonidi, A. ; Hazarika, R.R. ; Denkena, J. ; Mubeen, T. ; Hofmeister, B. ; Van Gurp, T. ; Colomé-Tatché, M. ; Verhoeven, K.J.F. ; Tuskan, G. ; Schmitz, R.J. ; Johannes, F.

AlphaBeta: Computational inference of epimutation rates and spectra from high-throughput DNA methylation data in plants.
iScience 23:101601 (2020)

Fischer, C.A, ; Besora-Casals, L. ; Rolland, S.G. ; Haeussler, S. ; Singh, K. ; Duchen, M. ; Conradt, B. ; Marr, C.

MitoSegNet: Easy-to-use deep learning segmentation for analyzing mitochondrial morphology.

Jiang, D. ; Christ, S. ; Correa-Gallegos, D. ; Ramesh, P. ; Kalgudde Gopal, S. ; Wannemacher, J. ; Mayr, C. ; Lupperger, V. ; Yu, Q. ; Ye, H. ; Mück-Häusl, M. ; Rajendran, V. ; Wan, L. ; Liu, J. ; Mirastschijski, U. ; Volz, T. ; Marr, C. ; Schiller, H. B. ; Rinkevich, Y.

Injury triggers fascia fibroblast collective cell migration to drive scar formation through N-cadherin.
Nat. Mach. Intell. 2, 719-726 (2020)

Holmberg, O. ; Köhler, N. ; Martins, T. ; Siedlecki, J. ; Herold, T. ; Keidel, L. ; Asani, B. ; Schiefelbein, J. ; Priglinger, S. ; Kortuem, K.U. ; Theis, F.J.

Self-supervised retinal thickness prediction enables deep learning from unlabelled data to boost classification of diabetic retinopathy.
Nature 588, 151–156 (2020)

Conlon, T.M. ; John-Schuster, G. ; Heide, D. ; Pfister, D. ; Lehmann, M. ; Hu, Y. ; Ertüz, Z. ; López, M.A. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Mayr, C. ; Ciminieri, C. ; Costa, R. ; Kohlhepp, M.S. ; Guillot, A. ; Güneş, G. ; Jeridi, A. ; Funk, M.C. ; Beroshvili, G. ; Prokosch, S. ; Hetzer, J. ; Verleden, S.E. ; Alsafadi, H.N. ; Lindner, M. ; Burgstaller, G. ; Becker, L. ; Irmler, M. ; Dudek, M. ; Janzen, J. ; Goffin, E. ; Gosens, R. ; Knolle, P. ; Pirotte, B. ; Stöger, T. ; Beckers, J. ; Wagner, D.E. ; Singh, I. ; Theis, F.J. ; Hrabě de Angelis, M. ; O’Connor, T. ; Tacke, F. ; Boutros, M. ; Dejardin, E. ; Eickelberg, O. ; Schiller, H. B. ; Königshoff, M. ; Heikenwalder, M. ; Yildirim, A.Ö.

Inhibition of LTβR signalling activates WNT-induced regeneration in lung.
Nat. Genet. 52, 1151-1157 (2020)

Szabo, Q. ; Donjon, A. ; Jerković, I. ; Papadopoulos, G.L. ; Cheutin, T. ; Bonev, B. ; Nora, E.P. ; Bruneau, B.G. ; Bantignies, F. ; Cavalli, G.

Regulation of single-cell genome organization into TADs and chromatin nanodomains.
Adv. Mater. 32:e2003913 (2020)

Kokot, H. ; Kokot, B. ; Sebastijanović, A. ; Voss, C. ; Podlipec, R. ; Zawilska, P. ; Berthing, T. ; Ballester-Lopez, C. ; Danielsen, P.H. ; Contini, C. ; Ivanov, M. ; Krišelj, A. ; Čotar, P. ; Zhou, Q. ; Ponti, J. ; Zhernovkov, V. ; Schneemilch, M. ; Doumandji, Z. ; Pušnik, M. ; Umek, P. ; Pajk, S. ; Joubert, O. ; Schmid, O. ; Urbančič, I. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Lobaskin, V. ; Halappanavar, S. ; Quirke, N. ; Lyubartsev, A.P. ; Vogel, U. ; Koklič, T. ; Stöger, T. ; Štrancar, J.

Prediction of chronic inflammation for inhaled particles: The impact of material cycling and quarantining in the lung epithelium.

Nouri, P. ; Götz, S. ; Rauser, B. ; Irmler, M. ; Peng, C. ; Trümbach, D. ; Kempny, C. ; Lechermeier, C.G. ; Bryniok, A. ; Dlugos, A. ; Euchner, E. ; Beckers, J. ; Brodski, C. ; Klümper, C. ; Wurst, W. ; Prakash, N.

Dose-dependent and subset-specific regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation by LEF1-mediated WNT1/b-catenin signaling.

Chhabra, N.F. ; Amarie, O.V. ; Wu, M. ; Amend, A.-L. ; Rubey, M. ; Gradinger, D. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Rathkolb, B. ; Wolf, E. ; Feuchtinger, A. ; Huypens, P. ; Teperino, R. ; Rozman, J. ; Przemeck, G.K.H. ; Hrabě de Angelis, M.

PAX6 mutation alters circadian rhythm and beta cell function in mice without affecting glucose tolerance.
Front. Plant Sci. 11:549913 (2020)

Zhang, J. ; Ghirardo, A. ; Gori, A. ; Albert, A. ; Buegger, F. ; Pace, R. ; Georgii, E. ; Grote, R. ; Schnitzler, J.-P. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.

Improving air quality by nitric oxide consumption of climate-resilient trees suitable for urban greening.
Nature 587, 377–386 (2020)

Rajewsky, N. ; Almouzni, G. ; Gorski, S.A. ; Aerts, S. ; Amit, I. ; Bertero, M.G. ; Bock, C. ; Bredenoord, A.L. ; Cavalli, G. ; Chiocca, S. ; Clevers, H. ; de Strooper, B. ; Eggert, A. ; Ellenberg, J. ; Fernández, X.M. ; Figlerowicz, M. ; Gasser, S.M. ; Hubner, N. ; Kjems, J. ; Knoblich, J.A. ; Krabbe, G. ; Lichter, P. ; Linnarsson, S. ; Marine, J.C. ; Marioni, J. ; Marti-Renom, M.A. ; Netea, M.G. ; Nickel, D. ; Nollmann, M. ; Novak, H.R. ; Parkinson, H. ; Piccolo, S. ; Pinheiro, I. ; Pombo, A. ; Popp, C. ; Reik, W. ; Roman-Roman, S. ; Rosenstiel, P. ; Schultze, J.L. ; Stegle, O. ; Tanay, A. ; Testa, G. ; Thanos, D. ; Theis, F.J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Valencia, A. ; Vallot, C. ; van Oudenaarden, A. ; Vidal, M. ; Voet, T. ; LifeTime Community (Schiller, H. B.) ; LifeTime Community (Ziegler, A.-G.)

LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine.
Sci. Adv. 6:eaaz4551 (2020)

Ignatova, V.V. ; Kaiser, S. ; Ho, J.S.Y. ; Bing, X. ; Stolz, P. ; Tan, Y.X. ; Lee, C.L. ; Gay, F.P.H. ; Lastres, P.R. ; Gerlini, R. ; Rathkolb, B. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Sanz-Moreno, A. ; Klein-Rodewald, T. ; Calzada-Wack, J. ; Ibragimov, E. ; Valenta, M. ; Lukauskas, S. ; Pavesi, A. ; Marschall, S. ; Leuchtenberger, S. ; Fuchs, H. ; Gailus-Durner, V. ; Hrabě de Angelis, M. ; Bultmann, S. ; Rando, O.J. ; Guccione, E. ; Kellner, S.M. ; Schneider, R.

METTL6 is a tRNA m3C methyltransferase that regulates pluripotency and tumor cell growth.
Int. J. Cancer 147, 3523-3538 (2020)

Bogner, E.-M. ; Daly, A.F. ; Gulde, S. ; Karhu, A. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Mohr, H. ; Beckers, A. ; Pellegata, N.S.

miR-34a is upregulated in AIP-mutated somatotropinomas and promotes octreotide resistance.
Glia 69, 346-361 (2020)

Götz, S. ; Bribian, A. ; López-Mascaraque, L. ; Götz, M. ; Grothe, B. ; Kunz, L.

Heterogeneity of astrocytes: Electrophysiological properties of juxtavascular astrocytes before and after brain injury.
Mol. Syst. Biol. 16:e9416 (2020)

Fischer, D.S. ; Wu, Y. ; Schubert, B. ; Theis, F.J.

Predicting antigen specificity of single T cells based on TCR CDR3 regions.
Diabetes 69, 2756-2765 (2020)

Huang, J. ; Huth, C. ; Covic, M. ; Troll, M. ; Adam, J. ; Zukunft, S. ; Prehn, C. ; Wang, L. ; Nano, J. ; Scheerer, M.F. ; Neschen, S. ; Kastenmüller, G. ; Suhre, K. ; Laxy, M. ; Schliess, F. ; Gieger, C. ; Adamski, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Machine learning approaches reveal metabolic signatures of incident chronic kidney disease in individuals with prediabetes and type 2 diabetes.
R. Soc. Open Sci. 7:200701 (2020)

Heni, M. ; Eckstein, S.S. ; Schittenhelm, J. ; Böhm, A. ; Hogrefe, N. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Häring, H.-U. ; Fritsche, A. ; Staiger, H.

Ectopic fat accumulation in human astrocytes impairs insulin action.
Diabetes 69, 2766-2778 (2020)

Elhadad, M.A. ; Jonasson, C. ; Huth, C. ; Wilson, R. ; Gieger, C. ; Matias-Garcia, P.R. ; Grallert, H. ; Graumann, J. ; Gailus-Durner, V. ; Rathmann, W. ; von Toerne, C. ; Hauck, S.M. ; Koenig, W. ; Sinner, M.F. ; Oprea, T.I. ; Suhre, K. ; Thorand, B. ; Hveem, K. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Deciphering the plasma proteome of type 2 diabetes.
Curr. Genet. 66, 1029–1035 (2020)

Bheda, P. ; Kirmizis, A. ; Schneider, R.

The past determines the future: Sugar source history and transcriptional memory.

Strunz, M. ; Simon, L. ; Ansari, M. ; Kathiriya, J.J. ; Angelidis, I. ; Mayr, C. ; Tsidiridis, G. ; Lange, M. ; Mattner, L. ; Yee, M. ; Ogar, P. ; Sengupta, A. ; Kukhtevich, I. ; Schneider, R. ; Zhao, Z. ; Voss, C. ; Stöger, T. ; Neumann, J.H.L. ; Hilgendorff, A. ; Behr, J. ; O'Reilly, M. ; Lehmann, M. ; Burgstaller, G. ; Königshoff, M. ; Chapman, H.A. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.

Alveolar regeneration through a Krt8+transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis.
Ann. Neurol. 88, 736-746 (2020)

Tiedt, S. ; Brandmaier, S. ; Kollmeier, H. ; Duering, M. ; Artati, A. ; Adamski, J. ; Klein, M. ; Liebig, T. ; Holdt, L.M. ; Teupser, D. ; Wang-Sattler, R. ; Schwedhelm, E. ; Gieger, C. ; Dichgans, M.

Circulating metabolites differentiate acute ischemic stroke from stroke mimics.
Nat. Biotechnol. 38, 1408–1414 (2020)

Bergen, V. ; Lange, M. ; Peidli, S. ; Wolf, F.A. ; Theis, F.J.

Generalizing RNA velocity to transient cell states through dynamical modeling.
Aging 12, 15222-15259 (2020)

Štambuk, J. ; Nakić, N. ; Vučković, F. ; Pučić-Baković, M. ; Razdorov, G. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Novokmet, M. ; Keser, T. ; Vilaj, M. ; Štambuk, T. ; Gudelj, I. ; Šimurina, M. ; Song, M. ; Wang, H. ; Salihović, M.P. ; Campbell, H. ; Rudan, I. ; Kolčić, I. ; Eller, L.A. ; McKeigue, P. ; Robb, M.L. ; Halfvarson, J. ; Kurtoglu, M. ; Annese, V. ; Škarić-Jurić, T. ; Molokhia, M. ; Polašek, O. ; Hayward, C. ; Kibuuka, H. ; Thaqi, K. ; Primorac, D. ; Gieger, C. ; Nitayaphan, S. ; Spector, T. ; Wang, Y. ; Tillin, T. ; Chaturvedi, N. ; Wilson, J.F. ; Schanfield, M. ; Filipenko, M. ; Wang, W. ; Lauc, G.

Global variability of the human IgG glycome.

Moll, M. ; Sakornsakolpat, P. ; Shrine, N. ; Hobbs, B.D. ; DeMeo, D.L. ; John, C. ; Guyatt, A.L. ; McGeachie, M.J. ; Gharib, S.A. ; Obeidat, M. ; Lahousse, L. ; Wijnant, S.R.A. ; Brusselle, G. ; Meyers, D.A. ; Bleecker, E.R. ; Li, X. ; Tal-Singer, R. ; Manichaikul, A. ; Rich, S.S. ; Won, S. ; Kim, W.J. ; Do, A.R. ; Washko, G.R. ; Barr, R.G. ; Psaty, B.M. ; Bartz, T.M. ; Hansel, N.N. ; Barnes, K. ; Hokanson, J.E. ; Crapo, J.D. ; Lynch, D. ; Bakke, P. ; Gulsvik, A. ; Hall, I.P. ; Wain, L. ; Soler Artigas, M. ; Jackson, V.E. ; Strachan, D.P. ; Hui, J. ; James, A.L. ; Kerr, S.M. ; Polasek, O. ; Vitart, V. ; Marten, J. ; Rudan, I. ; Kähönen, M. ; Surakka, I. ; SpiroMeta Consortium (Gieger, C. ; Karrasch, S. ; Rawal, R. ; Schulz, H. ; Zeggini, E.) ; Deary, I.J. ; Harris, SE. ; Enroth, S. ; Gyllensten, U. ; Imboden, M. ; Probst-Hensch, N ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Langenberg, C. ; Luan, J. ; Wareham, N. ; Zhao, J.H. ; Hayward, C. ; Murray, A. ; Porteous, D.J. ; Smith, B.H. ; Jarvelin, M.R. ; Wielscher, M. ; Joshi, P.K. ; Kentistou, K.A. ; Timmers, P.R. ; Wilson, J.F. ; Cook, J.P. ; Lind, L. ; Mahajan, A. ; Morris, A.P. ; Ewert, R. ; Homuth, G. ; Stubbe, B. ; Weiss, S. ; Weiss, S.T. ; Silverman, E.K. ; Dudbridge, F. ; Tobin, M.D. ; Cho, M.H.

Chronic obstructive pulmonary disease and related phenotypes: Polygenic risk scores in population-based and case-control cohorts.
J. Clin. Invest. 130, 6093-6108 (2020)

Schriever, S.C. ; Kabra, D.G. ; Pfuhlmann, K. ; Baumann, P. ; Baumgart, E.V. ; Nagler, J. ; Seebacher, F. ; Harrison, L. ; Irmler, M. ; Kullmann, S. ; Corrêa-da-Silva, F. ; Giesert, F. ; Jain, R. ; Schug, H. ; Castel, J. ; Martinez, S. ; Wu, M. ; Häring, H.-U. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J. ; Müller, T.D. ; Stemmer, K. ; Wurst, W. ; Rozman, J. ; Nogueiras, R. ; de Angelis, M. ; Molkentin, J.D. ; Krahmer, N. ; Yi, C.-X. ; Schmidt, M.V. ; Luquet, S. ; Heni, M. ; Tschöp, M.H. ; Pfluger, P.T.

Type 2 diabetes risk gene Dusp8 regulates hypothalamic Jnk signaling and insulin sensitivity.
Nat. Cell Biol. 22, 767-778 (2020)

Burton, A. ; Brochard, V. ; Galan, C. ; Ruiz-Morales, E.R. ; Rovira, Q. ; Rodriguez-Terrones, D. ; Kruse, K. ; Le Gras, S. ; Udayakumar, V.S. ; Chin, H.G. ; Eid, A. ; Liu, X. ; Wang, C. ; Gao, S. ; Pradhan, S. ; Vaquerizas, J.M. ; Beaujean, N. ; Jenuwein, T. ; Torres-Padilla, M.E.

Heterochromatin establishment during early mammalian development is regulated by pericentromeric RNA and characterized by non-repressive H3K9me3.
Mamm. Genome, DOI: 10.1007/s00335-020-09843-3 (2020)

Beckers, J. ; Teperino, R. ; Hérault, Y. ; Hrabě de Angelis, M.

Introduction to mammalian genome special issue: Epigenetics.
Curr. Opin. Genet. Dev. 64, 26-30 (2020)

Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Torres-Padilla, M.E.

A cell in hand is worth two in the embryo: Recent advances in 2-cell like cell reprogramming.

Esgleas Izquierdo, M. ; Falk, S. ; Forné, I. ; Thiry, M. ; Najas, S. ; Zhang, S. ; Mas-Sanchez, A. ; Geerlof, A. ; Niessing, D. ; Wang, Z. ; Imhof, A. ; Götz, M.

Trnp1 organizes diverse nuclear membrane-less compartments in neural stem cells.

Haimerl, P. ; Bernhardt, U. ; Schindela, S. ; Henkel, F. ; Lechner, A. ; Zissler, U.M. ; Pastor, X. ; Thomas, D. ; Cecil, A. ; Ge, Y. ; Haid, M. ; Prehn, C. ; Tokarz, J. ; Heinig, M. ; Adamski, J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Chaker, A. ; Esser-von Bieren, J.

Inflammatory macrophage memory in nonsteroidal anti-inflammatory drug–exacerbated respiratory disease.
Nucleic Acids Res. 48, 8393-8407 (2020)

Escoter Torres, L. ; Greulich, F. ; Quagliarini, F. ; Wierer, M. ; Uhlenhaut, N.H.

Anti-inflammatory functions of the glucocorticoid receptor require DNA binding.
BMC Public Health 20:1036 (2020)

Radon, K. ; Saathoff, E. ; Pritsch, M. ; Guggenbühl Noller, J.M. ; Kroidl, I. ; Olbrich, L. ; Thiel, V. ; Diefenbach, M. ; Riess, F. ; Förster, F. ; Theis, F.J. ; Wieser, A. ; Hoelscher, M. ; the KoCo19 collaboration group (Hasenauer, J. ; Castelletti, N. ; Zeggini, E. ; Laxy, M. ; Leidl, R. ; Schwettmann, L.) ; the KoCo19 collaboration group (Fuchs, C.)

Protocol of a population-based prospective COVID-19 cohort study Munich, Germany (KoCo19).

Huang, S.S.Y. ; Makhlouf, M. ; AbouMoussa, E.H. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Mathew, L.S. ; Wang, K. ; Leung, M.C. ; Chaussabel, D. ; Logan, D.W. ; Scialdone, A. ; Garand, M. ; Saraiva, L.R.

Differential regulation of the immune system in a brain-liver-fats organ network during short-term fasting.
Comp. Struc. Biotech. J. 18, 1330-1341 (2020)

Höllbacher, B. ; Balazs, K. ; Heinig, M. ; Uhlenhaut, N.H.

Seq-ing answers: Current data integration approaches to uncover mechanisms of transcriptional regulation.
Nature 582, 592–596 (2020)

Müller, J.B. ; Geyer, P.E. ; Colaço, A.R. ; Treit, P.V. ; Strauss, M.T. ; Oroshi, M. ; Doll, S. ; Virreira Winter, S. ; Bader, J.M. ; Köhler, N. ; Theis, F.J. ; Santos, A. ; Mann, M.

The proteome landscape of the kingdoms of life.

Fischer, A. ; Koopmans, T. ; Ramesh, P. ; Christ, S. ; Strunz, M. ; Wannemacher, J. ; Aichler, M. ; Feuchtinger, A. ; Walch, A.K. ; Ansari, M. ; Theis, F.J. ; Schorpp, K.K. ; Hadian, K. ; Neumann, P.A. ; Schiller, H. B. ; Rinkevich, Y.

Post-surgical adhesions are triggered by calcium-dependent membrane bridges between mesothelial surfaces.

Ihantola, T. ; Di Bucchianico, S. ; Happo, M. ; Uski, O. ; Bauer, S. ; Kuuspalo, K. ; Sippula, O. ; Tissari, J. ; Oeder, S. ; Hartikainen, A. ; Rönkkö, T.J. ; Martikainen, M.-V. ; Huttunen, K. ; Vertiainen, P. ; Suhonen, H. ; Kortelainen, M. ; Lamberg, H. ; Leskinen, A. ; Sklorz, M. ; Michalke, B. ; Dilger, M. ; Weiss, C. ; Dittmar, G. ; Beckers, J. ; Irmler, M. ; Buters, J.T.M. ; Cadeias, J. ; Czech, H. ; Yli-Pirilä, P. ; Abbaszade, G. ; Jakobi, G. ; Orasche, J. ; Schnelle-Kreis, J. ; Kanashova, T. ; Karg, E.W. ; Streibel, T. ; Passig, G. ; Hakkarainen, H. ; Jokiniemi, J. ; Zimmermann, R. ; Hirvonen, M.-R. ; Jalava, P.I.

Influence of wood species on toxicity of log-wood stove combustion aerosols: A parallel animal and air-liquid interface cell exposure study on spruce and pine smoke.

Kukhtevich, I. ; Lohrberg, N. ; Padovani, F. ; Schneider, R. ; Schmoller, K.M.

Cell size sets the diameter of the budding yeast contractile ring.
Mol. Cell 78, 915-925 (2020)

Bheda, P. ; Aguilar-Gomez, D. ; Becker, N.B. ; Becker, J. ; Stavrou, E. ; Kukhtevich, I. ; Höfer, T. ; Maerkl, S. ; Charvin, G. ; Marr, C. ; Kirmizis, A. ; Schneider, R.

Single-cell tracing dissects regulation of maintenance and inheritance of transcriptional reinduction memory.
New Phytol. 227, 1319-1325 (2020)

Gupta, K.J. ; Kolbert, Z. ; Durner, J. ; Lindermayr, C. ; Corpas, F.J. ; Brouquisse, R. ; Barroso, J.B. ; Umbreen, S. ; Palma, J.M. ; Hancock, J.T. ; Petrivalsky, M. ; Wendehenne, D. ; Loake, G.J.

Regulating the regulator: Nitric oxide control of post-translational modifications.
Front. Genet. 11:450 (2020)

Ummethum, H. ; Hamperl, S.

Proximity labeling techniques to study chromatin.
In: Bildverarbeitung für die Medizin 2020. 2020. 53-54 (Inf. aktuell)

Matek, C. ; Schwarz, S. ; Spiekermann, K. ; Marr, C.

Abstract: Recognition of AML blast cells in a curated single-cell dataset of leukocyte morphologies using deep convolutional neural networks.
Cell 181, 1016-1035 (2020)

Ziegler, C.G.K. ; Allon, S.J. ; Nyquist, S.K. ; Mbano, I.M. ; Miao, V.N. ; Tzouanas, C.N. ; Cao, Y. ; Yousif, A.S. ; Bals, J. ; Hauser, B.M. ; Feldman, J. ; Muus, C. ; Wadsworth, M.H. ; Kazer, S.W. ; Hughes, T.K. ; Doran, B. ; Gatter, G.J. ; Vukovic, M. ; Taliaferro, F. ; Mead, B.E. ; Guo, Z. ; Wang, J.P. ; Gras, D. ; Plaisant, M. ; Ansari, M. ; Angelidis, I. ; Adler, H. ; Sucre, J.M.S. ; Taylor, C.J. ; Lin, B. ; Waghray, A. ; Mitsialis, V. ; Dwyer, D.F. ; Buchheit, K.M. ; Boyce, J.A. ; Barrett, N.A. ; Laidlaw, T.M. ; Carroll, S.L. ; Colonna, L. ; Tkachev, V. ; Peterson, C.W. ; Yu, A. ; Zheng, H.B. ; Gideon, H.P. ; Winchell, C.G. ; Lin, P.L. ; Bingle, C.D. ; Snapper, S.B. ; Kropski, J.A. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B. ; Zaragosi, L.E. ; Barbry, P. ; Leslie, A. ; Kiem, H.P. ; Flynn, J.L. ; Fortune, S.M. ; Berger, B. ; Finberg, R.W. ; Kean, L.S. ; Garber, M. ; Schmidt, A.G. ; Lingwood, D. ; Shalek, A.K. ; Ordovas-Montanes, J.

SARS-CoV-2 receptor ACE2 is an interferon-stimulated gene in human airway epithelial cells and is detected in specific cell subsets across tissues.
Curr. Opin. Pharmacol. 53, 35-44 (2020)

Syed, A.P. ; Greulich, F. ; Ansari, S.A. ; Uhlenhaut, N.H.

Anti-inflammatory glucocorticoid action: Genomic insights and emerging concepts.
Mol. Metab. 38:100951 (2020)

Lindermayr, C. ; Rudolf, E.E. ; Durner, J. ; Groth, M.

Interactions between metabolism and chromatin in plant models.
Cell 181, 1189-1193 (2020)

Zeggini, E. ; Baumann, M. ; Götz, M. ; Herzig, S. ; Hrabě de Angelis, M. ; Tschöp, M.H.

Biomedical research goes viral: Dangers and opportunities.

Fischer, K. ; Fenzl, A. ; Liu, D. ; Dyar, K.A. ; Kleinert, M. ; Brielmeier, M. ; Clemmensen, C. ; Fedl, A. ; Finan, B. ; Gessner, A. ; Jastroch, M. ; Huang, J. ; Keipert, S. ; Klingenspor, M. ; Brüning, J.C. ; Kneilling, M. ; Maier, F.C. ; Othman, A.E. ; Pichler, B.J. ; Pramme-Steinwachs, I. ; Sachs, S. ; Scheideler, A. ; Thaiss, W.M. ; Uhlenhaut, N.H. ; Ussar, S. ; Woods, S.C. ; Zorn, J. ; Stemmer, K. ; Collins, S. ; Diaz-Meco, M. ; Moscat, J. ; Tschöp, M.H. ; Müller, T.D.

The scaffold protein p62 regulates adaptive thermogenesis through ATF2 nuclear target activation.
Acta Physiol. 230:e13496 (2020)

Solagna, F. ; Nogara, L. ; Dyar, K.A. ; Greulich, F. ; Mir, A.A. ; Türk, C. ; Bock, T. ; Geremia, A. ; Baraldo, M. ; Sartori, R. ; Farup, J. ; Uhlenhaut, N.H. ; Vissing, K. ; Krüger, M. ; Blaauw, B.

Exercise-dependent increases in protein synthesis are accompanied by chromatin modifications and increased MRTF-SRF signalling.
Cell Syst. 10, 363-378.e12 (2020)

Schuh, L. ; Saint-Antoine, M. ; Sanford, E.M. ; Emert, B.L. ; Singh, A. ; Marr, C. ; Raj, A. ; Goyal, Y.

Gene networks with transcriptional bursting recapitulate rare transient coordinated high expression states in cancer.
EMBO Mol. Med. 12:e11419 (2020)

Di Matteo, F. ; Pipicelli, F. ; Kyrousi, C. ; Tovecci, I. ; Penna, E. ; Crispino, M. ; Chambery, A. ; Russo, R. ; Ayo-Martin, A.C. ; Giordano, M. ; Hoffmann, A. ; Ciusani, E. ; Canafoglia, L. ; Götz, M. ; Di Giaimo, R. ; Cappello, S.

Cystatin B is essential for proliferation and interneuron migration in individuals with EPM1 epilepsy.
Nat. Med. 26, 681–687 (2020)

Sungnak, W. ; Huang, N. ; Bécavin, C. ; Berg, M. ; Queen, R. ; Litvinukova, M. ; Talavera-López, C. ; Maatz, H. ; Reichart, D. ; Sampaziotis, F. ; Worlock, K.B. ; Yoshida, M. ; Barnes, J.L. ; HCA Lung Biological Network (Schiller, H. B. ; Theis, F.J.)

SARS-CoV-2 entry factors are highly expressed in nasal epithelial cells together with innate immune genes.
Nat. Metab. 2, 380 (2020)

Sachs, S. ; Bastidas-Ponce, A. ; Tritschler, S. ; Bakhti, M. ; Böttcher, A. ; Sánchez-Garrido, M.A. ; Tarquis Medina, M. ; Kleinert, M. ; Fischer, K. ; Jall, S. ; Harger, A. ; Bader, E. ; Roscioni, S. ; Ussar, S. ; Feuchtinger, A. ; Yesildag, B. ; Neelakandhan, A. ; Jensen, C.B. ; Cornu, M. ; Yang, B. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Tschöp, M.H. ; Theis, F.J. ; Hofmann, S.M. ; Müller, T.D. ; Lickert, H.

Author Correction: Targeted pharmacological therapy restores β-cell function for diabetes remission (Nature Metabolism, (2020), 2, 2, (192-209), 10.1038/s42255-020-0171-3).
Nat. Biotechnol. 38, 1061–1072 (2020)

Mahaddalkar, P.U. ; Scheibner, K. ; Pfluger, S. ; Ansarullah ; Sterr, M. ; Beckenbauer, J. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Knöbel, S. ; Lickert, H.

Generation of pancreatic β cells from CD177+ anterior definitive endoderm.
Wound Repair Regen. 28, A16-A16 (2020)

Jiang, D. ; Ramesh, P. ; Christ, S. ; Correa-Gallegos, D. ; Gopal, S.K. ; Yu, Q. ; Lupperger, V. ; Marr, C. ; Rinkevich, Y.

Scar formation is driven by N-cadherin dependent collective fibroblast migration.
Mamm. Genome 31, 119–133 (2020)

Kaspar, D. ; Hastreiter, S. ; Irmler, M. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J.

Nutrition and its role in epigenetic inheritance of obesity and diabetes across generations.
Curr. Biol. 30, 1142-1151 (2020)

Kozak, E.L. ; Palit, S. ; Miranda Rodriguez, J.R. ; Janjic, A. ; Böttcher, A. ; Lickert, H. ; Enard, W. ; Theis, F.J. ; López-Schier, H.

Epithelial planar bipolarity emerges from Notch-mediated asymmetric inhibition of Emx2.
Genome Biol. 21:31 (2020)

Lähnemann, D. ; Köster, J. ; Szczurek, E. ; McCarthy, D.J. ; Hicks, S.C. ; Robinson, M.D. ; Vallejos, C.A. ; Campbell, K.R. ; Beerenwinkel, N. ; Mahfouz, A. ; Pinello, L. ; Skums, P. ; Stamatakis, A. ; Attolini, C.S.O. ; Aparicio, S. ; Baaijens, J. ; Balvert, M. ; Barbanson, B.d. ; Cappuccio, A. ; Corleone, G. ; Dutilh, B.E. ; Florescu, M. ; Guryev, V. ; Holmer, R. ; Jahn, K. ; Lobo, T.J. ; Keizer, E.M. ; Khatri, I. ; Kielbasa, S.M. ; Korbel, J.O. ; Kozlov, A.M. ; Kuo, T.H. ; Lelieveldt, B.P.F. ; Mandoiu, I.I. ; Marioni, J.C. ; Marschall, T. ; Mölder, F. ; Niknejad, A. ; Raczkowski, L. ; Reinders, M. ; Ridder, J.d. ; Saliba, A.E. ; Somarakis, A. ; Stegle, O. ; Theis, F.J. ; Yang, H. ; Zelikovsky, A. ; McHardy, A.C. ; Raphael, B.J. ; Shah, S.P. ; Schönhuth, A.

Eleven grand challenges in single-cell data science.
Wound Repair Regen. 28, A7-A7 (2020)

Strunz, M. ; Simon, L. ; Ansari, M. ; Mattner, L. ; Angelidis, I. ; Mayr, C. ; Kathiriya, J. ; Yee, M. ; Ogar, P. ; Voss, C. ; Stöger, T. ; Kukhtevich, I. ; Schneider, R. ; Lehmann, M. ; Koenigshoff, M. ; Burgstaller, G. ; O'Reilly, M. ; Chapman, H. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.

Fate trajectory modeling reveals convergence of airway derived progenitors and AT2 cells on transient KRT8+alveolar cell state during lung regeneration.
Philos. Trans. R. Soc. B - Biol. Sci. 375:20190339 (2020)

Torres-Padilla, M.E.

On transposons and totipotency.
eLife 9:e52155 (2020)

van der Wijst, M. ; de Vries, D.H. ; Groot, H.E. ; Trynka, G. ; Hon, C.C. ; Bonder, M.J. ; Stegle, O. ; Nawijn, M.C. ; Idaghdour, Y. ; van der Harst, P. ; Ye, C.J. ; Powell, J. ; Theis, F.J. ; Mahfouz, A. ; Heinig, M. ; Franke, L.

The single-cell eQTLGen consortium.
Mamm. Genome 31, 30-48 (2020)

Kollmus, H. ; Fuchs, H. ; Lengger, C. ; Haselimashhadi, H. ; Bogue, M.A. ; Östereicher, M.A. ; Horsch, M. ; Adler, T. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Amarie, O.V. ; Becker, L. ; Beckers, J. ; Calzada-Wack, J. ; Garrett, L. ; Hans, W. ; Hölter, S.M. ; Klein-Rodewald, T. ; Maier, H. ; Mayer-Kuckuk, P. ; Miller, G. ; Moreth, K. ; Neff, F. ; Rathkolb, B. ; Rácz, I. ; Rozman, J. ; Spielmann, N. ; Treise, I. ; Busch, D.H. ; Graw, J. ; Klopstock, T. ; Wolf, E. ; Wurst, W. ; Yildirim, A.Ö. ; Mason, J. ; Torres, A. ; Balling, R. ; Mehaan, T. ; Gailus-Durner, V. ; Schughart, K. ; Hrabě de Angelis, M.

A comprehensive and comparative phenotypic analysis of the collaborative founder strains identifies new and known phenotypes.
Bioinformatics 36, 4291-4295 (2020)

Angerer, P. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J. ; Scialdone, A. ; Marr, C.

Automatic identification of relevant genes from low-dimensional embeddings of single-cell RNA-seq data.

Ignatova, V.V. ; Stolz, P. ; Kaiser, S. ; Gustafsson, T.H. ; Lastres, P.R. ; Sanz-Moreno, A. ; Cho, Y.-L. ; Amarie, O.V. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Klein-Rodewald, T. ; Calzada-Wack, J. ; Becker, L. ; Marschall, S. ; Kraiger, M. ; Garrett, L. ; Seisenberger, C. ; Hölter, S.M. ; Borland, K. ; Van De Logt, E. ; Jansen, P.W.T.C. ; Baltissen, M.P. ; Valenta, M. ; Vermeulen, M. ; Wurst, W. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Hrabě de Angelis, M. ; Rando, O.J. ; Kellner, S.M. ; Bultmann, S. ; Schneider, R.

The rRNA m6A methyltransferase METTL5 is involved in pluripotency and developmental programs.

Li, C. ; Lotta, L.A. ; Warner, S. ; Albrecht, E. ; Allione, A. ; Arp, P.P. ; Broer, L. ; Buxton, J.L. ; da Silva Couto Alves, A. ; Deelen, J. ; Fedko, I.O. ; Gordon, S.D. ; Jiang, T. ; Karlsson, R. ; Kerrison, N. ; Loe, T.K. ; Mangino, M. ; Milaneschi, Y. ; Miraglio, B. ; Pervjakova, N. ; Russo, A. ; Surakka, I. ; van der Spek, A. ; Verhoeven, J.E. ; Amin, N. ; Beekman, M. ; Blakemore, A.I. ; Canzian, F. ; Hamby, S.E. ; Hottenga, J.J. ; Jones, P.D. ; Jousilahti, P. ; Mägi, R. ; Medland, S.E. ; Montgomery, G.W. ; Nyholt, D.R. ; Perola, M. ; Pietiläinen, K.H. ; Salomaa, V. ; Sillanpää, E. ; Suchiman, H.E. ; van Heemst, D. ; Willemsen, G. ; Agudo, A. ; Boeing, H. ; Boomsma, D.I. ; Chirlaque, M.D. ; Fagherazzi, G. ; Ferrari, P. ; Franks, P. ; Gieger, C. ; Eriksson, J.G. ; Günter, M. ; Hägg, S. ; Hovatta, I. ; Imaz, L. ; Kaprio, J. ; Kaaks, R. ; Key, T. ; Krogh, V. ; Martin, N.G. ; Melander, O. ; Metspalu, A. ; Moreno, C. ; Onland-Moret, N.C. ; Nilsson, P. ; Ong, K.K. ; Overvad, K. ; Palli, D. ; Panico, S. ; Pedersen, N.L. ; Penninx, B.W.J.H. ; Quirós, J.R. ; Jarvelin, M.R. ; Rodríguez-Barranco, M. ; Scott, R.A. ; Severi, G. ; Slagboom, P.E. ; Spector, T.D. ; Tjonneland, A. ; Trichopoulou, A. ; Tumino, R. ; Uitterlinden, A.G. ; van der Schouw, Y.T. ; van Duijn, C.M. ; Weiderpass, E. ; Denchi, E.L. ; Matullo, G. ; Samani, N.J. ; Wareham, N.J. ; Nelson, C.P. ; Langenberg, C. ; Codd, V.

Genome-wide association analysis in humans links nucleotide metabolism to leukocyte telomere length.
Cell Rep. 30, 1223-1234 (2020)

Alabert, C. ; Loos, C. ; Voelker-Albert, M. ; Graziano, S. ; Forné, I. ; Reveron-Gomez, N. ; Schuh, L. ; Hasenauer, J. ; Marr, C. ; Imhof, A. ; Groth, A.

Domain model explains propagation dynamics and stability of histone H3K27 and H3K36 methylation landscapes.
Nature 578, 522-524 (2020)

Masserdotti, G. ; Götz, M.

Turning connective tissue into neurons for 10 years.
Life Sci. All. 3:e201900499 (2020)

Schukken, K.M. ; Lin, Y.-C. ; Bakker, P.L. ; Schubert, M. ; Preuss, S.F. ; Simon, J.E. ; van den Bos, H. ; Storchova, Z. ; Colomé-Tatché, M. ; Bastians, H. ; Spierings, D.C. ; Foijer, F.

Altering microtubule dynamics is synergistically toxic with spindle assembly checkpoint inhibition.
PLoS Comput. Biol. 16:e1007147 (2020)

Raimundez-Alvarez, E. ; Keller, S. ; Ebert, K. ; Hug, S. ; Theis, F.J. ; Maier, D. ; Luber, B. ; Hasenauer, J.

Model-based analysis of response and resistance factors of cetuximab treatment in gastric cancer cell lines.
Diabetes Care 43, 875-884 (2020)

Ochoa-Rosales, C. ; Portilla-Fernandez, E. ; Nano, J. ; Wilson, R. ; Lehne, B. ; Mishra, P.P. ; Gao, X. ; Ghanbari, M. ; Rueda-Ochoa, O.L. ; Juvinao-Quintero, D. ; Loh, M. ; Zhang, W. ; Kooner, J.S. ; Grabe, H.J. ; Felix, S.B. ; Schöttker, B. ; Zhang, Y. ; Gieger, C. ; Müller-Nurasyid, M. ; Heier, M. ; Peters, A. ; Lehtimäki, T. ; Teumer, A. ; Brenner, H. ; Waldenberger, M. ; Ikram, M.A. ; van Meurs, J.B.J. ; Franco, O.H. ; Voortman, T. ; Stricker, B.H. ; Muka, T.

Epigenetic link between statin therapy and type 2 diabetes.
Nat. Plants 6:328 (2020)

Ricci, W.A. ; Lu, Z. ; Ji, L. ; Marand, A.P. ; Ethridge, C.L. ; Murphy, N.G. ; Noshay, J.M. ; Galli, M. ; Mejía-Guerra, M.K. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F. ; Rowley, M.J. ; Corces, V.G. ; Zhai, J. ; Scanlon, M.J. ; Buckler, E.S. ; Gallavotti, A. ; Springer, N.M. ; Schmitz, R.J. ; Zhang, X.

Author Correction: Widespread long-range cis-regulatory elements in the maize genome.
PLoS Comput. Biol. 16:e1007616 (2020)

Knauer-Arloth, J. ; Eraslan, G. ; Andlauer, T.F.M. ; Martins, J. ; Iurato, S. ; Kühnel, B. ; Waldenberger, M. ; Frank, J. ; Gold, R. ; Hemmer, B. ; Luessi, F. ; Nischwitz, S. ; Paul, F. ; Wiendl, H. ; Gieger, C. ; Heilmann-Heimbach, S. ; Kacprowski, T. ; Laudes, M. ; Meitinger, T. ; Peters, A. ; Rawal, R. ; Strauch, K. ; Lucae, S. ; Müller-Myhsok, B. ; Rietschel, M. ; Theis, F.J. ; Binder, E.B. ; Müller, N.S.

DeepWAS: Multivariate genotype-phenotype associations by directly integrating regulatory information using deep learning.
2020 in
In: Beyond Our Genes. 2020. 175-208

Irmler, M. ; Kaspar, D. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J.

The (not so) controversial role of DNA methylation in epigenetic inheritance across generations.
Nat. Metab. 2, 192-209 (2020)

Sachs, S. ; Bastidas-Ponce, A. ; Tritschler, S. ; Bakhti, M. ; Böttcher, A. ; Sánchez-Garrido, M.A. ; Tarquis Medina, M. ; Kleinert, M. ; Fischer, K. ; Jall, S. ; Harger, A. ; Bader, E. ; Roscioni, S. ; Ussar, S. ; Feuchtinger, A. ; Yesildag, B. ; Neelakandhan, A. ; Jensen, C.B. ; Cornu, M. ; Yang, B. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Tschöp, M.H. ; Theis, F.J. ; Hofmann, S.M. ; Müller, T.D. ; Lickert, H.

Targeted pharmacological therapy restores β-cell function for diabetes remission.
PLoS ONE 15:e0227648 (2020)

Matias-Garcia, P.R. ; Wilson, R. ; Mussack, V. ; Reischl, E. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Anton, G. ; Peters, A. ; Kühn-Steven, A.

Impact of long-term storage and freeze-thawing on eight circulating microRNAs in plasma samples.

Zaghlool, S.B. ; Kühnel, B. ; Elhadad, M.A. ; Kader, S. ; Halama, A. ; Thareja, G. ; Engelke, R. ; Sarwath, H. ; Al-Dous, E.K. ; Mohamoud, Y.A. ; Meitinger, T. ; Wilson, R. ; Strauch, K. ; Peters, A. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Graumann, J. ; Malek, J.A. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Suhre, K.

Epigenetics meets proteomics in an epigenome-wide association study with circulating blood plasma protein traits.
Cell Stem Cell 26, 277-293.e8 (2020)

Kjell, J. ; Fischer-Sternjak, J. ; Thompson, A.J. ; Friess, C. ; Sticco, M.J. ; Salinas, F. ; Cox, J. ; Martinelli, D.C. ; Ninkovic, J. ; Franze, K. ; Schiller, H. B. ; Götz, M.

Defining the adult neural stem cell niche proteome identifies key regulators of adult neurogenesis.
Mol. Cell 77, 294-309.e9 (2020)

Boxer, L.D. ; Renthal, W. ; Greben, A.W. ; Whitwam, T. ; Silberfeld, A. ; Stroud, H. ; Li, E. ; Yang, M.G. ; Kinde, B. ; Griffith, E.C. ; Bonev, B. ; Greenberg, M.E.

MeCP2 represses the rate of transcriptional initiation of highly methylated long genes.
EMBO Rep. 21:e48354 (2020)

Rodriguez-Terrones, D. ; Hartleben, G. ; Gaume, X. ; Eid, A. ; Guthmann, M. ; Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Torres-Padilla, M.E.

A distinct metabolic state arises during the emergence of 2-cell-like cells.
Bioinformatics 36, 1260-1261 (2020)

Porubsky, D. ; Sanders, A.D. ; Taudt, A. ; Colomé-Tatché, M. ; Lansdorp, P.M. ; Guryev, V.

breakpointR: An R/Bioconductor package to localize strand state changes in Strand-seq data.
J. Allergy Clin. Immunol. 145, 1208-1218 (2020)

Mucha, S. ; Baurecht, H. ; Novak, N. ; Rodríguez, E. ; Bej, S. ; Mayr, G. ; Emmert, H. ; Stölzl, D. ; Gerdes, S. ; Jung, E.S. ; Degenhardt, F. ; Hübenthal, M. ; Ellinghaus, E. ; Kässens, J.C. ; Wienbrandt, L. ; Lieb, W. ; Müller-Nurasyid, M. ; Hotze, M. ; Dand, N. ; Grosche, S. ; Marenholz, I. ; Arnold, A. ; Homuth, G. ; Schmidt, C.O. ; Wehkamp, U. ; Nöthen, M.M. ; Hoffmann, P. ; Paternoster, L. ; Standl, M. ; Bønnelykke, K. ; Ahluwalia, T.S. ; Bisgaard, H. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Schulz, H. ; Strauch, K. ; Werfel, T. ; Lee, Y.A. ; Wolfien, M. ; Rosenstiel, P. ; Wolkenhauer, O. ; Schreiber, S. ; Franke, A. ; Weidinger, S. ; Ellinghaus, D.

Protein-coding variants contribute to the risk of atopic dermatitis and skin-specific gene expression.
Ann. Neurol. 87, 184-193 (2020)

Tilch, E. ; Schormair, B. ; Zhao, C. ; Salminen, A.V. ; Antic Nikolic, A. ; Holzknecht, E. ; Högl, B. ; Poewe, W. ; Bachmann, C.G. ; Paulus, W. ; Trenkwalder, C. ; Oertel, W.H. ; Hornyak, M. ; Fietze, I. ; Berger, K. ; Lichtner, P. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Müller-Myhsok, B. ; Hoischen, A. ; Winkelmann, J. ; Oexle, K.

Identification of restless legs syndrome genes by mutational load analysis.

Lauffer, F. ; Jargosch, M. ; Baghin, V. ; Krause, L. ; Kempf, W. ; Absmaier-Kijak, M. ; Morelli, M. ; Madonna, S. ; Marsais, F. ; Lepescheux, L. ; Albanesi, C. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Biedermann, T. ; Vandeghinste, N. ; Steidl, S. ; Eyerich, K.

IL-17C amplifies epithelial inflammation in human psoriasis and atopic eczema.
Biochim. Biophys. Acta-Gene Regul. Mech. 1863:194444 (2020)

Schubert, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Foijer, F.

Gene networks in cancer are biased by aneuploidies and sample impurities.
New Phytol. 225, 1828-1834 (2020)

Gupta, K.J. ; Hancock, J.T. ; Petrivalsky, M. ; Kolbert, Z. ; Lindermayr, C. ; Durner, J. ; Barroso, J.B. ; Palma, J.M. ; Brouquisse, R. ; Wendehenne, D. ; Corpas, F.J. ; Loake, G.J.

Recommendations on terminology and experimental best practice associated with plant nitric oxide research.

Riedl, A. ; Wawro, N. ; Gieger, C. ; Meisinger, C. ; Peters, A. ; Rathmann, W. ; Koenig, W. ; Strauch, K. ; Quante, A.S. ; Thorand, B. ; Huth, C. ; Daniel, H. ; Hauner, H. ; Linseisen, J.

Modifying effect of metabotype on diet-diabetes associations.
Thorax 75, 184-187 (2020)

Förster, K. ; Ertl-Wagner, B. ; Ehrhardt, H. ; Busen, H. ; Sass, S. ; Pomschar, A. ; Naehrlich, L. ; Schulze, A. ; Flemmer, A.W. ; Hübener, C. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Dietrich, O. ; Hilgendorff, A.

Altered relaxation times in MRI indicate bronchopulmonary dysplasia.
Brief. Bioinform. 21, 272-281 (2020)

Pitea, A. ; Kondofersky, I. ; Sass, S. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Unger, K.

Copy number aberrations from Affymetrix SNP 6.0 genotyping data-how accurate are commonly used prediction approaches?