Publications
Hehr, M. ; Sadafi, A. ; Matek, C. ; Lienemann, P. ; Pohlkamp, C. ; Haferlach, T. ; Spiekermann, K. ; Marr, C.
A morphological dataset of white blood cells from patients with four different genetic AML entities and non-malignant controls.Sommer, J. ; Hetzel, L. ; Lüdke, D. ; Theis, F.J. ; Günnemann, S.
The power of motifs as inductive bias for learning molecular distributions.Tran, M. ; Cid, Y.D. ; Lahiani, A. ; Theis, F.J. ; Peng, T. ; Klaiman, E.
Training transitive and commutative multimodal transformers with LoReTTa.Rathnayake, S.N.H. ; Ditz, B. ; Willemse, B.W.M. ; Timens, W. ; Kooistra, W. ; Heijink, I.H. ; Oliver, B.G.G. ; van den Berge, M. ; Faiz, A. ; National Heart, Lung, and Blood Institute LungMAP Consortium (Aliee, H.) ; National Heart, Lung, and Blood Institute LungMAP Consortium (Theis, F.J.)
Longitudinal effects of 1-year smoking cessation on human bronchial epithelial transcriptome.Theis, F.J. ; Dar, D. ; Vento-Tormo, R. ; Vicković, S. ; Wang, L. ; Kagohara, L.T. ; Rendeiro, A.F. ; Joyce, J.A.
What do you most hope spatial molecular profiling will help us understand? Part 1.Richter, T. ; Schaar, A. ; Drummer, F. ; Liao, C.-W. ; Endres, L. ; Theis, F.J.
SpatialSSL: Whole-Brain Spatial Transcriptomics in the Mouse Brain with Self-Supervised Learning.Kaspar, L. ; Dony, L. ; Cruceanu, C. ; Binder, E.B. ; Theis, F.J.
Effects of glucocorticoid exposure on gene expression and cell fate specification in cerebral organoids.Garrett, L. ; Irmler, M. ; Baljuls, A. ; Rathkolb, B. ; Dragano, N.R.V. ; Gerlini, R. ; Sanz-Moreno, A. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Becker, L. ; Kraiger, M. ; Reithmeir, R. ; Beckers, J. ; Calzada-Wack, J. ; Wurst, W. ; Fuchs, H. ; Gailus-Durner, V. ; Zimmermann, T. ; Hölter, S.M. ; Hrabě de Angelis, M.
GPR101 loss promotes insulin resistance and diet-induced obesity risk.Kheirkhah, A. ; Schachtl-Riess, J.F. ; Lamina, C. ; Di Maio, S. ; Koller, A. ; Schönherr, S. ; Coassin, S. ; Forer, L. ; Sekula, P. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Köttgen, A. ; Eckardt, K.U. ; Kronenberg, F.
Meta-GWAS on PCSK9 concentrations reveals associations of novel loci outside the PCSK9 locus in White populations.Baumdick, M.E. ; Niehrs, A. ; Degenhardt, F. ; Schwerk, M. ; Hinrichs, O. ; Jordan-Paiz, A. ; Padoan, B. ; Wegner, L.H.M. ; Schloer, S. ; Zecher, B.F. ; Malsy, J. ; Joshi, V.R. ; Illig, C. ; Schröder-Schwarz, J. ; Möller, K.J. ; Martin, M.P. ; Yuki, Y. ; Ozawa, M.G. ; Sauter, J. ; Schmidt, A.H. ; Perez, D. ; Giannou, A.D. ; Carrington, M.N. ; Davis, R.S. ; Schumacher, U. ; Sauter, G. ; Huber, S. ; Puelles, V.G. ; Melling, N. ; Franke, A. ; International Inflammatory Bowel Disease Genetics Consortium (Gieger, C.) ; Bunders, M.J.
HLA-DP on epithelial cells enables tissue damage by NKp44+ natural killer cells in ulcerative colitis.Bakker, M.K. ; Kanning, J.P. ; Abraham, G. ; Martinsen, A.E. ; Winsvold, B.S. ; Zwart, J.A. ; Bourcier, R. ; Sawada, T. ; Koido, M. ; Kamatani, Y. ; Morel, S. ; Amouyel, P. ; Debette, S. ; Bijlenga, P. ; Berrandou, T. ; Ganesh, S.K. ; Bouatia-Naji, N. ; Jones, G. ; Bown, M. ; Rinkel, G.J.E. ; Veldink, J.H. ; Ruigrok, Y.M. ; HUNT All-In Stroke, CADISP group, International Consortium for Blood Pressure, International Headache Genetics Consortium, International Stroke Genetics Consortium (ISGC) Intracranial Aneurysm Working Group (Gieger, C.) ; HUNT All-In Stroke, CADISP group, International Consortium for Blood Pressure, International Headache Genetics Consortium, International Stroke Genetics Consortium (ISGC) Intracranial Aneurysm Working Group (Peters, A.)
Genetic risk Score for intracranial aneurysms: Prediction of subarachnoid hemorrhage and role in clinical heterogeneity.Baksh, R.A. ; Pape, S.E. ; Chan, L.F. ; Aslam, A.A. ; Gulliford, M.C. ; Strydom, A. ; GO-DS21 Consortium (Beckers, J.)
Multiple morbidity across the lifespan in people with Down syndrome or intellectual disabilities: A population-based cohort study using electronic health records.Guyatt, A.L. ; John, C. ; Williams, A.T. ; Shrine, N. ; Reeve, N.F. ; Sayers, I. ; Hall, I.P. ; Wain, L.V. ; Sheehan, N. ; Dudbridge, F. ; SpiroMeta Consortium (Gieger, C. ; Karrasch, S. ; Schulz, H.)
Mendelian randomisation of eosinophils and other cell types in relation to lung function and disease.Akhlaghpour, M. ; Haritunians, T. ; More, S.K. ; Thomas, L.S. ; Stamps, D.T. ; Dube, S. ; Li, D. ; Yang, S. ; Landers, C.J. ; Mengesha, E. ; Hamade, H. ; Murali, R. ; Potdar, A.A. ; Wolf, A.J. ; Botwin, G.J. ; Khrom, M. ; Ananthakrishnan, A.N. ; Faubion, W.A. ; Jabri, B. ; Lira, S.A. ; Newberry, R.D. ; Sandler, R.S. ; Sartor, R.B. ; Xavier, R.J. ; Brant, S.R. ; Cho, J.H. ; Duerr, R.H. ; Lazarev, M.G. ; Rioux, J.D. ; Schumm, L.P. ; Silverberg, M.S. ; Zaghiyan, K. ; Fleshner, P. ; Melmed, G.Y. ; Vasiliauskas, E.A. ; Ha, C.S.R. ; Rabizadeh, S. ; Syal, G. ; Bonthala, N.N. ; Ziring, D.A. ; Targan, S.R. ; Long, M.D. ; McGovern, D.P.B. ; International IBD Genetics Consortium (IIBDGC) (Gieger, C.)
Genetic coding variant in complement factor B (CFB) is associated with increased risk for perianal Crohn's disease and leads to impaired CFB cleavage and phagocytosis.Frenz-Wiessner, S. ; Fairley, S. ; Buser, M. ; Goek, I. ; Salewskij, K. ; Jonsson, G. ; zu Putlitz, B. ; Petersheim, D. ; Illig, D. ; Li, Y. ; Chen, P. ; Kalauz, M. ; Conca, R. ; Sterr, M. ; Geuder, J. ; Mizoguchi, Y. ; Kotlarz, D. ; Rudelius, M. ; Penninger, J.M. ; Marr, C. ; Klein, C.
Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Bone Marrow Organoids to Model Hematopoietic Development.Basu, S. ; Shukron, O. ; Hall, D.W. ; Parutto, P. ; Ponjavic, A. ; Shah, D.I. ; Boucher, W. ; Lando, D. ; Zhang, W. ; Reynolds, N. ; Sober, L.H. ; Jartseva, A. ; Ragheb, R. ; Ma, X. ; Cramard, J. ; Floyd, R. ; Balmer, J. ; Drury, T.A. ; Carr, A.R. ; Needham, L.M. ; Aubert, A. ; Communie, G. ; Gor, K. ; Steindel, M. ; Morey, L. ; Blanco, E. ; Bartke, T. ; di Croce, L. ; Berger, I. ; Schaffitzel, C. ; Lee, S.F. ; Stevens, T.J. ; Klenerman, D. ; Hendrich, B.D. ; Holcman, D. ; Laue, E.D.
Publisher Correction: Live-cell three-dimensional single-molecule tracking reveals modulation of enhancer dynamics by NuRD.Götz, M. ; Sirko, S.
Injury-specific signals elicit plasticity in glial cells from patients with brain injury.Gote-Schniering, J. ; Lehmann, M. ; Ansari, M. ; Wiedemann, K. ; Melo-Narváez, M.C. ; Steinchen, C. ; Jentzsch, R.C. ; Mayr, C. ; Chen, Y. ; Lang, N. ; Agami, A. ; Angelidis, I. ; Zhou, S. ; Koenigshoff, M. ; Theis, F.J. ; Schiller, H.B.
Spatiotemporal analysis of inflammaging and senescence programs in lung fibrosis using time-resolved single-cell transcriptomics and multiplexed immunofluorescence.De Sadeleer, L.J. ; Chen, Y. ; Jentzsch, R.C. ; Wang, Z. ; Qazi, N. ; Lang, N.J. ; Albanese, P. ; Jankevics, A. ; Theis, F.J. ; Scheltema, R.A. ; Wuyts, W.A. ; Gote-Schniering, J. ; Schiller, H. B.
Evolution of epithelial-mesenchymal cell circuits in the progression of pulmonary fibrosis.Chen, Y. ; Schniering, J. ; Müller, M. ; Albanese, P. ; Jankevics, A. ; Jentzsch, R.C. ; Tata, A. ; Ansari, M. ; De Sadeleer, L.J. ; Yang, L. ; Heumos, L. ; Agami, A. ; Zhou, S. ; Mayr, C. ; Hatz, R. ; Schneider, C.P. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Stoleriu, M.G. ; Dorfmueller, P. ; Theis, F.J. ; Tata, P.R. ; Luecken, M. ; Scheltema, R.A. ; Schiller, H. B.
A spatially resolved extracellular matrix proteome atlas of the distal human lung.Nakatani, T. ; Schauer, T. ; Altamirano-Pacheco, L. ; Klein, K.N. ; Ettinger, A. ; Pal, M. ; Gilbert, D.M. ; Torres-Padilla, M.E.
Emergence of replication timing during early mammalian development.Mathieson, I. ; Day, F.R. ; Barban, N. ; Tropf, F.C. ; Brazel, D.M. ; Vaez, A. ; van Zuydam, N. ; Bitarello, B.D. ; Gardner, E.J. ; Akimova, E.T. ; Azad, A. ; Bergmann, S. ; Bielak, L.F. ; Boomsma, D. ; Bosak, K. ; Brumat, M. ; Buring, J.E. ; Cesarini, D. ; Chasman, D. ; Chavarro, J.E. ; Cocca, M. ; Concas, M.P. ; Davey Smith, G. ; Davies, G. ; Deary, I.J. ; Esko, T. ; Faul, J.D. ; Franco, O.H. ; Ganna, A. ; Gaskins, A.J. ; Gelemanović, A. ; de Geus, E.J.C. ; Gieger, C. ; Girotto, G. ; Gopinath, B. ; Grabe, H.J. ; Gunderson, E.P. ; Hayward, C. ; He, C. ; van Heemst, D. ; Hill, W.D. ; Hoffmann, E.R. ; Homuth, G. ; Hottenga, J.J. ; Huang, H. ; Hyppoenen, E. ; Ikram, M.A. ; Jansen, R. ; Johannesson, M. ; Kamali, Z. ; Kardia, S.L.R. ; Kavousi, M. ; Kifley, A. ; Kiiskinen, T. ; Kraft, P. ; Kühnel, B. ; Langenberg, C. ; Liew, G. ; Lind, P.A. ; Luan, J. ; Mägi, R. ; Magnusson, P.K.E. ; Mahajan, A. ; Martin, N.G. ; Mbarek, H. ; McCarthy, M. ; McMahon, G. ; Medland, S.E. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Mihailov, E. ; Milani, L. ; Missmer, S.A. ; Mitchell, P. ; Mollegaard, S. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Morgan, A. ; van der Most, P.J. ; de Mutsert, R. ; Nauck, M. ; Nolte, I.M. ; Noordam, R. ; Penninx, B.W.J.H. ; Peters, A. ; Peyser, P.A. ; Polasek, O. ; Power, C. ; Pribisalic, A. ; Redmond, P. ; Rich-Edwards, J.W. ; Ridker, P.M. ; Rietveld, C.A. ; Ring, S.M. ; Rose, L.M. ; Rueedi, R. ; Shukla, V. ; Smith, J.A. ; Stankovic, S. ; Stefansson, K. ; Stöckl, D. ; Strauch, K. ; Swertz, M.A. ; Teumer, A. ; Thorleifsson, G. ; Thorsteinsdottir, U. ; Thurik, A.R. ; Timpson, N.J. ; Turman, C. ; Uitterlinden, A.G. ; Waldenberger, M. ; Wareham, N.J. ; Weir, D.R. ; Willemsen, G. ; Zhao, J.H. ; Zhao, W.N. ; Zhao, Y. ; Snieder, H. ; den Hoed, M. ; Ong, K.K. ; Mills, M.C. ; Perry, J.R.B.
Genome-wide analysis identifies genetic effects on reproductive success and ongoing natural selection at the FADS locus.van der Garde, M. ; Thomas, M. ; Riviere, J. ; Figueredo, A.N. ; Hecker, J. ; Metzeler, K. ; Marr, C. ; Goetze, K.
Multiomic analysis of chip bone marrow hematopoietic stem/progenitor cells reveals potential early stage of malignancy.Li, J. ; Wang, J. ; Cheng, X. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Luecken, M. ; Liang, Q. ; Theis, F.J. ; Deangelis, M.M. ; Li, Y. ; Chen, R.
Single cell atlas of the human retina.Pukaj, A. ; Bader, J. ; Makarov, C. ; Richter, S. ; Friederike, H. ; Theis, F.J. ; Mann, M. ; Hemmer, B. ; Gasperi, C.
A genetic association study identifying cis protein quantitative trait loci in patients with MS.Asani, B. ; Horlava, N. ; Spitzer, H. ; Theis, F.J. ; Priglinger, S. ; Schiefelbein, J.
Predicting OCT-morphological anti-VEGF treatment response in patients with neovascular age-related degeneration using artificial intelligence.Schiefelbein, J. ; Horlava, N. ; Spitzer, H. ; Theis, F.J. ; Priglinger, S. ; Asani, B.
New OCT based definition of treatment response to anti-VEGF in treatment naive neovascular AMD patients using an Deep Learning Algorithm.Frkatović-Hodžić, A. ; Mijakovac, A. ; Miškec, K. ; Nostaeva, A. ; Sharapov, S.Z. ; Landini, A. ; Haller, T. ; Akker, E.V.D. ; Sharma, S. ; Cuadrat, R.R.C. ; Mangino, M. ; Li, Y. ; Keser, T. ; Rudman, N. ; Štambuk, T. ; Pučić-Baković, M. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Gudelj, I. ; Štambuk, J. ; Pribić, T. ; Radovani, B. ; Tominac, P. ; Fischer, K. ; Beekman, M. ; Wuhrer, M. ; Gieger, C. ; Schulze, M.B. ; Wittenbecher, C. ; Polasek, O. ; Hayward, C. ; Wilson, J.F. ; Spector, T.D. ; Köttgen, A. ; Vučković, F. ; Aulchenko, Y.S. ; Vojta, A. ; Krištić, J. ; Klarić, L. ; Zoldoš, V. ; Lauc, G.
Mapping of the gene network that regulates glycan clock of ageing.Lang, N.J. ; Schniering, J. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Yang, L. ; De Sadeleer, L.J. ; Jentzsch, R.C. ; Shitov, V.A. ; Zhou, S. ; Ansari, M. ; Agami, A. ; Mayr, C. ; Hooshiar Kashani, B. ; Chen, Y. ; Heumos, L. ; Pestoni, J. ; Molnar, E.S. ; Geeraerts, E. ; Anquetil, V. ; Saniere, L. ; Wögrath, M. ; Gerckens, M. ; Lehmann, M. ; Yildirim, A.Ö. ; Hatz, R.A. ; Kneidinger, N. ; Behr, J. ; Wuyts, W.A. ; Stoleriu, M.-G. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Burgstaller, G. ; Schiller, H. B.
Ex vivo tissue perturbations coupled to single-cell RNA-seq reveal multilineage cell circuit dynamics in human lung fibrogenesis.Eckardt, F. ; Mittas, R. ; Horlava, N. ; Schiefelbein, J. ; Asani, B. ; Michalakis, S. ; Gerhardt, M. ; Priglinger, C. ; Keeser, D. ; Koutsouleris, N. ; Priglinger, S. ; Theis, F.J. ; Peng, T. ; Schworm, B.
Deep Learning based retinal layer segmentation in optical coherence tomography scans of patients with inherited retinal diseases.Kovác, L. ; Goj, T. ; Ouni, M. ; Irmler, M. ; Jähnert, M. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Peter, A. ; Moller, A. ; Birkenfeld, A.L. ; Weigert, C. ; Schürmann, A.
Skeletal muscle gene expression signatures of obese high- and low- responders to endurance exercise training.NCD Risk Factors Collaboration (Döring, A. ; Gieger, C. ; Heier, M. ; Linkohr, B. ; Meisinger, C. ; Schneider, A. ; Stieber, J. ; Peters, A. ; Stöckl, D. ; Thorand, B. ; Wolf, K.)
Diminishing benefits of urban living for children and adolescents’ growth and development.Sirko, S. ; Schichor, C. ; Della Vecchia, P. ; Metzger, F. ; Sonsalla, G. ; Simon, T. ; Bürkle, M. ; Kalpazidou, S. ; Ninkovic, J. ; Masserdotti, G. ; Sauniere, J.F. ; Iacobelli, V. ; Iacobelli, S. ; Delbridge, C. ; Hauck, S.M. ; Tonn, J.C. ; Götz, M.
Injury-specific factors in the cerebrospinal fluid regulate astrocyte plasticity in the human brain.Shetab Boushehri, S. ; Essig, K. ; Chlis, N.K. ; Herter, S. ; Bacac, M. ; Theis, F.J. ; Glasmacher, E. ; Marr, C. ; Schmich, F.
Explainable machine learning for profiling the immunological synapse and functional characterization of therapeutic antibodies.Kos, A. ; Lopez, J.P. ; Bordes, J. ; De Donno, C. ; Dine, J. ; Brivio, E. ; Karamihalev, S. ; Luecken, M. ; Almeida-Correa, S. ; Gasperoni, S. ; Dick, A. ; Miranda, L. ; Büttner, M. ; Stoffel, R. ; Flachskamm, C. ; Theis, F.J. ; Schmidt, M.V. ; Chen, A.
Early life adversity shapes social subordination and cell type-specific transcriptomic patterning in the ventral hippocampus.Debus, C. ; Piraud, M. ; Streit, A. ; Theis, F.J. ; Götz, M.
Reporting electricity consumption is essential for sustainable AI.Zhang, W. ; Nowotny, H. ; Theodoropoulou, M. ; Simon, J. ; Hemmer, C.M. ; Bidlingmaier, M. ; Auer, M.K. ; Reincke, M. ; Uhlenhaut, N.H. ; Reisch, N.
E47 as a novel glucocorticoid-dependent gene mediating lipid metabolism in patients with endogenous glucocorticoid excess.Noack, F. ; Vangelisti, S. ; Ditzer, N. ; Chong, F. ; Albert, M. ; Bonev, B.
Joint epigenome profiling reveals cell-type-specific gene regulatory programmes in human cortical organoids.Schmidt, S. ; Stautner, C. ; Vu, D.T. ; Heinz, A. ; Regensburger, M. ; Karayel, O. ; Trümbach, D. ; Artati, A. ; Kaltenhäuser, S. ; Nassef, M.Z. ; Hembach, S. ; Steinert, L. ; Winner, B. ; Jürgen, W. ; Jastroch, M. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Westmeyer, G.G. ; Adamski, J. ; Mann, M. ; Hiller, K. ; Giesert, F. ; Vogt Weisenhorn, D.M. ; Wurst, W.
A reversible state of hypometabolism in a human cellular model of sporadic Parkinson's disease.Mairhörmann, B. ; Padovani, F. ; Schmoller, K.M.
Zugängliche KI-Algorithmen für bessere Zellmikroskopie.Khurana, A. ; Chadha, Y. ; Schmoller, K.M.
Too big not to fail: Different paths lead to senescence of enlarged cells.Chanou, A. ; Weiß, M. ; Holler, K. ; Sajid, A. ; Straub, T. ; Krietsch, J. ; Sanchi, A. ; Ummethum, H. ; Lee, C.S.K. ; Kruse, E. ; Trauner, M. ; Werner, M. ; Lalonde, M. ; Lopes, M. ; Scialdone, A. ; Hamperl, S.
Single molecule MATAC-seq reveals key determinants of DNA replication origin efficiency.Pal, M. ; Altamirano-Pacheco, L. ; Schauer, T. ; Torres-Padilla, M.E.
Reorganization of lamina-associated domains in early mouse embryos is regulated by RNA polymerase II activity.Sajid, A. ; Hamperl, S.
Single-copy gene locus chromatin purification in Saccharomyces cerevisiae.Maurer, J. ; Zhao, X. ; Irmler, M. ; Gudiksen, A. ; Pilmark, N.S. ; Li, Q. ; Goj, T. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Birkenfeld, A.L. ; Peter, A. ; Lehmann, R. ; Pilegaard, H. ; Karstoft, K. ; Xu, G. ; Weigert, C.
Redox state and altered pyruvate metabolism contribute to a dose-dependent metformin-induced lactate production of human myotubes.Han, L. ; Haefner, V. ; Yu, Y. ; Han, B. ; Ren, H. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Liu, Q. ; Feuchtinger, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Adler, H. ; Stöger, T.
Nanoparticle-exposure-triggered virus reactivation induces lung emphysema in mice.Nogal, A. ; Tettamanzi, F. ; Dong, Q. ; Louca, P. ; Visconti, A. ; Christiansen, C. ; Breuninger, T.A. ; Linseisen, J. ; Grallert, H. ; Wawro, N. ; Asnicar, F. ; Wong, K. ; Baleanu, A.F. ; Michelotti, G.A. ; Segata, N. ; Falchi, M. ; Peters, A. ; Franks, P.W. ; Bagnardi, V. ; Spector, T.D. ; Bell, J.T. ; Gieger, C. ; Valdes, A.M. ; Menni, C.
A faecal metabolite signature of impaired fasting glucose: Results from twoindependent population-based cohorts.Nogal, A. ; Alkis, T. ; Lee, Y. ; Kifer, D. ; Hu, J. ; Murphy, R.A. ; Huang, Z. ; Wang-Sattler, R. ; Kastenmüller, G. ; Linkohr, B. ; Barrios, C. ; Crespo, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Price, J. ; Rexrode, K.M. ; Yu, B. ; Menni, C.
Predictive metabolites for incident myocardial infarction: A two-step meta-analysis of individual patient data from six cohorts comprising 7,897 individuals from the the COnsortium of METabolomic Studies.Costeira, R. ; Evangelista, L. ; Wilson, R. ; Yan, X. ; Hellbach, F. ; Sinke, L. ; Christiansen, C. ; Villicaña, S. ; Masachs, O.M. ; Tsai, P.C. ; Mangino, M. ; Menni, C. ; Berry, S.E. ; Beekman, M. ; van Heemst, D. ; Slagboom, P.E. ; Heijmans, B.T. ; Suhre, K. ; Kastenmüller, G. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Small, K.S. ; Linseisen, J. ; Waldenberger, M. ; Bell, J.T.
Metabolomic biomarkers of habitual B vitamin intakes unveil novel differentially methylated positions in the human epigenome.de Las Fuentes, L. ; Schwander, K.L. ; Brown, M.R. ; Bentley, A.R. ; Winkler, T.W. ; Sung, Y.J. ; Munroe, P.B. ; Miller, C.L. ; Aschard, H. ; Aslibekyan, S. ; Bartz, T.M. ; Bielak, L.F. ; Chai, J.F. ; Cheng, C.Y. ; Dorajoo, R. ; Feitosa, M.F. ; Guo, X. ; Hartwig, F.P. ; Horimoto, A.R. ; Kolcic, I. ; Lim, E. ; Liu, Y. ; Manning, A.K. ; Marten, J. ; Musani, S.K. ; Noordam, R. ; Padmanabhan, S. ; Rankinen, T. ; Richard, M.A. ; Ridker, P.M. ; Smith, A.V. ; Vojinovic, D. ; Zonderman, A.B. ; Alver, M. ; Boissel, M. ; Christensen, K. ; Freedman, B.I. ; Gao, C. ; Giulianini, F. ; Harris, S.E. ; He, M. ; Hsu, F.C. ; Kühnel, B. ; Laguzzi, F. ; Li, X. ; Lyytikäinen, L.P. ; Nolte, I.M. ; Poveda, A. ; Rauramaa, R. ; Riaz, M. ; Robino, A. ; Sofer, T. ; Takeuchi, F. ; Tayo, B.O. ; van der Most, P.J. ; Verweij, N. ; Ware, E.B. ; Weiss, S. ; Wen, W. ; Yanek, L.R. ; Zhan, Y. ; Amin, N. ; Arking, D.E. ; Ballantyne, C. ; Boerwinkle, E. ; Brody, J.A. ; Broeckel, U. ; Campbell, A. ; Canouil, M. ; Chai, X. ; Chen, Y.D.I. ; Chen, X. ; Chitrala, K.N. ; Concas, M.P. ; de Faire, U. ; de Mutsert, R. ; de Silva, H.J. ; de Vries, P.S. ; Do, A.N. ; Faul, J.D. ; Fisher, V. ; Floyd, J.S. ; Forrester, T. ; Friedlander, Y. ; Girotto, G. ; Gu, C.C. ; Hallmans, G. ; Heikkinen, S. ; Heng, C.K. ; Homuth, G. ; Hunt, S. ; Ikram, M.A. ; Jacobs, D.R. ; Kavousi, M. ; Khor, C.C. ; Kilpeläinen, T.O. ; Koh, W.P. ; Komulainen, P. ; Langefeld, C.D. ; Liang, J. ; Peters, A. ; Raitakari, O.T. ; Waldenberger, M. ; Wilson, G. ; Xuan, D. ; Yao, J. ; Gieger, C. ; Jonas, J.B. ; Kato, N. ; Lakka, T. ; Meitinger, T. ; Milaneschi, Y. ; Nauck, M. ; Palmer, N.D. ; Strauch, K. ; Sims, M. ; Bonnefond, A. ; Fox, E.R. ; Fornage, M.
Gene-educational attainment interactions in a multi-population genome-wide meta-analysis identify novel lipid loci.Sánchez Quant, E.S. ; Richter, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Martinez Jimenez, C.P.
Single-cell metabolic profiling reveals subgroups of primary human hepatocytes with heterogeneous responses to drug challenge.Swoboda, A.S. ; Arfelli, V.C. ; Danese, A. ; Windisch, R. ; Kerbs, P. ; Redondo Monte, E. ; Bagnoli, J.W. ; Chen-Wichmann, L. ; Caroleo, A. ; Cusan, M. ; Krebs, S. ; Blum, H. ; Sterr, M. ; Enard, W. ; Herold, T. ; Colomé-Tatché, M. ; Wichmann, C. ; Greif, P.A.
CSF3R T618I collaborates With RUNX1-RUNX1T1 to expand hematopoietic progenitors and sensitizes to GLI inhibition.Ratajczak, F. ; Joblin, M. ; Hildebrandt, M. ; Ringsquandl, M. ; Falter-Braun, P. ; Heinig, M.
Speos: An ensemble graph representation learning framework to predict core gene candidates for complex diseases.Liu, Y. ; Müller, G. ; Navab, N. ; Marr, C. ; Huisken, J. ; Peng, T.
BigFUSE: Global Context-Aware Image Fusion in Dual-View Light-Sheet Fluorescence Microscopy with Image Formation Prior.Sadafi, A. ; Hehr, M. ; Navab, N. ; Marr, C.
A Study of Age and Sex Bias in Multiple Instance Learning Based Classification of Acute Myeloid Leukemia Subtypes.Wang, D. ; Rausch, C. ; Buerger, S.A. ; Tschuri, S. ; Rothenberg-Thurley, M. ; Schulz, M. ; Hasenauer, J. ; Ziemann, F. ; Metzeler, K.H. ; Marr, C.
Modeling early treatment response in AML from cell-free tumor DNA.De Donno, C. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Moinfar, A.A. ; Wagenstetter, M. ; Zappia, L. ; Lotfollahi, M. ; Theis, F.J.
Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples.Frishberg, A. ; Milman, N. ; Alpert, A. ; Spitzer, H. ; Asani, B. ; Schiefelbein, J.B. ; Bakin, E. ; Regev-Berman, K. ; Priglinger, S.G. ; Schultze, J.L. ; Theis, F.J. ; Shen-Orr, S.S.
Reconstructing disease dynamics for mechanistic insights and clinical benefit.Ori, C. ; Ansari, M. ; Angelidis, I. ; Olmer, R. ; Martin, U. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B. ; Drukker, M.
Human pluripotent stem cell fate trajectories toward lung and hepatocyte progenitors.Tran, M. ; Lahiani, A. ; Dicente Cid, Y. ; Boxberg, M. ; Lienemann, P. ; Matek, C. ; Wagner, S. ; Theis, F.J. ; Klaiman, E. ; Peng, T.
B-Cos Aligned Transformers Learn Human-Interpretable Features.Basu, S. ; Shukron, O. ; Hall, D. ; Parutto, P. ; Ponjavic, A. ; Shah, D. ; Boucher, W. ; Lando, D. ; Zhang, W. ; Reynolds, N. ; Sober, L.H. ; Jartseva, A. ; Ragheb, R. ; Ma, X. ; Cramard, J. ; Floyd, R. ; Balmer, J. ; Drury, T.A. ; Carr, A.R. ; Needham, L.M. ; Aubert, A. ; Communie, G. ; Gor, K. ; Steindel, M. ; Morey, L. ; Blanco, E. ; Bartke, T. ; di Croce, L. ; Berger, I. ; Schaffitzel, C. ; Lee, S.F. ; Stevens, T.J. ; Klenerman, D. ; Hendrich, B.D. ; Holcman, D. ; Laue, E.D.
Live-cell three-dimensional single-molecule tracking reveals modulation of enhancer dynamics by NuRD.Auge, G. ; Hankofer, V. ; Groth, M. ; Antoniou-Kourounioti, R. ; Ratikainen, I. ; Lampei, C.
Plant environmental memory: Implications, mechanisms and opportunities for plant scientists and beyond.Seel, A. ; Padovani, F. ; Mayer, M. ; Finster, A. ; Bureik, D. ; Thoma, F. ; Osman, C. ; Klecker, T. ; Schmoller, K.M.
Regulation with cell size ensures mitochondrial DNA homeostasis during cell growth.Beagrie, R.A. ; Thieme, C.J. ; Annunziatella, C. ; Baugher, C. ; Zhang, Y. ; Schueler, M. ; Kukalev, A. ; Kempfer, R. ; Chiariello, A.M. ; Bianco, S. ; Li, Y. ; Davis, T. ; Scialdone, A. ; Welch, L.R. ; Nicodemi, M. ; Pombo, A.
Multiplex-GAM: genome-wide identification of chromatin contacts yields insights overlooked by Hi-C.Lalonde, M. ; Ummethum, H. ; Trauner, M. ; Ettinger, A. ; Hamperl, S.
An automated image analysis pipeline to quantify the coordination and overlap of transcription and replication activity in mammalian genomes.Lucienne, M. ; Gerlini, R. ; Rathkolb, B. ; Calzada-Wack, J. ; Forny, P. ; Wueest, S. ; Kaech, A. ; Traversi, F. ; Forny, M. ; Bürer, C. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Sauer, S. ; Kölker, S. ; Dewulf, J.P. ; Bommer, G.T. ; Hoces, D. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Rozman, J. ; Froese, D.S. ; Baumgartner, M.R. ; Hrabě de Angelis, M.
Insights into energy balance dysregulation from a mouse model of methylmalonic aciduria.Ngo, D. ; Pratte, K.A. ; Flexeder, C. ; Petersen, H. ; Dang, H. ; Ma, Y. ; Keyes, M.J. ; Gao, Y. ; Deng, S. ; Peterson, B.D. ; Farrell, L.A. ; Bhambhani, V.M. ; Palacios, C. ; Quadir, J. ; Gillenwater, L. ; Xu, H. ; Emson, C. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Graumann, J. ; Jain, D. ; Conomos, M.P. ; Tracy, R.P. ; Guo, X. ; Liu, Y. ; Johnson, W.C. ; Cornell, E. ; Durda, P. ; Taylor, K.D. ; Papanicolaou, G.J. ; Rich, S.S. ; Rotter, J.I. ; Rennard, S.I. ; Curtis, J.L. ; Woodruff, P.G. ; Comellas, A.P. ; Silverman, E.K. ; Crapo, J.D. ; Larson, M.G. ; Vasan, R.S. ; Wang, T.J. ; Correa, A. ; Sims, M. ; Wilson, J.G. ; Gerszten, R.E. ; O’Connor, G.T. ; Barr, R.G. ; Couper, D. ; Dupuis, J. ; Manichaikul, A. ; O’Neal, W.K. ; Tesfaigzi, Y. ; Schulz, H. ; Bowler, R.P.
Systemic markers of lung function and forced expiratory volume in 1 second decline across diverse cohorts.Zhao, J.H. ; Stacey, D. ; Eriksson, N. ; Macdonald-Dunlop, E. ; Hedman, A.K. ; Kalnapenkis, A. ; Enroth, S. ; Cozzetto, D. ; Digby-Bell, J. ; Marten, J. ; Folkersen, L. ; Herder, C. ; Jonsson, L. ; Bergen, S.E. ; Gieger, C. ; Needham, E.J. ; Surendran, P. ; Metspalu, A. ; Milani, L. ; Mägi, R. ; Nelis, M. ; Hudjašov, G. ; Paul, D.S. ; Polasek, O. ; Thorand, B. ; Grallert, H. ; Roden, M. ; Võsa, U. ; Esko, T. ; Hayward, C. ; Johansson, A. ; Gyllensten, U. ; Powell, N. ; Hansson, O. ; Mattsson-Carlgren, N. ; Joshi, P.K. ; Danesh, J. ; Padyukov, L. ; Klareskog, L. ; Landen, M. ; Wilson, J.F. ; Siegbahn, A. ; Wallentin, L. ; Mälarstig, A. ; Butterworth, A.S. ; Peters, J.E.
Author Correction: Genetics of circulating inflammatory proteins identifies drivers of immune-mediated disease risk and therapeutic targets (Nature Immunology, (2023), 24, 9, (1540-1551), 10.1038/s41590-023-01588-w).Lagou, V. ; Jiang, L. ; Ulrich, A. ; Zudina, L. ; González, K.S.G. ; Balkhiyarova, Z. ; Faggian, A. ; Maina, J.G. ; Chen, S. ; Todorov, P.V. ; Sharapov, S. ; David, A. ; Marullo, L. ; Mägi, R. ; Rujan, R.M. ; Ahlqvist, E. ; Thorleifsson, G. ; Gao, Η. ; Εvangelou, Ε. ; Benyamin, B. ; Scott, R.A. ; Isaacs, A. ; Zhao, J.H. ; Willems, S.M. ; Johnson, T. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Meisinger, C. ; Müller-Nurasyid, M. ; Strawbridge, R.J. ; Goel, A. ; Rybin, D. ; Albrecht, E. ; Jackson, A.U. ; Stringham, H.M. ; Corrêa, I.R. ; Farber-Eger, E. ; Steinthorsdottir, V. ; Uitterlinden, A.G. ; Munroe, P.B. ; Brown, M.J. ; Schmidberger, J. ; Holmen, O. ; Thorand, B. ; Hveem, K. ; Wilsgaard, T. ; Mohlke, K.L. ; Wang, Z. ; den Hoed, M. ; Shmeliov, A. ; Loos, R.J.F. ; Kratzer, W. ; Haenle, M. ; Koenig, W. ; Boehm, B.O. ; Tan, T.M. ; Tomas, A. ; Salem, V. ; Barroso, I. ; Tuomilehto, J. ; Boehnke, M. ; Florez, J.C. ; Hamsten, A. ; Watkins, H. ; Njølstad, I. ; Wichmann, H.-E. ; Caulfield, M.J. ; Khaw, K.T. ; van Duijn, C.M. ; Hofman, A. ; Wareham, N.J. ; Langenberg, C. ; Whitfield, J.B. ; Martin, N.G. ; Montgomery, G. ; Scapoli, C. ; Tzoulaki, I. ; Elliott, P. ; Thorsteinsdottir, U. ; Stefansson, K. ; Brittain, E.L. ; McCarthy, M.I. ; Froguel, P. ; Sexton, P.M. ; Wootten, D. ; Groop, L. ; Dupuis, J. ; Meigs, J.B. ; Deganutti, G. ; Demirkan, A. ; Pers, T.H. ; Reynolds, C.A. ; Aulchenko, Y.S. ; Kaakinen, M.A. ; Jones, B. ; Prokopenko, I.
GWAS of random glucose in 476,326 individuals provide insights into diabetes pathophysiology, complications and treatment stratification.Shrine, N. ; Izquierdo, A.G. ; Chen, J. ; Packer, R. ; Hall, R.J. ; Guyatt, A.L. ; Batini, C. ; Thompson, R.J. ; Pavuluri, C. ; Malik, V. ; Hobbs, B.D. ; Moll, M. ; Kim, W. ; Tal-Singer, R. ; Bakke, P. ; Fawcett, K.A. ; John, C. ; Coley, K. ; Piga, N.N. ; Pozarickij, A. ; Lin, K. ; Millwood, I.Y. ; Chen, Z. ; Li, L. ; Wijnant, S.R.A. ; Lahousse, L. ; Brusselle, G. ; Uitterlinden, A.G. ; Manichaikul, A. ; Oelsner, E.C. ; Rich, S.S. ; Barr, R.G. ; Kerr, S.M. ; Vitart, V. ; Brown, M.R. ; Wielscher, M. ; Imboden, M. ; Jeong, A. ; Bartz, T.M. ; Gharib, S.A. ; Flexeder, C. ; Karrasch, S. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Stubbe, B. ; Hu, X. ; Ortega, V.E. ; Meyers, D.A. ; Bleecker, E.R. ; Gabriel, S.B. ; Gupta, N. ; Smith, A.V. ; Luan, J. ; Zhao, J.H. ; Hansen, A.F. ; Langhammer, A. ; Willer, C. ; Bhatta, L. ; Porteous, D. ; Smith, B.H. ; Campbell, A. ; Sofer, T. ; Lee, J. ; Daviglus, M.L. ; Yu, B. ; Lim, E. ; Xu, H. ; O’Connor, G.T. ; Thareja, G. ; Albagha, O.M.E. ; Ismail, S.I. ; Al-Muftah, W. ; Badji, R. ; Mbarek, H. ; Darwish, D. ; Fadl, T. ; Yasin, H. ; Ennaifar, M. ; Abdellatif, R. ; Alkuwari, F. ; Alvi, M. ; Al-Sarraj, Y. ; Saad, C. ; Althani, A. ; Fethnou, E. ; Qafoud, F. ; Alkhayat, E. ; Afifi, N. ; Tomei, S. ; Liu, W. ; Lorenz, S. ; Syed, N. ; Almabrazi, H. ; Vempalli, F.R. ; Temanni, R. ; Saqri, T.A. ; Khatib, M. ; Hamza, M. ; Zaid, T.A. ; El Khouly, A. ; Zeggini, E. ; Tobin, M.D.
Author Correction: Multi-ancestry genome-wide association analyses improve resolution of genes and pathways influencing lung function and chronic obstructive pulmonary disease risk (Nature Genetics, (2023), 55, 3, (410-422), 10.1038/s41588-023-01314-0).Ramakrishnan, A. ; Symeonidi, A. ; Hanel, P. ; Schmid, K.T. ; Richter, M.L. ; Schubert, M. ; Colomé-Tatché, M.
epiAneufinder identifies copy number alterations from single-cell ATAC-seq data.Amar, Y. ; Rogner, D. ; Silva, R. ; Fösel, B. ; Ud-Dean, M. ; Lagkouvardos, I. ; Steimle‑Grauer, S.A. ; Niedermeier, S. ; Kublik, S. ; Jargosch, M. ; Heinig, M. ; Thomas, J. ; Eyerich, S. ; Wikström, J.D. ; Schloter, M. ; Eyerich, K. ; Biedermann, T. ; Köberle, M.
Correction: Darier’s disease exhibits a unique cutaneous microbial dysbiosis associated with inflammation and body malodour (Microbiome, (2023), 11, 1, (162), 10.1186/s40168-023-01587-x).Ohnmacht, A. ; Stahler, A. ; Stintzing, S. ; Modest, D.P. ; Holch, J.W. ; Westphalen, C.B. ; Hölzel, L. ; Schübel, M.K. ; Galhoz, A. ; Farnoud, A. ; Ud-Dean, M. ; Vehling-Kaiser, U. ; Decker, T. ; Moehler, M. ; Heinig, M. ; Heinemann, V. ; Menden, M.P.
The Oncology Biomarker Discovery framework reveals cetuximab and bevacizumab response patterns in metastatic colorectal cancer.Han, Y. ; Georgii, E. ; Priego-Cubero, S. ; Wurm, C. ; Hüther, P. ; Huber, G. ; Koller, R. ; Becker, C. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.
Arabidopsis histone deacetylase HD2A and HD2B regulate seed dormancy by repressing DELAY OF GERMINATION 1.Han, Y. ; Haouel, A. ; Georgii, E. ; Priego-Cubero, S. ; Wurm, C. ; Hemmler, D. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Becker, C. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.
Histone deacetylases HD2A and HD2B undergo feedback regulation by ABA and modulate drought tolerance via mediating ABA-induced transcriptional repression.Waibel, D.J.E. ; Röell, E. ; Rieck, B. ; Giryes, R. ; Marr, C.
A Diffusion Model Predicts 3D Shapes from 2D Microscopy Images.Sadafi, A. ; Adonkina, O. ; Khakzar, A. ; Lienemann, P. ; Hehr, M. ; Rueckert, D. ; Navab, N. ; Marr, C.
Pixel-Level Explanation of Multiple Instance Learning Models in Biomedical Single Cell Images.Sadafi, A. ; Navab, N. ; Marr, C.
Active Learning Enhances Classification of Histopathology Whole Slide Images with Attention-Based Multiple Instance Learning.Sens, D. ; Sadafi, A. ; Casale, F.P. ; Navab, N. ; Marr, C.
BEL: A Bag Embedding Loss for Transformer Enhances Multiple Instance Whole Slide Image Classification.Hrovatin, K. ; Bastidas-Ponce, A. ; Bakhti, M. ; Zappia, L. ; Büttner, M. ; Salinno, C. ; Sterr, M. ; Böttcher, A. ; Migliorini, A. ; Lickert, H. ; Theis, F.J.
Delineating mouse β-cell identity during lifetime and in diabetes with a single cell atlas.Henao, J. ; Lauber, M. ; Azevedo, M. ; Grekova, A. ; Theis, F.J. ; List, M. ; Ogris, C. ; Schubert, B.
Multi-omics regulatory network inference in the presence of missing data.Rosowski, S. ; Remmert, C. ; Marder, M. ; Akishiba, M. ; Bushe, J. ; Feuchtinger, A. ; Platen, A. ; Ussar, S. ; Theis, F.J. ; Wiedenmann, S. ; Meier, M.
Single-cell characterization of neovascularization using hiPSC-derived endothelial cells in a 3D microenvironment.Polychronidou, M. ; Hou, J. ; Babu, M.M. ; Liberali, P. ; Amit, I. ; Deplancke, B. ; Lahav, G. ; Itzkovitz, S. ; Mann, M. ; Saez-Rodriguez, J. ; Theis, F.J. ; Eils, R.
Single-cell biology: What does the future hold?Fadel, L. ; Dacic, M. ; Fonda, V. ; Sokolsky, B.A. ; Quagliarini, F. ; Rogatsky, I. ; Uhlenhaut, N.H.
Modulating glucocorticoid receptor actions in physiology and pathology: Insights from coregulators.Karl, L.A. ; Galanti, L. ; Bantele, S.C. ; Metzner, F. ; Šafarić, B. ; Rajappa, L. ; Foster, B. ; Pires, V.B. ; Bansal, P. ; Chacin, E. ; Basquin, J. ; Duderstadt, K.E. ; Kurat, C.F. ; Bartke, T. ; Hopfner, K.P. ; Pfander, B.
A SAM-key domain required for enzymatic activity of the Fun30 nucleosome remodeler.Guthmann, M. ; Qian, C. ; Gialdini, I. ; Nakatani, T. ; Ettinger, A. ; Schauer, T. ; Kukhtevich, I. ; Schneider, R. ; Lamb, D.C. ; Burton, A. ; Torres-Padilla, M.E.
A change in biophysical properties accompanies heterochromatin formation in mouse embryos.Nieborak, A. ; Lukauskas, S. ; Capellades, J. ; Heyn, P. ; Santos, G.S. ; Motzler, K. ; Zeigerer, A. ; Bester, R. ; Protzer, U. ; Schelter, F. ; Wagner, M. ; Carell, T. ; Hruscha, A. ; Schmid, B. ; Yanes, O. ; Schneider, R.
Depletion of pyruvate kinase (PK) activity causes glycolytic intermediate imbalances and reveals a PK-TXNIP regulatory axis.Bannister, A.J. ; Schneider, R. ; Varga-Weisz, P.
Editorial: Colyn Crane-Robinson (1935-2023).Lubatti, G. ; Stock, M. ; Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Riepl, M. ; Tyser, R.C.V. ; Danese, A. ; Colomé-Tatché, M. ; Theis, F.J. ; Srinivas, S. ; Torres-Padilla, M.E. ; Scialdone, A.
CIARA: A cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data.Lazzardi, S. ; Valle, F. ; Mazzolini, A. ; Scialdone, A. ; Caselle, M. ; Osella, M.
Emergent statistical laws in single-cell transcriptomic data.Bell, O. ; Burton, A. ; Dean, C. ; Gasser, S.M. ; Torres-Padilla, M.E.
Heterochromatin definition and function.Pecori, F. ; Torres-Padilla, M.E.
Dynamics of nuclear architecture during early embryonic development and lessons from liveimaging.Cossec, J.C. ; Traboulsi, T. ; Sart, S. ; Loe-Mie, Y. ; Guthmann, M. ; Hendriks, I.A. ; Theurillat, I. ; Nielsen, M.L. ; Torres-Padilla, M.E. ; Baroud, C.N. ; Dejean, A.
Transient suppression of SUMOylation in embryonic stem cells generates embryo-like structures.Canat, A. ; Atilla, D. ; Torres-Padilla, M.E.
Hyperosmotic stress induces 2-cell-like cells through ROS and ATR signaling.Nakatani, T. ; Torres-Padilla, M.E.
Regulation of mammalian totipotency: A molecular perspective from in vivo and in vitro studies.Lee, C.S.K. ; Weiß, M. ; Hamperl, S.
Where and when to start: Regulating DNA replication origin activity in eukaryotic genomes.Bamezai, S. ; Pulikkottil, A.J. ; Yadav, T. ; Vegi, N.M. ; Mueller, J. ; Mark, J. ; Mandal, T. ; Feder, K. ; Ihme, S. ; Song, C. ; Rosler, R. ; Wiese, S. ; Hoell, J.I. ; Kloetgen, A. ; Karsan, A. ; Kumari, A. ; Wojenski, L. ; Sinha, A.U. ; González-Menéndez, I. ; Quintanilla-Martinez, L. ; Donato, E. ; Trumpp, A. ; Kruse, E. ; Hamperl, S. ; Zou, L. ; Rawat, V.P.S. ; Buske, C.
A noncanonical enzymatic function of PIWIL4 maintains genomic integrity and leukemic growth in AML.Ouni, M. ; Eichelmann, F. ; Jähnert, M. ; Krause, C. ; Saussenthaler, S. ; Ott, C. ; Gottmann, P. ; Speckmann, T. ; Huypens, P. ; Wolter, S. ; Mann, O. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J. ; Kirchner, H. ; Schulze, M.B. ; Schürmann, A.
Differences in DNA methylation of HAMP in blood cells predicts the development of type 2 diabetes.Duschek, E. ; Forer, L. ; Schönherr, S. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Kronenberg, F. ; Grallert, H. ; Lamina, C.
A polygenic and family risk score are both independently associated with risk of type 2 diabetes in a population-based study.Shrine, N. ; Izquierdo, A.G. ; Chen, J. ; Packer, R. ; Hall, R.J. ; Guyatt, A.L. ; Batini, C. ; Thompson, R.J. ; Pavuluri, C. ; Malik, V. ; Hobbs, B.D. ; Moll, M. ; Kim, W. ; Tal-Singer, R. ; Bakke, P. ; Fawcett, K.A. ; John, C. ; Coley, K. ; Piga, N.N. ; Pozarickij, A. ; Lin, K. ; Millwood, I.Y. ; Chen, Z. ; Li, L. ; Wijnant, S.R.A. ; Lahousse, L. ; Brusselle, G. ; Uitterlinden, A.G. ; Manichaikul, A. ; Oelsner, E.C. ; Rich, S.S. ; Barr, R.G. ; Kerr, S.M. ; Vitart, V. ; Brown, M.R. ; Wielscher, M. ; Imboden, M. ; Jeong, A. ; Bartz, T.M. ; Gharib, S.A. ; Flexeder, C. ; Karrasch, S. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Stubbe, B. ; Hu, X. ; Ortega, V.E. ; Meyers, D.A. ; Bleecker, E.R. ; Gabriel, S.B. ; Gupta, N. ; Smith, A.V. ; Luan, J. ; Zhao, J.H. ; Hansen, A.F. ; Langhammer, A. ; Willer, C. ; Bhatta, L. ; Porteous, D. ; Smith, B.H. ; Campbell, A. ; Sofer, T. ; Lee, J. ; Daviglus, M.L. ; Yu, B. ; Lim, E. ; Xu, H. ; O'Connor, G.T. ; Thareja, G. ; Albagha, O.M.E. ; Suhre, K. ; Granell, R. ; Faquih, T.O. ; Hiemstra, P.S. ; Slats, A.M. ; Mullin, B.H. ; Hui, J. ; James, A. ; Beilby, J. ; Patasova, K. ; Hysi, P. ; Koskela, J.T. ; Wyss, A.B. ; Jin, J. ; Sikdar, S. ; Lee, M. ; May-Wilson, S. ; Pirastu, N. ; Kentistou, K.A. ; Joshi, P.K. ; Timmers, P.R.H.J. ; Williams, A.T. ; Free, R.C. ; Wang, X. ; Morrison, J.L. ; Gilliland, F.D. ; Wang, C.A. ; Foong, R.E. ; Harris, S.E. ; Taylor, A. ; Redmond, P. ; Cook, J.P. ; Mahajan, A. ; Lind, L. ; Palviainen, T. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Kaprio, J. ; Rantanen, T. ; Pietiläinen, K.H. ; Cox, S.R. ; Pennell, C.E. ; Hall, G.L. ; Gauderman, W.J. ; Brightling, C. ; Wilson, J.F. ; Vasankari, T. ; Laitinen, T. ; Salomaa, V. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Timpson, N.J. ; Zeggini, E. ; Dupuis, J. ; Hayward, C. ; Brumpton, B. ; Langenberg, C. ; Weiss, S. ; Homuth, G. ; Schmidt, C.O. ; Probst-Hensch, N. ; Jarvelin, M.R. ; Morrison, A.C. ; Polasek, O. ; Rudan, I. ; Lee, J.H. ; Sayers, I. ; Rawlins, E.L. ; Dudbridge, F. ; Silverman, E.K. ; Strachan, D.P. ; Walters, R.G. ; Morris, A.P. ; London, S.J. ; Cho, M.H. ; Wain, L.V. ; Hall, I.P. ; Tobin, M.D.
Multi-ancestry genome-wide association analyses improve resolution of genes and pathways influencing lung function and chronic obstructive pulmonary disease risk.Cheng, Y. ; Gadd, D.A. ; Gieger, C. ; Monterrubio-Gómez, K. ; Zhang, Y. ; Berta, I. ; Stam, M.J. ; Szlachetka, N. ; Lobzaev, E. ; Wrobel, N. ; Murphy, L. ; Campbell, A. ; Nangle, C. ; Walker, R.M. ; Fawns-Ritchie, C. ; Peters, A. ; Rathmann, W. ; Porteous, D.J. ; Evans, K.L. ; McIntosh, A.M. ; Cannings, T.I. ; Waldenberger, M. ; Ganna, A. ; McCartney, D.L. ; Vallejos, C.A. ; Marioni, R.E.
Development and validation of DNA methylation scores in two European cohorts augment 10-year risk prediction of type 2 diabetes.Williamson, A. ; Norris, D.M. ; Yin, X. ; Broadaway, K.A. ; Moxley, A.H. ; Vadlamudi, S. ; Wilson, E.P. ; Jackson, A.U. ; Ahuja, V. ; Andersen, M.K. ; Arzumanyan, Z. ; Bonnycastle, L.L. ; Bornstein, S.R. ; Bretschneider, M.P. ; Buchanan, T.A. ; Chang, Y.C. ; Chuang, L.M. ; Chung, R.H. ; Clausen, T.D. ; Damm, P. ; Delgado, G.E. ; de Mello, V.D. ; Dupuis, J. ; Dwivedi, O.P. ; Erdos, M.R. ; Fernandes Silva, L. ; Frayling, T.M. ; Gieger, C. ; Goodarzi, M.O. ; Guo, X. ; Gustafsson, S. ; Hakaste, L. ; Hammar, U. ; Hatem, G. ; Herrmann, S. ; Højlund, K. ; Horn, K. ; Hsueh, W.A. ; Hung, Y.J. ; Hwu, C.M. ; Jonsson, A. ; Kårhus, L.L. ; Kleber, M.E. ; Kovacs, P. ; Lakka, T.A. ; Lauzon, M. ; Lee, I.T. ; Lindgren, C.M. ; Lindstrom, J. ; Linneberg, A. ; Liu, C.T. ; Luan, J. ; Aly, D.M. ; Mathiesen, E. ; Moissl, A.P. ; Morris, A.P. ; Narisu, N. ; Perakakis, N. ; Peters, A. ; Prasad, R.B. ; Rodionov, R.N. ; Roll, K. ; Rundsten, C.F. ; Sarnowski, C. ; Savonen, K. ; Scholz, M. ; Sharma, S. ; Stinson, S.E. ; Suleman, S. ; Tan, J. ; Taylor, K.D. ; Uusitupa, M. ; Vistisen, D. ; Witte, D.R. ; Walther, R. ; Wu, P. ; Xiang, A.H. ; Zethelius, B. ; Ahlqvist, E. ; Bergman, R.N. ; Chen, Y.I. ; Collins, F.S. ; Fall, T. ; Florez, J.C. ; Fritsche, A. ; Grallert, H. ; Groop, L. ; Hansen, T. ; Koistinen, H.A. ; Komulainen, P. ; Laakso, M. ; Lind, L. ; Loeffler, M. ; Marz, W. ; Meigs, J.B. ; Raffel, L.J. ; Rauramaa, R. ; Rotter, J.I. ; Schwarz, P.E. ; Stumvoll, M. ; Sundström, J. ; Tönjes, A. ; Tuomi, T. ; Tuomilehto, J. ; Wagner, R. ; Barroso, I. ; Walker, M. ; Grarup, N. ; Boehnke, M. ; Wareham, N.J. ; Mohlke, K.L. ; Wheeler, E. ; O'Rahilly, S. ; Fazakerley, D.J. ; Langenberg, C.
Genome-wide association study and functional characterization identifies candidate genes for insulin-stimulated glucose uptake.Herold, J.M. ; Nano, J. ; Gorski, M. ; Winkler, T.W. ; Stanzick, K.J. ; Zimmermann, M.E. ; Brandl, C. ; Peters, A. ; Koenig, W. ; Burkhardt, R. ; Gessner, A. ; Heid, I. ; Gieger, C. ; Stark, K.J.
Polygenic scores for estimated glomerular filtration rate in a population of general adults and elderly - comparative results from the KORA and AugUR study.Harrer, P. ; Mirza-Schreiber, N. ; Mandel, V. ; Roeber, S. ; Stefani, A. ; Naher, S. ; Wagner, M. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Högl, B. ; Herms, J. ; Schormair, B. ; Zhao, C. ; Winkelmann, J. ; Oexle, K.
Epigenetic association analyses and risk prediction of RLS.Zhao, J.H. ; Stacey, D. ; Eriksson, N. ; Macdonald-Dunlop, E. ; Hedman, ; Kalnapenkis, A. ; Enroth, S. ; Cozzetto, D. ; Digby-Bell, J. ; Marten, J. ; Folkersen, L. ; Herder, C. ; Jonsson, L. ; Bergen, S.E. ; Gieger, C. ; Needham, E.J. ; Surendran, P. ; Paul, D.S. ; Polasek, O. ; Thorand, B. ; Grallert, H. ; Roden, M. ; Võsa, U. ; Esko, T. ; Hayward, C. ; Johansson, ; Gyllensten, U. ; Powell, N. ; Hansson, O. ; Mattsson-Carlgren, N. ; Joshi, P.K. ; Danesh, J. ; Padyukov, L. ; Klareskog, L. ; Landen, M. ; Wilson, J.F. ; Siegbahn, A. ; Wallentin, L. ; Mälarstig, A. ; Butterworth, A.S. ; Peters, J.E.
Genetics of circulating inflammatory proteins identifies drivers of immune-mediated disease risk and therapeutic targets.van der Spek, A. ; Stewart, I.D. ; Kühnel, B. ; Pietzner, M. ; Alshehri, T. ; Gauß, F. ; Hysi, P.G. ; MahmoudianDehkordi, S. ; Heinken, A. ; Luik, A.I. ; Ladwig, K.-H. ; Kastenmüller, G. ; Menni, C. ; Hertel, J. ; Ikram, M.A. ; de Mutsert, R. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Strauch, K. ; Völzke, H. ; Meitinger, T. ; Mangino, M. ; Flaquer, A. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Thiele, I. ; Kaddurah-Daouk, R. ; Dunlop, B.W. ; Rosendaal, F.R. ; Wareham, N.J. ; Spector, T.D. ; Kunze, S. ; Grabe, H.J. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Langenberg, C. ; van Duijn, C.M. ; Amin, N.
Circulating metabolites modulated by diet are associated with depression.Kliesmete, Z. ; Wange, L.E. ; Vieth, B. ; Esgleas Izquierdo, M. ; Radmer, J. ; Hülsmann, M. ; Geuder, J. ; Richter, D. ; Ohnuki, M. ; Götz, M. ; Hellmann, I. ; Enard, W.
Regulatory and coding sequences of TRNP1 co-evolve with brain size and cortical folding in mammals.Li, S. ; Schmid, K. ; de Vries, D.H. ; Korshevniuk, M. ; Losert, C. ; Oelen, R. ; van Blokland, I.V. ; Groot, H.E. ; Swertz, M.A. ; van der Harst, P. ; Westra, H.J. ; van der Wijst, M.G.P. ; Heinig, M. ; Franke, L.
Identification of genetic variants that impact gene co-expression relationships using large-scale single-cell data.Krause, J. ; Nickel, A. ; Madsen, A. ; Aitken-Buck, H.M. ; Stoter, A.M.S. ; Schrapers, J. ; Ojeda, F. ; Geiger, K. ; Kern, M. ; Kohlhaas, M. ; Bertero, E. ; Hofmockel, P. ; Hübner, F. ; Assum, I. ; Heinig, M. ; Müller, C. ; Hansen, A. ; Krause, T. ; Park, D.D. ; Just, S. ; Aïssi, D. ; Börnigen, D. ; Lindner, D. ; Friedrich, N. ; Alhussini, K. ; Bening, C. ; Schnabel, R.B. ; Karakas, M. ; Iacoviello, L. ; Salomaa, V. ; Linneberg, A. ; Tunstall-Pedoe, H. ; Kuulasmaa, K. ; Kirchhof, P. ; Blankenberg, S. ; Christ, T. ; Eschenhagen, T. ; Lamberts, R.R. ; Maack, C. ; Stenzig, J. ; Zeller, T.
An arrhythmogenic metabolite in atrial fibrillation.Amar, Y. ; Rogner, D. ; Silva, R. ; Fösel, B. ; Ud-Dean, M. ; Lagkouvardos, I. ; Steimle-Grauer, S.A. ; Niedermeier, S. ; Kublik, S. ; Jargosch, M. ; Heinig, M. ; Thomas, J. ; Eyerich, S. ; Wikström, J.D. ; Schloter, M. ; Eyerich, K. ; Biedermann, T. ; Köberle, M.
Darier's disease exhibits a unique cutaneous microbial dysbiosis associated with inflammation and body malodour.Szepesi, Á. ; Bakacsy, L. ; Fehér, A. ; Kovács, H. ; Pálfi, P. ; Poór, P. ; Szőllősi, R. ; Gondor, O.K. ; Janda, T. ; Szalai, G. ; Lindermayr, C. ; Szabados, L. ; Zsigmond, L.
L-aminoguanidine induces imbalance of ROS/RNS homeostasis and polyamine catabolism of tomato roots after short-term salt exposure.Hehr, M. ; Sadafi, A. ; Matek, C. ; Lienemann, P. ; Pohlkamp, C. ; Haferlach, T. ; Spiekermann, K. ; Marr, C.
Explainable AI identifies diagnostic cells of genetic AML subtypes.Sadafi, A. ; Bordukova, M. ; Makhro, A. ; Navab, N. ; Bogdanova, A. ; Marr, C.
RedTell: An AI tool for interpretable analysis of red blood cell morphology.Kalgudde Gopal, S. ; Dai, R. ; Stefanska, A.M. ; Ansari, M. ; Zhao, J. ; Ramesh, P. ; Bagnoli, J.W. ; Correa-Gallegos, D. ; Lin, Y. ; Christ, S. ; Angelidis, I. ; Lupperger, V. ; Marr, C. ; Davies, L.C. ; Enard, W. ; Machens, H.G. ; Schiller, H. B. ; Jiang, D. ; Rinkevich, Y.
Wound infiltrating adipocytes are not myofibroblasts.Märkl, F. ; Benmebarek, M.R. ; Keyl, J. ; Cadilha, B.L. ; Geiger, M. ; Karches, C. ; Obeck, H. ; Schwerdtfeger, M. ; Michaelides, S. ; Briukhovetska, D. ; Stock, S. ; Jobst, J. ; Müller, P.J. ; Majed, L. ; Seifert, M. ; Klüver, A.K. ; Lorenzini, T. ; Grünmeier, R. ; Thomas, M. ; Gottschlich, A. ; Klaus, R. ; Marr, C. ; von Bergwelt-Baildon, M. ; Rothenfusser, S. ; Levesque, M.P. ; Heppt, M.V. ; Endres, S. ; Klein, C. ; Kobold, S.
Bispecific antibodies redirect synthetic agonistic receptor modified T cells against melanoma.Matek, C. ; Marr, C. ; von Bergwelt-Baildon, M. ; Spiekermann, K.
Künstliche Intelligenz für die computerunterstützte Leukämiediagnostik.Atwell, S. ; Waibel, D.J.E. ; Shetab Boushehri, S. ; Wiedenmann, S. ; Marr, C. ; Meier, M.
Label-free imaging of 3D pluripotent stem cell differentiation dynamics on chip.Buck, M.C. ; Bast, L. ; Hecker, J.S. ; Riviere, J. ; Rothenberg-Thurley, M. ; Vogel, L. ; Wang, D. ; Andrä, I. ; Theis, F.J. ; Bassermann, F. ; Metzeler, K.H. ; Oostendorp, R.A.J. ; Marr, C. ; Götze, K.S.
Progressive disruption of hematopoietic architecture from clonal hematopoiesis to MDS.Gottschlich, A. ; Thomas, M. ; Grünmeier, R. ; Lesch, S. ; Rohrbacher, L. ; Igl, V. ; Briukhovetska, D. ; Benmebarek, M.R. ; Vick, B. ; Dede, S. ; Müller, K. ; Xu, T. ; Dhoqina, D. ; Märkl, F. ; Robinson, S. ; Sendelhofert, A. ; Schulz, H. ; Umut, ; Kavaka, V. ; Tsiverioti, C.A. ; Carlini, E. ; Nandi, S. ; Strzalkowski, T. ; Lorenzini, T. ; Stock, S. ; Müller, P.J. ; Dörr, J. ; Seifert, M. ; Cadilha, B.L. ; Brabenec, R. ; Röder, N. ; Rataj, F. ; Nüesch, M. ; Modemann, F. ; Wellbrock, J. ; Fiedler, W. ; Kellner, C. ; Beltran, E. ; Herold, T. ; Paquet, D. ; Jeremias, I. ; von Baumgarten, L. ; Endres, S. ; Subklewe, M. ; Marr, C. ; Kobold, S.
Single-cell transcriptomic atlas-guided development of CAR-T cells for the treatment of acute myeloid leukemia.Meier, A.B. ; Zawada, D. ; De Angelis, M.T. ; Martens, L.D. ; Santamaria, G. ; Zengerle, S. ; Nowak-Imialek, M. ; Kornherr, J. ; Zhang, F. ; Tian, Q. ; Wolf, C.M. ; Kupatt, C. ; Sahara, M. ; Lipp, P. ; Theis, F.J. ; Gagneur, J. ; Goedel, A. ; Laugwitz, K.L. ; Dorn, T. ; Moretti, A.
Epicardioid single-cell genomics uncovers principles of human epicardium biology in heart development and disease.Heumos, L. ; Schaar, A. ; Lance, C. ; Litinetskaya, A. ; Drost, F. ; Zappia, L. ; Luecken, M. ; Strobl, D.C. ; Henao, J. ; Curion, F. ; Schiller, H. B. ; Theis, F.J.
Best practices for single-cell analysis across modalities.Bärthel, S. ; Falcomatà, C. ; Rad, R. ; Theis, F.J. ; Saur, D.
Single-cell profiling to explore pancreatic cancer heterogeneity, plasticity and response to therapy.Vornholz, L. ; Isay, S.E. ; Kurgyis, Z. ; Strobl, D.C. ; Loll, P. ; Mosa, M.H. ; Luecken, M. ; Sterr, M. ; Lickert, H. ; Winter, C. ; Greten, F.R. ; Farin, H.F. ; Theis, F.J. ; Ruland, J.
Synthetic enforcement of STING signaling in cancer cells appropriates the immune microenvironment for checkpoint inhibitor therapy.Fischer, F. ; Doll, A. ; Uereyener, D. ; Roenneberg, S. ; Hillig, C. ; Weber, L. ; Hackert, V. ; Meinel, M. ; Farnoud, A. ; Seiringer, P. ; Thomas, J. ; Anand, P. ; Graner, L. ; Schlenker, F. ; Zengerle, R. ; Jonsson, P. ; Jargosch, M. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Biedermann, T. ; Howell, M. ; Reich, K. ; Eyerich, K. ; Menden, M.P. ; Garzorz-Stark, N. ; Lauffer, F. ; Eyerich, S.
Gene expression-based molecular test as diagnostic aid for the differential diagnosis of psoriasis and eczema in formalin-fixed and paraffin-embedded tissue, microbiopsies, and tape strips.Böhner, A. ; Jargosch, M. ; Müller, N.S. ; Garzorz-Stark, N. ; Pilz, A.C. ; Lauffer, F. ; Wang, R. ; Roenneberg, S. ; Zink, A. ; Thomas, J. ; Theis, F.J. ; Biedermann, T. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
The neglected twin: Nummular eczema is a variant of atopic dermatitis with codominant TH2/TH17 immune response.Sikkema, L. ; Ramirez Suastegui, C. ; Strobl, D.C. ; Gillett, T.E. ; Zappia, L. ; Madissoon, E. ; Markov, N.S. ; Zaragosi, L.E. ; Ji, Y. ; Ansari, M. ; Arguel, M.J. ; Apperloo, L. ; Banchero, M. ; Bécavin, C. ; Berg, M. ; Chichelnitskiy, E. ; Chung, M.I. ; Collin, A. ; Gay, A.C.A. ; Schniering, J. ; Hooshiar Kashani, B. ; Inecik, K. ; Jain, M. ; Kapellos, T. ; Kole, T.M. ; Leroy, S. ; Mayr, C. ; Oliver, A.J. ; von Papen, M. ; Peter, L. ; Taylor, C.J. ; Walzthoeni, T. ; Xu, C. ; Bui, L.T. ; De Donno, C. ; Dony, L. ; Faiz, A. ; Guo, M. ; Gutierrez, A.J. ; Heumos, L. ; Huang, N. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Jackson, N.D. ; Kadur Lakshminarasimha Murthy, P. ; Lotfollahi, M. ; Tabib, T. ; Talavera Lopez, C.N. ; Travaglini, K.J. ; Wilbrey-Clark, A. ; Worlock, K.B. ; Yoshida, M. ; van den Berge, M. ; Bossé, Y. ; Desai, T.J. ; Eickelberg, O. ; Kaminski, N. ; Krasnow, M.A. ; Lafyatis, R. ; Nikolić, M.Z. ; Powell, J.E. ; Rajagopal, J. ; Rojas, M. ; Rozenblatt-Rosen, O. ; Seibold, M.A. ; Sheppard, D. ; Shepherd, D.P. ; Sin, D.D. ; Timens, W. ; Tsankov, A.M. ; Whitsett, J. ; Xu, Y. ; Banovich, N.E. ; Barbry, P. ; Duong, T.E. ; Falk, C.S. ; Meyer, K.B. ; Kropski, J.A. ; Pe'er, D. ; Schiller, H. B. ; Tata, P.R. ; Schultze, J.L. ; Teichmann, S.A. ; Misharin, A.V. ; Nawijn, M.C. ; Luecken, M. ; Theis, F.J.
An integrated cell atlas of the lung in health and disease.Spitzer, H. ; Berry, S. ; Donoghoe, M. ; Pelkmans, L. ; Theis, F.J.
Learning consistent subcellular landmarks to quantify changes in multiplexed protein maps.Kapellos, T. ; Baßler, K. ; Fujii, W. ; Nalkurthi, C. ; Schaar, A. ; Bonaguro, L. ; Pecht, T. ; Galvao, I. ; Agrawal, S. ; Saglam, A. ; Dudkin, E. ; Frishberg, A. ; De Domenico, E. ; Horne, A. ; Donovan, C. ; Kim, R.Y. ; Gallego-Ortega, D. ; Gillett, T.E. ; Ansari, M. ; Schulte-Schrepping, J. ; Offermann, N. ; Antignano, I. ; Sivri, B. ; Lu, W. ; Eapen, M.S. ; van Uelft, M. ; Osei-Sarpong, C. ; van den Berge, M. ; Donker, H.C. ; Groen, H.J.M. ; Sohal, S.S. ; Klein, J. ; Schreiber, T. ; Feißt, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Schiller, H. B. ; Nawijn, M.C. ; Becker, M. ; Händler, K. ; Beyer, M. ; Capasso, M. ; Ulas, T. ; Hasenauer, J. ; Pizarro, C. ; Theis, F.J. ; Hansbro, P.M. ; Skowasch, D. ; Schultze, J.
Systemic alterations in neutrophils and their precursors in early-stage chronic obstructive pulmonary disease.Thielert, M. ; Itang, E.C. ; Ammar, C. ; Rosenberger, F.A. ; Bludau, I. ; Schweizer, L. ; Nordmann, T.M. ; Skowronek, P. ; Wahle, M. ; Zeng, W.F. ; Zhou, X.X. ; Brunner, A.D. ; Richter, S. ; Levesque, M.P. ; Theis, F.J. ; Steger, M. ; Mann, M.
Robust dimethyl-based multiplex-DIA doubles single-cell proteome depth via a reference channel.Kolabas, Z.I. ; Kuemmerle, L. ; Perneczky, R. ; Förstera, B. ; Ulukaya, S. ; Ali, M. ; Kapoor, S. ; Bartos, L.M. ; Büttner, M. ; Caliskan, Ö.S. ; Rong, Z. ; Mai, H. ; Höher, L. ; Jeridi, D. ; Molbay, M. ; Khalin, I. ; Deligiannis, I.K. ; Negwer, M. ; Roberts, K. ; Simats, A. ; Carofiglio, O. ; Todorov, M.I. ; Horvath, I. ; Öztürk, F. ; Hummel, S. ; Biechele, G. ; Zatcepin, A. ; Unterrainer, M. ; Gnörich, J. ; Roodselaar, J. ; Shrouder, J. ; Khosravani, P. ; Tast, B. ; Richter, L. ; Díaz-Marugán, L. ; Kaltenecker, D. ; Lux, L. ; Chen, Y. ; Zhao, S. ; Rauchmann, B.S. ; Sterr, M. ; Kunze, I. ; Stanic Aguilera, K.N. ; Kan, V.W.Y. ; Besson-Girard, S. ; Katzdobler, S. ; Palleis, C. ; Schädler, J. ; Paetzold, J.C. ; Liebscher, S. ; Hauser, A.E. ; Gokce, O. ; Lickert, H. ; Steinke, H. ; Benakis, C. ; Braun, C. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Buerger, K. ; Albert, N.L. ; Höglinger, G. ; Levin, J. ; Haass, C. ; Kopczak, A. ; Dichgans, M. ; Havla, J. ; Kümpfel, T. ; Kerschensteiner, M. ; Schifferer, M. ; Simons, M. ; Liesz, A. ; Krahmer, N. ; Bayraktar, O.A. ; Franzmeier, N. ; Plesnila, N. ; Erener, S. ; Puelles, V.G. ; Delbridge, C. ; Bhatia, H.S. ; Hellal, F. ; Elsner, M. ; Bechmann, I. ; Ondruschka, B. ; Brendel, M. ; Theis, F.J. ; Ertürk, A.
Distinct molecular profiles of skull bone marrow in health and neurological disorders.Michielsen, L. ; Lotfollahi, M. ; Strobl, D.C. ; Sikkema, L. ; Reinders, M.J.T. ; Theis, F.J. ; Mahfouz, A.
Single-cell reference mapping to construct and extend cell-type hierarchies.Hammad, S. ; Ogris, C. ; Othman, A. ; Erdoesi, P. ; Schmidt-Heck, W. ; Biermayer, I. ; Helm, B. ; Gao, Y. ; Piorońska, W. ; Holland, C.H. ; D'Alessandro, L.A. ; De La Torre, C. ; Sticht, C. ; Al Aoua, S. ; Theis, F.J. ; Bantel, H. ; Ebert, M.P. ; Klingmüller, U. ; Hengstler, J.G. ; Dooley, S. ; Müller, N.S.
Tolerance of repeated toxic injuries of murine livers is associated with steatosis and inflammation.Moore, J. ; Basurto-Lozada, D. ; Besson, S. ; Bogovic, J. ; Bragantini, J. ; Brown, E.M. ; Burel, J.M. ; Casas Moreno, X. ; de Medeiros, G. ; Diel, E.E. ; Gault, D. ; Ghosh, S.S. ; Gold, I. ; Halchenko, Y.O. ; Hartley, M. ; Horsfall, D. ; Keller, M.S. ; Kittisopikul, M. ; Kovács, G. ; Küpcü Yoldaş, A. ; Kyoda, K. ; le Tournoulx de la Villegeorges, A. ; Li, T. ; Liberali, P. ; Lindner, D. ; Linkert, M. ; Lüthi, J. ; Maitin-Shepard, J. ; Manz, T. ; Marconato, L. ; McCormick, M. ; Lange, M. ; Mohamed, K. ; Moore, W. ; Norlin, N. ; Ouyang, W. ; Özdemir, B. ; Palla, G. ; Pape, C. ; Pelkmans, L. ; Pietzsch, T. ; Preibisch, S. ; Prete, M. ; Rzepka, N. ; Samee, S. ; Schaub, N. ; Sidky, H. ; Solak, A.C. ; Stirling, D.R. ; Striebel, J. ; Tischer, C. ; Toloudis, D. ; Virshup, I. ; Walczysko, P. ; Watson, A.M. ; Weisbart, E. ; Wong, F. ; Yamauchi, K.A. ; Bayraktar, O. ; Cimini, B.A. ; Gehlenborg, N. ; Haniffa, M. ; Hotaling, N. ; Onami, S. ; Royer, L.A. ; Saalfeld, S. ; Stegle, O. ; Theis, F.J. ; Swedlow, J.R.
OME-Zarr: A cloud-optimized bioimaging file format with international community support.Virshup, I. ; Bredikhin, D. ; Heumos, L. ; Palla, G. ; Sturm, G. ; Gayoso, A. ; Kats, I. ; Koutrouli, M. ; Berger, B. ; Pe'er, D. ; Regev, A. ; Teichmann, S.A. ; Finotello, F. ; Wolf, F.A. ; Yosef, N. ; Stegle, O. ; Theis, F.J.
The scverse project provides a computational ecosystem for single-cell omics data analysis.Lotfollahi, M. ; Klimovskaia Susmelj, A. ; De Donno, C. ; Hetzel, L. ; Ji, Y. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Srivatsan, S.R. ; Naghipourfar, M. ; Daza, R.M. ; Martin, B. ; Shendure, J. ; McFaline-Figueroa, J.L. ; Boyeau, P. ; Wolf, F.A. ; Yakubova, N. ; Günnemann, S. ; Trapnell, C. ; Lopez-Paz, D. ; Theis, F.J.
Predicting cellular responses to complex perturbations in high-throughput screens.Quagliarini, F. ; Makris, K. ; Friano, M.E. ; Uhlenhaut, N.H.
EJE Prize 2023: Genes on steroids-genomic control of hepatic metabolism by the glucocorticoid receptor.Sheikh, A.H. ; Nawaz, K. ; Tabassum, N. ; Almeida-Trapp, M. ; Mariappan, K.G. ; Alhoraibi, H. ; Rayapuram, N. ; Aranda, M. ; Groth, M. ; Hirt, H.
Linker histone H1 modulates defense priming and immunity in plants.Dong, Q. ; Sidra, S. ; Gieger, C. ; Wang-Sattler, R. ; Rathmann, W. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Koenig, W. ; Peters, A. ; Grallert, H. ; Sharma, S.
Metabolic signatures elucidate the effect of body mass index on type 2 diabetes.Kenesi, E. ; Kolbert, Z. ; Kaszler, N. ; Klement, ; Ménesi, D. ; Molnár, ; Valkai, I. ; Feigl, G. ; Rigó, G. ; Cséplő, ; Lindermayr, C. ; Fehér, A.
ROP2 GTPase participates in nitric oxide (NO)-induced root shortening in arabidopsis.Höllbacher, B. ; Strickland, B. ; Greulich, F. ; Uhlenhaut, N.H. ; Heinig, M.
Machine learning reveals STAT motifs as predictors for GR-mediated gene repression.Vinopal, S. ; Dupraz, S. ; Alfadil, E. ; Pietralla, T. ; Bendre, S. ; Stiess, M. ; Falk, S. ; Camargo Ortega, G. ; Maghelli, N. ; Tolić, I.M. ; Smejkal, J. ; Götz, M. ; Bradke, F.
Centrosomal microtubule nucleation regulates radial migration of projection neurons independently of polarization in the developing brain.Akcan, T.S. ; Vilov, S. ; Heinig, M.
Predictive model of transcriptional elongation control identifies trans regulatory factors from chromatin signatures.Dreher, S.I. ; Irmler, M. ; Pivovarova-Ramich, O. ; Kessler, K. ; Jurchott, K. ; Sticht, C. ; Fritsche, L. ; Schneeweiss, P. ; Machann, J. ; Pfeiffer, A.F.H. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J. ; Birkenfeld, A.L. ; Peter, A. ; Niess, A.M. ; Weigert, C. ; Moller, A.
Acute and long-term exercise adaptation of adipose tissue and skeletal muscle in humans: A matched transcriptomics approach after 8-week training-intervention.Lotfollahi, M. ; Rybakov, S. ; Hrovatin, K. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Talavera Lopez, C.N. ; Misharin, A.V. ; Theis, F.J.
Biologically informed deep learning to query gene programs in single-cell atlases.Weiß, M. ; Chanou, A. ; Schauer, T. ; Tvardovskiy, A. ; Meiser, S. ; König, A.-C. ; Schmidt, T. ; Kruse, E. ; Ummethum, H. ; Trauner, M. ; Werner, M. ; Lalonde, M. ; Hauck, S.M. ; Scialdone, A. ; Hamperl, S.
Single-copy locus proteomics of early- and late-firing DNA replication origins identifies a role of Ask1/DASH complex in replication timing control.Weihs, A. ; Chaker, L. ; Martin, T.C. ; Braun, K.V.E. ; Campbell, P.J. ; Cox, S.R. ; Fornage, M. ; Gieger, C. ; Grabe, H.J. ; Grallert, H. ; Harris, S.E. ; Kühnel, B. ; Marioni, R.E. ; Martin, N.G. ; McCartney, D.L. ; McRae, A.F. ; Meisinger, C. ; Meurs, J.V. ; Nano, J. ; Nauck, M. ; Peters, A. ; Prokisch, H. ; Roden, M. ; Selvin, E. ; Beekman, M. ; van Heemst, D. ; Slagboom, E.P. ; Swenson, B.R. ; Tin, A. ; Tsai, P.C. ; Uitterlinden, A.G. ; Visser, W.E. ; Völzke, H. ; Waldenberger, M. ; Walsh, J.P. ; Köttgen, A. ; Wilson, S.G. ; Peeters, R.P. ; Bell, J.T. ; Medici, M. ; Teumer, A.
Epigenome-wide association study reveals CpG sites associated with thyroid function and regulatory effects on KLF9.Vilov, S. ; Heinig, M.
DeepSom: A CNN-based approach to somatic variant calling in WGS samples without a matched normal.Rohwedder, I. ; Wackerbarth, L.M. ; Heinig, K. ; Ballweg, A. ; Altstätter, J. ; Ripphahn, M. ; Nussbaum, C. ; Salvermoser, M. ; Bierschenk, S. ; Straub, T. ; Gunzer, M. ; Schmidt-Supprian, M. ; Kolben, T. ; Schulz, C. ; Ma, A. ; Walzog, B. ; Heinig, M. ; Sperandio, M.
A20 and the non-canonical NF-κB pathway are key regulators of neutrophil recruitment during fetal ontogeny.Chamorro, R. ; Jouffe, C. ; Oster, H. ; Uhlenhaut, N.H. ; Meyhöfer, S.M.
When should I eat: A circadian view on food intake and metabolic regulation.Thareja, G. ; Belkadi, A. ; Arnold, M. ; Albagha, O.M.E. ; Graumann, J. ; Schmidt, F. ; Grallert, H. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Suhre, K.
Differences and commonalities in the genetic architecture of protein quantitative trait loci in European and Arab populations.Kim, D.-K. ; Weller, B. ; Lin, C.-W. ; Sheykhkarimli, D. ; Knapp, J.J. ; Dugied, G. ; Zanzoni, A. ; Pons, C. ; Tofaute, M.J. ; Maseko, S.B. ; Spirohn, K. ; Laval, F. ; Lambourne, L. ; Kishore, N. ; Rayhan, A. ; Sauer, M. ; Young, V. ; Halder, H. ; Marin De La Rosa, N.A. ; Pogoutse, O. ; Strobel, A. ; Schwehn, P. ; Li, R. ; Rothballer, S.T. ; Altmann, M. ; Cassonnet, P. ; Coté, A.G. ; Elorduy Vergara, L. ; Hazelwood, I. ; Liu, B.B. ; Nguyen, M. ; Pandiarajan, R. ; Dohai, B.S.M. ; Rodriguez, P.A. ; Poirson, J. ; Giuliana, P. ; Willems, L. ; Taipale, M. ; Jacob, Y. ; Hao, T. ; Hill, D.E. ; Brun, C. ; Twizere, J.C. ; Krappmann, D. ; Heinig, M. ; Falter, C. ; Aloy, P. ; Demeret, C. ; Vidal, M. ; Calderwood, M.A. ; Roth, F.B. ; Falter-Braun, P.
A proteome-scale map of the SARS-CoV-2-human contactome.