Rolled up magazines on blue background

Publications

2024 in
In: (38th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2024)). 2024.

Klein, D. ; Uscidda, T. ; Theis, F.J. ; Cuturi, M.C.

GENOT: Entropic (Gromov) Wasserstein flow matching with applications to single-cell genomics.
2024 in
In: (ICLR 2024). 2024.

Klein, D. ; Uscidda, T. ; Theis, F.J. ; Cuturi, M.C.

Generative Entropic Neural Optimal Transport To Map Within and Across Space.
2024 in
In: (38th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2024), 9-15 December 2024, Vancouver). 2024.

Szałata, A. ; Benz, A. ; Cannoodt, R. ; Cortes, M. ; Fong, J. ; Kuppasani, S. ; Lieberman, R. ; Liu, T. ; Mas-Rosario, J.A. ; Meinl, R. ; Nourisa, J. ; Tumiel, R. ; Tunjic, T.M. ; Wang, M. ; Weber, N. ; Zhao, H. ; Anchang, B. ; Theis, F.J. ; Luecken, M. ; Burkhardt, D.B.

A benchmark for prediction of transcriptomic responses to chemical perturbations across cell types.
2024 in
In: (38th Conference on Neural Information Processing Systems, NeurIPS 2024, 9-15 December 2024, Vancouver). 2024. accepted ( ; 37)

Ayadi, S. ; Hetzel, L. ; Sommer, J. ; Theis, F.J. ; Günnemann, S.

Unified guidance for geometry-conditioned molecular generation.
2024 in
(2024)

Hingerl, J. ; Martens, Laura D. ; Karollus, A. ; Manz, T. ; Buenrostro, J ; Theis, F.J. ; Gagneur, J.

scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution - Supplementary data
2024 in
In: (12th International Conference on Learning Representations, ICLR 2024, 7-11 May 2024, Hybrid, Vienna). 2024.

Eyring, L. ; Klein, D. ; Uscidda, T. ; Palla, G. ; Kilbertus, N. ; Akata, Z. ; Theis, F.J.

Unbalancedness in Neural Monge Maps Improves Unpaired Domain Translation.

Virshup, I. ; Rybakov, S. ; Theis, F.J. ; Angerer, P. ; Wolf, A.

anndata: Access and store annotated data matrices.
Research Square, DOI: 10.21203/rs.3.rs-5046381/v1 (2024)

Samakovlis, C. ; Firsova, A.B. ; Salas, S.M. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Sountoulidis, A. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Galicia, L.A. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K. ; Timens, W. ; Schiller, H. B. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C.

Topographic atlas of cell states identifies regional gene expression in the adult human lung.
Neurosci. App. 3, 1:104036 (2024)

Schmidt, S. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Weisenhorn, D.M. ; Wurst, W.

Molecular mechanisms underlying the onset of metabolic deficits in sporadic Parkinson’s disease.
2024 in
Vortrag: ICLR 2024 Workshops (2024)

Hajiramezanali, E. ; Bunne, C. ; Hasanzadeh, A. ; Biancalani, T. ; Nguyen, E. ; Jin, Y. ; Brbic, M. ; Regev, A. ; Theis, F.J.

Machine learning for genomics explorations.
Genome Biol. 25:319 (2024)

Hains, A.E. ; Chetal, K. ; Nakatani, T. ; Marques, J.G. ; Ettinger, A. ; Junior, C.A.O.B. ; Gonzalez-Sandoval, A. ; Pillai, R. ; Filbin, M.G. ; Torres-Padilla, M.E. ; Sadreyev, R.I. ; Van Rechem, C.

Multi-omics approaches reveal that diffuse midline gliomas present altered DNA replication and are susceptible to replication stress therapy.
Nature 633, 47-57 (2024)

IGVF Affiliate Member Projects (Heinig, M.)

Deciphering the impact of genomic variation on function.
eLife 13:RP96810 (2024)

Napoli, M. ; Immler, R. ; Rohwedder, I. ; Lupperger, V. ; Pfabe, J. ; Gonzalez Pisfil, M. ; Yevtushenko, A. ; Vogl, T. ; Roth, J. ; Salvermoser, M. ; Dietzel, S. ; Slak Rupnik, M. ; Marr, C. ; Walzog, B. ; Sperandio, M. ; Pruenster, M.

Cytosolic S100A8/A9 promotes Ca2+ supply at LFA-1 adhesion clusters during neutrophil recruitment.
Nat. Neurosci., DOI: 10.1038/s41593-024-01858-2 (2024)

Bonev, B. ; Castelo-Branco, G. ; Chen, F. ; Codeluppi, S. ; Corces, M.R. ; Fan, J. ; Heiman, M. ; Harris, K. ; Inoue, F. ; Kellis, M. ; Levine, A.P. ; Lotfollahi, M. ; Luo, C. ; Maynard, K.R. ; Nitzan, M. ; Ramani, V. ; Satijia, R. ; Schirmer, L. ; Shen, Y. ; Sun, N. ; Green, G.S. ; Theis, F. ; Wang, X. ; Welch, J.D. ; Gokce, O. ; Konopka, G. ; Liddelow, S.A. ; Macosko, E. ; Ali Bayraktar, O. ; Habib, N. ; Nowakowski, T.J.

Author Correction: Opportunities and challenges of single-cell and spatially resolved genomics methods for neuroscience discovery.

Nguyen, B.H.P. ; Garger, D. ; Lu, D. ; Maalmi, H. ; Prokisch, H. ; Thorand, B. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Suhre, K. ; Bönhof, G.J. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Grallert, H. ; Ziegler, D. ; Herder, C. ; Menden, M.P.

Interpretable multimodal machine learning (IMML) framework reveals pathological signatures of distal sensorimotor polyneuropathy.
Nucleic Acids Res., DOI: 10.1093/nar/gkae1203 (2024)

Luzak, V. ; Osses, E. ; Danese, A. ; Odendaal, C. ; Cosentino, R.O. ; Stricker, S.H. ; Haanstra, J.R. ; Erhard, F. ; Siegel, T.N.

SLAM-seq reveals independent contributions of RNA processing and stability to gene expression in African trypanosomes.
Cell 187, 7045-7063 (2024)

Bunne, C. ; Roohani, Y. ; Rosen, Y. ; Gupta, A. ; Zhang, X. ; Roed, M. ; Alexandrov, T. ; AlQuraishi, M. ; Brennan, P. ; Burkhardt, D.B. ; Califano, A. ; Cool, J. ; Dernburg, A.F. ; Ewing, K. ; Fox, E.B. ; Haury, M. ; Herr, A.E. ; Horvitz, E. ; Hsu, P.D. ; Jain, V. ; Johnson, G.R. ; Kalil, T. ; Kelley, D.R. ; Kelley, S.O. ; Kreshuk, A. ; Mitchison, T. ; Otte, S. ; Shendure, J. ; Sofroniew, N.J. ; Theis, F.J. ; Theodoris, C.V. ; Upadhyayula, S. ; Valer, M. ; Wang, B. ; Xing, E. ; Yeung-Levy, S. ; Zitnik, M. ; Karaletsos, T. ; Regev, A. ; Lundberg, E. ; Leskovec, J. ; Quake, S.R.

How to build the virtual cell with artificial intelligence: Priorities and opportunities.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02532-y (2024)

Hrovatin, K. ; Sikkema, L. ; Shitov, V.A. ; Heimberg, G. ; Shulman, M. ; Oliver, A.J. ; Müller, M. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Wang, H. ; Ramirez Suastegui, C. ; He, P. ; Schaar, A. ; Teichmann, S.A. ; Theis, F.J. ; Luecken, M.

Considerations for building and using integrated single-cell atlases.
Nature, DOI: 10.1038/s41586-024-08482-x (2024)

He, Z. ; Dony, L. ; Fleck, J.S. ; Szałata, A. ; Li, K. ; Slišković, I. ; Lin, H.C. ; Santel, M. ; Atamian, A. ; Quadrato, G. ; Sun, J. ; Pașca, S.P. ; Camp, J.G. ; Theis, F.J. ; Treutlein, B.

Publisher Correction: An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids.
Nat. Bio. Eng., DOI: 10.1038/s41551-024-01273-9 (2024)

Papargyriou, A. ; Najajreh, M. ; Cook, D.P. ; Maurer, C.H. ; Bärthel, S. ; Messal, H.A. ; Ravichandran, S.K. ; Richter, T. ; Knolle, M. ; Metzler, T. ; Shastri, A.R. ; Öllinger, R. ; Jasper, J. ; Schmidleitner, L. ; Wang, S. ; Schneeweis, C. ; Ishikawa-Ankerhold, H. ; Engleitner, T. ; Mataite, L. ; Semina, M. ; Trabulssi, H. ; Lange, S. ; Ravichandra, A. ; Schuster, M. ; Mueller, S. ; Peschke, K. ; Schäfer, A. ; Dobiasch, S. ; Combs, S.E. ; Schmid, R.M. ; Bausch, A.R. ; Braren, R. ; Heid, I. ; Scheel, C. ; Schneider, G. ; Zeigerer, A. ; Luecken, M. ; Steiger, K. ; Kaissis, G. ; van Rheenen, J. ; Theis, F.J. ; Saur, D. ; Rad, R. ; Reichert, M.

Heterogeneity-driven phenotypic plasticity and treatment response in branched-organoid models of pancreatic ductal adenocarcinoma.
Breathe 20:240056 (2024)

McClean, M. ; Panciu, T.C. ; Lange, C. ; Duarte, R.G. ; Theis, F.J.

Artificial intelligence in tuberculosis: A new ally in disease control.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02555-5 (2024)

Caporale, N. ; Castaldi, D. ; Rigoli, M.T. ; Cheroni, C. ; Valenti, A. ; Stucchi, S. ; Lessi, M. ; Bulgheresi, D. ; Trattaro, S. ; Pezzali, M. ; Vitriolo, A. ; Lopez-Tobon, A. ; Bonfanti, M. ; Ricca, D. ; Schmid, K. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Villa, C.E. ; Testa, G.

Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution.
Cancer Res., DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-24-0456 (2024)

Turnham, R.E. ; Pitea, A. ; Jang, G.M. ; Xu, Z. ; Lim, H.C. ; Choi, A.L. ; Von Dollen, J. ; Levin, R.S. ; Webber, J.T. ; McCarthy, E. ; Hu, J. ; Li, X. ; Che, L. ; Singh, A. ; Yoon, A.J. ; Chan, G. ; Kelley, R.K. ; Swaney, D.L. ; Zhang, W. ; Bandyopadhyay, S. ; Theis, F.J. ; Eckhardt, M. ; Chen, X. ; Shokat, K.M. ; Ideker, T. ; Krogan, N.J. ; Gordan, J.D.

HBV remodels PP2A complexes to rewire kinase signaling in hepatocellular carcinoma.
Cell Rep. Med. 5:101846 (2024)

Ursch, L.T. ; Müschen, J.S. ; Ritter, J. ; Klermund, J. ; Bernard, B.E. ; Kolb, S. ; Warmuth, L. ; Andrieux, G. ; Miller, G. ; Jiménez-Muñoz, M. ; Theis, F.J. ; Boerries, M. ; Busch, D.H. ; Cathomen, T. ; Schumann, K.

Modulation of TCR stimulation and pifithrin-α improves the genomic safety profile of CRISPR-engineered human T cells.
In: (Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2024). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2024. 693-702 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15003)

Deutges, M. ; Sadafi, A. ; Navab, N. ; Marr, C.

Neural cellular automata for lightweight, robust and explainable classification of white blood cell images.
Nat. Neurosci. 27, 2292-2309 (2024)

Bonev, B. ; Gonçalo, C.B. ; Chen, F. ; Codeluppi, S. ; Corces, M.R. ; Fan, J. ; Heiman, M. ; Harris, K. ; Inoue, F. ; Kellis, M. ; Levine, A.P. ; Lotfollahi, M. ; Luo, C. ; Maynard, K.R. ; Nitzan, M. ; Ramani, V. ; Satijia, R. ; Schirmer, L. ; Shen, Y. ; Sun, N. ; Green, G.S. ; Theis, F. ; Wang, X. ; Welch, J.D. ; Gokce, O. ; Konopka, G. ; Liddelow, S.A. ; Macosko, E. ; Bayraktar, O. ; Habib, N. ; Nowakowski, T.J.

Opportunities and challenges of single-cell and spatially resolved genomics methods for neuroscience discovery.

Natarajan, P. ; Koupourtidou, C. ; de Resseguier, T. ; Thorwirth, M. ; Bocchi, R. ; Fischer-Sternjak, J. ; Gleiss, S. ; Rodrigues, D. ; Myoga, M.H. ; Ninkovic, J. ; Masserdotti, G. ; Götz, M.

Single cell deletion of the transcription factors Trps1 and Sox9 in astrocytes reveals novel functions in the adult cerebral cortex.
Nat. Methods 21, 2260–2270 (2024)

Kuemmerle, L. ; Luecken, M. ; Firsova, A.B. ; Barros De Andrade E Sousa, L. ; Straßer, L. ; Mekki, I.I ; Campi, F. ; Heumos, L. ; Shulman, M. ; Beliaeva, V. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Schaar, A. ; Mahbubani, K.T. ; Sountoulidis, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Piraud, M. ; Ertürk, A. ; Samakovlis, C. ; Theis, F.J.

Probe set selection for targeted spatial transcriptomics.
Nature 627, 347-357 (2024)

Suzuki, K. ; Hatzikotoulas, K. ; Southam, L. ; Taylor, H.J. ; Yin, X. ; Lorenz, K.M. ; Mandla, R. ; Huerta-Chagoya, A. ; Melloni, G.E.M. ; Kanoni, S. ; Rayner, N.W. ; Bocher, O. ; Arruda, A.L. ; Sonehara, K. ; Namba, S. ; Lee, S.S.K. ; Preuss, M.H. ; Petty, L.E. ; Schroeder, P. ; Vanderwerff, B.R. ; Kals, M. ; Bragg, F. ; Lin, K. ; Guo, X. ; Zhang, W. ; Yao, J. ; Kim, Y.J. ; Graff, M. ; Takeuchi, F. ; Nano, J. ; Lamri, A. ; Nakatochi, M. ; Moon, S. ; Scott, R.A. ; Cook, J.P. ; Lee, J.J. ; Pan, I. ; Taliun, D. ; Parra, E.J. ; Chai, J.F. ; Bielak, L.F. ; Tabara, Y. ; Hai, Y. ; Thorleifsson, G. ; Grarup, N. ; Sofer, T. ; Wuttke, M. ; Sarnowski, C. ; Gieger, C. ; Nousome, D. ; Trompet, S. ; Kwak, S.H. ; Long, J. ; Sun, M. ; Tong, L. ; Chen, W.M. ; Nongmaithem, S.S. ; Noordam, R. ; Lim, V.J.Y. ; Tam, C.H.T. ; Joo, Y.Y. ; Chen, C.H. ; Raffield, L.M. ; Prins, B.P. ; Nicolas, A. ; Yanek, L.R. ; Chen, G. ; Brody, J.A. ; Kabagambe, E.K. ; An, P. ; Xiang, A.H. ; Choi, H.S. ; Cade, B.E. ; Tan, J. ; Broadaway, K.A. ; Williamson, A. ; Kamali, Z. ; Cui, J. ; Thangam, M. ; Adair, L.S. ; Adeyemo, A. ; Aguilar-Salinas, C.A. ; Ahluwalia, T.S. ; Anand, S.S. ; Bertoni, A.G. ; Bork-Jensen, J. ; Brandslund, I. ; Buchanan, T.A. ; Burant, C.F. ; Butterworth, A.S. ; Canouil, M. ; Chan, J.C.N. ; Chang, L.C. ; Chee, M.L. ; Chen, J. ; Chen, S.H. ; Chen, Y.T. ; Chen, Z. ; Chuang, L.M. ; Cushman, M. ; Danesh, J. ; Das, S.K. ; de Silva, H.J. ; Dedoussis, G. ; Dimitrov, L. ; Doumatey, A.P. ; Du, S. ; Duan, Q. ; Eckardt, K.U. ; Emery, L.S. ; Evans, D.S. ; Evans, M.K. ; Fischer, K. ; Floyd, J.S. ; Ford, I. ; Franco, O.H. ; Frayling, T.M. ; Freedman, B.I. ; Genter, P. ; Gerstein, H.C. ; Giedraitis, V. ; González-Villalpando, C. ; Gonzalez-Villalpando, M.E. ; Gordon-Larsen, P. ; Gross, M. ; Guare, L.A. ; Hackinger, S. ; Hakaste, L. ; Han, S. ; Hattersley, A.T. ; Herder, C. ; Horikoshi, M. ; Howard, A.G. ; Hsueh, W.A. ; Huang, M. ; Huang, W. ; Hung, Y.J. ; Hwang, M.Y. ; Hwu, C.M. ; Ichihara, S. ; Ikram, M.A. ; Ingelsson, M. ; Islam, M.T. ; Isono, M. ; Jang, H.M. ; Jasmine, F. ; Jiang, G. ; Jonas, J.B. ; Jørgensen, T. ; Kamanu, F.K. ; Kandeel, F.R. ; Kasturiratne, A. ; Katsuya, T. ; Kaur, V. ; Kawaguchi, T. ; Keaton, J.M. ; Kho, A.N. ; Khor, C.C. ; Kibriya, M.G. ; Kim, D.H. ; Kronenberg, F. ; Kuusisto, J. ; Läll, K. ; Lange, L.A. ; Lee, K.M. ; Lee, M.S. ; Lee, N.R. ; Leong, A. ; Li, L. ; Li, Y. ; Li-Gao, R. ; Ligthart, S. ; Lindgren, C.M. ; Linneberg, A. ; Liu, C.T. ; Liu, J. ; Locke, A.E. ; Louie, T. ; Luan, J. ; Luk, A.O.Y. ; Luo, X. ; Lv, J. ; Lynch, J.A. ; Lyssenko, V. ; Maeda, S. ; Mamakou, V. ; Mansuri, S.R. ; Matsuda, K. ; Meitinger, T. ; Melander, O. ; Metspalu, A. ; Mo, H. ; Morris, A.D. ; Moura, F.A. ; Nadler, J.L. ; Nalls, M.A. ; Nayak, U. ; Ntalla, I. ; Okada, Y. ; Orozco, L. ; Patel, S.R. ; Patil, S. ; Pei, P. ; Pereira, M.A. ; Peters, A. ; Pirie, F.J. ; Polikowsky, H.G. ; Porneala, B.C. ; Prasad, G. ; Rasmussen-Torvik, L.J. ; Reiner, A.P. ; Roden, M. ; Rohde, R. ; Roll, K. ; Sabanayagam, C. ; Sandow, K. ; Sankareswaran, A. ; Sattar, N. ; Schönherr, S. ; Shahriar, M. ; Shen, B. ; Shi, J. ; Shin, D.M. ; Shojima, N. ; Smith, J.A. ; So, W.Y. ; Stancáková, A. ; Steinthorsdottir, V. ; Stilp, A.M. ; Strauch, K. ; Taylor, K.D. ; Thorand, B. ; Thorsteinsdottir, U. ; Tomlinson, B. ; Tran, T.C. ; Tsai, F.J. ; Tuomilehto, J. ; Tusié-Luna, T. ; Udler, M.S. ; Valladares-Salgado, A. ; van Dam, R.M. ; van Klinken, J.B. ; Varma, R. ; Wacher-Rodarte, N. ; Wheeler, E. ; Wickremasinghe, A.R. ; van Dijk, K.W. ; Witte, D.R. ; Yajnik, C.S. ; Yamamoto, K. ; Yoon, K. ; Yu, C. ; Yuan, J.M. ; Yusuf, S. ; Zawistowski, M. ; Zhang, L. ; Zheng, W. ; Raffel, L.J. ; Igase, M. ; Ipp, E. ; Redline, S. ; Cho, Y.S. ; Lind, L. ; Province, M.A. ; Fornage, M. ; Hanis, C.L. ; Ingelsson, E. ; Zonderman, A.B. ; Psaty, B.M. ; Wang, Y.X. ; Rotimi, C.N. ; Becker, D.M. ; Matsuda, F. ; Liu, Y. ; Yokota, M. ; Kardia, S.L.R. ; Peyser, P.A. ; Pankow, J.S. ; Engert, J.C. ; Bonnefond, A. ; Froguel, P. ; Wilson, J.G. ; Sheu, W.H.H. ; Wu, J.Y. ; Hayes, M.G. ; Ma, R.C.W. ; Wong, T.Y. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Tuomi, T. ; Chandak, G.R. ; Collins, F.S. ; Bharadwaj, D. ; Paré, G. ; Sale, M.M. ; Ahsan, H. ; Motala, A.A. ; Shu, X.O. ; Park, K.S. ; Jukema, J.W. ; Cruz, M. ; Chen, Y.I. ; Rich, S.S. ; McKean-Cowdin, R. ; Grallert, H. ; Cheng, C.Y. ; Ghanbari, M. ; Tai, E.S. ; Dupuis, J. ; Kato, N. ; Laakso, M. ; Köttgen, A. ; Koh, W.P. ; Bowden, D.W. ; Palmer, C.N.A. ; Kooner, J.S. ; Kooperberg, C. ; Liu, S. ; North, K.E. ; Saleheen, D. ; Hansen, T. ; Pedersen, O. ; Wareham, N.J. ; Lee, J. ; Kim, B.J. ; Millwood, I.Y. ; Walters, R.G. ; Stefansson, K. ; Ahlqvist, E. ; Goodarzi, M.O. ; Mohlke, K.L. ; Langenberg, C. ; Haiman, C.A. ; Loos, R.J.F. ; Florez, J.C. ; Rader, D.J. ; Ritchie, M.D. ; Zöllner, S. ; Mägi, R. ; Marston, N.A. ; Ruff, C.T. ; van Heel, D.A. ; Finer, S. ; Denny, J.C. ; Yamauchi, T. ; Kadowaki, T. ; Chambers, J.C. ; Ng, M.C.Y. ; Sim, X. ; Below, J.E. ; Tsao, P.S. ; Chang, K.M. ; McCarthy, M.I. ; Meigs, J.B. ; Mahajan, A. ; Spracklen, C.N. ; Mercader, J.M. ; Boehnke, M. ; Rotter, J.I. ; Vujkovic, M.R. ; Voight, B.F. ; Morris, A.P. ; Zeggini, E.

Genetic drivers of heterogeneity in type 2 diabetes pathophysiology.
Exp. Hematol. 137:104561 (2024)

Porse, B.T. ; Furtwangler, B. ; Uresin, N. ; Richter, S. ; Schuster, M.B. ; Theis, F.J. ; Schoof, E.M.

A single-cell proteomics by mass spectrometry based map of the human CD34+hematopoie tic stem and progenitor cell compartment.

Wiegrebe, S. ; Gorski, M. ; Herold, J.M. ; Stark, K.J. ; Thorand, B. ; Gieger, C. ; Böger, C.A. ; Schödel, J. ; Härtig, F. ; Chen, H. ; Winkler, T.W. ; Küchenhoff, H. ; Heid, I.M.

Analyzing longitudinal trait trajectories using GWAS identifies genetic variants for kidney function decline.
Nature 635, 690-698 (2024)

He, Z. ; Dony, L. ; Fleck, J.S. ; Szałata, A. ; Li, K. ; Slišković, I. ; Lin, H.C. ; Santel, M. ; Atamian, A. ; Quadrato, G. ; Sun, J. ; Pașca, S.P. ; Camp, J.G. ; Theis, F.J. ; Treutlein, B.

An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids.
iScience 27:111242 (2024)

Schulz, M. ; Bleser, S. ; Groels, M. ; Bošnački, D. ; Burger, J.A. ; Chiorazzi, N. ; Marr, C.

Mathematical multi-compartment modeling of chronic lymphocytic leukemia cell kinetics under ibrutinib.
In: (Computer Vision and Pattern Recognition). 2024. 520-530 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15012 LNCS)

Koch, V. ; Wagner, S. ; Kazeminia, S. ; Sancar, E. ; Hehr, M. ; Schnabel, J.A. ; Peng, T. ; Marr, C.

DinoBloom: A foundation model for generalizable cell embeddings in hematology.
J. Vis. Exp., DOI: 10.3791/66659:211 (2024)

Losert, C. ; Pekayvaz, K. ; Knottenberg, V. ; Nicolai, L. ; Stark, K. ; Heinig, M.

Application of unsupervised multi-omic factor analysis to uncover patterns of variation and molecular processes linked to cardiovascular disease.
Cell Res., DOI: 10.1038/s41422-024-01045-9 (2024)

Träuble, K. ; Heinig, M.

A cross-species foundation model for single cells.
Genome Biol. 25:277 (2024)

Lange, M. ; Piran, Z. ; Klein, M. ; Spanjaard, B. ; Klein, D. ; Junker, J.P. ; Theis, F.J. ; Nitzan, M.

Mapping lineage-traced cells across time points with moslin.
Clin. Epigenet. 16:149 (2024)

Bui, H. ; Keshawarz, A. ; Wang, M. ; Lee, M. ; Ratliff, S.M. ; Lin, L. ; Birditt, K.S. ; Faul, J.D. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Delerue, T. ; Kardia, S.L.R. ; Zhao, W. ; Guo, X. ; Yao, J. ; Rotter, J.I. ; Li, Y. ; Liu, X. ; Liu, D. ; Tavares, J.F. ; Pehlivan, G. ; Breteler, M.M.B. ; Karabegović, I. ; Ochoa-Rosales, C. ; Voortman, T. ; Ghanbari, M. ; van Meurs, J.B.J. ; Nasr, M.K. ; Dörr, M. ; Grabe, H.J. ; London, S.J. ; Teumer, A. ; Waldenberger, M. ; Weir, D.R. ; Smith, J.A. ; Levy, D. ; Ma, J. ; Liu, C.

Association analysis between an epigenetic alcohol risk score and blood pressure.
EMBO J., DOI: 10.1038/s44318-024-00227-w (2024)

Chatzitheodoridou, D. ; Bureik, D. ; Padovani, F. ; Nadimpalli, K.V. ; Schmoller, K.M.

Decoupled transcript and protein concentrations ensure histone homeostasis in different nutrients.
Cells 13:408 (2024)

Puglisi, M. ; Lao, C.L. ; Wani, G. ; Masserdotti, G. ; Bocchi, R. ; Götz, M.

Comparing viral vectors and fate mapping approaches for astrocyte-to-neuron reprogramming in the injured mouse cerebral cortex.
Nat. Med., DOI: 10.1038/s41591-024-03214-0 (2024)

Heumos, L. ; Ehmele, P. ; Treis, T. ; Upmeier Zu Belzen, J. ; Roellin, E. ; May, L. ; Namsaraeva, A. ; Horlava, N. ; Shitov, V.A. ; Zhang, X. ; Zappia, L. ; Knöll, R. ; Lang, N.J. ; Hetzel, L. ; Virshup, I. ; Sikkema, L. ; Curion, F. ; Eils, R. ; Schiller, H. B. ; Hilgendorff, A. ; Theis, F.J.

An open-source framework for end-to-end analysis of electronic health record data.
Epigenomics 16, 1061-1065 (2024)

Tvardovskiy, A. ; Lukauskas, S. ; Bartke, T.

Breaking the epigenetic code with MARCS: The Modification Atlas of Regulation by Chromatin States.
New Phytol. 244, 786-797 (2024)

Kolbert, Z. ; Barroso, J.B. ; Boscari, A. ; Corpas, F.J. ; Gupta, K.J. ; Hancock, J.T. ; Lindermayr, C. ; Palma, J.M. ; Petřivalský, M. ; Wendehenne, D. ; Loake, G.J.

Interorgan, intraorgan and interplant communication mediated by nitric oxide and related species.
Sci. Adv. 10:eadl4374 (2024)

Carper, D. ; Lac, M. ; Coue, M. ; Labour, A. ; Märtens, A. ; Banda, J.A.A. ; Mazeyrie, L. ; Mechta, M. ; Ingerslev, L.R. ; Elhadad, M.A. ; Petit, J.V. ; Maslo, C. ; Monbrun, L. ; Del Carmine, P. ; Sainte-Marie, Y. ; Bourlier, V. ; Laurens, C. ; Mithieux, G. ; Joanisse, D.R. ; Coudray, C. ; Feillet-Coudray, C. ; Montastier, E. ; Viguerie, N. ; Tavernier, G. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Kastenmüller, G. ; Illig, T. ; Lichtinghagen, R. ; Seissler, J. ; Mounier, R. ; Hiller, K. ; Jordan, J. ; Barrès, R. ; Kuhn, M. ; Pesta, D. ; Moro, C.

Loss of atrial natriuretic peptide signaling causes insulin resistance, mitochondrial dysfunction, and low endurance capacity.

Kuck, L. ; McNamee, A.P. ; Bordukova, M. ; Sadafi, A. ; Marr, C. ; Peart, J.N. ; Simmonds, M.J.

Lysis of human erythrocytes due to Piezo1-dependent cytosolic calcium overload as a mechanism of circulatory removal.

Luo, H. ; Petrera, A. ; Hauck, S.M. ; Rathmann, W. ; Herder, C. ; Gieger, C. ; Hoyer, A. ; Peters, A. ; Thorand, B.

Association of plasma proteomics with mortality in individuals with and without type 2 diabetes: Results from two population-based KORA cohort studies.
Nat. Methods 21, 1597-1602 (2024)

Johnston, K.G. ; Grieco, S.F. ; Nie, Q. ; Theis, F.J. ; Xu, X.

Small data methods in omics: The power of one.

Vitacolonna, M. ; Bruch, R. ; Agaçi, A. ; Nürnberg, E. ; Cesetti, T. ; Keller, F. ; Padovani, F. ; Sauer, S. ; Schmoller, K.M. ; Reischl, M. ; Hafner, M. ; Rudolf, R.

A multiparametric analysis including single-cell and subcellular feature assessment reveals differential behavior of spheroid cultures on distinct ultra-low attachment plate types.
In: Chromatin Immunoprecipitation. 2024. 1-16 (Methods Mol. Biol. ; 2846)

Nitsch, S. ; Schneider, R.

Native ChIP: Studying the genome-wide distribution of histone modifications in cells and tissue.
In: Chromatin Immunoprecipitation. 2024. 63-89 (Methods Mol. Biol. ; 2846)

Böckel, C. ; Pastor, X. ; Heinig, M. ; Walzthoeni, T.

Differential analysis of protein-DNA binding using ChIP-seq data.

Fischer, F. ; Fischer, D.S. ; Mukhin, R. ; Isaev, A. ; Biederstedt, E. ; Villani, A.C. ; Theis, F.J.

scTab: Scaling cross-tissue single-cell annotation models.
In: Chromatin Immunoprecipitation. 2024. 91-107 (Methods Mol. Biol. ; 2846)

Ansari, S.A. ; Uhlenhaut, N.H.

An optimized high-resolution mapping method for glucocorticoid receptor-DNA binding in mouse primary macrophages.
In: Chromatin Immunoprecipitation. 2024. 35-45 (Methods Mol. Biol. ; 2846)

Jouffe, C. ; Dyar, K.A. ; Uhlenhaut, N.H.

Chromatin immunoprecipitation in adipose tissue and adipocytes: How to proceed and optimize the protocol for transcription factor DNA binding.
Nat. Cell Biol., DOI: 10.1038/s41556-024-01512-w (2024)

Al-Refaie, N. ; Padovani, F. ; Hornung, J. ; Pudelko, L ; Binando, F. ; Del Carmen Fabregat, A. ; Zhao, Q. ; Towbin, B.D. ; Cenik, E.S. ; Stroustrup, N. ; Padeken, J. ; Schmoller, K.M. ; Cabianca, D.S.

Fasting shapes chromatin architecture through an mTOR/RNA Pol I axis.

Tschuck, J. ; Padmanabhan Nair, V. ; Galhoz, A. ; Zaratiegui, C. ; Tai, H.-M. ; Ciceri, G. ; Rothenaigner, I. ; Tchieu, J. ; Stockwell, B.R. ; Studer, L. ; Cabianca, D.S. ; Menden, M.P. ; Vincendeau, M. ; Hadian, K.

Suppression of ferroptosis by vitamin A or radical-trapping antioxidants is essential for neuronal development.
Nat. Methods 21, 1430-1443 (2024)

Szałata, A. ; Hrovatin, K. ; Becker, S. ; Tejada Lapuerta, A. ; Cui, H. ; Wang, B. ; Theis, F.J.

Transformers in single-cell omics: A review and new perspectives.
EMBO J., DOI: 10.1038/s44318-024-00183-5 (2024)

Roussou, R. ; Metzler, D. ; Padovani, F. ; Thoma, F. ; Schwarz, R. ; Shraiman, B. ; Schmoller, K.M. ; Osman, C.

Real-time assessment of mitochondrial DNA heteroplasmy dynamics at the single-cell level.
2024 in
In: (Proceedings - International Symposium on Biomedical Imaging, 27-30 May 2024, Athen). 345 E 47th St, New York, Ny 10017 Usa: Ieee, 2024. DOI: 10.1109/ISBI56570.2024.10635886

Kazeminia, S. ; Brezik, M. ; Shetab Boushehri, S. ; Marr, C.

A data-driven solution for the cold start problem in biomedical image classification.
2024 in
In: (Proceedings - International Symposium on Biomedical Imaging, 27-30 May 2024, Athen). 345 E 47th St, New York, Ny 10017 Usa: Ieee, 2024. DOI: 10.1109/ISBI56570.2024.10635695

Roth, B. ; Koch, V. ; Wagner, S. ; Schnabel, J.A. ; Marr, C. ; Peng, T.

Low-resource finetuning of foundation models beats state-of-the-art in histopathology.
In: (Medical Image Understanding and Analysis). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2024. 366-381 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 14860 LNCS)

Galter, I. ; Schneltzer, E. ; Marr, C. ; Spielmann, N. ; Hrabě de Angelis, M.

EchoVisuAL: Efficient Segmentation of Echocardiograms Using Deep Active Learning.
Lancet 403, 1027-1050 (2024)

NCD Risk Factor Collaboration (Döring, A.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Gieger, C.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Heier, M.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Linkohr, B.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Meisinger, C.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Peters, A.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Schneider, A.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Stieber, J.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Stöckl, D.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Thorand, B.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Wolf, K.)

Worldwide trends in underweight and obesity from 1990 to 2022: A pooled analysis of 3663 population-representative studies with 222 million children, adolescents, and adults.
Kidney Int. Rep. 9, 1849-1859 (2024)

Ganji-Arjenaki, M. ; Kamali, Z. ; Sardari, S. ; de Borst, M.H. ; Snieder, H. ; International Consortium of Blood Pressure (Gieger, C.) ; International Consortium of Blood Pressure (Peters, A.) ; International Consortium of Blood Pressure (Ried, J.)

Prioritization of kidney cell types highlights myofibroblast cells in regulating human blood pressure.
Dev. Cell 59, 1623-1627 (2024)

Ebisuya, M. ; Rayon, T. ; Diaz-Cuadros, M. ; Chalut, K.J. ; Wu, G. ; Dodd, A.N. ; Torres-Padilla, M.E. ; Levine, M.E. ; Gladyshev, V.N.

Understanding how cells and organisms keep time during development.
Eye, DOI: 10.1038/s41433-024-03264-1 (2024)

Asani, B. ; Holmberg, O. ; Schiefelbein, J.B. ; Hafner, M. ; Herold, T. ; Spitzer, H. ; Siedlecki, J. ; Kern, C. ; Kortuem, K.U. ; Frishberg, A. ; Theis, F.J. ; Priglinger, S.G.

Evaluation of OCT biomarker changes in treatment-naive neovascular AMD using a deep semantic segmentation algorithm.
Nat. Comput. Sci. 4, 367–378 (2024)

Siebenmorgen, T. ; Cardoso Micu Menezes, F.M. ; Benassou, S. ; Merdivan, E. ; Didi, K. ; Mourao, A. ; Kitel, R. ; Liò, P. ; Kesselheim, S. ; Piraud, M. ; Theis, F.J. ; Sattler, M. ; Popowicz, G.M.

MISATO: Machine learning dataset of protein-ligand complexes for structure-based drug discovery.
Cell 187, 4637-4655.e26 (2024)

Simats, A. ; Zhang, S. ; Messerer, D. ; Chong, F. ; Beşkardeş, S. ; Chivukula, A.S. ; Cao, J. ; Besson-Girard, S. ; Montellano, F.A. ; Morbach, C. ; Carofiglio, O. ; Ricci, A. ; Roth, S. ; Llovera, G. ; Singh, R. ; Chen, Y. ; Filser, S. ; Plesnila, N. ; Braun, C. ; Spitzer, H. ; Gokce, O. ; Dichgans, M. ; Heuschmann, P.U. ; Hatakeyama, K. ; Beltrán, E. ; Clauss, S. ; Bonev, B. ; Schulz, C. ; Liesz, A.

Innate immune memory after brain injury drives inflammatory cardiac dysfunction.
Nat. Commun. 15:6190 (2024)

Sheng, X. ; Nenseth, H.Z. ; Qu, S. ; Kuzu, O.F. ; Frahnow, T. ; Simon, L. ; Greene, S. ; Zeng, Q. ; Fazli, L. ; Rennie, P.S. ; Mills, I.G. ; Danielsen, H. ; Theis, F.J. ; Patterson, J.B. ; Jin, Y. ; Saatcioglu, F.

Author Correction: IRE1α-XBP1s pathway promotes prostate cancer by activating c-MYC signaling.
Genes 15:806 (2024)

Palit, S. ; Shrestha, A.K. ; Thapa, S. ; L Grimm, S. ; Coarfa, C. ; Theis, F.J. ; Simon, L.M. ; Shivanna, B.

Leveraging integrated RNA sequencing to decipher adrenomedullin's protective mechanisms in experimental bronchopulmonary dysplasia.
Bioinformatics 40, i548-i557 (2024)

Ali, M. ; Kuijs, M. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Treis, T. ; Hrovatin, K. ; Palla, G. ; Schaar, A. ; Theis, F.J.

GraphCompass: Spatial metrics for differential analyses of cell organization across conditions.
Nat. Genet. 56, 1763-1764 (2024)

Kentistou, K.A. ; Kaisinger, L.R. ; Stankovic, S. ; Vaudel, M. ; Mendes de Oliveira, E. ; Messina, A. ; Walters, R.G. ; Liu, X. ; Busch, A.S. ; Helgason, H. ; Thompson, D.J. ; Santoni, F. ; Petricek, K.M. ; Zouaghi, Y. ; Huang-Doran, I. ; Gudbjartsson, D.F. ; Bratland, E. ; Lin, K. ; Gardner, E.J. ; Zhao, Y. ; Jia, R.Y. ; Terao, C. ; Riggan, M.J. ; Bolla, M.K. ; Yazdanpanah, M. ; Yazdanpanah, N. ; Bradfield, J.P. ; Broer, L. ; Campbell, A. ; Chasman, D.I. ; Cousminer, D.L. ; Franceschini, N. ; Franke, L.H. ; Girotto, G. ; He, C. ; Jarvelin, M.R. ; Joshi, P.K. ; Kamatani, Y. ; Karlsson, R. ; Luan, J. ; Lunetta, K.L. ; Mägi, R. ; Mangino, M. ; Medland, S.E. ; Meisinger, C. ; Noordam, R. ; Nutile, T. ; Concas, M.P. ; Polašek, O. ; Porcu, E. ; Ring, S.M. ; Sala, C. ; Smith, A.V. ; Tanaka, T. ; van der Most, P.J. ; Vitart, V. ; Wang, C.A. ; Willemsen, G. ; Zygmunt, M. ; Ahearn, T.U. ; Andrulis, I.L. ; Anton-Culver, H. ; Antoniou, A.C. ; Auer, P.L. ; Barnes, C.L.K. ; Beckmann, M.W. ; Berrington de Gonzalez, A. ; Bogdanova, N.V. ; Bojesen, S.E. ; Brenner, H. ; Buring, J.E. ; Canzian, F. ; Chang-Claude, J. ; Couch, F.J. ; Cox, A. ; Crisponi, L. ; Czene, K. ; Daly, M.B. ; Demerath, E.W. ; Dennis, J. ; Devilee, P. ; de Vivo, I. ; Dörk, T. ; Dunning, A.M. ; Dwek, M. ; Eriksson, J.G. ; Fasching, P.A. ; Fernández-Rhodes, L. ; Ferreli, L. ; Fletcher, O. ; Gago-Dominguez, M. ; Garcia-Closas, M. ; García-Sáenz, J.A. ; González-Neira, A. ; Grallert, H. ; Guénel, P. ; Haiman, C.A. ; Hall, P. ; Hamann, U. ; Hakonarson, H. ; Hart, R.J. ; Hickey, M. ; Hooning, M.J. ; Hoppe, R. ; Hopper, J.L. ; Hottenga, J.J. ; Hu, F.B. ; Huebner, H. ; Hunter, D.J. ; Jernström, H. ; John, E.M. ; Karasik, D. ; Khusnutdinova, E.K. ; Kristensen, V.N. ; Lacey, J.V. ; Lambrechts, D. ; Launer, L.J. ; Lind, P.A. ; Lindblom, A. ; Magnusson, P.K.E. ; Mannermaa, A. ; McCarthy, M.I. ; Meitinger, T. ; Menni, C. ; Michailidou, K. ; Millwood, I.Y. ; Milne, R.L. ; Montgomery, G.W. ; Nevanlinna, H. ; Nolte, I.M. ; Nyholt, D.R. ; Obi, N. ; O'Brien, K.M. ; Offit, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Ostrowski, S.R. ; Palotie, A. ; Pedersen, O.B. ; Peters, A. ; Pianigiani, G. ; Plaseska-Karanfilska, D. ; Pouta, A. ; Pozarickij, A. ; Radice, P. ; Rennert, G. ; Rosendaal, F.R. ; Ruggiero, D. ; Saloustros, E. ; Sandler, D.P. ; Schipf, S. ; Schmidt, C.O. ; Schmidt, M.K. ; Small, K. ; Spedicati, B. ; Stampfer, M. ; Stone, J. ; Tamimi, R.M. ; Teras, L.R. ; Tikkanen, E. ; Turman, C. ; Vachon, C.M. ; Wang, Q. ; Winqvist, R. ; Wolk, A. ; Zemel, B.S. ; Zheng, W. ; van Dijk, K.W. ; Alizadeh, B.Z. ; Bandinelli, S. ; Boerwinkle, E. ; Boomsma, D.I. ; Ciullo, M. ; Chenevix-Trench, G. ; Cucca, F. ; Esko, T. ; Gieger, C. ; Grant, S.F.A. ; Gudnason, V. ; Hayward, C. ; Kolcic, I. ; Kraft, P. ; Lawlor, D.A. ; Martin, N.G. ; Nøhr, E.A. ; Pedersen, N.L. ; Pennell, C.E. ; Ridker, P.M. ; Robino, A. ; Snieder, H. ; Sovio, U. ; Spector, T.D. ; Stöckl, D. ; Sudlow, C. ; Timpson, N.J. ; Toniolo, D. ; Uitterlinden, A. ; Ulivi, S. ; Völzke, H. ; Wareham, N.J. ; Widen, E. ; Wilson, J.F. ; Pharoah, P.D.P. ; Li, L. ; Easton, D.F. ; Njølstad, P.R. ; Sulem, P. ; Murabito, J.M. ; Murray, A. ; Manousaki, D. ; Juul, A. ; Erikstrup, C. ; Stefansson, K. ; Horikoshi, M. ; Chen, Z. ; Farooqi, I.S. ; Pitteloud, N. ; Johansson, S. ; Day, F.R. ; Perry, J.R.B. ; Ong, K.K.

Publisher Correction: Understanding the genetic complexity of puberty timing across the allele frequency spectrum.
Clin. Chem. Lab. Med., DOI: 10.1515/cclm-2024-0222 (2024)

Elfert, E. ; Kaminski, W.E. ; Matek, C. ; Hoermann, G. ; Axelsen, E.W. ; Marr, C. ; Piehler, A.P.

Expert-level detection of M-proteins in serum protein electrophoresis using machine learning.
Nature 631, 645-653 (2024)

Gaertner, F. ; Ishikawa-Ankerhold, H. ; Stutte, S. ; Fu, W. ; Weitz, J. ; Dueck, A. ; Nelakuditi, B. ; Fumagalli, V. ; van den Heuvel, D. ; Belz, L. ; Sobirova, G. ; Zhang, Z. ; Titova, A. ; Navarro, A.M. ; Pekayvaz, K. ; Lorenz, M. ; von Baumgarten, L. ; Kranich, J. ; Straub, T. ; Popper, B. ; Zheden, V. ; Kaufmann, W.A. ; Guo, C. ; Piontek, G. ; von Stillfried, S. ; Boor, P. ; Colonna, M. ; Clauß, S. ; Schulz, C. ; Brocker, T. ; Walzog, B. ; Scheiermann, C. ; Aird, W.C. ; Nerlov, C. ; Stark, K. ; Petzold, T. ; Engelhardt, S. ; Sixt, M. ; Hauschild, R. ; Rudelius, M. ; Oostendorp, R.A.J. ; Iannacone, M. ; Heinig, M. ; Massberg, S.

Plasmacytoid dendritic cells control homeostasis of megakaryopoiesis.
Genome Biol. 25:181 (2024)

Curion, F. ; Rich-Griffin, C. ; Agarwal, D. ; Ouologuem, S. ; Rue-Albrecht, K. ; May, L. ; Garcia, G.E.L. ; Heumos, L. ; Thomas, T. ; Lason, W. ; Sims, D. ; Theis, F.J. ; Dendrou, C.A.

Panpipes: A pipeline for multiomic single-cell and spatial transcriptomic data analysis.
Nat. Neurosci. 27, 1260–1273 (2024)

Pereira, A. ; Diwakar, S.J. ; Masserdotti, G. ; Beşkardeş, S. ; Simon, T. ; So, Y. ; Martín-Loarte, L. ; Bergemann, F. ; Vasan, L. ; Schauer, T. ; Danese, A. ; Bocchi, R. ; Colomé-Tatché, M. ; Schuurmans, C. ; Philpott, A. ; Straub, T. ; Bonev, B. ; Götz, M.

Direct neuronal reprogramming of mouse astrocytes is associated with multiscale epigenome remodeling and requires Yy1.
Nat. Genet. 56, 1397–1411 (2024)

Kentistou, K.A. ; Kaisinger, L.R. ; Stankovic, S. ; Vaudel, M. ; Mendes de Oliveira, E. ; Messina, A. ; Walters, R.G. ; Liu, X. ; Busch, A.S. ; Helgason, H. ; Thompson, D.J. ; Santoni, F. ; Petricek, K.M. ; Zouaghi, Y. ; Huang-Doran, I. ; Gudbjartsson, D.F. ; Bratland, E. ; Lin, K. ; Gardner, E.J. ; Zhao, Y. ; Jia, R.Y. ; Terao, C. ; Riggan, M.J. ; Bolla, M.K. ; Yazdanpanah, M. ; Yazdanpanah, N. ; Bradfield, J.P. ; Broer, L. ; Campbell, A. ; Chasman, D.I. ; Cousminer, D.L. ; Franceschini, N. ; Franke, L.H. ; Girotto, G. ; He, C. ; Järvelin, M.R. ; Joshi, P.K. ; Kamatani, Y. ; Karlsson, R. ; Luan, J. ; Lunetta, K.L. ; Mägi, R. ; Mangino, M. ; Medland, S.E. ; Meisinger, C. ; Noordam, R. ; Nutile, T. ; Concas, M.P. ; Polašek, O. ; Porcu, E. ; Ring, S.M. ; Sala, C. ; Smith, A.V. ; Tanaka, T. ; van der Most, P.J. ; Vitart, V. ; Wang, C.A. ; Willemsen, G. ; Zygmunt, M. ; Ahearn, T.U. ; Andrulis, I.L. ; Anton-Culver, H. ; Antoniou, A.C. ; Auer, P.L. ; Barnes, C.L.K. ; Beckmann, M.W. ; Berrington de Gonzalez, A. ; Bogdanova, N.V. ; Bojesen, S.E. ; Brenner, H. ; Buring, J.E. ; Canzian, F. ; Chang-Claude, J. ; Couch, F.J. ; Cox, A. ; Crisponi, L. ; Czene, K. ; Daly, M.B. ; Demerath, E.W. ; Dennis, J. ; Devilee, P. ; de Vivo, I. ; Dörk, T. ; Dunning, A.M. ; Dwek, M. ; Eriksson, J.G. ; Fasching, P.A. ; Fernández-Rhodes, L. ; Ferreli, L. ; Fletcher, O. ; Gago-Dominguez, M. ; Garcia-Closas, M. ; García-Sáenz, J.A. ; González-Neira, A. ; Grallert, H. ; Guénel, P. ; Haiman, C.A. ; Hall, P. ; Hamann, U. ; Hakonarson, H. ; Hart, R.J. ; Hickey, M. ; Hooning, M.J. ; Hoppe, R. ; Hopper, J.L. ; Hottenga, J.J. ; Hu, F.B. ; Huebner, H. ; Hunter, D.J. ; Jernström, H. ; John, E.M. ; Karasik, D. ; Khusnutdinova, E.K. ; Kristensen, V.N. ; Lacey, J.V. ; Lambrechts, D. ; Launer, L.J. ; Lind, P.A. ; Lindblom, A. ; Magnusson, P.K.E. ; Mannermaa, A. ; McCarthy, M.I. ; Meitinger, T. ; Menni, C. ; Michailidou, K. ; Millwood, I.Y. ; Milne, R.L. ; Montgomery, G.W. ; Nevanlinna, H. ; Nolte, I.M. ; Nyholt, D.R. ; Obi, N. ; O'Brien, K.M. ; Offit, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Ostrowski, S.R. ; Palotie, A. ; Pedersen, O.B. ; Peters, A. ; Pianigiani, G. ; Plaseska-Karanfilska, D. ; Pouta, A. ; Pozarickij, A. ; Radice, P. ; Rennert, G. ; Rosendaal, F.R. ; Ruggiero, D. ; Saloustros, E. ; Sandler, D.P. ; Schipf, S. ; Schmidt, C.O. ; Schmidt, M.K. ; Small, K. ; Spedicati, B. ; Stampfer, M. ; Stone, J. ; Tamimi, R.M. ; Teras, L.R. ; Tikkanen, E. ; Turman, C. ; Vachon, C.M. ; Wang, Q. ; Winqvist, R. ; Wolk, A. ; Zemel, B.S. ; Zheng, W. ; van Dijk, K.W. ; Alizadeh, B.Z. ; Bandinelli, S. ; Boerwinkle, E. ; Boomsma, D.I. ; Ciullo, M. ; Chenevix-Trench, G. ; Cucca, F. ; Esko, T. ; Gieger, C. ; Grant, S.F.A. ; Gudnason, V. ; Hayward, C. ; Kolčić, I. ; Kraft, P. ; Lawlor, D.A. ; Martin, N.G. ; Nøhr, E.A. ; Pedersen, N.L. ; Pennell, C.E. ; Ridker, P.M. ; Robino, A. ; Snieder, H. ; Sovio, U. ; Spector, T.D. ; Stöckl, D. ; Sudlow, C. ; Timpson, N.J. ; Toniolo, D. ; Uitterlinden, A. ; Ulivi, S. ; Völzke, H. ; Wareham, N.J. ; Widen, E. ; Wilson, J.F. ; Pharoah, P.D.P. ; Li, L. ; Easton, D.F. ; Njølstad, P.R. ; Sulem, P. ; Murabito, J.M. ; Murray, A. ; Manousaki, D. ; Juul, A. ; Erikstrup, C. ; Stefansson, K. ; Horikoshi, M. ; Chen, Z. ; Farooqi, I.S. ; Pitteloud, N. ; Johansson, S. ; Day, F.R. ; Perry, J.R.B. ; Ong, K.K.

Understanding the genetic complexity of puberty timing across the allele frequency spectrum.

Drost, F. ; An, Y. ; Bonafonte Pardás, I. ; Dratva, L.M. ; Lindeboom, R.G.H. ; Haniffa, M. ; Teichmann, S.A. ; Theis, F.J. ; Lotfollahi, M. ; Schubert, B.

Multi-modal generative modeling for joint analysis of single-cell T cell receptor and gene expression data.
Genome Biol. 25:109 (2024)

Curion, F. ; Wu, X. ; Heumos, L. ; Gonzales André, M.M. ; Halle, L. ; Ozols, M. ; Grant-Peters, M. ; Rich-Griffin, C. ; Yeung, H.Y. ; Dendrou, C.A. ; Schiller, H. B. ; Theis, F.J.

hadge: A comprehensive pipeline for donor deconvolution in single-cell studies.

Ziegler, D. ; Thorand, B. ; Strom, A. ; Bönhof, G.J. ; Knebel, B. ; Schleicher, E. ; Rathmann, W. ; Herder, C. ; Maalmi, H. ; Gieger, C. ; Heier, M. ; Meisinger, C. ; Roden, M. ; Peters, A. ; Grallert, H.

Association of transketolase polymorphisms with diabetic polyneuropathy in the general population: The KORA F4 study.
Metabolites 14:258 (2024)

Yu, S. ; Han, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Ge, J. ; Li, X. ; Cai, X. ; Heier, M. ; Kastenmüller, G. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Koenig, W. ; Rathmann, W. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Prediction of myocardial infarction using a combined generative adversarial network model and feature-enhanced loss function.
Biomolecules 14:662 (2024)

Lai, L. ; Matias-Garcia, P.R. ; Kretschmer, A. ; Gieger, C. ; Wilson, R. ; Linseisen, J. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Smoking-induced DNA hydroxymethylation signature is less pronounced than true DNA methylation: The population-based KORA Fit cohort
Cell Rep. Med. 5:101572 (2024)

Caulier, B. ; Joaquina, S. ; Gelebart, P. ; Dowling, T.H. ; Kaveh, F. ; Thomas, M. ; Tandaric, L. ; Wernhoff, P. ; Katyayini, N.U. ; Wogsland, C. ; Gjerstad, M.E. ; Fløisand, Y. ; Kvalheim, G. ; Marr, C. ; Kobold, S. ; Enserink, J.M. ; Gjertsen, B.T. ; McCormack, E. ; Inderberg, E.M.S. ; Wälchli, S.

CD37 is a safe chimeric antigen receptor target to treat acute myeloid leukemia.
In: Proceedings of Machine Learning Research (27th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS), MAY 02-04, 2024, Valencia, SPAIN). 2024. 3664-3672 (Int. Conf. art. intell. stat. ; 238)

Engelmann, J.P. ; Palma, A. ; Tomczak, J.M. ; Theis, F.J. ; Casale, F.P.

Mixed models with multiple instance learning.
Nat. Struct. Mol. Biol., DOI: 10.1038/s41594-024-01341-3 (2024)

Throll, P. ; G Dolce, L. ; Rico-Lastres, P. ; Arnold, K. ; Tengo, L. ; Basu, S. ; Kaiser, S. ; Schneider, R. ; Kowalinski, E.

Structural basis of tRNA recognition by the m3C RNA methyltransferase METTL6 in complex with SerRS seryl-tRNA synthetase.
Redox Biol. 75:103211 (2024)

Berndt, C. ; Alborzinia, H. ; Amen, V.S. ; Ayton, S. ; Barayeu, U. ; Bartelt, A. ; Bayir, H. ; Bebber, C.M. ; Birsoy, K. ; Böttcher, J.P. ; Brabletz, S. ; Brabletz, T. ; Brown, A.R. ; Brüne, B. ; Bulli, G. ; Bruneau, A. ; Chen, Q. ; DeNicola, G.M. ; Dick, T.P. ; Distéfano, A. ; Dixon, S.J. ; Engler, J.B. ; Esser-von Bieren, J. ; Fedorova, M. ; Friedmann Angeli, J.P. ; Friese, M.A. ; Fuhrmann, D.C. ; García-Sáez, A.J. ; Garbowicz, K. ; Götz, M. ; Gu, W. ; Hammerich, L. ; Hassannia, B. ; Jiang, X. ; Jeridi, A. ; Kang, Y.P. ; Kagan, V.E. ; Konrad, D.B. ; Kotschi, S. ; Lei, P. ; Le Tertre, M. ; Lev, S. ; Liang, D. ; Linkermann, A. ; Lohr, C. ; Lorenz, S. ; Luedde, T. ; Methner, A. ; Michalke, B. ; Milton, A.V. ; Min, J. ; Mishima, E. ; Müller, S. ; Motohashi, H. ; Muckenthaler, M.U. ; Murakami, S. ; Olzmann, J.A. ; Pagnussat, G.C. ; Pan, Z. ; Papagiannakopoulos, T. ; Pedrera Puentes, L. ; Pratt, D.A. ; Proneth, B. ; Ramsauer, L. ; Rodriguez, R. ; Saito, Y. ; Schmidt, F. ; Schmitt, C. ; Schulze, A. ; Schwab, A. ; Schwantes, A. ; Soula, M. ; Spitzlberger, B. ; Stockwell, B.R. ; Thewes, L. ; Thorn-Seshold, O. ; Toyokuni, S. ; Tonnus, W. ; Trumpp, A. ; Vandenabeele, P. ; Vanden Berghe, T. ; Venkataramani, V. ; Vogel, F.C.E. ; von Karstedt, S. ; Wang, F. ; Westermann, F. ; Wientjens, C. ; Wilhelm, C. ; Wölk, M. ; Wu, K. ; Yang, X. ; Yu, F. ; Zou, Y. ; Conrad, M.

Ferroptosis in health and disease.

van Blokland, I.V. ; Oelen, R. ; Groot, H.E. ; Benjamins, J.W. ; Pekayvaz, K. ; Losert, C. ; Knottenberg, V. ; Heinig, M. ; Nicolai, L. ; Stark, K. ; van der Harst, P. ; Franke, L. ; van der Wijst, M.G.P.

Single-cell dissection of the immune response after acute myocardial infarction.
Physiol. Rev. 104, 1679-1717 (2024)

Chadha, Y. ; Khurana, A. ; Schmoller, K.M.

Eukaryotic cell size regulation and its implications for cellular function and dysfunction.
Dev. Cell 59, 2347-2363.e9 (2024)

Thowfeequ, S. ; Fiorentino, J. ; Hu, D. ; Solovey, M. ; Ruane, S. ; Whitehead, M. ; Zhou, F. ; Godwin, J. ; Mateo-Otero, Y. ; Vanhaesebroeck, B. ; Scialdone, A. ; Srinivas, S.

An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration.
Nat. Cell Biol. 26, 962-974 (2024)

Liu, B. ; He, Y. ; Wu, X. ; Lin, Z. ; Ma, J. ; Qiu, Y. ; Xiang, Y. ; Kong, F. ; Lai, F. ; Pal, M. ; Wang, P. ; Ming, J. ; Zhang, B. ; Wang, Q. ; Wu, J. ; Xia, W. ; Shen, W. ; Na, J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Li, J. ; Xie, W.

Mapping putative enhancers in mouse oocytes and early embryos reveals TCF3/12 as key folliculogenesis regulators.
Nat. Genet. 56, 1090-1099 (2024)

Schormair, B. ; Zhao, C. ; Bell, S. ; Didriksen, M. ; Nawaz, M.S. ; Schandra, N. ; Stefani, A. ; Högl, B. ; Dauvilliers, Y. ; Bachmann, C.G. ; Kemlink, D. ; Sonka, K. ; Paulus, W. ; Trenkwalder, C. ; Oertel, W.H. ; Hornyak, M. ; Teder-Laving, M. ; Metspalu, A. ; Hadjigeorgiou, G.M. ; Polo, O. ; Fietze, I. ; Ross, O.A. ; Wszolek, Z.K. ; Ibrahim, A. ; Bergmann, M. ; Kittke, V. ; Harrer, P. ; Dowsett, J. ; Chenini, S. ; Ostrowski, S.R. ; Sørensen, E. ; Erikstrup, C. ; Pedersen, O.B. ; Topholm Bruun, M. ; Nielsen, K.R. ; Butterworth, A.S. ; Soranzo, N. ; Ouwehand, W.H. ; Roberts, D.J. ; Danesh, J. ; Burchell, B. ; Furlotte, N.A. ; Nandakumar, P. ; Earley, C.J. ; Ondo, W.G. ; Xiong, L. ; Desautels, A. ; Perola, M. ; Vodicka, P. ; Dina, C. ; Stoll, M. ; Franke, A. ; Lieb, W. ; Stewart, A.F.R. ; Shah, S.H. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Rye, D.B. ; Rouleau, G.A. ; Berger, K. ; Stefansson, H. ; Ullum, H. ; Stefansson, K. ; Hinds, D.A. ; di Angelantonio, E. ; Oexle, K. ; Winkelmann, J.

Genome-wide meta-analyses of restless legs syndrome yield insights into genetic architecture, disease biology and risk prediction.
Cardiovasc. Diabetol. 23:199 (2024)

Harada, M. ; Adam, J. ; Covic, M. ; Ge, J. ; Brandmaier, S. ; Muschet, C. ; Huang, J. ; Han, S. ; Rommel, M. ; Rotter, M. ; Heier, M. ; Mohney, R.P. ; Krumsiek, J. ; Kastenmüller, G. ; Rathmann, W. ; Zou, Z. ; Zukunft, S. ; Scheerer, M.F. ; Neschen, S. ; Adamski, J. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Ankerst, D.P. ; Meitinger, T. ; Alderete, T.L. ; Hrabě de Angelis, M. ; Suhre, K. ; Wang-Sattler, R.

Bidirectional modulation of TCA cycle metabolites and anaplerosis by metformin and its combination with SGLT2i.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02303-9 (2024)

Weiler, P. ; Lange, M. ; Klein, M. ; Pe'er, D. ; Theis, F.J.

CellRank 2: Unified fate mapping in multiview single-cell data.

Cao, X. ; Huber, S. ; Ahari, A.J. ; Traube, F.R. ; Seifert, M. ; Oakes, C.C. ; Secheyko, P. ; Vilov, S. ; Scheller, I.F. ; Wagner, N. ; Yépez, V.A. ; Blombery, P. ; Haferlach, T. ; Heinig, M. ; Wachutka, L. ; Hutter, S. ; Gagneur, J.

Analysis of 3760 hematologic malignancies reveals rare transcriptomic aberrations of driver genes.
Nat. Med. 30, 1696-1710 (2024)

Pekayvaz, K. ; Losert, C. ; Knottenberg, V. ; Gold, C. ; van Blokland, I.V. ; Oelen, R. ; Groot, H.E. ; Benjamins, J.W. ; Brambs, S. ; Kaiser, R. ; Gottschlich, A. ; Hoffmann, G.V. ; Eivers, L. ; Martinez-Navarro, A. ; Bruns, N. ; Stiller, S. ; Akgöl, S. ; Yue, K. ; Polewka, V. ; Escaig, R. ; Joppich, M. ; Janjic, A. ; Popp, O. ; Kobold, S. ; Petzold, T. ; Zimmer, R. ; Enard, W. ; Saar, K. ; Mertins, P. ; Huebner, N. ; van der Harst, P. ; Franke, L.H. ; van der Wijst, M.G.P. ; Massberg, S. ; Heinig, M. ; Nicolai, L. ; Stark, K.

Multiomic analyses uncover immunological signatures in acute and chronic coronary syndromes.
Cardiovasc. Diabetol. 23:181 (2024)

Elhadad, M.A. ; Gomez Alonso, M.D.C. ; Chen, C.-W- ; Neumeyer; S. ; Delerue, T. ; Rathmann, W. ; Näbauer, M. ; Meisinger, C. ; Kääb, S. ; Seissler, J. ; Graumann, J. ; Koenig, W. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Völker, U. ; Peters, A. ; Hammer, E. ; Waldenberger, M.

Plasma proteome association with coronary heart disease and carotid intima media thickness: Results from the KORA F4 study.
Nucleic Acids Res. 52, 6129-6144 (2024)

Stadler, M. ; Lukauskas, S. ; Bartke, T. ; Müller, C.L.

asteRIa enables robust interaction modeling between chromatin modifications and epigenetic readers.
Nat. Genet. 56, 778-791 (2024)

Keaton, J.M. ; Kamali, Z. ; Xie, T. ; Vaez, A. ; Williams, A. ; Goleva, S.B. ; Ani, A. ; Evangelou, E. ; Hellwege, J.N. ; Yengo, L. ; Young, W.J. ; Traylor, M. ; Giri, A. ; Zheng, Z. ; Zeng, J. ; Chasman, D.I. ; Morris, A.P. ; Caulfield, M.J. ; Hwang, S.J. ; Kooner, J.S. ; Conen, D. ; Attia, J.R. ; Morrison, A.C. ; Loos, R.J.F. ; Kristiansson, K. ; Schmidt, R. ; Hicks, A.A. ; Pramstaller, P.P. ; Nelson, C.P. ; Samani, N.J. ; Risch, L. ; Gyllensten, U. ; Melander, O. ; Riese, H. ; Wilson, J.F. ; Campbell, H. ; Rich, S.S. ; Psaty, B.M. ; Lu, Y. ; Rotter, J.I. ; Guo, X. ; Rice, K.M. ; Vollenweider, P. ; Sundström, J. ; Langenberg, C. ; Tobin, M.D. ; Giedraitis, V. ; Luan, J. ; Tuomilehto, J. ; Kutalik, Z. ; Ripatti, S. ; Salomaa, V. ; Girotto, G. ; Trompet, S. ; Jukema, J.W. ; van der Harst, P. ; Ridker, P.M. ; Giulianini, F. ; Vitart, V. ; Goel, A. ; Watkins, H. ; Harris, S.E. ; Deary, I.J. ; van der Most, P.J. ; Oldehinkel, A.J. ; Keavney, B.D. ; Hayward, C. ; Campbell, A. ; Boehnke, M. ; Scott, L.J. ; Boutin, T. ; Mamasoula, C. ; Järvelin, M.R. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Lakatta, E.G. ; Cucca, F. ; Hui, J. ; Knekt, P. ; Enroth, S. ; de Borst, M.H. ; Polašek, O. ; Concas, M.P. ; Catamo, E. ; Cocca, M. ; Li-Gao, R. ; Hofer, E. ; Schmidt, H. ; Spedicati, B. ; Waldenberger, M. ; Strachan, D.P. ; Laan, M. ; Teumer, A. ; Dörr, M. ; Gudnason, V. ; Cook, J.P. ; Ruggiero, D. ; Kolcic, I. ; Boerwinkle, E. ; Traglia, M. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Johnson, A.D. ; Newton-Cheh, C. ; Brown, M.J. ; Dominiczak, A.F. ; Sever, P.J. ; Poulter, N. ; Chambers, J.C. ; Elosua, R. ; Siscovick, D. ; Esko, T. ; Metspalu, A. ; Strawbridge, R.J. ; Laakso, M. ; Hamsten, A. ; Hottenga, J.J. ; de Geus, E. ; Morris, A.D. ; Palmer, C.N.A. ; Nolte, I.M. ; Milaneschi, Y. ; Marten, J. ; Wright, A. ; Zeggini, E. ; Howson, J.M.M. ; O'Donnell, C.J. ; Spector, T. ; Nalls, M.A. ; Simonsick, E.M. ; Liu, Y. ; van Duijn, C.M. ; Butterworth, A.S. ; Danesh, J.N. ; Menni, C. ; Wareham, N.J. ; Khaw, K.T. ; Sun, Y.V. ; Wilson, P.W.F. ; Cho, K. ; Visscher, P.M. ; Denny, J.C. ; Levy, D. ; Edwards, T.L. ; Munroe, P.B. ; Snieder, H. ; Warren, H.R.

Genome-wide analysis in over 1 million individuals of European ancestry yields improved polygenic risk scores for blood pressure traits.
Cell 187, 2343-2358 (2024)

Lotfollahi, M. ; Hao, Y. ; Theis, F.J. ; Satija, R.

The future of rapid and automated single-cell data analysis using reference mapping.
J. Cell Biol. 223:e202309027 (2024)

Chen, Y.-L. ; Jones, A. ; Crawford, A. ; Sattler, M. ; Ettinger, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Determinants of minor satellite RNA function in chromosome segregation in mouse embryonic stem cells.
Nat. Genet. 56, 1032-1033 (2024)

Shrine, N. ; Guyatt, A.L. ; Erzurumluoglu, A.M. ; Jackson, V.E. ; Hobbs, B.D. ; Melbourne, C.A. ; Batini, C. ; Fawcett, K.A. ; Song, K. ; Sakornsakolpat, P. ; Li, X. ; Boxall, R. ; Reeve, N.F. ; Obeidat, M. ; Zhao, J.H. ; Wielscher, M. ; Weiss, S. ; Kentistou, K.A. ; Cook, J.P. ; Sun, B.B. ; Zhou, J. ; Hui, J. ; Karrasch, S. ; Imboden, M. ; Harris, S.E. ; Marten, J. ; Enroth, S. ; Kerr, S.M. ; Surakka, I. ; Vitart, V. ; Lehtimäki, T. ; Allen, R.J. ; Bakke, P.S. ; Beaty, T.H. ; Bleecker, E.R. ; Bossé, Y. ; Brandsma, C.A. ; Chen, Z. ; Crapo, J.D. ; Danesh, J. ; DeMeo, D.L. ; Dudbridge, F. ; Ewert, R. ; Gieger, C. ; Gulsvik, A. ; Hansell, A.L. ; Hao, K. ; Hoffman, J.D. ; Hokanson, J.E. ; Homuth, G. ; Joshi, P.K. ; Joubert, P. ; Langenberg, C. ; Li, L. ; Lin, K. ; Lind, L. ; Locantore, N. ; Luan, J. ; Mahajan, A. ; Maranville, J.C. ; Murray, A. ; Nickle, D.C. ; Packer, R. ; Parker, M.M. ; Paynton, M.L. ; Porteous, D.J. ; Prokopenko, D. ; Qiao, D. ; Rawal, R. ; Runz, H. ; Sayers, I. ; Sin, D.D. ; Smith, B.H. ; Artigas, M.S. ; Sparrow, D. ; Tal-Singer, R. ; Timmers, P.R.H.J. ; van den Berge, M. ; Whittaker, J.C. ; Woodruff, P.G. ; Yerges-Armstrong, L.M. ; Troyanskaya, O.G. ; Raitakari, O.T. ; Kähönen, M. ; Polašek, O. ; Gyllensten, U. ; Rudan, I. ; Deary, I.J. ; Probst-Hensch, N.M. ; Schulz, H. ; James, A.L. ; Wilson, J.F. ; Stubbe, B. ; Zeggini, E. ; Jarvelin, M.R. ; Wareham, N. ; Silverman, E.K. ; Hayward, C. ; Morris, A.P. ; Butterworth, A.S. ; Scott, R.A. ; Walters, R.G. ; Meyers, D.A. ; Cho, M.H. ; Strachan, D.P. ; Hall, I.P. ; Tobin, M.D. ; Wain, L.V.

Author Correction: New genetic signals for lung function highlight pathways and chronic obstructive pulmonary disease associations across multiple ancestries.
Nature 628:E6 (2024)

Lukauskas, S. ; Tvardovskiy, A. ; Nguyen, N.V. ; Stadler, M. ; Faull, P. ; Ravnsborg, T. ; Özdemir Aygenli, B. ; Dornauer, S. ; Flynn, H. ; Lindeboom, R.G.H. ; Barth, T.K. ; Brockers, K. ; Hauck, S.M. ; Vermeulen, M. ; Snijders, A.P. ; Müller, C.L. ; DiMaggio, P.A. ; Jensen, O.N. ; Schneider, R. ; Bartke, T.

Publisher Correction: Decoding chromatin states by proteomic profiling of nucleosome readers.

Yamaguchi, K. ; Chen, X. ; Rodgers, B. ; Miura, F. ; Bashtrykov, P. ; Bonhomme, F. ; Salinas-Luypaert, C. ; Haxholli, D. ; Gutekunst, N. ; Özdemir Aygenli, B. ; Ferry, L. ; Kirsh, O. ; Laisné, M. ; Scelfo, A. ; Ugur, E. ; Arimondo, P.B. ; Leonhardt, H. ; Kanemaki, M.T. ; Bartke, T. ; Fachinetti, D. ; Jeltsch, A. ; Ito, T. ; Defossez, P.A.

Non-canonical functions of UHRF1 maintain DNA methylation homeostasis in cancer cells.
J. Hepatol. 81, 289-302 (2024)

Yin, K. ; Büttner, M. ; Deligiannis, I.K. ; Strzelecki, M. ; Zhang, L. ; Talavera Lopez, C.N. ; Theis, F.J. ; Odom, D.T. ; Martinez Jimenez, C.P.

Polyploidisation pleiotropically buffers ageing in hepatocytes.
Sci. Adv. 10:eadn9998 (2024)

Del-Valle-Anton, L. ; Amin, S.A. ; Cimino, D. ; Neuhaus, F. ; Dvoretskova, E. ; Fernandez, V. ; Babal, Y.K. ; Garcia-Frigola, C. ; Prieto-Colomina, A. ; Murcia-Ramón, R. ; Nomura, Y. ; Cárdenas, A. ; Feng, C. ; Moreno-Bravo, J.A. ; Götz, M. ; Mayer, C. ; Borrell, V.

Multiple parallel cell lineages in the developing mammalian cerebral cortex.

Koupourtidou, C. ; Schwarz, V. ; Aliee, H. ; Frerich, S. ; Fischer-Sternjak, J. ; Bocchi, R. ; Simon-Ebert, T. ; Bai, X. ; Sirko, S. ; Kirchhoff, F. ; Dichgans, M. ; Götz, M. ; Theis, F.J. ; Ninkovic, J.

Shared inflammatory glial cell signature after stab wound injury, revealed by spatial, temporal, and cell-type-specific profiling of the murine cerebral cortex.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02212-x (2024)

Marconato, L. ; Palla, G. ; Yamauchi, K.A. ; Virshup, I. ; Heidari, E. ; Treis, T. ; Vierdag, W.M. ; Toth, M. ; Stockhaus, S. ; Shrestha, R.B. ; Rombaut, B. ; Pollaris, L. ; Lehner, L. ; Vöhringer, H. ; Kats, I. ; Saeys, Y. ; Saka, S.K. ; Huber, W. ; Gerstung, M. ; Moore, J. ; Theis, F.J. ; Stegle, O.

SpatialData: An open and universal data framework for spatial omics.
Bioinformatics 40:btae137 (2024)

Hagenberg, J. ; Budde, M. ; Pandeva, T. ; Kondofersky, I. ; Schaupp, S.K. ; Theis, F.J. ; Schulze, T.G. ; Müller, N.S. ; Heilbronner, U. ; Batra, R. ; Knauer-Arloth, J.

longmixr: A tool for robust clustering of high-dimensional cross-sectional and longitudinal variables of mixed data types.
Nature 627, 671-679 (2024)

Lukauskas, S. ; Tvardovskiy, A. ; Nguyen, N.V. ; Stadler, M. ; Faull, P. ; Ravnsborg, T. ; Özdemir Aygenli, B. ; Dornauer, S. ; Flynn, H. ; Lindeboom, R.G.H. ; Barth, T.K. ; Brockers, K. ; Hauck, S.M. ; Vermeulen, M. ; Snijders, A.P. ; Müller, C.L. ; DiMaggio, P.A. ; Jensen, O.N. ; Schneider, R. ; Bartke, T.

Decoding chromatin states by proteomic profiling of nucleosome readers.
Cell Rep. Methods 4:100715 (2024)

Shetab Boushehri, S. ; Kornivetc, A. ; Winter, D. ; Kazeminia, S. ; Essig, K. ; Schmich, F. ; Marr, C.

PXPermute reveals staining importance in multichannel imaging flow cytometry.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02172-2 (2024)

Frenz-Wiessner, S. ; Fairley, S.D. ; Buser, M. ; Goek, I. ; Salewskij, K. ; Jonsson, G. ; Illig, D. ; Zu Putlitz, B. ; Petersheim, D. ; Li, Y. ; Chen, P.H. ; Kalauz, M. ; Conca, R. ; Sterr, M. ; Geuder, J. ; Mizoguchi, Y. ; Megens, R.T.A. ; Linder, M.I. ; Kotlarz, D. ; Rudelius, M. ; Penninger, J.M. ; Marr, C. ; Klein, C.

Generation of complex bone marrow organoids from human induced pluripotent stem cells.
Cell 187, 1785-1800.e16 (2024)

Unterauer, E.M. ; Shetab Boushehri, S. ; Jevdokimenko, K. ; Masullo, L.A. ; Ganji, M. ; Sograte-Idrissi, S. ; Kowalewski, R. ; Strauss, S. ; Reinhardt, S.C.M. ; Perovic, A. ; Marr, C. ; Opazo, F. ; Fornasiero, E.F. ; Jungmann, R.

Spatial proteomics in neurons at single-protein resolution.
FEBS Lett., DOI: 10.1002/1873-3468.14818 (2024)

Schweiger, M. ; Arredondo-Lasso, M.N. ; Friano, M.E. ; Gil Lozano, M. ; Herzig, S. ; Uhlenhaut, N.H.

Lipid sensing nuclear receptors involved in the pathogenesis of fatty liver disease.
Neuron 112, 1117-1132.e9 (2024)

Sonsalla, G. ; Malpartida, A.B. ; Riedemann, T. ; Gusic, M. ; Rusha, E. ; Bulli, G. ; Najas, S. ; Janjic, A. ; Hersbach, B.A. ; Smialowski, P. ; Drukker, M. ; Enard, W. ; Prehn, J.H.M. ; Prokisch, H. ; Götz, M. ; Masserdotti, G.

Direct neuronal reprogramming of NDUFS4 patient cells identifies the unfolded protein response as a novel general reprogramming hurdle.
EBioMedicine 101:105007 (2024)

Harrer, P. ; Inderhees, J. ; Zhao, C. ; Schormair, B. ; Tilch, E. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Jöhren, O. ; Fleming, T. ; Nawroth, P.P. ; Berger, K. ; Hermesdorf, M. ; Winkelmann, J. ; Schwaninger, M. ; Oexle, K.

Phenotypic and genome-wide studies on dicarbonyls: Major associations to glomerular filtration rate and gamma-glutamyltransferase activity.
Nature 628, 130-138 (2024)

Karjalainen, M.K. ; Karthikeyan, S. ; Oliver-Williams, C. ; Sliz, E. ; Allara, E. ; Fung, W.T. ; Surendran, P. ; Zhang, W. ; Jousilahti, P. ; Kristiansson, K. ; Salomaa, V. ; Goodwin, M. ; Hughes, D.A. ; Boehnke, M. ; Fernandes Silva, L. ; Yin, X. ; Mahajan, A. ; Neville, M.J. ; van Zuydam, N.R. ; de Mutsert, R. ; Li-Gao, R. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Demirkan, A. ; Liu, J. ; Noordam, R. ; Trompet, S. ; Chen, Z. ; Kartsonaki, C. ; Li, L. ; Lin, K. ; Hagenbeek, F.A. ; Hottenga, J.J. ; Pool, R. ; Ikram, M.A. ; van Meurs, J. ; Haller, T. ; Milaneschi, Y. ; Kähönen, M. ; Mishra, P.P. ; Joshi, P.K. ; Macdonald-Dunlop, E. ; Mangino, M. ; Zierer, J. ; Acar, I.E. ; Hoyng, C.B. ; Lechanteur, Y.T.E. ; Franke, L. ; Kurilshikov, A. ; Zhernakova, A. ; Beekman, M. ; van den Akker, E.B. ; Kolcic, I. ; Polasek, O. ; Rudan, I. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Asselbergs, F.W. ; Hayward, C. ; Fu, J. ; den Hollander, A.I. ; Menni, C. ; Spector, T.D. ; Wilson, J.F. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Penninx, B.W.J.H. ; Esko, T. ; Walters, R.G. ; Jukema, J.W. ; Sattar, N. ; Ghanbari, M. ; Willems van Dijk, K. ; Karpe, F. ; McCarthy, M.I. ; Laakso, M. ; Järvelin, M.R. ; Timpson, N.J. ; Perola, M. ; Kooner, J.S. ; Chambers, J.C. ; van Duijn, C.M. ; Slagboom, P.E. ; Boomsma, D.I. ; Danesh, J. ; Ala-Korpela, M. ; Butterworth, A.S. ; Kettunen, J.

Genome-wide characterization of circulating metabolic biomarkers.

Pott, J. ; Kheirkhah, A. ; Gådin, J.R. ; Kleber, M.E. ; Delgado, G.E. ; Kirsten, H. ; Forer, L. ; Hauck, S.M. ; Burkhardt, R. ; Scharnagl, H. ; Loeffler, M. ; März, W. ; Thiery, J. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Silveira, A. ; Hooft, F.V. ; Kronenberg, F. ; Scholz, M.

Sex and statin-related genetic associations at the PCSK9 gene locus: Results of genome-wide association meta-analysis.

Lange de Luna, J. ; Nounu, A. ; Neumeyer; S. ; Sinke, L. ; Wilson, R. ; Hellbach, F. ; Matias-Garcia, P.R. ; Delerue, T. ; Winkelmann, J. ; Peters, A. ; Thorand, B. ; Beekman, M. ; Heijmans, B.T. ; Slagboom, E. ; Gieger, C. ; Linseisen, J. ; Waldenberger, M.

Epigenome-wide association study of dietary fatty acid intake.
Liver Int. 44, 838-847 (2024)

Schaefer, B. ; Pammer, L.M. ; Pfeifer, B. ; Neururer, S. ; Troppmair, M.R. ; Panzer, M. ; Wagner, S. ; Pertler, E. ; Gieger, C. ; Kronenberg, F. ; Lamina, C. ; Tilg, H. ; Zoller, H.

Penetrance, cancer incidence and survival in HFE haemochromatosis-A population-based cohort study.
Thorax 79, 524-537 (2024)

Stoleriu, M.-G. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Schamberger, A.C. ; Heydarian, M. ; Ding, Y. ; Voss, C. ; Schneider, J.J. ; Gerckens, M. ; Burgstaller, G. ; Castelblanco, A. ; Kauke, T. ; Fertmann, J. ; Schneider, C. ; Behr, J. ; Lindner, M. ; Stacher-Priehse, E. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Schubert, B. ; Hauck, S.M. ; Schmid, O. ; Hatz, R.A. ; Stöger, T. ; Schiller, H. B. ; Hilgendorff, A.

COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors.

Sterenborg, R.B.T.M. ; Steinbrenner, I. ; Li, Y. ; Bujnis, M.N. ; Naito, T. ; Marouli, E. ; Galesloot, T.E. ; Babajide, O. ; Andreasen, L. ; Astrup, A. ; Asvold, B.O. ; Bandinelli, S. ; Beekman, M. ; Beilby, J.P. ; Bork-Jensen, J. ; Boutin, T. ; Brody, J.A. ; Brown, S.J. ; Brumpton, B. ; Campbell, P.J. ; Cappola, A.R. ; Ceresini, G. ; Chaker, L. ; Chasman, D.I. ; Concas, M.P. ; Coutinho de Almeida, R. ; Cross, S.M. ; Cucca, F. ; Deary, I.J. ; Kjaergaard, A.D. ; Echouffo Tcheugui, J.B. ; Ellervik, C. ; Eriksson, J.G. ; Ferrucci, L. ; Freudenberg, J.M. ; Fuchsberger, C. ; Gieger, C. ; Giulianini, F. ; Gögele, M. ; Graham, S.E. ; Grarup, N. ; Gunjača, I. ; Hansen, T. ; Harding, B.N. ; Harris, S.E. ; Haunsø, S. ; Hayward, C. ; Hui, J. ; Ittermann, T. ; Jukema, J.W. ; Kajantie, E. ; Kanters, J.K. ; Kårhus, L.L. ; Kiemeney, L.A.L.M. ; Kloppenburg, M. ; Kühnel, B. ; Lahti, J. ; Langenberg, C. ; Lapauw, B. ; Leese, G. ; Li, S. ; Liewald, D.C.M. ; Linneberg, A. ; Lominchar, J.V.T. ; Luan, J. ; Martin, N.G. ; Matana, A. ; Meima, M.E. ; Meitinger, T. ; Meulenbelt, I. ; Mitchell, B.D. ; Møllehave, L.T. ; Mora, S. ; Naitza, S. ; Nauck, M. ; Netea-Maier, R.T. ; Noordam, R. ; Nursyifa, C. ; Okada, Y. ; Onano, S. ; Papadopoulou, A.A. ; Palmer, C.N.A. ; Pattaro, C. ; Pedersen, O. ; Peters, A. ; Pietzner, M. ; Polašek, O. ; Pramstaller, P.P. ; Psaty, B.M. ; Punda, A. ; Ray, D. ; Redmond, P. ; Richards, J.B. ; Ridker, P.M. ; Russ, T.C. ; Ryan, K.A. ; Olesen, M.S. ; Schultheiss, U.T. ; Selvin, E. ; Siddiqui, M.K. ; Sidore, C. ; Slagboom, P.E. ; Sørensen, T.I.A. ; Soto-Pedre, E. ; Spector, T.D. ; Spedicati, B. ; Srinivasan, S. ; Starr, J.M. ; Stott, D.J. ; Tanaka, T. ; Torlak, V. ; Trompet, S. ; Tuhkanen, J. ; Uitterlinden, A.G. ; van den Akker, E.B. ; van den Eynde, T. ; van der Klauw, M.M. ; van Heemst, D. ; Verroken, C. ; Visser, W.E. ; Vojinovic, D. ; Völzke, H. ; Waldenberger, M. ; Walsh, J.P. ; Wareham, N.J. ; Weiss, S. ; Willer, C.J. ; Wilson, S.G. ; Wolffenbuttel, B.H.R. ; Wouters, H.J.C.M. ; Wright, M.J. ; Yang, Q. ; Zemunik, T. ; Zhou, W. ; Zhu, G. ; Zöllner, S. ; Smit, J.W.A. ; Peeters, R.P. ; Köttgen, A. ; Teumer, A. ; Medici, M.

Multi-trait analysis characterizes the genetics of thyroid function and identifies causal associations with clinical implications.

Pfaller, A.M. ; Kaplan, L. ; Moreira Carido Pereira, M. ; Grassmann, F. ; Díaz-Lezama, N. ; Ghaseminejad, F. ; Wunderlich, K.A. ; Glänzer, S. ; Bludau, O. ; Pannicke, T. ; Weber, B.H.F. ; Koch, S.F. ; Bonev, B. ; Hauck, S.M. ; Grosche, A.

The glucocorticoid receptor as a master regulator of the Müller cell response to diabetic conditions in mice.

Upadhyay, S. ; Rahman, M. ; Rinaldi, S. ; Koelmel, J.P. ; Lin, E.Z. ; Mahesh, P.A. ; Beckers, J. ; Johanson, G. ; Pollitt, K.J.G. ; Palmberg, L. ; Irmler, M. ; Ganguly, K.

Assessment of wood smoke induced pulmonary toxicity in normal- and chronic bronchitis-like bronchial and alveolar lung mucosa models at air-liquid interface.

Mayr, C. ; Sengupta, A. ; Asgharpour, S. ; Ansari, M. ; Pestoni, J. ; Ogar, P. ; Angelidis, I. ; Liontos, A. ; Rodriguez-Castillo, J.A. ; Lang, N.J. ; Strunz, M. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Gerckens, M. ; De Sadeleer, L.J. ; Oehrle, B. ; Viteri-Alvarez, V. ; Fernandez, I.E. ; Tallquist, M. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Stoleriu, M.G. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Wuyts, W.A. ; Wasnick, R. ; Yildirim, A.Ö. ; Ahlbrecht, K. ; Morty, R.E. ; Samakovlis, C. ; Theis, F.J. ; Burgstaller, G. ; Schiller, H. B.

Sfrp1 inhibits lung fibroblast invasion during transition to injury induced myofibroblasts.

Popper, B. ; Bürkle, M. ; Ciccopiedi, G. ; Marchioretto, M. ; Forné, I. ; Imhof, A. ; Straub, T. ; Viero, G. ; Götz, M. ; Schieweck, R.

Ribosome inactivation regulates translation elongation in neurons.
Cell 187, 149-165.e23 (2024)

Kirschenbaum, D. ; Xie, K. ; Ingelfinger, F. ; Katzenelenbogen, Y. ; Abadie, K. ; Look, T. ; Sheban, F. ; Phan, T.S. ; Li, B. ; Zwicky, P. ; Yofe, I. ; David, E. ; Mazuz, K. ; Hou, J. ; Chen, Y. ; Shaim, H. ; Shanley, M. ; Becker, S. ; Qian, J. ; Colonna, M. ; Ginhoux, F. ; Rezvani, K. ; Theis, F.J. ; Yosef, N. ; Weiss, T. ; Weiner, A. ; Amit, I.

Time-resolved single-cell transcriptomics defines immune trajectories in glioblastoma.
Physiol. Rep. 12:e15901 (2024)

Sabikunnahar, B. ; Caldwell, S. ; Varnum, S. ; Hogan, T. ; Lahue, K.G. ; Rathkolb, B. ; Gerlini, R. ; Dragano, N.R.V. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Irmler, M. ; Sanz-Moreno, A. ; da Silva Buttkus, P. ; Beckers, J. ; Wolf, E. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Hrabě de Angelis, M. ; Ather, J.L. ; Poynter, M.E. ; Krementsov, D.N. ; German Mouse Clinic Consortium (Hölter, S.M. ; Wurst, W.)

LncRNA U90926 is dispensable for the development of obesity-associated phenotypes in vivo.
Nat. Methods 21, 28–31 (2024)

Martens, L.D. ; Fischer, D.S. ; Yépez, V.A. ; Theis, F.J. ; Gagneur, J.

Modeling fragment counts improves single-cell ATAC-seq analysis.
Mod. Pathol. 37:100350 (2024)

Wagner, S. ; Matek, C. ; Shetab Boushehri, S. ; Boxberg, M. ; Lamm, L. ; Sadafi, A. ; Winter, D. ; Marr, C. ; Peng, T.

Built to last? Reproducibility and reusability of deep learning algorithms in computational pathology.
In: (Domain Adaptation and Representation Transfer). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2024. 136-146 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 14293 LNCS)

Sadafi, A. ; Salehi, R. ; Gruber, A. ; Shetab Boushehri, S. ; Giehr, P. ; Navab, N. ; Marr, C.

A continual learning approach for cross-domain white blood cell classification.
Nat. Methods 21, 50-59 (2024)

Gayoso, A. ; Weiler, P. ; Lotfollahi, M. ; Klein, D. ; Hong, J. ; Streets, A. ; Theis, F.J. ; Yosef, N.

Deep generative modeling of transcriptional dynamics for RNA velocity analysis in single cells.