Publications
Klein, D. ; Uscidda, T. ; Theis, F.J. ; Cuturi, M.C.
GENOT: Entropic (Gromov) Wasserstein flow matching with applications to single-cell genomics.Klein, D. ; Uscidda, T. ; Theis, F.J. ; Cuturi, M.C.
Generative Entropic Neural Optimal Transport To Map Within and Across Space.Szałata, A. ; Benz, A. ; Cannoodt, R. ; Cortes, M. ; Fong, J. ; Kuppasani, S. ; Lieberman, R. ; Liu, T. ; Mas-Rosario, J.A. ; Meinl, R. ; Nourisa, J. ; Tumiel, R. ; Tunjic, T.M. ; Wang, M. ; Weber, N. ; Zhao, H. ; Anchang, B. ; Theis, F.J. ; Luecken, M. ; Burkhardt, D.B.
A benchmark for prediction of transcriptomic responses to chemical perturbations across cell types.Ayadi, S. ; Hetzel, L. ; Sommer, J. ; Theis, F.J. ; Günnemann, S.
Unified guidance for geometry-conditioned molecular generation.Hingerl, J. ; Martens, Laura D. ; Karollus, A. ; Manz, T. ; Buenrostro, J ; Theis, F.J. ; Gagneur, J.
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution - Supplementary dataEyring, L. ; Klein, D. ; Uscidda, T. ; Palla, G. ; Kilbertus, N. ; Akata, Z. ; Theis, F.J.
Unbalancedness in Neural Monge Maps Improves Unpaired Domain Translation.Virshup, I. ; Rybakov, S. ; Theis, F.J. ; Angerer, P. ; Wolf, A.
anndata: Access and store annotated data matrices.Samakovlis, C. ; Firsova, A.B. ; Salas, S.M. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Sountoulidis, A. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Galicia, L.A. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K. ; Timens, W. ; Schiller, H. B. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C.
Topographic atlas of cell states identifies regional gene expression in the adult human lung.Schmidt, S. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Weisenhorn, D.M. ; Wurst, W.
Molecular mechanisms underlying the onset of metabolic deficits in sporadic Parkinson’s disease.Hajiramezanali, E. ; Bunne, C. ; Hasanzadeh, A. ; Biancalani, T. ; Nguyen, E. ; Jin, Y. ; Brbic, M. ; Regev, A. ; Theis, F.J.
Machine learning for genomics explorations.Hains, A.E. ; Chetal, K. ; Nakatani, T. ; Marques, J.G. ; Ettinger, A. ; Junior, C.A.O.B. ; Gonzalez-Sandoval, A. ; Pillai, R. ; Filbin, M.G. ; Torres-Padilla, M.E. ; Sadreyev, R.I. ; Van Rechem, C.
Multi-omics approaches reveal that diffuse midline gliomas present altered DNA replication and are susceptible to replication stress therapy.IGVF Affiliate Member Projects (Heinig, M.)
Deciphering the impact of genomic variation on function.Napoli, M. ; Immler, R. ; Rohwedder, I. ; Lupperger, V. ; Pfabe, J. ; Gonzalez Pisfil, M. ; Yevtushenko, A. ; Vogl, T. ; Roth, J. ; Salvermoser, M. ; Dietzel, S. ; Slak Rupnik, M. ; Marr, C. ; Walzog, B. ; Sperandio, M. ; Pruenster, M.
Cytosolic S100A8/A9 promotes Ca2+ supply at LFA-1 adhesion clusters during neutrophil recruitment.Bonev, B. ; Castelo-Branco, G. ; Chen, F. ; Codeluppi, S. ; Corces, M.R. ; Fan, J. ; Heiman, M. ; Harris, K. ; Inoue, F. ; Kellis, M. ; Levine, A.P. ; Lotfollahi, M. ; Luo, C. ; Maynard, K.R. ; Nitzan, M. ; Ramani, V. ; Satijia, R. ; Schirmer, L. ; Shen, Y. ; Sun, N. ; Green, G.S. ; Theis, F. ; Wang, X. ; Welch, J.D. ; Gokce, O. ; Konopka, G. ; Liddelow, S.A. ; Macosko, E. ; Ali Bayraktar, O. ; Habib, N. ; Nowakowski, T.J.
Author Correction: Opportunities and challenges of single-cell and spatially resolved genomics methods for neuroscience discovery.Nguyen, B.H.P. ; Garger, D. ; Lu, D. ; Maalmi, H. ; Prokisch, H. ; Thorand, B. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Suhre, K. ; Bönhof, G.J. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Grallert, H. ; Ziegler, D. ; Herder, C. ; Menden, M.P.
Interpretable multimodal machine learning (IMML) framework reveals pathological signatures of distal sensorimotor polyneuropathy.Luzak, V. ; Osses, E. ; Danese, A. ; Odendaal, C. ; Cosentino, R.O. ; Stricker, S.H. ; Haanstra, J.R. ; Erhard, F. ; Siegel, T.N.
SLAM-seq reveals independent contributions of RNA processing and stability to gene expression in African trypanosomes.Bunne, C. ; Roohani, Y. ; Rosen, Y. ; Gupta, A. ; Zhang, X. ; Roed, M. ; Alexandrov, T. ; AlQuraishi, M. ; Brennan, P. ; Burkhardt, D.B. ; Califano, A. ; Cool, J. ; Dernburg, A.F. ; Ewing, K. ; Fox, E.B. ; Haury, M. ; Herr, A.E. ; Horvitz, E. ; Hsu, P.D. ; Jain, V. ; Johnson, G.R. ; Kalil, T. ; Kelley, D.R. ; Kelley, S.O. ; Kreshuk, A. ; Mitchison, T. ; Otte, S. ; Shendure, J. ; Sofroniew, N.J. ; Theis, F.J. ; Theodoris, C.V. ; Upadhyayula, S. ; Valer, M. ; Wang, B. ; Xing, E. ; Yeung-Levy, S. ; Zitnik, M. ; Karaletsos, T. ; Regev, A. ; Lundberg, E. ; Leskovec, J. ; Quake, S.R.
How to build the virtual cell with artificial intelligence: Priorities and opportunities.Hrovatin, K. ; Sikkema, L. ; Shitov, V.A. ; Heimberg, G. ; Shulman, M. ; Oliver, A.J. ; Müller, M. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Wang, H. ; Ramirez Suastegui, C. ; He, P. ; Schaar, A. ; Teichmann, S.A. ; Theis, F.J. ; Luecken, M.
Considerations for building and using integrated single-cell atlases.He, Z. ; Dony, L. ; Fleck, J.S. ; Szałata, A. ; Li, K. ; Slišković, I. ; Lin, H.C. ; Santel, M. ; Atamian, A. ; Quadrato, G. ; Sun, J. ; Pașca, S.P. ; Camp, J.G. ; Theis, F.J. ; Treutlein, B.
Publisher Correction: An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids.Papargyriou, A. ; Najajreh, M. ; Cook, D.P. ; Maurer, C.H. ; Bärthel, S. ; Messal, H.A. ; Ravichandran, S.K. ; Richter, T. ; Knolle, M. ; Metzler, T. ; Shastri, A.R. ; Öllinger, R. ; Jasper, J. ; Schmidleitner, L. ; Wang, S. ; Schneeweis, C. ; Ishikawa-Ankerhold, H. ; Engleitner, T. ; Mataite, L. ; Semina, M. ; Trabulssi, H. ; Lange, S. ; Ravichandra, A. ; Schuster, M. ; Mueller, S. ; Peschke, K. ; Schäfer, A. ; Dobiasch, S. ; Combs, S.E. ; Schmid, R.M. ; Bausch, A.R. ; Braren, R. ; Heid, I. ; Scheel, C. ; Schneider, G. ; Zeigerer, A. ; Luecken, M. ; Steiger, K. ; Kaissis, G. ; van Rheenen, J. ; Theis, F.J. ; Saur, D. ; Rad, R. ; Reichert, M.
Heterogeneity-driven phenotypic plasticity and treatment response in branched-organoid models of pancreatic ductal adenocarcinoma.McClean, M. ; Panciu, T.C. ; Lange, C. ; Duarte, R.G. ; Theis, F.J.
Artificial intelligence in tuberculosis: A new ally in disease control.Caporale, N. ; Castaldi, D. ; Rigoli, M.T. ; Cheroni, C. ; Valenti, A. ; Stucchi, S. ; Lessi, M. ; Bulgheresi, D. ; Trattaro, S. ; Pezzali, M. ; Vitriolo, A. ; Lopez-Tobon, A. ; Bonfanti, M. ; Ricca, D. ; Schmid, K. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Villa, C.E. ; Testa, G.
Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution.Turnham, R.E. ; Pitea, A. ; Jang, G.M. ; Xu, Z. ; Lim, H.C. ; Choi, A.L. ; Von Dollen, J. ; Levin, R.S. ; Webber, J.T. ; McCarthy, E. ; Hu, J. ; Li, X. ; Che, L. ; Singh, A. ; Yoon, A.J. ; Chan, G. ; Kelley, R.K. ; Swaney, D.L. ; Zhang, W. ; Bandyopadhyay, S. ; Theis, F.J. ; Eckhardt, M. ; Chen, X. ; Shokat, K.M. ; Ideker, T. ; Krogan, N.J. ; Gordan, J.D.
HBV remodels PP2A complexes to rewire kinase signaling in hepatocellular carcinoma.Ursch, L.T. ; Müschen, J.S. ; Ritter, J. ; Klermund, J. ; Bernard, B.E. ; Kolb, S. ; Warmuth, L. ; Andrieux, G. ; Miller, G. ; Jiménez-Muñoz, M. ; Theis, F.J. ; Boerries, M. ; Busch, D.H. ; Cathomen, T. ; Schumann, K.
Modulation of TCR stimulation and pifithrin-α improves the genomic safety profile of CRISPR-engineered human T cells.Deutges, M. ; Sadafi, A. ; Navab, N. ; Marr, C.
Neural cellular automata for lightweight, robust and explainable classification of white blood cell images.Bonev, B. ; Gonçalo, C.B. ; Chen, F. ; Codeluppi, S. ; Corces, M.R. ; Fan, J. ; Heiman, M. ; Harris, K. ; Inoue, F. ; Kellis, M. ; Levine, A.P. ; Lotfollahi, M. ; Luo, C. ; Maynard, K.R. ; Nitzan, M. ; Ramani, V. ; Satijia, R. ; Schirmer, L. ; Shen, Y. ; Sun, N. ; Green, G.S. ; Theis, F. ; Wang, X. ; Welch, J.D. ; Gokce, O. ; Konopka, G. ; Liddelow, S.A. ; Macosko, E. ; Bayraktar, O. ; Habib, N. ; Nowakowski, T.J.
Opportunities and challenges of single-cell and spatially resolved genomics methods for neuroscience discovery.Natarajan, P. ; Koupourtidou, C. ; de Resseguier, T. ; Thorwirth, M. ; Bocchi, R. ; Fischer-Sternjak, J. ; Gleiss, S. ; Rodrigues, D. ; Myoga, M.H. ; Ninkovic, J. ; Masserdotti, G. ; Götz, M.
Single cell deletion of the transcription factors Trps1 and Sox9 in astrocytes reveals novel functions in the adult cerebral cortex.Kuemmerle, L. ; Luecken, M. ; Firsova, A.B. ; Barros De Andrade E Sousa, L. ; Straßer, L. ; Mekki, I.I ; Campi, F. ; Heumos, L. ; Shulman, M. ; Beliaeva, V. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Schaar, A. ; Mahbubani, K.T. ; Sountoulidis, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Piraud, M. ; Ertürk, A. ; Samakovlis, C. ; Theis, F.J.
Probe set selection for targeted spatial transcriptomics.Suzuki, K. ; Hatzikotoulas, K. ; Southam, L. ; Taylor, H.J. ; Yin, X. ; Lorenz, K.M. ; Mandla, R. ; Huerta-Chagoya, A. ; Melloni, G.E.M. ; Kanoni, S. ; Rayner, N.W. ; Bocher, O. ; Arruda, A.L. ; Sonehara, K. ; Namba, S. ; Lee, S.S.K. ; Preuss, M.H. ; Petty, L.E. ; Schroeder, P. ; Vanderwerff, B.R. ; Kals, M. ; Bragg, F. ; Lin, K. ; Guo, X. ; Zhang, W. ; Yao, J. ; Kim, Y.J. ; Graff, M. ; Takeuchi, F. ; Nano, J. ; Lamri, A. ; Nakatochi, M. ; Moon, S. ; Scott, R.A. ; Cook, J.P. ; Lee, J.J. ; Pan, I. ; Taliun, D. ; Parra, E.J. ; Chai, J.F. ; Bielak, L.F. ; Tabara, Y. ; Hai, Y. ; Thorleifsson, G. ; Grarup, N. ; Sofer, T. ; Wuttke, M. ; Sarnowski, C. ; Gieger, C. ; Nousome, D. ; Trompet, S. ; Kwak, S.H. ; Long, J. ; Sun, M. ; Tong, L. ; Chen, W.M. ; Nongmaithem, S.S. ; Noordam, R. ; Lim, V.J.Y. ; Tam, C.H.T. ; Joo, Y.Y. ; Chen, C.H. ; Raffield, L.M. ; Prins, B.P. ; Nicolas, A. ; Yanek, L.R. ; Chen, G. ; Brody, J.A. ; Kabagambe, E.K. ; An, P. ; Xiang, A.H. ; Choi, H.S. ; Cade, B.E. ; Tan, J. ; Broadaway, K.A. ; Williamson, A. ; Kamali, Z. ; Cui, J. ; Thangam, M. ; Adair, L.S. ; Adeyemo, A. ; Aguilar-Salinas, C.A. ; Ahluwalia, T.S. ; Anand, S.S. ; Bertoni, A.G. ; Bork-Jensen, J. ; Brandslund, I. ; Buchanan, T.A. ; Burant, C.F. ; Butterworth, A.S. ; Canouil, M. ; Chan, J.C.N. ; Chang, L.C. ; Chee, M.L. ; Chen, J. ; Chen, S.H. ; Chen, Y.T. ; Chen, Z. ; Chuang, L.M. ; Cushman, M. ; Danesh, J. ; Das, S.K. ; de Silva, H.J. ; Dedoussis, G. ; Dimitrov, L. ; Doumatey, A.P. ; Du, S. ; Duan, Q. ; Eckardt, K.U. ; Emery, L.S. ; Evans, D.S. ; Evans, M.K. ; Fischer, K. ; Floyd, J.S. ; Ford, I. ; Franco, O.H. ; Frayling, T.M. ; Freedman, B.I. ; Genter, P. ; Gerstein, H.C. ; Giedraitis, V. ; González-Villalpando, C. ; Gonzalez-Villalpando, M.E. ; Gordon-Larsen, P. ; Gross, M. ; Guare, L.A. ; Hackinger, S. ; Hakaste, L. ; Han, S. ; Hattersley, A.T. ; Herder, C. ; Horikoshi, M. ; Howard, A.G. ; Hsueh, W.A. ; Huang, M. ; Huang, W. ; Hung, Y.J. ; Hwang, M.Y. ; Hwu, C.M. ; Ichihara, S. ; Ikram, M.A. ; Ingelsson, M. ; Islam, M.T. ; Isono, M. ; Jang, H.M. ; Jasmine, F. ; Jiang, G. ; Jonas, J.B. ; Jørgensen, T. ; Kamanu, F.K. ; Kandeel, F.R. ; Kasturiratne, A. ; Katsuya, T. ; Kaur, V. ; Kawaguchi, T. ; Keaton, J.M. ; Kho, A.N. ; Khor, C.C. ; Kibriya, M.G. ; Kim, D.H. ; Kronenberg, F. ; Kuusisto, J. ; Läll, K. ; Lange, L.A. ; Lee, K.M. ; Lee, M.S. ; Lee, N.R. ; Leong, A. ; Li, L. ; Li, Y. ; Li-Gao, R. ; Ligthart, S. ; Lindgren, C.M. ; Linneberg, A. ; Liu, C.T. ; Liu, J. ; Locke, A.E. ; Louie, T. ; Luan, J. ; Luk, A.O.Y. ; Luo, X. ; Lv, J. ; Lynch, J.A. ; Lyssenko, V. ; Maeda, S. ; Mamakou, V. ; Mansuri, S.R. ; Matsuda, K. ; Meitinger, T. ; Melander, O. ; Metspalu, A. ; Mo, H. ; Morris, A.D. ; Moura, F.A. ; Nadler, J.L. ; Nalls, M.A. ; Nayak, U. ; Ntalla, I. ; Okada, Y. ; Orozco, L. ; Patel, S.R. ; Patil, S. ; Pei, P. ; Pereira, M.A. ; Peters, A. ; Pirie, F.J. ; Polikowsky, H.G. ; Porneala, B.C. ; Prasad, G. ; Rasmussen-Torvik, L.J. ; Reiner, A.P. ; Roden, M. ; Rohde, R. ; Roll, K. ; Sabanayagam, C. ; Sandow, K. ; Sankareswaran, A. ; Sattar, N. ; Schönherr, S. ; Shahriar, M. ; Shen, B. ; Shi, J. ; Shin, D.M. ; Shojima, N. ; Smith, J.A. ; So, W.Y. ; Stancáková, A. ; Steinthorsdottir, V. ; Stilp, A.M. ; Strauch, K. ; Taylor, K.D. ; Thorand, B. ; Thorsteinsdottir, U. ; Tomlinson, B. ; Tran, T.C. ; Tsai, F.J. ; Tuomilehto, J. ; Tusié-Luna, T. ; Udler, M.S. ; Valladares-Salgado, A. ; van Dam, R.M. ; van Klinken, J.B. ; Varma, R. ; Wacher-Rodarte, N. ; Wheeler, E. ; Wickremasinghe, A.R. ; van Dijk, K.W. ; Witte, D.R. ; Yajnik, C.S. ; Yamamoto, K. ; Yoon, K. ; Yu, C. ; Yuan, J.M. ; Yusuf, S. ; Zawistowski, M. ; Zhang, L. ; Zheng, W. ; Raffel, L.J. ; Igase, M. ; Ipp, E. ; Redline, S. ; Cho, Y.S. ; Lind, L. ; Province, M.A. ; Fornage, M. ; Hanis, C.L. ; Ingelsson, E. ; Zonderman, A.B. ; Psaty, B.M. ; Wang, Y.X. ; Rotimi, C.N. ; Becker, D.M. ; Matsuda, F. ; Liu, Y. ; Yokota, M. ; Kardia, S.L.R. ; Peyser, P.A. ; Pankow, J.S. ; Engert, J.C. ; Bonnefond, A. ; Froguel, P. ; Wilson, J.G. ; Sheu, W.H.H. ; Wu, J.Y. ; Hayes, M.G. ; Ma, R.C.W. ; Wong, T.Y. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Tuomi, T. ; Chandak, G.R. ; Collins, F.S. ; Bharadwaj, D. ; Paré, G. ; Sale, M.M. ; Ahsan, H. ; Motala, A.A. ; Shu, X.O. ; Park, K.S. ; Jukema, J.W. ; Cruz, M. ; Chen, Y.I. ; Rich, S.S. ; McKean-Cowdin, R. ; Grallert, H. ; Cheng, C.Y. ; Ghanbari, M. ; Tai, E.S. ; Dupuis, J. ; Kato, N. ; Laakso, M. ; Köttgen, A. ; Koh, W.P. ; Bowden, D.W. ; Palmer, C.N.A. ; Kooner, J.S. ; Kooperberg, C. ; Liu, S. ; North, K.E. ; Saleheen, D. ; Hansen, T. ; Pedersen, O. ; Wareham, N.J. ; Lee, J. ; Kim, B.J. ; Millwood, I.Y. ; Walters, R.G. ; Stefansson, K. ; Ahlqvist, E. ; Goodarzi, M.O. ; Mohlke, K.L. ; Langenberg, C. ; Haiman, C.A. ; Loos, R.J.F. ; Florez, J.C. ; Rader, D.J. ; Ritchie, M.D. ; Zöllner, S. ; Mägi, R. ; Marston, N.A. ; Ruff, C.T. ; van Heel, D.A. ; Finer, S. ; Denny, J.C. ; Yamauchi, T. ; Kadowaki, T. ; Chambers, J.C. ; Ng, M.C.Y. ; Sim, X. ; Below, J.E. ; Tsao, P.S. ; Chang, K.M. ; McCarthy, M.I. ; Meigs, J.B. ; Mahajan, A. ; Spracklen, C.N. ; Mercader, J.M. ; Boehnke, M. ; Rotter, J.I. ; Vujkovic, M.R. ; Voight, B.F. ; Morris, A.P. ; Zeggini, E.
Genetic drivers of heterogeneity in type 2 diabetes pathophysiology.Porse, B.T. ; Furtwangler, B. ; Uresin, N. ; Richter, S. ; Schuster, M.B. ; Theis, F.J. ; Schoof, E.M.
A single-cell proteomics by mass spectrometry based map of the human CD34+hematopoie tic stem and progenitor cell compartment.Wiegrebe, S. ; Gorski, M. ; Herold, J.M. ; Stark, K.J. ; Thorand, B. ; Gieger, C. ; Böger, C.A. ; Schödel, J. ; Härtig, F. ; Chen, H. ; Winkler, T.W. ; Küchenhoff, H. ; Heid, I.M.
Analyzing longitudinal trait trajectories using GWAS identifies genetic variants for kidney function decline.He, Z. ; Dony, L. ; Fleck, J.S. ; Szałata, A. ; Li, K. ; Slišković, I. ; Lin, H.C. ; Santel, M. ; Atamian, A. ; Quadrato, G. ; Sun, J. ; Pașca, S.P. ; Camp, J.G. ; Theis, F.J. ; Treutlein, B.
An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids.Schulz, M. ; Bleser, S. ; Groels, M. ; Bošnački, D. ; Burger, J.A. ; Chiorazzi, N. ; Marr, C.
Mathematical multi-compartment modeling of chronic lymphocytic leukemia cell kinetics under ibrutinib.Koch, V. ; Wagner, S. ; Kazeminia, S. ; Sancar, E. ; Hehr, M. ; Schnabel, J.A. ; Peng, T. ; Marr, C.
DinoBloom: A foundation model for generalizable cell embeddings in hematology.Losert, C. ; Pekayvaz, K. ; Knottenberg, V. ; Nicolai, L. ; Stark, K. ; Heinig, M.
Application of unsupervised multi-omic factor analysis to uncover patterns of variation and molecular processes linked to cardiovascular disease.Träuble, K. ; Heinig, M.
A cross-species foundation model for single cells.Lange, M. ; Piran, Z. ; Klein, M. ; Spanjaard, B. ; Klein, D. ; Junker, J.P. ; Theis, F.J. ; Nitzan, M.
Mapping lineage-traced cells across time points with moslin.Bui, H. ; Keshawarz, A. ; Wang, M. ; Lee, M. ; Ratliff, S.M. ; Lin, L. ; Birditt, K.S. ; Faul, J.D. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Delerue, T. ; Kardia, S.L.R. ; Zhao, W. ; Guo, X. ; Yao, J. ; Rotter, J.I. ; Li, Y. ; Liu, X. ; Liu, D. ; Tavares, J.F. ; Pehlivan, G. ; Breteler, M.M.B. ; Karabegović, I. ; Ochoa-Rosales, C. ; Voortman, T. ; Ghanbari, M. ; van Meurs, J.B.J. ; Nasr, M.K. ; Dörr, M. ; Grabe, H.J. ; London, S.J. ; Teumer, A. ; Waldenberger, M. ; Weir, D.R. ; Smith, J.A. ; Levy, D. ; Ma, J. ; Liu, C.
Association analysis between an epigenetic alcohol risk score and blood pressure.Chatzitheodoridou, D. ; Bureik, D. ; Padovani, F. ; Nadimpalli, K.V. ; Schmoller, K.M.
Decoupled transcript and protein concentrations ensure histone homeostasis in different nutrients.Puglisi, M. ; Lao, C.L. ; Wani, G. ; Masserdotti, G. ; Bocchi, R. ; Götz, M.
Comparing viral vectors and fate mapping approaches for astrocyte-to-neuron reprogramming in the injured mouse cerebral cortex.Heumos, L. ; Ehmele, P. ; Treis, T. ; Upmeier Zu Belzen, J. ; Roellin, E. ; May, L. ; Namsaraeva, A. ; Horlava, N. ; Shitov, V.A. ; Zhang, X. ; Zappia, L. ; Knöll, R. ; Lang, N.J. ; Hetzel, L. ; Virshup, I. ; Sikkema, L. ; Curion, F. ; Eils, R. ; Schiller, H. B. ; Hilgendorff, A. ; Theis, F.J.
An open-source framework for end-to-end analysis of electronic health record data.Tvardovskiy, A. ; Lukauskas, S. ; Bartke, T.
Breaking the epigenetic code with MARCS: The Modification Atlas of Regulation by Chromatin States.Kolbert, Z. ; Barroso, J.B. ; Boscari, A. ; Corpas, F.J. ; Gupta, K.J. ; Hancock, J.T. ; Lindermayr, C. ; Palma, J.M. ; Petřivalský, M. ; Wendehenne, D. ; Loake, G.J.
Interorgan, intraorgan and interplant communication mediated by nitric oxide and related species.Pepin, A.-S. ; Schneider, R.
Publisher Correction: Emerging toolkits for decoding the co-occurrence of modified histones and chromatin proteins.Carper, D. ; Lac, M. ; Coue, M. ; Labour, A. ; Märtens, A. ; Banda, J.A.A. ; Mazeyrie, L. ; Mechta, M. ; Ingerslev, L.R. ; Elhadad, M.A. ; Petit, J.V. ; Maslo, C. ; Monbrun, L. ; Del Carmine, P. ; Sainte-Marie, Y. ; Bourlier, V. ; Laurens, C. ; Mithieux, G. ; Joanisse, D.R. ; Coudray, C. ; Feillet-Coudray, C. ; Montastier, E. ; Viguerie, N. ; Tavernier, G. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Kastenmüller, G. ; Illig, T. ; Lichtinghagen, R. ; Seissler, J. ; Mounier, R. ; Hiller, K. ; Jordan, J. ; Barrès, R. ; Kuhn, M. ; Pesta, D. ; Moro, C.
Loss of atrial natriuretic peptide signaling causes insulin resistance, mitochondrial dysfunction, and low endurance capacity.Kuck, L. ; McNamee, A.P. ; Bordukova, M. ; Sadafi, A. ; Marr, C. ; Peart, J.N. ; Simmonds, M.J.
Lysis of human erythrocytes due to Piezo1-dependent cytosolic calcium overload as a mechanism of circulatory removal.Luo, H. ; Petrera, A. ; Hauck, S.M. ; Rathmann, W. ; Herder, C. ; Gieger, C. ; Hoyer, A. ; Peters, A. ; Thorand, B.
Association of plasma proteomics with mortality in individuals with and without type 2 diabetes: Results from two population-based KORA cohort studies.Johnston, K.G. ; Grieco, S.F. ; Nie, Q. ; Theis, F.J. ; Xu, X.
Small data methods in omics: The power of one.Vitacolonna, M. ; Bruch, R. ; Agaçi, A. ; Nürnberg, E. ; Cesetti, T. ; Keller, F. ; Padovani, F. ; Sauer, S. ; Schmoller, K.M. ; Reischl, M. ; Hafner, M. ; Rudolf, R.
A multiparametric analysis including single-cell and subcellular feature assessment reveals differential behavior of spheroid cultures on distinct ultra-low attachment plate types.Nitsch, S. ; Schneider, R.
Native ChIP: Studying the genome-wide distribution of histone modifications in cells and tissue.Böckel, C. ; Pastor, X. ; Heinig, M. ; Walzthoeni, T.
Differential analysis of protein-DNA binding using ChIP-seq data.Fischer, F. ; Fischer, D.S. ; Mukhin, R. ; Isaev, A. ; Biederstedt, E. ; Villani, A.C. ; Theis, F.J.
scTab: Scaling cross-tissue single-cell annotation models.Ansari, S.A. ; Uhlenhaut, N.H.
An optimized high-resolution mapping method for glucocorticoid receptor-DNA binding in mouse primary macrophages.Jouffe, C. ; Dyar, K.A. ; Uhlenhaut, N.H.
Chromatin immunoprecipitation in adipose tissue and adipocytes: How to proceed and optimize the protocol for transcription factor DNA binding.Al-Refaie, N. ; Padovani, F. ; Hornung, J. ; Pudelko, L ; Binando, F. ; Del Carmen Fabregat, A. ; Zhao, Q. ; Towbin, B.D. ; Cenik, E.S. ; Stroustrup, N. ; Padeken, J. ; Schmoller, K.M. ; Cabianca, D.S.
Fasting shapes chromatin architecture through an mTOR/RNA Pol I axis.Tschuck, J. ; Padmanabhan Nair, V. ; Galhoz, A. ; Zaratiegui, C. ; Tai, H.-M. ; Ciceri, G. ; Rothenaigner, I. ; Tchieu, J. ; Stockwell, B.R. ; Studer, L. ; Cabianca, D.S. ; Menden, M.P. ; Vincendeau, M. ; Hadian, K.
Suppression of ferroptosis by vitamin A or radical-trapping antioxidants is essential for neuronal development.Szałata, A. ; Hrovatin, K. ; Becker, S. ; Tejada Lapuerta, A. ; Cui, H. ; Wang, B. ; Theis, F.J.
Transformers in single-cell omics: A review and new perspectives.Roussou, R. ; Metzler, D. ; Padovani, F. ; Thoma, F. ; Schwarz, R. ; Shraiman, B. ; Schmoller, K.M. ; Osman, C.
Real-time assessment of mitochondrial DNA heteroplasmy dynamics at the single-cell level.Pepin, A.-S. ; Schneider, R.
Emerging toolkits for decoding the co-occurrence of modified histones and chromatin proteins.Kazeminia, S. ; Brezik, M. ; Shetab Boushehri, S. ; Marr, C.
A data-driven solution for the cold start problem in biomedical image classification.Roth, B. ; Koch, V. ; Wagner, S. ; Schnabel, J.A. ; Marr, C. ; Peng, T.
Low-resource finetuning of foundation models beats state-of-the-art in histopathology.Galter, I. ; Schneltzer, E. ; Marr, C. ; Spielmann, N. ; Hrabě de Angelis, M.
EchoVisuAL: Efficient Segmentation of Echocardiograms Using Deep Active Learning.NCD Risk Factor Collaboration (Döring, A.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Gieger, C.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Heier, M.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Linkohr, B.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Meisinger, C.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Peters, A.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Schneider, A.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Stieber, J.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Stöckl, D.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Thorand, B.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Wolf, K.)
Worldwide trends in underweight and obesity from 1990 to 2022: A pooled analysis of 3663 population-representative studies with 222 million children, adolescents, and adults.Ganji-Arjenaki, M. ; Kamali, Z. ; Sardari, S. ; de Borst, M.H. ; Snieder, H. ; International Consortium of Blood Pressure (Gieger, C.) ; International Consortium of Blood Pressure (Peters, A.) ; International Consortium of Blood Pressure (Ried, J.)
Prioritization of kidney cell types highlights myofibroblast cells in regulating human blood pressure.Ebisuya, M. ; Rayon, T. ; Diaz-Cuadros, M. ; Chalut, K.J. ; Wu, G. ; Dodd, A.N. ; Torres-Padilla, M.E. ; Levine, M.E. ; Gladyshev, V.N.
Understanding how cells and organisms keep time during development.Asani, B. ; Holmberg, O. ; Schiefelbein, J.B. ; Hafner, M. ; Herold, T. ; Spitzer, H. ; Siedlecki, J. ; Kern, C. ; Kortuem, K.U. ; Frishberg, A. ; Theis, F.J. ; Priglinger, S.G.
Evaluation of OCT biomarker changes in treatment-naive neovascular AMD using a deep semantic segmentation algorithm.Siebenmorgen, T. ; Cardoso Micu Menezes, F.M. ; Benassou, S. ; Merdivan, E. ; Didi, K. ; Mourao, A. ; Kitel, R. ; Liò, P. ; Kesselheim, S. ; Piraud, M. ; Theis, F.J. ; Sattler, M. ; Popowicz, G.M.
MISATO: Machine learning dataset of protein-ligand complexes for structure-based drug discovery.Simats, A. ; Zhang, S. ; Messerer, D. ; Chong, F. ; Beşkardeş, S. ; Chivukula, A.S. ; Cao, J. ; Besson-Girard, S. ; Montellano, F.A. ; Morbach, C. ; Carofiglio, O. ; Ricci, A. ; Roth, S. ; Llovera, G. ; Singh, R. ; Chen, Y. ; Filser, S. ; Plesnila, N. ; Braun, C. ; Spitzer, H. ; Gokce, O. ; Dichgans, M. ; Heuschmann, P.U. ; Hatakeyama, K. ; Beltrán, E. ; Clauss, S. ; Bonev, B. ; Schulz, C. ; Liesz, A.
Innate immune memory after brain injury drives inflammatory cardiac dysfunction.Sheng, X. ; Nenseth, H.Z. ; Qu, S. ; Kuzu, O.F. ; Frahnow, T. ; Simon, L. ; Greene, S. ; Zeng, Q. ; Fazli, L. ; Rennie, P.S. ; Mills, I.G. ; Danielsen, H. ; Theis, F.J. ; Patterson, J.B. ; Jin, Y. ; Saatcioglu, F.
Author Correction: IRE1α-XBP1s pathway promotes prostate cancer by activating c-MYC signaling.Palit, S. ; Shrestha, A.K. ; Thapa, S. ; L Grimm, S. ; Coarfa, C. ; Theis, F.J. ; Simon, L.M. ; Shivanna, B.
Leveraging integrated RNA sequencing to decipher adrenomedullin's protective mechanisms in experimental bronchopulmonary dysplasia.Ali, M. ; Kuijs, M. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Treis, T. ; Hrovatin, K. ; Palla, G. ; Schaar, A. ; Theis, F.J.
GraphCompass: Spatial metrics for differential analyses of cell organization across conditions.Kentistou, K.A. ; Kaisinger, L.R. ; Stankovic, S. ; Vaudel, M. ; Mendes de Oliveira, E. ; Messina, A. ; Walters, R.G. ; Liu, X. ; Busch, A.S. ; Helgason, H. ; Thompson, D.J. ; Santoni, F. ; Petricek, K.M. ; Zouaghi, Y. ; Huang-Doran, I. ; Gudbjartsson, D.F. ; Bratland, E. ; Lin, K. ; Gardner, E.J. ; Zhao, Y. ; Jia, R.Y. ; Terao, C. ; Riggan, M.J. ; Bolla, M.K. ; Yazdanpanah, M. ; Yazdanpanah, N. ; Bradfield, J.P. ; Broer, L. ; Campbell, A. ; Chasman, D.I. ; Cousminer, D.L. ; Franceschini, N. ; Franke, L.H. ; Girotto, G. ; He, C. ; Jarvelin, M.R. ; Joshi, P.K. ; Kamatani, Y. ; Karlsson, R. ; Luan, J. ; Lunetta, K.L. ; Mägi, R. ; Mangino, M. ; Medland, S.E. ; Meisinger, C. ; Noordam, R. ; Nutile, T. ; Concas, M.P. ; Polašek, O. ; Porcu, E. ; Ring, S.M. ; Sala, C. ; Smith, A.V. ; Tanaka, T. ; van der Most, P.J. ; Vitart, V. ; Wang, C.A. ; Willemsen, G. ; Zygmunt, M. ; Ahearn, T.U. ; Andrulis, I.L. ; Anton-Culver, H. ; Antoniou, A.C. ; Auer, P.L. ; Barnes, C.L.K. ; Beckmann, M.W. ; Berrington de Gonzalez, A. ; Bogdanova, N.V. ; Bojesen, S.E. ; Brenner, H. ; Buring, J.E. ; Canzian, F. ; Chang-Claude, J. ; Couch, F.J. ; Cox, A. ; Crisponi, L. ; Czene, K. ; Daly, M.B. ; Demerath, E.W. ; Dennis, J. ; Devilee, P. ; de Vivo, I. ; Dörk, T. ; Dunning, A.M. ; Dwek, M. ; Eriksson, J.G. ; Fasching, P.A. ; Fernández-Rhodes, L. ; Ferreli, L. ; Fletcher, O. ; Gago-Dominguez, M. ; Garcia-Closas, M. ; García-Sáenz, J.A. ; González-Neira, A. ; Grallert, H. ; Guénel, P. ; Haiman, C.A. ; Hall, P. ; Hamann, U. ; Hakonarson, H. ; Hart, R.J. ; Hickey, M. ; Hooning, M.J. ; Hoppe, R. ; Hopper, J.L. ; Hottenga, J.J. ; Hu, F.B. ; Huebner, H. ; Hunter, D.J. ; Jernström, H. ; John, E.M. ; Karasik, D. ; Khusnutdinova, E.K. ; Kristensen, V.N. ; Lacey, J.V. ; Lambrechts, D. ; Launer, L.J. ; Lind, P.A. ; Lindblom, A. ; Magnusson, P.K.E. ; Mannermaa, A. ; McCarthy, M.I. ; Meitinger, T. ; Menni, C. ; Michailidou, K. ; Millwood, I.Y. ; Milne, R.L. ; Montgomery, G.W. ; Nevanlinna, H. ; Nolte, I.M. ; Nyholt, D.R. ; Obi, N. ; O'Brien, K.M. ; Offit, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Ostrowski, S.R. ; Palotie, A. ; Pedersen, O.B. ; Peters, A. ; Pianigiani, G. ; Plaseska-Karanfilska, D. ; Pouta, A. ; Pozarickij, A. ; Radice, P. ; Rennert, G. ; Rosendaal, F.R. ; Ruggiero, D. ; Saloustros, E. ; Sandler, D.P. ; Schipf, S. ; Schmidt, C.O. ; Schmidt, M.K. ; Small, K. ; Spedicati, B. ; Stampfer, M. ; Stone, J. ; Tamimi, R.M. ; Teras, L.R. ; Tikkanen, E. ; Turman, C. ; Vachon, C.M. ; Wang, Q. ; Winqvist, R. ; Wolk, A. ; Zemel, B.S. ; Zheng, W. ; van Dijk, K.W. ; Alizadeh, B.Z. ; Bandinelli, S. ; Boerwinkle, E. ; Boomsma, D.I. ; Ciullo, M. ; Chenevix-Trench, G. ; Cucca, F. ; Esko, T. ; Gieger, C. ; Grant, S.F.A. ; Gudnason, V. ; Hayward, C. ; Kolcic, I. ; Kraft, P. ; Lawlor, D.A. ; Martin, N.G. ; Nøhr, E.A. ; Pedersen, N.L. ; Pennell, C.E. ; Ridker, P.M. ; Robino, A. ; Snieder, H. ; Sovio, U. ; Spector, T.D. ; Stöckl, D. ; Sudlow, C. ; Timpson, N.J. ; Toniolo, D. ; Uitterlinden, A. ; Ulivi, S. ; Völzke, H. ; Wareham, N.J. ; Widen, E. ; Wilson, J.F. ; Pharoah, P.D.P. ; Li, L. ; Easton, D.F. ; Njølstad, P.R. ; Sulem, P. ; Murabito, J.M. ; Murray, A. ; Manousaki, D. ; Juul, A. ; Erikstrup, C. ; Stefansson, K. ; Horikoshi, M. ; Chen, Z. ; Farooqi, I.S. ; Pitteloud, N. ; Johansson, S. ; Day, F.R. ; Perry, J.R.B. ; Ong, K.K.
Publisher Correction: Understanding the genetic complexity of puberty timing across the allele frequency spectrum.Elfert, E. ; Kaminski, W.E. ; Matek, C. ; Hoermann, G. ; Axelsen, E.W. ; Marr, C. ; Piehler, A.P.
Expert-level detection of M-proteins in serum protein electrophoresis using machine learning.Gaertner, F. ; Ishikawa-Ankerhold, H. ; Stutte, S. ; Fu, W. ; Weitz, J. ; Dueck, A. ; Nelakuditi, B. ; Fumagalli, V. ; van den Heuvel, D. ; Belz, L. ; Sobirova, G. ; Zhang, Z. ; Titova, A. ; Navarro, A.M. ; Pekayvaz, K. ; Lorenz, M. ; von Baumgarten, L. ; Kranich, J. ; Straub, T. ; Popper, B. ; Zheden, V. ; Kaufmann, W.A. ; Guo, C. ; Piontek, G. ; von Stillfried, S. ; Boor, P. ; Colonna, M. ; Clauß, S. ; Schulz, C. ; Brocker, T. ; Walzog, B. ; Scheiermann, C. ; Aird, W.C. ; Nerlov, C. ; Stark, K. ; Petzold, T. ; Engelhardt, S. ; Sixt, M. ; Hauschild, R. ; Rudelius, M. ; Oostendorp, R.A.J. ; Iannacone, M. ; Heinig, M. ; Massberg, S.
Plasmacytoid dendritic cells control homeostasis of megakaryopoiesis.Curion, F. ; Rich-Griffin, C. ; Agarwal, D. ; Ouologuem, S. ; Rue-Albrecht, K. ; May, L. ; Garcia, G.E.L. ; Heumos, L. ; Thomas, T. ; Lason, W. ; Sims, D. ; Theis, F.J. ; Dendrou, C.A.
Panpipes: A pipeline for multiomic single-cell and spatial transcriptomic data analysis.Pereira, A. ; Diwakar, S.J. ; Masserdotti, G. ; Beşkardeş, S. ; Simon, T. ; So, Y. ; Martín-Loarte, L. ; Bergemann, F. ; Vasan, L. ; Schauer, T. ; Danese, A. ; Bocchi, R. ; Colomé-Tatché, M. ; Schuurmans, C. ; Philpott, A. ; Straub, T. ; Bonev, B. ; Götz, M.
Direct neuronal reprogramming of mouse astrocytes is associated with multiscale epigenome remodeling and requires Yy1.Kentistou, K.A. ; Kaisinger, L.R. ; Stankovic, S. ; Vaudel, M. ; Mendes de Oliveira, E. ; Messina, A. ; Walters, R.G. ; Liu, X. ; Busch, A.S. ; Helgason, H. ; Thompson, D.J. ; Santoni, F. ; Petricek, K.M. ; Zouaghi, Y. ; Huang-Doran, I. ; Gudbjartsson, D.F. ; Bratland, E. ; Lin, K. ; Gardner, E.J. ; Zhao, Y. ; Jia, R.Y. ; Terao, C. ; Riggan, M.J. ; Bolla, M.K. ; Yazdanpanah, M. ; Yazdanpanah, N. ; Bradfield, J.P. ; Broer, L. ; Campbell, A. ; Chasman, D.I. ; Cousminer, D.L. ; Franceschini, N. ; Franke, L.H. ; Girotto, G. ; He, C. ; Järvelin, M.R. ; Joshi, P.K. ; Kamatani, Y. ; Karlsson, R. ; Luan, J. ; Lunetta, K.L. ; Mägi, R. ; Mangino, M. ; Medland, S.E. ; Meisinger, C. ; Noordam, R. ; Nutile, T. ; Concas, M.P. ; Polašek, O. ; Porcu, E. ; Ring, S.M. ; Sala, C. ; Smith, A.V. ; Tanaka, T. ; van der Most, P.J. ; Vitart, V. ; Wang, C.A. ; Willemsen, G. ; Zygmunt, M. ; Ahearn, T.U. ; Andrulis, I.L. ; Anton-Culver, H. ; Antoniou, A.C. ; Auer, P.L. ; Barnes, C.L.K. ; Beckmann, M.W. ; Berrington de Gonzalez, A. ; Bogdanova, N.V. ; Bojesen, S.E. ; Brenner, H. ; Buring, J.E. ; Canzian, F. ; Chang-Claude, J. ; Couch, F.J. ; Cox, A. ; Crisponi, L. ; Czene, K. ; Daly, M.B. ; Demerath, E.W. ; Dennis, J. ; Devilee, P. ; de Vivo, I. ; Dörk, T. ; Dunning, A.M. ; Dwek, M. ; Eriksson, J.G. ; Fasching, P.A. ; Fernández-Rhodes, L. ; Ferreli, L. ; Fletcher, O. ; Gago-Dominguez, M. ; Garcia-Closas, M. ; García-Sáenz, J.A. ; González-Neira, A. ; Grallert, H. ; Guénel, P. ; Haiman, C.A. ; Hall, P. ; Hamann, U. ; Hakonarson, H. ; Hart, R.J. ; Hickey, M. ; Hooning, M.J. ; Hoppe, R. ; Hopper, J.L. ; Hottenga, J.J. ; Hu, F.B. ; Huebner, H. ; Hunter, D.J. ; Jernström, H. ; John, E.M. ; Karasik, D. ; Khusnutdinova, E.K. ; Kristensen, V.N. ; Lacey, J.V. ; Lambrechts, D. ; Launer, L.J. ; Lind, P.A. ; Lindblom, A. ; Magnusson, P.K.E. ; Mannermaa, A. ; McCarthy, M.I. ; Meitinger, T. ; Menni, C. ; Michailidou, K. ; Millwood, I.Y. ; Milne, R.L. ; Montgomery, G.W. ; Nevanlinna, H. ; Nolte, I.M. ; Nyholt, D.R. ; Obi, N. ; O'Brien, K.M. ; Offit, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Ostrowski, S.R. ; Palotie, A. ; Pedersen, O.B. ; Peters, A. ; Pianigiani, G. ; Plaseska-Karanfilska, D. ; Pouta, A. ; Pozarickij, A. ; Radice, P. ; Rennert, G. ; Rosendaal, F.R. ; Ruggiero, D. ; Saloustros, E. ; Sandler, D.P. ; Schipf, S. ; Schmidt, C.O. ; Schmidt, M.K. ; Small, K. ; Spedicati, B. ; Stampfer, M. ; Stone, J. ; Tamimi, R.M. ; Teras, L.R. ; Tikkanen, E. ; Turman, C. ; Vachon, C.M. ; Wang, Q. ; Winqvist, R. ; Wolk, A. ; Zemel, B.S. ; Zheng, W. ; van Dijk, K.W. ; Alizadeh, B.Z. ; Bandinelli, S. ; Boerwinkle, E. ; Boomsma, D.I. ; Ciullo, M. ; Chenevix-Trench, G. ; Cucca, F. ; Esko, T. ; Gieger, C. ; Grant, S.F.A. ; Gudnason, V. ; Hayward, C. ; Kolčić, I. ; Kraft, P. ; Lawlor, D.A. ; Martin, N.G. ; Nøhr, E.A. ; Pedersen, N.L. ; Pennell, C.E. ; Ridker, P.M. ; Robino, A. ; Snieder, H. ; Sovio, U. ; Spector, T.D. ; Stöckl, D. ; Sudlow, C. ; Timpson, N.J. ; Toniolo, D. ; Uitterlinden, A. ; Ulivi, S. ; Völzke, H. ; Wareham, N.J. ; Widen, E. ; Wilson, J.F. ; Pharoah, P.D.P. ; Li, L. ; Easton, D.F. ; Njølstad, P.R. ; Sulem, P. ; Murabito, J.M. ; Murray, A. ; Manousaki, D. ; Juul, A. ; Erikstrup, C. ; Stefansson, K. ; Horikoshi, M. ; Chen, Z. ; Farooqi, I.S. ; Pitteloud, N. ; Johansson, S. ; Day, F.R. ; Perry, J.R.B. ; Ong, K.K.
Understanding the genetic complexity of puberty timing across the allele frequency spectrum.Drost, F. ; An, Y. ; Bonafonte Pardás, I. ; Dratva, L.M. ; Lindeboom, R.G.H. ; Haniffa, M. ; Teichmann, S.A. ; Theis, F.J. ; Lotfollahi, M. ; Schubert, B.
Multi-modal generative modeling for joint analysis of single-cell T cell receptor and gene expression data.Curion, F. ; Wu, X. ; Heumos, L. ; Gonzales André, M.M. ; Halle, L. ; Ozols, M. ; Grant-Peters, M. ; Rich-Griffin, C. ; Yeung, H.Y. ; Dendrou, C.A. ; Schiller, H. B. ; Theis, F.J.
hadge: A comprehensive pipeline for donor deconvolution in single-cell studies.Ziegler, D. ; Thorand, B. ; Strom, A. ; Bönhof, G.J. ; Knebel, B. ; Schleicher, E. ; Rathmann, W. ; Herder, C. ; Maalmi, H. ; Gieger, C. ; Heier, M. ; Meisinger, C. ; Roden, M. ; Peters, A. ; Grallert, H.
Association of transketolase polymorphisms with diabetic polyneuropathy in the general population: The KORA F4 study.Yu, S. ; Han, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Ge, J. ; Li, X. ; Cai, X. ; Heier, M. ; Kastenmüller, G. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Koenig, W. ; Rathmann, W. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.
Prediction of myocardial infarction using a combined generative adversarial network model and feature-enhanced loss function.Lai, L. ; Matias-Garcia, P.R. ; Kretschmer, A. ; Gieger, C. ; Wilson, R. ; Linseisen, J. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.
Smoking-induced DNA hydroxymethylation signature is less pronounced than true DNA methylation: The population-based KORA Fit cohortCaulier, B. ; Joaquina, S. ; Gelebart, P. ; Dowling, T.H. ; Kaveh, F. ; Thomas, M. ; Tandaric, L. ; Wernhoff, P. ; Katyayini, N.U. ; Wogsland, C. ; Gjerstad, M.E. ; Fløisand, Y. ; Kvalheim, G. ; Marr, C. ; Kobold, S. ; Enserink, J.M. ; Gjertsen, B.T. ; McCormack, E. ; Inderberg, E.M.S. ; Wälchli, S.
CD37 is a safe chimeric antigen receptor target to treat acute myeloid leukemia.Engelmann, J.P. ; Palma, A. ; Tomczak, J.M. ; Theis, F.J. ; Casale, F.P.
Mixed models with multiple instance learning.Throll, P. ; G Dolce, L. ; Rico-Lastres, P. ; Arnold, K. ; Tengo, L. ; Basu, S. ; Kaiser, S. ; Schneider, R. ; Kowalinski, E.
Structural basis of tRNA recognition by the m3C RNA methyltransferase METTL6 in complex with SerRS seryl-tRNA synthetase.Berndt, C. ; Alborzinia, H. ; Amen, V.S. ; Ayton, S. ; Barayeu, U. ; Bartelt, A. ; Bayir, H. ; Bebber, C.M. ; Birsoy, K. ; Böttcher, J.P. ; Brabletz, S. ; Brabletz, T. ; Brown, A.R. ; Brüne, B. ; Bulli, G. ; Bruneau, A. ; Chen, Q. ; DeNicola, G.M. ; Dick, T.P. ; Distéfano, A. ; Dixon, S.J. ; Engler, J.B. ; Esser-von Bieren, J. ; Fedorova, M. ; Friedmann Angeli, J.P. ; Friese, M.A. ; Fuhrmann, D.C. ; García-Sáez, A.J. ; Garbowicz, K. ; Götz, M. ; Gu, W. ; Hammerich, L. ; Hassannia, B. ; Jiang, X. ; Jeridi, A. ; Kang, Y.P. ; Kagan, V.E. ; Konrad, D.B. ; Kotschi, S. ; Lei, P. ; Le Tertre, M. ; Lev, S. ; Liang, D. ; Linkermann, A. ; Lohr, C. ; Lorenz, S. ; Luedde, T. ; Methner, A. ; Michalke, B. ; Milton, A.V. ; Min, J. ; Mishima, E. ; Müller, S. ; Motohashi, H. ; Muckenthaler, M.U. ; Murakami, S. ; Olzmann, J.A. ; Pagnussat, G.C. ; Pan, Z. ; Papagiannakopoulos, T. ; Pedrera Puentes, L. ; Pratt, D.A. ; Proneth, B. ; Ramsauer, L. ; Rodriguez, R. ; Saito, Y. ; Schmidt, F. ; Schmitt, C. ; Schulze, A. ; Schwab, A. ; Schwantes, A. ; Soula, M. ; Spitzlberger, B. ; Stockwell, B.R. ; Thewes, L. ; Thorn-Seshold, O. ; Toyokuni, S. ; Tonnus, W. ; Trumpp, A. ; Vandenabeele, P. ; Vanden Berghe, T. ; Venkataramani, V. ; Vogel, F.C.E. ; von Karstedt, S. ; Wang, F. ; Westermann, F. ; Wientjens, C. ; Wilhelm, C. ; Wölk, M. ; Wu, K. ; Yang, X. ; Yu, F. ; Zou, Y. ; Conrad, M.
Ferroptosis in health and disease.van Blokland, I.V. ; Oelen, R. ; Groot, H.E. ; Benjamins, J.W. ; Pekayvaz, K. ; Losert, C. ; Knottenberg, V. ; Heinig, M. ; Nicolai, L. ; Stark, K. ; van der Harst, P. ; Franke, L. ; van der Wijst, M.G.P.
Single-cell dissection of the immune response after acute myocardial infarction.Chadha, Y. ; Khurana, A. ; Schmoller, K.M.
Eukaryotic cell size regulation and its implications for cellular function and dysfunction.Thowfeequ, S. ; Fiorentino, J. ; Hu, D. ; Solovey, M. ; Ruane, S. ; Whitehead, M. ; Zhou, F. ; Godwin, J. ; Mateo-Otero, Y. ; Vanhaesebroeck, B. ; Scialdone, A. ; Srinivas, S.
An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration.Liu, B. ; He, Y. ; Wu, X. ; Lin, Z. ; Ma, J. ; Qiu, Y. ; Xiang, Y. ; Kong, F. ; Lai, F. ; Pal, M. ; Wang, P. ; Ming, J. ; Zhang, B. ; Wang, Q. ; Wu, J. ; Xia, W. ; Shen, W. ; Na, J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Li, J. ; Xie, W.
Mapping putative enhancers in mouse oocytes and early embryos reveals TCF3/12 as key folliculogenesis regulators.Schormair, B. ; Zhao, C. ; Bell, S. ; Didriksen, M. ; Nawaz, M.S. ; Schandra, N. ; Stefani, A. ; Högl, B. ; Dauvilliers, Y. ; Bachmann, C.G. ; Kemlink, D. ; Sonka, K. ; Paulus, W. ; Trenkwalder, C. ; Oertel, W.H. ; Hornyak, M. ; Teder-Laving, M. ; Metspalu, A. ; Hadjigeorgiou, G.M. ; Polo, O. ; Fietze, I. ; Ross, O.A. ; Wszolek, Z.K. ; Ibrahim, A. ; Bergmann, M. ; Kittke, V. ; Harrer, P. ; Dowsett, J. ; Chenini, S. ; Ostrowski, S.R. ; Sørensen, E. ; Erikstrup, C. ; Pedersen, O.B. ; Topholm Bruun, M. ; Nielsen, K.R. ; Butterworth, A.S. ; Soranzo, N. ; Ouwehand, W.H. ; Roberts, D.J. ; Danesh, J. ; Burchell, B. ; Furlotte, N.A. ; Nandakumar, P. ; Earley, C.J. ; Ondo, W.G. ; Xiong, L. ; Desautels, A. ; Perola, M. ; Vodicka, P. ; Dina, C. ; Stoll, M. ; Franke, A. ; Lieb, W. ; Stewart, A.F.R. ; Shah, S.H. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Rye, D.B. ; Rouleau, G.A. ; Berger, K. ; Stefansson, H. ; Ullum, H. ; Stefansson, K. ; Hinds, D.A. ; di Angelantonio, E. ; Oexle, K. ; Winkelmann, J.
Genome-wide meta-analyses of restless legs syndrome yield insights into genetic architecture, disease biology and risk prediction.Harada, M. ; Adam, J. ; Covic, M. ; Ge, J. ; Brandmaier, S. ; Muschet, C. ; Huang, J. ; Han, S. ; Rommel, M. ; Rotter, M. ; Heier, M. ; Mohney, R.P. ; Krumsiek, J. ; Kastenmüller, G. ; Rathmann, W. ; Zou, Z. ; Zukunft, S. ; Scheerer, M.F. ; Neschen, S. ; Adamski, J. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Ankerst, D.P. ; Meitinger, T. ; Alderete, T.L. ; Hrabě de Angelis, M. ; Suhre, K. ; Wang-Sattler, R.
Bidirectional modulation of TCA cycle metabolites and anaplerosis by metformin and its combination with SGLT2i.Curion, F. ; Theis, F.J.
Machine learning integrative approaches to advance computational immunology.Weiler, P. ; Lange, M. ; Klein, M. ; Pe'er, D. ; Theis, F.J.
CellRank 2: Unified fate mapping in multiview single-cell data.Cao, X. ; Huber, S. ; Ahari, A.J. ; Traube, F.R. ; Seifert, M. ; Oakes, C.C. ; Secheyko, P. ; Vilov, S. ; Scheller, I.F. ; Wagner, N. ; Yépez, V.A. ; Blombery, P. ; Haferlach, T. ; Heinig, M. ; Wachutka, L. ; Hutter, S. ; Gagneur, J.
Analysis of 3760 hematologic malignancies reveals rare transcriptomic aberrations of driver genes.Pekayvaz, K. ; Losert, C. ; Knottenberg, V. ; Gold, C. ; van Blokland, I.V. ; Oelen, R. ; Groot, H.E. ; Benjamins, J.W. ; Brambs, S. ; Kaiser, R. ; Gottschlich, A. ; Hoffmann, G.V. ; Eivers, L. ; Martinez-Navarro, A. ; Bruns, N. ; Stiller, S. ; Akgöl, S. ; Yue, K. ; Polewka, V. ; Escaig, R. ; Joppich, M. ; Janjic, A. ; Popp, O. ; Kobold, S. ; Petzold, T. ; Zimmer, R. ; Enard, W. ; Saar, K. ; Mertins, P. ; Huebner, N. ; van der Harst, P. ; Franke, L.H. ; van der Wijst, M.G.P. ; Massberg, S. ; Heinig, M. ; Nicolai, L. ; Stark, K.
Multiomic analyses uncover immunological signatures in acute and chronic coronary syndromes.Elhadad, M.A. ; Gomez Alonso, M.D.C. ; Chen, C.-W- ; Neumeyer; S. ; Delerue, T. ; Rathmann, W. ; Näbauer, M. ; Meisinger, C. ; Kääb, S. ; Seissler, J. ; Graumann, J. ; Koenig, W. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Völker, U. ; Peters, A. ; Hammer, E. ; Waldenberger, M.
Plasma proteome association with coronary heart disease and carotid intima media thickness: Results from the KORA F4 study.Stadler, M. ; Lukauskas, S. ; Bartke, T. ; Müller, C.L.
asteRIa enables robust interaction modeling between chromatin modifications and epigenetic readers.Keaton, J.M. ; Kamali, Z. ; Xie, T. ; Vaez, A. ; Williams, A. ; Goleva, S.B. ; Ani, A. ; Evangelou, E. ; Hellwege, J.N. ; Yengo, L. ; Young, W.J. ; Traylor, M. ; Giri, A. ; Zheng, Z. ; Zeng, J. ; Chasman, D.I. ; Morris, A.P. ; Caulfield, M.J. ; Hwang, S.J. ; Kooner, J.S. ; Conen, D. ; Attia, J.R. ; Morrison, A.C. ; Loos, R.J.F. ; Kristiansson, K. ; Schmidt, R. ; Hicks, A.A. ; Pramstaller, P.P. ; Nelson, C.P. ; Samani, N.J. ; Risch, L. ; Gyllensten, U. ; Melander, O. ; Riese, H. ; Wilson, J.F. ; Campbell, H. ; Rich, S.S. ; Psaty, B.M. ; Lu, Y. ; Rotter, J.I. ; Guo, X. ; Rice, K.M. ; Vollenweider, P. ; Sundström, J. ; Langenberg, C. ; Tobin, M.D. ; Giedraitis, V. ; Luan, J. ; Tuomilehto, J. ; Kutalik, Z. ; Ripatti, S. ; Salomaa, V. ; Girotto, G. ; Trompet, S. ; Jukema, J.W. ; van der Harst, P. ; Ridker, P.M. ; Giulianini, F. ; Vitart, V. ; Goel, A. ; Watkins, H. ; Harris, S.E. ; Deary, I.J. ; van der Most, P.J. ; Oldehinkel, A.J. ; Keavney, B.D. ; Hayward, C. ; Campbell, A. ; Boehnke, M. ; Scott, L.J. ; Boutin, T. ; Mamasoula, C. ; Järvelin, M.R. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Lakatta, E.G. ; Cucca, F. ; Hui, J. ; Knekt, P. ; Enroth, S. ; de Borst, M.H. ; Polašek, O. ; Concas, M.P. ; Catamo, E. ; Cocca, M. ; Li-Gao, R. ; Hofer, E. ; Schmidt, H. ; Spedicati, B. ; Waldenberger, M. ; Strachan, D.P. ; Laan, M. ; Teumer, A. ; Dörr, M. ; Gudnason, V. ; Cook, J.P. ; Ruggiero, D. ; Kolcic, I. ; Boerwinkle, E. ; Traglia, M. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Johnson, A.D. ; Newton-Cheh, C. ; Brown, M.J. ; Dominiczak, A.F. ; Sever, P.J. ; Poulter, N. ; Chambers, J.C. ; Elosua, R. ; Siscovick, D. ; Esko, T. ; Metspalu, A. ; Strawbridge, R.J. ; Laakso, M. ; Hamsten, A. ; Hottenga, J.J. ; de Geus, E. ; Morris, A.D. ; Palmer, C.N.A. ; Nolte, I.M. ; Milaneschi, Y. ; Marten, J. ; Wright, A. ; Zeggini, E. ; Howson, J.M.M. ; O'Donnell, C.J. ; Spector, T. ; Nalls, M.A. ; Simonsick, E.M. ; Liu, Y. ; van Duijn, C.M. ; Butterworth, A.S. ; Danesh, J.N. ; Menni, C. ; Wareham, N.J. ; Khaw, K.T. ; Sun, Y.V. ; Wilson, P.W.F. ; Cho, K. ; Visscher, P.M. ; Denny, J.C. ; Levy, D. ; Edwards, T.L. ; Munroe, P.B. ; Snieder, H. ; Warren, H.R.
Genome-wide analysis in over 1 million individuals of European ancestry yields improved polygenic risk scores for blood pressure traits.Lotfollahi, M. ; Hao, Y. ; Theis, F.J. ; Satija, R.
The future of rapid and automated single-cell data analysis using reference mapping.Stock, M. ; Popp, N. ; Fiorentino, J. ; Scialdone, A.
Topological benchmarking of algorithms to infer Gene Regulatory Networks from Single-Cell RNA-seq Data.Chen, Y.-L. ; Jones, A. ; Crawford, A. ; Sattler, M. ; Ettinger, A. ; Torres-Padilla, M.E.
Determinants of minor satellite RNA function in chromosome segregation in mouse embryonic stem cells.Shrine, N. ; Guyatt, A.L. ; Erzurumluoglu, A.M. ; Jackson, V.E. ; Hobbs, B.D. ; Melbourne, C.A. ; Batini, C. ; Fawcett, K.A. ; Song, K. ; Sakornsakolpat, P. ; Li, X. ; Boxall, R. ; Reeve, N.F. ; Obeidat, M. ; Zhao, J.H. ; Wielscher, M. ; Weiss, S. ; Kentistou, K.A. ; Cook, J.P. ; Sun, B.B. ; Zhou, J. ; Hui, J. ; Karrasch, S. ; Imboden, M. ; Harris, S.E. ; Marten, J. ; Enroth, S. ; Kerr, S.M. ; Surakka, I. ; Vitart, V. ; Lehtimäki, T. ; Allen, R.J. ; Bakke, P.S. ; Beaty, T.H. ; Bleecker, E.R. ; Bossé, Y. ; Brandsma, C.A. ; Chen, Z. ; Crapo, J.D. ; Danesh, J. ; DeMeo, D.L. ; Dudbridge, F. ; Ewert, R. ; Gieger, C. ; Gulsvik, A. ; Hansell, A.L. ; Hao, K. ; Hoffman, J.D. ; Hokanson, J.E. ; Homuth, G. ; Joshi, P.K. ; Joubert, P. ; Langenberg, C. ; Li, L. ; Lin, K. ; Lind, L. ; Locantore, N. ; Luan, J. ; Mahajan, A. ; Maranville, J.C. ; Murray, A. ; Nickle, D.C. ; Packer, R. ; Parker, M.M. ; Paynton, M.L. ; Porteous, D.J. ; Prokopenko, D. ; Qiao, D. ; Rawal, R. ; Runz, H. ; Sayers, I. ; Sin, D.D. ; Smith, B.H. ; Artigas, M.S. ; Sparrow, D. ; Tal-Singer, R. ; Timmers, P.R.H.J. ; van den Berge, M. ; Whittaker, J.C. ; Woodruff, P.G. ; Yerges-Armstrong, L.M. ; Troyanskaya, O.G. ; Raitakari, O.T. ; Kähönen, M. ; Polašek, O. ; Gyllensten, U. ; Rudan, I. ; Deary, I.J. ; Probst-Hensch, N.M. ; Schulz, H. ; James, A.L. ; Wilson, J.F. ; Stubbe, B. ; Zeggini, E. ; Jarvelin, M.R. ; Wareham, N. ; Silverman, E.K. ; Hayward, C. ; Morris, A.P. ; Butterworth, A.S. ; Scott, R.A. ; Walters, R.G. ; Meyers, D.A. ; Cho, M.H. ; Strachan, D.P. ; Hall, I.P. ; Tobin, M.D. ; Wain, L.V.
Author Correction: New genetic signals for lung function highlight pathways and chronic obstructive pulmonary disease associations across multiple ancestries.Lukauskas, S. ; Tvardovskiy, A. ; Nguyen, N.V. ; Stadler, M. ; Faull, P. ; Ravnsborg, T. ; Özdemir Aygenli, B. ; Dornauer, S. ; Flynn, H. ; Lindeboom, R.G.H. ; Barth, T.K. ; Brockers, K. ; Hauck, S.M. ; Vermeulen, M. ; Snijders, A.P. ; Müller, C.L. ; DiMaggio, P.A. ; Jensen, O.N. ; Schneider, R. ; Bartke, T.
Publisher Correction: Decoding chromatin states by proteomic profiling of nucleosome readers.Stricker, S.H. ; Pereira, C.F.
Reprogramming Stars #15: Colliding Cellular Reprogramming Paths- An Interview with Dr. Stefan Stricker.Yamaguchi, K. ; Chen, X. ; Rodgers, B. ; Miura, F. ; Bashtrykov, P. ; Bonhomme, F. ; Salinas-Luypaert, C. ; Haxholli, D. ; Gutekunst, N. ; Özdemir Aygenli, B. ; Ferry, L. ; Kirsh, O. ; Laisné, M. ; Scelfo, A. ; Ugur, E. ; Arimondo, P.B. ; Leonhardt, H. ; Kanemaki, M.T. ; Bartke, T. ; Fachinetti, D. ; Jeltsch, A. ; Ito, T. ; Defossez, P.A.
Non-canonical functions of UHRF1 maintain DNA methylation homeostasis in cancer cells.Yin, K. ; Büttner, M. ; Deligiannis, I.K. ; Strzelecki, M. ; Zhang, L. ; Talavera Lopez, C.N. ; Theis, F.J. ; Odom, D.T. ; Martinez Jimenez, C.P.
Polyploidisation pleiotropically buffers ageing in hepatocytes.Oomen, M.E. ; Torres-Padilla, M.E.
Jump-starting life: balancing transposable element co-option and genome integrity in the developing mammalian embryo.Del-Valle-Anton, L. ; Amin, S.A. ; Cimino, D. ; Neuhaus, F. ; Dvoretskova, E. ; Fernandez, V. ; Babal, Y.K. ; Garcia-Frigola, C. ; Prieto-Colomina, A. ; Murcia-Ramón, R. ; Nomura, Y. ; Cárdenas, A. ; Feng, C. ; Moreno-Bravo, J.A. ; Götz, M. ; Mayer, C. ; Borrell, V.
Multiple parallel cell lineages in the developing mammalian cerebral cortex.Koupourtidou, C. ; Schwarz, V. ; Aliee, H. ; Frerich, S. ; Fischer-Sternjak, J. ; Bocchi, R. ; Simon-Ebert, T. ; Bai, X. ; Sirko, S. ; Kirchhoff, F. ; Dichgans, M. ; Götz, M. ; Theis, F.J. ; Ninkovic, J.
Shared inflammatory glial cell signature after stab wound injury, revealed by spatial, temporal, and cell-type-specific profiling of the murine cerebral cortex.Marconato, L. ; Palla, G. ; Yamauchi, K.A. ; Virshup, I. ; Heidari, E. ; Treis, T. ; Vierdag, W.M. ; Toth, M. ; Stockhaus, S. ; Shrestha, R.B. ; Rombaut, B. ; Pollaris, L. ; Lehner, L. ; Vöhringer, H. ; Kats, I. ; Saeys, Y. ; Saka, S.K. ; Huber, W. ; Gerstung, M. ; Moore, J. ; Theis, F.J. ; Stegle, O.
SpatialData: An open and universal data framework for spatial omics.Schieweck, R. ; Götz, M.
Pan-cellular organelles and suborganelles-from common functions to cellular diversity?Hagenberg, J. ; Budde, M. ; Pandeva, T. ; Kondofersky, I. ; Schaupp, S.K. ; Theis, F.J. ; Schulze, T.G. ; Müller, N.S. ; Heilbronner, U. ; Batra, R. ; Knauer-Arloth, J.
longmixr: A tool for robust clustering of high-dimensional cross-sectional and longitudinal variables of mixed data types.Lukauskas, S. ; Tvardovskiy, A. ; Nguyen, N.V. ; Stadler, M. ; Faull, P. ; Ravnsborg, T. ; Özdemir Aygenli, B. ; Dornauer, S. ; Flynn, H. ; Lindeboom, R.G.H. ; Barth, T.K. ; Brockers, K. ; Hauck, S.M. ; Vermeulen, M. ; Snijders, A.P. ; Müller, C.L. ; DiMaggio, P.A. ; Jensen, O.N. ; Schneider, R. ; Bartke, T.
Decoding chromatin states by proteomic profiling of nucleosome readers.Pudelko, L ; Cabianca, D.S.
The influencers' era: How the environment shapes chromatin in 3D.Shetab Boushehri, S. ; Kornivetc, A. ; Winter, D. ; Kazeminia, S. ; Essig, K. ; Schmich, F. ; Marr, C.
PXPermute reveals staining importance in multichannel imaging flow cytometry.Frenz-Wiessner, S. ; Fairley, S.D. ; Buser, M. ; Goek, I. ; Salewskij, K. ; Jonsson, G. ; Illig, D. ; Zu Putlitz, B. ; Petersheim, D. ; Li, Y. ; Chen, P.H. ; Kalauz, M. ; Conca, R. ; Sterr, M. ; Geuder, J. ; Mizoguchi, Y. ; Megens, R.T.A. ; Linder, M.I. ; Kotlarz, D. ; Rudelius, M. ; Penninger, J.M. ; Marr, C. ; Klein, C.
Generation of complex bone marrow organoids from human induced pluripotent stem cells.Unterauer, E.M. ; Shetab Boushehri, S. ; Jevdokimenko, K. ; Masullo, L.A. ; Ganji, M. ; Sograte-Idrissi, S. ; Kowalewski, R. ; Strauss, S. ; Reinhardt, S.C.M. ; Perovic, A. ; Marr, C. ; Opazo, F. ; Fornasiero, E.F. ; Jungmann, R.
Spatial proteomics in neurons at single-protein resolution.Schweiger, M. ; Arredondo-Lasso, M.N. ; Friano, M.E. ; Gil Lozano, M. ; Herzig, S. ; Uhlenhaut, N.H.
Lipid sensing nuclear receptors involved in the pathogenesis of fatty liver disease.Sonsalla, G. ; Malpartida, A.B. ; Riedemann, T. ; Gusic, M. ; Rusha, E. ; Bulli, G. ; Najas, S. ; Janjic, A. ; Hersbach, B.A. ; Smialowski, P. ; Drukker, M. ; Enard, W. ; Prehn, J.H.M. ; Prokisch, H. ; Götz, M. ; Masserdotti, G.
Direct neuronal reprogramming of NDUFS4 patient cells identifies the unfolded protein response as a novel general reprogramming hurdle.Harrer, P. ; Inderhees, J. ; Zhao, C. ; Schormair, B. ; Tilch, E. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Jöhren, O. ; Fleming, T. ; Nawroth, P.P. ; Berger, K. ; Hermesdorf, M. ; Winkelmann, J. ; Schwaninger, M. ; Oexle, K.
Phenotypic and genome-wide studies on dicarbonyls: Major associations to glomerular filtration rate and gamma-glutamyltransferase activity.Karjalainen, M.K. ; Karthikeyan, S. ; Oliver-Williams, C. ; Sliz, E. ; Allara, E. ; Fung, W.T. ; Surendran, P. ; Zhang, W. ; Jousilahti, P. ; Kristiansson, K. ; Salomaa, V. ; Goodwin, M. ; Hughes, D.A. ; Boehnke, M. ; Fernandes Silva, L. ; Yin, X. ; Mahajan, A. ; Neville, M.J. ; van Zuydam, N.R. ; de Mutsert, R. ; Li-Gao, R. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Demirkan, A. ; Liu, J. ; Noordam, R. ; Trompet, S. ; Chen, Z. ; Kartsonaki, C. ; Li, L. ; Lin, K. ; Hagenbeek, F.A. ; Hottenga, J.J. ; Pool, R. ; Ikram, M.A. ; van Meurs, J. ; Haller, T. ; Milaneschi, Y. ; Kähönen, M. ; Mishra, P.P. ; Joshi, P.K. ; Macdonald-Dunlop, E. ; Mangino, M. ; Zierer, J. ; Acar, I.E. ; Hoyng, C.B. ; Lechanteur, Y.T.E. ; Franke, L. ; Kurilshikov, A. ; Zhernakova, A. ; Beekman, M. ; van den Akker, E.B. ; Kolcic, I. ; Polasek, O. ; Rudan, I. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Asselbergs, F.W. ; Hayward, C. ; Fu, J. ; den Hollander, A.I. ; Menni, C. ; Spector, T.D. ; Wilson, J.F. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Penninx, B.W.J.H. ; Esko, T. ; Walters, R.G. ; Jukema, J.W. ; Sattar, N. ; Ghanbari, M. ; Willems van Dijk, K. ; Karpe, F. ; McCarthy, M.I. ; Laakso, M. ; Järvelin, M.R. ; Timpson, N.J. ; Perola, M. ; Kooner, J.S. ; Chambers, J.C. ; van Duijn, C.M. ; Slagboom, P.E. ; Boomsma, D.I. ; Danesh, J. ; Ala-Korpela, M. ; Butterworth, A.S. ; Kettunen, J.
Genome-wide characterization of circulating metabolic biomarkers.Pott, J. ; Kheirkhah, A. ; Gådin, J.R. ; Kleber, M.E. ; Delgado, G.E. ; Kirsten, H. ; Forer, L. ; Hauck, S.M. ; Burkhardt, R. ; Scharnagl, H. ; Loeffler, M. ; März, W. ; Thiery, J. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Silveira, A. ; Hooft, F.V. ; Kronenberg, F. ; Scholz, M.
Sex and statin-related genetic associations at the PCSK9 gene locus: Results of genome-wide association meta-analysis.Lange de Luna, J. ; Nounu, A. ; Neumeyer; S. ; Sinke, L. ; Wilson, R. ; Hellbach, F. ; Matias-Garcia, P.R. ; Delerue, T. ; Winkelmann, J. ; Peters, A. ; Thorand, B. ; Beekman, M. ; Heijmans, B.T. ; Slagboom, E. ; Gieger, C. ; Linseisen, J. ; Waldenberger, M.
Epigenome-wide association study of dietary fatty acid intake.Schaefer, B. ; Pammer, L.M. ; Pfeifer, B. ; Neururer, S. ; Troppmair, M.R. ; Panzer, M. ; Wagner, S. ; Pertler, E. ; Gieger, C. ; Kronenberg, F. ; Lamina, C. ; Tilg, H. ; Zoller, H.
Penetrance, cancer incidence and survival in HFE haemochromatosis-A population-based cohort study.Stoleriu, M.-G. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Schamberger, A.C. ; Heydarian, M. ; Ding, Y. ; Voss, C. ; Schneider, J.J. ; Gerckens, M. ; Burgstaller, G. ; Castelblanco, A. ; Kauke, T. ; Fertmann, J. ; Schneider, C. ; Behr, J. ; Lindner, M. ; Stacher-Priehse, E. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Schubert, B. ; Hauck, S.M. ; Schmid, O. ; Hatz, R.A. ; Stöger, T. ; Schiller, H. B. ; Hilgendorff, A.
COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors.Sterenborg, R.B.T.M. ; Steinbrenner, I. ; Li, Y. ; Bujnis, M.N. ; Naito, T. ; Marouli, E. ; Galesloot, T.E. ; Babajide, O. ; Andreasen, L. ; Astrup, A. ; Asvold, B.O. ; Bandinelli, S. ; Beekman, M. ; Beilby, J.P. ; Bork-Jensen, J. ; Boutin, T. ; Brody, J.A. ; Brown, S.J. ; Brumpton, B. ; Campbell, P.J. ; Cappola, A.R. ; Ceresini, G. ; Chaker, L. ; Chasman, D.I. ; Concas, M.P. ; Coutinho de Almeida, R. ; Cross, S.M. ; Cucca, F. ; Deary, I.J. ; Kjaergaard, A.D. ; Echouffo Tcheugui, J.B. ; Ellervik, C. ; Eriksson, J.G. ; Ferrucci, L. ; Freudenberg, J.M. ; Fuchsberger, C. ; Gieger, C. ; Giulianini, F. ; Gögele, M. ; Graham, S.E. ; Grarup, N. ; Gunjača, I. ; Hansen, T. ; Harding, B.N. ; Harris, S.E. ; Haunsø, S. ; Hayward, C. ; Hui, J. ; Ittermann, T. ; Jukema, J.W. ; Kajantie, E. ; Kanters, J.K. ; Kårhus, L.L. ; Kiemeney, L.A.L.M. ; Kloppenburg, M. ; Kühnel, B. ; Lahti, J. ; Langenberg, C. ; Lapauw, B. ; Leese, G. ; Li, S. ; Liewald, D.C.M. ; Linneberg, A. ; Lominchar, J.V.T. ; Luan, J. ; Martin, N.G. ; Matana, A. ; Meima, M.E. ; Meitinger, T. ; Meulenbelt, I. ; Mitchell, B.D. ; Møllehave, L.T. ; Mora, S. ; Naitza, S. ; Nauck, M. ; Netea-Maier, R.T. ; Noordam, R. ; Nursyifa, C. ; Okada, Y. ; Onano, S. ; Papadopoulou, A.A. ; Palmer, C.N.A. ; Pattaro, C. ; Pedersen, O. ; Peters, A. ; Pietzner, M. ; Polašek, O. ; Pramstaller, P.P. ; Psaty, B.M. ; Punda, A. ; Ray, D. ; Redmond, P. ; Richards, J.B. ; Ridker, P.M. ; Russ, T.C. ; Ryan, K.A. ; Olesen, M.S. ; Schultheiss, U.T. ; Selvin, E. ; Siddiqui, M.K. ; Sidore, C. ; Slagboom, P.E. ; Sørensen, T.I.A. ; Soto-Pedre, E. ; Spector, T.D. ; Spedicati, B. ; Srinivasan, S. ; Starr, J.M. ; Stott, D.J. ; Tanaka, T. ; Torlak, V. ; Trompet, S. ; Tuhkanen, J. ; Uitterlinden, A.G. ; van den Akker, E.B. ; van den Eynde, T. ; van der Klauw, M.M. ; van Heemst, D. ; Verroken, C. ; Visser, W.E. ; Vojinovic, D. ; Völzke, H. ; Waldenberger, M. ; Walsh, J.P. ; Wareham, N.J. ; Weiss, S. ; Willer, C.J. ; Wilson, S.G. ; Wolffenbuttel, B.H.R. ; Wouters, H.J.C.M. ; Wright, M.J. ; Yang, Q. ; Zemunik, T. ; Zhou, W. ; Zhu, G. ; Zöllner, S. ; Smit, J.W.A. ; Peeters, R.P. ; Köttgen, A. ; Teumer, A. ; Medici, M.
Multi-trait analysis characterizes the genetics of thyroid function and identifies causal associations with clinical implications.Pfaller, A.M. ; Kaplan, L. ; Moreira Carido Pereira, M. ; Grassmann, F. ; Díaz-Lezama, N. ; Ghaseminejad, F. ; Wunderlich, K.A. ; Glänzer, S. ; Bludau, O. ; Pannicke, T. ; Weber, B.H.F. ; Koch, S.F. ; Bonev, B. ; Hauck, S.M. ; Grosche, A.
The glucocorticoid receptor as a master regulator of the Müller cell response to diabetic conditions in mice.Werner, M. ; Hamperl, S.
A quick restart: RNA polymerase jumping onto post-replicative chromatin.Upadhyay, S. ; Rahman, M. ; Rinaldi, S. ; Koelmel, J.P. ; Lin, E.Z. ; Mahesh, P.A. ; Beckers, J. ; Johanson, G. ; Pollitt, K.J.G. ; Palmberg, L. ; Irmler, M. ; Ganguly, K.
Assessment of wood smoke induced pulmonary toxicity in normal- and chronic bronchitis-like bronchial and alveolar lung mucosa models at air-liquid interface.Mayr, C. ; Sengupta, A. ; Asgharpour, S. ; Ansari, M. ; Pestoni, J. ; Ogar, P. ; Angelidis, I. ; Liontos, A. ; Rodriguez-Castillo, J.A. ; Lang, N.J. ; Strunz, M. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Gerckens, M. ; De Sadeleer, L.J. ; Oehrle, B. ; Viteri-Alvarez, V. ; Fernandez, I.E. ; Tallquist, M. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Stoleriu, M.G. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Wuyts, W.A. ; Wasnick, R. ; Yildirim, A.Ö. ; Ahlbrecht, K. ; Morty, R.E. ; Samakovlis, C. ; Theis, F.J. ; Burgstaller, G. ; Schiller, H. B.
Sfrp1 inhibits lung fibroblast invasion during transition to injury induced myofibroblasts.Popper, B. ; Bürkle, M. ; Ciccopiedi, G. ; Marchioretto, M. ; Forné, I. ; Imhof, A. ; Straub, T. ; Viero, G. ; Götz, M. ; Schieweck, R.
Ribosome inactivation regulates translation elongation in neurons.Kirschenbaum, D. ; Xie, K. ; Ingelfinger, F. ; Katzenelenbogen, Y. ; Abadie, K. ; Look, T. ; Sheban, F. ; Phan, T.S. ; Li, B. ; Zwicky, P. ; Yofe, I. ; David, E. ; Mazuz, K. ; Hou, J. ; Chen, Y. ; Shaim, H. ; Shanley, M. ; Becker, S. ; Qian, J. ; Colonna, M. ; Ginhoux, F. ; Rezvani, K. ; Theis, F.J. ; Yosef, N. ; Weiss, T. ; Weiner, A. ; Amit, I.
Time-resolved single-cell transcriptomics defines immune trajectories in glioblastoma.Sabikunnahar, B. ; Caldwell, S. ; Varnum, S. ; Hogan, T. ; Lahue, K.G. ; Rathkolb, B. ; Gerlini, R. ; Dragano, N.R.V. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Irmler, M. ; Sanz-Moreno, A. ; da Silva Buttkus, P. ; Beckers, J. ; Wolf, E. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Hrabě de Angelis, M. ; Ather, J.L. ; Poynter, M.E. ; Krementsov, D.N. ; German Mouse Clinic Consortium (Hölter, S.M. ; Wurst, W.)
LncRNA U90926 is dispensable for the development of obesity-associated phenotypes in vivo.Martens, L.D. ; Fischer, D.S. ; Yépez, V.A. ; Theis, F.J. ; Gagneur, J.
Modeling fragment counts improves single-cell ATAC-seq analysis.Wagner, S. ; Matek, C. ; Shetab Boushehri, S. ; Boxberg, M. ; Lamm, L. ; Sadafi, A. ; Winter, D. ; Marr, C. ; Peng, T.
Built to last? Reproducibility and reusability of deep learning algorithms in computational pathology.Sadafi, A. ; Salehi, R. ; Gruber, A. ; Shetab Boushehri, S. ; Giehr, P. ; Navab, N. ; Marr, C.
A continual learning approach for cross-domain white blood cell classification.Gayoso, A. ; Weiler, P. ; Lotfollahi, M. ; Klein, D. ; Hong, J. ; Streets, A. ; Theis, F.J. ; Yosef, N.
Deep generative modeling of transcriptional dynamics for RNA velocity analysis in single cells.