Rolled up magazines on blue background

Publications

2025 in
In: (Proceedings - 2025 IEEE/CVF International Conference on Computer Vision Workshops, ICCV-W 2025, 19-20 October 2025, Honolulu). 10662 Los Vaqueros Circle, Po Box 3014, Los Alamitos, Ca 90720-1264 Usa: Ieee Computer Soc, 2025. 1136-1144

Boada, J.C. ; Umer, R.M. ; Marr, C.

CytoDiff: AI-Driven Cytomorphology Image Synthesis for Medical Diagnostics.
2025 in
In: (Proceedings 2025 IEEE Cvf International Conference on Computer Vision Workshops Iccv W 2025, 19-20 October 2025, Honolulu). 10662 Los Vaqueros Circle, Po Box 3014, Los Alamitos, Ca 90720-1264 Usa: Ieee Computer Soc, 2025. 1193-1203

Gindra, R. ; Palla, G. ; Nguyen, M. ; Wagner, S. ; Tran, M. ; Theis, F.J. ; Saur, D. ; Crawford, L. ; Peng, T.

A Large-Scale Benchmark of Cross-Modal Learning for Histology and Gene Expression in Spatial Transcriptomics.
2025 in
In: (20th Machine Learning in Computational Biology, MLCB 2025, 10-11 September 2025, New York). 2025. accepted ( ; 311)

Chaudhary, S. ; Voigts, A. ; Vilov, S. ; Heinig, M. ; Casale, F.P.

AI-based histopathology phenotyping reveals germline loci shaping breast cancer morphology.

Henao, J. ; Kindt, A. ; Seegmüller, T. ; Foerster, K. ; Flemmer, A.W. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Frankenberger, M. ; Theis, F.J. ; Schubert, B. ; List, M. ; Hilgendorff, A.

Multi-omic signatures relate to the severity of pulmonary outcome in neonates traced into adult disease.
Cell Syst. 16:101200 (2025)

Moffitt, J.R. ; Li, M. ; Nie, Q. ; Kanemaru, K. ; Teichmann, S.A. ; Dar, D. ; Kagohara, L.T. ; Itzkovitz, S. ; Vento-Tormo, R. ; Yanai, I. ; Fertig, E.J. ; Theis, F.J.

What is the main bottleneck in deriving biological understanding from spatial transcriptomic profiling?

Heumos, L. ; Ji, Y. ; May, L. ; Green, T.D. ; Peidli, S. ; Zhang, X. ; Wu, X. ; Ostner, J. ; Schumacher, A. ; Hrovatin, K. ; Müller, M. ; Chong, F. ; Sturm, G. ; Tejada Lapuerta, A. ; Dann, E. ; Dong, M. ; Pinto, G. ; Bahrami, M. ; Gold, I. ; Rybakov, S. ; Namsaraeva, A. ; Moinfar, A.A. ; Zheng, Z. ; Roellin, E. ; Mekki, I.I ; Sander, C. ; Lotfollahi, M. ; Schiller, H.B. ; Theis, F.J.

Pertpy: An end-to-end framework for perturbation analysis.

Oak, M.S. ; Stock, M. ; Janeva, A. ; Mezes, M. ; Hynes-Allen, A.M. ; Straub, T. ; Forné, I. ; Ettinger, A. ; Hamperl, S. ; Imhof, A. ; van den Ameele, J. ; Scialdone, A. ; Hörmanseder, E.

Pre-marking chromatin with H3K4 methylation is required for accurate zygotic genome activation and development.
Aging 17, 2902-2915 (2025)

Saad, R. ; Costeira, R. ; Matias-Garcia, P.R. ; Villicaña, S. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Peters, A. ; Kastenmüller, G. ; Rodriguez-Mateos, A. ; Dias, C. ; Menni, C. ; Waldenberger, M. ; Bell, J.T.

Theobromine is associated with slower epigenetic ageing.

Makris, K. ; Fonda, V. ; Ramadhani, F.F. ; Fadel, L. ; Davezac, M. ; Payet, B. ; Deligiannis, I.K. ; Zhang, L. ; Horn, T. ; Heimerl, L. ; Jouffe, C. ; Heddes, M. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Quagliarini, F. ; Uhlenhaut, N.H.

Hepatic metabolic reprogramming in male mice during short-term caloric restriction involves enhanced glucocorticoid rhythms.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 47478-47508 ( ; 267)

Palma, A. ; Rybakov, S. ; Hetzel, L. ; Günnemann, S. ; Theis, F.J.

Enforcing Latent Euclidean Geometry in Single-Cell VAEs for Manifold Interpolation.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 61769-61789 ( ; 267)

von Kleist, H. ; Wendland, J.R. ; Shpitser, I. ; Marr, C.

Feature Importance Metrics in the Presence of Missing Data.
Mamm. Genome 37:10 (2025)

Ehlich, H. ; Blease, A. ; Biju, R. ; Gustems, M. ; Song, F. ; Fessele, S. ; Massimi, M. ; Bozonelos, K. ; Ntafis, V. ; Hiltunen, A.E. ; Marschall, S. ; Stoeger, C. ; Khorshidi, Z. ; Ziadi, A. ; Jambou, K. ; Armagno, A. ; Scavizzi, F. ; Raspa, M. ; Fernández, J. ; del Hierro, M.J. ; Ayadi, A. ; Pensavalle, J. ; Prevost, G. ; Dufkova, L. ; Krupkova, M. ; Nickl, P. ; Krimpenfort, P. ; Jonkers, J. ; Valera Vazquez, G. ; Raess, M. ; Beckers, J. ; Moles, A. ; Dahlhoff, M. ; Montoliu, L. ; Herault, Y. ; Hinttala, R. ; Kontoyiannis, D.L. ; Sedlacek, R. ; Hrabě de Angelis, M. ; Boersma, A.A. ; Matteoni, R.

A quality framework for cryopreserved rodent disease models: INFRAFRONTIER quality principles in EMMA archiving and distribution.
Diabetes Care 49, 282-291 (2025)

Ge, J. ; Han, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Yu, S. ; Zheng, J. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Schlesinger, S. ; Koenig, W. ; Linkohr, B. ; Thorand, B. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Integrative metabolomics of targeted and non-targeted analyses in T2D progression.

Padovani, F. ; Stegmaier, T. ; Mairhörmann, B. ; Schmoller, K.M.

Analysis of multidimensional microscopy data using cell-ACDC.
EMBO Rep. 26, 4691-4722 (2025)

Ummethum, H. ; Murriello, A.C. ; Werner, M. ; Márquez-Gómez, E. ; König, A.-C. ; Kruse, E. ; Lalonde, M. ; Trauner, M. ; Chanou, A. ; Weiß, M. ; Lee, C.S.K. ; Ettinger, A. ; Erhard, F. ; Hauck, S.M. ; Hamperl, S.

The CGG triplet repeat binding protein 1 counteracts R-loop induced transcription-replication stress.
Nucleic Acids Res. 54, D652-D660 (2025)

Türei, D. ; Schaul, J. ; Palacio-Escat, N. ; Bohár, B. ; Bai, Y. ; Ceccarelli, F. ; Çevrim, E. ; Daley, M. ; Darcan, M. ; Dimitrov, D. ; Dogan, T. ; Domingo-Fernández, D. ; Dugourd, A. ; Gábor, A. ; Gul, L. ; Hall, B.A. ; Hoyt, C.T. ; Ivanova, O. ; Klein, M. ; Lawrence, T. ; Mañanes, D. ; Módos, D. ; Müller-Dott, S. ; Ölbei, M. ; Schmidt, C. ; Şen, B. ; Theis, F.J. ; Ünlü, A. ; Ulusoy, E. ; Valdeolivas, A. ; Korcsmáros, T. ; Saez-Rodriguez, J.

OmniPath: Integrated knowledgebase for multi-omics analysis.
Cell Rep. 44:116565 (2025)

Wagner, C.B. ; Longaretti, M. ; Sergi, S.G. ; Singh, N. ; Tsirkas, I. ; Bento, F. ; Wong, R.P. ; Wilkens, M. ; Hamperl, S. ; Butter, F. ; Aharoni, A. ; Ulrich, H.D. ; Luke, B.

Rad53 regulates RNase H1, which promotes DNA replication through sites of transcription-replication conflict.

Shetab Boushehri, S. ; Kazeminia, S. ; Gruber, A. ; Matek, C. ; Spiekermann, K. ; Pohlkamp, C. ; Haferlach, T. ; Marr, C.

A large expert-annotated single-cell peripheral blood dataset for hematological disease diagnostics.
Bioinformatics 41:btaf607 (2025)

Lucarelli, D. ; Kos, T. ; Shull, C. ; Jimenez, S. ; Öllinger, R. ; Rad, R. ; Saur, D. ; Theis, F.J.

QuiCAT: A scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences.

Linkohr, B. ; Heier, M. ; Gieger, C. ; Thorand, B. ; Grallert, H. ; Holle, R. ; Karrasch, S. ; Koenig, W. ; Ladwig, K.H. ; Laxy, M. ; Lorenz-Depiereux, B. ; Rospleszcz, S. ; Schneider, A.E. ; Schulz, H. ; Schwettmann, L. ; Standl, M. ; Waldenberger, M. ; Wang-Sattler, R. ; Wolf, K. ; Dallavalle, M. ; Rückert-Eheberg, I.-M. ; Schneider, A. ; Leidl, R. ; Wichmann, H.-E. ; Peters, A.

Cohort profile: Cooperative health research in the region of Augsburg (KORA) 1984-2024.

Firsova, A.B. ; Marco Salas, S. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Sountoulidis, A. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Alonso Galicia, L. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Gote-Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K.B. ; Timens, W. ; Schiller, H.B. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C. ; Samakovlis, C.

Spatial single-cell atlas reveals regional variations in healthy and diseased human lung.
EMBO J., DOI: 10.1038/s44318-025-00571-5 (2025)

Kukhtevich, I. ; Persson, S. ; Padovani, F. ; Schneider, R. ; Cvijovic, M. ; Schmoller, K.M.

The origin of septin ring size control in budding yeast.

Boerstler, T. ; Kachkin, D. ; Gerasimova, E. ; Zagha, N. ; Furlanetto, F. ; Nayebzade, N. ; Zappia, L. ; Boisvert, M. ; Farrell, M. ; Ploetz, S. ; Prots, I. ; Regensburger, M. ; Günther, C. ; Winkler, J. ; Gupta, P. ; Theis, F.J. ; Karow, M. ; Falk, S. ; Winner, B. ; Krach, F.

Deciphering brain organoid heterogeneity by identifying key quality determinants.

Ratajczak, F. ; Heinig, M. ; Falter-Braun, P.

Exploring the omnigenic architecture of selected complex traits.
ACS Nano 19, 39139-39156 (2025)

Voss, C. ; Han, L. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Haefner, V. ; Angelidis, I. ; Mayr, C.H. ; Berthing, T. ; Zhou, Q. ; Günther, E. ; Huzain, O. ; Schmid, O. ; Vogel, U. ; Schniering, J. ; Gaedcke, S. ; Theis, F.J. ; Schiller, H.B. ; Stöger, T.

Toward a ToxAtlas of carbon-based nanomaterials: Single-cell RNA sequencing reveals initiating cell circuits in pulmonary inflammation.
Cell Death Dis. 16:775 (2025)

Bhattacharya, D. ; da Silva Buttkus, P. ; Nalbach, K. ; Cheng, L. ; Garrett, L. ; Irmler, M. ; Kislinger, G. ; Werner, G. ; Rodde, R. ; Lengger, C. ; Beckers, J. ; Zimprich, A. ; Hölter, S.M. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Hrabě de Angelis, M. ; Wefers, B. ; Wurst, W. ; Brill, M.S. ; Schifferer, M. ; Lichtenthaler, S.F. ; Behrends, C.

Neuropathy-associated Tecpr2 mutation knock-in mice reveal endolysosomal loss of function phenotypes in neurons and microglia.
EMBO Rep. 26, 4203-4218 (2025)

Hennes, M. ; Richter, M. ; Fischer-Sternjak, J. ; Götz, M.

Astrocyte diversity and subtypes: Aligning transcriptomics with multimodal perspectives.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-025-02814-z (2025)

Tejada Lapuerta, A. ; Schaar, A. ; Gutgesell, R.M. ; Palla, G. ; Halle, L. ; Minaeva, M. ; Vornholz, L. ; Dony, L. ; Drummer, F. ; Richter, T. ; Bahrami, M. ; Theis, F.J.

Nicheformer: A foundation model for single-cell and spatial omics.
BMC Genomics 26:974 (2025)

Hrovatin, K. ; Moinfar, A.A. ; Zappia, L. ; Parikh, S. ; Tejada Lapuerta, A. ; Lengerich, B. ; Kellis, M. ; Theis, F.J.

Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects.
Nat. Cell Biol. 27, 1603-1604 (2025)

Fratton, A. ; Bonev, B.

Deciphering glioma susceptibility.
Front. Cell. Neurosci. 19:1635551 (2025)

Martinez-Reza, M.F. ; Götz, M.

Wrap it up: Myelination of transplanted neurons for repair.
Science 390:eadi8577 (2025)

DeMeo, B. ; Nesbitt, C. ; Miller, S.A. ; Burkhardt, D.B. ; Lipchina, I. ; Fu, D. ; Holderreith, P. ; Kim, D. ; Kolchenko, S. ; Szalata, A. ; Gupta, I. ; Kerr, C. ; Pfefer, T.J. ; Rojas-Rodriguez, R. ; Kuppassani, S. ; Kruidenier, L. ; Doshi, P.B. ; Zamanighomi, M. ; Collins, J.J. ; Shalek, A.K. ; Theis, F.J. ; Cortes, M.

Active learning framework leveraging transcriptomics identifies modulators of disease phenotypes.

Yang, K. ; Spitzer, H. ; Sterr, M. ; Hrovatin, K. ; de la O, S. ; Zhang, X. ; Setyono, E.S.A. ; Ud-Dean, M. ; Walzthoeni, T. ; Flisikowski, K. ; Flisikowska, T. ; Schnieke, A. ; Scheibner, K. ; Wells, J.M. ; Sneddon, J.B. ; Kessler, B. ; Wolf, E. ; Kemter, E. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.

A multimodal cross-species comparison of pancreas development.

Schmid, K.T. ; Symeonidi, A. ; Hlushchenko, D. ; Richter, M.L. ; Tijhuis, A.E. ; Foijer, F. ; Colomé-Tatché, M.

Benchmarking scRNA-seq copy number variation callers.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-025-02854-5 (2025)

Hingerl, J.C. ; Martens, L.D. ; Karollus, A. ; Manz, T. ; Buenrostro, J.D. ; Theis, F.J. ; Gagneur, J.

scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution.
2025 in
In: (28th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, AISTATS 2025, 3-5 May 2025, Mai Khao). 2025. 5149-5157 ( ; 258)

Sun, X. ; Chen, N. ; Gossmann, A. ; Wohlrapp, M. ; Xing, Y. ; Dorigatti, E. ; Feistner, C. ; Drost, F. ; Scarcella, D. ; Beer, L.H. ; Marr, C.

M-HOF-Opt: Multi-Objective Hierarchical Output Feedback Optimization via Multiplier Induced Loss Landscape Scheduling.

Ali, M. ; Richter, S. ; Ertürk, A. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Graph neural networks learn emergent tissue properties from spatial molecular profiles.

Träuble, K. ; Munz, M. ; Pauli, J. ; Sachs, N. ; Vafadarnejad, E. ; Carrillo-Roa, T. ; Maegdefessel, L. ; Kastner, P. ; Heinig, M.

Integrated single-cell atlas of human atherosclerotic plaques.
Sci. Adv. 11:eady0080 (2025)

Melton, R. ; Jimenez, S. ; Elison, W. ; Tucciarone, L. ; Howell, A. ; Wang, G. ; Berti, D. ; Beebe, E.T. ; Miller, M. ; Zeng, C. ; McGrail, C. ; VanderStel, K. ; Korgaonkar, K. ; Elgamal, R. ; Mummey, H. ; Chiou, J. ; Griffin, E. ; Kusmartseva, I. ; Atkinson, M. ; Preissl, S. ; Theis, F.J. ; Sander, M. ; Gaulton, K.J.

Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs of type 1 diabetes progression.
Nat. Struct. Mol. Biol. 32, 2128-2129 (2025)

Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Noll, C. ; Schorpp, K.K. ; Rothenaigner, I. ; Ruiz-Morales, E.R. ; Lubatti, G. ; Agami, A. ; Hadian, K. ; Scialdone, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Addendum: Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development.
2025 in
In: (RExPO25, 24-26 September 2025, Barcelona, Spain). 2025.

Beckers, J. ; Valera, G. ; Raess, M.

INFRAFRONTIER – the European Research Infrastructure for In Vivo and In Vitro Diseases Modelling.
Mol. Cell 85, 3554-3561 (2025)

Keogh, M.C. ; Almouzni, G. ; Andrews, A.J. ; Armache, K.J. ; Arrowsmith, C.H. ; Baek, S.H. ; Bedford, M.T. ; Bernstein, E. ; Côté, J.-A. ; David, Y. ; Denu, J.M. ; Fierz, B. ; Garcia, B.A. ; Glass, K.C. ; Gozani, O. ; Helin, K. ; Henikoff, S. ; Jensen, O.N. ; Josefowicz, S.Z. ; Kelleher, N.L. ; Kutateladze, T.G. ; Lindner, H.H. ; Lu, C. ; Luger, K. ; Mallick, P. ; Musselman, C.A. ; Muir, T.W. ; Pasa-Tolic, L. ; Schneider, R. ; Shi, X. ; Shi, Y. ; Sidoli, S. ; Smith, L.M. ; Tyler, J.K. ; Wolberger, C. ; Workman, J.L. ; Strahl, B.D. ; Young, N.L.

A needed nomenclature for nucleosomes.

Freimann, K. ; Brümmer, A. ; Warmerdam, R. ; Rupall, T.S. ; Hernández-Ledesma, A.L. ; Chiou, J. ; Holzinger, E.R. ; Maranville, J.C. ; Nakić, N. ; Ongen, H. ; Stefanucci, L. ; Turchin, M.C. ; Franke, L. ; Võsa, U. ; Jones, C.P. ; Medina-Rivera, A. ; Trynka, G. ; Kisand, K. ; Bergmann, S. ; PRECISESADS Clinical Consortium (Farzeen, A.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Prokisch, H.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Gieger, C.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Peters, A.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Stumvoll, M.)

Trans-eQTL mapping prioritises USP18 as a negative regulator of interferon response at a lupus risk locus.
Diabetologia, DOI: 10.1007/s00125-025-06549-6 (2025)

Sinke, L. ; Delerue, T. ; Wilson, R. ; Lu, X. ; Xia, Y. ; Costeira, R. ; Nasr, M.K. ; Beekman, M. ; Franke, L. ; Zhernakova, A. ; Fu, J. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Koenig, W. ; Peters, A. ; Ordovas, J.M. ; Dörr, M. ; Grabe, H.J. ; Nauck, M. ; Bell, J.T. ; Teumer, A. ; Snieder, H. ; Waldenberger, M. ; Slagboom, P.E. ; Heijmans, B.T.

DNA methylation of genes involved in lipid metabolism drives adiponectin levels and metabolic disease.
iScience 28:113617 (2025)

Gillet, J.P. ; Gerard, L. ; Vieira, W. ; Fourrez, M. ; Gaudray, F. ; Rathkolb, B. ; Rozman, J. ; Klein-Rodewald, T. ; Becker, L. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Horsch, M. ; Spielmann, N. ; Prehn, C. ; Bihin, B. ; Beckers, J. ; Fuchs, H. ; Gailus-Durner, V. ; Hrabě de Angelis, M. ; Southon, E. ; Tessarollo, L. ; Xia, D. ; Gottesman, M.M.

Abcb5-deficient mice show a subtle, pleiotropic phenotype indicating a role for this transporter in intermediary metabolism.
Science 390:eadr8785 (2025)

Furtwangler, B. ; Uresin, N. ; Richter, S. ; Schuster, M.B. ; Barmpouri, D. ; Holze, H. ; Wenzel, A. ; Grønbæk, K. ; Theilgaard-Mönch, K. ; Theis, F.J. ; Schoof, E.M. ; Porse, B.T.

Mapping early human blood cell differentiation using single-cell proteomics and transcriptomics.
Mol. Nutr. Food Res. 69:e70261 (2025)

Skerrett-Byrne, D.A. ; Pepin, A.-S. ; Laurent, K. ; Beckers, J. ; Schneider, R. ; Hrabě de Angelis, M. ; Teperino, R.

Dad's diet shapes the future: How paternal nutrition impacts placental development and childhood metabolic health.
Nat. Biotechnol. 43, 1035-1040 (2025)

Luecken, M. ; Gigante, S. ; Burkhardt, D.B. ; Cannoodt, R. ; Strobl, D.C. ; Markov, N.S. ; Zappia, L. ; Palla, G. ; Lewis, W. ; Dimitrov, D. ; Vinyard, M.E. ; Magruder, D.S. ; Müller, M. ; Andersson, A. ; Dann, E. ; Qin, Q. ; Otto, D.J. ; Klein, M. ; Botvinnik, O.B. ; Deconinck, L. ; Waldrant, K. ; Yasa, S.N. ; Szałata, A. ; Benz, A. ; Li, Z. ; Bloom, J.M. ; Pisco, A.O. ; Saez-Rodriguez, J. ; Wulsin, D. ; Pinello, L. ; Saeys, Y. ; Theis, F.J. ; Krishnaswamy, S.

Defining and benchmarking open problems in single-cell analysis.

van der Graaf, A. ; Warmerdam, R. ; Auwerx, C. ; Võsa, U. ; Borges, M.C. ; Franke, L. ; eQTLGen Consortium (Farzeen, A. ; Gieger, C. ; Peters, A.)

MR-link-2: Pleiotropy robust cis Mendelian randomization validated in three independent reference datasets of causality.
Cardiovasc. Diabetol. 24:321 (2025)

Niu, J. ; Rodriguez, E. ; Štambuk, T. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Mraz, N. ; Seissler, J. ; Skurk, T. ; Schlesinger, S. ; Peters, A. ; Lauc, G. ; Gieger, C. ; Grallert, H.

Longitudinal study reveals plasma glycans associations with prediabetes/type 2 diabetes in KORA study.
Genome Biol. 26:216 (2025)

Bakhtiari, M. ; Bonn, S. ; Theis, F.J. ; Zolotareva, O. ; Baumbach, J.

FedscGen: Privacy-preserving federated batch effect correction of single-cell RNA sequencing data.
Nat. Med. 31, 3151–3168 (2025)

Smit, R.A.J. ; Wade, K.H. ; Hui, Q. ; Arias, J.D. ; Yin, X. ; Christiansen, M.R. ; Yengo, L. ; Preuss, M.H. ; Nakabuye, M. ; Rocheleau, G. ; Graham, S.E. ; Buchanan, V.L. ; Sakaue, S. ; Vedantam, S. ; Wilson, E.P. ; Chen, S.H. ; Ferreira, T. ; Lüll, K. ; Akiyama, M. ; Allison, M.A. ; Alvarez, M. ; Andersen, M.K. ; Cañadas-Garre, M. ; Chai, J.F. ; Chesi, A. ; Choi, S.H. ; Christofidou, P. ; Delgado, G.E. ; Delitala, A. ; Deng, X. ; Eichelmann, F. ; Faul, J.D. ; Fernandez-Lopez, J.C. ; Guo, X. ; Gustafsson, S. ; Haworth, S.J. ; Heard-Costa, N. ; Hemerich, D. ; Highland, H.M. ; Katsuya, T. ; Kawaguchi, T. ; Leonard, H.L. ; Li, H. ; Liang, J. ; Lin, H. ; Lin, K. ; Lorés-Motta, L. ; Lyytikäinen, L.P. ; Malik, M.Z. ; Mattheisen, M. ; Melendez, T.L. ; Milaneschi, Y. ; Mononen, N. ; Mucha, S. ; Mykkänen, J. ; Nho, C.W. ; Nielsen, A.A. ; Ntalla, I. ; Pauper, M. ; Petersen, E.R.B. ; Petersen, L.V. ; Raffield, L.M. ; Rasheed, A. ; Rayner, N.W. ; Ruggiero, D. ; Shin, J.H. ; Sidore, C. ; Sim, X. ; Smith, J.A. ; Smyth, L.J. ; Southam, L. ; Tayo, B.O. ; Tesolin, P. ; Trompet, S. ; van Klinken, J.B. ; van Setten, J. ; Wang, C.A. ; Wang, Z. ; Wielscher, M. ; Zhou, W. ; Asselbergs, F.W. ; Åsvold, B.O. ; Bennett, D.A. ; Borja, J.B. ; Brandslund, I. ; Brumpton, B. ; Chandak, G.R. ; Chanock, S.J. ; Chaturvedi, N. ; Chen, Z. ; Cole, J.W. ; Dedoussis, G.V. ; den Hollander, A.I. ; Evans, M.K. ; Ferrucci, L. ; Fornage, M. ; Gieger, C. ; González-Villalpando, C. ; Gordon-Larsen, P. ; Grallert, H. ; Griffiths, L. ; Hansen, T. ; Hartman, C.A. ; Hattersley, A.T. ; Huang, W. ; Huffman, J.E. ; Ichihara, S. ; Ikram, M.A. ; Jöckel, K.H. ; Kardia, S.L.R. ; Karpe, F. ; Kiemeney, L.A.L.M. ; Kirchhof, P. ; Kraaijeveld, A.O. ; Kumari, M. ; Laakso, M. ; Lee, N.R. ; Lehtimäki, T. ; London, B. ; Lubitz, S.A. ; Mitchell, B.D. ; Mitchell, P. ; Nalls, M.A. ; Newton-Cheh, C. ; Niinikoski, H. ; Nikus, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Parra, E.J. ; Pennell, C.E. ; Peters, A. ; Province, M.A. ; Fatumo, S. ; McCaffery, J.M. ; Timpson, N.J. ; Zeggini, E. ; Hirschhorn, J.N. ; Sun, Y.V. ; Berndt, S.I. ; Loos, R.J.F.

Polygenic prediction of body mass index and obesity through the life course and across ancestries.
Bioinformatics 41, i314-i322 (2025)

Ouologuem, S. ; Martens, L.D. ; Schaar, A. ; Shulman, M. ; Gagneur, J. ; Theis, F.J.

Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data.
Transl. Psychiatry 15, 12:207 (2025)

Bentley, A.R. ; Brown, M.R. ; Musani, S.K. ; Schwander, K.L. ; Winkler, T.W. ; Sims, M. ; Kilpeläinen, T.O. ; Aschard, H. ; Bartz, T.M. ; Bielak, L.F. ; Chai, J.F. ; Chitrala, K.N. ; Franceschini, N. ; Graff, M. ; Guo, X. ; Hartwig, F.P. ; Horimoto, A.R.V.R. ; Lim, E. ; Liu, Y. ; Manning, A.K. ; Nolte, I.M. ; Noordam, R. ; Richard, M.A. ; Smith, A.V. ; Sung, Y.J. ; Vojinovic, D. ; Wang, R. ; Wang, Y. ; Feitosa, M.F. ; Harris, S.E. ; Lyytikäinen, L.P. ; Pistis, G. ; Rauramaa, R. ; van der Most, P.J. ; Ware, E.B. ; Weiss, S. ; Wen, W. ; Yanek, L.R. ; Arking, D.E. ; Arnett, D.K. ; Ballantyne, C. ; Boerwinkle, E. ; Chen, Y.I. ; Daviglus, M.L. ; de Las Fuentes, L. ; de Vries, P.S. ; Delaney, J.A.C. ; Fretts, A.M. ; Ekunwe, L. ; Faul, J.D. ; Gallo, L.C. ; Heikkinen, S. ; Homuth, G. ; Ikram, M.A. ; Isasi, C.R. ; Jonas, J.B. ; Keltikangas-Järvinen, L. ; Komulainen, P. ; Kraja, A.T. ; Krieger, J.E. ; Launer, L. ; Liu, J. ; Lohman, K. ; Luik, A.I. ; Manichaikul, A.W. ; Marques-Vidal, P. ; Milaneschi, Y. ; Mwasongwe, S.E. ; O'Connell, J.R. ; Rice, K. ; Rich, S.S. ; Schreiner, P.J. ; Schwettmann, L. ; Shikany, J.M. ; Shu, X.O. ; Smith, J.A. ; Snieder, H. ; Sotoodehnia, N. ; Tai, E.S. ; Taylor, K.D. ; Tinker, L.E. ; Tsai, M.Y. ; Uitterlinden, A.G. ; van Duijn, C.M. ; van Heemst, D. ; Waldenberger, M. ; Wallace, R.B. ; Wee, H.L. ; Weir, D.R. ; Wei, W.B. ; Willems van Dijk, K. ; Wilson, G. ; Yao, J. ; Young, K.L. ; Zhang, X. ; Zhao, W. ; Zhu, X. ; Zonderman, A.B. ; Deary, I.J. ; Gieger, C. ; Grabe, H.J. ; Lakka, T.A. ; Lehtimäki, T. ; Oldehinkel, A.J. ; Preisig, M. ; Wang, Y.X. ; Zheng, W. ; Evans, M.K. ; Province, M. ; Gauderman, J. ; Gudnason, V. ; Hartman, C.A. ; Horta, B.L. ; Kardia, S.L.R. ; Kooperberg, C. ; Liu, C.T. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Penninx, B.W. ; Pereira, A.C. ; Peyser, P.A. ; Psaty, B.M. ; Rotter, J.I. ; Sim, X. ; North, K.E. ; Rao, D.C. ; Bierut, L. ; Miller, C.L. ; Morrison, A.C. ; Rotimi, C.N. ; Fornage, M. ; Fox, E.R.

Multi-ancestry genome-wide association analyses incorporating SNP-by-psychosocial interactions identify novel loci for serum lipids.
Mol. Cell 85, 2503-2516.e8 (2025)

Matthews, R.E. ; Danac, J.M.C. ; Naden, E.L. ; Farleigh Smith, L.E. ; Lestari, S. ; Gungi, A. ; Appert, A. ; Buttress, T. ; Verma, A. ; Sinclair, O. ; Chong, F. ; Suberu, J. ; Antrobus, R. ; Bonev, B. ; Dawson, M.A. ; Reid, A.J. ; Timms, R.T. ; Ahringer, J. ; Tchasovnikarova, I.A.

CRAMP1 drives linker histone expression to enable Polycomb repression.
Nature 644, 1002-1009 (2025)

Binz, M. ; Akata, E. ; Bethge, M. ; Brändle, F. ; Callaway, F. ; Coda-Forno, J. ; Dayan, P. ; Demircan, C. ; Eckstein, M.K. ; Éltető, N. ; Griffiths, T.L. ; Haridi, S. ; Jagadish, A.K. ; Ji-An, L. ; Kipnis, A. ; Kumar, S. ; Ludwig, T. ; Mathony. M. ; Mattar, M. ; Modirshanechi, A. ; Nath, S.S. ; Peterson, J.C. ; Rmus, M. ; Russek, E.M. ; Saanum, T. ; Schubert, J.A. ; Schulze Buschoff, L.M. ; Singhi, N. ; Sui, X. ; Thalmann, M. ; Theis, F.J. ; Truong, V. ; Udandarao, V. ; Voudouris, K. ; Wilson, R. ; Witte, K. ; Wu, S. ; Wulff, D.U. ; Xiong, H. ; Schulz, E.

A foundation model to predict and capture human cognition.
Cardiovasc. Diabetol. 24:252 (2025)

Lai, L. ; Juntilla, D.L. ; Gomez Alonso, M.D.C. ; Grallert, H. ; Thorand, B. ; Farzeen, A. ; Rathmann, W. ; Winkelmann, J. ; Prokisch, H. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Correction: Longitudinal association between DNA methylation and type 2 diabetes: Findings from the KORA F4/FF4 study.
Development 152:dev204384 (2025)

Liu, Y.-H. ; Schneider, R.

Histone modifications in development.
Pancreatol. 25, 718-727 (2025)

Schmidt, A.W. ; Demidov, G. ; Krannich, F. ; Heinig, M. ; Ossowski, S. ; Witt, H. ; Rosendahl, J. ; Laumen, H.

Genome-wide discovery of enhancer - promoter interactions in the human pancreas using an improved Activity-By-Contact-based model.

Mello, R.M. ; Gomez Ceballos, D. ; Sandate, C.R. ; Wang, S. ; Jouffe, C. ; Agudelo, D. ; Uhlenhaut, N.H. ; Thomä, N.H. ; Simon, M.C. ; Lamia, K.A.

BMAL1 and ARNT enable circadian HIF2α responses in clear cell renal cell carcinoma.
Cancer Cell 43, 1495-1511.e7 (2025)

Schweizer, L. ; Kenny, H.A. ; Krishnan, R. ; Kelliher, L. ; Bilecz, A.J. ; Heide, J. ; Donle, L. ; Shimizu, A. ; Metousis, A. ; Mendoza, R. ; Nordmann, T.M. ; Rauch, S. ; Richter, S. ; Li, Y. ; Rosenberger, F.A. ; Strauss, M.T. ; Kurnit, K.C. ; Thielert, M. ; Rodriguez, E. ; Müller-Reif, J.B. ; Yamada, S.D. ; Theis, F.J. ; Mund, A. ; Lastra, R.R. ; Mann, M. ; Lengyel, E.

Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression.
Plant Physiol. Biochem. 227:110184 (2025)

Kondak, D. ; Deák, A. ; Rónavári, A. ; Bodor, T. ; Kondak, S. ; Adedokun, O.P. ; Benkő, P. ; Szőllősi, R. ; Szalai, G. ; Janda, T. ; Ayaydin, F. ; Lindermayr, C. ; Kónya, Z. ; Kolbert, Z.

Chitosan encapsulated S-nitrosoglutathione is an efficient nanodonor in Brassica napus seedlings.

Strickland, B.A. ; Babl, A. ; Wolff, L. ; Singh, P. ; Friano, M.E. ; Greulich, F. ; Uhlenhaut, N.H.

C-terminal binding protein 2 interacts with JUNB to control macrophage inflammation.

Dreher, S.I. ; Goj, T. ; von Toerne, C. ; Hoene, M. ; Irmler, M. ; Ouni, M. ; Jähnert, M. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Peter, A. ; Moller, A. ; Birkenfeld, A.L. ; Schürmann, A. ; Hauck, S.M. ; Weigert, C.

Sex differences in resting skeletal muscle and the acute and long-term response to endurance exercise in individuals with overweight and obesity.
J. Immunother. Cancer 13:e011698 (2025)

Andreu-Sanz, D. ; Gregor, L. ; Carlini, E. ; Scarcella, D. ; Marr, C. ; Kobold, S.

Predictive value of preclinical models for CAR-T cell therapy clinical trials: A systematic review and meta-analysis.
2025 in
In: (22nd IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, ISBI 2025, 14-17 April 2025, Houston). 345 E 47th St, New York, Ny 10017 Usa: Ieee, 2025. 5

Endres, P. ; Koch, V. ; Schnabel, J. ; Marr, C.

CellPilot: A unified approach to automatic and interactive segmentation in histopathology.

Tran, M. ; Schmidle, P. ; Guo, R.R. ; Wagner, S. ; Koch, V. ; Lupperger, V. ; Novotny, B. ; Murphree, D.H. ; Hardway, H.D. ; D'Amato, M. ; Lefkes, J. ; Geijs, D.J. ; Feuchtinger, A. ; Böhner, A. ; Kaczmarczyk, R. ; Biedermann, T. ; Amir, A.L. ; Mooyaart, A.L. ; Ciompi, F. ; Litjens, G. ; Wang, C. ; Comfere, N.I. ; Eyerich, K. ; Braun, S.A. ; Marr, C. ; Peng, T.

Generating dermatopathology reports from gigapixel whole slide images with HistoGPT.
Cell 188, 4424-4440 (2025)

Trendel, J. ; Trendel, S. ; Sha, S. ; Greulich, F. ; Goll, S. ; Wudy, S.I. ; Kleigrewe, K. ; Kubicek, S. ; Uhlenhaut, N.H. ; Kuster, B.

The human proteome with direct physical access to DNA.
Curr. Opin. Cell Biol. 95:102530 (2025)

Fukagawa, T. ; Torres-Padilla, M.E.

Exploring the cell nucleus: From chromosome structure to single-cell omics.
Cancer Res. 85, SY23 - 01 (2025)

Hains, A.E. ; Marques, J.G. ; Chetal, K. ; Nakatani, T. ; Ettinger, A. ; Biagi, C.A.O.d. ; Gonzalez‐Sandoval, A. ; Pillai, R. ; Gatto, A. ; Torres-Padilla, M.E. ; Sadreyev, R.I. ; Filbin, M.G. ; Rechem, C.V.

Abstract SY23-01: Diffuse midline gliomas: From cell cycle to therapeutic opportunities.
Pneumologie 79, S24 - S25 (2025)

Stoleriu, M.-G. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Schamberger, A.C. ; Heydarian, M. ; Gabriel, C. ; Najak, A. ; Disovic, A. ; Schneider, J. ; Gerckens, M. ; Burgstaller, G. ; Ding, Y. ; Doryab, A. ; Voss, C. ; Ketscher, C. ; Sienel, W. ; Kauke, T. ; Fertmann, J. ; Schneider, C. ; Behr, J. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Schubert, B. ; Hauck, S.M. ; Hatz, R. ; Schmid, O. ; Stöger, T. ; Schiller, H. B. ; Hilgendorff, A.

Development of advanced in-vitro human bronchial epithelial models and lung cell atlas in COPD enabled by thoracic surgery translational research.
Curr. Opin. Neurobiol. 93:103047 (2025)

Merino, F.L. ; Götz, M.

The role of moonlighting proteins in neurogenesis.

Thomas, M. ; Brabenec, R. ; Gregor, L. ; Andreu-Sanz, D. ; Carlini, E. ; Müller, P.J. ; Gottschlich, A. ; Simnica, D. ; Kobold, S. ; Marr, C.

The role of single cell transcriptomics for efficacy and toxicity profiling of chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapies.
2025 in
In: (The Thirteenth International Conference on Learning Representations (ICLR 2025 Spotlight)). 2025. accepted

Hetzel, L. ; Sommer, J. ; Rieck, B. ; Theis, F.J. ; Günnemann, S.

MAGNet: Motif-agnostic generation of molecules from scaffolds.
2025 in
In:. International Conference on Learning Representations, ICLR, 2025. accepted

Uscidda, T. ; Eyring, L. ; Roth, K. ; Theis, F.J. ; Akata, Z. ; Cuturi, M.C.

Disentangled representation learning with the gromov-monge gap.
In: (International Conference on Research in Computational Molecular Biology). 2025. 285-289 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15647 LNBI)

Inecik, K. ; Kara, A. ; Rose, A. ; Haniffa, M. ; Theis, F.J.

TarDis: Achieving robust and structured disentanglement of multiple covariates.
In: (29th RECOMB 2025). 2025. 345-348 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15647 LNBI)

Litinetskaya, A. ; Schulman, M. ; Curion, F. ; Szalata, A. ; Omidi, A. ; Lotfollahi, M. ; Theis, F.J.

Integration and querying of multimodal single-cell data with PoE-VAE.
2025 in
(2025)

Papargyriou, A. ; Richter, T. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Reichert, M.

Single cell transcriptomic analysis of epithelial and mesenchymal tumour cells.
2025 in
In: (The Thirteenth International Conference on Learning Representations, ICLR 2025, 24 - 28 April 2025, Singapur). 2025. 6111-6151

Palma, A. ; Richter, T. ; Zhang, H. ; Lubetzk, M. ; Tong, A. ; Dittadi, A. ; Theis, F.J.

Multi-modal and multi-attribute generation of single cells with CFGen.
Nat. Metab., DOI: 10.1038/s42255-025-01308-8 (2025)

Gutgesell, R.M. ; Khalil, A. ; Liskiewicz, A. ; Maity-Kumar, G. ; Novikoff, A. ; Grandl, G. ; Liskiewicz, D. ; Coupland, C. ; Karaoglu, Ö.E. ; Akindehin, S.E. ; Castelino, R.L. ; Curion, F. ; Liu, X. ; García-Cáceres, C. ; Cebrian Serrano, A. ; Douros, J.D. ; Knerr, P.J. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Sloop, K.W. ; Samms, R.J. ; Theis, F.J. ; Tschöp, M.H. ; Müller, T.D.

Publisher Correction: GIPR agonism and antagonism decrease body weight and food intake via different mechanisms in male mice.
Nat. Genet. 57, 1201–1212 (2025)

Xu, Q. ; Halle, L. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Kuijs, M. ; Riedweg, R. ; Kilik, U. ; Recaldin, T. ; Yu, Q. ; Rall, I. ; Frum, T. ; Adam, L. ; Parikh, S. ; Kfuri-Rubens, R. ; Gander, M. ; Klein, D. ; Curion, F. ; He, Z. ; Fleck, J.S. ; Oost, K. ; Kahnwald, M. ; Barbiero, S. ; Mitrofanova, O. ; Maciag, G.J. ; Jensen, K.B. ; Lutolf, M. ; Liberali, P. ; Spence, J.R. ; Gjorevski, N. ; Beumer, J. ; Treutlein, B. ; Theis, F.J. ; Camp, J.G.

An integrated transcriptomic cell atlas of human endoderm-derived organoids.
Phenomics 5, 707-728 (2025)

Gao, Z. ; Yan, X. ; Wang-Sattler, R. ; Covic, M. ; Yu, G. ; Ge, F. ; Lin, J. ; Chen, Q. ; Liu, J. ; Sharma, S. ; Molnos, S. ; Kühnel, B. ; Wilson, R. ; Adam, J. ; Brandmaier, S. ; Yu, S. ; Liang, F. ; Gieger, C.

Metabolomics reveals reasons for the efficacy of acupuncture in migraine patients: The role of anaerobic glycolysis and mitochondrial citrate in migraine relief.

Rajić, S. ; Delerue, T. ; Ronkainen, J. ; Zhang, R. ; Ciantar, J. ; Kostiniuk, D. ; Mishra, P.P. ; Lyytikäinen, L.P. ; Mononen, N. ; Kananen, L. ; Peters, A. ; Winkelmann, J. ; Kleber, M.E. ; Lorkowski, S. ; Kähönen, M. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; März, W. ; Harville, E.W. ; Sebert, S. ; Marttila, S. ; Raitoharju, E.

Regulation of nc886 (vtRNA2-1) RNAs is associated with cardiometabolic risk factors and diseases.

Ruß, A.K. ; Schreiber, S. ; Lieb, W. ; Vehreschild, J.J. ; Heuschmann, P.U. ; Illig, T. ; Appel, K.S. ; Vehreschild, M.J.G.T. ; Krefting, D. ; Reinke, L. ; Viebke, A. ; Poick, S. ; Störk, S. ; Reese, J.P. ; Zöller, T. ; Krist, L. ; Ellinghaus, D. ; Fösel, B. ; Gieger, C. ; Lorenz-Depiereux, B. ; Witzenrath, M. ; Anton, G. ; Krawczak, M. ; Heyckendorf, J. ; Bahmer, T.

Genome-wide association study of post COVID-19 syndrome in a population-based cohort in Germany.
Nat. Metab. 7, 1282–1298 (2025)

Gutgesell, R.M. ; Khalil, A. ; Liskiewicz, A. ; Maity-Kumar, G. ; Novikoff, A. ; Grandl, G. ; Liskiewicz, D. ; Coupland, C. ; Karaoglu, Ö.E. ; Akindehin, S.E. ; Castelino, R.L. ; Curion, F. ; Liu, X. ; García-Cáceres, C. ; Cebrian Serrano, A. ; Douros, J.D. ; Knerr, P.J. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Sloop, K.W. ; Samms, R.J. ; Theis, F.J. ; Tschöp, M.H. ; Müller, T.D.

GIPR agonism and antagonism decrease body weight and food intake via different mechanisms in male mice.
Neuro. Oncol. 27, 2281-2295 (2025)

Ruiz-Moreno, C. ; Salas, S.M. ; Samuelsson, E. ; Minaeva, M. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Grillo, M. ; Brandner, S. ; Roy, A. ; Forsberg-Nilsson, K. ; Kranendonk, M.E.G. ; Theis, F.J. ; Nilsson, M. ; Stunnenberg, H.G.

Charting the single-cell and spatial landscape of IDH-wildtype glioblastoma with GBmap.
Genome Biol. 26:100 (2025)

Maddhesiya, P. ; Lepko, T. ; Steiner‑Mezzardi, A. ; Schneider, J. ; Schwarz, V. ; Merl-Pham, J. ; Berger, F. ; Hauck, S.M. ; Ronfani, L. ; Bianchi, M.E. ; Simon, T. ; Krontira, A. ; Masserdotti, G. ; Götz, M. ; Ninkovic, J.

Hmgb2 improves astrocyte to neuron conversion by increasing the chromatin accessibility of genes associated with neuronal maturation in a proneuronal factor-dependent manner.

Koch, V. ; Holmberg, O. ; Blum, E. ; Sancar, E. ; Aytekin, A. ; Seguchi, M. ; Xhepa, E. ; Wiebe, J. ; Cassese, S. ; Kufner, S. ; Kessler, T. ; Sager, H. ; Voll, F. ; Rheude, T. ; Lenz, T. ; Kastrati, A. ; Schunkert, H. ; Schnabel, J.A. ; Joner, M. ; Marr, C. ; Nicol, P.

Deep learning model DeepNeo predicts neointimal tissue characterization using optical coherence tomography.
Nature 640, 623-633 (2025)

Cui, H. ; Tejada Lapuerta, A. ; Brbic, M. ; Saez-Rodriguez, J. ; Cristea, S. ; Goodarzi, H. ; Lotfollahi, M. ; Theis, F.J. ; Wang, B.

Towards multimodal foundation models in molecular cell biology.
Transl. Psychiatry 15:153 (2025)

Worf, K. ; Matosin, N. ; Gerstner, N. ; Fröhlich, A.S. ; Koller, A.C. ; Degenhardt, F. ; Thiele, H. ; Rietschel, M. ; Udawela, M. ; Scarr, E. ; Dean, B. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Knauer-Arloth, J.

Exon-variant interplay and multi-modal evidence identify endocrine dysregulation in severe psychiatric disorders impacting excitatory neurons.
Nat. Mach. Intell. 7, 346–362 (2025)

Consens, M.E. ; Dufault, C. ; Wainberg, M. ; Forster, D. ; Karimzadeh, M. ; Goodarzi, H. ; Theis, F.J. ; Moses, A. ; Wang, B.

Transformers and genome language models.
Nat. Genet. 57, 897–909 (2025)

Birk, S. ; Bonafonte Pardás, I. ; Feriz, A.M. ; Boxall, A. ; Agirre, E. ; Memi, F. ; Maguza, A. ; Yadav, A. ; Armingol, E. ; Fan, R. ; Castelo-Branco, G. ; Theis, F.J. ; Bayraktar, O.A. ; Talavera-López, C. ; Lotfollahi, M.

Quantitative characterization of cell niches in spatially resolved omics data.
Nat. Methods 22, 834-844 (2025)

Zappia, L. ; Richter, S. ; Ramirez Suastegui, C. ; Kfuri-Rubens, R. ; Vornholz, L. ; Wang, W. ; Dietrich, O. ; Frishberg, A. ; Luecken, M. ; Theis, F.J.

Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying.
Nat. Methods 22, 813-823 (2025)

Salas, S.M. ; Kuemmerle, L. ; Mattsson-Langseth, C. ; Tismeyer, S. ; Avenel, C. ; Hu, T. ; Rehmann, H. ; Grillo, M. ; Czarnewski, P. ; Helgadottir, S. ; Tiklova, K. ; Andersson, A. ; Rafati, N. ; Chatzinikolaou, M. ; Theis, F.J. ; Luecken, M. ; Wählby, C. ; Ishaque, N. ; Nilsson, M.

Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows.
Sci. Adv. 11:eado1350 (2025)

Neupane, J. ; Lubatti, G. ; Gross-Thebing, T. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Butler, R.H. ; Gross-Thebing, S. ; Dietmann, S. ; Scialdone, A. ; Surani, M.A.

The emergence of human primordial germ cell-like cells in stem cell-derived gastruloids.
Stem Cell Rep. 20:102447 (2025)

Zikmund, T. ; Fiorentino, J. ; Penfold, C. ; Stock, M. ; Shpudeiko, P. ; Agarwal, G. ; Langfeld, L. ; Petrova, K. ; Peshkin, L. ; Hamperl, S. ; Scialdone, A. ; Hörmanseder, E.

Differentiation success of reprogrammed cells is heterogeneous in vivo and modulated by somatic cell identity memory.
Science 388:eadp2959 (2025)

Götz, M. ; Torres-Padilla, M.E.

Stem cells as role models for reprogramming and repair.
Cell 188, 3583-3602.e21 (2025)

Pal, M. ; Schauer, T. ; Burton, A. ; Nakatani, T. ; Pecori, F. ; Hernández-Giménez, A. ; Nadelson, I. ; Marti-Renom, M.A. ; Torres-Padilla, M.E.

The establishment of nuclear organization in mouse embryos is orchestrated by multiple epigenetic pathways.
Dev. Cell 60, 2149-2162 (2025)

Nakatani, T. ; Schauer, T. ; Pal, M. ; Ettinger, A. ; Altamirano-Pacheco, L. ; Zorn, J. ; Gilbert, D.M. ; Torres-Padilla, M.E.

RIF1 controls replication timing in early mouse embryos independently of lamina-associated nuclear organization.
Nat. Rev. Genet. 26, 587–603 (2025)

Burton, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Epigenome dynamics in early mammalian embryogenesis.
STAR Protoc. 6:103637 (2025)

Unterauer, E.M. ; Schentarra, E.M. ; Jevdokimenko, K. ; Shetab Boushehri, S. ; Marr, C. ; Opazo, F. ; Fornasiero, E.F. ; Jungmann, R.

Protocol for SUM-PAINT spatial proteomic imaging generating neuronal architecture maps in rat hippocampal neurons.
Nucleic Acids Res. 53:gkaf235 (2025)

Schmidt, T. ; Wiesbeck, M. ; Egert, L. ; Truong, T.-T. ; Danese, A. ; Voshagen, L. ; Imhof, S. ; Iraci Borgia, M. ; Deeksha ; Neuner, A.M. ; Köferle, A. ; Geerlof, A. ; Mourao, A. ; Stricker, S.H.

Efficient DNA- and virus-free engineering of cellular transcriptomic states using dCas9 ribonucleoprotein (dRNP) complexes.
Diabetes Obes. Metab. 27, 2626-2636 (2025)

Niu, J. ; Adam, J. ; Skurk, T. ; Seissler, J. ; Dong, Q. ; Efiong, E.E. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Sharma, S. ; Grallert, H.

Machine learning approach on plasma proteomics identifies signatures associated with obesity in the KORA FF4 cohort.
Nat. Neurosci. 28, 457-469 (2025)

Bocchi, R. ; Thorwirth, M. ; Simon-Ebert, T. ; Koupourtidou, C. ; Clavreul, S. ; Kolf, K. ; Della Vecchia, P. ; Bottes, S. ; Jessberger, S. ; Zhou, J. ; Wani, G. ; Pilz, G.A. ; Ninkovic, J. ; Buffo, A. ; Sirko, S. ; Götz, M. ; Fischer-Sternjak, J.

Astrocyte heterogeneity reveals region-specific astrogenesis in the white matter.

Han, S. ; Yu, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Ge, J. ; Lin, J. ; Prehn, C. ; Petrera, A. ; Li, Y. ; Sam, F. ; Matullo, G. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Hauck, S.M. ; Herder, C. ; Roden, M. ; Casale, F.P. ; Cai, N. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

LEOPARD: Missing view completion for multi-timepoint omics data via representation disentanglement and temporal knowledge transfer.
Nat. Cell Biol. 27, 384–392 (2025)

Willem, T. ; Shitov, V.A. ; Luecken, M. ; Kilbertus, N. ; Bauer, S. ; Piraud, M. ; Buyx, A. ; Theis, F.J.

Biases in machine-learning models of human single-cell data.
MicroPubl. Biol. 2025, DOI: 10.17912/micropub.biology.001415 (2025)

Stickland, B.A. ; Greulich, F. ; Uhlenhaut, N.H.

The specificity of CTBP dehydrogenase inhibitors MTOB and 4-Cl-HIPP.

Chew, S.M. ; Teumer, A. ; Matias-Garcia, P.R. ; Gieger, C. ; Winkelmann, J. ; Suhre, K. ; Herder, C. ; Rathmann, W. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Cross-sectional and longitudinal association of seven DNAm-based predictors with metabolic syndrome and type 2 diabetes.
Nat. Genet. 57, 539-547 (2025)

Roselli, C. ; Surakka, I. ; Olesen, M.S. ; Sveinbjornsson, G. ; Marston, N.A. ; Choi, S.H. ; Holm, H. ; Chaffin, M. ; Gudbjartsson, D. ; Hill, M.C. ; Aegisdottir, H. ; Albert, C.M. ; Alonso, A. ; Anderson, C.D. ; Arking, D.E. ; Arnar, D.O. ; Barnard, J. ; Benjamin, E.J. ; Braunwald, E. ; Brumpton, B. ; Campbell, A. ; Chami, N. ; Chasman, D.I. ; Cho, K. ; Choi, E.K. ; Christophersen, I.E. ; Chung, M.K. ; Conen, D. ; Crijns, H.J. ; Cutler, M.J. ; Czuba, T. ; Damrauer, S.M. ; Dichgans, M. ; Dörr, M. ; Dudink, E.A. ; Duong, T. ; Erikstrup, C. ; Esko, T. ; Fatkin, D. ; Faul, J.D. ; Ferreira, M. ; Freitag, D.F. ; Ganesh, S.K. ; Gaziano, J.M. ; Geelhoed, B. ; Ghouse, J. ; Gieger, C. ; Giulianini, F. ; Graham, S.E. ; Gudnason, V. ; Guo, X. ; Haggerty, C. ; Hayward, C. ; Heckbert, S.R. ; Hveem, K. ; Ito, K. ; Johnson, R. ; Jukema, J.W. ; Jurgens, S.J. ; Kääb, S. ; Kane, J.P. ; Kany, S. ; Kardia, S.L.R. ; Kavousi, M. ; Khurshid, S. ; Kamanu, F.K. ; Kirchhof, P. ; Kleber, M.E. ; Knight, S. ; Komuro, I. ; Krieger, J.E. ; Launer, L.J. ; Li, D. ; Lin, H. ; Lin, H.J. ; Loos, R.J.F. ; Lotta, L.A. ; Lubitz, S.A. ; Lunetta, K.L. ; Macfarlane, P.W. ; Magnusson, P.K.E. ; Malik, R. ; Mantineo, H. ; Marcus, G.M. ; März, W. ; McManus, D.D. ; Melander, O. ; Melloni, G.E.M. ; Meyre, P.B. ; Miyazawa, K. ; Mohanty, S. ; Monfort, L.M. ; Müller-Nurasyid, M. ; Nafissi, N.A. ; Natale, A. ; Nazarian, S. ; Ostrowski, S.R. ; Pak, H.N. ; Pang, S. ; Pedersen, O.B. ; Pedersen, N.L. ; Pereira, A.C. ; Pirruccello, J.P. ; Preuss, M. ; Psaty, B.M. ; Pullinger, C.R. ; Rader, D.J. ; Rämö, J.T. ; Ridker, P.M. ; Rienstra, M. ; Risch, L. ; Roden, D.M. ; Rotter, J.I. ; Sabatine, M.S. ; Schunkert, H. ; Shah, S.H. ; Shim, J. ; Shoemaker, M.B. ; Simonson, B. ; Sinner, M.F. ; Smit, R.A.J. ; Smith, J.A. ; Smith, N.L. ; Smith, J.G. ; Soliman, E.Z. ; Sørensen, E. ; Sotoodehnia, N. ; Strbian, D. ; Stricker, B.H. ; Teder-Laving, M. ; Sun, Y.V. ; Thériault, S. ; Thorolfsdottir, R.B. ; Thorsteinsdottir, U. ; Tveit, A. ; van der Harst, P. ; van Meurs, J. ; Wang, B. ; Weiss, S. ; Wells, Q.S. ; Weng, L.C. ; Wilson, P.W. ; Xiao, L. ; Yang, P.S. ; Yao, J. ; Yoneda, Z.T. ; Zeller, T. ; Zeng, L. ; Zhao, W. ; Zhou, X. ; Zöllner, S. ; Ruff, C.T. ; Bundgaard, H. ; Willer, C. ; Stefansson, K. ; Ellinor, P.T.

Meta-analysis of genome-wide associations and polygenic risk prediction for atrial fibrillation in more than 180,000 cases.
Sci. Adv. 11:eadn8631 (2025)

Dony, L. ; Krontira, A.C. ; Kaspar, L. ; Ahmad, R. ; Demirel, I.S. ; Grochowicz, M. ; Schäfer, T. ; Begum, F. ; Sportelli, V. ; Raimundo, C. ; Koedel, M. ; Labeur, M. ; Cappello, S. ; Theis, F.J. ; Cruceanu, C. ; Binder, E.B.

Chronic exposure to glucocorticoids amplifies inhibitory neuron cell fate during human neurodevelopment in organoids.
Mol. Syst. Biol. 21, 214-230 (2025)

Stock, M. ; Losert, C. ; Zambon, M. ; Popp, N. ; Lubatti, G. ; Hörmanseder, E. ; Heinig, M. ; Scialdone, A.

Leveraging prior knowledge to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-sequencing data.
Nat. Genet. 57, 797–808 (2025)

Tejada Lapuerta, A. ; Bertin, P. ; Bauer, S. ; Aliee, H. ; Bengio, Y. ; Theis, F.J.

Causal machine learning for single-cell genomics.
Nat. Struct. Mol. Biol. 32:405 (2025)

Throll, P. ; G Dolce, L. ; Rico-Lastres, P. ; Arnold, K. ; Tengo, L. ; Basu, S. ; Kaiser, S. ; Schneider, R. ; Kowalinski, E.

Author Correction: Structural basis of tRNA recognition by the m3C RNA methyltransferase METTL6 in complex with SerRS seryl-tRNA synthetase.
Nat. Rev. Cardiol., DOI: 10.1038/s41569-025-01132-3 (2025)

Pekayvaz, K. ; Heinig, M. ; Stark, K.

Predictive cardio-omics: Translating single-cell multiomics into tools for personalized medicine.
Nature 642, 182-190 (2025)

Keneskhanova, Z. ; McWilliam, K.R. ; Cosentino, R.O. ; Barcons-Simon, A. ; Dobrynin, A. ; Smith, J.E. ; Subota, I. ; Mugnier, M.R. ; Colomé-Tatché, M. ; Siegel, T.N.

Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes.
Nature, DOI: 10.1038/d41586-025-00107-1 (2025)

Klein, D. ; Theis, F.J.

Multimodal cell mapping with optimal transport.
Nature Aging 5, 558-575 (2025)

Toghani, D. ; Gupte, S.C. ; Zeng, S. ; Mahammadov, E. ; Crosse, E.I. ; Seyedhassantehrani, N. ; Burns, C. ; Gravano, D. ; Radtke, S. ; Kiem, H.P. ; Rodriguez, S. ; Carlesso, N. ; Pradeep, A. ; Georgiades, A. ; Lucas, F. ; Wilson, N.K. ; Kinston, S.J. ; Göttgens, B. ; Zong, L. ; Beerman, I. ; Park, B. ; Janssens, D.H. ; Jones, D. ; Toghani, A. ; Nerlov, C. ; Pietras, E.M. ; Mesnieres, M. ; Maes, C. ; Kumanogoh, A. ; Worzfeld, T. ; Cheong, J.G. ; Josefowicz, S.Z. ; Kharchenko, P.V. ; Scadden, D.T. ; Scialdone, A. ; Spencer, J.A. ; Silberstein, L.

Niche-derived Semaphorin 4A safeguards functional identity of myeloid-biased hematopoietic stem cells.

Rendo, V. ; Schubert, M. ; Khuu, N. ; Suarez Peredo Rodriguez, M.F. ; Whyte, D. ; Ling, X. ; van den Brink, A. ; Huang, K. ; Swift, M. ; He, Y. ; Zerbib, J. ; Smith, R. ; Raaijmakers, J. ; Bandopadhayay, P. ; Guenther, L.M. ; Hwang, J.H. ; Iniguez, A. ; Moody, S. ; Seo, J.H. ; Stover, E.H. ; Garraway, L. ; Hahn, W.C. ; Stegmaier, K. ; Medema, R.H. ; Chowdhury, D. ; Colomé-Tatché, M. ; Ben-David, U. ; Beroukhim, R. ; Foijer, F.

A compendium of Amplification-Related Gain Of Sensitivity genes in human cancer.
Cell Death Differ. 32, 899-910 (2025)

Antoniolli, M. ; Solovey, M. ; Hildebrand, J.A. ; Freyholdt, T. ; Strobl, C.D. ; Bararia, D. ; Keay, W.D. ; Adolph, L. ; Heide, M. ; Passerini, V. ; Winter, L. ; Wange, L. ; Enard, W. ; Thieme, S. ; Blum, H. ; Rudelius, M. ; Mergner, J. ; Ludwig, C. ; Bultmann, S. ; Schmidt-Supprian, M. ; Leonhardt, H. ; Subklewe, M. ; von Bergwelt-Baildon, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Weigert, O.

ARID1A mutations protect follicular lymphoma from FAS-dependent immune surveillance by reducing RUNX3/ETS1-driven FAS-expression.
Nature 638, 1065–1075 (2025)

Klein, D. ; Palla, G. ; Lange, M. ; Klein, M. ; Piran, Z. ; Gander, M. ; Meng-Papaxanthos, L. ; Sterr, M. ; Saber, L. ; Jing, C. ; Bastidas-Ponce, A. ; Cota, P. ; Tarquis Medina, M. ; Parikh, S. ; Gold, I. ; Lickert, H. ; Bakhti, M. ; Nitzan, M. ; Cuturi, M.C. ; Theis, F.J.

Mapping cells through time and space with moscot.
Nature 640, 782-792 (2025)

Chu, T. ; Wu, M. ; Höllbacher, B. ; de Almeida, G.P. ; Wurmser, C. ; Berner, J. ; Donhauser, L.V. ; Ann-Katrin, G. ; Lin, S. ; Cepeda-Mayorga, J.D. ; Kilb, I.I. ; Bongers, L. ; Toppeta, F. ; Strobl, P. ; Youngblood, B. ; Schulz, A.M. ; Zippelius, A. ; Knolle, P.A. ; Heinig, M. ; Hackstein, C.P. ; Zehn, D.

Precursors of exhausted T cells are preemptively formed in acute infection.
MicroPubl. Biol. 2025, DOI: 10.17912/micropub.biology.001472 (2025)

Al-Refaie, N. ; Padovani, F. ; Schmoller, K.M. ; Cabianca, D.S.

Localization and expression dynamics of an RNA Pol I core subunit in response to fasting in C. elegans.

Hermant, C. ; Mourra-Díaz, D.M. ; Oomen, M.E. ; Altamirano-Pacheco, L. ; Pal, M. ; Nakatani, T. ; Torres-Padilla, M.E.

The transcription factor SRF regulates MERVL retrotransposons and gene expression during zygotic genome activation.
Cell 188, 1156-1174.e20 (2025)

Oomen, M.E. ; Rodriguez-Terrones, D. ; Kurome, M. ; Zakhartchenko, V. ; Mottes, L. ; Simmet, K. ; Noll, C. ; Nakatani, T. ; Mourra-Díaz, D.M. ; Aksoy, I. ; Savatier, P. ; Goke, J. ; Wolf, E. ; Kaessmann, H. ; Torres-Padilla, M.E.

An atlas of transcription initiation reveals regulatory principles of gene and transposable element expression in early mammalian development.
Nucleic Acids Res. 53:gkaf109 (2025)

Werner, M. ; Trauner, M. ; Schauer, T. ; Ummethum, H. ; Márquez-Gómez, E. ; Lalonde, M. ; Lee, C.S.K. ; Tsirkas, I. ; Sajid, A. ; Murriello, A.C. ; Längst, G. ; Hamperl, S.

Transcription-replication conflicts drive R-loop-dependent nucleosome eviction and require DOT1L activity for transcription recovery.
Cardiovasc. Diabetol. 24:19 (2025)

Lai, L. ; Juntilla, D.L. ; Del, M. ; Gomez Alonso, M.D.C. ; Grallert, H. ; Thorand, B. ; Farzeen, A. ; Rathmann, W. ; Winkelmann, J. ; Prokisch, H. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Longitudinal association between DNA methylation and type 2 diabetes: Findings from the KORA F4/FF4 study.
Nature Aging 5:720 (2025)

Toghani, D. ; Gupte, S.C. ; Zeng, S. ; Mahammadov, E. ; Crosse, E.I. ; Seyedhassantehrani, N. ; Burns, C. ; Gravano, D. ; Radtke, S. ; Kiem, H.P. ; Rodriguez, S. ; Carlesso, N. ; Pradeep, A. ; Georgiades, A. ; Lucas, F. ; Wilson, N.K. ; Kinston, S.J. ; Göttgens, B. ; Zong, L. ; Beerman, I. ; Park, B. ; Janssens, D.H. ; Jones, D. ; Toghani, A. ; Nerlov, C. ; Pietras, E.M. ; Mesnieres, M. ; Maes, C. ; Kumanogoh, A. ; Worzfeld, T. ; Cheong, J.G. ; Josefowicz, S.Z. ; Kharchenko, P.V. ; Scadden, D.T. ; Scialdone, A. ; Spencer, J.A. ; Silberstein, L.

Author Correction: Niche-derived Semaphorin 4A safeguards functional identity of myeloid-biased hematopoietic stem cells.
Blood 145, 1536-1552 (2025)

Gottschlich, A. ; Grünmeier, R. ; Hoffmann, G.V. ; Nandi, S. ; Kavaka, V. ; Müller, P.J. ; Jobst, J. ; Oner, A. ; Kaiser, R. ; Gärtig, J. ; Piseddu, I. ; Frenz-Wiessner, S. ; Fairley, S.D. ; Schulz, H. ; Igl, V. ; Janert, T.A. ; Di Fina, L. ; Mulkers, M. ; Thomas, M. ; Briukhovetska, D. ; Simnica, D. ; Carlini, E. ; Tsiverioti, C.A. ; Trefny, M.P. ; Lorenzini, T. ; Märkl, F. ; Mesquita, P. ; Brabenec, R. ; Strzalkowski, T. ; Stock, S. ; Michaelides, S. ; Hellmuth, J.C. ; Thelen, M. ; Reinke, S.N. ; Klapper, W. ; Gelebart, P.F. ; Nicolai, L. ; Marr, C. ; Beltrán, E. ; Megens, R.T.A. ; Klein, C. ; Baran-Marszak, F. ; Rosenwald, A. ; von Bergwelt-Baildon, M. ; Bröckelmann, P.J. ; Endres, S. ; Kobold, S.

Dissection of single-cell landscapes for the development of chimeric antigen receptor T cells in Hodgkin lymphoma.
Nat. Mach. Intell., DOI: 10.1038/s42256-024-00934-3 (2025)

Richter, T. ; Bahrami, M. ; Xia, Y. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Delineating the effective use of self-supervised learning in single-cell genomics.
Diabetes Obes. Metab. 27, 338–347 (2025)

Dong, Q. ; Xi, Y. ; Brandmaier, S. ; Fuchs, M. ; Huemer, M.-T. ; Waldenberger, M. ; Niu, J. ; Herder, C. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Koenig, W. ; Bönhof, G.J. ; Gieger, C. ; Thorand, B. ; Peters, A. ; Rospleszcz, S. ; Grallert, H.

Subphenotypes of adult-onset diabetes: Data-driven clustering in the population-based KORA cohort.