Epigenetics Publications

Bartels, M. ; van de Weijer, M.P. ; Azcona-Granada, N. ; Baselmans, B.M.L. ; Suderman, M. ; Soerensen, M. ; Buchwald, J. ; Mulder, R.H. ; Rawal, R. ; Luciano, M. ; Bonder, M.J. ; Choudhary, P. ; Lowry, E. ; Lind, P.A. ; Schwartz, J. ; Debrabant, B. ; Ollikainen, M. ; Felix, J.F. ; Bakermans-Kranenburg, M.J. ; Tiemeier, H. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Martin, N.G. ; Vokonas, P. ; Baccarelli, A.A. ; Christensen, K. ; Kaprio, J. ; van IJzendoorn, M.H. ; Emeny, R.T. ; Deary, I.J. ; Franke, L. ; Sebert, S. ; McRae, A.F. ; Spiro, A. ; van Dongen, J.

Epigenome-wide association study meta-analysis of wellbeing.

Wiesbeck, M. ; Alard, E. ; Merino, F.L. ; Chowdhury, N. ; Egert, L. ; Danese, A. ; Imhof, S. ; Borgia, M.I. ; Rajan, A. ; Marx, N.F. ; Kepesidis, E. ; Köferle, A. ; Cerron-Alvan, L.M. ; Vierl, F. ; Truong, T.-T. ; Thorwirth, M. ; Bilalli, L. ; Ninkovic, J. ; Schieweck, R. ; Diefenbacher, M. ; Hauck, S.M. ; Trainor, P.A. ; Mardakheh, F.K. ; Götz, M. ; Stricker, S.H.

Manipulation of protein translation and stem cell self-renewal by CRISPR activation of rRNA transcription.

Kukuljan, I. ; Dasdelen, M.F. ; Schäfer, J. ; Buck, M. ; Götze, K. ; Marr, C.

Illusion of competence: Vision–language models provide confident but inaccurate explanations in cytological diagnostics.

Amerifar, S. ; Kopf, A. ; Sass, S. ; Moslehi, Z. ; Hecker, D. ; Enssle, J.C. ; Schulz, M.H. ; Oellerich, T. ; Theis, F.J. ; Buettner, F.

Continuous multi-omics pathway enrichment analysis resolves hidden functional heterogeneity.

Li, Y. ; Krontira, A. ; Vierl, F. ; Richter, M. ; Wang, W. ; Merl-Pham, J. ; Theis, F.J. ; Hauck, S.M. ; Götz, M.

Transcriptional repression by TGIF2 coordinates neurogenic priming and neural stem cell maintenance.

Selloum, M. ; da Silva Buttkus, P. ; Riet, F. ; Dragano, N.R.V. ; Garrett, L. ; Jacobs, H. ; Hölter, S.M. ; Torquet, N. ; Rathkolb, B. ; Lindner, L. ; Gailus-Durner, V. ; Pavlovic, G. ; Chan, L. ; Beckers, J. ; Demoulière, B.P. ; Fuchs, H. ; Ey, E. ; Sorg, T. ; Hrabě de Angelis, M. ; Herault, Y.

Standardized pipeline for metabolism and cognition in GO-DS21 mouse model: Investigating down syndrome comorbidities.

Theis, F.J. ; Wang, W.

Von Einzelzellatlanten zu Zellsimulationen.

Moukham, H. ; Caligaris, M. ; Six, P. ; Padovani, F. ; Schmoller, K.M. ; Virgilio, C.D. ; Nicastro, R. ; Tripodi, F. ; Coccetti, P.

SNF1/AMPK controls its own localization by phosphorylating its activating kinase Sak1.

Wunder, T. ; Eulitz, L. ; Kramer, L. ; Ali, Z.M. ; Ostermeier, M. ; Leu, C. ; Szulc, B. ; Holzner, L.J. ; Fechter, J. ; Padovani, F. ; Brandt, B. ; Girr, P. ; Teh, J.T. ; Mühlbauer, S. ; Sotos, C. ; Angstenberger, M. ; Mackinder, L.C.M. ; Schmoller, K.M. ; Rädler, J.O. ; Nickelsen, J. ; de Vries, J. ; Kunz, H.H.

Conserved and lineage-specific roles of KEA-mediated Ion homeostasis in chlamydomonas.

Koch, V. ; Bauer, S. ; Mahajan, S. ; Lupperger, V. ; Joner, M. ; Schunkert, H. ; Schnabel, J.A. ; von Scheidt, M. ; Marr, C.

UNICORN: A deep learning model for integrating multi-stain data in histopathology.

Distler, T. ; Daga, K.K. ; Bürkle, M. ; Vásquez-Sepúlveda, S. ; Franze, K. ; Götz, M. ; Masserdotti, G.

Fibrin hydrogels regulate human astrocyte state and neuronal reprogramming.

Merino, F.L. ; Miranda, L. ; Kumar, A. ; Li, Y. ; Kumar Sundaramoorthy, D. ; Merl-Pham, J. ; Schentarra, E.M. ; Steinek, C. ; Pravata, V. ; Kittock, C. ; Bürkle, M. ; Hersbach, B.A. ; Ferri Beneito, J. ; Giesert, F. ; Jungmann, R. ; Pilaz, L.J. ; Hauck, S.M. ; Cappello, S. ; Götz, M.

Nuclear proteome reveals microtubule-associated protein regulating fate and disease.

Wang, W. ; Hu, Z. ; Weiler, P. ; Mayes, S. ; Lange, M. ; Fountain, D.M. ; Haug, J.O. ; Wang, J. ; Xue, Z. ; Sauka-Spengler, T. ; Theis, F.J.

RegVelo: Gene-regulatory-informed dynamics of single cells.

Cahill, T. ; Nalesso, V. ; Clarke, P. ; Lagrán, M.M.d. ; Strydom, A. ; Li, C. ; Potier, M. ; Beckers, J. ; Langohr, K. ; Lió, P. ; Torre, R.d.L. ; Forcano, L. ; Hiance-Delahaye, A. ; Hérault, Y. ; Dierssen, M.

Understanding obesity in individuals with down syndrome: Caregiver perceptions, awareness, and motivation.

Offer, S. ; Czech, H. ; Di Bucchianico, S. ; Hartikainen, A. ; Ihalainen, M. ; Hakkarainen, H. ; Happo, M.S. ; Huttunen, K. ; Ihantola, T. ; Suhonen, H. ; Uski, O. ; Martikainen, M. ; Dilger, M. ; Schlager, C. ; Candeias, J. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Jakobi, G. ; Kanashova, T. ; Kortelainen, M. ; Kuuspalo, K. ; Lamberg, H. ; Leskinen, A. ; Michalke, B. ; Oeder, S. ; Orasche, J. ; Passig, J. ; Yli-Pirilä, P. ; Rönkkö, T. ; Schnelle-Kreis, J. ; Sklorz, M. ; Streibel, T. ; Tissari, J. ; Buters, J. ; Mülhopt, S. ; Weiß, C. ; Dittmar, G. ; Jokiniemi, J. ; Hirvonen, M. ; Jalava, P. ; Sippula, O. ; Zimmermann, R.

Atmospheric aging alters the toxicity mechanisms of residential wood combustion aerosol: A parallel In Vivo and In Vitro study.

Ozlugedik, F. ; Dasdelen, M.F. ; Umer, R.M. ; Marr, C.

MoA: Mixture of Aggregators Improves Slide-Level Diagnosis in Computational Pathology.

Rodriguez-Terrones, D. ; Oomen, M.E. ; Torres-Padilla, M.E.

Protocol for simultaneous profiling of transcription start sites and full-length transcripts from low-input samples using Smart-seq+5'.

Walter, D. ; Helbig, M. ; Weydanz, B. ; Voltmer, D. ; Bonfiglio, J.J. ; Marr, C. ; Großkopf, T.

Learning to see peaks: Attention-based feature extraction for automated chromatographic peak detection.

Cahill, T. ; Nalesso, V. ; Clarke, P. ; Lagrán, M.M.d. ; Strydom, A. ; Li, C. ; Potier, M. ; Beckers, J. ; Langohr, K. ; Lió, P. ; Torre, R.d.L. ; Forcano, L. ; Hiance-Delahaye, A. ; Hérault, Y. ; Dierssen, M.

Caregiver-associated physical activity patterns, dietary behaviors and interventional beliefs in individuals with down syndrome: Insights from a large European survey.

Grover, A. ; Zhang, L. ; Muser, T. ; Häfliger, S. ; Wang, M. ; Yates, J. ; Indilewitsch, M.C. ; Wang, Y. ; Van Allen, E.M. ; Theis, F.J. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Krymova, E. ; Boeva, V.

UniversalEPI: Robust prediction of cell type-specific and differential chromatin interactions from DNA sequence and chromatin accessibility.

Chossegros, M. ; Wagner, S. ; Matek, C. ; Stockholm, D. ; Tannier, X. ; Marr, C.

Hierarchical supervision in DINOv2 training improves generalizability on white blood cell images.

Bressan, C. ; Gengatharan, A. ; Rodriguez-Aller, R. ; Richter, M. ; Snapyan, M. ; Fischer-Sternjak, J. ; Roukerd, M.R. ; Rosin, N. ; Cherinet, A. ; Biernaskie, J. ; Habibi, E. ; Götz, M. ; Saghatelyan, A.

Cilia beating of ependymal cells regulates adult neural stem cell quiescence via mechanical forces mediated by PKD1/2-TRPM3.

Uruci, S. ; Lalonde, M. ; Luijsterburg, M.S. ; Hamperl, S.

Polymerase face-off: Emerging concepts in transcription-replication coordination.

Dengler, L. ; Padovani, F. ; Lemke, B. ; Brugger, R. ; Benedikt, A. ; Westermann, B. ; Maček, B. ; Schmoller, K.M. ; Ewald, J.C.

In the absence of mitochondrial fusion unequal segregation of mitochondria drives mtDNA loss.

NCD Risk Factor Collaboration (Döring, A. ; Gieger, C. ; Heier, M. ; Linkohr, B. ; Peters, A. ; Schneider, A. ; Stieber, J. ; Stöckl, D. ; Thorand, B. ; Wolf, K.)

Obesity rise plateaus in developed nations and accelerates in developing nations.

Laurent, K. ; Hoffmann, S. ; Marschall, S. ; Richter, K.B. ; Teperino, R. ; Hrabě de Angelis, M. ; Skerrett-Byrne, D.A. ; Beckers, J.

Embryo transfer following IVF alters susceptibility to metabolic phenotypes in male mouse offspring compared to naturally conceived offspring.

Koprulu, M. ; Smith-Byrne, K. ; Ferolito, B.R. ; Macdonald-Dunlop, E. ; Luan, J. ; Hedman, K. ; Ogamba, C.F. ; Kuliesius, J. ; Repetto, L. ; Ramisch, A. ; Abbasi, F. ; Johan Ärnlöv, ; Assimes, T.L. ; Björck, H.M. ; Björkander, S. ; Bøttcher, M. ; Butterworth, A.S. ; Chen, Z.M. ; Cho, K. ; Clarke, R.J. ; Cox, S.R. ; Czene, K. ; Danesh, J. ; Dedoussis, G. ; Elmståhl, S. ; Eriksson, N. ; Eriksson, P. ; Esko, T. ; Ferreiro-Iglesias, A. ; Franks, P.W. ; Fu, J. ; Gaziano, J.M. ; Ghanbari, M. ; Gieger, C. ; Gilly, A. ; Grallert, H. ; Gunter, M.J. ; Gustafsson, S. ; Göteson, A. ; Hall, P. ; Hansson, O. ; Harris, S.E. ; Hayward, C. ; Herder, C. ; Hernandez-Pacheco, N. ; Hijazi, Z. ; Hillary, R.F. ; Hopewell, J.C. ; Hu, S. ; Hwang, S. ; Jern, C. ; Johansson, ?. ; Jonsson, L. ; Kalnapenkis, A. ; Kerrison, N.D. ; Kho, P.F. ; Klarić, L. ; Kohleick, L. ; Kraft, J. ; Landén, M. ; Levy, D. ; Li, L. ; Lind, L. ; Long, J. ; Mattsson, N. ; Melén, E. ; Merid, S.K. ; Mertins, P. ; Michaëlsson, K. ; Möller, P. ; Murgia, F. ; Nyegaard, M. ; Park, Y.-C. ; Pearson, E.R. ; Peters, J. ; Petrie, J. ; Png, G. ; Polašek, O. ; Prins, B.P. ; Ripke, S. ; Roden, M. ; Rohde, P.D. ; Said, S. ; Shen, X. ; Schwenk, J.M. ; Siegbahn, A. ; Smith, J.G. ; Stanne, T.M. ; Suhre, K. ; Sundström, J. ; Thorand, B. ; Valdés‐Márquez, E. ; Vallerga, C.L. ; Meurs, J.B.J.v. ; Viñuela, A. ; Võsa, U. ; Wallentin, L. ; Walters, R.G. ; Wareham, N.J. ; Weber, J.E.

Multi-cohort proteogenomic analyses reveal genetic effects across the proteome and diseasome.

Kim, J. ; Xie, S. ; Valenzuela, L.F. ; Xiao, J. ; Lanz, M.C. ; Gao, X. ; Swaffer, M. ; Mitchell, C.E. ; Rubin, S.M. ; Schmoller, K.M. ; Skotheim, J.M.

A Fkh1/2 binding site array in the WHI5 promoter drives sub-scaling transcription.

Hermant, C. ; Mourra-Díaz, D.M. ; Oomen, M.E. ; Jansz, N. ; Noll, C. ; Canat, A. ; Pal, M. ; Nakatani, T. ; Schauer, T. ; Torres-Padilla, M.E.

TBP regulates transposable element expression in early mouse embryos.

Shapira, Y. ; Noack, F. ; Vangelisti, S. ; Chong, F. ; Lifshitz, A. ; Tanay, A. ; Bonev, B.

Neural stem cell epigenomes and fate bias are temporally coordinated during mouse cortical development.

Malagoli, G. ; Hanel, P. ; Danese, A. ; Wolf, G. ; Colomé-Tatché, M.

Geometry-aware graph attention networks to explain single-cell chromatin states and gene expression with SEAGALL.

Petzold, A. ; Wessely, A. ; Schliep, S. ; Jiang, H. ; Tran, M. ; Koch, E.A. ; Peng, T. ; Starz, H. ; Berking, C. ; Marr, C. ; Heppt, M.V.

Weakly supervised deep learning for cutaneous squamous and basal cell carcinoma in whole-slide histopathology.

Inecik, K. ; Kara, A. ; Rose, A. ; Haniffa, M. ; Theis, F.J.

TarDis: Achieving robust and structured disentanglement of multiple covariates.

Balan, T. ; Petitalot, A. ; Albert, J.R. ; Abbou, L. ; Chevreux, G. ; Al-Sady, B. ; Aygenli, B.Ö. ; Bartke, T. ; Margueron, R. ; Duharcourt, S.

A H3K27me3 reader complex couples H3K27me3 accumulation to nascent transcription of transposable elements in Paramecium.

Armbrust, N. ; Grosshauser, M. ; Geilenkeuser, J. ; Stroppel, L. ; Jozinovic, M. ; Levermann, H. ; Panne, T. ; Wißmann, J. ; Goelitz, L. ; Schmidt, S. ; Orschmann, T. ; Rusha, E. ; Steinmaßl, E. ; Widenmeyer, F. ; Warsing, N. ; Sabry, M. ; Sultanbai, A. ; Santl, T. ; Geerlof, A. ; Berezin, O. ; Bodea, S.V. ; Moretti, A. ; Schneider, S. ; Theis, F.J. ; Gagneur, J. ; Truong, D.J.J. ; Westmeyer, G.G.

Non-destructive transcriptomics via vesicular export.

Ghirotto, B. ; Gonçalves, L.E. ; Ruder, V. ; James, C. ; Gerasimova, E. ; Rizo, T. ; Wend, H. ; Farrell, M. ; Gerez, J.A. ; Prymaczok, N.C. ; Kuijs, M. ; Shulman, M. ; Hartebrodt, A. ; Prots, I. ; Gessner, A. ; Vieth, M. ; Zunke, F. ; Winkler, J. ; Blumenthal, D.B. ; Theis, F.J. ; Riek, R. ; Günther, C. ; Neurath, M. ; Gupta, P. ; Winner, B.

TNF alpha unmasks enteric malate aspartate shuttle dysfunction bridging Parkinson disease and intestinal inflammation.

Dasdelen, M.F. ; Kukuljan, I. ; Lienemann, P. ; Ozlugedik, F. ; Sadafi, A. ; Hehr, M. ; Spiekermann, K. ; Pohlkamp, C. ; Marr, C.

AI-based hematological malignancy prediction from peripheral blood smears in a large diagnostic laboratory cohort.

Koutrouli, M. ; Finotello, F. ; Schoof, E.M. ; Roussos, P. ; scverse Proteomics Consortium (Theis, F.J.) ; scverse Proteomics Consortium (Salas, S.M.)

Unpaired data as a first-order challenge in single-cell and spatial proteomics.

Kazeminia, S. ; Marr, C. ; Rieck, B.

Topological Inductive Bias fosters Multiple Instance Learning in Data-Scarce Scenarios.

Hankofer, V. ; Ghirardo, A. ; Obermaier, L. ; Poschet, G. ; Kumar, J.S. ; Gross, I. ; Durner, J. ; Rychlik, M. ; Wirtz, M. ; Hell, R. ; Schnitzler, J.-P. ; Groth, M.

Photorespiration is linked to DNA methylation by formate as a one-carbon source.

Mueller, S. ; de Andrade Krätzig, N. ; Tschurtschenthaler, M. ; Silva, M.G. ; Thordsen, C. ; Trozzo, R. ; Simon, P. ; Saab, F. ; Kaltenbacher, T. ; Zukowska, M. ; Lucarelli, D. ; Öllinger, R. ; Griger, J. ; Groß, N. ; Groll, T. ; Löprich, J. ; Zaurito, A.E. ; Schömig, L.R. ; Bugter, J.M. ; Bärthel, S. ; Falcomatà, C. ; Strong, A. ; Brandt, C. ; Najajreh, M. ; Papargyriou, A. ; Maresch, R. ; Collins, K.A.N. ; Sailer, D. ; Schneeweis, C. ; Burger, S. ; Fröhlich, L.M. ; Klement, C. ; Belka, A. ; Montero, J.J. ; Jungwirth, U. ; Reichert, M. ; Moser, M. ; Neumann, J. ; Vassiliou, G. ; Cadiñanos, J. ; Varela, I. ; Marr, C. ; Alonso, D.F. ; Lollini, P.L. ; Zhao, J. ; Chesler, L. ; Isacke, C.M. ; Riedel, A. ; Braun, C.J. ; Sos, M.L. ; Beleggia, F. ; Reinhardt, H.C. ; Musteanu, M. ; Barbacid, M. ; Quante, M. ; Schmidt-Supprian, M. ; Schneider, G. ; Clare, S. ; Lawley, T.D. ; Dougan, G. ; Steiger, K. ; Conte, N. ; Bradley, A. ; Rad, L. ; Saur, D. ; Rad, R.

A disease model resource reveals core principles of tissue-specific cancer evolution.

Schmidt, T. ; Kumar, C.N. ; Stricker, S.H.

Gene anschalten statt umbauen: CRISPR aktiviert Zellprogramme ohne DNA-Eingriff.

Bader, J.M. ; Makarov, C. ; Richter, S. ; Strauss, M.T. ; Held, F. ; Wahle, M. ; Lorenz, M.B. ; Pöschl, L. ; Skowronek, P. ; Thielert, M. ; Berthele, A. ; Zeng, W.F. ; Ammar, C. ; Bludau, I. ; Schubert, B. ; Theis, F.J. ; Gasperi, C. ; Hemmer, B. ; Mann, M.

Large-scale proteomics across neurological disorders uncovers biomarker panel and targets in multiple sclerosis.

Richter, T. ; Wang, W. ; Palma, A. ; Theis, F.J.

Generative models of cell dynamics: From Neural ODEs to flow matching.

Maier, L. ; Sun, Y. ; Kronberg, J. ; Abner, E. ; Coley, K. ; Marenholz, I. ; Weiss, S. ; Foraita, R. ; Karramass, T. ; Mykkänen, J. ; Hernandez-Pacheco, N. ; Wang, C.A. ; Kitaba, N.T. ; Pechlivanis, S. ; Bouzigon, E. ; Tingskov Pedersen, C.E. ; Schoos, A.M. ; Curtin, J. ; Kress, S. ; Hernangomez-Laderas, A. ; Foppiano, F. ; Ashley, S. ; Batini, C. ; Bryant, L. ; Homuth, G. ; Gieger, C. ; Gilles, S. ; Lyytikäinen, L.P. ; Rovio, S. ; Pahkala, K. ; Vernet, R. ; Valenta, R. ; Llop, S. ; Torrent, M. ; Böck, A. ; Tang, M.L.K. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Metspalu, A. ; Esko, T. ; Sprikkelman, A.B. ; John, C. ; Lee, Y.A. ; Beyer, K. ; Völzke, H. ; Pigeot, I. ; Traidl-Hoffmann, C. ; Duijts, L. ; Lu, H. ; Raitakari, O.T. ; Lehtimäki, T. ; Kähönen, M. ; Tio, C.H.L. ; Melén, E. ; Pennell, C.E. ; Holloway, J.W. ; von Mutius, E. ; Siroux, V. ; Bønnelykke, K. ; Custovic, A. ; Simpson, A. ; Schikowski, T. ; Bilbao, J.R. ; Schaub, B. ; Peters, R. ; Kersten, E.T.G. ; Vonk, J.M. ; Thiering, E. ; Peters, A. ; Koppelman, G.H. ; Standl, M.

Meta-analysis of genome-wide association studies of food allergy and IgE-sensitization.

Li, J. ; Wang, J. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Cheng, X. ; Luecken, M. ; Lu, J. ; Monavarfeshani, A. ; Yan, W. ; Zheng, Y. ; Zuo, Z. ; Colborn, S.L.Z. ; Cortez, B.S. ; Owen, L.A. ; Wick, B. ; Bao, X. ; Choi, J. ; Haeussler, M. ; Tran, N.M. ; Shekhar, K. ; Sanes, J.R. ; Stout, J.T. ; Chen, S. ; Li, Y. ; DeAngelis, M.M. ; Theis, F.J. ; Chen, R.

Author Correction: Single-cell atlas of the transcriptome and chromatin accessibility in the human retina.

Bahrami, M. ; Richter, T. ; Schmacke, N.A. ; Egea Lavandera, A. ; Theis, F.J.

From modality-specific to compositional foundation models for cell biology.

Langstein-Skora, I. ; Schmid, A. ; Huth, F. ; Shabani, D. ; Spechtenhauser, L. ; Likhodeeva, M. ; Kunert, F. ; Metzner, F.J. ; Emenecker, R.J. ; Richardson, M.O. ; Aftab, W. ; Götz, M.J. ; Payer, S. ; Pietrantoni, N. ; Valka, V. ; Ravichandran, S.K. ; Bartke, T. ; Karl-Peter, H. ; Gerland, U. ; Korber, P. ; Holehouse, A.S.

Sequence and chemical specificity define the functional landscape of intrinsically disordered regions.

Stephan, N. ; Halama, A. ; Thareja, G. ; Sarwath, H. ; Grallert, H. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Schmidt, F. ; Graumann, J. ; Suhre, K.

Identification of protein signatures reflecting latent variation in aptamer-based affinity proteomics.

Laurent, K. ; Teperino, R. ; Hrabě de Angelis, M. ; Skerrett-Byrne, D.A. ; Beckers, J.

Epigenetic legacy: The role of sperm miRNAs in the paternal inheritance of diabetes and obesity development.

Casalone, E. ; Rosselli, M. ; Birolo, G. ; Debernardi, C. ; Catalano, C. ; Aneli, S. ; Allione, A. ; Di Primio, C. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Anton, G. ; Vineis, P. ; Sacerdote, C. ; Matullo, G.

Integration of short non coding RNA and genetic factors for coronary artery disease risk prediction in a prospective study.

Tiesmeyer, S. ; Müller-Bötticher, N. ; Malt, A. ; Ma, L. ; Marco-Salas, S. ; Kiessling, P. ; Horn, P. ; Guillot, A. ; Kuemmerle, L. ; Tacke, F. ; Theis, F.J. ; Kuppe, C. ; Nilsson, M. ; Eils, R. ; Long, B. ; Ishaque, N.

Identifying 3D signal overlaps in spatial transcriptomics data with ovrlpy.

Marmolejo, C.O. ; Sanchez, C. ; Helms, E. ; McEvoy, M.J. ; Lee, J. ; Werner, M. ; Roberts, P. ; Hamperl, S. ; Saldivar, J.C.

Precise control of transcription condensates across S phase balances linker histone expression with DNA replication, ensuring genome stability.

Sinke, L. ; van Dongen, J. ; Delerue, T. ; Wilson, R. ; Xia, Y. ; Beekman, M. ; Willemsen, G. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Koenig, W. ; Peters, A. ; de Geus, E.J.C. ; Ordovas, J.M. ; Bell, J.T. ; Waldenberger, M. ; Boomsma, D.I. ; Slagboom, P.E. ; Heijmans, B.T.

Epigenome-wide association study of circulating interleukin-6 connects DNA methylation to immunometabolic and inflammatory health.

Ranasinghe, D. ; Lin, W.Y. ; Fordham, S.E. ; Alharbi, A.A. ; Sunter, N.J. ; Elstob, C. ; Nahari, M.H. ; Xu, Y. ; Park, C. ; Hungate, E. ; Quante, A. ; Strauch, K. ; Gieger, C. ; Skol, A.D. ; Rahman, T. ; Sucheston-Campbell, L. ; Hahn, T. ; Clay-Gilmour, A.I. ; Jones, G.L. ; Marr, H.J. ; Jackson, G.H. ; Menne, T. ; Collin, M. ; Ivey, A. ; Hills, R.K. ; Burnett, A.K. ; Russell, N.H. ; Fitzgibbon, J. ; Larson, R.A. ; Le Beau, M.M. ; Stock, W. ; Heidenreich, O. ; Enshaei, A. ; Gunasinghe, D. ; Hawking, Z.L. ; Heslop, H.S. ; Nandana, D. ; Di, B. ; Plokhuta, A. ; Brown, I.T. ; Allsup, D.J. ; Houlston, R.S. ; Collins, A. ; Milne, P. ; Norden, J. ; Dickinson, A.M. ; Lendrem, B.C. ; Daly, A.K. ; Palm, L. ; Piechocki, K. ; Jeffries, S. ; Bornhäuser, M. ; Röllig, C. ; Altmann, H. ; Ruhnke, L. ; Kunadt, D. ; Wagenführ, L. ; Cordell, H.J. ; Darlay, R. ; Andersen, M.K. ; Fontana, M.C. ; Martinelli, G. ; Marconi, G. ; Sanz, M. ; Cervera, J. ; Gomez-Segui, I. ; Cluzeau, T. ; Moreilhon, C. ; Raynaud, S. ; Sill, H. ; Voso, M.T. ; Dombret, H. ; Cheok, M.H. ; Preudhomme, C. ; Gale, R.E. ; Linch, D.C. ; Weisinger, J. ; Masszi, A. ; Nowak, D. ; Hofmann, W.K. ; Gilkes, A.F. ; Porkka, K. ; Milosevic Feenstra, J.D. ; Kralovics, R. ; Wang, J. ; Meggendorfer, M. ; Haferlach, T. ; Krizsán, S. ; Bödör, C. ; Parkin, B.L. ; Malek, S.N. ; Stölzel, F. ; Onel, K. ; Allan, J.M.

Common variation at 1q23.3, 2p23.3, 2q33.3, and 2p21 influences risk of acute myeloid leukemia.

Weiler, P. ; Theis, F.J.

CellRank: Consistent and data view agnostic fate mapping for single-cell genomics.

Papa, C. ; Rose, A. ; Martin, H.N.G. ; Useini, A. ; Geier, F. ; Liao, L. ; Rodriguez Aguilera, J.R. ; Valina-Allo, P. ; Hoffmann, A. ; Tvardovskiy, A. ; Zulfqar, F. ; Zimmerman, A. ; Schicht, G. ; Ott, F. ; Körner, C. ; Engelmann, B. ; Rolle-Kampczyk, U. ; von Bergen, M. ; Meier, M. ; Bartke, T. ; Seehofer, D. ; Klöting-Blüher, N. ; Matz-Soja, M. ; Damm, G. ; Boeckel, J.N. ; Buescher, J.M. ; Blüher, M. ; Laufs, U. ; Bondareva, O. ; Sträter, N. ; Künze, G. ; Heiker, J.T. ; Sheikh, B.N.

Bempedoic acid directly binds and activates PPARα.

Young, V. ; Dohai, B.S.M. ; Halder, H. ; Fernandez-Macgregor, J. ; van Heusden, N.S. ; Hitch, T.C.A. ; Weller, B. ; Hyden, P. ; Saha, D. ; Pieren, D.K.J. ; Rittchen, S. ; Lambourne, L. ; Maseko, S.B. ; Lin, C.-W. ; Tun, Y.M. ; Bibus, J. ; Pletschacher, L. ; Boujeant, M. ; Choteau, S.A. ; Bergogne, L. ; Perrin, J. ; Ober, F. ; Schwehn, P. ; Rothballer, S.T. ; Altmann, M. ; Altmann, S. ; Strobel, A. ; Rothballer, M. ; Tofaute, M.J. ; Kotlarz, D.M. ; Heinig, M. ; Clavel, T. ; Calderwood, M.A. ; Vidal, M. ; Twizere, J.C. ; Vincentelli, R. ; Krappmann, D. ; Boes, M. ; Falter, C. ; Rattei, T. ; Brun, C. ; Zanzoni, A. ; Falter-Braun, P.

Effector-host interactome map links type III secretion systems in healthy gut microbiomes to immune modulation.

Li, J. ; Wang, J. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Cheng, X. ; Luecken, M. ; Lu, J. ; Monavarfeshani, A. ; Yan, W. ; Zheng, Y. ; Zuo, Z. ; Colborn, S.L.Z. ; Cortez, B.S. ; Owen, L.A. ; Wick, B. ; Bao, X. ; Haeussler, M. ; Tran, N.M. ; Shekhar, K. ; Sanes, J.R. ; Stout, J.T. ; Chen, S. ; Li, Y. ; DeAngelis, M.M. ; Theis, F.J. ; Chen, R.

Single-cell atlas of the transcriptome and chromatin accessibility in the human retina.

Lai, L. ; Jong, A. ; Delerue, T. ; Lin, J. ; Thorand, B. ; Heier, M. ; Prokisch, H. ; Farzeen, A. ; Winkelmann, J. ; Thiering, E. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Association of DNA methylation with hypertension and blood pressure: A 7-year longitudinal study from KORA F4/FF4.

Hu, E.Y. ; Oleshko, S. ; Firmani, S. ; Cheng, H. ; Zhu, Z. ; Ulmer, M.A. ; Arnold, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Tang, J. ; Xhonneux, S. ; Marsico, A.

Enhancing link prediction in biomedical knowledge graphs with BioPathNet.

De Donno, C. ; Lopez, J.P. ; Luecken, M. ; Kos, A. ; Brivio, E. ; Bordes, J. ; Yang, H. ; Deussing, J.M. ; Schmidt, M.V. ; Theis, F.J. ; Chen, A.

Single-cell characterization of the adult male hippocampus suggests a prominent, and cell-type specific, role for Nrgn and Sgk1 in response to a social stressor.

Frädrich, J. ; Reyes, C.M. ; Hendel, M. ; Brunner, V. ; Toledo, B. ; Manevski, D. ; Sommer, A. ; Häußler, D. ; Beck, D. ; Lucarelli, D. ; Martínez de Villareal, J. ; Halle, L. ; Kfuri-Rubens, R. ; Çifcibaşı, K. ; Hirschberger, A. ; Öllinger, R. ; Knolle, P.A. ; Steiger, K. ; Rad, R. ; Theis, F.J. ; Real, F.X. ; Bärthel, S. ; Böttcher, J.P. ; Saur, D. ; Demir, I.E. ; Krüger, A.

Multimodal profiling of pancreatic cancer reveals a TIMP-1-dominated secretory profile determining pro-tumor immunoinstruction in human cancers.

Kurochkin, I. ; Altman, A.R. ; Caiado, I. ; Pértiga-Cabral, D. ; Halitzki, E. ; Minaeva, M. ; Zimmermannová, O. ; Henriques-Oliveira, L. ; Klein, D. ; Nair, M. ; Oliveira, D. ; Cajal, L.R. ; Knittel, R. ; Feick, C. ; Ringnér, M. ; Martin, M. ; Cirovic, B. ; Pires, C.F. ; Rosa, F.F. ; Sitnicka, E. ; Theis, F.J. ; Pereira, C.F.

A combinatorial transcription factor screening platform for immune cell reprogramming.

Uruci, S. ; Boer, D.E.C. ; Chrystal, P. ; Lalonde, M. ; Panagopoulos, A. ; Yakoub, G. ; Kirdök, I. ; Lint, K.d. ; Woude, M.v.d. ; Wendel, T.J. ; Brussee, S. ; Wondergem, A.P. ; Overbeek, N.v. ; Schotman, N. ; Lingeman, J. ; Ljungman, M. ; Vidal, M. ; Attikum, H.v. ; Vertegaal, A.C.O. ; Noordermeer, S.M. ; Wolthuis, R.M.F. ; Altmeyer, M. ; Hamperl, S. ; Tropepe, V. ; Berg, J.v.d. ; Heuvel, D.v.d. ; Luijsterburg, M.S.

CFAP20 salvages arrested RNAPII from the path of co-directional replisomes.

Proulx-Giraldeau, F. ; Gao, X. ; Chadha, Y. ; Xiao, J.Y. ; Schmoller, K.M. ; Skotheim, J.M. ; François, P.

Division asymmetry drives cell size variability in budding yeast.

Thoma, F. ; Hagen, J. ; Rathberger, R. ; Padovani, F. ; Hörl, D. ; Schmoller, K.M. ; Osman, C.

Local mitochondrial physiology defined by mtDNA quality guides purifying selection.

Harada, M. ; Adam, J. ; Han, S. ; Shi, M. ; Ge, J. ; Lintelmann, J. ; Cecil, A. ; Zukunft, S. ; Prehn, C. ; Witting, M. ; Scheerer, M.F. ; Neschen, S. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Adamski, J. ; Teupser, D. ; Linkohr, B. ; Gieger, C. ; Hrabě de Angelis, M. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Urea cycle modulation by combined SGLT2 inhibitors and metformin.

Trigg, N.A. ; Mulhall, J.E. ; Nixon, B. ; Laurent, K. ; Pai, S. ; Smyth, S.P. ; Burke, N.D. ; Beckers, J. ; Bromfield, E.G. ; Karr, T.L. ; Lord, T. ; Pleuger, C. ; Schjenken, J.E. ; Hrabě de Angelis, M. ; Teperino, R. ; Skerrett-Byrne, D.A.

Curating fertility—proteomic remodelling of sperm during epididymal transit.

Förster, F. ; Horn, K. ; Pott, J. ; Delgado, G.E. ; Kleber, M.E. ; März, W. ; Moissl-Blanke, A.P. ; Silbernagel, G. ; Waldenberger, M. ; Grallert, H. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Baber, R. ; Kirsten, H. ; Loeffler, M. ; Isermann, B. ; Thiery, J. ; Kovacs, P. ; Tönjes, A. ; Stumvoll, M. ; Gylling, H. ; Kähönen, M. ; Lehtimäki, T. ; Mishra, P.P. ; Raitakari, O. ; Ceglarek, U. ; Scholz, M.

A genome-wide association meta-analysis of cholesterol synthesis intermediates identifies three associations for lanosterol.

Nitsch, S. ; Coraor, A.E. ; Schauer, T. ; Wu, Y. ; Sun, J. ; Möritz, N. ; Funke, J.J. ; Nagpal, H. ; Chua, G.N.L. ; Battistini, F. ; Lauberth, S.M. ; Richard, E.M. ; Orozco, M. ; Liu, S. ; Desviat, L.R. ; Fierz, B. ; Dietz, H. ; Roeder, R.G. ; de Pablo, J.J. ; Schneider, R.

H4K16 acylations destabilize chromatin architecture and facilitate transcriptional response during metabolic perturbations.

Deutges, M. ; Yang, C. ; Salehi, R. ; Navab, N. ; Marr, C. ; Sadafi, A.

Neural Cellular Automata for Weakly Supervised Segmentation of White Blood Cells.

Yang, C. ; Deutges, M. ; Liu, J. ; Li, H. ; Navab, N. ; Marr, C. ; Sadafi, A.

Attention Pooling Enhances NCA-Based Classification of Microscopy Images.

Ebrahimi, Z. ; Salehi, R. ; Navab, N. ; Marr, C. ; Sadafi, A.

Continual Multiple Instance Learning for Hematologic Disease Diagnosis.

Széles, E. ; Kondak, D. ; Da Silva, R.C. ; Szabados, L. ; Lindermayr, C. ; Kolbert, Z.

Genetic and bIOCHEMICAL approaches used FOR identification and MECHANISTIC characterization of NitriC oxide-RESPONSIVE plant genes.

Dasdelen, M.F. ; Lim, H. ; Buck, M. ; Götze, K.S. ; Marr, C. ; Schneider, S.

CytoSAE: Interpretable Cell Embeddings for Hematology.

Zedda, L. ; Loddo, A. ; Di Ruberto, C. ; Marr, C.