Rolled up magazines on blue background

Publications

Mol. Cell 86, 24-40.e10 (2026)

Nitsch, S. ; Coraor, A.E. ; Schauer, T. ; Wu, Y. ; Sun, J. ; Möritz, N. ; Funke, J.J. ; Nagpal, H. ; Chua, G.N.L. ; Battistini, F. ; Lauberth, S.M. ; Richard, E.M. ; Orozco, M. ; Liu, S. ; Desviat, L.R. ; Fierz, B. ; Dietz, H. ; Roeder, R.G. ; de Pablo, J.J. ; Schneider, R.

H4K16 acylations destabilize chromatin architecture and facilitate transcriptional response during metabolic perturbations.
Plant Sci. 362:112830 (2026)

Széles, E. ; Kondak, D. ; Da Silva, R.C. ; Szabados, L. ; Lindermayr, C. ; Kolbert, Z.

Genetic and bIOCHEMICAL approaches used FOR identification and MECHANISTIC characterization of NitriC oxide-RESPONSIVE plant genes.
In: (28th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, MICCAI 2025, 23-27 September 2025, Daejeon). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2026. 77-86 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15973 LNCS)

Dasdelen, M.F. ; Lim, H. ; Buck, M. ; Götze, K.S. ; Marr, C. ; Schneider, S.

CytoSAE: Interpretable Cell Embeddings for Hematology.
In: (28th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, MICCAI 2025, 23-27 September 2025, Daejeon). 2026. 445-455 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15963 LNCS)

Zedda, L. ; Loddo, A. ; Di Ruberto, C. ; Marr, C.

RedDino: A Foundation Model for Red Blood Cell Analysis.
In: (29th International Conference on Information Processing in Medical Imaging, IPMI 2025, 25-30 May 2025, Kos). 2026. 19-32 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15829 LNCS)

Yang, C. ; Deutges, M. ; Navab, N. ; Sadafi, A. ; Marr, C.

Hierarchical Neural Cellular Automata for Lightweight Microscopy Image Classification.

Oak, M.S. ; Stock, M. ; Janeva, A. ; Mezes, M. ; Hynes-Allen, A.M. ; Straub, T. ; Forné, I. ; Ettinger, A. ; Hamperl, S. ; Imhof, A. ; van den Ameele, J. ; Scialdone, A. ; Hörmanseder, E.

Pre-marking chromatin with H3K4 methylation is required for accurate zygotic genome activation and development.
Aging 17, 2902-2915 (2025)

Saad, R. ; Costeira, R. ; Matias-Garcia, P.R. ; Villicaña, S. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Peters, A. ; Kastenmüller, G. ; Rodriguez-Mateos, A. ; Dias, C. ; Menni, C. ; Waldenberger, M. ; Bell, J.T.

Theobromine is associated with slower epigenetic ageing.

Makris, K. ; Fonda, V. ; Ramadhani, F.F. ; Fadel, L. ; Davezac, M. ; Payet, B. ; Deligiannis, I.K. ; Zhang, L. ; Horn, T. ; Heimerl, L. ; Jouffe, C. ; Heddes, M. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Quagliarini, F. ; Uhlenhaut, N.H.

Hepatic metabolic reprogramming in male mice during short-term caloric restriction involves enhanced glucocorticoid rhythms.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 47478-47508 ( ; 267)

Palma, A. ; Rybakov, S. ; Hetzel, L. ; Günnemann, S. ; Theis, F.J.

Enforcing Latent Euclidean Geometry in Single-Cell VAEs for Manifold Interpolation.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 61769-61789 ( ; 267)

von Kleist, H. ; Wendland, J.R. ; Shpitser, I. ; Marr, C.

Feature Importance Metrics in the Presence of Missing Data.
Mamm. Genome 37:10 (2025)

Ehlich, H. ; Blease, A. ; Biju, R. ; Gustems, M. ; Song, F. ; Fessele, S. ; Massimi, M. ; Bozonelos, K. ; Ntafis, V. ; Hiltunen, A.E. ; Marschall, S. ; Stoeger, C. ; Khorshidi, Z. ; Ziadi, A. ; Jambou, K. ; Armagno, A. ; Scavizzi, F. ; Raspa, M. ; Fernández, J. ; del Hierro, M.J. ; Ayadi, A. ; Pensavalle, J. ; Prevost, G. ; Dufkova, L. ; Krupkova, M. ; Nickl, P. ; Krimpenfort, P. ; Jonkers, J. ; Valera Vazquez, G. ; Raess, M. ; Beckers, J. ; Moles, A. ; Dahlhoff, M. ; Montoliu, L. ; Herault, Y. ; Hinttala, R. ; Kontoyiannis, D.L. ; Sedlacek, R. ; Hrabě de Angelis, M. ; Boersma, A.A. ; Matteoni, R.

A quality framework for cryopreserved rodent disease models: INFRAFRONTIER quality principles in EMMA archiving and distribution.
Diabetes Care:dc251707 (2025)

Ge, J. ; Han, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Yu, S. ; Zheng, J. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Schlesinger, S. ; Koenig, W. ; Linkohr, B. ; Thorand, B. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Integrative metabolomics of targeted and non-targeted analyses in T2D progression.

Padovani, F. ; Stegmaier, T. ; Mairhörmann, B. ; Schmoller, K.M.

Analysis of multidimensional microscopy data using cell-ACDC.
EMBO Rep. 26, 4691-4722 (2025)

Ummethum, H. ; Murriello, A.C. ; Werner, M. ; Márquez-Gómez, E. ; König, A.-C. ; Kruse, E. ; Lalonde, M. ; Trauner, M. ; Chanou, A. ; Weiß, M. ; Lee, C.S.K. ; Ettinger, A. ; Erhard, F. ; Hauck, S.M. ; Hamperl, S.

The CGG triplet repeat binding protein 1 counteracts R-loop induced transcription-replication stress.
Nucleic Acids Res.:gkaf1126 (2025)

Türei, D. ; Schaul, J. ; Palacio-Escat, N. ; Bohár, B. ; Bai, Y. ; Ceccarelli, F. ; Çevrim, E. ; Daley, M. ; Darcan, M. ; Dimitrov, D. ; Dogan, T. ; Domingo-Fernández, D. ; Dugourd, A. ; Gábor, A. ; Gul, L. ; Hall, B.A. ; Hoyt, C.T. ; Ivanova, O. ; Klein, M. ; Lawrence, T. ; Mañanes, D. ; Módos, D. ; Müller-Dott, S. ; Ölbei, M. ; Schmidt, C. ; Şen, B. ; Theis, F.J. ; Ünlü, A. ; Ulusoy, E. ; Valdeolivas, A. ; Korcsmáros, T. ; Saez-Rodriguez, J.

OmniPath: Integrated knowledgebase for multi-omics analysis.