Rolled up magazines on blue background

Publications

In: (28th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, MICCAI 2025, 23-27 September 2025, Daejeon). 2026. 77-86 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15973 LNCS)

Dasdelen, M.F. ; Lim, H. ; Buck, M. ; Götze, K.S. ; Marr, C. ; Schneider, S.

CytoSAE: Interpretable Cell Embeddings for Hematology.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 47478-47508 ( ; 267)

Palma, A. ; Rybakov, S. ; Hetzel, L. ; Günnemann, S. ; Theis, F.J.

Enforcing Latent Euclidean Geometry in Single-Cell VAEs for Manifold Interpolation.
Mamm. Genome 37:10 (2025)

Ehlich, H. ; Blease, A. ; Biju, R. ; Gustems, M. ; Song, F. ; Fessele, S. ; Massimi, M. ; Bozonelos, K. ; Ntafis, V. ; Hiltunen, A.E. ; Marschall, S. ; Stoeger, C. ; Khorshidi, Z. ; Ziadi, A. ; Jambou, K. ; Armagno, A. ; Scavizzi, F. ; Raspa, M. ; Fernández, J. ; del Hierro, M.J. ; Ayadi, A. ; Pensavalle, J. ; Prevost, G. ; Dufkova, L. ; Krupkova, M. ; Nickl, P. ; Krimpenfort, P. ; Jonkers, J. ; Valera Vazquez, G. ; Raess, M. ; Beckers, J. ; Moles, A. ; Dahlhoff, M. ; Montoliu, L. ; Herault, Y. ; Hinttala, R. ; Kontoyiannis, D.L. ; Sedlacek, R. ; Hrabě de Angelis, M. ; Boersma, A.A. ; Matteoni, R.

A quality framework for cryopreserved rodent disease models: INFRAFRONTIER quality principles in EMMA archiving and distribution.
Diabetes Care:dc251707 (2025)

Ge, J. ; Han, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Yu, S. ; Zheng, J. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Schlesinger, S. ; Koenig, W. ; Linkohr, B. ; Thorand, B. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Integrative metabolomics of targeted and non-targeted analyses in T2D progression.

Padovani, F. ; Stegmaier, T. ; Mairhörmann, B. ; Schmoller, K.M.

Analysis of multidimensional microscopy data using cell-ACDC.
EMBO Rep. 26, 4691-4722 (2025)

Ummethum, H. ; Murriello, A.C. ; Werner, M. ; Márquez-Gómez, E. ; König, A.-C. ; Kruse, E. ; Lalonde, M. ; Trauner, M. ; Chanou, A. ; Weiß, M. ; Lee, C.S.K. ; Ettinger, A. ; Erhard, F. ; Hauck, S.M. ; Hamperl, S.

The CGG triplet repeat binding protein 1 counteracts R-loop induced transcription-replication stress.
Nucleic Acids Res.:gkaf1126 (2025)

Türei, D. ; Schaul, J. ; Palacio-Escat, N. ; Bohár, B. ; Bai, Y. ; Ceccarelli, F. ; Çevrim, E. ; Daley, M. ; Darcan, M. ; Dimitrov, D. ; Dogan, T. ; Domingo-Fernández, D. ; Dugourd, A. ; Gábor, A. ; Gul, L. ; Hall, B.A. ; Hoyt, C.T. ; Ivanova, O. ; Klein, M. ; Lawrence, T. ; Mañanes, D. ; Módos, D. ; Müller-Dott, S. ; Ölbei, M. ; Schmidt, C. ; Şen, B. ; Theis, F.J. ; Ünlü, A. ; Ulusoy, E. ; Valdeolivas, A. ; Korcsmáros, T. ; Saez-Rodriguez, J.

OmniPath: Integrated knowledgebase for multi-omics analysis.
Cell Rep. 44:116565 (2025)

Wagner, C.B. ; Longaretti, M. ; Sergi, S.G. ; Singh, N. ; Tsirkas, I. ; Bento, F. ; Wong, R.P. ; Wilkens, M. ; Hamperl, S. ; Butter, F. ; Aharoni, A. ; Ulrich, H.D. ; Luke, B.

Rad53 regulates RNase H1, which promotes DNA replication through sites of transcription-replication conflict.
Bioinformatics 41:btaf607 (2025)

Lucarelli, D. ; Kos, T. ; Shull, C. ; Jimenez, S. ; Öllinger, R. ; Rad, R. ; Saur, D. ; Theis, F.J.

QuiCAT: A scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences.
Int. J. Epidemiol. 54:dyaf187 (2025)

Linkohr, B. ; Heier, M. ; Gieger, C. ; Thorand, B. ; Grallert, H. ; Holle, R. ; Karrasch, S. ; Koenig, W. ; Ladwig, K.H. ; Laxy, M. ; Lorenz-Depiereux, B. ; Rospleszcz, S. ; Schneider, A.E. ; Schulz, H. ; Schwettmann, L. ; Standl, M. ; Waldenberger, M. ; Wang-Sattler, R. ; Wolf, K. ; Dallavalle, M. ; Rückert-Eheberg, I.-M. ; Schneider, A. ; Leidl, R. ; Wichmann, H.-E. ; Peters, A.

Cohort profile: Cooperative health research in the region of Augsburg (KORA) 1984-2024.
Nat. Commun. 16:9745 (2025)

Firsova, A.B. ; Marco Salas, S. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Sountoulidis, A. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Alonso Galicia, L. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Gote-Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K.B. ; Timens, W. ; Schiller, H.B. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C. ; Samakovlis, C.

Spatial single-cell atlas reveals regional variations in healthy and diseased human lung.
EMBO J., DOI: 10.1038/s44318-025-00571-5 (2025)

Kukhtevich, I. ; Persson, S. ; Padovani, F. ; Schneider, R. ; Cvijovic, M. ; Schmoller, K.M.

The origin of septin ring size control in budding yeast.
Comm. Biol. 8:1412 (2025)

Boerstler, T. ; Kachkin, D. ; Gerasimova, E. ; Zagha, N. ; Furlanetto, F. ; Nayebzade, N. ; Zappia, L. ; Boisvert, M. ; Farrell, M. ; Ploetz, S. ; Prots, I. ; Regensburger, M. ; Günther, C. ; Winkler, J. ; Gupta, P. ; Theis, F.J. ; Karow, M. ; Falk, S. ; Winner, B. ; Krach, F.

Deciphering brain organoid heterogeneity by identifying key quality determinants.
Am. J. Hum. Genet. 112, 2115-2137 (2025)

Ratajczak, F. ; Heinig, M. ; Falter-Braun, P.

Exploring the omnigenic architecture of selected complex traits.
ACS Nano 19, 39139-39156 (2025)

Voss, C. ; Han, L. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Haefner, V. ; Angelidis, I. ; Mayr, C.H. ; Berthing, T. ; Zhou, Q. ; Günther, E. ; Huzain, O. ; Schmid, O. ; Vogel, U. ; Schniering, J. ; Gaedcke, S. ; Theis, F.J. ; Schiller, H.B. ; Stöger, T.

Toward a ToxAtlas of carbon-based nanomaterials: Single-cell RNA sequencing reveals initiating cell circuits in pulmonary inflammation.