Group Leader, Institute of Experimental Genetics, Research Group ‘Biocuration for Digital Health’
Dr. Andreas Ruepp
“A large body of information that was generated in decades of experimental research is waiting in the scientific literature to be presented comprehensively.”
Academic Career and Research Areas
Andreas is a microbiologist by training and obtained a PhD at the Max-Planck Institute of Biochemistry/Ludwig-Maximilians University Munich. After completing his PhD, Andreas joined the department of Prof. Wolfgang Baumeister at the Max-Planck Institute of Biochemistry. There, he sequenced the complete genome of the archaeon Thermoplasma acidophium. In the following two years, he worked a senior scientist at the biotech company Epidaurus GmbH. In 2001, Andreas joined Helmholtz Munich as group leader at the institute of Bioinformatics and Systems Biology. He initiated the generation of databases such as CORUM which is the gold standard for protein complex analysis. A second focus of his work are disease-related interaction networks that are used for the interpretation of experimental data. In 2019, his group moved to the Institute of Experimental Genetics. Recently, he and his group were involved in the analysis of 705 new genes from the IMPC which were found to be associated with cardiac dysfunction.
Fields of Work and Expertise
Biocuration Manual Annotation Databases Network Medicine Protein Complexes Genome Annotation
Selected Publications
Steinkamp, R. ; Tsitsiridis, G. ; Brauner, B. ; Montrone, C. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Avram, S. ; Oprea, T.I. ; Ruepp, A.
CORUM in 2024: Protein complexes as drug targets.Shi, M. ; Han, S. ; Klier, K. ; Fobo, G. ; Montrone, C. ; Yu, S. ; Harada, M. ; Henning, A.K. ; Friedrich, N. ; Bahls, M. ; Dörr, M. ; Nauck, M. ; Völzke, H. ; Homuth, G. ; Grabe, H.J. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Rathmann, W. ; Ruepp, A. ; Hertel, J. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.
Identification of candidate metabolite biomarkers for metabolic syndrome and its five components in population-based human cohorts.Spielmann, N. ; Miller, G. ; Oprea, T.I. ; Hsu, C.W. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Haseli Mashhadi, H. ; Mason, J. ; Munoz Fuentes, V. ; Leuchtenberger, S. ; Ruepp, A. ; Wagner, M. ; Westphal, D.S. ; Wolf, C. ; Görlach, A. ; Sanz-Moreno, A. ; Cho, Y.-L. ; Teperino, R. ; Brandmaier, S. ; Sharma, S. ; Galter, I. ; Östereicher, M.A. ; Zapf, L. ; Mayer-Kuckuk, P. ; Rozman, J. ; Teboul, L. ; Bunton-Stasyshyn, R.K.A. ; Cater, H. ; Stewart, M. ; Christou, S. ; Westerberg, H. ; Willett, A.M. ; Wotton, J.M. ; Roper, W.B. ; Christiansen, A.E. ; Ward, C.S. ; Heaney, J.D. ; Reynolds, C.L. ; Prochazka, J. ; Bower, L. ; Clary, D. ; Selloum, M. ; Bou About, G. ; Wendling, O. ; Jacobs, H. ; Leblanc, S. ; Meziane, H. ; Sorg, T. ; Audain, E. ; Gilly, A. ; Rayner, N.W. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Becker, L. ; Garrett, L. ; Hölter, S.M. ; Amarie, O.V. ; Calzada-Wack, J. ; Klein-Rodewald, T. ; da Silva Buttkus, P. ; Lengger, C. ; Stoeger, C. ; Gerlini, R. ; Rathkolb, B. ; Mayr, D. ; Seavitt, J. ; Gaspero, A. ; Green, J.R. ; Garza, A. ; Bohat, R. ; Wong, L. ; McElwee, M.L. ; Kalaga, S. ; Rasmussen, T.L. ; Lorenzo, I. ; Lanza, D.G. ; Samaco, R.C. ; Veeraragaven, S. ; Gallegos, J.J. ; Kasparek, P. ; Petrezselyova, S. ; King, R. ; Johnson, S. ; Cleak, J. ; Szkoe-Kovacs, Z. ; Codner, G.F. ; Mackenzie, M. ; Caulder, A. ; Kenyon, J. ; Gardiner, W. ; Phelps, H. ; Hancock, R. ; Norris, C.M. ; Moore, M.A. ; Seluke, A.M. ; Urban, R. ; Kane, C. ; Goodwin, L.O. ; Peterson, K.A. ; Mckay, M.
Publisher Correction: Extensive identification of genes involved in congenital and structural heart disorders and cardiomyopathy (Nature Cardiovascular Research, (2022), 1, 2, (157-173), 10.1038/s44161-022-00018-8).Tsitsiridis, G. ; Steinkamp, R. ; Giurgiu, M. ; Brauner, B. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Ruepp, A.
CORUM: The comprehensive resource of mammalian protein complexes-2022.Liu, H. ; Bergant, V. ; Frishman, G. ; Ruepp, A. ; Pichlmair, A. ; Vincendeau, M. ; Frishman, D.
Influenza A virus infection reactivates human endogenous retroviruses associated with modulation of antiviral immunity.Spielmann, N. ; Miller, G. ; Oprea, T.I. ; Hsu, C.-W. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Hasel Mashhadi, H. ; Mason, J. ; Munoz Fuentes, V. ; Leuchtenberger, S. ; Ruepp, A. ; Wagner, M. ; Westphal, D.S. ; Wolf, C. ; Görlach, A. ; Sanz-Moreno, A. ; Cho, Y.-L. ; Teperino, R. ; Brandmaier, S. ; Sharma, S. ; Galter, I. ; Östereicher, M.A. ; Zapf, L. ; Mayer-Kuckuk, P. ; Rozman, J. ; Teboul, L. ; Bunton, R.K.A. ; Cater, H. ; Stewart, M. ; Christou, S. ; Westerberg, H. ; Willet, A.M. ; Wotton, J.M. ; Roper, W.B. ; Christiansen, A.E. ; Ward, C.S. ; Heaney, J.D. ; Reynolds, C.L. ; Prochazka, J. ; Bower, L. ; Clary, D. ; Selloum, M. ; Bou About, G. ; Wendling, O. ; Jacobs, H. ; Leblanc, S. ; Meziane, H. ; Sorg, T. ; Audain, E. ; Gilly, A. ; Rayner, N.W. ; Hitz, M.-P. ; Zeggini, E. ; Wolf, E. ; Sedlacek, R. ; Murray, S.A. ; Svenson, K.L. ; Braun, R.E. ; White, J.K. ; Kelsey, L. ; Gao, X. ; Shiroishi, T. ; Xu, Y. ; Seong, J.K. ; Mammano, F. ; Tocchini-Valentini, G.P. ; Beaudet, A.L. ; Meehan, T.F. ; Parkinson, H. ; Smedley, D. ; Mallon, A.-M. ; Wells, S.E. ; Grallert, H. ; Wurst, W. ; Marschall, S. ; Fuchs, H. ; Brown, S.D.M. ; Flenniken, A.M. ; Nutter, L.M.J. ; McKerlie, C. ; Herault, Y. ; Lloyd, K.C.K. ; Dickinson, M.E. ; Gailus-Durner, V. ; Hrabě de Angelis, M. ; IMPC Consortium (Aguilar-Pimentel, J.A. ; Becker, L. ; Garrett, L. ; Hölter, S.M. ; Amarie, O.V. ; Calzada-Wack, J. ; Klein-Rodewald, T. ; Lengger, C. ; Stoeger, C. ; Gerlini, R. ; Rathkolb, B. ; Seisenberger, C. ; Bürger, A. ; Giesert, F.)
Extensive identification of genes involved in congenital and structural heart disorders and cardiomyopathy.Ostaszewski, M. ; Niarakis, A. ; Mazein, A. ; Kuperstein, I. ; Phair, R. ; Orta-Resendiz, A. ; Singh, V. ; Aghamiri, S.S. ; Acencio, M.L. ; Glaab, E. ; Ruepp, A. ; Fobo, G. ; Montrone, C. ; Brauner, B. ; Frishman, G. ; Monraz Gómez, L.C. ; Somers, J. ; Hoch, M. ; Kumar Gupta, S. ; Scheel, J. ; Borlinghaus, H. ; Czauderna, T. ; Schreiber, F. ; Montagud, A. ; Ponce de Leon, M. ; Funahashi, A. ; Hiki, Y. ; Hiroi, N. ; Yamada, T.G. ; Dräger, A. ; Renz, A. ; Naveez, M. ; Bocskei, Z. ; Messina, F. ; Börnigen, D. ; Fergusson, L. ; Conti, M. ; Rameil, M. ; Nakonecnij, V. ; Vanhoefer, J. ; Schmiester, L. ; Wang, M. ; Ackerman, E.E. ; Shoemaker, J.E. ; Zucker, J. ; Oxford, K. ; Teuton, J. ; Kocakaya, E. ; Summak, G.Y. ; Hanspers, K. ; Kutmon, M. ; Coort, S. ; Eijssen, L. ; Ehrhart, F. ; Rex, D.A.B. ; Slenter, D. ; Martens, M. ; Pham, N. ; Haw, R. ; Jassal, B. ; Matthews, L. ; Orlic-Milacic, M. ; Senff-Ribeiro, A. ; Rothfels, K. ; Shamovsky, V. ; Stephan, R. ; Sevilla, C. ; Varusai, T. ; Ravel, J. ; Fraser, R. ; Ortseifen, V. ; Marchesi, S. ; Gawron, P. ; Smula, E. ; Heirendt, L. ; Satagopam, V. ; Wu, G. ; Riutta, A. ; Golebiewski, M. ; Owen, S. ; Goble, C. ; Hu, X. ; Overall, R.W. ; Maier, D. ; Bauch, A. ; Gyori, B.M. ; Bachman, J.A. ; Vega, C. ; Grouès, V. ; Vázquez, M.J. ; Porras, P. ; Licata, L. ; Iannuccelli, M. ; Sacco, F. ; Nesterova, A. ; Yuryev, A. ; de Waard, A. ; Türei, D. ; Luna, A. ; Babur, O. ; Soliman, S. ; Valdeolivas, A. ; Esteban-Medina, M. ; Peña-Chilet, M. ; Rian, K. ; Helikar, T. ; Puniya, B.L. ; Módos, D. ; Treveil, A. ; Ölbei, M. ; De Meulder, B. ; Ballereau, S. ; Dugourd, A. ; Naldi, A. ; Noël, V. ; Calzone, L. ; Sander, C. ; Demir, E. ; Korcsmáros, T. ; Freeman, T.C. ; Augé, F. ; Beckmann, J.S. ; Hasenauer, J. ; Wolkenhauer, O. ; Willighagen, E.L. ; Pico, A.R. ; Evelo, C.T. ; Gillespie, M.E. ; Stein, L.D. ; Hermjakob, H. ; D'Eustachio, P. ; Saez-Rodriguez, J. ; Dopazo, J. ; Valencia, A. ; Kitano, H. ; Barillot, E. ; Auffray, C. ; Balling, R. ; Schneider, R.
COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus-host interaction mechanisms (vol 17, e10387, 2021).Ostaszewski, M. ; Niarakis, A. ; Mazein, A. ; Kuperstein, I. ; Phair, R. ; Orta-Resendiz, A. ; Singh, V. ; Aghamiri, S.S. ; Acencio, M.L. ; Glaab, E. ; Ruepp, A. ; Fobo, G. ; Montrone, C. ; Brauner, B. ; Frishman, G. ; Monraz Gómez, L.C. ; Somers, J. ; Hoch, M. ; Kumar Gupta, S. ; Scheel, J. ; Borlinghaus, H. ; Czauderna, T. ; Schreiber, F. ; Montagud, A. ; Ponce de Leon, M. ; Funahashi, A. ; Hiki, Y. ; Hiroi, N. ; Yamada, T.G. ; Dräger, A. ; Renz, A. ; Naveez, M. ; Bocskei, Z. ; Messina, F. ; Börnigen, D. ; Fergusson, L. ; Conti, M. ; Rameil, M. ; Nakonecnij, V. ; Vanhoefer, J. ; Schmiester, L. ; Wang, M. ; Ackerman, E.E. ; Shoemaker, J.E. ; Zucker, J. ; Oxford, K. ; Teuton, J. ; Kocakaya, E. ; Summak, G.Y. ; Hanspers, K. ; Kutmon, M. ; Coort, S. ; Eijssen, L. ; Ehrhart, F. ; Rex, D.A.B. ; Slenter, D. ; Martens, M. ; Pham, N. ; Haw, R. ; Jassal, B. ; Matthews, L. ; Orlic-Milacic, M. ; Senff Ribeiro, A. ; Rothfels, K. ; Shamovsky, V. ; Stephan, R. ; Sevilla, C. ; Varusai, T. ; Ravel, J.M. ; Fraser, R. ; Ortseifen, V. ; Marchesi, S. ; Gawron, P. ; Smula, E. ; Heirendt, L. ; Satagopam, V.P. ; Wu, G. ; Riutta, A. ; Golebiewski, M. ; Owen, S. ; Goble, C. ; Hu, X. ; Overall, R.W. ; Maier, D. ; Bauch, A. ; Gyori, B.M. ; Bachman, J.A. ; Vega, C. ; Grouès, V. ; Vázquez, M.J. ; Porras, P. ; Licata, L. ; Iannuccelli, M. ; Sacco, F. ; Nesterova, A. ; Yuryev, A. ; de Waard, A. ; Turei, D. ; Luna, A. ; Babur, O. ; Soliman, S. ; Valdeolivas, A. ; Esteban-Medina, M. ; Peña-Chilet, M. ; Rian, K. ; Helikar, T. ; Lal Puniya, B. ; Módos, D. ; Treveil, A. ; Olbei, M. ; De Meulder, B. ; Ballereau, S. ; Dugourd, A. ; Naldi, A. ; Noël, V. ; Calzone, L. ; Sander, C. ; Demir, E. ; Korcsmáros, T. ; Freeman, T.C. ; Augé, F. ; Beckmann, J.S. ; Hasenauer, J. ; Wolkenhauer, O. ; Wilighagen, E.L. ; Pico, A.R. ; Evelo, C.T. ; Gillespie, M.E. ; Stein, L.D. ; Hermjakob, H. ; D'Eustachio, P. ; Saez-Rodriguez, J. ; Dopazo, J. ; Valencia, A. ; Kitano, H. ; Barillot, E. ; Auffray, C. ; Balling, R. ; Schneider, R.
COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms.Padmanabhan Nair, V. ; Liu, H. ; Ciceri, G. ; Jungverdorben, J. ; Frishman, G. ; Tchieu, J. ; Cederquist, G.Y. ; Rothenaigner, I. ; Schorpp, K.K. ; Klepper, L. ; Walsh, R.M. ; Kim, T.W. ; Cornacchia, D. ; Ruepp, A. ; Mayer, J. ; Hadian, K. ; Frishman, D. ; Studer, L. ; Vincendeau, M.
Activation of HERV-K(HML-2) disrupts cortical patterning and neuronal differentiation by increasing NTRK3.Kataka, E. ; Zaucha, J. ; Frishman, G. ; Ruepp, A. ; Frishman, D.
Author Correction: Edgetic perturbation signatures represent known and novel cancer biomarkers (Scientific Reports, (2020), 10, 1, (4350), 10.1038/s41598-020-61422-3).