Hamperl Lab Publications

Nat. Commun. 16:11334 (2025)

Oak, M.S. ; Stock, M. ; Janeva, A. ; Mezes, M. ; Hynes-Allen, A.M. ; Straub, T. ; Forné, I. ; Ettinger, A. ; Hamperl, S. ; Imhof, A. ; van den Ameele, J. ; Scialdone, A. ; Hörmanseder, E.

Pre-marking chromatin with H3K4 methylation is required for accurate zygotic genome activation and development.
EMBO Rep. 26, 4691-4722 (2025)

Ummethum, H. ; Murriello, A.C. ; Werner, M. ; Márquez-Gómez, E. ; König, A.-C. ; Kruse, E. ; Lalonde, M. ; Trauner, M. ; Chanou, A. ; Weiß, M. ; Lee, C.S.K. ; Ettinger, A. ; Erhard, F. ; Hauck, S.M. ; Hamperl, S.

The CGG triplet repeat binding protein 1 counteracts R-loop induced transcription-replication stress.
Cell Rep. 44:116565 (2025)

Wagner, C.B. ; Longaretti, M. ; Sergi, S.G. ; Singh, N. ; Tsirkas, I. ; Bento, F. ; Wong, R.P. ; Wilkens, M. ; Hamperl, S. ; Butter, F. ; Aharoni, A. ; Ulrich, H.D. ; Luke, B.

Rad53 regulates RNase H1, which promotes DNA replication through sites of transcription-replication conflict.
Stem Cell Rep. 20:102447 (2025)

Zikmund, T. ; Fiorentino, J. ; Penfold, C. ; Stock, M. ; Shpudeiko, P. ; Agarwal, G. ; Langfeld, L. ; Petrova, K. ; Peshkin, L. ; Hamperl, S. ; Scialdone, A. ; Hörmanseder, E.

Differentiation success of reprogrammed cells is heterogeneous in vivo and modulated by somatic cell identity memory.
Nucleic Acids Res. 53:gkaf109 (2025)

Werner, M. ; Trauner, M. ; Schauer, T. ; Ummethum, H. ; Márquez-Gómez, E. ; Lalonde, M. ; Lee, C.S.K. ; Tsirkas, I. ; Sajid, A. ; Murriello, A.C. ; Längst, G. ; Hamperl, S.

Transcription-replication conflicts drive R-loop-dependent nucleosome eviction and require DOT1L activity for transcription recovery.