Publications

2023 in
In: Multifunctional And Targeted Theranostic Nanomedicines: Formulation, Design And Applications. 2023. 187-213

Shilpi, S. ; Gulbake, A.S. ; Chouhan, S. ; Kumar, P.

Functionalized carbon nanotubes, graphene oxide, fullerenes, and nanodiamonds: Emerging theranostic nanomedicines.
J. Heart Lung Transpl. 42, 102-114 (2023)

Rosenkranz, S. ; Pausch, C. ; Coghlan, J.G. ; Huscher, D. ; Pittrow, D. ; Grünig, E. ; Staehler, G. ; Vizza, C.D. ; Gall, H. ; Distler, O. ; Delcroix, M. ; Ghofrani, H.A. ; Ewert, R. ; Kabitz, H.J. ; Skowasch, D. ; Behr, J. ; Milger, K. ; Halank, M. ; Wilkens, H. ; Seyfarth, H.J. ; Held, M. ; Scelsi, L. ; Neurohr, C. ; Vonk-Noordegraaf, A. ; Ulrich, S. ; Klose, H. ; Claussen, M. ; Eisenmann, S. ; Schmidt, K.H. ; Remppis, B.A. ; Skride, A. ; Jureviciene, E. ; Gumbiene, L. ; Miliauskas, S. ; Löffler-Ragg, J. ; Lange, T.J. ; Olsson, K.M. ; Hoeper, M.M. ; Opitz, C.

Risk stratification and response to therapy in patients with pulmonary arterial hypertension and comorbidities: A COMPERA analysis.
2023 in
In: (Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference). 2023. 1-5 ( ; 2023)

Castelblanco, A. ; Matzeu, G. ; Ruggeri, E. ; Omenetto, F.G. ; Hilgendorff, A. ; Schnabel, J.A. ; Schubert, B.

Colorimetric Sensor Reading and Illumination Correction via Multi-Task Deep-Learning.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 207, 283-299 (2023)

Wasnick, R. ; Korfei, M. ; Piskulak, K. ; Henneke, I. ; Wilhelm, J. ; Mahavadi, P. ; Dartsch, R.C. ; von der Beck, D. ; Koch, M. ; Shalashova, I. ; Weiss, A.R. ; Klymenko, O. ; Askevold, I. ; Fink, L. ; Witt, H. ; Hackstein, H. ; El Agha, E. ; Bellusci, S. ; Klepetko, W. ; Königshoff, M. ; Eickelberg, O. ; Schermuly, R.T. ; Braun, T. ; Seeger, W. ; Ruppert, C. ; Guenther, A.

Notch1 induces defective epithelial surfactant processing and pulmonary fibrosis.
World J. Virol. 12, 242-255 (2023)

Mohanty, P. ; Panda, P. ; Acharya, R.K. ; Pande, B. ; Bhaskar, L. ; Verma, H.K.

Emerging perspectives on RNA virus-mediated infections: From pathogenesis to therapeutic interventions.

De Sadeleer, L.J. ; Chen, Y. ; Jentzsch, R.C. ; Wang, Z. ; Qazi, N. ; Lang, N.J. ; Albanese, P. ; Jankevics, A. ; Theis, F.J. ; Scheltema, R.A. ; Wuyts, W.A. ; Gote-Schniering, J. ; Schiller, H. B.

Evolution of epithelial-mesenchymal cell circuits in the progression of pulmonary fibrosis.

Chen, Y. ; Schniering, J. ; Müller, M. ; Albanese, P. ; Jankevics, A. ; Jentzsch, R.C. ; Tata, A. ; Ansari, M. ; De Sadeleer, L.J. ; Yang, L. ; Heumos, L. ; Agami, A. ; Zhou, S. ; Mayr, C. ; Hatz, R. ; Schneider, C.P. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Stoleriu, M.G. ; Dorfmueller, P. ; Theis, F.J. ; Tata, P.R. ; Luecken, M. ; Scheltema, R.A. ; Schiller, H. B.

A spatially resolved extracellular matrix proteome atlas of the distal human lung.
Pulm. Circ. 13:e12320 (2023)

Häfner, F. ; Johansson, C. ; Schwarzkopf, L. ; Forster, K. ; Kraus, Y. ; Flemmer, A.W. ; Hansmann, G. ; Sallmon, H. ; Felderhoff-Müser, U. ; Witt, S. ; Schwettmann, L. ; Hilgendorff, A.

Current diagnosis and treatment practice for pulmonary hypertension in bronchopulmonary dysplasia-A survey study in Germany (PUsH BPD).
Cells 12:22 (2023)

Rambold, U. ; Sperling, S. ; Chew, Z. ; Wang, Y. ; Steer, B. ; Zeller, K. ; Strobl, L.J. ; Zimber-Strobl, U. ; Adler, H.

A mouse model to study the pathogenesis of γ-herpesviral infections in germinal center B cells.
Radiol. Artif. Intell. 5:e220239 (2023)

Mairhörmann, B. ; Castelblanco, A. ; Häfner, F. ; Koliogiannis, V. ; Haist, L. ; Winter, D. ; Flemmer, A.W. ; Ehrhardt, H. ; Stöcklein, S. ; Dietrich, O. ; Förster, K. ; Hilgendorff, A. ; Schubert, B.

Automated MRI lung segmentation and 3D morphologic features for quantification of neonatal lung disease.
Sci. Transl. Med. 15, 19:eadh0908 (2023)

Lang, N.J. ; Schniering, J. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Yang, L. ; De Sadeleer, L.J. ; Jentzsch, R.C. ; Shitov, V.A. ; Zhou, S. ; Ansari, M. ; Agami, A. ; Mayr, C. ; Hooshiar Kashani, B. ; Chen, Y. ; Heumos, L. ; Pestoni, J. ; Molnar, E.S. ; Geeraerts, E. ; Anquetil, V. ; Saniere, L. ; Wögrath, M. ; Gerckens, M. ; Lehmann, M. ; Yildirim, A.Ö. ; Hatz, R.A. ; Kneidinger, N. ; Behr, J. ; Wuyts, W.A. ; Stoleriu, M.-G. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Burgstaller, G. ; Schiller, H. B.

Ex vivo tissue perturbations coupled to single-cell RNA-seq reveal multilineage cell circuit dynamics in human lung fibrogenesis.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 209, 683-692 (2023)

Verleden, S.E. ; Hendriks, J.M.H. ; Snoeckx, A. ; Mai, C. ; Mentens, Y. ; Callebaut, W. ; De Belie, B. ; Van Schil, P.E. ; Verplancke, V. ; Janssens, A.C. ; Jacob, J. ; Pakzad, A. ; Conlon, T.M. ; Guvenc, G. ; Yildirim, A.Ö. ; Pauwels, P. ; Koljenovic, S. ; Kwakkel-Van-Erp, J.M. ; Lapperre, T.

Small airways disease in Pre-COPD with emphysema: A cross-sectional study.
Curr. Oncol. 30, 9542-9568 (2023)

Acharya, R. ; Mahapatra, A. ; Verma, H.K. ; Bhaskar, L.V.K.S.

Unveiling therapeutic targets for esophageal cancer: A comprehensive review.
Sci. Adv. 9:eadj3793 (2023)

Kos, A. ; Lopez, J.P. ; Bordes, J. ; De Donno, C. ; Dine, J. ; Brivio, E. ; Karamihalev, S. ; Luecken, M. ; Almeida-Correa, S. ; Gasperoni, S. ; Dick, A. ; Miranda, L. ; Büttner, M. ; Stoffel, R. ; Flachskamm, C. ; Theis, F.J. ; Schmidt, M.V. ; Chen, A.

Early life adversity shapes social subordination and cell type-specific transcriptomic patterning in the ventral hippocampus.
2023 in
In: Molecular Pharmaceutics and Nano Drug Delivery: Fundamentals and Challenges. 2023. 103-134

Paliwal, S.R. ; Sulakhiya, K. ; Kumar, P. ; Maiti, S. ; Paliwal, R.

Hormonal delivery systems.
Turk. J. Immunol. 11, 1-16 (2023)

Mahapatra, A. ; Verma, H.K. ; Nag, S. ; Singh, S. ; Khattri, A. ; Bhaskar, L.V.K.S.

Advances in the molecular etiology of severe combined immunodeficiency and its screening.
OpenNano 12:100161 (2023)

Jürgens, D.C. ; Deßloch, L. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Winkeljann, J. ; Zielinski, S. ; Munschauer, M. ; Hörner, A.L. ; Burgstaller, G. ; Winkeljann, B. ; Merkel, O.M.

Lab-scale siRNA and mRNA LNP manufacturing by various microfluidic mixing techniques – an evaluation of particle properties and efficiency.
Atemwegs- Lungenkr. 49, 140-146 (2023)

Bramey, N. ; Schmeck, B. ; Lehmann, M.

Aging and regeneration in the lung – Significance for COPD.
Environ. Int. 179:108169 (2023)

Dilger, M. ; Armant, O. ; Ramme, L. ; Mülhopt, S. ; Sapcariu, S.C. ; Schlager, C. ; Dilger, E. ; Reda, A. ; Orasche, J. ; Schnelle-Kreis, J. ; Conlon, T.M. ; Yildirim, A.Ö. ; Hartwig, A. ; Zimmermann, R. ; Hiller, K. ; Diabaté, S. ; Paur, H.R. ; Weiss, C.

Systems toxicology of complex wood combustion aerosol reveals gaseous carbonyl compounds as critical constituents.

Häfner, F. ; Kindt, A.S.D. ; Strobl, K. ; Forster, K. ; Heydarian, M. ; Gonzalez-Rodriguez, E. ; Schubert, B. ; Kraus, Y. ; Robert, D.P. ; Flemmer, A.W. ; Ertl-Wagner, B. ; Dietrich, O. ; Stoecklein, S. ; Tello, K. ; Hilgendorff, A.

MRI pulmonary artery flow detects lung vascular pathology in preterms with lung disease.
Am. J. Pathol. 193, 2001-2016 (2023)

Wickramasinghe, L.C. ; Tsantikos, E. ; Kindt, A.S.D. ; Raftery, A.L. ; Gottschalk, T.A. ; Borger, J.G. ; Malhotra, A. ; Anderson, G.P. ; van Wijngaarden, P. ; Hilgendorff, A. ; Hibbs, M.L.

Granulocyte colony-stimulating factor is a determinant of severe bronchopulmonary dysplasia and coincident retinopathy.

Kapellos, T. ; Conlon, T.M. ; Yildirim, A.Ö. ; Lehmann, M.

The impact of the immune system on lung injury and regeneration in COPD.
Nanomed. 18, 1261-1279 (2023)

Kurmi, B.D. ; Patel, P. ; Paliwal, R. ; Kumar, P. ; Paliwal, S.R.

Multifunctional nanotherapeutics for intracellular trafficking of doxorubicin against breast cancer.
Transl. Oncol. 39:101800 (2023)

Jia, J. ; Marazioti, A. ; Voulgaridis, A. ; Psallidas, I. ; Lamort, A.-S. ; Iliopoulou, M. ; Krontira, A.C. ; Lilis, I. ; Asciak, R. ; Kanellakis, N.I. ; Rahman, N.M. ; Karkoulias, K. ; Spiropoulos, K. ; Liu, R. ; Kaiser, J.C. ; Stathopoulos, G.T.

Clinical identification of malignant pleural effusions.

Tanabe, S. ; Beaton, D. ; Chauhan, V. ; Choi, I. ; Choi, J. ; Clerbaux, L.A. ; Coppola, L. ; Dumont, A.F. ; Esterhuizen, M. ; Filipovska, J. ; FitzGerald, R. ; Fritsche, E. ; Garcia-Reyero, N. ; Goralczyk, A. ; Huliganga, E. ; Kim, Y.J. ; Klose, J. ; La Rocca, C. ; Landesmann, B. ; Mally, A. ; Murugadoss, S. ; Omeragic, E. ; Ouédraogo, G. ; Pereira, J.M. ; Sadi, B. ; Schaffert, A. ; Song, Y. ; Sovadinova, I. ; Stöger, T. ; Tollefsen, K.E. ; Wittwehr, C. ; Yauk, C.

Report of the 3rd and 4th Mystery of Reactive Oxygen Species Conference.
iScience 26:108345 (2023)

Leuschner, G. ; Semenova, A. ; Mayr, C. ; Kapellos, T. ; Ansari, M. ; Seeliger, B. ; Frankenberger, M. ; Kneidinger, N. ; Hatz, R.A. ; Hilgendorff, A. ; Prasse, A. ; Behr, J. ; Mann, M. ; Schiller, H. B.

Mass spectrometry-based autoimmune profiling reveals predictive autoantigens in idiopathic pulmonary fibrosis.
Nature 623, 792-802 (2023)

Correa-Gallegos, D. ; Ye, H. ; Dasgupta, B. ; Sardogan, A. ; Kadri, S. ; Kandi, R. ; Dai, R. ; Lin, Y. ; Kopplin, R. ; Shantaram Shenai, D. ; Wannemacher, J. ; Ichijo, R. ; Jiang, D. ; Strunz, M. ; Ansari, M. ; Angelidis, I. ; Schiller, H. B. ; Voltz, T. ; Machens, H.G. ; Rinkevich, Y.

CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair.
Eur. Respir. J. 63:2300127 (2023)

Zhao, A. ; Gudmundsson, E. ; Mogulkoc, N. ; van Moorsel, C. ; Corte, T.J. ; Vasudev, P. ; Romei, C. ; Chapman, R. ; Wallis, T.J.M. ; Denneny, E. ; Goos, T. ; Savas, R. ; Ahmed, A. ; Brereton, C.J. ; van Es, H.W. ; Jo, H. ; De Liperi, A. ; Duncan, M. ; Pontoppidan, K. ; De Sadeleer, L.J. ; van Beek, F. ; Barnett, J. ; Cross, G. ; Procter, A. ; Veltkamp, M. ; Hopkins, P. ; Moodley, Y. ; Taliani, A. ; Taylor, M. ; Verleden, S. ; Tavanti, L. ; Vermant, M. ; Nair, A. ; Stewart, I. ; Janes, S.M. ; Young, A.L. ; Barber, D. ; Alexander, D.C. ; Porter, J.C. ; Wells, A.U. ; Jones, M.G. ; Wuyts, W.A. ; Jacob, J.

Mortality surrogates in combined pulmonary fibrosis and emphysema.
EBioMedicine 98:104869 (2023)

Han, B. ; Lv, Y. ; Moser, D. ; Zhou, X. ; Woehrle, T. ; Han, L. ; Osterman, A. ; Rudelius, M. ; Choukér, A. ; Lei, P.

ACE2-independent SARS-CoV-2 virus entry through cell surface GRP78 on monocytes - evidence from a translational clinical and experimental approach.
Front. Med. 10:1118715 (2023)

Bostancieri, N. ; Bakir, K. ; Kul, S. ; Eralp, A. ; Kayalar, Ö. ; Konyalilar, N. ; Rajabi, H. ; Yuncu, M. ; Yildirim, A.Ö. ; Bayram, H.

The effect of multiple outgrowths from bronchial tissue explants on progenitor/stem cell number in primary bronchial epithelial cell cultures from smokers and patients with COPD.
Cell Stem Cell 30, 1397-1399 (2023)

Schniering, J. ; Schiller, H. B.

Multilineage circuits of regenerative cell states.
ACS Nano 17, 21056-21072 (2023)

Han, L. ; Haefner, V. ; Yu, Y. ; Han, B. ; Ren, H. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Liu, Q. ; Feuchtinger, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Adler, H. ; Stöger, T.

Nanoparticle-exposure-triggered virus reactivation induces lung emphysema in mice.
J. Drug Deli. Sci. Technol. 82:104316 (2023)

Doryab, A. ; Heydarian, M. ; Yildirim, A.Ö. ; Hilgendorff, A. ; Behr, J. ; Schmid, O.

Breathing-induced stretch enhances the efficacy of an inhaled and orally delivered anti-fibrosis drug in vitro.

Varaprasad, G.L. ; Gupta, V.K. ; Prasad, K. ; Kim, E. ; Tej, M.B. ; Mohanty, P. ; Verma, H.K. ; Raju, G.S.R. ; Bhaskar, L. ; Huh, Y.S.

Recent advances and future perspectives in the therapeutics of prostate cancer.
Signal Transduct. Target. Ther. 8:332 (2023)

Jeridi, A. ; Kapellos, T. ; Yildirim, A.Ö.

Fumarate hydratase: A new checkpoint of metabolic regulation in inflammatory macrophages.
Front. Microbiol. 14:1072053 (2023)

Hyams, Y. ; Rubin-Blum, M. ; Rosner, A. ; Brodsky, L. ; Rinkevich, Y. ; Rinkevich, B.

Physiological changes during torpor favor association with Endozoicomonas endosymbionts in the urochordate Botrylloides leachii.
Front. Plant Sci. 14:1124899 (2023)

Han, Y. ; Georgii, E. ; Priego-Cubero, S. ; Wurm, C. ; Hüther, P. ; Huber, G. ; Koller, R. ; Becker, C. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.

Arabidopsis histone deacetylase HD2A and HD2B regulate seed dormancy by repressing DELAY OF GERMINATION 1.

Chen, J. ; Wang, X. ; Schmalen, A. ; Haines, S. ; Wolff, M. ; Ma, H. ; Zhang, H. ; Stoleriu, M.-G. ; Nowak, J. ; Nakayama, M. ; Bueno, M. ; Brands, J. ; Mora, A.L. ; Lee, J.S. ; Krauss-Etschmann, S. ; Dmitrieva, A. ; Frankenberger, M. ; Hofer, T.P. ; Nößner, E. ; Moosmann, A. ; Behr, J. ; Milger, K. ; Deeg, C.A. ; Staab-Weijnitz, C.A. ; Hauck, S.M. ; Adler, H. ; Goldmann, T. ; Gaede, K.I. ; Behrends, J. ; Kammerl, I.E. ; Meiners, S.

Antiviral CD8+T-cell immune responses are impaired by cigarette smoke and in COPD.
Nat. Methods 20, 1530-1536 (2023)

Rosenberger, F.A. ; Thielert, M. ; Strauss, M.T. ; Schweizer, L. ; Ammar, C. ; Mädler, S.C. ; Metousis, A. ; Skowronek, P. ; Wahle, M. ; Madden, K. ; Schniering, J. ; Semenova, A. ; Schiller, H. B. ; Rodriguez, E. ; Nordmann, T.M. ; Mund, A. ; Mann, M.

Spatial single-cell mass spectrometry defines zonation of the hepatocyte proteome.
Biomolecules 13:18 (2023)

Schmalen, A. ; Kammerl, I.E. ; Meiners, S. ; Nößner, E. ; Deeg , C.A. ; Hauck, S.M.

A lysine residue at the C-terminus of MHC class I ligands correlates with low C-terminal proteasomal cleavage probability.
Genes 14:27 (2023)

Han, Y. ; Haouel, A. ; Georgii, E. ; Priego-Cubero, S. ; Wurm, C. ; Hemmler, D. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Becker, C. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.

Histone deacetylases HD2A and HD2B undergo feedback regulation by ABA and modulate drought tolerance via mediating ABA-induced transcriptional repression.
Adv. Exp. Med. Biol. 1413, 213-244 (2023)

Staab-Weijnitz, C.A. ; Onursal, C. ; Nambiar, D. ; Vanacore, R.

Assessment of collagen in translational models of lung research.
Nat. Biotechnol. 41, 604-606 (2023)

Virshup, I. ; Bredikhin, D. ; Heumos, L. ; Palla, G. ; Sturm, G. ; Gayoso, A. ; Kats, I. ; Koutrouli, M. ; Berger, B. ; Pe'er, D. ; Regev, A. ; Teichmann, S.A. ; Finotello, F. ; Wolf, F.A. ; Yosef, N. ; Stegle, O. ; Theis, F.J.

The scverse project provides a computational ecosystem for single-cell omics data analysis.
Cancers 15:23 (2023)

Spella, M. ; Ntaliarda, G. ; Skiadas, G. ; Lamort, A.-S. ; Vreka, M. ; Marazioti, A. ; Lilis, I. ; Bouloukou, E. ; Giotopoulou, G.A. ; Pepe, M. ; Weiss, S.A. ; Petrera, A. ; Hauck, S.M. ; Koch, I. ; Lindner, M. ; Hatz, R.A. ; Behr, J. ; Arendt, K.A.M. ; Giopanou, I. ; Brunn, D. ; Savai, R. ; Jenne, D. ; de Château, M. ; Yull, F.E. ; Blackwell, T.S. ; Stathopoulos, G.T.

Non-oncogene addiction of KRAS-mutant cancers to IL-1β via versican and mononuclear IKKβ.
Front. Immunol. 14:1112608 (2023)

Windhorst, A.C. ; Heydarian, M. ; Schwarz, M. ; Oak, P. ; Forster, K. ; Frankenberger, M. ; Gonzalez-Rodriguez, E. ; Zhang, X. ; Ehrhardt, H. ; Hübener, C. ; Flemmer, A.W. ; Hossain, H. ; Stöger, T. ; Schulz, C. ; Hilgendorff, A.

Monocyte signature as a predictor of chronic lung disease in the preterm infant.
In:. 442 Glossop Rd, Sheffield S10 2px, England: European Respiratory Soc Journals Ltd, 2023.:12 (ERJ Open Res. ; 9)

Cuevas Ocaña, S. ; El-Merhie, N. ; Kuipers, M.E. ; Lehmann, M. ; Enes, S.R. ; Voss, C. ; Dean, L.S.N. ; Loxham, M. ; Boots, A.W. ; Cloonan, S.M. ; Greene, C.M. ; Heijink, I.H. ; Joannes, A. ; Mailleux, A.A. ; Mansouri, N. ; Reynaert, N.L. ; van der Does, A.M. ; Wagner, D. ; Ubags, N.

ERS International Congress 2022: Highlights from the Basic and Translational Science Assembly.
Sci. Adv. 9:eadd8564 (2023)

Vornholz, L. ; Isay, S.E. ; Kurgyis, Z. ; Strobl, D.C. ; Loll, P. ; Mosa, M.H. ; Luecken, M. ; Sterr, M. ; Lickert, H. ; Winter, C. ; Greten, F.R. ; Farin, H.F. ; Theis, F.J. ; Ruland, J.

Synthetic enforcement of STING signaling in cancer cells appropriates the immune microenvironment for checkpoint inhibitor therapy.
EMBO J. 42:e110597 (2023)

Wang, X. ; Zhang, H. ; Wang, Y. ; Bramasole, L. ; Guo, K. ; Mourtada, F. ; Meul, T. ; Hu, Q. ; Viteri-Alvarez, V. ; Kammerl, I.E. ; Königshoff, M. ; Lehmann, M. ; Magg, T. ; Hauck, F. ; Fernandez, I.E. ; Meiners, S.

DNA sensing via the cGAS/STING pathway activates the immunoproteasome and adaptive T-cell immunity.
Eur. Respir. J. 61:3 (2023)

Lehmann, M. ; Kolb, M.

Another piece in the pirfenidone puzzle.
Front. Immunol. 14:1209992 (2023)

Windhorst, A.C. ; Heydarian, M. ; Schwarz, M. ; Oak, P. ; Forster, K. ; Frankenberger, M. ; Gonzalez-Rodriguez, E. ; Zhang, X. ; Ehrhardt, H. ; Hübener, C. ; Flemmer, A.W. ; Hossain, H. ; Stöger, T. ; Schulz, C. ; Hilgendorff, A.

Corrigendum: Monocyte signature as a predictor of chronic lung disease in the preterm infant.
Naunyn-Schmiedebergs Arch. Pharmakol. 396, 2287-2310 (2023)

Rani, R. ; Raina, N. ; Sharma, A. ; Kumar, P. ; Tulli, H.S. ; Gupta, M.

Advancement in nanotechnology for treatment of rheumatoid arthritis: Scope and potential applications.
NanoImpact 31:100466 (2023)

Braakhuis, H.M. ; Gremmer, E.R. ; Bannuscher, A. ; Drasler, B. ; Keshavan, S. ; Rothen-Rutishauser, B. ; Birk, B. ; Verlohner, A. ; Landsiedel, R. ; Meldrum, K. ; Doak, S.H. ; Clift, M.J.D. ; Erdem, J.S. ; Foss, O.A.H. ; Zienolddiny-Narui, S. ; Serchi, T. ; Moschini, E. ; Weber, P. ; Burla, S. ; Kumar, P. ; Schmid, O. ; Zwart, E. ; Vermeulen, J.P. ; Vandebriel, R.J.

Transferability and reproducibility of exposed air-liquid interface co-culture lung models.
Front. Immunol. 14:1128239 (2023)

Kastlmeier, M.T. ; Gonzalez-Rodriguez, E. ; Cabanis , P. ; Günther, E. ; König, A.-C. ; Han, L. ; Hauck, S.M. ; See, F. ; Asgharpour, S. ; Bukas, C. ; Burgstaller, G. ; Piraud, M. ; Lehmann, M. ; Hatz, R.A. ; Behr, J. ; Stöger, T. ; Hilgendorff, A. ; Voss, C.

Cytokine signaling converging on IL11 in ILD fibroblasts provokes aberrant epithelial differentiation signatures.
Nat. Cancer 4, 629-647 (2023)

Javitt, A. ; Shmueli, M.D. ; Kramer, M.P. ; Kolodziejczyk, A.A. ; Cohen, I.J. ; Radomir, L. ; Sheban, D. ; Kamer, I. ; Litchfield, K. ; Bab-Dinitz, E. ; Zadok, O. ; Neiens, V. ; Ulman, A. ; Wolf-Levy, H. ; Eisenberg-Lerner, A. ; Kacen, A. ; Alon, M. ; Rêgo, A.T. ; Stacher-Priehse, E. ; Lindner, M. ; Koch, I. ; Bar, J. ; Swanton, C. ; Samuels, Y. ; Levin, Y. ; da Fonseca, P.C.A. ; Elinav, E. ; Friedman, N. ; Meiners, S. ; Merbl, Y.

The proteasome regulator PSME4 modulates proteasome activity and antigen diversity to abrogate antitumor immunity in NSCLC.
Antioxidants 12:16 (2023)

Szepesi, Á. ; Bakacsy, L. ; Fehér, A. ; Kovács, H. ; Pálfi, P. ; Poór, P. ; Szőllősi, R. ; Gondor, O.K. ; Janda, T. ; Szalai, G. ; Lindermayr, C. ; Szabados, L. ; Zsigmond, L.

L-aminoguanidine induces imbalance of ROS/RNS homeostasis and polyamine catabolism of tomato roots after short-term salt exposure.
Nat. Commun. 14:4564 (2023)

Beck, C. ; Ramanujam, D. ; Vaccarello, P. ; Widenmeyer, F. ; Feuerherd, M. ; Cheng, C.C. ; Bomhard, A. ; Abikeeva, T. ; Schädler, J. ; Sperhake, J.P. ; Graw, M. ; Safi, S. ; Hoffmann, H. ; Staab-Weijnitz, C.A. ; Rad, R. ; Protzer, U. ; Frischmuth, T. ; Engelhardt, S.

Trimannose-coupled antimiR-21 for macrophage-targeted inhalation treatment of acute inflammatory lung damage.
Pharmaceuticals 16:20 (2023)

Momeni Larimi, M. ; Babamiri, A. ; Biglarian, M. ; Ramiar, A. ; Tabe, R. ; Inthavong, K. ; Farnoud, A.

Numerical and experimental analysis of drug inhalation in realistic human upper airway model.
Bioinformatics 39:8 (2023)

Heumos, L. ; Ehmele, P. ; Kuhn Cuellar, L. ; Menden, K. ; Miller, E. ; Lemke, S. ; Gabernet, G. ; Nahnsen, S.

mlf-core: A framework for deterministic machine learning.
Nat. Rev. Genet. 24, 550-572 (2023)

Heumos, L. ; Schaar, A. ; Lance, C. ; Litinetskaya, A. ; Drost, F. ; Zappia, L. ; Luecken, M. ; Strobl, D.C. ; Henao, J. ; Curion, F. ; Schiller, H. B. ; Theis, F.J.

Best practices for single-cell analysis across modalities.
Nat. Med. 29, 1563-1577 (2023)

Sikkema, L. ; Ramirez Suastegui, C. ; Strobl, D.C. ; Gillett, T.E. ; Zappia, L. ; Madissoon, E. ; Markov, N.S. ; Zaragosi, L.E. ; Ji, Y. ; Ansari, M. ; Arguel, M.J. ; Apperloo, L. ; Banchero, M. ; Bécavin, C. ; Berg, M. ; Chichelnitskiy, E. ; Chung, M.I. ; Collin, A. ; Gay, A.C.A. ; Schniering, J. ; Hooshiar Kashani, B. ; Inecik, K. ; Jain, M. ; Kapellos, T. ; Kole, T.M. ; Leroy, S. ; Mayr, C. ; Oliver, A.J. ; von Papen, M. ; Peter, L. ; Taylor, C.J. ; Walzthoeni, T. ; Xu, C. ; Bui, L.T. ; De Donno, C. ; Dony, L. ; Faiz, A. ; Guo, M. ; Gutierrez, A.J. ; Heumos, L. ; Huang, N. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Jackson, N.D. ; Kadur Lakshminarasimha Murthy, P. ; Lotfollahi, M. ; Tabib, T. ; Talavera Lopez, C.N. ; Travaglini, K.J. ; Wilbrey-Clark, A. ; Worlock, K.B. ; Yoshida, M. ; van den Berge, M. ; Bossé, Y. ; Desai, T.J. ; Eickelberg, O. ; Kaminski, N. ; Krasnow, M.A. ; Lafyatis, R. ; Nikolić, M.Z. ; Powell, J.E. ; Rajagopal, J. ; Rojas, M. ; Rozenblatt-Rosen, O. ; Seibold, M.A. ; Sheppard, D. ; Shepherd, D.P. ; Sin, D.D. ; Timens, W. ; Tsankov, A.M. ; Whitsett, J. ; Xu, Y. ; Banovich, N.E. ; Barbry, P. ; Duong, T.E. ; Falk, C.S. ; Meyer, K.B. ; Kropski, J.A. ; Pe'er, D. ; Schiller, H. B. ; Tata, P.R. ; Schultze, J.L. ; Teichmann, S.A. ; Misharin, A.V. ; Nawijn, M.C. ; Luecken, M. ; Theis, F.J.

An integrated cell atlas of the lung in health and disease.
Diagnostics 13:14 (2023)

Damirov, F. ; Stoleriu, M.-G. ; Manapov, F. ; Büsing, K. ; Michels, J.D. ; Preissler, G. ; Hatz, R. ; Hohenberger, P. ; Roessner, E.D.

Histology of the primary tumor correlates with false positivity of integrated 18F-FDG-PET/CT lymph node staging in resectable lung cancer patients.
Cell Rep. 42:112533 (2023)

Saini, M. ; Schmidleitner, L. ; Moreno, H.D. ; Donato, E. ; Falcone, M. ; Bartsch, J. ; Klein, C. ; Vogel, V. ; Würth, R. ; Pfarr, N. ; Espinet, E. ; Lehmann, M. ; Königshoff, M. ; Reitberger, M. ; Haas, S. ; Graf, E. ; Schwarzmayr, T. ; Strom, T.M. ; Spaich, S. ; Sütterlin, M. ; Schneeweiss, A. ; Weichert, W. ; Schotta, G. ; Reichert, M. ; Aceto, N. ; Sprick, M.R. ; Trumpp, A. ; Scheel, C.

Resistance to mesenchymal reprogramming sustains clonal propagation in metastatic breast cancer.
Am. J. Physiol. Lung Cell Mol. Physiol. 325, L95-L103 (2023)

Heydarian, M. ; Oak, P. ; Koschlig, M. ; Kamgari, N. ; Hagemann, M. ; Wjst, M. ; Hilgendorff, A.

Prenatal vitamin D supplementation mitigates inflammation-related alveolar remodeling in neonatal mice.
Cell Rep. 42:112525 (2023)

Kapellos, T. ; Baßler, K. ; Fujii, W. ; Nalkurthi, C. ; Schaar, A. ; Bonaguro, L. ; Pecht, T. ; Galvao, I. ; Agrawal, S. ; Saglam, A. ; Dudkin, E. ; Frishberg, A. ; De Domenico, E. ; Horne, A. ; Donovan, C. ; Kim, R.Y. ; Gallego-Ortega, D. ; Gillett, T.E. ; Ansari, M. ; Schulte-Schrepping, J. ; Offermann, N. ; Antignano, I. ; Sivri, B. ; Lu, W. ; Eapen, M.S. ; van Uelft, M. ; Osei-Sarpong, C. ; van den Berge, M. ; Donker, H.C. ; Groen, H.J.M. ; Sohal, S.S. ; Klein, J. ; Schreiber, T. ; Feißt, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Schiller, H. B. ; Nawijn, M.C. ; Becker, M. ; Händler, K. ; Beyer, M. ; Capasso, M. ; Ulas, T. ; Hasenauer, J. ; Pizarro, C. ; Theis, F.J. ; Hansbro, P.M. ; Skowasch, D. ; Schultze, J.

Systemic alterations in neutrophils and their precursors in early-stage chronic obstructive pulmonary disease.
Nat. Commun. 14:3020 (2023)

Kalgudde Gopal, S. ; Dai, R. ; Stefanska, A.M. ; Ansari, M. ; Zhao, J. ; Ramesh, P. ; Bagnoli, J.W. ; Correa-Gallegos, D. ; Lin, Y. ; Christ, S. ; Angelidis, I. ; Lupperger, V. ; Marr, C. ; Davies, L.C. ; Enard, W. ; Machens, H.G. ; Schiller, H. B. ; Jiang, D. ; Rinkevich, Y.

Wound infiltrating adipocytes are not myofibroblasts.
Chest 164, 1476-1480 (2023)

Goos, T. ; Dubbeldam, A. ; Vermant, M. ; Gogaert, S. ; De Sadeleer, L.J. ; De Crem, N. ; De Langhe, E. ; Yserbyt, J. ; Weynand, B. ; Carlon, M.S. ; Verschakelen, J. ; Vermeer, S. ; Verleden, S.E. ; Wuyts, W.A.

Intrafamilial correlation and variability in the clinical evolution of pulmonary fibrosis.
J. Invest. Dermatol. 143, 1667-1677 (2023)

Almet, A.A. ; Yuan, H. ; Annusver, K. ; Ramos, R. ; Liu, Y. ; Wiedemann, J. ; Sorkin, D.H. ; Landén, N.X. ; Sonkoly, E. ; Haniffa, M. ; Nie, Q. ; Lichtenberger, B.M. ; Luecken, M. ; Andersen, B. ; Tsoi, L.C. ; Watt, F.M. ; Gudjonsson, J.E. ; Plikus, M.V. ; Kasper, M.

A Roadmap for a consensus human skin cell atlas and single-cell data standardization.
BMC Surg. 23:44 (2023)

Stoleriu, M.-G. ; Gerckens, M. ; Zimmermann, J. ; Schön, J. ; Damirov, F. ; Samm, N. ; Kovács, J. ; Stacher-Priehse, E. ; Kellerer, C. ; Jörres, R.A. ; Kauke, T. ; Ketscher, C. ; Grützner, U. ; Hatz, R.

Preoperative risk factors predict perioperative allogenic blood transfusion in patients undergoing primary lung cancer resections: a retrospective cohort study from a high-volume thoracic surgery center.
Front. Microbiol. 13:957830 (2023)

Nakayama, M. ; Marchi, H. ; Dmitrieva, A. ; Chakraborty, A. ; Merl-Pham, J. ; Hennen, E. ; Le Gleut, R. ; Ruppert, C. ; Guenther, A. ; Kahnert, K. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Hauck, S.M. ; Adler, H. ; Staab-Weijnitz, C.A.

Quantitative proteomics of differentiated primary bronchial epithelial cells from chronic obstructive pulmonary disease and control identifies potential novel host factors post-influenza A virus infection.
Pharmaceuticals 16:14 (2023)

Farnoud, A. ; Tofighian, H. ; Baumann, I. ; Ahookhosh, K. ; Pourmehran, O. ; Cui, X. ; Heuveline, V. ; Song, C. ; Vreugde, S. ; Wormald, P.J. ; Menden, M.P. ; Schmid, O.

Numerical and machine Learning analysis of the parameters affecting the regionally delivered nasal dose of nano- and micro-sized aerosolized drugs.
J. Control. Release 354, 305-315 (2023)

Kandil, R. ; Baldassi, D. ; Böhlen, S. ; Müller, J.T. ; Jürgens, D.C. ; Bargmann, T. ; Dehmel, S. ; Xie, Y. ; Mehta, A. ; Sewald, K. ; Merkel, O.M.

Targeted GATA3 knockdown in activated T cells via pulmonary siRNA delivery as novel therapy for allergic asthma.
Pediatr. Res. 93, 625-632 (2023)

Kindt, A. ; Förster, K. ; Cochius-den Otter, S.C.M. ; Flemmer, A.W. ; Hauck, S.M. ; Flatley, A. ; Kamphuis, J. ; Karrasch, S. ; Behr, J. ; Franz, A. ; Härtel, C. ; Krumsiek, J. ; Tibboel, D. ; Hilgendorff, A.

Validation of disease-specific biomarkers for the early detection of bronchopulmonary dysplasia.