Publications

Network syst. med. 1, 4-19 (2025)

Henao, J. ; Kindt, A. ; Seegmüller, T. ; Foerster, K. ; Flemmer, A.W. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Frankenberger, M. ; Theis, F.J. ; Schubert, B. ; List, M. ; Hilgendorff, A.

Multi-omic signatures relate to the severity of pulmonary outcome in neonates traced into adult disease.
Gut Microbes 17:2601376 (2025)

Selmi, H. ; Walker, A. ; Balas, L. ; Lucio, M. ; Klotz, M. ; Jeridi, A. ; Burrichter, A.G. ; Conti, D.V. ; Chaffringeon, L. ; Beinsteiner, B. ; Jasnin, M. ; Vanthuyne, N. ; Durand, T. ; Yildirim, A.Ö. ; Stecher, B. ; Debarbieux, L. ; Schmitt-Kopplin, P.

Ornithine lipids from Akkermansia muciniphila are dynamically modulated in colitis and shape macrophage inflammatory responses.
J. Control. Release 390:114539 (2025)

Martini, N. ; Deßloch, L. ; Sych, T. ; Berninghausen, O. ; Merl-Pham, J. ; Dijkstra, S. ; Carneiro, S.P. ; Frankenberger, M. ; Beckmann, R. ; Behr, J. ; Matschiner, G. ; Schuberth-Wagner, C. ; Yildirim, A.Ö. ; Jürgens, D.C. ; Sezgin, E. ; Merkel, O.M. ; Winkeljann, B.

Understanding excipient interactions unlocks untapped potential of RNA-lipid nanoparticles in dry powder formulations for local pulmonary delivery.
J. Lab. Precis. Med. 10:19 (2025)

Sahoo, S. ; Swarnakar, S. ; Padhi, U.N. ; Verma, H.K. ; Bhaskar, L.V.K.S.

Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency and risk of malaria: Systematic review and meta-analysis.
J. Allergy Clin. Immunol. Pract. 14, 76-93 (2025)

Agache, I. ; Zemelka-Wiacek, M. ; Gawlik, R. ; Georas, S.N. ; Jahnz-Różyk, K. ; Kupczyk, M. ; Moniuszko, M. ; Mӧsges, R. ; Mukherjee, M. ; Nair, P. ; Papi, A. ; Sanak, M. ; Yildirim, A.Ö. ; Jutel, M.

Targeted treatment in asthma - opportunities and challenges.
Virulence 17:2590305 (2025)

Bertrams, W. ; Roessler, F.K. ; Bæk, R. ; Jung, A.L. ; Laakmann, K. ; Jørgensen, M.M. ; Lehmann, M. ; Weckler, B. ; Schulte, L.N. ; Rohde, G. ; Bar, N. ; Barten, G. ; Schmeck, B.

Surface proteome of plasma extracellular vesicles differentiates between SARS-CoV-2 and Influenza infection.

Rittersberger, R. ; Covini, C. ; Kalgudde Gopal, S. ; Kumar, P. ; Voß, F. ; Martin, J. ; Deuter, F.M. ; Koslowski, G. ; Dabbars, A. ; Salcher, S. ; Blayac, M. ; Römisch, J. ; Murányi, A. ; Knoch, J. ; Yildirim, A.Ö. ; Conlon, T.M. ; Schmid, O. ; Hammerschmidt, S.I. ; Schindowski, K.

Inhalative polyclonal immunoglobulin G for the prevention of respiratory infections: A comprehensive in vitro assessment.
Clin. Transplant. 39:e70234 (2025)

Gerckens, M. ; Weiss, N. ; Khmelovska, D. ; Richard, A. ; Klemm, M. ; Plohmann, P. ; Arnold, P. ; Veit, T. ; Barton, J. ; Kauke, T. ; Schneider, C. ; Michel, S. ; Irlbeck, M. ; Yildirim, A.Ö. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Mümmler, C.

Pleural effusions requiring thoracocentesis are associated with baseline lung allograft dysfunction and mortality in lung transplant recipients.
J. Virol. 99:e0164625 (2025)

Yan, W. ; Liu, X. ; Jiang, S. ; Li, H. ; Chi, W. ; Luo, R. ; Peng, J. ; Jiang, F. ; Stöger, T. ; Wajid, A. ; Dodovski, A. ; Gao, C. ; Mingala, C.N. ; Andreychuk, D.B. ; Yin, R.

Emergence and characterization of historically extinct virulent genotype IV Newcastle disease virus in wild and domestic birds: genetic insights, pathogenicity, and vaccine efficacy.
Sci. Adv. 11:eadx8586 (2025)

Liu, Q. ; Yang, L. ; Li, C. ; Han, L. ; Wilmot, J. ; Yang, G. ; Leinardi, R. ; Zhou, Q. ; Schröppel, A. ; Kutschke, D. ; Secklehner, J. ; Yildirim, A.Ö. ; Huaux, F. ; Zeuschner, D. ; Carlin, L.M. ; Sperandio, M. ; Schmid, O. ; Stöger, T. ; Rehberg, M.

Alveolar macrophages initiate the spatially targeted recruitment of neutrophils after nanoparticle inhalation.
Nat. Commun. 16:9745 (2025)

Firsova, A.B. ; Marco Salas, S. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Sountoulidis, A. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Alonso Galicia, L. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Gote-Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K.B. ; Timens, W. ; Schiller, H.B. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C. ; Samakovlis, C.

Spatial single-cell atlas reveals regional variations in healthy and diseased human lung.
J. Allergy Clin. Immunol. 4:100533 (2025)

Mümmler, C. ; Lenoir, A. ; Götschke, J. ; Gerckens, M. ; Kaiser, M. ; Kayser, M. ; Drick, N. ; Suhling, H. ; Biener, L. ; Pizarro, C. ; Skowasch, D. ; Kneidinger, N. ; Behr, J. ; Milger, K.

Long-term outcomes of dupilumab therapy in severe asthma: A retrospective, multicenter, real-world study.
J. Clin. Invest. 135:e180927 (2025)

Kumari, N. ; Wright, S.C. ; Witham, C.M. ; Monserrat, L. ; Palafox, M. ; Charles Richard, J.L. ; Costa, C. ; Elkabets, M. ; Agostino, M. ; Klemm, T. ; Eccles, M.K. ; Garnham, A. ; Wu, T. ; Nilsson, J.A. ; Walz, N. ; Venugopal, V. ; Cerra, A. ; Vasilevski, N. ; Bridgeman, S.C. ; Bassi, S. ; Saei, A. ; Helal, M. ; Neundorf, P. ; Riedel, A. ; Rosenfeldt, M. ; Gill, J. ; Pahor, N. ; Hartmann, O. ; Chung, J. ; Sidhu, S.S. ; Moderau, N. ; Jha, S. ; Rodon, J. ; Diefenbacher, M. ; Komander, D. ; Serra, V. ; Eichhorn, P.

USP10/GSK3B-mediated inhibition of PTEN drives resistance to PI3K inhibitors in breast cancer.
ACS Nano 19, 39139-39156 (2025)

Voss, C. ; Han, L. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Haefner, V. ; Angelidis, I. ; Mayr, C.H. ; Berthing, T. ; Zhou, Q. ; Günther, E. ; Huzain, O. ; Schmid, O. ; Vogel, U. ; Schniering, J. ; Gaedcke, S. ; Theis, F.J. ; Schiller, H.B. ; Stöger, T.

Toward a ToxAtlas of carbon-based nanomaterials: Single-cell RNA sequencing reveals initiating cell circuits in pulmonary inflammation.
Methods Mol. Biol. 2965, 417-437 (2025)

Rademacker, S. ; Müller, J.T. ; Kromer, A.P.E. ; Carneiro, S.P. ; Merkel, O.M.

Nanoparticle-mediated siRNA delivery in human epithelial lung cells cultured at the air-liquid interface.
ERJ Open Res. 11:01183-2024 (2025)

Förster, K. ; Strobl, K. ; Kindt, A. ; Häfner, F. ; Schubert, B. ; Heinen, F. ; Flemmer, A.W. ; Steffinger, D. ; Dietrich, O. ; Stoecklein, S. ; Brinkmann, F. ; Hilgendorff, A.

Lung MRI scoring reveals persistence of emphysema-like changes in lungs of infants born preterm at (pre)school age.
ERJ Open Res. 11:01135-2024 (2025)

Gerckens, M. ; Richard, A. ; Arnold, P. ; Veit, T. ; Barton, J. ; Götschke, J. ; Milger, K. ; Kauke, T. ; Schneider, C. ; Michel, S. ; Irlbeck, M. ; Luecken, M. ; Yildirim, A.O.E. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Mümmler, C.

Multistate modelling of baseline lung allograft dysfunction in lung transplant recipients.
Allergy, DOI: 10.1111/all.70121 (2025)

Korkmaz, R.Ü. ; Omony, J. ; Tan, X. ; Klotz, M. ; Dragunas, G. ; Chen, S. ; Shankhwar, S. ; Ertüz, Z. ; Müller, C. ; Ragab, M. ; Jeridi, A. ; Augustin, R. ; Nawroth, J. ; Kapellos, T. ; Rankl, B. ; Yildirim, A.Ö. ; von Mutius, E.

The therapeutic potential of farm dust extracts in a mouse model of eosinophilic inflammation.
Coronaviruses 6:e250624231114 (2025)

Sahu, T. ; Pande, B. ; Kumar, P. ; Khelkar, T. ; Bhaskar, L.V.K.S. ; Verma, H.K.

A perspective on gastrointestinal complications in COVID-19: Clinical features, diagnosis, research, mechanisms, and multidisciplinary management.
JACC: Case Reports 30:105295 (2025)

Biechele, G. ; Fink, N.R. ; Dinkel, J. ; Mehnert, R. ; Starrach, T. ; Schelling, M. ; Hübener, C. ; Mahner, S. ; Wintersperger, B. ; Ricke, J. ; Stöcklein, S.

Fetal cardiac magnetic resonance imaging in left-sided diaphragmatic hernia.
Mater. Today 90, 68-85 (2025)

Stone, V. ; Moschini, E. ; Murphy, F. ; Hunt, N. ; Blosi, M. ; Hristozov, D. ; Johnston, H. ; Stenton, F. ; Mikolajczyk, A. ; Oomen, A.G. ; Schmid, O. ; Tsiliki, G. ; Brunelli, A. ; Badetti, E. ; Vogel, U. ; Gajewicz-Skretna, A. ; Wohlleben, W.

Minimising data needs to support the safer design of multicomponent nanomaterials – Application of grouping.
Adv. Sustain. Syst., DOI: 10.1002/adsu.202500208 (2025)

Dekkers, S. ; Adam, V. ; Battista, V.D. ; Haase, A. ; Prinz, J. ; Nagel, G. ; Fransman, W. ; Persson, M. ; Suarez-Merino, B. ; Wohlleben, W. ; Schmid, O. ; Someren, E.v.

Safe‐and‐sustainable‐by‐design approach and decision support system for advanced materials.
Int. J. Chron. Obstruct. Pulmon. Dis. 20, 3073 - 3091 (2025)

Zimmermann, J. ; Schön, J. ; Pfeiffer, V. ; Beutel, T. ; Felker, A. ; Stacher‐Priehse, E. ; Damirov, F. ; Reinmuth, N. ; Hatz, R. ; Schneider, C.P. ; Stoleriu, M.-G.

COPD severity as an independent predictor of long-term survival in operable lung cancer: A retrospective analysis from a high-volume thoracic surgery center.
Adv. Sustain. Syst., DOI: 10.1002/adsu.202500213 (2025)

Adam, V. ; Di Battista, V. ; Testard, F. ; Persson, M. ; Persson, D. ; Gargouri, D. ; Filoramo, A. ; Grafström, R.C. ; Kohonen, P. ; Hongisto, V. ; Conolly, M. ; Navas, J.M. ; Skjolding, L.M. ; Gajewicz-Skretna, A. ; Danielsen, P.H. ; Vogel, U. ; Jensen, K.A. ; van Someren, E. ; Dekkers, S. ; Schmid, O. ; Wohlleben, W. ; Suarez Merino, B.

Decision support system for safe-and-sustainable-by-design advanced materials: Case study demonstration.
Allergy, DOI: 10.1111/all.70070 (2025)

Lunding, L.P. ; Weckmann, M. ; Zissler, U.M. ; Jakwerth, C.A. ; Bodenstein-Sgró, R. ; Webering, S. ; Vock, C. ; Ehlers, J.C. ; Fernandez Ceballos, R.A.M. ; Nemani, S.S.P. ; Reddy, K.D. ; Oliver, B.G.G. ; Vermeulen, C.J. ; van de Berge, M. ; Ober, C. ; Künstner, A. ; Busch, H. ; König, I. ; Garbers, C. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Nold, M.F. ; Yildirim, A.Ö. ; Nold-Petry, C.A. ; Orinska, Z. ; Bahmer, T. ; Heyckendorf, J. ; Hansen, G. ; von Mutius, E. ; Rabe, K.F. ; Dittrich, A.M. ; Schaub, B. ; Brinkmann, F. ; Kopp, M.V. ; Wegmann, M.

Immune training of the interleukin 6 gene in airway epithelial cells is central to asthma exacerbations.
J. Hazard. Mater. 497:139725 (2025)

Kecorius, S. ; Madueno, L. ; Birmili, W. ; Löndahl, J. ; Plauškaite, K. ; Byčenkiene, S. ; Lovrić, M. ; Petric, V. ; Carranza-García, M. ; Jiménez-Navarro, M.J. ; Martínez-Ballesteros, M. ; Weiss, M. ; Schmid, O. ; Cyrys, J. ; Peters, A. ; Kecorius, G.

Urban pollution impact assessment in six lithuanian cities with a focus on road traffic emissions - integrated framework for environmental health studies.
Int. J. Mol. Sci. 26, 8324 - 8324 (2025)

Chakraborty, A. ; Giraldo-Arias, J. ; Merl-Pham, J. ; Dick, E. ; Mastalerz, M. ; Zöller, M. ; Marchi, H. ; Le Gleut, R. ; Hatz, R. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Hauck, S.M. ; Staab-Weijnitz, C.A.

Cholesterol regulates airway epithelial cell differentiation by inhibiting p53 nuclear translocation.
RSC Sustain., DOI: 10.1039/d5su00392j (2025)

Wohlleben, W. ; Adam, V. ; Lledo, P.C. ; Dekkers, S. ; Durand, C. ; Haase, A. ; Soeteman-Hernandez, L.G. ; Livieri, A. ; Martel-Martin, S. ; Pizzol, L. ; Rollon, B.P. ; Prenner, S. ; Rein, C. ; Van Someren, E.J.W. ; Fransman, W. ; Zabeo, A. ; Rumbo, C. ; Schmid, O. ; Hristozov, D.

A suite of tools for safe-and-sustainable-by-design advanced materials from the EU projects DIAGONAL, HARMLESS and SUNSHINE.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, 1889-1892 (2025)

Merl-Pham, J. ; Knüppel, L. ; Binzenhöfer, L. ; Hennen, E. ; Kaminski, N. ; Hatz, R. ; Behr, J. ; Hauck, S.M. ; Hilgendorff, A. ; Eickelberg, O. ; Staab-Weijnitz, C.A.

Collagen post-translational modifications are altered in IPF including within ECM receptor binding motifs.
Cell Death Differ., DOI: 10.1038/s41418-025-01565-w (2025)

Suanes-Cobos, L. ; Aguilera-Ventura, I. ; Torres-Ramos, M. ; Serrano-Yubero, A. ; Moreno Fernández-Aliseda, C. ; Fernández, S. ; Garrido-Rodríguez, M. ; de la Luna, S. ; Prieto-Garcia, C. ; Diefenbacher, M. ; Mejias-Perez, E. ; Calzado, M.A.

A novel feedback loop between DYRK2 and USP28 regulates cancer homeostasis and DNA damage signaling.
Nat. Rev. Bioeng. 3, 810–812 (2025)

Yang, L. ; Han, L. ; Schmid, O. ; Chen, C.

Precision dosimetry in pulmonary drug delivery.
Nat. Methods 22, 1887–1899 (2025)

Vonficht, D. ; Jopp-Saile, L. ; Yousefian, S. ; Flore, V. ; Simó Vesperinas, I. ; Teuber, R. ; Avanesyan, B. ; Luo, Y. ; Röthemeier, C. ; Grünschläger, F. ; Fernández-Vaquero, M. ; Fregona, V. ; Ordoñez-Rueda, D. ; Schmalbrock, L.K. ; Deininger, L. ; Yamachui Sitcheu, A.J. ; Gu, Z. ; Funk, M.C. ; Mikut, R. ; Heikenwälder, M. ; Eggert, A. ; von Stackelberg, A. ; Kobold, S. ; Krönke, J. ; Keller, U. ; Trumpp, A. ; Hegazy, A.N. ; Eckert, C. ; Hübschmann, D. ; Haas, S.

Ultra-high-scale cytometry-based cellular interaction mapping.
Nat. Commun. 16:7099 (2025)

Wagner, D.E. ; Alsafadi, H.N. ; Mitash, N. ; Justet, A. ; Hu, Q. ; Pineda, R. ; Staab-Weijnitz, C.A. ; Korfei, M. ; Gvazava, N. ; Wannemo, K. ; Onwuka, U. ; Mozurak, M. ; Estrada-Bernal, A. ; Cala-Garcia, J. ; Mutze, K. ; Costa, R. ; Bölükbas, D.A. ; Stegmayr, J. ; Skronska-Wasek, W. ; Klee, S. ; Ota, C. ; Baarsma, H.A. ; Wang, J. ; Sembrat, J. ; Hilgendorff, A. ; Ding, J. ; Günther, A. ; Chambers, R. ; Rosas, I. ; de Langhe, S. ; Kaminski, N. ; Lehmann, M. ; Eickelberg, O. ; Königshoff, M.

Inhibition of epithelial cell YAP-TEAD/LOX signaling attenuates pulmonary fibrosis in preclinical models.
Eur. J. Immunol. 55:e70015 (2025)

Hagl, B. ; Spielberger, B.D. ; Neumann, B. ; Pelham, S.J. ; Pandey, D. ; Schlundt, A. ; Barro, C. ; Lechner, A. ; Wolf, C. ; Deenick, E.K. ; Sattler, M. ; Tangye, S.G. ; Rothenfusser, S. ; Renner, E.D.

Signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) variant p.K709N causes hyper-IgE syndrome likely by impaired STAT3-dimer formation.
Nat. Biotechnol. 43, 1035-1040 (2025)

Luecken, M. ; Gigante, S. ; Burkhardt, D.B. ; Cannoodt, R. ; Strobl, D.C. ; Markov, N.S. ; Zappia, L. ; Palla, G. ; Lewis, W. ; Dimitrov, D. ; Vinyard, M.E. ; Magruder, D.S. ; Müller, M. ; Andersson, A. ; Dann, E. ; Qin, Q. ; Otto, D.J. ; Klein, M. ; Botvinnik, O.B. ; Deconinck, L. ; Waldrant, K. ; Yasa, S.N. ; Szałata, A. ; Benz, A. ; Li, Z. ; Bloom, J.M. ; Pisco, A.O. ; Saez-Rodriguez, J. ; Wulsin, D. ; Pinello, L. ; Saeys, Y. ; Theis, F.J. ; Krishnaswamy, S.

Defining and benchmarking open problems in single-cell analysis.
Curr. Pharm. Des., DOI: 10.2174/0113816128368759250527073556 (2025)

Naik, T. ; Verma, H.K. ; Mulkalwar, M. ; Mishra, D. ; Bhaskar, L.

Comprehensive meta-analysis on the impact of the MDM2 SNP 309 T>G gene variant in leukemia susceptibility.
Eur. Respir. Rev. 34:240233 (2025)

Miller, Z. ; Twardowski, L.M. ; Reader, B.F. ; Rojas, M. ; Lehmann, M. ; Mora, A.L.

Mechanisms and markers of lung ageing in health and disease.
ERJ Open Res. 11:01141-2024 (2025)

Barnikel, M. ; Milger, K. ; Mertsch, P. ; Arnold, P. ; Leuschner, G. ; Veit, T. ; Gerckens, M. ; Mümmler, C. ; Barton, J. ; Ghiani, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Dinkel, J. ; Neurohr, C. ; Behr, J. ; Kneidinger, N.

Classification and course of pulmonary hypertension associated with end-stage COPD.
Environ. Sci. Technol. 59, 14969-14980 (2025)

Saarimäki, L.A. ; Fratello, M. ; Del Giudice, G. ; Di Lieto, E. ; Afantitis, A. ; Alenius, H. ; Chiavazzo, E. ; Gulumian, M. ; Karisola, P. ; Lynch, I. ; Mancardi, G.L. ; Melagraki, G. ; Netti, P. ; Papadiamantis, A.G. ; Peijnenburg, W. ; A Santos, H. ; Serchi, T. ; Shahbazi, M.A. ; Stöger, T. ; Valsami-Jones, E. ; Vivo, P. ; Vinković Vrček, I. ; Vogel, U. ; Wick, P. ; Winkler, D.A. ; Serra, A. ; Greco, D.

Wisdom of crowds for supporting the safety evaluation of nanomaterials.
World J. Virol. 14:101693 (2025)

Sahu, T. ; Jagzape, A.T. ; Sinha, M. ; Sinha, R. ; Verma, H.K.

New frontiers in sickle cell disease: The role of antiviral therapies and emerging drugs in managing viral infections.
BioSpektrum 31, 370-373 (2025)

Rusznyak, L. ; Wasnick, R. ; Funk, M.C.

Lungen-Organoide bringen neuen Schwung in die COPD-Forschung.
Plant Physiol. Biochem. 227:110184 (2025)

Kondak, D. ; Deák, A. ; Rónavári, A. ; Bodor, T. ; Kondak, S. ; Adedokun, O.P. ; Benkő, P. ; Szőllősi, R. ; Szalai, G. ; Janda, T. ; Ayaydin, F. ; Lindermayr, C. ; Kónya, Z. ; Kolbert, Z.

Chitosan encapsulated S-nitrosoglutathione is an efficient nanodonor in Brassica napus seedlings.
Adv. Func. Mat., DOI: 10.1002/adfm.202502805 (2025)

Sieber-Schaefer, F. ; Jiang, M. ; Kromer, A.P.E. ; Nguyen, A. ; Molbay, M. ; Pinto Carneiro, S. ; Juergens, D. ; Burgstaller, G. ; Popper, B. ; Winkeljann, B. ; Merkel, O.M.

Machine learning-enabled polymer discovery for enhanced pulmonary siRNA delivery.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, A3105 - A3105 (2025)

Deng, B. ; Trassl, L. ; Jia, J. ; Skiadas, G. ; Ntaliarda, G. ; Behrend, S.J. ; Schamberger, A.C. ; Yildirim, A.Ö. ; Stathopoulos, G.T. ; Asarian, L. ; Chateau, M.d. ; Fernandez, I.E.

Targeting KRAS-mutant Lung Adenocarcinoma Tumors Through IL-1ß Inhibition.
Pneumologie 79, S92 - S93 (2025)

Weckler, B. ; Martin, R.J. ; Kutzinski, M. ; Bertrams, W. ; Jung, A.L. ; Pott, H. ; Laakmann, K. ; Schulte, L.N. ; Ahnert, P. ; Heider, D. ; Ringshandl, S. ; Seidemann, C. ; Suttorp, N. ; Witzenrath, M. ; Wildberg, J. ; Lehmann, M. ; Rohde, G. ; Greulich, T. ; Vogelmeier, C. ; Schmeck, B.

Eosinophil count as biomarker for risk stratification of community-acquired pneumonia: a prospective cohort study.
Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 73, 725-740 (2025)

Sui, J. ; Johnson, A.R. ; Kapellos, T. ; Shiva, S. ; Kliment, C.R.

ANT1 deficiency impairs macrophage metabolism and migration, protecting against emphysema in COPD.
Clin. Transl. Med. 15:e70341 (2025)

Prüfer, F. ; Steer, B. ; Kaufmann, E. ; Wolf, P. ; Adler, B. ; Korfei, M. ; Günther, A. ; Königshoff, M. ; Adler, H.

Macrophage C1q contributes to pulmonary fibrosis by disturbing the metabolism of alveolar epithelial cells.
Adv. Sustain. Syst., DOI: 10.1002/adsu.202500217 (2025)

Prinz, J. ; Nagel, G. ; Dekkers, S. ; van Someren, E.P. ; Adam, V. ; Battista, V.D. ; Suarez-Merino, B. ; Wohlleben, W. ; Persson, M. ; Baun, A. ; Schmid, O. ; Haase, A.

HARMLESS early warning system for advanced materials.
In: Respiratory Physiology: New Knowledge, Better Diagnosis. 2025. 259-276 (ERS Monog. ; 2025-April)

Staab-Weijnitz, C. ; Lehmann, M.

Environmental exposure and the ageing lung.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, A7646 - A7646 (2025)

Narvaez, M.M. ; Gölitz, F. ; Jain, E. ; Gote-Schniering, J. ; Stoleriu, M.G. ; Bertrams, W. ; Schmeck, B. ; Yildirim, A.Ö. ; Rauen, U. ; Wille, T. ; Lehmann, M.

Cold Storage of Human Precision-cut Lung Slices Preserves Cellular and Transcriptional Identity Enabling Optimized On-demand Translational Lung Research.
JOSS 10, 7698 - 7698 (2025)

Cannoodt, R. ; Deconinck, L. ; Couckuyt, A. ; Markov, N.S. ; Zappia, L. ; Luecken, M. ; Interlandi, M. ; Saeys, Y. ; Saelens, W.

funkyheatmap: Visualising data frames with mixed data types.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, A5246 - A5246 (2025)

Zhao, A. ; Rojas, J.J. ; Cao, C. ; Zhang, Y. ; Semenova, A. ; Schiller, H. B. ; Estépar, R.S.J. ; Bhattacharya, D. ; Sauler, M. ; Polverino, F.

Lung Marginal Zone-like B Cells: A Novel Pathogenic Immune Cell Population in Chronic Obstructive Pulmonary Disease.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, A6856 - A6856 (2025)

Zöller, M. ; Mayr, C.H. ; Mastalerz, M. ; Dick, E. ; Chakraborty, A. ; Nakayma, M. ; Simon, L. ; Merl-Pham, J. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Schmid, O. ; Hauck, S.M. ; Schiller, H. B. ; Staab-Weijnitz, C.A.

Transient and Persistent Airway Proteome Changes Induced by Cigarette Smoke.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, A6855 - A6855 (2025)

Zöller, M. ; Mastalerz, M. ; Dick, E. ; Hennen, E. ; Chakraborty, A. ; Merl-Pham, J. ; Marchi, H. ; Le Gleut, R. ; Jeridi, A. ; Prasse, A. ; Jäger, B. ; Santofimia‐Castaño, P. ; Stoleriu, M.-G. ; Hilgendorff, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Hauck, S.M. ; Staab-Weijnitz, C.A.

Quantitative Proteomics Identifies Nuclear Protein 1 as a Regulator of Cell Death in Differentiated Primary Human Bronchial Epithelial Cells.
Pneumologie 79, S24 - S25 (2025)

Stoleriu, M.-G. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Schamberger, A.C. ; Heydarian, M. ; Gabriel, C. ; Najak, A. ; Disovic, A. ; Schneider, J. ; Gerckens, M. ; Burgstaller, G. ; Ding, Y. ; Doryab, A. ; Voss, C. ; Ketscher, C. ; Sienel, W. ; Kauke, T. ; Fertmann, J. ; Schneider, C. ; Behr, J. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Schubert, B. ; Hauck, S.M. ; Hatz, R. ; Schmid, O. ; Stöger, T. ; Schiller, H. B. ; Hilgendorff, A.

Development of advanced in-vitro human bronchial epithelial models and lung cell atlas in COPD enabled by thoracic surgery translational research.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, A7319 - A7319 (2025)

Hilgendorff, A. ; Kindt-Dunjko, A. ; Häfner, F. ; Förster, K. ; Heydarian, M. ; Hauck, S.M. ; Flemmer, A.W. ; von Toerne, C. ; Sophia, S. ; Toshner, M. ; Sucre, J.M.S.

Interleukin 7 Signaling as an Indicator of Pulmonary Vascular Disease in Preterm Infants Identified by Proteomic Screening and MRI Analysis.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 211, A5276 - A5276 (2025)

Faiz, A. ; Idrees, S. ; Johansen, M. ; Kovács, K.J. ; Boedijono, F. ; Chen, H. ; Galvao, I. ; Donovan, C. ; Kim, R. ; Sikkema, L. ; Strobl, D.C. ; Belz, G.T. ; Segal, L.N. ; Chotirmall, S.H. ; Nawijn, M.C. ; Lehmann, M. ; Kapellos, T. ; Gallego‐Ortega, D. ; Hansbro, P.M.

The Mouse Single Cell Lung Disease Atlas.
J. Oral Biol. Craniofacial Res. 15, 691-695 (2025)

Kurmi, P. ; Nalabothu, P. ; Sahoo, S. ; Verma, H.K. ; Reddy, S.G. ; Bhaskar, L.V.K.S.

Evaluating the impact of Matrilin-1 gene polymorphisms on mandibular prognathism: A meta-analysis.
Br. J. Cancer 133, 52–65 (2025)

Nitschkowski, D. ; Vierbuchen, T. ; Heine, H. ; Behrends, J. ; Reiling, N. ; Reck, M. ; Rabe, K.F. ; Kugler, C. ; Ammerpohl, O. ; Drömann, D. ; Muley, T. ; Kriegsmann, M. ; Stathopoulos, G.T. ; Arendt, K.A.M. ; Goldmann, T. ; Marwitz, S.

SMAD2 linker phosphorylation impacts overall survival, proliferation, TGFβ1-dependent gene expression and pluripotency-related proteins in NSCLC.
Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 73, 668-685 (2025)

Chakraborty, A. ; Zöller, M. ; Sardogan, A. ; Klotz, M. ; Mastalerz, M. ; Marchi, H. ; Meixner, R. ; Hatz, R.A. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Nakayama, M. ; Staab-Weijnitz, C.A.

Development of a polidocanol-based human in vitro model to explore airway epithelial repair.
Clin. Transplant. 39:e70157 (2025)

Gade, N. ; Seifert, P. ; Gerckens, M. ; Mümmler, C. ; Kauke, T. ; Dick, A. ; Veit, T. ; Roden, D. ; Hoffmann, S. ; Scherzer, M. ; Höpler, J. ; Binzenhöfer, L. ; Lanz, H. ; Michel, S. ; Schneider, C. ; Irlbeck, M. ; Tomasi, R. ; Hatz, R. ; Hagl, C. ; Massberg, S. ; Milger, K. ; Behr, J. ; Lüsebrink, E. ; Kneidinger, N.

Association of HLA mismatch with adverse cardiovascular events following lung transplantation: A single-center study.
Environ. Int. 198:109391 (2025)

Russo, R.C. ; Togbe, D. ; Couillin, I. ; Segueni, N. ; Han, L. ; Quesniaux, V.F.J. ; Stöger, T. ; Ryffel, B.

Ozone-induced lung injury and inflammation: Pathways and therapeutic targets for pulmonary diseases caused by air pollutants.

van der Koog, L. ; Woest, M.E. ; Gorter, I.C. ; Verschut, V. ; Elferink, R.A.B. ; Zuidhof, A.B. ; Nugraha, D.F. ; Koloko Ngassie, M.L. ; Bos, S.I.T. ; Dhakad, D. ; Wolters, J.C. ; Horvatovich, P.L. ; Prakash, Y.S. ; Timens, W. ; Yildirim, A.Ö. ; Brandsma, C.A. ; Frijlink, H.W. ; Nagelkerke, A. ; Gosens, R.

Fibroblast-derived osteoglycin promotes epithelial cell repair.
Nat. Methods 22, 834-844 (2025)

Zappia, L. ; Richter, S. ; Ramirez Suastegui, C. ; Kfuri-Rubens, R. ; Vornholz, L. ; Wang, W. ; Dietrich, O. ; Frishberg, A. ; Luecken, M. ; Theis, F.J.

Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying.
Nat. Methods 22, 813-823 (2025)

Salas, S.M. ; Kuemmerle, L. ; Mattsson-Langseth, C. ; Tismeyer, S. ; Avenel, C. ; Hu, T. ; Rehmann, H. ; Grillo, M. ; Czarnewski, P. ; Helgadottir, S. ; Tiklova, K. ; Andersson, A. ; Rafati, N. ; Chatzinikolaou, M. ; Theis, F.J. ; Luecken, M. ; Wählby, C. ; Ishaque, N. ; Nilsson, M.

Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows.
Cancer Drug Resist. 8:27 (2025)

Suri, C. ; Pande, B. ; Sahithi, L.S. ; Swarnkar, S. ; Khelkar, T. ; Verma, H.K.

Metabolic crossroads: Unravelling immune cell dynamics in gastrointestinal cancer drug resistance.

Barnikel, M. ; Kneidinger, N. ; Gerckens, M. ; Mümmler, C. ; Lenoir, A. ; Mertsch, P. ; Veit, T. ; Leuschner, G. ; Waelde, A. ; Neurohr, C. ; Behr, J. ; Milger, K.

Current blood eosinophilia does not predict the presence of pulmonary hypertension in patients with end-stage lung disease.
Nat. Commun. 16:1911 (2025)

Fischer, A. ; Han, W. ; Hu, S. ; Mück-Häusl, M. ; Wannemacher, J. ; Kadri, S. ; Lin, Y. ; Dai, R. ; Christ, S. ; Su, Y. ; Dasgupta, B. ; Sardogan, A. ; Deisenhofer, C. ; Dutta, S. ; Kadri, A. ; Güney, T.G. ; Correa-Gallegos, D. ; Mayr, C.H. ; Hatz, R. ; Stoleriu, M.G. ; Lindner, M. ; Hilgendorff, A. ; Adler, H. ; Machens, H.G. ; Schiller, H.B. ; Hauck, S.M. ; Rinkevich, Y.

Author Correction: Targeting pleuro-alveolar junctions reverses lung fibrosis in mice.
Nat. Cell Biol. 27, 384–392 (2025)

Willem, T. ; Shitov, V.A. ; Luecken, M. ; Kilbertus, N. ; Bauer, S. ; Piraud, M. ; Buyx, A. ; Theis, F.J.

Biases in machine-learning models of human single-cell data.
Respir. Res. 26:57 (2025)

Melo-Narváez, C. ; Gölitz, F. ; Jain, E. ; Gote-Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Bertrams, W. ; Schmeck, B. ; Yildirim, A.Ö. ; Rauen, U. ; Wille, T. ; Lehmann, M.

Cold storage of human precision-cut lung slices in TiProtec preserves cellular composition and transcriptional responses and enables on-demand mechanistic studies.
Nat. Commun. 16:173 (2025)

Fischer, A. ; Han, W. ; Hu, S. ; Mück-Häusl, M. ; Wannemacher, J. ; Kadri, S. ; Lin, Y. ; Dai, R. ; Christ, S. ; Su, Y. ; Dasgupta, B. ; Sardogan, A. ; Deisenhofer, C. ; Dutta, S. ; Kadri, A. ; Güney, T.G. ; Correa-Gallegos, D. ; Mayr, C.H. ; Hatz, R. ; Stoleriu, M.G. ; Lindner, M. ; Hilgendorff, A. ; Adler, H. ; Machens, H.G. ; Schiller, H.B. ; Hauck, S.M. ; Rinkevich, Y.

Targeting pleuro-alveolar junctions reverses lung fibrosis in mice.
ACS Appl. Mater. Interfaces 17, 11861-11872 (2025)

Müller, J.T. ; Kromer, A.P.E. ; Ezaddoustdar, A. ; Alexopoulos, I. ; Steinegger, K.M. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Berninghausen, O. ; Beckmann, R. ; Braubach, P. ; Burgstaller, G. ; Wygrecka, M. ; Merkel, O.M.

Nebulization of RNA-loaded micelle-embedded polyplexes as a potential treatment of idiopathic pulmonary fibrosis.
Oncogene 44:336 (2025)

Reissland, M. ; Hartmann, O. ; Tauch, S. ; Bugter, J.M. ; Prieto-Garcia, C. ; Schulte, C. ; Loebbert, S. ; Solvie, D. ; Bitman-Lotan, E. ; Narain, A. ; Jacomin, A.C. ; Schuelein-Voelk, C. ; Fuss, C.T. ; Pahor, N. ; Ade, C. ; Buck, V. ; Potente, M. ; Li, V. ; Beliu, G. ; Wiegering, A. ; Grossmann, T. ; Eilers, M. ; Wolf, E. ; Maric, H. ; Rosenfeldt, M. ; Maurice, M.M. ; Dikic, I. ; Gallant, P. ; Orian, A. ; Diefenbacher, M.

Correction: USP10 drives cancer stemness and enables super-competitor signalling in colorectal cancer.
Redox Biol. 80:103503 (2025)

Li, H. ; Furusawa, T. ; Cavero, R. ; Xiao, Y. ; Chari, R. ; Wu, X. ; Sun, D. ; Hartmann, O. ; Dhall, A. ; Holewinski, R. ; Andresson, T. ; Karim, B. ; Villamor-Payà, M. ; Gallardo, D. ; Day, C.P. ; Pal, L.R. ; Nair, N.U. ; Ruppin, E. ; Aladjem, M.I. ; Pommier, Y. ; Diefenbacher, M. ; Lim, J.M. ; Levine, R.L. ; Stracker, T.H. ; Weyemi, U.

Metabolic dependency mapping identifies Peroxiredoxin 1 as a driver of resistance to ATM inhibition.
FEBS J. 292, 5877-5887 (2025)

Korkmaz-Icöz, S. ; Szabo, G. ; Gieldon, A. ; McDonald, P.P. ; Dashkevich, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Korkmaz, B.

Protective effects of neutrophil serine protease inhibition against ischemia-reperfusion injury in lung or heart transplantation.
Appetite 207:107840 (2025)

Geary, N. ; Asarian, L. ; Leeners, B.

Best practices for including sex as a variable in appetite research.
J. Allergy Clin. Immunol. Pract. 13, 1110-1122.e1 (2025)

Götschke, J. ; Walter, J. ; Leuschner, G. ; Gerckens, M. ; Götschke, M. ; Mertsch, P. ; Mümmler, C. ; Lenoir, A. ; Barnikel, M. ; Dinkel, J. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Spiro, J. ; Milger, K.

Mucus plug score predicts clinical and pulmonary function response to biologic therapy in patients with severe asthma.
Aerosol Sci. Technol. 59, 1198-1209 (2025)

Nannu Shankar, S. ; O’Connor, A. ; Mital, K. ; Zhang, Y. ; Theodore, A. ; Shirkhani, A. ; Amanatidis, S. ; Lewis, G.S. ; Eiguren Fernandez, A. ; Tilly, T.B. ; Schmid, O. ; Sabo-Attwood, T. ; Wu, C.Y.

Cellular responses of lung cells cultured at an air-liquid interface are influenced by spatial nanoparticle deposition patterns in an in vitro aerosol exposure system.
Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 72, 16-31 (2025)

Lehmann, M. ; Krishnan, R. ; Sucre, J. ; Kulkarni, H.S. ; Pineda, R.H. ; Anderson, C. ; Banovich, N.E. ; Behrsing, H.P. ; Dean, C.H. ; Haak, A. ; Gosens, R. ; Kaminski, N. ; Zagorska, A. ; Koziol-White, C. ; Metcalf, J.P. ; Kim, Y.H. ; Loebel, C. ; Neptune, E.R. ; Noël, A. ; Raghu, G. ; Sewald, K. ; Sharma, A. ; Suki, B. ; Sperling, A. ; Tatler, A. ; Turner, S. ; Rosas, I.O. ; Pam Van, R.Y. ; Wille, T. ; Randell, S.H. ; Pryhuber, G. ; Rojas, M. ; Bourke, J. ; Königshoff, M.

Precision-cut lung slices: Emerging tools for preclinical and translational lung research an official american thoracic society workshop report.
In: (Computer Vision – ECCV 2024). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2025. 413-430 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15144)

Chobola, T. ; Liu, Y. ; Zhang, H. ; Schnabel, J.A. ; Peng, T.

Fast context-based low-light image enhancement via neural implicit representations.
Hum. Gene 43:201361 (2025)

Kampalli, P.K. ; Ghanta, M.K. ; Verma, H.K. ; Alam, A. ; Peela, S. ; Bhaskar, L.V.K.S.

Exploring the relationship between ERCC1 polymorphisms and colorectal cancer risk: Insights from an in-depth meta-analysis.
Avian Pathol. 54, 40-49 (2025)

Sha, Y. ; Yan, W. ; Liu, X. ; Chai, H. ; Chen, J. ; Li, H. ; Wang, M. ; Jiang, S. ; Wang, S. ; Ren, Y. ; Liu, Y. ; Stöger, T. ; Wajid, A. ; Dodovski, A. ; Gao, C. ; Mingala, C.N. ; Andreychuk, D.B. ; Yin, R.

The first report and biological characterization of Avian Orthoavulavirus 16 in wild migratory waterfowl and domestic poultry in China reveal a potential threat to birds.