Skip to main content

Bioinformatics

Hansen Lab

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetursadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetursadipscing elitr, sed diam.

Research Group/Lab: About our … | Option A

The management and analysis of increasingly large amounts of research data is of enormous importance for the understanding of fundamental metabolic processes, their regulation and the subsequent development of innovative approaches to disease therapy.

The Bioinformatics team at the MCD develops informatics infrastructures for the management of data and performs gene function analysis, the analysis of high-throughput and omics data, the modeling of genetic and protein interaction networks, and of statistical data. We develop databases and software tools for data storage, data exchange and data visualization, and software to assist in the design of genome-wide gene editing experiments and the evaluation of RNA guide sequences for the CRISPR/Cas9 system. In addition, we work on the modeling of genetic interactions and extend regulatory networks by predicting genetic interactions using high-throughput gene expression data and in-silico promoter analysis based on sophisticated statistical analysis.

Research Group/Lab: Scientists at … | Option A

"Tubulo putas dicere? Sint modo partes vitae beatae. Sed haec omittamus; Iam contemni non poteris."

Susanne Alicia Faerber-Wong

Head of Institute of Extraterrestrial Live

"Sed nimis multa. Quae sequuntur igitur? Sed fortuna fortis; Paria sunt igitur. Occultum facinus esse potuerit, gaudebit."

Charles Smith

Deputy Head of Institute of Artificial Life and Reserach Group Leader

"Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit."

John Doe

PhD Candidate

Rosalindo Petersen

Head of Institute

Sed tamen intellego quid velit. Hoc non est positum in nostra actione.

Max Mustermann

Head of XYZ View profile

Research Area: Our Topics

Theis Lab

Maschine Learning

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua.

Marr Lab

Quantitative Single Cell Dynamics

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua.

Research Group/Lab: Publications | Option A

Read more

2022 Scientific Article in Cell

Bhatia, H.S. ; Brunner, A.D. ; Öztürk, F. ; Kapoor, S. ; Rong, Z. ; Mai, H. ; Thielert, M. ; Ali, M. ; Al-Maskari, R. ; Paetzold, J.C. ; Kofler, F. ; Todorov, M.I. ; Molbay, M. ; Kolabas, Z.I. ; Negwer, M. ; Höher, L. ; Steinke, H. ; Dima, A. ; Gupta, B. ; Kaltenecker, D. ; Caliskan, Ö.S. ; Brandt, D. ; Krahmer, N. ; Müller, S. ; Lichtenthaler, S.F. ; Hellal, F. ; Bechmann, I. ; Menze, B. ; Theis, F.J. ; Mann, M. ; Ertürk, A.

Spatial proteomics in three-dimensional intact specimens.

2022 Scientific Article in Nature Neuroscience

Zambusi, A. ; Novoselc, K.T. ; Hutten, S. ; Kalpazidou, S. ; Koupourtidou, C. ; Schieweck, R. ; Aschenbroich, S. ; Silva, L. ; Yazgili, A.S. ; van Bebber, F. ; Schmid, B. ; Möller, G. ; Tritscher, C. ; Stigloher, C. ; Delbridge, C. ; Sirko, S. ; Günes, Z.I. ; Liebscher, S. ; Schlegel, J. ; Aliee, H. ; Theis, F.J. ; Meiners, S. ; Kiebler, M. ; Dormann, D. ; Ninkovic, J.

TDP-43 condensates and lipid droplets regulate the reactivity of microglia and regeneration after traumatic brain injury.

2022 Letter to the Editor in Clinical and Translational Allergy

Slob, E.M.A. ; Faiz, A. ; van Nijnatten, J. ; Vijverberg, S.J.H. ; Longo, C. ; Kutlu, M. ; Chew, F.T. ; Sio, Y.Y. ; Herrera-Luis, E. ; Espuela-Ortiz, A. ; Perez-Garcia, J. ; Pino-Yanes, M. ; Burchard, E.G. ; Potocnik, U. ; Gorenjak, M. ; Palmer, C. ; Maroteau, C. ; Turner, S. ; Verhamme, K. ; Karimi, L. ; Mukhopadhyay, S. ; Timens, W. ; Hiemstra, P.S. ; Pijnenburg, M.W. ; Neighbors, M. ; Grimbaldeston, M.A. ; Tew, G.W. ; Brandsma, C.A. ; Berce, V. ; Aliee, H. ; Theis, F.J. ; Sin, D.D. ; Li, X. ; van den Berge, M. ; Maitland-van der Zee, A.H. ; Koppelman, G.H.

Association of bronchial steroid inducible methylation quantitative trait loci with asthma and chronic obstructive pulmonary disease treatment response.

2022 Scientific Article in Science

Reichart, D. ; Lindberg, E.L. ; Maatz, H. ; Miranda, A.M.A. ; Viveiros, A. ; Shvetsov, N. ; Gärtner, A. ; Nadelmann, E.R. ; Lee, M. ; Kanemaru, K. ; Ruiz-Orera, J. ; Strohmenger, V. ; DeLaughter, D.M. ; Patone, G. ; Zhang, H. ; Woehler, A. ; Lippert, C. ; Kim, Y. ; Adami, E. ; Gorham, J.M. ; Barnett, S.N. ; Brown, K. ; Buchan, R.J. ; Chowdhury, R.A. ; Constantinou, C. ; Cranley, J. ; Felkin, L.E. ; Fox, H. ; Ghauri, A. ; Gummert, J. ; Kanda, M. ; Li, R. ; Mach, L. ; McDonough, B. ; Samari, S. ; Shahriaran, F. ; Yapp, C. ; Stanasiuk, C. ; Theotokis, P.I. ; Theis, F.J. ; van den Bogaerdt, A. ; Wakimoto, H. ; Ware, J.S. ; Worth, C.L. ; Barton, P.J.R. ; Lee, Y.A. ; Teichmann, S.A. ; Milting, H. ; Noseda, M. ; Oudit, G.Y. ; Heinig, M. ; Seidman, J.G. ; Hubner, N. ; Seidman, C.E.

Pathogenic variants damage cell composition and single cell transcription in cardiomyopathies.

2022 Scientific Article in Cell Reports Medicine

Frishberg, A. ; Kooistra, E. ; Nuesch-Germano, M. ; Pecht, T. ; Milman, N. ; Reusch, N. ; Warnat-Herresthal, S. ; Bruse, N. ; Händler, K. ; Theis, H. ; Kraut, M. ; van Rijssen, E. ; van Cranenbroek, B. ; Koenen, H.J. ; Heesakkers, H. ; van den Boogaard, M.J. ; Zegers, M. ; Pickkers, P. ; Becker, M. ; Aschenbrenner, A.C. ; Ulas, T. ; Theis, F.J. ; Shen-Orr, S.S. ; Schultze, J.L. ; Kox, M.

Mature neutrophils and a NF-κB-to-IFN transition determine the unifying disease recovery dynamics in COVID-19.

2022 Scientific Article in Nature Communications

Schmidt, S. ; Luecken, M. ; Trümbach, D. ; Hembach, S. ; Niedermeier, K.M. ; Wenck, N. ; Pflügler, K. ; Stautner, C. ; Böttcher, A. ; Lickert, H. ; Ramirez Suastegui, C. ; Ahmad, R. ; Ziller, M.J. ; Fitzgerald, J.C. ; Ruf, V. ; van de Berg, W.D.J. ; Jonker, A.J. ; Gasser, T. ; Winner, B. ; Winkler, J. ; Weisenhorn, D.M. ; Giesert, F. ; Theis, F.J. ; Wurst, W.

Primary cilia and SHH signaling impairments in human and mouse models of Parkinson's disease.

2022 Scientific Article in Brain: A Journal of Neurology

Spitzer, H. ; Ripart, M. ; Whitaker, K. ; D'Arco, F. ; Mankad, K. ; Chen, A.A. ; Napolitano, A. ; De Palma, L. ; De Benedictis, A. ; Foldes, S. ; Humphreys, Z. ; Zhang, K. ; Hu, W. ; Mo, J. ; Likeman, M. ; Davies, S. ; Guttler, C. ; Lenge, M. ; Cohen, N.T. ; Tang, Y. ; Wang, S. ; Chari, A. ; Tisdall, M. ; Bargallo, N. ; Conde-Blanco, E. ; Pariente, J.C. ; Pascual-Diaz, S. ; Delgado-Martinez, I. ; Perez-Enriquez, C. ; Lagorio, I. ; Abela, E. ; Mullatti, N. ; O'Muircheartaigh, J. ; Vecchiato, K. ; Liu, Y. ; Caligiuri, M.E. ; Sinclair, B. ; Vivash, L. ; Willard, A. ; Kandasamy, J. ; McLellan, A. ; Sokol, D. ; Semmelroch, M. ; Kloster, A.G. ; Opheim, G. ; Ribeiro, L. ; Yasuda, C. ; Rossi-Espagnet, C. ; Hamandi, K. ; Tietze, A. ; Barba, C. ; Guerrini, R. ; Gaillard, W.D. ; You, X. ; Wang, I. ; Gonzalez-Ortiz, S. ; Severino, M. ; Striano, P. ; Tortora, D. ; Kälviäinen, R. ; Gambardella, A. ; Labate, A. ; Desmond, P. ; Lui, E. ; O'Brien, T. ; Shetty, J. ; Jackson, G. ; Duncan, J.S. ; Winston, G.P. ; Pinborg, L.H. ; Cendes, F. ; Theis, F.J. ; Shinohara, R.T. ; Cross, J.H. ; Baldeweg, T. ; Adler, S. ; Wagstyl, K.

Interpretable surface-based detection of focal cortical dysplasias: A Multi-centre Epilepsy Lesion Detection study.

2022 Scientific Article in Frontiers in Immunology

Bassler, K. ; Fujii, W. ; Kapellos, T.S. ; Dudkin, E. ; Reusch, N. ; Horne, A. ; Reiz, B. ; Luecken, M. ; Osei-Sarpong, C. ; Warnat-Herresthal, S. ; Bonaguro, L. ; Schulte-Schrepping, J. ; Wagner, A. ; Guenther, P. ; Pizarro, C. ; Schreiber, T. ; Knöll, R. ; Holsten, L. ; Kroeger, C. ; De Domenico, E. ; Becker, M. ; Haendler, K. ; Wohnhaas, C.T. ; Baumgartner, F. ; Koehler, M. ; Theis, H. ; Kraut, M. ; Wadsworth, M.H. ; Hughes, T.K. ; Ferreira, H.J. ; Hinkley, E. ; Kaltheuner, I.H. ; Geyer, M. ; Thiele, C. ; Shalek, A.K. ; Feisst, A. ; Thomas, D. ; Dickten, H. ; Beyer, M. ; Baum, P. ; Yosef, N. ; Aschenbrenner, A.C. ; Ulas, T. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J. ; Skowasch, D. ; Schultze, J.L.

Alveolar macrophages in early stage COPD show functional deviations with properties of impaired immune activation.

2022 Scientific Article in Environment International

Pardo, M. ; Offer, S. ; Hartner, E. ; Di Bucchianico, S. ; Bisig, B. ; Bauer, S. ; Pantzke, J. ; Zimmermann, E. ; Cao, X. ; Binder, S. ; Kuhn, E. ; Huber, A. ; Jeong, S. ; Käfer, U. ; Schneider, E. ; Mesceriakovas, A. ; Bendl, J. ; Brejcha, R. ; Buchholz, A. ; Gat, D. ; Hohaus, T. ; Rastak, N. ; Karg, E.W. ; Jakobi, G. ; Kalberer, M. ; Kanashova, T. ; Hu, Y. ; Ogris, C. ; Marsico, A. ; Theis, F.J. ; Shalit, T. ; Gröger, T.M. ; Rüger, C.P. ; Oeder, S. ; Orasche, J. ; Paul, A. ; Ziehm, T. ; Zhang, Z.H. ; Adam, T. ; Sippula, O. ; Sklorz, M. ; Schnelle-Kreis, J. ; Czech, H. ; Kiendler-Scharr, A. ; Zimmermann, R. ; Rudich, Y.

Exposure to naphthalene and β-pinene-derived secondary organic aerosol induced divergent changes in transcript levels of BEAS-2B cells.

Research Group/Lab: Contact | Option A

Susanne Alicia Faerber-Wong

Head of Institute of Extraterrestrial Live