Rolled up magazines on blue background

Alle Publikationen

2025 in
In: (20th Machine Learning in Computational Biology, MLCB 2025, 10-11 September 2025, New York). 2025. accepted ( ; 311)

Chaudhary, S. ; Voigts, A. ; Vilov, S. ; Heinig, M. ; Casale, F.P.

AI-based histopathology phenotyping reveals germline loci shaping breast cancer morphology.
Cell 188, 640-652 (2025)

Major Depressive Disorder Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium (Cai, N.)

Trans-ancestry genome-wide study of depression identifies 697 associations implicating cell types and pharmacotherapies.

Heumos, L. ; Ji, Y. ; May, L. ; Green, T.D. ; Peidli, S. ; Zhang, X. ; Wu, X. ; Ostner, J. ; Schumacher, A. ; Hrovatin, K. ; Müller, M. ; Chong, F. ; Sturm, G. ; Tejada Lapuerta, A. ; Dann, E. ; Dong, M. ; Pinto, G. ; Bahrami, M. ; Gold, I. ; Rybakov, S. ; Namsaraeva, A. ; Moinfar, A.A. ; Zheng, Z. ; Roellin, E. ; Mekki, I.I ; Sander, C. ; Lotfollahi, M. ; Schiller, H.B. ; Theis, F.J.

Pertpy: An end-to-end framework for perturbation analysis.
Gut Microbes 17:2601376 (2025)

Selmi, H. ; Walker, A. ; Balas, L. ; Lucio, M. ; Klotz, M. ; Jeridi, A. ; Burrichter, A.G. ; Conti, D.V. ; Chaffringeon, L. ; Beinsteiner, B. ; Jasnin, M. ; Vanthuyne, N. ; Durand, T. ; Yildirim, A.Ö. ; Stecher, B. ; Debarbieux, L. ; Schmitt-Kopplin, P.

Ornithine lipids from Akkermansia muciniphila are dynamically modulated in colitis and shape macrophage inflammatory responses.

Makris, K. ; Fonda, V. ; Ramadhani, F.F. ; Fadel, L. ; Davezac, M. ; Payet, B. ; Deligiannis, I.K. ; Zhang, L. ; Horn, T. ; Heimerl, L. ; Jouffe, C. ; Heddes, M. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Quagliarini, F. ; Uhlenhaut, N.H.

Hepatic metabolic reprogramming in male mice during short-term caloric restriction involves enhanced glucocorticoid rhythms.
In:. 442 Glossop Rd, Sheffield S10 2px, England: European Respiratory Soc Journals Ltd, 2025.:PA4252 (Eur. Respir. J. ; 66)

Sahin, A.T. ; Tepho, N. ; Ryan, A. ; Nawroth, J.

Late Breaking Abstract - Obesity is associated with altered epithelial lipid storage and impaired mucociliary clearance of the human airways.
Nature 649, 406–415 (2025)

Grotzinger, A.D. ; Werme, J. ; Peyrot, W.J. ; Frei, O. ; de Leeuw, C. ; Bicks, L.K. ; Guo, Q. ; Margolis, M.P. ; Coombes, B.J. ; Batzler, A. ; Pazdernik, V. ; Biernacka, J.M. ; Andreassen, O.A. ; Anttila, V. ; Børglum, A.D. ; Breen, G. ; Cai, N. ; Demontis, D. ; Edenberg, H.J. ; Faraone, S.V. ; Franke, B. ; Gandal, M.J. ; Gelernter, J. ; Hatoum, A.S. ; Hettema, J.M. ; Johnson, E.C. ; Jonas, K.G. ; Knowles, J.A. ; Koenen, K.C. ; Maihofer, A.X. ; Mallard, T.T. ; Mattheisen, M. ; Mitchell, K.S. ; Neale, B.M. ; Nievergelt, C.M. ; Nurnberger, J.I. ; O'Connell, K.S. ; Peterson, R.E. ; Robinson, E.B. ; Sanchez-Roige, S.S. ; Santangelo, S.L. ; Scharf, J.M. ; Stefansson, H. ; Stefansson, K. ; Stein, M.B. ; Strom, N.I. ; Thornton, L.M. ; Tucker-Drob, E.M. ; Verhulst, B. ; Waldman, I.D. ; Walters, G.B. ; Wray, N.R. ; Yu, D. ; Lee, P.H. ; Kendler, K.S. ; Smoller, J.W.

Mapping the genetic landscape across 14 psychiatric disorders.
2025 in
In: (42nd International Conference on Machine Learning, ICML 2025, 13-19 July 2025, Vancouver). 2025. 11405-11434 ( ; 267)

Coupette, C. ; Wayland, J.D. ; Simons, E. ; Rieck, B.

No Metric to Rule Them All: Toward Principled Evaluations of Graph-Learning Datasets.
Nat. Mater., DOI: 10.1038/s41563-025-02418-0 (2025)

Karfusehr, C. ; Eder, M. ; Yang, H.Y. ; Beinsteiner, B. ; Jasnin, M. ; Simmel, F.C.

Self-assembled cell-scale containers made from DNA origami membranes.
GigaScience 14, DOI: 10.1093/gigascience/giaf100 (2025)

Urel, H. ; Benassou, S. ; Marti, H. ; Reska, T.T.M. ; Sauerborn, E. ; Pinheiro Alves de Souza, Y. ; Perlas Puente,A. ; Rayo, E. ; Biggel, M. ; Kesselheim, S. ; Borel, N. ; Martin, E.J. ; Venegas, C.B. ; Schloter, M. ; Schröder, K. ; Mittelstrass, J. ; Prospero, S. ; Ferguson, J.M. ; Urban, L.

Nanopore- and AI-empowered microbial viability inference.
Methods Mol. Biol. 2958, 151-158 (2025)

Introini, V. ; Porcella, G. ; Kidiyoor, G.R. ; Cicuta, P. ; Cosentino Lagomarsino, M.

Quantifying Nuclear Shape Fluctuations During Early Mitosis.
Cell Rep. 44:116474 (2025)

Ries, C. ; Stark, T. ; Boulat, B. ; Ruhwedel, T. ; Delling, J.P. ; Infante, A.M. ; von Poblotzki, J.T. ; Ulivi, A.F. ; von Mücke-Heim, I.A. ; Chang, S.C.-E. ; Sakimura, K. ; Itoi, K. ; Nestvogel, D.B. ; Attardo, A. ; Czisch, M. ; Nave, K.A. ; Möbius, W. ; Dimou, L. ; Deussing, J.M.

Neuropeptide CRH prevents premature differentiation of OPCs following CNS injury and in early postnatal development.
PLoS ONE 20:e0333994 (2025)

Gygax, D. ; Ramirez, S. ; Chibesa, M. ; Simpamba, T. ; Riffel, M. ; Riffel, T. ; Srivathsan, A. ; Nijland, R. ; Urban, L.

Evaluation of nanopore sequencing for increasing accessibility of eDNA studies in biodiverse countries.
Genome Res. 35, 2682-2690 (2025)

Nappi, A. ; Shilova, L. ; Karaletsos, T. ; Cai, N. ; Casale, F.P.

BayesRVAT enhances rare-variant association testing through Bayesian aggregation of functional annotations.
Opt. Commun. 596:132519 (2025)

Ma, Q. ; Ma, R. ; Yu, H. ; Jiang, X. ; Zhou, Q. ; Wang, X. ; Liang, X. ; Ni, K.

Inverse design of mode-locked fiber lasers based on conditional generative adversarial network (cGAN).
Stem Cell Res. Ther. 16:573 (2025)

Klassen, M.C. ; Balázs, A. ; Zöllner, J. ; Cleve, N. ; Czichon, L. ; von Schledorn, L. ; Hegermann, J. ; Nawroth, J. ; Roth, D. ; Mielenz, M. ; Hedtfeld, S. ; Stanke, F. ; Rubil, T. ; Ius, F. ; Jonigk, D. ; Hanrahan, J.W. ; Ruhparwar, A. ; Olmer, R. ; Mall, M.A. ; Merkert, S. ; Martin, U.

Human induced pluripotent stem cells for in vitro modeling of impaired mucociliary clearance in cystic fibrosis lung disease.
Allergy, DOI: 10.1111/all.70121 (2025)

Korkmaz, R.Ü. ; Omony, J. ; Tan, X. ; Klotz, M. ; Dragunas, G. ; Chen, S. ; Shankhwar, S. ; Ertüz, Z. ; Müller, C. ; Ragab, M. ; Jeridi, A. ; Augustin, R. ; Nawroth, J. ; Kapellos, T. ; Rankl, B. ; Yildirim, A.Ö. ; von Mutius, E.

The therapeutic potential of farm dust extracts in a mouse model of eosinophilic inflammation.
Z. Gastroenterol. 63, e452 - e452 (2025)

Neckermann, L. ; Erdösi, P. ; Zhang, L. ; Assum, I. ; Dropmann, A. ; Alaoua, S. ; Büttner, M. ; Lin, T. ; Gerstner, M. ; Ebert, M.P. ; Bantel, H. ; Dooley, S. ; Kluth, A. ; Menden, M.P. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Hammad, S.

Preclinical evaluation of human ABCB5+ skin-derived stem cells reveals regenerative mechanisms and prognostic markers in a novel ACLF mouse model.
ACS Biomater. Sci. Eng. 11, 6506-6514 (2025)

Roth, D. ; Zampa, B. ; Augustin, R. ; Payandehjoo, D. ; Porcella, G. ; Sahin, A.T. ; van der Does, A.M. ; Nawroth, J.

Release, transfer, fold: Using a silicone adhesive for on-demand 3D tissue engineering.
Mol. Cell 85, 2503-2516.e8 (2025)

Matthews, R.E. ; Danac, J.M.C. ; Naden, E.L. ; Farleigh Smith, L.E. ; Lestari, S. ; Gungi, A. ; Appert, A. ; Buttress, T. ; Verma, A. ; Sinclair, O. ; Chong, F. ; Suberu, J. ; Antrobus, R. ; Bonev, B. ; Dawson, M.A. ; Reid, A.J. ; Timms, R.T. ; Ahringer, J. ; Tchasovnikarova, I.A.

CRAMP1 drives linker histone expression to enable Polycomb repression.
PLoS ONE 20:e0324189 (2025)

Davis, K.A.S. ; Coleman, J.R.I. ; Adams, M. ; Breen, G. ; Cai, N. ; Davies, H.L. ; Davies, K.J.A. ; Dregan, A. ; Eley, T.C. ; Fox, E. ; Holliday, J. ; Hübel, C. ; John, A. ; Kassam, A.S. ; Kempton, M.J. ; Lee, W. ; Li, D. ; Maina, J.G. ; McCabe, R. ; McIntosh, A.M. ; Oram, S. ; Richards, M. ; Skelton, M. ; Starkey, F. ; Ter Kuile, A.R. ; Thornton, L.M. ; Wang, R. ; Yu, Z. ; Zvrskovec, J. ; Hotopf, M.

The UK Biobank mental health enhancement 2022: Methods and results.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-025-02694-3 (2025)

Ma, R. ; Santino, L.M. ; Chobola, T. ; Armbrust, N. ; Geilenkeuser, J. ; Sukumaran, S. ; Jing, Z. ; Levkina, A. ; Ridderbeek, K. ; Peng, T. ; Truong, D.J.J. ; Doll, S. ; Westmeyer, G.G. ; Cui, J.

A telescopic microscope equipped with a quanta image sensor for live-cell bioluminescence imaging.
eLife 13:RP95557 (2025)

Merino‐Salomón, A. ; Schneider, J. ; Babl, L. ; Krohn, J.F. ; Sobrinos‐Sanguino, M. ; Schäfer, T. ; Luque-Ortega, J.R. ; Alfonso, C. ; Jimenez, M. ; Jasnin, M. ; Schwille, P. ; Rivas, G.

Crosslinking by ZapD drives the assembly of short FtsZ filaments into toroidal structures in solution.
In: (Research in Computational Molecular Biology). 2025. 428-431 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15647 LNBI)

Nappi, A. ; Cai, N. ; Casale, F.P.

Bayesian aggregation of multiple annotations enhances rare variant association testing.
J. Am. Chem. Soc. 147, 17384–17393 (2025)

Spearman, A.L. ; Lin, E.Y. ; Mobley, E.B. ; Chmyrov, A. ; Arus, B.A. ; Turner, D.W. ; Garcia, C.A. ; Bui, K. ; Rowlands, C.J. ; Bruns, O.T. ; Sletten, E.M.

High-resolution multicolor shortwave infrared dynamic in vivo imaging with chromenylium nonamethine dyes.

Alvarez-Costes, S. ; Baker, C.S. ; Constantine, R. ; Carroll, E.L. ; Guhlin, J. ; Dutoit, L. ; Ferreira, S. ; Heimeier, D. ; Gemmell, N.J. ; Gillum, J. ; Hamner, R.M. ; Rayment, W. ; Roe, W. ; Te Aikā, B. ; Urban, L. ; Alexander, A.

Leveraging synteny to generate reference genomes for conservation: Assembling the genomes of Hector's and Māui dolphins.
Nat. Biotechnol., DOI: 10.1038/s41587-024-02528-1 (2025)

Luo ; Molbay, M. ; Chen, Y. ; Horvath, I. ; Kadletz, K. ; Kick, B. ; Zhao, S. ; Al-Maskari, R. ; Singh, I. ; Ali, M. ; Bhatia, H.S. ; Minde, D.-P. ; Negwer, M. ; Höher, L. ; Calandra, G.M. ; Groschup, B. ; Su, J. ; Kimna, C. ; Rong, Z. ; Galensowske, N. ; Todorov, M.I. ; Jeridi, D. ; Ohn, T.-L. ; Roth, S. ; Simats, A. ; Singh, V. ; Khalin, I. ; Pan, C. ; Arus, B.A. ; Bruns, O.T. ; Zeidler, R. ; Liesz, A. ; Protzer, U. ; Plesnila, N. ; Ussar, S. ; Hellal, F. ; Paetzold, J.C. ; Elsner, M. ; Dietz, H. ; Ertürk, A.

Nanocarrier imaging at single-cell resolution across entire mouse bodies with deep learning.

Hölzlwimmer, F.R. ; Lindner, J. ; Tsitsiridis, G. ; Wagner, N. ; Casale, F.P. ; Yépez, V.A. ; Gagneur, J.

Aberrant gene expression prediction across human tissues.
ACS App. Optic. Mat. 3, 676-688 (2025)

Zhou, J. ; Ridderbeek, K. ; Zou, P. ; Naden, A.B. ; Gaussmann, S. ; Song, F. ; Falter-Braun, P. ; Kay, E.R. ; Sattler, M. ; Cui, J.

Modular nanoparticle platform for solution-phase optical sensing of protein-protein interactions.
Chem. Commun. 61, 4820-4823 (2025)

Pieczykolan, M. ; Dancer, P.A. ; Klein, T. ; Piwonski, H. ; Rolbieski, H. ; Maity, B. ; Bruns, O.T. ; Cavallo, L. ; Kiessling, F. ; Rueping, M. ; Banala, S.

Small organic fluorophores with SWIR emission detectable beyond 1300 nm.

Ibarra-Arellano, M.A. ; Caprio, L.A. ; Hada, A. ; Stotzem, N. ; Cai, L.L. ; Shah, S.B. ; Walsh, Z.H. ; Melms, J.C. ; Wünneman, F. ; Bestak, K. ; Mansaray, I. ; Izar, B. ; Schapiro, D.

micronuclAI enables automated quantification of micronuclei for assessment of chromosomal instability.

Han, S. ; Yu, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Ge, J. ; Lin, J. ; Prehn, C. ; Petrera, A. ; Li, Y. ; Sam, F. ; Matullo, G. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Hauck, S.M. ; Herder, C. ; Roden, M. ; Casale, F.P. ; Cai, N. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

LEOPARD: Missing view completion for multi-timepoint omics data via representation disentanglement and temporal knowledge transfer.

Roth, D. ; Sahin, A.T. ; Ling, F. ; Tepho, N. ; Senger, C.N. ; Quiroz, E.J. ; Calvert, B.A. ; van der Does, A.M. ; Güney, T. ; Glasl, S. ; van Schadewijk, A. ; von Schledorn, L. ; Olmer, R. ; Kanso, E. ; Nawroth, J. ; Ryan, A.L.

Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways.
JCI insight 10:e187899 (2025)

Koc-Gunel, S. ; Liu, E.C. ; Gautam, L.K. ; Calvert, B.A. ; Murthy, S. ; Harriott, N.C. ; Nawroth, J. ; Zhou, B. ; Krymskaya, V.P. ; Ryan, A.L.

Targeting fibroblast-endothelial interactions in LAM pathogenesis using 3D spheroid models and spatial transcriptomics.
Mol. Psychiatry 30:1715 (2025)

Cai, N. ; Verhulst, B. ; Andreassen, O.A. ; Buitelaar, J.K. ; Edenberg, H.J. ; Hettema, J.M. ; Gandal, M. ; Grotzinger, A. ; Jonas, K. ; Lee, P. ; Mallard, T.T. ; Mattheisen, M. ; Neale, M.C. ; Nurnberger, J.I. ; Peyrot, W.J. ; Tucker-Drob, E.M. ; Smoller, J.W. ; Kendler, K.S.

Correction: Assessment and ascertainment in psychiatric molecular genetics: challenges and opportunities for cross-disorder research.
Acta Biomater. 195, 536-546 (2025)

Huang, Y. ; Stankevych, M. ; Gujrati, V. ; Klemm, U. ; Mohammed, A. ; Wiesner, D. ; Saccomano, M. ; Tost, M. ; Feuchtinger, A. ; Mishra, K. ; Bruns, O.T. ; Geerlof, A. ; Ntziachristos, V. ; Stiel, A.-C.

Photoswitching protein-XTEN fusions as injectable optoacoustic probes.