Mountaineer at the Summit

Molecular Ageing

Celia P. Martinez-Jimenez Lab

Celia's team applies single-cell approaches to interrogate molecular features as predictor of molecular age. The assessment of intra-organ cell-to-cell variability will instruct precision diagnostics and personalized treatments.

Celias Team nutzt Einzelzellansätze, um molekulare Merkmale als Prädiktoren für das molekulare Alter zu untersuchen. Die Bewertung der Zell-zu-Zell-Variabilität innerhalb eines Organs wird präzise Diagnosen und personalisierte Behandlungen ermöglichen.

Unsere Forschung

Fortschritte in den Bereichen Genom-, Epigenom- und Transkriptom-Technologie ermöglichen ein neues Verständnis der molekularen Mechanismen, die der Alterung von Organismen zugrunde liegen. Unser Ziel ist es, die Entwicklung von Anti-Aging-Maßnahmen zur Vorbeugung altersbedingter Krankheiten zu beschleunigen.
In unserem Labor untersuchen wir die Rolle der zellulären Heterogenität für die Gewebefunktion. Insbesondere konzentrieren wir uns auf die gemeinsamen molekularen Mechanismen von Alterung und chronischen Lebererkrankungen. Wir entwickeln neue Methoden, um den Einfluss der altersbedingten zellulären Heterogenität auf die Entstehung und das Fortschreiten chronischer Krankheiten zu untersuchen.


Untersuchung komplexer biologischer Prozesse mit hoher Auflösung


Das Altern ist durch einen fortschreitenden Rückgang der physiologischen und zellulären Funktionen gekennzeichnet. Allerdings ist das Altern ein heterogener Prozess zwischen und innerhalb von Organen, Geweben und Zellen.

Alterung und chronische Krankheiten: gemeinsame molekulare Merkmale

Der „Silberne Tsunami“ ist eine Metapher für die weltweite Alterung der Bevölkerung mit ihren alarmierenden Zahlen und überwältigenden gesundheitlichen sowie wirtschaftlichen Folgen. Ältere Menschen sind anfälliger für Umweltprobleme wie Klimawandel, Luftverschmutzung oder neu auftretende Krankheitserreger. Zudem reagieren sie empfindlicher auf unerwünschte Arzneimittelwirkungen, die im Vergleich zu jüngeren Menschen viel häufiger zu Krankenhauseinweisungen führen. Unsere derzeitigen Prognosewerkzeuge zur Vorhersage der Auswirkungen des Alterns auf zellulärer Ebene befinden sich noch in der Entwicklung. Um dieses übergeordnete Ziel zu erreichen, verfolgen wir in unserer Forschung drei Teilziele:
Charakterisierung der molekularen Mechanismen des Alterns mit zellulärer Auflösung, Entwicklung diagnostischer Instrumente zur Untersuchung des Arzneimittelstoffwechsels und der Toxizität bei altersbedingten Lebererkrankungen sowie Modellierung des Alterns in vitro unter Verwendung von 3D-Organoiden, um Anti-Aging-Maßnahmen zu harmonisieren und funktionelle Assays durchzuführen und somit den komplexen Prozess des Alterns zu verstehen.

Forschungsbereiche

  • Zelluläre Heterogenität und Krankheitsanfälligkeit
    Wir untersuchen, wie sich zelluläre Heterogenität auf die Gewebefunktion auswirkt und ob die Variabilität zwischen einzelnen Zellen die Anfälligkeit für Krankheiten erhöht.
  • Beschleunigte Alterung:
    Es ist bekannt, dass Lebensstil, Ernährung und chronische Krankheiten den Alterungsprozess beschleunigen. Wir wollen die molekularen Signaturen identifizieren, die unter verschiedenen Bedingungen mit einer beschleunigten Alterung einhergehen.
  • Alterung und Epigenetik:
    Um die genauen molekularen Mechanismen zu verstehen, die zu zellulärer Heterogenität führen, untersuchen wir die epigenetische Landschaft einzelner Zellen mithilfe von Einzelzell-Multiomik-Ansätzen.
  • Alterung „in vitro“:
    Einerseits ist die Alterung beim Menschen aufgrund zahlreicher Störfaktoren im Laufe des Lebens schwer zu untersuchen. Andererseits lassen sich die mit menschlichen Krankheiten verbundenen Phänotypen anhand von Modellorganismen nicht vollständig nachbilden. Wir wollen deshalb 3D-Organoide entwickeln, die molekulare Merkmale der Alterung nachbilden, um funktionelle Assays zu etablieren und therapeutische Maßnahmen gegen die Alterung zu bewerten.

Einsatz von Einzelzell-Genomik-Ansätzen (Transkriptomik, Epigenomik und Metabolomik), um zu klären, wie Alterung einzelne Zellen und verschiedene Gewebe beeinflusst und sich auf die Gesundheit des gesamten Organismus auswirkt.

Wir schätzen, fördern und respektieren Vielfalt. Wir sind aus aller Welt gekommen, um das Altern zu erforschen und eine Zelle nach der anderen zu analysieren. Multikulturell, international und reich an Persönlichkeiten arbeiten wir zusammen und genießen diese wunderschöne Stadt.

Das Ganze ist mehr als die Summe seiner Teile. Multidisziplinäres und interdisziplinäres Team. Experimentelle Wissenschaftler und Computerwissenschaftler bilden hocheffiziente Allianzen, um Forschungsergebnisse schneller zu erzielen. Austausch von Wissen und Fachkenntnissen. Gemeinsam wachsen.

Publications

Makris, K. ; Fonda, V. ; Ramadhani, F.F. ; Fadel, L. ; Davezac, M. ; Payet, B. ; Deligiannis, I.K. ; Zhang, L. ; Horn, T. ; Heimerl, L. ; Jouffe, C. ; Heddes, M. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Quagliarini, F. ; Uhlenhaut, N.H.

Hepatic metabolic reprogramming in male mice during short-term caloric restriction involves enhanced glucocorticoid rhythms.
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Neckermann, L. ; Erdösi, P. ; Zhang, L. ; Assum, I. ; Dropmann, A. ; Alaoua, S. ; Büttner, M. ; Lin, T. ; Gerstner, M. ; Ebert, M.P. ; Bantel, H. ; Dooley, S. ; Kluth, A. ; Menden, M.P. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Hammad, S.

Preclinical evaluation of human ABCB5+ skin-derived stem cells reveals regenerative mechanisms and prognostic markers in a novel ACLF mouse model.
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Palmer, J.A. ; Rosenthal, N. ; Teichmann, S.A. ; Litvinukova, M.

Revisiting cardiac biology in the rra of single cell and spatial omics.
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Polyploidisation pleiotropically buffers ageing in hepatocytes.
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Single-cell metabolic profiling reveals subgroups of primary human hepatocytes with heterogeneous responses to drug challenge.
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Gruber, T. ; Contreras, R. ; Sánchez Quant, E.S. ; Miok, V. ; Makris, K. ; Le Thuc, O. ; Gonzales García, I. ; Garcia-Clavé, E. ; Althammer, F. ; Krabichler, Q. ; DeCamp, L.M. ; Jones, R.G. ; Lutter, D. ; Williams, R.H. ; Pfluger, P.T. ; Müller, T.D. ; Woods, S.C. ; Pospisilik, J.A. ; Martinez-Jimenez, C.P. ; Tschöp, M.H. ; Grinevich, V. ; García-Cáceres, C.

High-calorie diets uncouple hypothalamic oxytocin neurons from a gut-to-brain satiation pathway via κ-opioid signaling.

Wirth, J. ; Huber, N. ; Yin, K. ; Brood, S. ; Chang, S.C.-E. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Meier, M.

Spatial transcriptomics using multiplexed deterministic barcoding in tissue.
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Kolabas, Z.I. ; Kuemmerle, L. ; Perneczky, R. ; Förstera, B. ; Ulukaya, S. ; Ali, M. ; Kapoor, S. ; Bartos, L.M. ; Büttner, M. ; Caliskan, Ö.S. ; Rong, Z. ; Mai, H. ; Höher, L. ; Jeridi, D. ; Molbay, M. ; Khalin, I. ; Deligiannis, I.K. ; Negwer, M. ; Roberts, K. ; Simats, A. ; Carofiglio, O. ; Todorov, M.I. ; Horvath, I. ; Öztürk, F. ; Hummel, S. ; Biechele, G. ; Zatcepin, A. ; Unterrainer, M. ; Gnörich, J. ; Roodselaar, J. ; Shrouder, J. ; Khosravani, P. ; Tast, B. ; Richter, L. ; Díaz-Marugán, L. ; Kaltenecker, D. ; Lux, L. ; Chen, Y. ; Zhao, S. ; Rauchmann, B.S. ; Sterr, M. ; Kunze, I. ; Stanic Aguilera, K.N. ; Kan, V.W.Y. ; Besson-Girard, S. ; Katzdobler, S. ; Palleis, C. ; Schädler, J. ; Paetzold, J.C. ; Liebscher, S. ; Hauser, A.E. ; Gokce, O. ; Lickert, H. ; Steinke, H. ; Benakis, C. ; Braun, C. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Buerger, K. ; Albert, N.L. ; Höglinger, G. ; Levin, J. ; Haass, C. ; Kopczak, A. ; Dichgans, M. ; Havla, J. ; Kümpfel, T. ; Kerschensteiner, M. ; Schifferer, M. ; Simons, M. ; Liesz, A. ; Krahmer, N. ; Bayraktar, O.A. ; Franzmeier, N. ; Plesnila, N. ; Erener, S. ; Puelles, V.G. ; Delbridge, C. ; Bhatia, H.S. ; Hellal, F. ; Elsner, M. ; Bechmann, I. ; Ondruschka, B. ; Brendel, M. ; Theis, F.J. ; Ertürk, A.

Distinct molecular profiles of skull bone marrow in health and neurological disorders.

Alvarez, L. ; Marín-García, P.J. ; Rentero-Garrido, P. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Llobat, L.

Interleukin 6 and interferon gamma haplotypes are related to cytokine serum levels in dogs in an endemic Leishmania infantum region.

Strzelecki, M. ; Yin, K. ; Talavera Lopez, C.N. ; Martinez Jimenez, C.P.

Isolation of nuclei from flash-frozen liver tissue for single-cell multiomics.

Wolff, G. ; Sakurai, M. ; Mhamane, A. ; Troullinaki, M. ; Maida, A. ; Deligiannis, I.K. ; Yin, K. ; Weber, P. ; Morgenstern, J. ; Wieder, A. ; Kwon, Y. ; Sekar, R. ; Zeigerer, A. ; Roden, M. ; Blüher, M. ; Volk, N. ; Poth, T. ; Hackert, T. ; Wiedmann, L. ; De Angelis Rigotti, F. ; Rodriguez-Vita, J. ; Fischer, A. ; Mukthavaram, R. ; Limphong, P. ; Tachikawa, K. ; Karmali, P. ; Payne, J. ; Chivukula, P. ; Ekim Üstünel, B. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Szendrödi, J. ; Nawroth, P.P. ; Herzig, S.

Hepatocyte-specific activity of TSC22D4 triggers progressive NAFLD by impairing mitochondrial function.

Yin, K. ; Patten, D. ; Gough, S.C. ; de Barros Gonçalves, S. ; Chan, A. ; Olan, I. ; Cassidy, L. ; Poblocka, M. ; Zhu, H. ; Lun, A. ; Schuijs, M.J. ; Young, A. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Halim, T.Y.F. ; Shetty, S. ; Narita, M. ; Hoare, M.

Senescence-induced endothelial phenotypes underpin immune-mediated senescence surveillance.

Richter, M. ; Deligiannis, I.K. ; Yin, K. ; Danese, A. ; Lleshi, E. ; Coupland, P. ; Vallejos, C.A. ; Matchett, K.P. ; Henderson, N.C. ; Colomé-Tatché, M. ; Martinez Jimenez, C.P.

Single-nucleus RNA-seq2 reveals functional crosstalk between liver zonation and ploidy.
EMBO Rep. 20:e47379 (2019)

Chen, H.C. ; Eling, N. ; Martinez Jimenez, C.P. ; O'Brien, L.M. ; Carbonaro, V. ; Marioni, J.C. ; Odom, D.T. ; de la Roche, M.

IL-7-dependent compositional changes within the gamma delta T cell pool in lymph nodes during ageing lead to an unbalanced anti-tumour response.
Science 355, 1433-1436 (2017)

Martinez Jimenez, C.P. ; Eling, N. ; Chen, H.-C ; Vallejos, C.A. ; Kolodziejczyk, A.A. ; Connor, F. ; Stojic, L. ; Rayner, T.F. ; Stubbington, M.J.T. ; Teichmann, S.A. ; de la Roche, M. ; Marioni, J.C. ; Odom, D.T.

Aging increases cell-to-cell transcriptional variability upon immune stimulation.
Science 328, 1036-1040 (2010)

Schmidt, D. ; Wilson, M.D. ; Ballester, B. ; Schwalie, P.C. ; Brown, G.D. ; Marshall, A. ; Kutter, C. ; Watt, S. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Mackay, S. ; Talianidis, I. ; Flicek, P. ; Odom, D.T.

Five-vertebrate ChIP-seq reveals the evolutionary dynamics of transcription factor binding.

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Celia P. Martinez-Jimenez

PI "Molecular Ageing", Helmholtz Pioneer Campus

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