Rolled up magazines on blue background

Publications

In: (28th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, MICCAI 2025, 23-27 September 2025, Daejeon). 2026. 77-86 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15973 LNCS)

Dasdelen, M.F. ; Lim, H. ; Buck, M. ; Götze, K.S. ; Marr, C. ; Schneider, S.

CytoSAE: Interpretable Cell Embeddings for Hematology.
Bioinformatics, DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf607:btaf607 (2025)

Lucarelli, D. ; Kos, T. ; Shull, C. ; Jimenez, S. ; Öllinger, R. ; Rad, R. ; Saur, D. ; Theis, F.J.

QuiCAT: A scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences.

Linkohr, B. ; Heier, M. ; Gieger, C. ; Thorand, B. ; Grallert, H. ; Holle, R. ; Karrasch, S. ; Koenig, W. ; Ladwig, K.H. ; Laxy, M. ; Lorenz-Depiereux, B. ; Rospleszcz, S. ; Schneider, A.E. ; Schulz, H. ; Schwettmann, L. ; Standl, M. ; Waldenberger, M. ; Wang-Sattler, R. ; Wolf, K. ; Dallavalle, M. ; Rückert-Eheberg, I.-M. ; Schneider, A. ; Leidl, R. ; Wichmann, H.-E. ; Peters, A.

Cohort profile: Cooperative health research in the region of Augsburg (KORA) 1984-2024.

Firsova, A.B. ; Marco Salas, S. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Sountoulidis, A. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Alonso Galicia, L. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Gote-Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K.B. ; Timens, W. ; Schiller, H.B. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C. ; Samakovlis, C.

Spatial single-cell atlas reveals regional variations in healthy and diseased human lung.
EMBO J., DOI: 10.1038/s44318-025-00571-5 (2025)

Kukhtevich, I. ; Persson, S. ; Padovani, F. ; Schneider, R. ; Cvijovic, M. ; Schmoller, K.M.

The origin of septin ring size control in budding yeast.

Boerstler, T. ; Kachkin, D. ; Gerasimova, E. ; Zagha, N. ; Furlanetto, F. ; Nayebzade, N. ; Zappia, L. ; Boisvert, M. ; Farrell, M. ; Ploetz, S. ; Prots, I. ; Regensburger, M. ; Günther, C. ; Winkler, J. ; Gupta, P. ; Theis, F.J. ; Karow, M. ; Falk, S. ; Winner, B. ; Krach, F.

Deciphering brain organoid heterogeneity by identifying key quality determinants.

Ratajczak, F. ; Heinig, M. ; Falter-Braun, P.

Exploring the omnigenic architecture of selected complex traits.
ACS Nano, DOI: 10.1021/acsnano.5c12054 (2025)

Voss, C. ; Han, L. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Haefner, V. ; Angelidis, I. ; Mayr, C.H. ; Berthing, T. ; Zhou, Q. ; Günther, E. ; Huzain, O. ; Schmid, O. ; Vogel, U. ; Schniering, J. ; Gaedcke, S. ; Theis, F.J. ; Schiller, H.B. ; Stöger, T.

Toward a ToxAtlas of carbon-based nanomaterials: Single-cell RNA sequencing reveals initiating cell circuits in pulmonary inflammation.
Cell Death Dis. 16:775 (2025)

Bhattacharya, D. ; da Silva Buttkus, P. ; Nalbach, K. ; Cheng, L. ; Garrett, L. ; Irmler, M. ; Kislinger, G. ; Werner, G. ; Rodde, R. ; Lengger, C. ; Beckers, J. ; Zimprich, A. ; Hölter, S.M. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Hrabě de Angelis, M. ; Wefers, B. ; Wurst, W. ; Brill, M.S. ; Schifferer, M. ; Lichtenthaler, S.F. ; Behrends, C.

Neuropathy-associated Tecpr2 mutation knock-in mice reveal endolysosomal loss of function phenotypes in neurons and microglia.
EMBO Rep. 26, 4203-4218 (2025)

Hennes, M. ; Richter, M. ; Fischer-Sternjak, J. ; Götz, M.

Astrocyte diversity and subtypes: Aligning transcriptomics with multimodal perspectives.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-025-02814-z (2025)

Tejada Lapuerta, A. ; Schaar, A. ; Gutgesell, R.M. ; Palla, G. ; Halle, L. ; Minaeva, M. ; Vornholz, L. ; Dony, L. ; Drummer, F. ; Richter, T. ; Bahrami, M. ; Theis, F.J.

Nicheformer: A foundation model for single-cell and spatial omics.
BMC Genomics 26:974 (2025)

Hrovatin, K. ; Moinfar, A.A. ; Zappia, L. ; Parikh, S. ; Tejada Lapuerta, A. ; Lengerich, B. ; Kellis, M. ; Theis, F.J.

Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects.
Front. Cell. Neurosci. 19:1635551 (2025)

Martinez-Reza, M.F. ; Götz, M.

Wrap it up: Myelination of transplanted neurons for repair.
Science, DOI: 10.1126/science.adi8577:eadi8577 (2025)

DeMeo, B. ; Nesbitt, C. ; Miller, S.A. ; Burkhardt, D.B. ; Lipchina, I. ; Fu, D. ; Holderreith, P. ; Kim, D. ; Kolchenko, S. ; Szalata, A. ; Gupta, I. ; Kerr, C. ; Pfefer, T.J. ; Rojas-Rodriguez, R. ; Kuppassani, S. ; Kruidenier, L. ; Doshi, P.B. ; Zamanighomi, M. ; Collins, J.J. ; Shalek, A.K. ; Theis, F.J. ; Cortes, M.

Active learning framework leveraging transcriptomics identifies modulators of disease phenotypes.

Yang, K. ; Spitzer, H. ; Sterr, M. ; Hrovatin, K. ; de la O, S. ; Zhang, X. ; Setyono, E.S.A. ; Ud-Dean, M. ; Walzthoeni, T. ; Flisikowski, K. ; Flisikowska, T. ; Schnieke, A. ; Scheibner, K. ; Wells, J.M. ; Sneddon, J.B. ; Kessler, B. ; Wolf, E. ; Kemter, E. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.

A multimodal cross-species comparison of pancreas development.

Schmid, K.T. ; Symeonidi, A. ; Hlushchenko, D. ; Richter, M.L. ; Tijhuis, A.E. ; Foijer, F. ; Colomé-Tatché, M.

Benchmarking scRNA-seq copy number variation callers.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-025-02854-5 (2025)

Hingerl, J.C. ; Martens, L.D. ; Karollus, A. ; Manz, T. ; Buenrostro, J.D. ; Theis, F.J. ; Gagneur, J.

scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution.

Ali, M. ; Richter, S. ; Ertürk, A. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Graph neural networks learn emergent tissue properties from spatial molecular profiles.

Träuble, K. ; Munz, M. ; Pauli, J. ; Sachs, N. ; Vafadarnejad, E. ; Carrillo-Roa, T. ; Maegdefessel, L. ; Kastner, P. ; Heinig, M.

Integrated single-cell atlas of human atherosclerotic plaques.
Sci. Adv. 11:eady0080 (2025)

Melton, R. ; Jimenez, S. ; Elison, W. ; Tucciarone, L. ; Howell, A. ; Wang, G. ; Berti, D. ; Beebe, E.T. ; Miller, M. ; Zeng, C. ; McGrail, C. ; VanderStel, K. ; Korgaonkar, K. ; Elgamal, R. ; Mummey, H. ; Chiou, J. ; Griffin, E. ; Kusmartseva, I. ; Atkinson, M. ; Preissl, S. ; Theis, F.J. ; Sander, M. ; Gaulton, K.J.

Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs of type 1 diabetes progression.
Nat. Struct. Mol. Biol. 32, 2128-2129 (2025)

Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Noll, C. ; Schorpp, K.K. ; Rothenaigner, I. ; Ruiz-Morales, E.R. ; Lubatti, G. ; Agami, A. ; Hadian, K. ; Scialdone, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Addendum: Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development.
2025 in
In: (RExPO25, 24-26 September 2025, Barcelona, Spain). 2025.

Beckers, J. ; Valera, G. ; Raess, M.

INFRAFRONTIER – the European Research Infrastructure for In Vivo and In Vitro Diseases Modelling.
Mol. Cell 85, 3554-3561 (2025)

Keogh, M.C. ; Almouzni, G. ; Andrews, A.J. ; Armache, K.J. ; Arrowsmith, C.H. ; Baek, S.H. ; Bedford, M.T. ; Bernstein, E. ; Côté, J.-A. ; David, Y. ; Denu, J.M. ; Fierz, B. ; Garcia, B.A. ; Glass, K.C. ; Gozani, O. ; Helin, K. ; Henikoff, S. ; Jensen, O.N. ; Josefowicz, S.Z. ; Kelleher, N.L. ; Kutateladze, T.G. ; Lindner, H.H. ; Lu, C. ; Luger, K. ; Mallick, P. ; Musselman, C.A. ; Muir, T.W. ; Pasa-Tolic, L. ; Schneider, R. ; Shi, X. ; Shi, Y. ; Sidoli, S. ; Smith, L.M. ; Tyler, J.K. ; Wolberger, C. ; Workman, J.L. ; Strahl, B.D. ; Young, N.L.

A needed nomenclature for nucleosomes.

Freimann, K. ; Brümmer, A. ; Warmerdam, R. ; Rupall, T.S. ; Hernández-Ledesma, A.L. ; Chiou, J. ; Holzinger, E.R. ; Maranville, J.C. ; Nakić, N. ; Ongen, H. ; Stefanucci, L. ; Turchin, M.C. ; Franke, L. ; Võsa, U. ; Jones, C.P. ; Medina-Rivera, A. ; Trynka, G. ; Kisand, K. ; Bergmann, S. ; PRECISESADS Clinical Consortium (Farzeen, A.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Prokisch, H.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Gieger, C.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Peters, A.) ; PRECISESADS Clinical Consortium (Stumvoll, M.)

Trans-eQTL mapping prioritises USP18 as a negative regulator of interferon response at a lupus risk locus.
Diabetologia, DOI: 10.1007/s00125-025-06549-6 (2025)

Sinke, L. ; Delerue, T. ; Wilson, R. ; Lu, X. ; Xia, Y. ; Costeira, R. ; Nasr, M.K. ; Beekman, M. ; Franke, L. ; Zhernakova, A. ; Fu, J. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Koenig, W. ; Peters, A. ; Ordovas, J.M. ; Dörr, M. ; Grabe, H.J. ; Nauck, M. ; Bell, J.T. ; Teumer, A. ; Snieder, H. ; Waldenberger, M. ; Slagboom, P.E. ; Heijmans, B.T.

DNA methylation of genes involved in lipid metabolism drives adiponectin levels and metabolic disease.
iScience 28:113617 (2025)

Gillet, J.P. ; Gerard, L. ; Vieira, W. ; Fourrez, M. ; Gaudray, F. ; Rathkolb, B. ; Rozman, J. ; Klein-Rodewald, T. ; Becker, L. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Horsch, M. ; Spielmann, N. ; Prehn, C. ; Bihin, B. ; Beckers, J. ; Fuchs, H. ; Gailus-Durner, V. ; Hrabě de Angelis, M. ; Southon, E. ; Tessarollo, L. ; Xia, D. ; Gottesman, M.M.

Abcb5-deficient mice show a subtle, pleiotropic phenotype indicating a role for this transporter in intermediary metabolism.
Science 390:eadr8785 (2025)

Furtwangler, B. ; Uresin, N. ; Richter, S. ; Schuster, M.B. ; Barmpouri, D. ; Holze, H. ; Wenzel, A. ; Grønbæk, K. ; Theilgaard-Mönch, K. ; Theis, F.J. ; Schoof, E.M. ; Porse, B.T.

Mapping early human blood cell differentiation using single-cell proteomics and transcriptomics.
Mol. Nutr. Food Res., DOI: 10.1002/mnfr.70261:e70261 (2025)

Skerrett-Byrne, D.A. ; Pepin, A.-S. ; Laurent, K. ; Beckers, J. ; Schneider, R. ; Hrabě de Angelis, M. ; Teperino, R.

Dad's diet shapes the future: How paternal nutrition impacts placental development and childhood metabolic health.
Nat. Biotechnol. 43, 1035-1040 (2025)

Luecken, M. ; Gigante, S. ; Burkhardt, D.B. ; Cannoodt, R. ; Strobl, D.C. ; Markov, N.S. ; Zappia, L. ; Palla, G. ; Lewis, W. ; Dimitrov, D. ; Vinyard, M.E. ; Magruder, D.S. ; Müller, M. ; Andersson, A. ; Dann, E. ; Qin, Q. ; Otto, D.J. ; Klein, M. ; Botvinnik, O.B. ; Deconinck, L. ; Waldrant, K. ; Yasa, S.N. ; Szałata, A. ; Benz, A. ; Li, Z. ; Bloom, J.M. ; Pisco, A.O. ; Saez-Rodriguez, J. ; Wulsin, D. ; Pinello, L. ; Saeys, Y. ; Theis, F.J. ; Krishnaswamy, S.

Defining and benchmarking open problems in single-cell analysis.

van der Graaf, A. ; Warmerdam, R. ; Auwerx, C. ; Võsa, U. ; Borges, M.C. ; Franke, L. ; eQTLGen Consortium (Farzeen, A. ; Gieger, C. ; Peters, A.)

MR-link-2: Pleiotropy robust cis Mendelian randomization validated in three independent reference datasets of causality.
Cardiovasc. Diabetol. 24:321 (2025)

Niu, J. ; Rodriguez, E. ; Štambuk, T. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Mraz, N. ; Seissler, J. ; Skurk, T. ; Schlesinger, S. ; Peters, A. ; Lauc, G. ; Gieger, C. ; Grallert, H.

Longitudinal study reveals plasma glycans associations with prediabetes/type 2 diabetes in KORA study.
Genome Biol. 26:216 (2025)

Bakhtiari, M. ; Bonn, S. ; Theis, F.J. ; Zolotareva, O. ; Baumbach, J.

FedscGen: Privacy-preserving federated batch effect correction of single-cell RNA sequencing data.
Nat. Med., DOI: 10.1038/s41591-025-03827-z (2025)

Smit, R.A.J. ; Wade, K.H. ; Hui, Q. ; Arias, J.D. ; Yin, X. ; Christiansen, M.R. ; Yengo, L. ; Preuss, M.H. ; Nakabuye, M. ; Rocheleau, G. ; Graham, S.E. ; Buchanan, V.L. ; Sakaue, S. ; Vedantam, S. ; Wilson, E.P. ; Chen, S.H. ; Ferreira, T. ; Lüll, K. ; Akiyama, M. ; Allison, M.A. ; Alvarez, M. ; Andersen, M.K. ; Cañadas-Garre, M. ; Chai, J.F. ; Chesi, A. ; Choi, S.H. ; Christofidou, P. ; Delgado, G.E. ; Delitala, A. ; Deng, X. ; Eichelmann, F. ; Faul, J.D. ; Fernandez-Lopez, J.C. ; Guo, X. ; Gustafsson, S. ; Haworth, S.J. ; Heard-Costa, N. ; Hemerich, D. ; Highland, H.M. ; Katsuya, T. ; Kawaguchi, T. ; Leonard, H.L. ; Li, H. ; Liang, J. ; Lin, H. ; Lin, K. ; Lorés-Motta, L. ; Lyytikäinen, L.P. ; Malik, M.Z. ; Mattheisen, M. ; Melendez, T.L. ; Milaneschi, Y. ; Mononen, N. ; Mucha, S. ; Mykkänen, J. ; Nho, C.W. ; Nielsen, A.A. ; Ntalla, I. ; Pauper, M. ; Petersen, E.R.B. ; Petersen, L.V. ; Raffield, L.M. ; Rasheed, A. ; Rayner, N.W. ; Ruggiero, D. ; Shin, J.H. ; Sidore, C. ; Sim, X. ; Smith, J.A. ; Smyth, L.J. ; Southam, L. ; Tayo, B.O. ; Tesolin, P. ; Trompet, S. ; van Klinken, J.B. ; van Setten, J. ; Wang, C.A. ; Wang, Z. ; Wielscher, M. ; Zhou, W. ; Asselbergs, F.W. ; Åsvold, B.O. ; Bennett, D.A. ; Borja, J.B. ; Brandslund, I. ; Brumpton, B. ; Chandak, G.R. ; Chanock, S.J. ; Chaturvedi, N. ; Chen, Z. ; Cole, J.W. ; Dedoussis, G.V. ; den Hollander, A.I. ; Evans, M.K. ; Ferrucci, L. ; Fornage, M. ; Gieger, C. ; González-Villalpando, C. ; Gordon-Larsen, P. ; Grallert, H. ; Griffiths, L. ; Hansen, T. ; Hartman, C.A. ; Hattersley, A.T. ; Huang, W. ; Huffman, J.E. ; Ichihara, S. ; Ikram, M.A. ; Jöckel, K.H. ; Kardia, S.L.R. ; Karpe, F. ; Kiemeney, L.A.L.M. ; Kirchhof, P. ; Kraaijeveld, A.O. ; Kumari, M. ; Laakso, M. ; Lee, N.R. ; Lehtimäki, T. ; London, B. ; Lubitz, S.A. ; Mitchell, B.D. ; Mitchell, P. ; Nalls, M.A. ; Newton-Cheh, C. ; Niinikoski, H. ; Nikus, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Parra, E.J. ; Pennell, C.E. ; Peters, A. ; Province, M.A. ; Fatumo, S. ; McCaffery, J.M. ; Timpson, N.J. ; Hirschhorn, J.N. ; Sun, Y.V. ; Berndt, S.I. ; Loos, R.J.F.

Polygenic prediction of body mass index and obesity through the life course and across ancestries.
Bioinformatics 41, i314-i322 (2025)

Ouologuem, S. ; Martens, L.D. ; Schaar, A. ; Shulman, M. ; Gagneur, J. ; Theis, F.J.

Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data.
Transl. Psychiatry 15, 12:207 (2025)

Bentley, A.R. ; Brown, M.R. ; Musani, S.K. ; Schwander, K.L. ; Winkler, T.W. ; Sims, M. ; Kilpeläinen, T.O. ; Aschard, H. ; Bartz, T.M. ; Bielak, L.F. ; Chai, J.F. ; Chitrala, K.N. ; Franceschini, N. ; Graff, M. ; Guo, X. ; Hartwig, F.P. ; Horimoto, A.R.V.R. ; Lim, E. ; Liu, Y. ; Manning, A.K. ; Nolte, I.M. ; Noordam, R. ; Richard, M.A. ; Smith, A.V. ; Sung, Y.J. ; Vojinovic, D. ; Wang, R. ; Wang, Y. ; Feitosa, M.F. ; Harris, S.E. ; Lyytikäinen, L.P. ; Pistis, G. ; Rauramaa, R. ; van der Most, P.J. ; Ware, E.B. ; Weiss, S. ; Wen, W. ; Yanek, L.R. ; Arking, D.E. ; Arnett, D.K. ; Ballantyne, C. ; Boerwinkle, E. ; Chen, Y.I. ; Daviglus, M.L. ; de Las Fuentes, L. ; de Vries, P.S. ; Delaney, J.A.C. ; Fretts, A.M. ; Ekunwe, L. ; Faul, J.D. ; Gallo, L.C. ; Heikkinen, S. ; Homuth, G. ; Ikram, M.A. ; Isasi, C.R. ; Jonas, J.B. ; Keltikangas-Järvinen, L. ; Komulainen, P. ; Kraja, A.T. ; Krieger, J.E. ; Launer, L. ; Liu, J. ; Lohman, K. ; Luik, A.I. ; Manichaikul, A.W. ; Marques-Vidal, P. ; Milaneschi, Y. ; Mwasongwe, S.E. ; O'Connell, J.R. ; Rice, K. ; Rich, S.S. ; Schreiner, P.J. ; Schwettmann, L. ; Shikany, J.M. ; Shu, X.O. ; Smith, J.A. ; Snieder, H. ; Sotoodehnia, N. ; Tai, E.S. ; Taylor, K.D. ; Tinker, L.E. ; Tsai, M.Y. ; Uitterlinden, A.G. ; van Duijn, C.M. ; van Heemst, D. ; Waldenberger, M. ; Wallace, R.B. ; Wee, H.L. ; Weir, D.R. ; Wei, W.B. ; Willems van Dijk, K. ; Wilson, G. ; Yao, J. ; Young, K.L. ; Zhang, X. ; Zhao, W. ; Zhu, X. ; Zonderman, A.B. ; Deary, I.J. ; Gieger, C. ; Grabe, H.J. ; Lakka, T.A. ; Lehtimäki, T. ; Oldehinkel, A.J. ; Preisig, M. ; Wang, Y.X. ; Zheng, W. ; Evans, M.K. ; Province, M. ; Gauderman, J. ; Gudnason, V. ; Hartman, C.A. ; Horta, B.L. ; Kardia, S.L.R. ; Kooperberg, C. ; Liu, C.T. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Penninx, B.W. ; Pereira, A.C. ; Peyser, P.A. ; Psaty, B.M. ; Rotter, J.I. ; Sim, X. ; North, K.E. ; Rao, D.C. ; Bierut, L. ; Miller, C.L. ; Morrison, A.C. ; Rotimi, C.N. ; Fornage, M. ; Fox, E.R.

Multi-ancestry genome-wide association analyses incorporating SNP-by-psychosocial interactions identify novel loci for serum lipids.
Mol. Cell 85, 2503-2516.e8 (2025)

Matthews, R.E. ; Danac, J.M.C. ; Naden, E.L. ; Farleigh Smith, L.E. ; Lestari, S. ; Gungi, A. ; Appert, A. ; Buttress, T. ; Verma, A. ; Sinclair, O. ; Chong, F. ; Suberu, J. ; Antrobus, R. ; Bonev, B. ; Dawson, M.A. ; Reid, A.J. ; Timms, R.T. ; Ahringer, J. ; Tchasovnikarova, I.A.

CRAMP1 drives linker histone expression to enable Polycomb repression.
Nature, DOI: 10.1038/s41586-025-09215-4 (2025)

Binz, M. ; Akata, E. ; Bethge, M. ; Brändle, F. ; Callaway, F. ; Coda-Forno, J. ; Dayan, P. ; Demircan, C. ; Eckstein, M.K. ; Éltető, N. ; Griffiths, T.L. ; Haridi, S. ; Jagadish, A.K. ; Ji-An, L. ; Kipnis, A. ; Kumar, S. ; Ludwig, T. ; Mathony. M. ; Mattar, M. ; Modirshanechi, A. ; Nath, S.S. ; Peterson, J.C. ; Rmus, M. ; Russek, E.M. ; Saanum, T. ; Schubert, J.A. ; Schulze Buschoff, L.M. ; Singhi, N. ; Sui, X. ; Thalmann, M. ; Theis, F.J. ; Truong, V. ; Udandarao, V. ; Voudouris, K. ; Wilson, R. ; Witte, K. ; Wu, S. ; Wulff, D.U. ; Xiong, H. ; Schulz, E.

A foundation model to predict and capture human cognition.
Cardiovasc. Diabetol. 24:252 (2025)

Lai, L. ; Juntilla, D.L. ; Gomez Alonso, M.D.C. ; Grallert, H. ; Thorand, B. ; Farzeen, A. ; Rathmann, W. ; Winkelmann, J. ; Prokisch, H. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Correction: Longitudinal association between DNA methylation and type 2 diabetes: Findings from the KORA F4/FF4 study.
Development 152:dev204384 (2025)

Liu, Y.-H. ; Schneider, R.

Histone modifications in development.
Pancreatol. 25, 718-727 (2025)

Schmidt, A.W. ; Demidov, G. ; Krannich, F. ; Heinig, M. ; Ossowski, S. ; Witt, H. ; Rosendahl, J. ; Laumen, H.

Genome-wide discovery of enhancer - promoter interactions in the human pancreas using an improved Activity-By-Contact-based model.
Cancer Cell, DOI: 10.1016/j.ccell.2025.06.004 (2025)

Schweizer, L. ; Kenny, H.A. ; Krishnan, R. ; Kelliher, L. ; Bilecz, A.J. ; Heide, J. ; Donle, L. ; Shimizu, A. ; Metousis, A. ; Mendoza, R. ; Nordmann, T.M. ; Rauch, S. ; Richter, S. ; Li, Y. ; Rosenberger, F.A. ; Strauss, M.T. ; Kurnit, K.C. ; Thielert, M. ; Rodriguez, E. ; Müller-Reif, J.B. ; Yamada, S.D. ; Theis, F.J. ; Mund, A. ; Lastra, R.R. ; Mann, M. ; Lengyel, E.

Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression.

Dreher, S.I. ; Goj, T. ; von Toerne, C. ; Hoene, M. ; Irmler, M. ; Ouni, M. ; Jähnert, M. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Peter, A. ; Moller, A. ; Birkenfeld, A.L. ; Schürmann, A. ; Hauck, S.M. ; Weigert, C.

Sex differences in resting skeletal muscle and the acute and long-term response to endurance exercise in individuals with overweight and obesity.
Cell 188, 4424-4440 (2025)

Trendel, J. ; Trendel, S. ; Sha, S. ; Greulich, F. ; Goll, S. ; Wudy, S.I. ; Kleigrewe, K. ; Kubicek, S. ; Uhlenhaut, N.H. ; Kuster, B.

The human proteome with direct physical access to DNA.
Curr. Opin. Cell Biol. 95:102530 (2025)

Fukagawa, T. ; Torres-Padilla, M.E.

Exploring the cell nucleus: From chromosome structure to single-cell omics.
Cancer Res. 85, SY23 - 01 (2025)

Hains, A.E. ; Marques, J.G. ; Chetal, K. ; Nakatani, T. ; Ettinger, A. ; Biagi, C.A.O.d. ; Gonzalez‐Sandoval, A. ; Pillai, R. ; Gatto, A. ; Torres-Padilla, M.E. ; Sadreyev, R.I. ; Filbin, M.G. ; Rechem, C.V.

Abstract SY23-01: Diffuse midline gliomas: From cell cycle to therapeutic opportunities.
Pneumologie 79, S24 - S25 (2025)

Stoleriu, M.-G. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Schamberger, A.C. ; Heydarian, M. ; Gabriel, C. ; Najak, A. ; Disovic, A. ; Schneider, J. ; Gerckens, M. ; Burgstaller, G. ; Ding, Y. ; Doryab, A. ; Voss, C. ; Ketscher, C. ; Sienel, W. ; Kauke, T. ; Fertmann, J. ; Schneider, C. ; Behr, J. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Schubert, B. ; Hauck, S.M. ; Hatz, R. ; Schmid, O. ; Stöger, T. ; Schiller, H. ; Hilgendorff, A.

Development of advanced in-vitro human bronchial epithelial models and lung cell atlas in COPD enabled by thoracic surgery translational research.
Curr. Opin. Neurobiol. 93:103047 (2025)

Merino, F.L. ; Götz, M.

The role of moonlighting proteins in neurogenesis.
2025 in
In: (The Thirteenth International Conference on Learning Representations (ICLR 2025 Spotlight)). 2025. accepted

Hetzel, L. ; Sommer, J. ; Rieck, B. ; Theis, F.J. ; Günnemann, S.

MAGNet: Motif-agnostic generation of molecules from scaffolds.
2025 in
In:. International Conference on Learning Representations, ICLR, 2025. accepted

Uscidda, T. ; Eyring, L. ; Roth, K. ; Theis, F.J. ; Akata, Z. ; Cuturi, M.C.

Disentangled representation learning with the gromov-monge gap.
In: (International Conference on Research in Computational Molecular Biology). 2025. 285-289 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15647 LNBI)

Inecik, K. ; Kara, A. ; Rose, A. ; Haniffa, M. ; Theis, F.J.

TarDis: Achieving robust and structured disentanglement of multiple covariates.
In: (29th RECOMB 2025). 2025. 345-348 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 15647 LNBI)

Litinetskaya, A. ; Schulman, M. ; Curion, F. ; Szalata, A. ; Omidi, A. ; Lotfollahi, M. ; Theis, F.J.

Integration and querying of multimodal single-cell data with PoE-VAE.
2025 in
(2025)

Papargyriou, A. ; Richter, T. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Reichert, M.

Single cell transcriptomic analysis of epithelial and mesenchymal tumour cells.
2025 in
In: (The Thirteenth International Conference on Learning Representations, ICLR 2025, 24 - 28 April 2025, Singapur). 2025. 6111-6151

Palma, A. ; Richter, T. ; Zhang, H. ; Lubetzk, M. ; Tong, A. ; Dittadi, A. ; Theis, F.J.

Multi-modal and multi-attribute generation of single cells with CFGen.
Nat. Metab., DOI: 10.1038/s42255-025-01308-8 (2025)

Gutgesell, R.M. ; Khalil, A. ; Liskiewicz, A. ; Maity-Kumar, G. ; Novikoff, A. ; Grandl, G. ; Liskiewicz, D. ; Coupland, C. ; Karaoglu, Ö.E. ; Akindehin, S.E. ; Castelino, R.L. ; Curion, F. ; Liu, X. ; García-Cáceres, C. ; Cebrian Serrano, A. ; Douros, J.D. ; Knerr, P.J. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Sloop, K.W. ; Samms, R.J. ; Theis, F.J. ; Tschöp, M.H. ; Müller, T.D.

Publisher Correction: GIPR agonism and antagonism decrease body weight and food intake via different mechanisms in male mice.
Nat. Genet. 57, 1201–1212 (2025)

Xu, Q. ; Halle, L. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Kuijs, M. ; Riedweg, R. ; Kilik, U. ; Recaldin, T. ; Yu, Q. ; Rall, I. ; Frum, T. ; Adam, L. ; Parikh, S. ; Kfuri-Rubens, R. ; Gander, M. ; Klein, D. ; Curion, F. ; He, Z. ; Fleck, J.S. ; Oost, K. ; Kahnwald, M. ; Barbiero, S. ; Mitrofanova, O. ; Maciag, G.J. ; Jensen, K.B. ; Lutolf, M. ; Liberali, P. ; Spence, J.R. ; Gjorevski, N. ; Beumer, J. ; Treutlein, B. ; Theis, F.J. ; Camp, J.G.

An integrated transcriptomic cell atlas of human endoderm-derived organoids.
Phenomics, DOI: 10.1007/s43657-024-00205-6 (2025)

Gao, Z. ; Yan, X. ; Wang-Sattler, R. ; Covic, M. ; Yu, G. ; Ge, F. ; Lin, J. ; Chen, Q. ; Liu, J. ; Sharma, S. ; Molnos, S. ; Kühnel, B. ; Wilson, R. ; Adam, J. ; Brandmaier, S. ; Yu, S. ; Liang, F. ; Gieger, C.

Metabolomics reveals reasons for the efficacy of acupuncture in migraine patients: The role of anaerobic glycolysis and mitochondrial citrate in migraine relief.

Rajić, S. ; Delerue, T. ; Ronkainen, J. ; Zhang, R. ; Ciantar, J. ; Kostiniuk, D. ; Mishra, P.P. ; Lyytikäinen, L.P. ; Mononen, N. ; Kananen, L. ; Peters, A. ; Winkelmann, J. ; Kleber, M.E. ; Lorkowski, S. ; Kähönen, M. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; März, W. ; Harville, E.W. ; Sebert, S. ; Marttila, S. ; Raitoharju, E.

Regulation of nc886 (vtRNA2-1) RNAs is associated with cardiometabolic risk factors and diseases.

Ruß, A.K. ; Schreiber, S. ; Lieb, W. ; Vehreschild, J.J. ; Heuschmann, P.U. ; Illig, T. ; Appel, K.S. ; Vehreschild, M.J.G.T. ; Krefting, D. ; Reinke, L. ; Viebke, A. ; Poick, S. ; Störk, S. ; Reese, J.P. ; Zöller, T. ; Krist, L. ; Ellinghaus, D. ; Fösel, B. ; Gieger, C. ; Lorenz-Depiereux, B. ; Witzenrath, M. ; Anton, G. ; Krawczak, M. ; Heyckendorf, J. ; Bahmer, T.

Genome-wide association study of post COVID-19 syndrome in a population-based cohort in Germany.
Nat. Metab., DOI: 10.1038/s42255-025-01294-x (2025)

Gutgesell, R.M. ; Khalil, A. ; Liskiewicz, A. ; Maity-Kumar, G. ; Novikoff, A. ; Grandl, G. ; Liskiewicz, D. ; Coupland, C. ; Karaoglu, Ö.E. ; Akindehin, S.E. ; Castelino, R.L. ; Curion, F. ; Liu, X. ; García-Cáceres, C. ; Cebrian Serrano, A. ; Douros, J.D. ; Knerr, P.J. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Sloop, K.W. ; Samms, R.J. ; Theis, F.J. ; Tschöp, M.H. ; Müller, T.D.

GIPR agonism and antagonism decrease body weight and food intake via different mechanisms in male mice.
Neuro. Oncol. 27, 2281-2295 (2025)

Ruiz-Moreno, C. ; Salas, S.M. ; Samuelsson, E. ; Minaeva, M. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Grillo, M. ; Brandner, S. ; Roy, A. ; Forsberg-Nilsson, K. ; Kranendonk, M.E.G. ; Theis, F.J. ; Nilsson, M. ; Stunnenberg, H.G.

Charting the single-cell and spatial landscape of IDH-wildtype glioblastoma with GBmap.
Genome Biol. 26:100 (2025)

Maddhesiya, P. ; Lepko, T. ; Steiner‑Mezzardi, A. ; Schneider, J. ; Schwarz, V. ; Merl-Pham, J. ; Berger, F. ; Hauck, S.M. ; Ronfani, L. ; Bianchi, M.E. ; Simon, T. ; Krontira, A. ; Masserdotti, G. ; Götz, M. ; Ninkovic, J.

Hmgb2 improves astrocyte to neuron conversion by increasing the chromatin accessibility of genes associated with neuronal maturation in a proneuronal factor-dependent manner.
Nature 640, 623-633 (2025)

Cui, H. ; Tejada Lapuerta, A. ; Brbic, M. ; Saez-Rodriguez, J. ; Cristea, S. ; Goodarzi, H. ; Lotfollahi, M. ; Theis, F.J. ; Wang, B.

Towards multimodal foundation models in molecular cell biology.
Transl. Psychiatry 15:153 (2025)

Worf, K. ; Matosin, N. ; Gerstner, N. ; Fröhlich, A.S. ; Koller, A.C. ; Degenhardt, F. ; Thiele, H. ; Rietschel, M. ; Udawela, M. ; Scarr, E. ; Dean, B. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Knauer-Arloth, J.

Exon-variant interplay and multi-modal evidence identify endocrine dysregulation in severe psychiatric disorders impacting excitatory neurons.

Birk, S. ; Bonafonte Pardás, I. ; Feriz, A.M. ; Boxall, A. ; Agirre, E. ; Memi, F. ; Maguza, A. ; Yadav, A. ; Armingol, E. ; Fan, R. ; Castelo-Branco, G. ; Theis, F.J. ; Bayraktar, O.A. ; Talavera-López, C. ; Lotfollahi, M.

Quantitative characterization of cell niches in spatially resolved omics data.
Nat. Mach. Intell., DOI: 10.1038/s42256-025-01007-9 (2025)

Consens, M.E. ; Dufault, C. ; Wainberg, M. ; Forster, D. ; Karimzadeh, M. ; Goodarzi, H. ; Theis, F.J. ; Moses, A. ; Wang, B.

Transformers and genome language models.
Nat. Methods 22, 834-844 (2025)

Zappia, L. ; Richter, S. ; Ramirez Suastegui, C. ; Kfuri-Rubens, R. ; Vornholz, L. ; Wang, W. ; Dietrich, O. ; Frishberg, A. ; Luecken, M. ; Theis, F.J.

Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying.
Nat. Methods 22, 813-823 (2025)

Salas, S.M. ; Kuemmerle, L. ; Mattsson-Langseth, C. ; Tismeyer, S. ; Avenel, C. ; Hu, T. ; Rehmann, H. ; Grillo, M. ; Czarnewski, P. ; Helgadottir, S. ; Tiklova, K. ; Andersson, A. ; Rafati, N. ; Chatzinikolaou, M. ; Theis, F.J. ; Luecken, M. ; Wählby, C. ; Ishaque, N. ; Nilsson, M.

Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows.
Sci. Adv. 11:eado1350 (2025)

Neupane, J. ; Lubatti, G. ; Gross-Thebing, T. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Butler, R.H. ; Gross-Thebing, S. ; Dietmann, S. ; Scialdone, A. ; Surani, M.A.

The emergence of human primordial germ cell-like cells in stem cell-derived gastruloids.
Stem Cell Rep. 20:102447 (2025)

Zikmund, T. ; Fiorentino, J. ; Penfold, C. ; Stock, M. ; Shpudeiko, P. ; Agarwal, G. ; Langfeld, L. ; Petrova, K. ; Peshkin, L. ; Hamperl, S. ; Scialdone, A. ; Hörmanseder, E.

Differentiation success of reprogrammed cells is heterogeneous in vivo and modulated by somatic cell identity memory.
Science 388:eadp2959 (2025)

Götz, M. ; Torres-Padilla, M.E.

Stem cells as role models for reprogramming and repair.
Cell 188, DOI: 10.1016/j.cell.2025.03.044 (2025)

Pal, M. ; Schauer, T. ; Burton, A. ; Nakatani, T. ; Pecori, F. ; Hernández-Giménez, A. ; Nadelson, I. ; Marti-Renom, M.A. ; Torres-Padilla, M.E.

The establishment of nuclear organization in mouse embryos is orchestrated by multiple epigenetic pathways.
Dev. Cell 60, 2149-2162 (2025)

Nakatani, T. ; Schauer, T. ; Pal, M. ; Ettinger, A. ; Altamirano-Pacheco, L. ; Zorn, J. ; Gilbert, D.M. ; Torres-Padilla, M.E.

RIF1 controls replication timing in early mouse embryos independently of lamina-associated nuclear organization.
Nat. Rev. Genet. 26, 587–603 (2025)

Burton, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Epigenome dynamics in early mammalian embryogenesis.
Nucleic Acids Res. 53:gkaf235 (2025)

Schmdit, T. ; Wiesbeck, M. ; Egert, L. ; Truong, T.-T. ; Danese, A. ; Voshagen, L. ; Imhof, S. ; Iraci Borgia, M. ; Deeksha ; Neuner, A.M. ; Köferle, A. ; Geerlof, A. ; Mourao, A. ; Stricker, S.H.

Efficient DNA- and virus-free engineering of cellular transcriptomic states using dCas9 ribonucleoprotein (dRNP) complexes.
Diabetes Obes. Metab. 27, 2626-2636 (2025)

Niu, J. ; Adam, J. ; Skurk, T. ; Seissler, J. ; Dong, Q. ; Efiong, E.E. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Sharma, S. ; Grallert, H.

Machine learning approach on plasma proteomics identifies signatures associated with obesity in the KORA FF4 cohort.
Nat. Neurosci. 28, 457-469 (2025)

Bocchi, R. ; Thorwirth, M. ; Simon-Ebert, T. ; Koupourtidou, C. ; Clavreul, S. ; Kolf, K. ; Della Vecchia, P. ; Bottes, S. ; Jessberger, S. ; Zhou, J. ; Wani, G. ; Pilz, G.A. ; Ninkovic, J. ; Buffo, A. ; Sirko, S. ; Götz, M. ; Fischer-Sternjak, J.

Astrocyte heterogeneity reveals region-specific astrogenesis in the white matter.

Han, S. ; Yu, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Ge, J. ; Lin, J. ; Prehn, C. ; Petrera, A. ; Li, Y. ; Sam, F. ; Matullo, G. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Hauck, S.M. ; Herder, C. ; Roden, M. ; Casale, F.P. ; Cai, N. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

LEOPARD: Missing view completion for multi-timepoint omics data via representation disentanglement and temporal knowledge transfer.
Nat. Cell Biol. 27, 384–392 (2025)

Willem, T. ; Shitov, V.A. ; Luecken, M. ; Kilbertus, N. ; Bauer, S. ; Piraud, M. ; Buyx, A. ; Theis, F.J.

Biases in machine-learning models of human single-cell data.

Chew, S.M. ; Teumer, A. ; Matias-Garcia, P.R. ; Gieger, C. ; Winkelmann, J. ; Suhre, K. ; Herder, C. ; Rathmann, W. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Cross-sectional and longitudinal association of seven DNAm-based predictors with metabolic syndrome and type 2 diabetes.
Nat. Genet. 57, 539-547 (2025)

Roselli, C. ; Surakka, I. ; Olesen, M.S. ; Sveinbjornsson, G. ; Marston, N.A. ; Choi, S.H. ; Holm, H. ; Chaffin, M. ; Gudbjartsson, D. ; Hill, M.C. ; Aegisdottir, H. ; Albert, C.M. ; Alonso, A. ; Anderson, C.D. ; Arking, D.E. ; Arnar, D.O. ; Barnard, J. ; Benjamin, E.J. ; Braunwald, E. ; Brumpton, B. ; Campbell, A. ; Chami, N. ; Chasman, D.I. ; Cho, K. ; Choi, E.K. ; Christophersen, I.E. ; Chung, M.K. ; Conen, D. ; Crijns, H.J. ; Cutler, M.J. ; Czuba, T. ; Damrauer, S.M. ; Dichgans, M. ; Dörr, M. ; Dudink, E.A. ; Duong, T. ; Erikstrup, C. ; Esko, T. ; Fatkin, D. ; Faul, J.D. ; Ferreira, M. ; Freitag, D.F. ; Ganesh, S.K. ; Gaziano, J.M. ; Geelhoed, B. ; Ghouse, J. ; Gieger, C. ; Giulianini, F. ; Graham, S.E. ; Gudnason, V. ; Guo, X. ; Haggerty, C. ; Hayward, C. ; Heckbert, S.R. ; Hveem, K. ; Ito, K. ; Johnson, R. ; Jukema, J.W. ; Jurgens, S.J. ; Kääb, S. ; Kane, J.P. ; Kany, S. ; Kardia, S.L.R. ; Kavousi, M. ; Khurshid, S. ; Kamanu, F.K. ; Kirchhof, P. ; Kleber, M.E. ; Knight, S. ; Komuro, I. ; Krieger, J.E. ; Launer, L.J. ; Li, D. ; Lin, H. ; Lin, H.J. ; Loos, R.J.F. ; Lotta, L.A. ; Lubitz, S.A. ; Lunetta, K.L. ; Macfarlane, P.W. ; Magnusson, P.K.E. ; Malik, R. ; Mantineo, H. ; Marcus, G.M. ; März, W. ; McManus, D.D. ; Melander, O. ; Melloni, G.E.M. ; Meyre, P.B. ; Miyazawa, K. ; Mohanty, S. ; Monfort, L.M. ; Müller-Nurasyid, M. ; Nafissi, N.A. ; Natale, A. ; Nazarian, S. ; Ostrowski, S.R. ; Pak, H.N. ; Pang, S. ; Pedersen, O.B. ; Pedersen, N.L. ; Pereira, A.C. ; Pirruccello, J.P. ; Preuss, M. ; Psaty, B.M. ; Pullinger, C.R. ; Rader, D.J. ; Rämö, J.T. ; Ridker, P.M. ; Rienstra, M. ; Risch, L. ; Roden, D.M. ; Rotter, J.I. ; Sabatine, M.S. ; Schunkert, H. ; Shah, S.H. ; Shim, J. ; Shoemaker, M.B. ; Simonson, B. ; Sinner, M.F. ; Smit, R.A.J. ; Smith, J.A. ; Smith, N.L. ; Smith, J.G. ; Soliman, E.Z. ; Sørensen, E. ; Sotoodehnia, N. ; Strbian, D. ; Stricker, B.H. ; Teder-Laving, M. ; Sun, Y.V. ; Thériault, S. ; Thorolfsdottir, R.B. ; Thorsteinsdottir, U. ; Tveit, A. ; van der Harst, P. ; van Meurs, J. ; Wang, B. ; Weiss, S. ; Wells, Q.S. ; Weng, L.C. ; Wilson, P.W. ; Xiao, L. ; Yang, P.S. ; Yao, J. ; Yoneda, Z.T. ; Zeller, T. ; Zeng, L. ; Zhao, W. ; Zhou, X. ; Zöllner, S. ; Ruff, C.T. ; Bundgaard, H. ; Willer, C. ; Stefansson, K. ; Ellinor, P.T.

Meta-analysis of genome-wide associations and polygenic risk prediction for atrial fibrillation in more than 180,000 cases.
Sci. Adv. 11:eadn8631 (2025)

Dony, L. ; Krontira, A.C. ; Kaspar, L. ; Ahmad, R. ; Demirel, I.S. ; Grochowicz, M. ; Schäfer, T. ; Begum, F. ; Sportelli, V. ; Raimundo, C. ; Koedel, M. ; Labeur, M. ; Cappello, S. ; Theis, F.J. ; Cruceanu, C. ; Binder, E.B.

Chronic exposure to glucocorticoids amplifies inhibitory neuron cell fate during human neurodevelopment in organoids.
Mol. Syst. Biol. 21, 214-230 (2025)

Stock, M. ; Losert, C. ; Zambon, M. ; Popp, N. ; Lubatti, G. ; Hörmanseder, E. ; Heinig, M. ; Scialdone, A.

Leveraging prior knowledge to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-sequencing data.
Nat. Genet., DOI: 10.1038/s41588-025-02124-2 (2025)

Tejada Lapuerta, A. ; Bertin, P. ; Bauer, S. ; Aliee, H. ; Bengio, Y. ; Theis, F.J.

Causal machine learning for single-cell genomics.
Nat. Struct. Mol. Biol. 32:405 (2025)

Throll, P. ; G Dolce, L. ; Rico-Lastres, P. ; Arnold, K. ; Tengo, L. ; Basu, S. ; Kaiser, S. ; Schneider, R. ; Kowalinski, E.

Author Correction: Structural basis of tRNA recognition by the m3C RNA methyltransferase METTL6 in complex with SerRS seryl-tRNA synthetase.
Nat. Rev. Cardiol., DOI: 10.1038/s41569-025-01132-3 (2025)

Pekayvaz, K. ; Heinig, M. ; Stark, K.

Predictive cardio-omics: Translating single-cell multiomics into tools for personalized medicine.
Nature, DOI: 10.1038/s41586-025-08720-w (2025)

Keneskhanova, Z. ; McWilliam, K.R. ; Cosentino, R.O. ; Barcons-Simon, A. ; Dobrynin, A. ; Smith, J.E. ; Subota, I. ; Mugnier, M.R. ; Colomé-Tatché, M. ; Siegel, T.N.

Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes.
Nature, DOI: 10.1038/d41586-025-00107-1 (2025)

Klein, D. ; Theis, F.J.

Multimodal cell mapping with optimal transport.
Nature Aging, DOI: 10.1038/s43587-024-00798-7 (2025)

Toghani, D. ; Gupte, S.C. ; Zeng, S. ; Mahammadov, E. ; Crosse, E.I. ; Seyedhassantehrani, N. ; Burns, C. ; Gravano, D. ; Radtke, S. ; Kiem, H.P. ; Rodriguez, S. ; Carlesso, N. ; Pradeep, A. ; Georgiades, A. ; Lucas, F. ; Wilson, N.K. ; Kinston, S.J. ; Göttgens, B. ; Zong, L. ; Beerman, I. ; Park, B. ; Janssens, D.H. ; Jones, D. ; Toghani, A. ; Nerlov, C. ; Pietras, E.M. ; Mesnieres, M. ; Maes, C. ; Kumanogoh, A. ; Worzfeld, T. ; Cheong, J.G. ; Josefowicz, S.Z. ; Kharchenko, P.V. ; Scadden, D.T. ; Scialdone, A. ; Spencer, J.A. ; Silberstein, L.

Niche-derived Semaphorin 4A safeguards functional identity of myeloid-biased hematopoietic stem cells.

Rendo, V. ; Schubert, M. ; Khuu, N. ; Suarez Peredo Rodriguez, M.F. ; Whyte, D. ; Ling, X. ; van den Brink, A. ; Huang, K. ; Swift, M. ; He, Y. ; Zerbib, J. ; Smith, R. ; Raaijmakers, J. ; Bandopadhayay, P. ; Guenther, L.M. ; Hwang, J.H. ; Iniguez, A. ; Moody, S. ; Seo, J.H. ; Stover, E.H. ; Garraway, L. ; Hahn, W.C. ; Stegmaier, K. ; Medema, R.H. ; Chowdhury, D. ; Colomé-Tatché, M. ; Ben-David, U. ; Beroukhim, R. ; Foijer, F.

A compendium of Amplification-Related Gain Of Sensitivity genes in human cancer.
Cell Death Differ. 32, 899-910 (2025)

Antoniolli, M. ; Solovey, M. ; Hildebrand, J.A. ; Freyholdt, T. ; Strobl, C.D. ; Bararia, D. ; Keay, W.D. ; Adolph, L. ; Heide, M. ; Passerini, V. ; Winter, L. ; Wange, L. ; Enard, W. ; Thieme, S. ; Blum, H. ; Rudelius, M. ; Mergner, J. ; Ludwig, C. ; Bultmann, S. ; Schmidt-Supprian, M. ; Leonhardt, H. ; Subklewe, M. ; von Bergwelt-Baildon, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Weigert, O.

ARID1A mutations protect follicular lymphoma from FAS-dependent immune surveillance by reducing RUNX3/ETS1-driven FAS-expression.
Nature 638, 1065–1075 (2025)

Klein, D. ; Palla, G. ; Lange, M. ; Klein, M. ; Piran, Z. ; Gander, M. ; Meng-Papaxanthos, L. ; Sterr, M. ; Saber, L. ; Jing, C. ; Bastidas-Ponce, A. ; Cota, P. ; Tarquis Medina, M. ; Parikh, S. ; Gold, I. ; Lickert, H. ; Bakhti, M. ; Nitzan, M. ; Cuturi, M.C. ; Theis, F.J.

Mapping cells through time and space with moscot.
Nature 640, 782-792 (2025)

Chu, T. ; Wu, M. ; Höllbacher, B. ; de Almeida, G.P. ; Wurmser, C. ; Berner, J. ; Donhauser, L.V. ; Ann-Katrin, G. ; Lin, S. ; Cepeda-Mayorga, J.D. ; Kilb, I.I. ; Bongers, L. ; Toppeta, F. ; Strobl, P. ; Youngblood, B. ; Schulz, A.M. ; Zippelius, A. ; Knolle, P.A. ; Heinig, M. ; Hackstein, C.P. ; Zehn, D.

Precursors of exhausted T cells are preemptively formed in acute infection.
MicroPubl. Biol. 2025, DOI: 10.17912/micropub.biology.001472 (2025)

Al-Refaie, N. ; Padovani, F. ; Schmoller, K.M. ; Cabianca, D.S.

Localization and expression dynamics of an RNA Pol I core subunit in response to fasting in C. elegans.
Cell 188, 1156-1174.e20 (2025)

Oomen, M.E. ; Rodriguez-Terrones, D. ; Kurome, M. ; Zakhartchenko, V. ; Mottes, L. ; Simmet, K. ; Noll, C. ; Nakatani, T. ; Mourra-Díaz, D.M. ; Aksoy, I. ; Savatier, P. ; Goke, J. ; Wolf, E. ; Kaessmann, H. ; Torres-Padilla, M.E.

An atlas of transcription initiation reveals regulatory principles of gene and transposable element expression in early mammalian development.

Hermant, C. ; Mourra-Díaz, D.M. ; Oomen, M.E. ; Altamirano-Pacheco, L. ; Pal, M. ; Nakatani, T. ; Torres-Padilla, M.E.

The transcription factor SRF regulates MERVL retrotransposons and gene expression during zygotic genome activation.
Nucleic Acids Res. 53:gkaf109 (2025)

Werner, M. ; Trauner, M. ; Schauer, T. ; Ummethum, H. ; Márquez-Gómez, E. ; Lalonde, M. ; Lee, C.S.K. ; Tsirkas, I. ; Sajid, A. ; Murriello, A.C. ; Längst, G. ; Hamperl, S.

Transcription-replication conflicts drive R-loop-dependent nucleosome eviction and require DOT1L activity for transcription recovery.
Cardiovasc. Diabetol. 24:19 (2025)

Lai, L. ; Juntilla, D.L. ; Del, M. ; Gomez Alonso, M.D.C. ; Grallert, H. ; Thorand, B. ; Farzeen, A. ; Rathmann, W. ; Winkelmann, J. ; Prokisch, H. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Longitudinal association between DNA methylation and type 2 diabetes: Findings from the KORA F4/FF4 study.
Nature Aging 5:720 (2025)

Toghani, D. ; Gupte, S.C. ; Zeng, S. ; Mahammadov, E. ; Crosse, E.I. ; Seyedhassantehrani, N. ; Burns, C. ; Gravano, D. ; Radtke, S. ; Kiem, H.P. ; Rodriguez, S. ; Carlesso, N. ; Pradeep, A. ; Georgiades, A. ; Lucas, F. ; Wilson, N.K. ; Kinston, S.J. ; Göttgens, B. ; Zong, L. ; Beerman, I. ; Park, B. ; Janssens, D.H. ; Jones, D. ; Toghani, A. ; Nerlov, C. ; Pietras, E.M. ; Mesnieres, M. ; Maes, C. ; Kumanogoh, A. ; Worzfeld, T. ; Cheong, J.G. ; Josefowicz, S.Z. ; Kharchenko, P.V. ; Scadden, D.T. ; Scialdone, A. ; Spencer, J.A. ; Silberstein, L.

Author Correction: Niche-derived Semaphorin 4A safeguards functional identity of myeloid-biased hematopoietic stem cells.
Nat. Mach. Intell., DOI: 10.1038/s42256-024-00934-3 (2025)

Richter, T. ; Bahrami, M. ; Xia, Y. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Delineating the effective use of self-supervised learning in single-cell genomics.
Diabetes Obes. Metab. 27, 338–347 (2025)

Dong, Q. ; Xi, Y. ; Brandmaier, S. ; Fuchs, M. ; Huemer, M.-T. ; Waldenberger, M. ; Niu, J. ; Herder, C. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Koenig, W. ; Bönhof, G.J. ; Gieger, C. ; Thorand, B. ; Peters, A. ; Rospleszcz, S. ; Grallert, H.

Subphenotypes of adult-onset diabetes: Data-driven clustering in the population-based KORA cohort.
2024 in
In: (38th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2024)). 2024.

Klein, D. ; Uscidda, T. ; Theis, F.J. ; Cuturi, M.C.

GENOT: Entropic (Gromov) Wasserstein flow matching with applications to single-cell genomics.
2024 in
In: (ICLR 2024). 2024.

Klein, D. ; Uscidda, T. ; Theis, F.J. ; Cuturi, M.C.

Generative Entropic Neural Optimal Transport To Map Within and Across Space.
2024 in
In: (38th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2024), 9-15 December 2024, Vancouver). 2024.

Szałata, A. ; Benz, A. ; Cannoodt, R. ; Cortes, M. ; Fong, J. ; Kuppasani, S. ; Lieberman, R. ; Liu, T. ; Mas-Rosario, J.A. ; Meinl, R. ; Nourisa, J. ; Tumiel, R. ; Tunjic, T.M. ; Wang, M. ; Weber, N. ; Zhao, H. ; Anchang, B. ; Theis, F.J. ; Luecken, M. ; Burkhardt, D.B.

A benchmark for prediction of transcriptomic responses to chemical perturbations across cell types.
2024 in
In: (38th Conference on Neural Information Processing Systems, NeurIPS 2024, 9-15 December 2024, Vancouver). 2024. accepted ( ; 37)

Ayadi, S. ; Hetzel, L. ; Sommer, J. ; Theis, F.J. ; Günnemann, S.

Unified guidance for geometry-conditioned molecular generation.
2024 in
(2024)

Hingerl, J. ; Martens, Laura D. ; Karollus, A. ; Manz, T. ; Buenrostro, J ; Theis, F.J. ; Gagneur, J.

scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution - Supplementary data
2024 in
In: (12th International Conference on Learning Representations, ICLR 2024, 7-11 May 2024, Hybrid, Vienna). 2024.

Eyring, L. ; Klein, D. ; Uscidda, T. ; Palla, G. ; Kilbertus, N. ; Akata, Z. ; Theis, F.J.

Unbalancedness in Neural Monge Maps Improves Unpaired Domain Translation.

Virshup, I. ; Rybakov, S. ; Theis, F.J. ; Angerer, P. ; Wolf, A.

anndata: Access and store annotated data matrices.
Research Square, DOI: 10.21203/rs.3.rs-5046381/v1 (2024)

Samakovlis, C. ; Firsova, A.B. ; Salas, S.M. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Sountoulidis, A. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Galicia, L.A. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K. ; Timens, W. ; Schiller, H. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C.

Topographic atlas of cell states identifies regional gene expression in the adult human lung.
Neurosci. App. 3, 1:104036 (2024)

Schmidt, S. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Weisenhorn, D.M. ; Wurst, W.

Molecular mechanisms underlying the onset of metabolic deficits in sporadic Parkinson’s disease.
2024 in
Vortrag: ICLR 2024 Workshops (2024)

Hajiramezanali, E. ; Bunne, C. ; Hasanzadeh, A. ; Biancalani, T. ; Nguyen, E. ; Jin, Y. ; Brbic, M. ; Regev, A. ; Theis, F.J.

Machine learning for genomics explorations.
Genome Biol. 25:319 (2024)

Hains, A.E. ; Chetal, K. ; Nakatani, T. ; Marques, J.G. ; Ettinger, A. ; Junior, C.A.O.B. ; Gonzalez-Sandoval, A. ; Pillai, R. ; Filbin, M.G. ; Torres-Padilla, M.E. ; Sadreyev, R.I. ; Van Rechem, C.

Multi-omics approaches reveal that diffuse midline gliomas present altered DNA replication and are susceptible to replication stress therapy.
Nature 633, 47-57 (2024)

IGVF Affiliate Member Projects (Heinig, M.)

Deciphering the impact of genomic variation on function.
Nat. Neurosci., DOI: 10.1038/s41593-024-01858-2 (2024)

Bonev, B. ; Castelo-Branco, G. ; Chen, F. ; Codeluppi, S. ; Corces, M.R. ; Fan, J. ; Heiman, M. ; Harris, K. ; Inoue, F. ; Kellis, M. ; Levine, A.P. ; Lotfollahi, M. ; Luo, C. ; Maynard, K.R. ; Nitzan, M. ; Ramani, V. ; Satijia, R. ; Schirmer, L. ; Shen, Y. ; Sun, N. ; Green, G.S. ; Theis, F. ; Wang, X. ; Welch, J.D. ; Gokce, O. ; Konopka, G. ; Liddelow, S.A. ; Macosko, E. ; Ali Bayraktar, O. ; Habib, N. ; Nowakowski, T.J.

Author Correction: Opportunities and challenges of single-cell and spatially resolved genomics methods for neuroscience discovery.

Nguyen, B.H.P. ; Garger, D. ; Lu, D. ; Maalmi, H. ; Prokisch, H. ; Thorand, B. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Suhre, K. ; Bönhof, G.J. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Grallert, H. ; Ziegler, D. ; Herder, C. ; Menden, M.P.

Interpretable multimodal machine learning (IMML) framework reveals pathological signatures of distal sensorimotor polyneuropathy.
Nucleic Acids Res., DOI: 10.1093/nar/gkae1203 (2024)

Luzak, V. ; Osses, E. ; Danese, A. ; Odendaal, C. ; Cosentino, R.O. ; Stricker, S.H. ; Haanstra, J.R. ; Erhard, F. ; Siegel, T.N.

SLAM-seq reveals independent contributions of RNA processing and stability to gene expression in African trypanosomes.
Cell 187, 7045-7063 (2024)

Bunne, C. ; Roohani, Y. ; Rosen, Y. ; Gupta, A. ; Zhang, X. ; Roed, M. ; Alexandrov, T. ; AlQuraishi, M. ; Brennan, P. ; Burkhardt, D.B. ; Califano, A. ; Cool, J. ; Dernburg, A.F. ; Ewing, K. ; Fox, E.B. ; Haury, M. ; Herr, A.E. ; Horvitz, E. ; Hsu, P.D. ; Jain, V. ; Johnson, G.R. ; Kalil, T. ; Kelley, D.R. ; Kelley, S.O. ; Kreshuk, A. ; Mitchison, T. ; Otte, S. ; Shendure, J. ; Sofroniew, N.J. ; Theis, F.J. ; Theodoris, C.V. ; Upadhyayula, S. ; Valer, M. ; Wang, B. ; Xing, E. ; Yeung-Levy, S. ; Zitnik, M. ; Karaletsos, T. ; Regev, A. ; Lundberg, E. ; Leskovec, J. ; Quake, S.R.

How to build the virtual cell with artificial intelligence: Priorities and opportunities.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02532-y (2024)

Hrovatin, K. ; Sikkema, L. ; Shitov, V.A. ; Heimberg, G. ; Shulman, M. ; Oliver, A.J. ; Müller, M. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Wang, H. ; Ramirez Suastegui, C. ; He, P. ; Schaar, A. ; Teichmann, S.A. ; Theis, F.J. ; Luecken, M.

Considerations for building and using integrated single-cell atlases.
Nature, DOI: 10.1038/s41586-024-08482-x (2024)

He, Z. ; Dony, L. ; Fleck, J.S. ; Szałata, A. ; Li, K. ; Slišković, I. ; Lin, H.C. ; Santel, M. ; Atamian, A. ; Quadrato, G. ; Sun, J. ; Pașca, S.P. ; Camp, J.G. ; Theis, F.J. ; Treutlein, B.

Publisher Correction: An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids.
Nat. Bio. Eng., DOI: 10.1038/s41551-024-01273-9 (2024)

Papargyriou, A. ; Najajreh, M. ; Cook, D.P. ; Maurer, C.H. ; Bärthel, S. ; Messal, H.A. ; Ravichandran, S.K. ; Richter, T. ; Knolle, M. ; Metzler, T. ; Shastri, A.R. ; Öllinger, R. ; Jasper, J. ; Schmidleitner, L. ; Wang, S. ; Schneeweis, C. ; Ishikawa-Ankerhold, H. ; Engleitner, T. ; Mataite, L. ; Semina, M. ; Trabulssi, H. ; Lange, S. ; Ravichandra, A. ; Schuster, M. ; Mueller, S. ; Peschke, K. ; Schäfer, A. ; Dobiasch, S. ; Combs, S.E. ; Schmid, R.M. ; Bausch, A.R. ; Braren, R. ; Heid, I. ; Scheel, C. ; Schneider, G. ; Zeigerer, A. ; Luecken, M. ; Steiger, K. ; Kaissis, G. ; van Rheenen, J. ; Theis, F.J. ; Saur, D. ; Rad, R. ; Reichert, M.

Heterogeneity-driven phenotypic plasticity and treatment response in branched-organoid models of pancreatic ductal adenocarcinoma.
Breathe 20:240056 (2024)

McClean, M. ; Panciu, T.C. ; Lange, C. ; Duarte, R.G. ; Theis, F.J.

Artificial intelligence in tuberculosis: A new ally in disease control.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02555-5 (2024)

Caporale, N. ; Castaldi, D. ; Rigoli, M.T. ; Cheroni, C. ; Valenti, A. ; Stucchi, S. ; Lessi, M. ; Bulgheresi, D. ; Trattaro, S. ; Pezzali, M. ; Vitriolo, A. ; Lopez-Tobon, A. ; Bonfanti, M. ; Ricca, D. ; Schmid, K. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Villa, C.E. ; Testa, G.

Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution.
Cancer Res., DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-24-0456 (2024)

Turnham, R.E. ; Pitea, A. ; Jang, G.M. ; Xu, Z. ; Lim, H.C. ; Choi, A.L. ; Von Dollen, J. ; Levin, R.S. ; Webber, J.T. ; McCarthy, E. ; Hu, J. ; Li, X. ; Che, L. ; Singh, A. ; Yoon, A.J. ; Chan, G. ; Kelley, R.K. ; Swaney, D.L. ; Zhang, W. ; Bandyopadhyay, S. ; Theis, F.J. ; Eckhardt, M. ; Chen, X. ; Shokat, K.M. ; Ideker, T. ; Krogan, N.J. ; Gordan, J.D.

HBV remodels PP2A complexes to rewire kinase signaling in hepatocellular carcinoma.
Cell Rep. Med. 5:101846 (2024)

Ursch, L.T. ; Müschen, J.S. ; Ritter, J. ; Klermund, J. ; Bernard, B.E. ; Kolb, S. ; Warmuth, L. ; Andrieux, G. ; Miller, G. ; Jiménez-Muñoz, M. ; Theis, F.J. ; Boerries, M. ; Busch, D.H. ; Cathomen, T. ; Schumann, K.

Modulation of TCR stimulation and pifithrin-α improves the genomic safety profile of CRISPR-engineered human T cells.
Nat. Neurosci. 27, 2292-2309 (2024)

Bonev, B. ; Gonçalo, C.B. ; Chen, F. ; Codeluppi, S. ; Corces, M.R. ; Fan, J. ; Heiman, M. ; Harris, K. ; Inoue, F. ; Kellis, M. ; Levine, A.P. ; Lotfollahi, M. ; Luo, C. ; Maynard, K.R. ; Nitzan, M. ; Ramani, V. ; Satijia, R. ; Schirmer, L. ; Shen, Y. ; Sun, N. ; Green, G.S. ; Theis, F. ; Wang, X. ; Welch, J.D. ; Gokce, O. ; Konopka, G. ; Liddelow, S.A. ; Macosko, E. ; Bayraktar, O. ; Habib, N. ; Nowakowski, T.J.

Opportunities and challenges of single-cell and spatially resolved genomics methods for neuroscience discovery.

Natarajan, P. ; Koupourtidou, C. ; de Resseguier, T. ; Thorwirth, M. ; Bocchi, R. ; Fischer-Sternjak, J. ; Gleiss, S. ; Rodrigues, D. ; Myoga, M.H. ; Ninkovic, J. ; Masserdotti, G. ; Götz, M.

Single cell deletion of the transcription factors Trps1 and Sox9 in astrocytes reveals novel functions in the adult cerebral cortex.
Nat. Methods 21, 2260–2270 (2024)

Kuemmerle, L. ; Luecken, M. ; Firsova, A.B. ; Barros De Andrade E Sousa, L. ; Straßer, L. ; Mekki, I.I ; Campi, F. ; Heumos, L. ; Shulman, M. ; Beliaeva, V. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Schaar, A. ; Mahbubani, K.T. ; Sountoulidis, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Piraud, M. ; Ertürk, A. ; Samakovlis, C. ; Theis, F.J.

Probe set selection for targeted spatial transcriptomics.
Nature 627, 347-357 (2024)

Suzuki, K. ; Hatzikotoulas, K. ; Southam, L. ; Taylor, H.J. ; Yin, X. ; Lorenz, K.M. ; Mandla, R. ; Huerta-Chagoya, A. ; Melloni, G.E.M. ; Kanoni, S. ; Rayner, N.W. ; Bocher, O. ; Arruda, A.L. ; Sonehara, K. ; Namba, S. ; Lee, S.S.K. ; Preuss, M.H. ; Petty, L.E. ; Schroeder, P. ; Vanderwerff, B.R. ; Kals, M. ; Bragg, F. ; Lin, K. ; Guo, X. ; Zhang, W. ; Yao, J. ; Kim, Y.J. ; Graff, M. ; Takeuchi, F. ; Nano, J. ; Lamri, A. ; Nakatochi, M. ; Moon, S. ; Scott, R.A. ; Cook, J.P. ; Lee, J.J. ; Pan, I. ; Taliun, D. ; Parra, E.J. ; Chai, J.F. ; Bielak, L.F. ; Tabara, Y. ; Hai, Y. ; Thorleifsson, G. ; Grarup, N. ; Sofer, T. ; Wuttke, M. ; Sarnowski, C. ; Gieger, C. ; Nousome, D. ; Trompet, S. ; Kwak, S.H. ; Long, J. ; Sun, M. ; Tong, L. ; Chen, W.M. ; Nongmaithem, S.S. ; Noordam, R. ; Lim, V.J.Y. ; Tam, C.H.T. ; Joo, Y.Y. ; Chen, C.H. ; Raffield, L.M. ; Prins, B.P. ; Nicolas, A. ; Yanek, L.R. ; Chen, G. ; Brody, J.A. ; Kabagambe, E.K. ; An, P. ; Xiang, A.H. ; Choi, H.S. ; Cade, B.E. ; Tan, J. ; Broadaway, K.A. ; Williamson, A. ; Kamali, Z. ; Cui, J. ; Thangam, M. ; Adair, L.S. ; Adeyemo, A. ; Aguilar-Salinas, C.A. ; Ahluwalia, T.S. ; Anand, S.S. ; Bertoni, A.G. ; Bork-Jensen, J. ; Brandslund, I. ; Buchanan, T.A. ; Burant, C.F. ; Butterworth, A.S. ; Canouil, M. ; Chan, J.C.N. ; Chang, L.C. ; Chee, M.L. ; Chen, J. ; Chen, S.H. ; Chen, Y.T. ; Chen, Z. ; Chuang, L.M. ; Cushman, M. ; Danesh, J. ; Das, S.K. ; de Silva, H.J. ; Dedoussis, G. ; Dimitrov, L. ; Doumatey, A.P. ; Du, S. ; Duan, Q. ; Eckardt, K.U. ; Emery, L.S. ; Evans, D.S. ; Evans, M.K. ; Fischer, K. ; Floyd, J.S. ; Ford, I. ; Franco, O.H. ; Frayling, T.M. ; Freedman, B.I. ; Genter, P. ; Gerstein, H.C. ; Giedraitis, V. ; González-Villalpando, C. ; Gonzalez-Villalpando, M.E. ; Gordon-Larsen, P. ; Gross, M. ; Guare, L.A. ; Hackinger, S. ; Hakaste, L. ; Han, S. ; Hattersley, A.T. ; Herder, C. ; Horikoshi, M. ; Howard, A.G. ; Hsueh, W.A. ; Huang, M. ; Huang, W. ; Hung, Y.J. ; Hwang, M.Y. ; Hwu, C.M. ; Ichihara, S. ; Ikram, M.A. ; Ingelsson, M. ; Islam, M.T. ; Isono, M. ; Jang, H.M. ; Jasmine, F. ; Jiang, G. ; Jonas, J.B. ; Jørgensen, T. ; Kamanu, F.K. ; Kandeel, F.R. ; Kasturiratne, A. ; Katsuya, T. ; Kaur, V. ; Kawaguchi, T. ; Keaton, J.M. ; Kho, A.N. ; Khor, C.C. ; Kibriya, M.G. ; Kim, D.H. ; Kronenberg, F. ; Kuusisto, J. ; Läll, K. ; Lange, L.A. ; Lee, K.M. ; Lee, M.S. ; Lee, N.R. ; Leong, A. ; Li, L. ; Li, Y. ; Li-Gao, R. ; Ligthart, S. ; Lindgren, C.M. ; Linneberg, A. ; Liu, C.T. ; Liu, J. ; Locke, A.E. ; Louie, T. ; Luan, J. ; Luk, A.O.Y. ; Luo, X. ; Lv, J. ; Lynch, J.A. ; Lyssenko, V. ; Maeda, S. ; Mamakou, V. ; Mansuri, S.R. ; Matsuda, K. ; Meitinger, T. ; Melander, O. ; Metspalu, A. ; Mo, H. ; Morris, A.D. ; Moura, F.A. ; Nadler, J.L. ; Nalls, M.A. ; Nayak, U. ; Ntalla, I. ; Okada, Y. ; Orozco, L. ; Patel, S.R. ; Patil, S. ; Pei, P. ; Pereira, M.A. ; Peters, A. ; Pirie, F.J. ; Polikowsky, H.G. ; Porneala, B.C. ; Prasad, G. ; Rasmussen-Torvik, L.J. ; Reiner, A.P. ; Roden, M. ; Rohde, R. ; Roll, K. ; Sabanayagam, C. ; Sandow, K. ; Sankareswaran, A. ; Sattar, N. ; Schönherr, S. ; Shahriar, M. ; Shen, B. ; Shi, J. ; Shin, D.M. ; Shojima, N. ; Smith, J.A. ; So, W.Y. ; Stancáková, A. ; Steinthorsdottir, V. ; Stilp, A.M. ; Strauch, K. ; Taylor, K.D. ; Thorand, B. ; Thorsteinsdottir, U. ; Tomlinson, B. ; Tran, T.C. ; Tsai, F.J. ; Tuomilehto, J. ; Tusié-Luna, T. ; Udler, M.S. ; Valladares-Salgado, A. ; van Dam, R.M. ; van Klinken, J.B. ; Varma, R. ; Wacher-Rodarte, N. ; Wheeler, E. ; Wickremasinghe, A.R. ; van Dijk, K.W. ; Witte, D.R. ; Yajnik, C.S. ; Yamamoto, K. ; Yoon, K. ; Yu, C. ; Yuan, J.M. ; Yusuf, S. ; Zawistowski, M. ; Zhang, L. ; Zheng, W. ; Raffel, L.J. ; Igase, M. ; Ipp, E. ; Redline, S. ; Cho, Y.S. ; Lind, L. ; Province, M.A. ; Fornage, M. ; Hanis, C.L. ; Ingelsson, E. ; Zonderman, A.B. ; Psaty, B.M. ; Wang, Y.X. ; Rotimi, C.N. ; Becker, D.M. ; Matsuda, F. ; Liu, Y. ; Yokota, M. ; Kardia, S.L.R. ; Peyser, P.A. ; Pankow, J.S. ; Engert, J.C. ; Bonnefond, A. ; Froguel, P. ; Wilson, J.G. ; Sheu, W.H.H. ; Wu, J.Y. ; Hayes, M.G. ; Ma, R.C.W. ; Wong, T.Y. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Tuomi, T. ; Chandak, G.R. ; Collins, F.S. ; Bharadwaj, D. ; Paré, G. ; Sale, M.M. ; Ahsan, H. ; Motala, A.A. ; Shu, X.O. ; Park, K.S. ; Jukema, J.W. ; Cruz, M. ; Chen, Y.I. ; Rich, S.S. ; McKean-Cowdin, R. ; Grallert, H. ; Cheng, C.Y. ; Ghanbari, M. ; Tai, E.S. ; Dupuis, J. ; Kato, N. ; Laakso, M. ; Köttgen, A. ; Koh, W.P. ; Bowden, D.W. ; Palmer, C.N.A. ; Kooner, J.S. ; Kooperberg, C. ; Liu, S. ; North, K.E. ; Saleheen, D. ; Hansen, T. ; Pedersen, O. ; Wareham, N.J. ; Lee, J. ; Kim, B.J. ; Millwood, I.Y. ; Walters, R.G. ; Stefansson, K. ; Ahlqvist, E. ; Goodarzi, M.O. ; Mohlke, K.L. ; Langenberg, C. ; Haiman, C.A. ; Loos, R.J.F. ; Florez, J.C. ; Rader, D.J. ; Ritchie, M.D. ; Zöllner, S. ; Mägi, R. ; Marston, N.A. ; Ruff, C.T. ; van Heel, D.A. ; Finer, S. ; Denny, J.C. ; Yamauchi, T. ; Kadowaki, T. ; Chambers, J.C. ; Ng, M.C.Y. ; Sim, X. ; Below, J.E. ; Tsao, P.S. ; Chang, K.M. ; McCarthy, M.I. ; Meigs, J.B. ; Mahajan, A. ; Spracklen, C.N. ; Mercader, J.M. ; Boehnke, M. ; Rotter, J.I. ; Vujkovic, M.R. ; Voight, B.F. ; Morris, A.P. ; Zeggini, E.

Genetic drivers of heterogeneity in type 2 diabetes pathophysiology.
Exp. Hematol. 137:104561 (2024)

Porse, B.T. ; Furtwangler, B. ; Uresin, N. ; Richter, S. ; Schuster, M.B. ; Theis, F.J. ; Schoof, E.M.

A single-cell proteomics by mass spectrometry based map of the human CD34+hematopoie tic stem and progenitor cell compartment.

Wiegrebe, S. ; Gorski, M. ; Herold, J.M. ; Stark, K.J. ; Thorand, B. ; Gieger, C. ; Böger, C.A. ; Schödel, J. ; Härtig, F. ; Chen, H. ; Winkler, T.W. ; Küchenhoff, H. ; Heid, I.M.

Analyzing longitudinal trait trajectories using GWAS identifies genetic variants for kidney function decline.
Nature 635, 690-698 (2024)

He, Z. ; Dony, L. ; Fleck, J.S. ; Szałata, A. ; Li, K. ; Slišković, I. ; Lin, H.C. ; Santel, M. ; Atamian, A. ; Quadrato, G. ; Sun, J. ; Pașca, S.P. ; Camp, J.G. ; Theis, F.J. ; Treutlein, B.

An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids.
J. Vis. Exp., DOI: 10.3791/66659:211 (2024)

Losert, C. ; Pekayvaz, K. ; Knottenberg, V. ; Nicolai, L. ; Stark, K. ; Heinig, M.

Application of unsupervised multi-omic factor analysis to uncover patterns of variation and molecular processes linked to cardiovascular disease.
Cell Res., DOI: 10.1038/s41422-024-01045-9 (2024)

Träuble, K. ; Heinig, M.

A cross-species foundation model for single cells.
Genome Biol. 25:277 (2024)

Lange, M. ; Piran, Z. ; Klein, M. ; Spanjaard, B. ; Klein, D. ; Junker, J.P. ; Theis, F.J. ; Nitzan, M.

Mapping lineage-traced cells across time points with moslin.
Clin. Epigenet. 16:149 (2024)

Bui, H. ; Keshawarz, A. ; Wang, M. ; Lee, M. ; Ratliff, S.M. ; Lin, L. ; Birditt, K.S. ; Faul, J.D. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Delerue, T. ; Kardia, S.L.R. ; Zhao, W. ; Guo, X. ; Yao, J. ; Rotter, J.I. ; Li, Y. ; Liu, X. ; Liu, D. ; Tavares, J.F. ; Pehlivan, G. ; Breteler, M.M.B. ; Karabegović, I. ; Ochoa-Rosales, C. ; Voortman, T. ; Ghanbari, M. ; van Meurs, J.B.J. ; Nasr, M.K. ; Dörr, M. ; Grabe, H.J. ; London, S.J. ; Teumer, A. ; Waldenberger, M. ; Weir, D.R. ; Smith, J.A. ; Levy, D. ; Ma, J. ; Liu, C.

Association analysis between an epigenetic alcohol risk score and blood pressure.
EMBO J., DOI: 10.1038/s44318-024-00227-w (2024)

Chatzitheodoridou, D. ; Bureik, D. ; Padovani, F. ; Nadimpalli, K.V. ; Schmoller, K.M.

Decoupled transcript and protein concentrations ensure histone homeostasis in different nutrients.
Cells 13:408 (2024)

Puglisi, M. ; Lao, C.L. ; Wani, G. ; Masserdotti, G. ; Bocchi, R. ; Götz, M.

Comparing viral vectors and fate mapping approaches for astrocyte-to-neuron reprogramming in the injured mouse cerebral cortex.
Nat. Med., DOI: 10.1038/s41591-024-03214-0 (2024)

Heumos, L. ; Ehmele, P. ; Treis, T. ; Upmeier Zu Belzen, J. ; Roellin, E. ; May, L. ; Namsaraeva, A. ; Horlava, N. ; Shitov, V.A. ; Zhang, X. ; Zappia, L. ; Knöll, R. ; Lang, N.J. ; Hetzel, L. ; Virshup, I. ; Sikkema, L. ; Curion, F. ; Eils, R. ; Schiller, H. ; Hilgendorff, A. ; Theis, F.J.

An open-source framework for end-to-end analysis of electronic health record data.
Epigenomics 16, 1061-1065 (2024)

Tvardovskiy, A. ; Lukauskas, S. ; Bartke, T.

Breaking the epigenetic code with MARCS: The Modification Atlas of Regulation by Chromatin States.
Sci. Adv. 10:eadl4374 (2024)

Carper, D. ; Lac, M. ; Coue, M. ; Labour, A. ; Märtens, A. ; Banda, J.A.A. ; Mazeyrie, L. ; Mechta, M. ; Ingerslev, L.R. ; Elhadad, M.A. ; Petit, J.V. ; Maslo, C. ; Monbrun, L. ; Del Carmine, P. ; Sainte-Marie, Y. ; Bourlier, V. ; Laurens, C. ; Mithieux, G. ; Joanisse, D.R. ; Coudray, C. ; Feillet-Coudray, C. ; Montastier, E. ; Viguerie, N. ; Tavernier, G. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Kastenmüller, G. ; Illig, T. ; Lichtinghagen, R. ; Seissler, J. ; Mounier, R. ; Hiller, K. ; Jordan, J. ; Barrès, R. ; Kuhn, M. ; Pesta, D. ; Moro, C.

Loss of atrial natriuretic peptide signaling causes insulin resistance, mitochondrial dysfunction, and low endurance capacity.

Luo, H. ; Petrera, A. ; Hauck, S.M. ; Rathmann, W. ; Herder, C. ; Gieger, C. ; Hoyer, A. ; Peters, A. ; Thorand, B.

Association of plasma proteomics with mortality in individuals with and without type 2 diabetes: Results from two population-based KORA cohort studies.
Nat. Methods 21, 1597-1602 (2024)

Johnston, K.G. ; Grieco, S.F. ; Nie, Q. ; Theis, F.J. ; Xu, X.

Small data methods in omics: The power of one.

Vitacolonna, M. ; Bruch, R. ; Agaçi, A. ; Nürnberg, E. ; Cesetti, T. ; Keller, F. ; Padovani, F. ; Sauer, S. ; Schmoller, K.M. ; Reischl, M. ; Hafner, M. ; Rudolf, R.

A multiparametric analysis including single-cell and subcellular feature assessment reveals differential behavior of spheroid cultures on distinct ultra-low attachment plate types.
In: Chromatin Immunoprecipitation. 2024. 1-16 (Methods Mol. Biol. ; 2846)

Nitsch, S. ; Schneider, R.

Native ChIP: Studying the genome-wide distribution of histone modifications in cells and tissue.
In: Chromatin Immunoprecipitation. 2024. 63-89 (Methods Mol. Biol. ; 2846)

Böckel, C. ; Pastor, X. ; Heinig, M. ; Walzthoeni, T.

Differential analysis of protein-DNA binding using ChIP-seq data.

Fischer, F. ; Fischer, D.S. ; Mukhin, R. ; Isaev, A. ; Biederstedt, E. ; Villani, A.C. ; Theis, F.J.

scTab: Scaling cross-tissue single-cell annotation models.
Nat. Cell Biol., DOI: 10.1038/s41556-024-01512-w (2024)

Al-Refaie, N. ; Padovani, F. ; Hornung, J. ; Pudelko, L ; Binando, F. ; Del Carmen Fabregat, A. ; Zhao, Q. ; Towbin, B.D. ; Cenik, E.S. ; Stroustrup, N. ; Padeken, J. ; Schmoller, K.M. ; Cabianca, D.S.

Fasting shapes chromatin architecture through an mTOR/RNA Pol I axis.

Tschuck, J. ; Padmanabhan Nair, V. ; Galhoz, A. ; Zaratiegui, C. ; Tai, H.-M. ; Ciceri, G. ; Rothenaigner, I. ; Tchieu, J. ; Stockwell, B.R. ; Studer, L. ; Cabianca, D.S. ; Menden, M.P. ; Vincendeau, M. ; Hadian, K.

Suppression of ferroptosis by vitamin A or radical-trapping antioxidants is essential for neuronal development.
Nat. Methods 21, 1430-1443 (2024)

Szałata, A. ; Hrovatin, K. ; Becker, S. ; Tejada Lapuerta, A. ; Cui, H. ; Wang, B. ; Theis, F.J.

Transformers in single-cell omics: A review and new perspectives.
EMBO J., DOI: 10.1038/s44318-024-00183-5 (2024)

Roussou, R. ; Metzler, D. ; Padovani, F. ; Thoma, F. ; Schwarz, R. ; Shraiman, B. ; Schmoller, K.M. ; Osman, C.

Real-time assessment of mitochondrial DNA heteroplasmy dynamics at the single-cell level.
Lancet 403, 1027-1050 (2024)

NCD Risk Factor Collaboration (Döring, A.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Gieger, C.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Heier, M.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Linkohr, B.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Meisinger, C.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Peters, A.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Schneider, A.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Stieber, J.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Stöckl, D.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Thorand, B.) ; NCD Risk Factor Collaboration (Wolf, K.)

Worldwide trends in underweight and obesity from 1990 to 2022: A pooled analysis of 3663 population-representative studies with 222 million children, adolescents, and adults.
Kidney Int. Rep. 9, 1849-1859 (2024)

Ganji-Arjenaki, M. ; Kamali, Z. ; Sardari, S. ; de Borst, M.H. ; Snieder, H. ; International Consortium of Blood Pressure (Gieger, C.) ; International Consortium of Blood Pressure (Peters, A.) ; International Consortium of Blood Pressure (Ried, J.)

Prioritization of kidney cell types highlights myofibroblast cells in regulating human blood pressure.
Dev. Cell 59, 1623-1627 (2024)

Ebisuya, M. ; Rayon, T. ; Diaz-Cuadros, M. ; Chalut, K.J. ; Wu, G. ; Dodd, A.N. ; Torres-Padilla, M.E. ; Levine, M.E. ; Gladyshev, V.N.

Understanding how cells and organisms keep time during development.
Eye, DOI: 10.1038/s41433-024-03264-1 (2024)

Asani, B. ; Holmberg, O. ; Schiefelbein, J.B. ; Hafner, M. ; Herold, T. ; Spitzer, H. ; Siedlecki, J. ; Kern, C. ; Kortuem, K.U. ; Frishberg, A. ; Theis, F.J. ; Priglinger, S.G.

Evaluation of OCT biomarker changes in treatment-naive neovascular AMD using a deep semantic segmentation algorithm.
Nat. Comput. Sci. 4, 367–378 (2024)

Siebenmorgen, T. ; Cardoso Micu Menezes, F.M. ; Benassou, S. ; Merdivan, E. ; Didi, K. ; Mourao, A. ; Kitel, R. ; Liò, P. ; Kesselheim, S. ; Piraud, M. ; Theis, F.J. ; Sattler, M. ; Popowicz, G.M.

MISATO: Machine learning dataset of protein-ligand complexes for structure-based drug discovery.
Cell 187, 4637-4655.e26 (2024)

Simats, A. ; Zhang, S. ; Messerer, D. ; Chong, F. ; Beşkardeş, S. ; Chivukula, A.S. ; Cao, J. ; Besson-Girard, S. ; Montellano, F.A. ; Morbach, C. ; Carofiglio, O. ; Ricci, A. ; Roth, S. ; Llovera, G. ; Singh, R. ; Chen, Y. ; Filser, S. ; Plesnila, N. ; Braun, C. ; Spitzer, H. ; Gokce, O. ; Dichgans, M. ; Heuschmann, P.U. ; Hatakeyama, K. ; Beltrán, E. ; Clauss, S. ; Bonev, B. ; Schulz, C. ; Liesz, A.

Innate immune memory after brain injury drives inflammatory cardiac dysfunction.
Nat. Commun. 15:6190 (2024)

Sheng, X. ; Nenseth, H.Z. ; Qu, S. ; Kuzu, O.F. ; Frahnow, T. ; Simon, L. ; Greene, S. ; Zeng, Q. ; Fazli, L. ; Rennie, P.S. ; Mills, I.G. ; Danielsen, H. ; Theis, F.J. ; Patterson, J.B. ; Jin, Y. ; Saatcioglu, F.

Author Correction: IRE1α-XBP1s pathway promotes prostate cancer by activating c-MYC signaling.
Genes 15:806 (2024)

Palit, S. ; Shrestha, A.K. ; Thapa, S. ; L Grimm, S. ; Coarfa, C. ; Theis, F.J. ; Simon, L.M. ; Shivanna, B.

Leveraging integrated RNA sequencing to decipher adrenomedullin's protective mechanisms in experimental bronchopulmonary dysplasia.
Bioinformatics 40, i548-i557 (2024)

Ali, M. ; Kuijs, M. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Treis, T. ; Hrovatin, K. ; Palla, G. ; Schaar, A. ; Theis, F.J.

GraphCompass: Spatial metrics for differential analyses of cell organization across conditions.
Nat. Genet. 56, 1763-1764 (2024)

Kentistou, K.A. ; Kaisinger, L.R. ; Stankovic, S. ; Vaudel, M. ; Mendes de Oliveira, E. ; Messina, A. ; Walters, R.G. ; Liu, X. ; Busch, A.S. ; Helgason, H. ; Thompson, D.J. ; Santoni, F. ; Petricek, K.M. ; Zouaghi, Y. ; Huang-Doran, I. ; Gudbjartsson, D.F. ; Bratland, E. ; Lin, K. ; Gardner, E.J. ; Zhao, Y. ; Jia, R.Y. ; Terao, C. ; Riggan, M.J. ; Bolla, M.K. ; Yazdanpanah, M. ; Yazdanpanah, N. ; Bradfield, J.P. ; Broer, L. ; Campbell, A. ; Chasman, D.I. ; Cousminer, D.L. ; Franceschini, N. ; Franke, L.H. ; Girotto, G. ; He, C. ; Jarvelin, M.R. ; Joshi, P.K. ; Kamatani, Y. ; Karlsson, R. ; Luan, J. ; Lunetta, K.L. ; Mägi, R. ; Mangino, M. ; Medland, S.E. ; Meisinger, C. ; Noordam, R. ; Nutile, T. ; Concas, M.P. ; Polašek, O. ; Porcu, E. ; Ring, S.M. ; Sala, C. ; Smith, A.V. ; Tanaka, T. ; van der Most, P.J. ; Vitart, V. ; Wang, C.A. ; Willemsen, G. ; Zygmunt, M. ; Ahearn, T.U. ; Andrulis, I.L. ; Anton-Culver, H. ; Antoniou, A.C. ; Auer, P.L. ; Barnes, C.L.K. ; Beckmann, M.W. ; Berrington de Gonzalez, A. ; Bogdanova, N.V. ; Bojesen, S.E. ; Brenner, H. ; Buring, J.E. ; Canzian, F. ; Chang-Claude, J. ; Couch, F.J. ; Cox, A. ; Crisponi, L. ; Czene, K. ; Daly, M.B. ; Demerath, E.W. ; Dennis, J. ; Devilee, P. ; de Vivo, I. ; Dörk, T. ; Dunning, A.M. ; Dwek, M. ; Eriksson, J.G. ; Fasching, P.A. ; Fernández-Rhodes, L. ; Ferreli, L. ; Fletcher, O. ; Gago-Dominguez, M. ; Garcia-Closas, M. ; García-Sáenz, J.A. ; González-Neira, A. ; Grallert, H. ; Guénel, P. ; Haiman, C.A. ; Hall, P. ; Hamann, U. ; Hakonarson, H. ; Hart, R.J. ; Hickey, M. ; Hooning, M.J. ; Hoppe, R. ; Hopper, J.L. ; Hottenga, J.J. ; Hu, F.B. ; Huebner, H. ; Hunter, D.J. ; Jernström, H. ; John, E.M. ; Karasik, D. ; Khusnutdinova, E.K. ; Kristensen, V.N. ; Lacey, J.V. ; Lambrechts, D. ; Launer, L.J. ; Lind, P.A. ; Lindblom, A. ; Magnusson, P.K.E. ; Mannermaa, A. ; McCarthy, M.I. ; Meitinger, T. ; Menni, C. ; Michailidou, K. ; Millwood, I.Y. ; Milne, R.L. ; Montgomery, G.W. ; Nevanlinna, H. ; Nolte, I.M. ; Nyholt, D.R. ; Obi, N. ; O'Brien, K.M. ; Offit, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Ostrowski, S.R. ; Palotie, A. ; Pedersen, O.B. ; Peters, A. ; Pianigiani, G. ; Plaseska-Karanfilska, D. ; Pouta, A. ; Pozarickij, A. ; Radice, P. ; Rennert, G. ; Rosendaal, F.R. ; Ruggiero, D. ; Saloustros, E. ; Sandler, D.P. ; Schipf, S. ; Schmidt, C.O. ; Schmidt, M.K. ; Small, K. ; Spedicati, B. ; Stampfer, M. ; Stone, J. ; Tamimi, R.M. ; Teras, L.R. ; Tikkanen, E. ; Turman, C. ; Vachon, C.M. ; Wang, Q. ; Winqvist, R. ; Wolk, A. ; Zemel, B.S. ; Zheng, W. ; van Dijk, K.W. ; Alizadeh, B.Z. ; Bandinelli, S. ; Boerwinkle, E. ; Boomsma, D.I. ; Ciullo, M. ; Chenevix-Trench, G. ; Cucca, F. ; Esko, T. ; Gieger, C. ; Grant, S.F.A. ; Gudnason, V. ; Hayward, C. ; Kolcic, I. ; Kraft, P. ; Lawlor, D.A. ; Martin, N.G. ; Nøhr, E.A. ; Pedersen, N.L. ; Pennell, C.E. ; Ridker, P.M. ; Robino, A. ; Snieder, H. ; Sovio, U. ; Spector, T.D. ; Stöckl, D. ; Sudlow, C. ; Timpson, N.J. ; Toniolo, D. ; Uitterlinden, A. ; Ulivi, S. ; Völzke, H. ; Wareham, N.J. ; Widen, E. ; Wilson, J.F. ; Pharoah, P.D.P. ; Li, L. ; Easton, D.F. ; Njølstad, P.R. ; Sulem, P. ; Murabito, J.M. ; Murray, A. ; Manousaki, D. ; Juul, A. ; Erikstrup, C. ; Stefansson, K. ; Horikoshi, M. ; Chen, Z. ; Farooqi, I.S. ; Pitteloud, N. ; Johansson, S. ; Day, F.R. ; Perry, J.R.B. ; Ong, K.K.

Publisher Correction: Understanding the genetic complexity of puberty timing across the allele frequency spectrum.
Nature 631, 645-653 (2024)

Gaertner, F. ; Ishikawa-Ankerhold, H. ; Stutte, S. ; Fu, W. ; Weitz, J. ; Dueck, A. ; Nelakuditi, B. ; Fumagalli, V. ; van den Heuvel, D. ; Belz, L. ; Sobirova, G. ; Zhang, Z. ; Titova, A. ; Navarro, A.M. ; Pekayvaz, K. ; Lorenz, M. ; von Baumgarten, L. ; Kranich, J. ; Straub, T. ; Popper, B. ; Zheden, V. ; Kaufmann, W.A. ; Guo, C. ; Piontek, G. ; von Stillfried, S. ; Boor, P. ; Colonna, M. ; Clauß, S. ; Schulz, C. ; Brocker, T. ; Walzog, B. ; Scheiermann, C. ; Aird, W.C. ; Nerlov, C. ; Stark, K. ; Petzold, T. ; Engelhardt, S. ; Sixt, M. ; Hauschild, R. ; Rudelius, M. ; Oostendorp, R.A.J. ; Iannacone, M. ; Heinig, M. ; Massberg, S.

Plasmacytoid dendritic cells control homeostasis of megakaryopoiesis.
Genome Biol. 25:181 (2024)

Curion, F. ; Rich-Griffin, C. ; Agarwal, D. ; Ouologuem, S. ; Rue-Albrecht, K. ; May, L. ; Garcia, G.E.L. ; Heumos, L. ; Thomas, T. ; Lason, W. ; Sims, D. ; Theis, F.J. ; Dendrou, C.A.

Panpipes: A pipeline for multiomic single-cell and spatial transcriptomic data analysis.
Nat. Neurosci. 27, 1260–1273 (2024)

Pereira, A. ; Diwakar, S.J. ; Masserdotti, G. ; Beşkardeş, S. ; Simon, T. ; So, Y. ; Martín-Loarte, L. ; Bergemann, F. ; Vasan, L. ; Schauer, T. ; Danese, A. ; Bocchi, R. ; Colomé-Tatché, M. ; Schuurmans, C. ; Philpott, A. ; Straub, T. ; Bonev, B. ; Götz, M.

Direct neuronal reprogramming of mouse astrocytes is associated with multiscale epigenome remodeling and requires Yy1.
Nat. Genet. 56, 1397–1411 (2024)

Kentistou, K.A. ; Kaisinger, L.R. ; Stankovic, S. ; Vaudel, M. ; Mendes de Oliveira, E. ; Messina, A. ; Walters, R.G. ; Liu, X. ; Busch, A.S. ; Helgason, H. ; Thompson, D.J. ; Santoni, F. ; Petricek, K.M. ; Zouaghi, Y. ; Huang-Doran, I. ; Gudbjartsson, D.F. ; Bratland, E. ; Lin, K. ; Gardner, E.J. ; Zhao, Y. ; Jia, R.Y. ; Terao, C. ; Riggan, M.J. ; Bolla, M.K. ; Yazdanpanah, M. ; Yazdanpanah, N. ; Bradfield, J.P. ; Broer, L. ; Campbell, A. ; Chasman, D.I. ; Cousminer, D.L. ; Franceschini, N. ; Franke, L.H. ; Girotto, G. ; He, C. ; Järvelin, M.R. ; Joshi, P.K. ; Kamatani, Y. ; Karlsson, R. ; Luan, J. ; Lunetta, K.L. ; Mägi, R. ; Mangino, M. ; Medland, S.E. ; Meisinger, C. ; Noordam, R. ; Nutile, T. ; Concas, M.P. ; Polašek, O. ; Porcu, E. ; Ring, S.M. ; Sala, C. ; Smith, A.V. ; Tanaka, T. ; van der Most, P.J. ; Vitart, V. ; Wang, C.A. ; Willemsen, G. ; Zygmunt, M. ; Ahearn, T.U. ; Andrulis, I.L. ; Anton-Culver, H. ; Antoniou, A.C. ; Auer, P.L. ; Barnes, C.L.K. ; Beckmann, M.W. ; Berrington de Gonzalez, A. ; Bogdanova, N.V. ; Bojesen, S.E. ; Brenner, H. ; Buring, J.E. ; Canzian, F. ; Chang-Claude, J. ; Couch, F.J. ; Cox, A. ; Crisponi, L. ; Czene, K. ; Daly, M.B. ; Demerath, E.W. ; Dennis, J. ; Devilee, P. ; de Vivo, I. ; Dörk, T. ; Dunning, A.M. ; Dwek, M. ; Eriksson, J.G. ; Fasching, P.A. ; Fernández-Rhodes, L. ; Ferreli, L. ; Fletcher, O. ; Gago-Dominguez, M. ; Garcia-Closas, M. ; García-Sáenz, J.A. ; González-Neira, A. ; Grallert, H. ; Guénel, P. ; Haiman, C.A. ; Hall, P. ; Hamann, U. ; Hakonarson, H. ; Hart, R.J. ; Hickey, M. ; Hooning, M.J. ; Hoppe, R. ; Hopper, J.L. ; Hottenga, J.J. ; Hu, F.B. ; Huebner, H. ; Hunter, D.J. ; Jernström, H. ; John, E.M. ; Karasik, D. ; Khusnutdinova, E.K. ; Kristensen, V.N. ; Lacey, J.V. ; Lambrechts, D. ; Launer, L.J. ; Lind, P.A. ; Lindblom, A. ; Magnusson, P.K.E. ; Mannermaa, A. ; McCarthy, M.I. ; Meitinger, T. ; Menni, C. ; Michailidou, K. ; Millwood, I.Y. ; Milne, R.L. ; Montgomery, G.W. ; Nevanlinna, H. ; Nolte, I.M. ; Nyholt, D.R. ; Obi, N. ; O'Brien, K.M. ; Offit, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Ostrowski, S.R. ; Palotie, A. ; Pedersen, O.B. ; Peters, A. ; Pianigiani, G. ; Plaseska-Karanfilska, D. ; Pouta, A. ; Pozarickij, A. ; Radice, P. ; Rennert, G. ; Rosendaal, F.R. ; Ruggiero, D. ; Saloustros, E. ; Sandler, D.P. ; Schipf, S. ; Schmidt, C.O. ; Schmidt, M.K. ; Small, K. ; Spedicati, B. ; Stampfer, M. ; Stone, J. ; Tamimi, R.M. ; Teras, L.R. ; Tikkanen, E. ; Turman, C. ; Vachon, C.M. ; Wang, Q. ; Winqvist, R. ; Wolk, A. ; Zemel, B.S. ; Zheng, W. ; van Dijk, K.W. ; Alizadeh, B.Z. ; Bandinelli, S. ; Boerwinkle, E. ; Boomsma, D.I. ; Ciullo, M. ; Chenevix-Trench, G. ; Cucca, F. ; Esko, T. ; Gieger, C. ; Grant, S.F.A. ; Gudnason, V. ; Hayward, C. ; Kolčić, I. ; Kraft, P. ; Lawlor, D.A. ; Martin, N.G. ; Nøhr, E.A. ; Pedersen, N.L. ; Pennell, C.E. ; Ridker, P.M. ; Robino, A. ; Snieder, H. ; Sovio, U. ; Spector, T.D. ; Stöckl, D. ; Sudlow, C. ; Timpson, N.J. ; Toniolo, D. ; Uitterlinden, A. ; Ulivi, S. ; Völzke, H. ; Wareham, N.J. ; Widen, E. ; Wilson, J.F. ; Pharoah, P.D.P. ; Li, L. ; Easton, D.F. ; Njølstad, P.R. ; Sulem, P. ; Murabito, J.M. ; Murray, A. ; Manousaki, D. ; Juul, A. ; Erikstrup, C. ; Stefansson, K. ; Horikoshi, M. ; Chen, Z. ; Farooqi, I.S. ; Pitteloud, N. ; Johansson, S. ; Day, F.R. ; Perry, J.R.B. ; Ong, K.K.

Understanding the genetic complexity of puberty timing across the allele frequency spectrum.

Drost, F. ; An, Y. ; Bonafonte Pardás, I. ; Dratva, L.M. ; Lindeboom, R.G.H. ; Haniffa, M. ; Teichmann, S.A. ; Theis, F.J. ; Lotfollahi, M. ; Schubert, B.

Multi-modal generative modeling for joint analysis of single-cell T cell receptor and gene expression data.
Genome Biol. 25:109 (2024)

Curion, F. ; Wu, X. ; Heumos, L. ; Gonzales André, M.M. ; Halle, L. ; Ozols, M. ; Grant-Peters, M. ; Rich-Griffin, C. ; Yeung, H.Y. ; Dendrou, C.A. ; Schiller, H. ; Theis, F.J.

hadge: A comprehensive pipeline for donor deconvolution in single-cell studies.

Ziegler, D. ; Thorand, B. ; Strom, A. ; Bönhof, G.J. ; Knebel, B. ; Schleicher, E. ; Rathmann, W. ; Herder, C. ; Maalmi, H. ; Gieger, C. ; Heier, M. ; Meisinger, C. ; Roden, M. ; Peters, A. ; Grallert, H.

Association of transketolase polymorphisms with diabetic polyneuropathy in the general population: The KORA F4 study.
Metabolites 14:258 (2024)

Yu, S. ; Han, S. ; Shi, M. ; Harada, M. ; Ge, J. ; Li, X. ; Cai, X. ; Heier, M. ; Kastenmüller, G. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Koenig, W. ; Rathmann, W. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Prediction of myocardial infarction using a combined generative adversarial network model and feature-enhanced loss function.
Biomolecules 14:662 (2024)

Lai, L. ; Matias-Garcia, P.R. ; Kretschmer, A. ; Gieger, C. ; Wilson, R. ; Linseisen, J. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Smoking-induced DNA hydroxymethylation signature is less pronounced than true DNA methylation: The population-based KORA Fit cohort
In: Proceedings of Machine Learning Research (27th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS), MAY 02-04, 2024, Valencia, SPAIN). 2024. 3664-3672 (Int. Conf. art. intell. stat. ; 238)

Engelmann, J.P. ; Palma, A. ; Tomczak, J.M. ; Theis, F.J. ; Casale, F.P.

Mixed models with multiple instance learning.
Nat. Struct. Mol. Biol., DOI: 10.1038/s41594-024-01341-3 (2024)

Throll, P. ; G Dolce, L. ; Rico-Lastres, P. ; Arnold, K. ; Tengo, L. ; Basu, S. ; Kaiser, S. ; Schneider, R. ; Kowalinski, E.

Structural basis of tRNA recognition by the m3C RNA methyltransferase METTL6 in complex with SerRS seryl-tRNA synthetase.
Redox Biol. 75:103211 (2024)

Berndt, C. ; Alborzinia, H. ; Amen, V.S. ; Ayton, S. ; Barayeu, U. ; Bartelt, A. ; Bayir, H. ; Bebber, C.M. ; Birsoy, K. ; Böttcher, J.P. ; Brabletz, S. ; Brabletz, T. ; Brown, A.R. ; Brüne, B. ; Bulli, G. ; Bruneau, A. ; Chen, Q. ; DeNicola, G.M. ; Dick, T.P. ; Distéfano, A. ; Dixon, S.J. ; Engler, J.B. ; Esser-von Bieren, J. ; Fedorova, M. ; Friedmann Angeli, J.P. ; Friese, M.A. ; Fuhrmann, D.C. ; García-Sáez, A.J. ; Garbowicz, K. ; Götz, M. ; Gu, W. ; Hammerich, L. ; Hassannia, B. ; Jiang, X. ; Jeridi, A. ; Kang, Y.P. ; Kagan, V.E. ; Konrad, D.B. ; Kotschi, S. ; Lei, P. ; Le Tertre, M. ; Lev, S. ; Liang, D. ; Linkermann, A. ; Lohr, C. ; Lorenz, S. ; Luedde, T. ; Methner, A. ; Michalke, B. ; Milton, A.V. ; Min, J. ; Mishima, E. ; Müller, S. ; Motohashi, H. ; Muckenthaler, M.U. ; Murakami, S. ; Olzmann, J.A. ; Pagnussat, G.C. ; Pan, Z. ; Papagiannakopoulos, T. ; Pedrera Puentes, L. ; Pratt, D.A. ; Proneth, B. ; Ramsauer, L. ; Rodriguez, R. ; Saito, Y. ; Schmidt, F. ; Schmitt, C. ; Schulze, A. ; Schwab, A. ; Schwantes, A. ; Soula, M. ; Spitzlberger, B. ; Stockwell, B.R. ; Thewes, L. ; Thorn-Seshold, O. ; Toyokuni, S. ; Tonnus, W. ; Trumpp, A. ; Vandenabeele, P. ; Vanden Berghe, T. ; Venkataramani, V. ; Vogel, F.C.E. ; von Karstedt, S. ; Wang, F. ; Westermann, F. ; Wientjens, C. ; Wilhelm, C. ; Wölk, M. ; Wu, K. ; Yang, X. ; Yu, F. ; Zou, Y. ; Conrad, M.

Ferroptosis in health and disease.

van Blokland, I.V. ; Oelen, R. ; Groot, H.E. ; Benjamins, J.W. ; Pekayvaz, K. ; Losert, C. ; Knottenberg, V. ; Heinig, M. ; Nicolai, L. ; Stark, K. ; van der Harst, P. ; Franke, L. ; van der Wijst, M.G.P.

Single-cell dissection of the immune response after acute myocardial infarction.
Physiol. Rev. 104, 1679-1717 (2024)

Chadha, Y. ; Khurana, A. ; Schmoller, K.M.

Eukaryotic cell size regulation and its implications for cellular function and dysfunction.
Dev. Cell 59, 2347-2363.e9 (2024)

Thowfeequ, S. ; Fiorentino, J. ; Hu, D. ; Solovey, M. ; Ruane, S. ; Whitehead, M. ; Zhou, F. ; Godwin, J. ; Mateo-Otero, Y. ; Vanhaesebroeck, B. ; Scialdone, A. ; Srinivas, S.

An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration.
Nat. Cell Biol. 26, 962-974 (2024)

Liu, B. ; He, Y. ; Wu, X. ; Lin, Z. ; Ma, J. ; Qiu, Y. ; Xiang, Y. ; Kong, F. ; Lai, F. ; Pal, M. ; Wang, P. ; Ming, J. ; Zhang, B. ; Wang, Q. ; Wu, J. ; Xia, W. ; Shen, W. ; Na, J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Li, J. ; Xie, W.

Mapping putative enhancers in mouse oocytes and early embryos reveals TCF3/12 as key folliculogenesis regulators.
Nat. Genet. 56, 1090-1099 (2024)

Schormair, B. ; Zhao, C. ; Bell, S. ; Didriksen, M. ; Nawaz, M.S. ; Schandra, N. ; Stefani, A. ; Högl, B. ; Dauvilliers, Y. ; Bachmann, C.G. ; Kemlink, D. ; Sonka, K. ; Paulus, W. ; Trenkwalder, C. ; Oertel, W.H. ; Hornyak, M. ; Teder-Laving, M. ; Metspalu, A. ; Hadjigeorgiou, G.M. ; Polo, O. ; Fietze, I. ; Ross, O.A. ; Wszolek, Z.K. ; Ibrahim, A. ; Bergmann, M. ; Kittke, V. ; Harrer, P. ; Dowsett, J. ; Chenini, S. ; Ostrowski, S.R. ; Sørensen, E. ; Erikstrup, C. ; Pedersen, O.B. ; Topholm Bruun, M. ; Nielsen, K.R. ; Butterworth, A.S. ; Soranzo, N. ; Ouwehand, W.H. ; Roberts, D.J. ; Danesh, J. ; Burchell, B. ; Furlotte, N.A. ; Nandakumar, P. ; Earley, C.J. ; Ondo, W.G. ; Xiong, L. ; Desautels, A. ; Perola, M. ; Vodicka, P. ; Dina, C. ; Stoll, M. ; Franke, A. ; Lieb, W. ; Stewart, A.F.R. ; Shah, S.H. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Rye, D.B. ; Rouleau, G.A. ; Berger, K. ; Stefansson, H. ; Ullum, H. ; Stefansson, K. ; Hinds, D.A. ; di Angelantonio, E. ; Oexle, K. ; Winkelmann, J.

Genome-wide meta-analyses of restless legs syndrome yield insights into genetic architecture, disease biology and risk prediction.
Cardiovasc. Diabetol. 23:199 (2024)

Harada, M. ; Adam, J. ; Covic, M. ; Ge, J. ; Brandmaier, S. ; Muschet, C. ; Huang, J. ; Han, S. ; Rommel, M. ; Rotter, M. ; Heier, M. ; Mohney, R.P. ; Krumsiek, J. ; Kastenmüller, G. ; Rathmann, W. ; Zou, Z. ; Zukunft, S. ; Scheerer, M.F. ; Neschen, S. ; Adamski, J. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Ankerst, D.P. ; Meitinger, T. ; Alderete, T.L. ; Hrabě de Angelis, M. ; Suhre, K. ; Wang-Sattler, R.

Bidirectional modulation of TCA cycle metabolites and anaplerosis by metformin and its combination with SGLT2i.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02303-9 (2024)

Weiler, P. ; Lange, M. ; Klein, M. ; Pe'er, D. ; Theis, F.J.

CellRank 2: Unified fate mapping in multiview single-cell data.

Cao, X. ; Huber, S. ; Ahari, A.J. ; Traube, F.R. ; Seifert, M. ; Oakes, C.C. ; Secheyko, P. ; Vilov, S. ; Scheller, I.F. ; Wagner, N. ; Yépez, V.A. ; Blombery, P. ; Haferlach, T. ; Heinig, M. ; Wachutka, L. ; Hutter, S. ; Gagneur, J.

Analysis of 3760 hematologic malignancies reveals rare transcriptomic aberrations of driver genes.
Nat. Med. 30, 1696-1710 (2024)

Pekayvaz, K. ; Losert, C. ; Knottenberg, V. ; Gold, C. ; van Blokland, I.V. ; Oelen, R. ; Groot, H.E. ; Benjamins, J.W. ; Brambs, S. ; Kaiser, R. ; Gottschlich, A. ; Hoffmann, G.V. ; Eivers, L. ; Martinez-Navarro, A. ; Bruns, N. ; Stiller, S. ; Akgöl, S. ; Yue, K. ; Polewka, V. ; Escaig, R. ; Joppich, M. ; Janjic, A. ; Popp, O. ; Kobold, S. ; Petzold, T. ; Zimmer, R. ; Enard, W. ; Saar, K. ; Mertins, P. ; Huebner, N. ; van der Harst, P. ; Franke, L.H. ; van der Wijst, M.G.P. ; Massberg, S. ; Heinig, M. ; Nicolai, L. ; Stark, K.

Multiomic analyses uncover immunological signatures in acute and chronic coronary syndromes.
Cardiovasc. Diabetol. 23:181 (2024)

Elhadad, M.A. ; Gomez Alonso, M.D.C. ; Chen, C.-W- ; Neumeyer, S. ; Delerue, T. ; Rathmann, W. ; Näbauer, M. ; Meisinger, C. ; Kääb, S. ; Seissler, J. ; Graumann, J. ; Koenig, W. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Völker, U. ; Peters, A. ; Hammer, E. ; Waldenberger, M.

Plasma proteome association with coronary heart disease and carotid intima media thickness: Results from the KORA F4 study.
Nucleic Acids Res. 52, 6129-6144 (2024)

Stadler, M. ; Lukauskas, S. ; Bartke, T. ; Müller, C.L.

asteRIa enables robust interaction modeling between chromatin modifications and epigenetic readers.
Nat. Genet. 56, 778-791 (2024)

Keaton, J.M. ; Kamali, Z. ; Xie, T. ; Vaez, A. ; Williams, A. ; Goleva, S.B. ; Ani, A. ; Evangelou, E. ; Hellwege, J.N. ; Yengo, L. ; Young, W.J. ; Traylor, M. ; Giri, A. ; Zheng, Z. ; Zeng, J. ; Chasman, D.I. ; Morris, A.P. ; Caulfield, M.J. ; Hwang, S.J. ; Kooner, J.S. ; Conen, D. ; Attia, J.R. ; Morrison, A.C. ; Loos, R.J.F. ; Kristiansson, K. ; Schmidt, R. ; Hicks, A.A. ; Pramstaller, P.P. ; Nelson, C.P. ; Samani, N.J. ; Risch, L. ; Gyllensten, U. ; Melander, O. ; Riese, H. ; Wilson, J.F. ; Campbell, H. ; Rich, S.S. ; Psaty, B.M. ; Lu, Y. ; Rotter, J.I. ; Guo, X. ; Rice, K.M. ; Vollenweider, P. ; Sundström, J. ; Langenberg, C. ; Tobin, M.D. ; Giedraitis, V. ; Luan, J. ; Tuomilehto, J. ; Kutalik, Z. ; Ripatti, S. ; Salomaa, V. ; Girotto, G. ; Trompet, S. ; Jukema, J.W. ; van der Harst, P. ; Ridker, P.M. ; Giulianini, F. ; Vitart, V. ; Goel, A. ; Watkins, H. ; Harris, S.E. ; Deary, I.J. ; van der Most, P.J. ; Oldehinkel, A.J. ; Keavney, B.D. ; Hayward, C. ; Campbell, A. ; Boehnke, M. ; Scott, L.J. ; Boutin, T. ; Mamasoula, C. ; Järvelin, M.R. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Lakatta, E.G. ; Cucca, F. ; Hui, J. ; Knekt, P. ; Enroth, S. ; de Borst, M.H. ; Polašek, O. ; Concas, M.P. ; Catamo, E. ; Cocca, M. ; Li-Gao, R. ; Hofer, E. ; Schmidt, H. ; Spedicati, B. ; Waldenberger, M. ; Strachan, D.P. ; Laan, M. ; Teumer, A. ; Dörr, M. ; Gudnason, V. ; Cook, J.P. ; Ruggiero, D. ; Kolcic, I. ; Boerwinkle, E. ; Traglia, M. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Johnson, A.D. ; Newton-Cheh, C. ; Brown, M.J. ; Dominiczak, A.F. ; Sever, P.J. ; Poulter, N. ; Chambers, J.C. ; Elosua, R. ; Siscovick, D. ; Esko, T. ; Metspalu, A. ; Strawbridge, R.J. ; Laakso, M. ; Hamsten, A. ; Hottenga, J.J. ; de Geus, E. ; Morris, A.D. ; Palmer, C.N.A. ; Nolte, I.M. ; Milaneschi, Y. ; Marten, J. ; Wright, A. ; Zeggini, E. ; Howson, J.M.M. ; O'Donnell, C.J. ; Spector, T. ; Nalls, M.A. ; Simonsick, E.M. ; Liu, Y. ; van Duijn, C.M. ; Butterworth, A.S. ; Danesh, J.N. ; Menni, C. ; Wareham, N.J. ; Khaw, K.T. ; Sun, Y.V. ; Wilson, P.W.F. ; Cho, K. ; Visscher, P.M. ; Denny, J.C. ; Levy, D. ; Edwards, T.L. ; Munroe, P.B. ; Snieder, H. ; Warren, H.R.

Genome-wide analysis in over 1 million individuals of European ancestry yields improved polygenic risk scores for blood pressure traits.
Cell 187, 2343-2358 (2024)

Lotfollahi, M. ; Hao, Y. ; Theis, F.J. ; Satija, R.

The future of rapid and automated single-cell data analysis using reference mapping.
J. Cell Biol. 223:e202309027 (2024)

Chen, Y.-L. ; Jones, A. ; Crawford, A. ; Sattler, M. ; Ettinger, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Determinants of minor satellite RNA function in chromosome segregation in mouse embryonic stem cells.
Nat. Genet. 56, 1032-1033 (2024)

Shrine, N. ; Guyatt, A.L. ; Erzurumluoglu, A.M. ; Jackson, V.E. ; Hobbs, B.D. ; Melbourne, C.A. ; Batini, C. ; Fawcett, K.A. ; Song, K. ; Sakornsakolpat, P. ; Li, X. ; Boxall, R. ; Reeve, N.F. ; Obeidat, M. ; Zhao, J.H. ; Wielscher, M. ; Weiss, S. ; Kentistou, K.A. ; Cook, J.P. ; Sun, B.B. ; Zhou, J. ; Hui, J. ; Karrasch, S. ; Imboden, M. ; Harris, S.E. ; Marten, J. ; Enroth, S. ; Kerr, S.M. ; Surakka, I. ; Vitart, V. ; Lehtimäki, T. ; Allen, R.J. ; Bakke, P.S. ; Beaty, T.H. ; Bleecker, E.R. ; Bossé, Y. ; Brandsma, C.A. ; Chen, Z. ; Crapo, J.D. ; Danesh, J. ; DeMeo, D.L. ; Dudbridge, F. ; Ewert, R. ; Gieger, C. ; Gulsvik, A. ; Hansell, A.L. ; Hao, K. ; Hoffman, J.D. ; Hokanson, J.E. ; Homuth, G. ; Joshi, P.K. ; Joubert, P. ; Langenberg, C. ; Li, L. ; Lin, K. ; Lind, L. ; Locantore, N. ; Luan, J. ; Mahajan, A. ; Maranville, J.C. ; Murray, A. ; Nickle, D.C. ; Packer, R. ; Parker, M.M. ; Paynton, M.L. ; Porteous, D.J. ; Prokopenko, D. ; Qiao, D. ; Rawal, R. ; Runz, H. ; Sayers, I. ; Sin, D.D. ; Smith, B.H. ; Artigas, M.S. ; Sparrow, D. ; Tal-Singer, R. ; Timmers, P.R.H.J. ; van den Berge, M. ; Whittaker, J.C. ; Woodruff, P.G. ; Yerges-Armstrong, L.M. ; Troyanskaya, O.G. ; Raitakari, O.T. ; Kähönen, M. ; Polašek, O. ; Gyllensten, U. ; Rudan, I. ; Deary, I.J. ; Probst-Hensch, N.M. ; Schulz, H. ; James, A.L. ; Wilson, J.F. ; Stubbe, B. ; Zeggini, E. ; Jarvelin, M.R. ; Wareham, N. ; Silverman, E.K. ; Hayward, C. ; Morris, A.P. ; Butterworth, A.S. ; Scott, R.A. ; Walters, R.G. ; Meyers, D.A. ; Cho, M.H. ; Strachan, D.P. ; Hall, I.P. ; Tobin, M.D. ; Wain, L.V.

Author Correction: New genetic signals for lung function highlight pathways and chronic obstructive pulmonary disease associations across multiple ancestries.
Nature 628:E6 (2024)

Lukauskas, S. ; Tvardovskiy, A. ; Nguyen, N.V. ; Stadler, M. ; Faull, P. ; Ravnsborg, T. ; Özdemir Aygenli, B. ; Dornauer, S. ; Flynn, H. ; Lindeboom, R.G.H. ; Barth, T.K. ; Brockers, K. ; Hauck, S.M. ; Vermeulen, M. ; Snijders, A.P. ; Müller, C.L. ; DiMaggio, P.A. ; Jensen, O.N. ; Schneider, R. ; Bartke, T.

Publisher Correction: Decoding chromatin states by proteomic profiling of nucleosome readers.

Yamaguchi, K. ; Chen, X. ; Rodgers, B. ; Miura, F. ; Bashtrykov, P. ; Bonhomme, F. ; Salinas-Luypaert, C. ; Haxholli, D. ; Gutekunst, N. ; Özdemir Aygenli, B. ; Ferry, L. ; Kirsh, O. ; Laisné, M. ; Scelfo, A. ; Ugur, E. ; Arimondo, P.B. ; Leonhardt, H. ; Kanemaki, M.T. ; Bartke, T. ; Fachinetti, D. ; Jeltsch, A. ; Ito, T. ; Defossez, P.A.

Non-canonical functions of UHRF1 maintain DNA methylation homeostasis in cancer cells.
J. Hepatol. 81, 289-302 (2024)

Yin, K. ; Büttner, M. ; Deligiannis, I.K. ; Strzelecki, M. ; Zhang, L. ; Talavera Lopez, C.N. ; Theis, F.J. ; Odom, D.T. ; Martinez Jimenez, C.P.

Polyploidisation pleiotropically buffers ageing in hepatocytes.
Sci. Adv. 10:eadn9998 (2024)

Del-Valle-Anton, L. ; Amin, S.A. ; Cimino, D. ; Neuhaus, F. ; Dvoretskova, E. ; Fernandez, V. ; Babal, Y.K. ; Garcia-Frigola, C. ; Prieto-Colomina, A. ; Murcia-Ramón, R. ; Nomura, Y. ; Cárdenas, A. ; Feng, C. ; Moreno-Bravo, J.A. ; Götz, M. ; Mayer, C. ; Borrell, V.

Multiple parallel cell lineages in the developing mammalian cerebral cortex.

Koupourtidou, C. ; Schwarz, V. ; Aliee, H. ; Frerich, S. ; Fischer-Sternjak, J. ; Bocchi, R. ; Simon-Ebert, T. ; Bai, X. ; Sirko, S. ; Kirchhoff, F. ; Dichgans, M. ; Götz, M. ; Theis, F.J. ; Ninkovic, J.

Shared inflammatory glial cell signature after stab wound injury, revealed by spatial, temporal, and cell-type-specific profiling of the murine cerebral cortex.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02212-x (2024)

Marconato, L. ; Palla, G. ; Yamauchi, K.A. ; Virshup, I. ; Heidari, E. ; Treis, T. ; Vierdag, W.M. ; Toth, M. ; Stockhaus, S. ; Shrestha, R.B. ; Rombaut, B. ; Pollaris, L. ; Lehner, L. ; Vöhringer, H. ; Kats, I. ; Saeys, Y. ; Saka, S.K. ; Huber, W. ; Gerstung, M. ; Moore, J. ; Theis, F.J. ; Stegle, O.

SpatialData: An open and universal data framework for spatial omics.
Bioinformatics 40:btae137 (2024)

Hagenberg, J. ; Budde, M. ; Pandeva, T. ; Kondofersky, I. ; Schaupp, S.K. ; Theis, F.J. ; Schulze, T.G. ; Müller, N.S. ; Heilbronner, U. ; Batra, R. ; Knauer-Arloth, J.

longmixr: A tool for robust clustering of high-dimensional cross-sectional and longitudinal variables of mixed data types.
Nature 627, 671-679 (2024)

Lukauskas, S. ; Tvardovskiy, A. ; Nguyen, N.V. ; Stadler, M. ; Faull, P. ; Ravnsborg, T. ; Özdemir Aygenli, B. ; Dornauer, S. ; Flynn, H. ; Lindeboom, R.G.H. ; Barth, T.K. ; Brockers, K. ; Hauck, S.M. ; Vermeulen, M. ; Snijders, A.P. ; Müller, C.L. ; DiMaggio, P.A. ; Jensen, O.N. ; Schneider, R. ; Bartke, T.

Decoding chromatin states by proteomic profiling of nucleosome readers.
Neuron 112, 1117-1132.e9 (2024)

Sonsalla, G. ; Malpartida, A.B. ; Riedemann, T. ; Gusic, M. ; Rusha, E. ; Bulli, G. ; Najas, S. ; Janjic, A. ; Hersbach, B.A. ; Smialowski, P. ; Drukker, M. ; Enard, W. ; Prehn, J.H.M. ; Prokisch, H. ; Götz, M. ; Masserdotti, G.

Direct neuronal reprogramming of NDUFS4 patient cells identifies the unfolded protein response as a novel general reprogramming hurdle.
EBioMedicine 101:105007 (2024)

Harrer, P. ; Inderhees, J. ; Zhao, C. ; Schormair, B. ; Tilch, E. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Jöhren, O. ; Fleming, T. ; Nawroth, P.P. ; Berger, K. ; Hermesdorf, M. ; Winkelmann, J. ; Schwaninger, M. ; Oexle, K.

Phenotypic and genome-wide studies on dicarbonyls: Major associations to glomerular filtration rate and gamma-glutamyltransferase activity.
Nature 628, 130-138 (2024)

Karjalainen, M.K. ; Karthikeyan, S. ; Oliver-Williams, C. ; Sliz, E. ; Allara, E. ; Fung, W.T. ; Surendran, P. ; Zhang, W. ; Jousilahti, P. ; Kristiansson, K. ; Salomaa, V. ; Goodwin, M. ; Hughes, D.A. ; Boehnke, M. ; Fernandes Silva, L. ; Yin, X. ; Mahajan, A. ; Neville, M.J. ; van Zuydam, N.R. ; de Mutsert, R. ; Li-Gao, R. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Demirkan, A. ; Liu, J. ; Noordam, R. ; Trompet, S. ; Chen, Z. ; Kartsonaki, C. ; Li, L. ; Lin, K. ; Hagenbeek, F.A. ; Hottenga, J.J. ; Pool, R. ; Ikram, M.A. ; van Meurs, J. ; Haller, T. ; Milaneschi, Y. ; Kähönen, M. ; Mishra, P.P. ; Joshi, P.K. ; Macdonald-Dunlop, E. ; Mangino, M. ; Zierer, J. ; Acar, I.E. ; Hoyng, C.B. ; Lechanteur, Y.T.E. ; Franke, L. ; Kurilshikov, A. ; Zhernakova, A. ; Beekman, M. ; van den Akker, E.B. ; Kolcic, I. ; Polasek, O. ; Rudan, I. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Asselbergs, F.W. ; Hayward, C. ; Fu, J. ; den Hollander, A.I. ; Menni, C. ; Spector, T.D. ; Wilson, J.F. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Penninx, B.W.J.H. ; Esko, T. ; Walters, R.G. ; Jukema, J.W. ; Sattar, N. ; Ghanbari, M. ; Willems van Dijk, K. ; Karpe, F. ; McCarthy, M.I. ; Laakso, M. ; Järvelin, M.R. ; Timpson, N.J. ; Perola, M. ; Kooner, J.S. ; Chambers, J.C. ; van Duijn, C.M. ; Slagboom, P.E. ; Boomsma, D.I. ; Danesh, J. ; Ala-Korpela, M. ; Butterworth, A.S. ; Kettunen, J.

Genome-wide characterization of circulating metabolic biomarkers.

Pott, J. ; Kheirkhah, A. ; Gådin, J.R. ; Kleber, M.E. ; Delgado, G.E. ; Kirsten, H. ; Forer, L. ; Hauck, S.M. ; Burkhardt, R. ; Scharnagl, H. ; Loeffler, M. ; März, W. ; Thiery, J. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Silveira, A. ; Hooft, F.V. ; Kronenberg, F. ; Scholz, M.

Sex and statin-related genetic associations at the PCSK9 gene locus: Results of genome-wide association meta-analysis.

Lange de Luna, J. ; Nounu, A. ; Neumeyer, S. ; Sinke, L. ; Wilson, R. ; Hellbach, F. ; Matias-Garcia, P.R. ; Delerue, T. ; Winkelmann, J. ; Peters, A. ; Thorand, B. ; Beekman, M. ; Heijmans, B.T. ; Slagboom, E. ; Gieger, C. ; Linseisen, J. ; Waldenberger, M.

Epigenome-wide association study of dietary fatty acid intake.
Liver Int. 44, 838-847 (2024)

Schaefer, B. ; Pammer, L.M. ; Pfeifer, B. ; Neururer, S. ; Troppmair, M.R. ; Panzer, M. ; Wagner, S. ; Pertler, E. ; Gieger, C. ; Kronenberg, F. ; Lamina, C. ; Tilg, H. ; Zoller, H.

Penetrance, cancer incidence and survival in HFE haemochromatosis-A population-based cohort study.
Thorax 79, 524-537 (2024)

Stoleriu, M.-G. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Schamberger, A.C. ; Heydarian, M. ; Ding, Y. ; Voss, C. ; Schneider, J.J. ; Gerckens, M. ; Burgstaller, G. ; Castelblanco, A. ; Kauke, T. ; Fertmann, J. ; Schneider, C. ; Behr, J. ; Lindner, M. ; Stacher-Priehse, E. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Schubert, B. ; Hauck, S.M. ; Schmid, O. ; Hatz, R.A. ; Stöger, T. ; Schiller, H. ; Hilgendorff, A.

COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors.

Sterenborg, R.B.T.M. ; Steinbrenner, I. ; Li, Y. ; Bujnis, M.N. ; Naito, T. ; Marouli, E. ; Galesloot, T.E. ; Babajide, O. ; Andreasen, L. ; Astrup, A. ; Asvold, B.O. ; Bandinelli, S. ; Beekman, M. ; Beilby, J.P. ; Bork-Jensen, J. ; Boutin, T. ; Brody, J.A. ; Brown, S.J. ; Brumpton, B. ; Campbell, P.J. ; Cappola, A.R. ; Ceresini, G. ; Chaker, L. ; Chasman, D.I. ; Concas, M.P. ; Coutinho de Almeida, R. ; Cross, S.M. ; Cucca, F. ; Deary, I.J. ; Kjaergaard, A.D. ; Echouffo Tcheugui, J.B. ; Ellervik, C. ; Eriksson, J.G. ; Ferrucci, L. ; Freudenberg, J.M. ; Fuchsberger, C. ; Gieger, C. ; Giulianini, F. ; Gögele, M. ; Graham, S.E. ; Grarup, N. ; Gunjača, I. ; Hansen, T. ; Harding, B.N. ; Harris, S.E. ; Haunsø, S. ; Hayward, C. ; Hui, J. ; Ittermann, T. ; Jukema, J.W. ; Kajantie, E. ; Kanters, J.K. ; Kårhus, L.L. ; Kiemeney, L.A.L.M. ; Kloppenburg, M. ; Kühnel, B. ; Lahti, J. ; Langenberg, C. ; Lapauw, B. ; Leese, G. ; Li, S. ; Liewald, D.C.M. ; Linneberg, A. ; Lominchar, J.V.T. ; Luan, J. ; Martin, N.G. ; Matana, A. ; Meima, M.E. ; Meitinger, T. ; Meulenbelt, I. ; Mitchell, B.D. ; Møllehave, L.T. ; Mora, S. ; Naitza, S. ; Nauck, M. ; Netea-Maier, R.T. ; Noordam, R. ; Nursyifa, C. ; Okada, Y. ; Onano, S. ; Papadopoulou, A.A. ; Palmer, C.N.A. ; Pattaro, C. ; Pedersen, O. ; Peters, A. ; Pietzner, M. ; Polašek, O. ; Pramstaller, P.P. ; Psaty, B.M. ; Punda, A. ; Ray, D. ; Redmond, P. ; Richards, J.B. ; Ridker, P.M. ; Russ, T.C. ; Ryan, K.A. ; Olesen, M.S. ; Schultheiss, U.T. ; Selvin, E. ; Siddiqui, M.K. ; Sidore, C. ; Slagboom, P.E. ; Sørensen, T.I.A. ; Soto-Pedre, E. ; Spector, T.D. ; Spedicati, B. ; Srinivasan, S. ; Starr, J.M. ; Stott, D.J. ; Tanaka, T. ; Torlak, V. ; Trompet, S. ; Tuhkanen, J. ; Uitterlinden, A.G. ; van den Akker, E.B. ; van den Eynde, T. ; van der Klauw, M.M. ; van Heemst, D. ; Verroken, C. ; Visser, W.E. ; Vojinovic, D. ; Völzke, H. ; Waldenberger, M. ; Walsh, J.P. ; Wareham, N.J. ; Weiss, S. ; Willer, C.J. ; Wilson, S.G. ; Wolffenbuttel, B.H.R. ; Wouters, H.J.C.M. ; Wright, M.J. ; Yang, Q. ; Zemunik, T. ; Zhou, W. ; Zhu, G. ; Zöllner, S. ; Smit, J.W.A. ; Peeters, R.P. ; Köttgen, A. ; Teumer, A. ; Medici, M.

Multi-trait analysis characterizes the genetics of thyroid function and identifies causal associations with clinical implications.

Pfaller, A.M. ; Kaplan, L. ; Moreira Carido Pereira, M. ; Grassmann, F. ; Díaz-Lezama, N. ; Ghaseminejad, F. ; Wunderlich, K.A. ; Glänzer, S. ; Bludau, O. ; Pannicke, T. ; Weber, B.H.F. ; Koch, S.F. ; Bonev, B. ; Hauck, S.M. ; Grosche, A.

The glucocorticoid receptor as a master regulator of the Müller cell response to diabetic conditions in mice.

Upadhyay, S. ; Rahman, M. ; Rinaldi, S. ; Koelmel, J.P. ; Lin, E.Z. ; Mahesh, P.A. ; Beckers, J. ; Johanson, G. ; Pollitt, K.J.G. ; Palmberg, L. ; Irmler, M. ; Ganguly, K.

Assessment of wood smoke induced pulmonary toxicity in normal- and chronic bronchitis-like bronchial and alveolar lung mucosa models at air-liquid interface.

Mayr, C. ; Sengupta, A. ; Asgharpour, S. ; Ansari, M. ; Pestoni, J. ; Ogar, P. ; Angelidis, I. ; Liontos, A. ; Rodriguez-Castillo, J.A. ; Lang, N.J. ; Strunz, M. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Gerckens, M. ; De Sadeleer, L.J. ; Oehrle, B. ; Viteri-Alvarez, V. ; Fernandez, I.E. ; Tallquist, M. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Stoleriu, M.G. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Wuyts, W.A. ; Wasnick, R. ; Yildirim, A.Ö. ; Ahlbrecht, K. ; Morty, R.E. ; Samakovlis, C. ; Theis, F.J. ; Burgstaller, G. ; Schiller, H.

Sfrp1 inhibits lung fibroblast invasion during transition to injury induced myofibroblasts.

Popper, B. ; Bürkle, M. ; Ciccopiedi, G. ; Marchioretto, M. ; Forné, I. ; Imhof, A. ; Straub, T. ; Viero, G. ; Götz, M. ; Schieweck, R.

Ribosome inactivation regulates translation elongation in neurons.
Cell 187, 149-165.e23 (2024)

Kirschenbaum, D. ; Xie, K. ; Ingelfinger, F. ; Katzenelenbogen, Y. ; Abadie, K. ; Look, T. ; Sheban, F. ; Phan, T.S. ; Li, B. ; Zwicky, P. ; Yofe, I. ; David, E. ; Mazuz, K. ; Hou, J. ; Chen, Y. ; Shaim, H. ; Shanley, M. ; Becker, S. ; Qian, J. ; Colonna, M. ; Ginhoux, F. ; Rezvani, K. ; Theis, F.J. ; Yosef, N. ; Weiss, T. ; Weiner, A. ; Amit, I.

Time-resolved single-cell transcriptomics defines immune trajectories in glioblastoma.
Physiol. Rep. 12:e15901 (2024)

Sabikunnahar, B. ; Caldwell, S. ; Varnum, S. ; Hogan, T. ; Lahue, K.G. ; Rathkolb, B. ; Gerlini, R. ; Dragano, N.R.V. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Irmler, M. ; Sanz-Moreno, A. ; da Silva Buttkus, P. ; Beckers, J. ; Wolf, E. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Hrabě de Angelis, M. ; Ather, J.L. ; Poynter, M.E. ; Krementsov, D.N. ; German Mouse Clinic Consortium (Hölter, S.M. ; Wurst, W.)

LncRNA U90926 is dispensable for the development of obesity-associated phenotypes in vivo.
Nat. Methods 21, 28–31 (2024)

Martens, L.D. ; Fischer, D.S. ; Yépez, V.A. ; Theis, F.J. ; Gagneur, J.

Modeling fragment counts improves single-cell ATAC-seq analysis.
Nat. Methods 21, 50-59 (2024)

Gayoso, A. ; Weiler, P. ; Lotfollahi, M. ; Klein, D. ; Hong, J. ; Streets, A. ; Theis, F.J. ; Yosef, N.

Deep generative modeling of transcriptional dynamics for RNA velocity analysis in single cells.
2023 in
In: (MLDD workshop, ICLR 2023). 2023. accepted

Sommer, J. ; Hetzel, L. ; Lüdke, D. ; Theis, F.J. ; Günnemann, S.

The power of motifs as inductive bias for learning molecular distributions.
2023 in
In: (Advances in Neural Information Processing Systems, 10-16 December 2023, New Orleans). 10010 North Torrey Pines Rd, La Jolla, California 92037 Usa: Neural Information Processing Systems (nips), 2023. 14

Tran, M. ; Cid, Y.D. ; Lahiani, A. ; Theis, F.J. ; Peng, T. ; Klaiman, E.

Training transitive and commutative multimodal transformers with LoReTTa.
Chest 164, 85-89 (2023)

Rathnayake, S.N.H. ; Ditz, B. ; Willemse, B.W.M. ; Timens, W. ; Kooistra, W. ; Heijink, I.H. ; Oliver, B.G.G. ; van den Berge, M. ; Faiz, A. ; National Heart, Lung, and Blood Institute LungMAP Consortium (Aliee, H.) ; National Heart, Lung, and Blood Institute LungMAP Consortium (Theis, F.J.)

Longitudinal effects of 1-year smoking cessation on human bronchial epithelial transcriptome.
Cell Syst. 14, 423-427 (2023)

Theis, F.J. ; Dar, D. ; Vento-Tormo, R. ; Vicković, S. ; Wang, L. ; Kagohara, L.T. ; Rendeiro, A.F. ; Joyce, J.A.

What do you most hope spatial molecular profiling will help us understand? Part 1.
2023 in
Poster: NeurIPS 2023 AI for Science Workshop (2023)

Richter, T. ; Schaar, A. ; Drummer, F. ; Liao, C.-W. ; Endres, L. ; Theis, F.J.

SpatialSSL: Whole-Brain Spatial Transcriptomics in the Mouse Brain with Self-Supervised Learning.
Neurosci. App. 2:101038 (2023)

Kaspar, L. ; Dony, L. ; Cruceanu, C. ; Binder, E.B. ; Theis, F.J.

Effects of glucocorticoid exposure on gene expression and cell fate specification in cerebral organoids.
Neurosci. App. 2:101126 (2023)

Garrett, L. ; Irmler, M. ; Baljuls, A. ; Rathkolb, B. ; Dragano, N.R.V. ; Gerlini, R. ; Sanz-Moreno, A. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Becker, L. ; Kraiger, M. ; Reithmeir, R. ; Beckers, J. ; Calzada-Wack, J. ; Wurst, W. ; Fuchs, H. ; Gailus-Durner, V. ; Zimmermann, T. ; Hölter, S.M. ; Hrabě de Angelis, M.

GPR101 loss promotes insulin resistance and diet-induced obesity risk.
Atherosclerosis 386:117384 (2023)

Kheirkhah, A. ; Schachtl-Riess, J.F. ; Lamina, C. ; Di Maio, S. ; Koller, A. ; Schönherr, S. ; Coassin, S. ; Forer, L. ; Sekula, P. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Köttgen, A. ; Eckardt, K.U. ; Kronenberg, F.

Meta-GWAS on PCSK9 concentrations reveals associations of novel loci outside the PCSK9 locus in White populations.
Gastroenterology 165, 946-962.e13 (2023)

Baumdick, M.E. ; Niehrs, A. ; Degenhardt, F. ; Schwerk, M. ; Hinrichs, O. ; Jordan-Paiz, A. ; Padoan, B. ; Wegner, L.H.M. ; Schloer, S. ; Zecher, B.F. ; Malsy, J. ; Joshi, V.R. ; Illig, C. ; Schröder-Schwarz, J. ; Möller, K.J. ; Martin, M.P. ; Yuki, Y. ; Ozawa, M.G. ; Sauter, J. ; Schmidt, A.H. ; Perez, D. ; Giannou, A.D. ; Carrington, M.N. ; Davis, R.S. ; Schumacher, U. ; Sauter, G. ; Huber, S. ; Puelles, V.G. ; Melling, N. ; Franke, A. ; International Inflammatory Bowel Disease Genetics Consortium (Gieger, C.) ; Bunders, M.J.

HLA-DP on epithelial cells enables tissue damage by NKp44+ natural killer cells in ulcerative colitis.
Stroke 54, 810-818 (2023)

Bakker, M.K. ; Kanning, J.P. ; Abraham, G. ; Martinsen, A.E. ; Winsvold, B.S. ; Zwart, J.A. ; Bourcier, R. ; Sawada, T. ; Koido, M. ; Kamatani, Y. ; Morel, S. ; Amouyel, P. ; Debette, S. ; Bijlenga, P. ; Berrandou, T. ; Ganesh, S.K. ; Bouatia-Naji, N. ; Jones, G. ; Bown, M. ; Rinkel, G.J.E. ; Veldink, J.H. ; Ruigrok, Y.M. ; HUNT All-In Stroke, CADISP group, International Consortium for Blood Pressure, International Headache Genetics Consortium, International Stroke Genetics Consortium (ISGC) Intracranial Aneurysm Working Group (Gieger, C.) ; HUNT All-In Stroke, CADISP group, International Consortium for Blood Pressure, International Headache Genetics Consortium, International Stroke Genetics Consortium (ISGC) Intracranial Aneurysm Working Group (Peters, A.)

Genetic risk Score for intracranial aneurysms: Prediction of subarachnoid hemorrhage and role in clinical heterogeneity.
Lancet Public Health 8, e453-e462 (2023)

Baksh, R.A. ; Pape, S.E. ; Chan, L.F. ; Aslam, A.A. ; Gulliford, M.C. ; Strydom, A. ; GO-DS21 Consortium (Beckers, J.)

Multiple morbidity across the lifespan in people with Down syndrome or intellectual disabilities: A population-based cohort study using electronic health records.
Thorax 78, 496-503 (2023)

Guyatt, A.L. ; John, C. ; Williams, A.T. ; Shrine, N. ; Reeve, N.F. ; Sayers, I. ; Hall, I.P. ; Wain, L.V. ; Sheehan, N. ; Dudbridge, F. ; SpiroMeta Consortium (Gieger, C. ; Karrasch, S. ; Schulz, H.)

Mendelian randomisation of eosinophils and other cell types in relation to lung function and disease.
Gut 72, 2068-2080 (2023)

Akhlaghpour, M. ; Haritunians, T. ; More, S.K. ; Thomas, L.S. ; Stamps, D.T. ; Dube, S. ; Li, D. ; Yang, S. ; Landers, C.J. ; Mengesha, E. ; Hamade, H. ; Murali, R. ; Potdar, A.A. ; Wolf, A.J. ; Botwin, G.J. ; Khrom, M. ; Ananthakrishnan, A.N. ; Faubion, W.A. ; Jabri, B. ; Lira, S.A. ; Newberry, R.D. ; Sandler, R.S. ; Sartor, R.B. ; Xavier, R.J. ; Brant, S.R. ; Cho, J.H. ; Duerr, R.H. ; Lazarev, M.G. ; Rioux, J.D. ; Schumm, L.P. ; Silverberg, M.S. ; Zaghiyan, K. ; Fleshner, P. ; Melmed, G.Y. ; Vasiliauskas, E.A. ; Ha, C.S.R. ; Rabizadeh, S. ; Syal, G. ; Bonthala, N.N. ; Ziring, D.A. ; Targan, S.R. ; Long, M.D. ; McGovern, D.P.B. ; International IBD Genetics Consortium (IIBDGC) (Gieger, C.)

Genetic coding variant in complement factor B (CFB) is associated with increased risk for perianal Crohn's disease and leads to impaired CFB cleavage and phagocytosis.
Nat. Struct. Mol. Biol., DOI: 10.1038/s41594-023-01179-1 (2023)

Basu, S. ; Shukron, O. ; Hall, D.W. ; Parutto, P. ; Ponjavic, A. ; Shah, D.I. ; Boucher, W. ; Lando, D. ; Zhang, W. ; Reynolds, N. ; Sober, L.H. ; Jartseva, A. ; Ragheb, R. ; Ma, X. ; Cramard, J. ; Floyd, R. ; Balmer, J. ; Drury, T.A. ; Carr, A.R. ; Needham, L.M. ; Aubert, A. ; Communie, G. ; Gor, K. ; Steindel, M. ; Morey, L. ; Blanco, E. ; Bartke, T. ; di Croce, L. ; Berger, I. ; Schaffitzel, C. ; Lee, S.F. ; Stevens, T.J. ; Klenerman, D. ; Hendrich, B.D. ; Holcman, D. ; Laue, E.D.

Publisher Correction: Live-cell three-dimensional single-molecule tracking reveals modulation of enhancer dynamics by NuRD.
Eur. Respir. J. 62:OA2624 (2023)

Gote-Schniering, J. ; Lehmann, M. ; Ansari, M. ; Wiedemann, K. ; Melo-Narváez, M.C. ; Steinchen, C. ; Jentzsch, R.C. ; Mayr, C. ; Chen, Y. ; Lang, N. ; Agami, A. ; Angelidis, I. ; Zhou, S. ; Koenigshoff, M. ; Theis, F.J. ; Schiller, H.B.

Spatiotemporal analysis of inflammaging and senescence programs in lung fibrosis using time-resolved single-cell transcriptomics and multiplexed immunofluorescence.

De Sadeleer, L.J. ; Chen, Y. ; Jentzsch, R.C. ; Wang, Z. ; Qazi, N. ; Lang, N.J. ; Albanese, P. ; Jankevics, A. ; Theis, F.J. ; Scheltema, R.A. ; Wuyts, W.A. ; Gote-Schniering, J. ; Schiller, H.

Evolution of epithelial-mesenchymal cell circuits in the progression of pulmonary fibrosis.

Chen, Y. ; Schniering, J. ; Müller, M. ; Albanese, P. ; Jankevics, A. ; Jentzsch, R.C. ; Tata, A. ; Ansari, M. ; De Sadeleer, L.J. ; Yang, L. ; Heumos, L. ; Agami, A. ; Zhou, S. ; Mayr, C. ; Hatz, R. ; Schneider, C.P. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Stoleriu, M.G. ; Dorfmueller, P. ; Theis, F.J. ; Tata, P.R. ; Luecken, M. ; Scheltema, R.A. ; Schiller, H.

A spatially resolved extracellular matrix proteome atlas of the distal human lung.
Nature 625, 401–409 (2023)

Nakatani, T. ; Schauer, T. ; Altamirano-Pacheco, L. ; Klein, K.N. ; Ettinger, A. ; Pal, M. ; Gilbert, D.M. ; Torres-Padilla, M.E.

Emergence of replication timing during early mammalian development.
Nat. Hum. Behav. 7, 790-801 (2023)

Mathieson, I. ; Day, F.R. ; Barban, N. ; Tropf, F.C. ; Brazel, D.M. ; Vaez, A. ; van Zuydam, N. ; Bitarello, B.D. ; Gardner, E.J. ; Akimova, E.T. ; Azad, A. ; Bergmann, S. ; Bielak, L.F. ; Boomsma, D. ; Bosak, K. ; Brumat, M. ; Buring, J.E. ; Cesarini, D. ; Chasman, D. ; Chavarro, J.E. ; Cocca, M. ; Concas, M.P. ; Davey Smith, G. ; Davies, G. ; Deary, I.J. ; Esko, T. ; Faul, J.D. ; Franco, O.H. ; Ganna, A. ; Gaskins, A.J. ; Gelemanović, A. ; de Geus, E.J.C. ; Gieger, C. ; Girotto, G. ; Gopinath, B. ; Grabe, H.J. ; Gunderson, E.P. ; Hayward, C. ; He, C. ; van Heemst, D. ; Hill, W.D. ; Hoffmann, E.R. ; Homuth, G. ; Hottenga, J.J. ; Huang, H. ; Hyppoenen, E. ; Ikram, M.A. ; Jansen, R. ; Johannesson, M. ; Kamali, Z. ; Kardia, S.L.R. ; Kavousi, M. ; Kifley, A. ; Kiiskinen, T. ; Kraft, P. ; Kühnel, B. ; Langenberg, C. ; Liew, G. ; Lind, P.A. ; Luan, J. ; Mägi, R. ; Magnusson, P.K.E. ; Mahajan, A. ; Martin, N.G. ; Mbarek, H. ; McCarthy, M. ; McMahon, G. ; Medland, S.E. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Mihailov, E. ; Milani, L. ; Missmer, S.A. ; Mitchell, P. ; Mollegaard, S. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Morgan, A. ; van der Most, P.J. ; de Mutsert, R. ; Nauck, M. ; Nolte, I.M. ; Noordam, R. ; Penninx, B.W.J.H. ; Peters, A. ; Peyser, P.A. ; Polasek, O. ; Power, C. ; Pribisalic, A. ; Redmond, P. ; Rich-Edwards, J.W. ; Ridker, P.M. ; Rietveld, C.A. ; Ring, S.M. ; Rose, L.M. ; Rueedi, R. ; Shukla, V. ; Smith, J.A. ; Stankovic, S. ; Stefansson, K. ; Stöckl, D. ; Strauch, K. ; Swertz, M.A. ; Teumer, A. ; Thorleifsson, G. ; Thorsteinsdottir, U. ; Thurik, A.R. ; Timpson, N.J. ; Turman, C. ; Uitterlinden, A.G. ; Waldenberger, M. ; Wareham, N.J. ; Weir, D.R. ; Willemsen, G. ; Zhao, J.H. ; Zhao, W.N. ; Zhao, Y. ; Snieder, H. ; den Hoed, M. ; Ong, K.K. ; Mills, M.C. ; Perry, J.R.B.

Genome-wide analysis identifies genetic effects on reproductive success and ongoing natural selection at the FADS locus.
Leuk. Res. 128:2 (2023)

van der Garde, M. ; Thomas, M. ; Riviere, J. ; Figueredo, A.N. ; Hecker, J. ; Metzeler, K. ; Marr, C. ; Goetze, K.

Multiomic analysis of chip bone marrow hematopoietic stem/progenitor cells reveals potential early stage of malignancy.

Li, J. ; Wang, J. ; Cheng, X. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Luecken, M. ; Liang, Q. ; Theis, F.J. ; Deangelis, M.M. ; Li, Y. ; Chen, R.

Single cell atlas of the human retina.
Mult. Scler. J. 29, 1097-1098 (2023)

Pukaj, A. ; Bader, J. ; Makarov, C. ; Richter, S. ; Friederike, H. ; Theis, F.J. ; Mann, M. ; Hemmer, B. ; Gasperi, C.

A genetic association study identifying cis protein quantitative trait loci in patients with MS.
Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 64:332 (2023)

Asani, B. ; Horlava, N. ; Spitzer, H. ; Theis, F.J. ; Priglinger, S. ; Schiefelbein, J.

Predicting OCT-morphological anti-VEGF treatment response in patients with neovascular age-related degeneration using artificial intelligence.
Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 64:330 (2023)

Schiefelbein, J. ; Horlava, N. ; Spitzer, H. ; Theis, F.J. ; Priglinger, S. ; Asani, B.

New OCT based definition of treatment response to anti-VEGF in treatment naive neovascular AMD patients using an Deep Learning Algorithm.
Aging 15, 14509-14552 (2023)

Frkatović-Hodžić, A. ; Mijakovac, A. ; Miškec, K. ; Nostaeva, A. ; Sharapov, S.Z. ; Landini, A. ; Haller, T. ; Akker, E.V.D. ; Sharma, S. ; Cuadrat, R.R.C. ; Mangino, M. ; Li, Y. ; Keser, T. ; Rudman, N. ; Štambuk, T. ; Pučić-Baković, M. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Gudelj, I. ; Štambuk, J. ; Pribić, T. ; Radovani, B. ; Tominac, P. ; Fischer, K. ; Beekman, M. ; Wuhrer, M. ; Gieger, C. ; Schulze, M.B. ; Wittenbecher, C. ; Polasek, O. ; Hayward, C. ; Wilson, J.F. ; Spector, T.D. ; Köttgen, A. ; Vučković, F. ; Aulchenko, Y.S. ; Vojta, A. ; Krištić, J. ; Klarić, L. ; Zoldoš, V. ; Lauc, G.

Mapping of the gene network that regulates glycan clock of ageing.
Sci. Transl. Med. 15, 19:eadh0908 (2023)

Lang, N.J. ; Schniering, J. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Yang, L. ; De Sadeleer, L.J. ; Jentzsch, R.C. ; Shitov, V.A. ; Zhou, S. ; Ansari, M. ; Agami, A. ; Mayr, C. ; Hooshiar Kashani, B. ; Chen, Y. ; Heumos, L. ; Pestoni, J. ; Molnar, E.S. ; Geeraerts, E. ; Anquetil, V. ; Saniere, L. ; Wögrath, M. ; Gerckens, M. ; Lehmann, M. ; Yildirim, A.Ö. ; Hatz, R.A. ; Kneidinger, N. ; Behr, J. ; Wuyts, W.A. ; Stoleriu, M.-G. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Burgstaller, G. ; Schiller, H.

Ex vivo tissue perturbations coupled to single-cell RNA-seq reveal multilineage cell circuit dynamics in human lung fibrogenesis.
Klin. Monatsbl. Augenheilkd., DOI: 10.1055/a-2227-3742 (2023)

Eckardt, F. ; Mittas, R. ; Horlava, N. ; Schiefelbein, J. ; Asani, B. ; Michalakis, S. ; Gerhardt, M. ; Priglinger, C. ; Keeser, D. ; Koutsouleris, N. ; Priglinger, S. ; Theis, F.J. ; Peng, T. ; Schworm, B.

Deep Learning based retinal layer segmentation in optical coherence tomography scans of patients with inherited retinal diseases.

Kovác, L. ; Goj, T. ; Ouni, M. ; Irmler, M. ; Jähnert, M. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Peter, A. ; Moller, A. ; Birkenfeld, A.L. ; Weigert, C. ; Schürmann, A.

Skeletal muscle gene expression signatures of obese high- and low- responders to endurance exercise training.
Nature 615, 874-883 (2023)

NCD Risk Factors Collaboration (Döring, A. ; Gieger, C. ; Heier, M. ; Linkohr, B. ; Meisinger, C. ; Schneider, A. ; Stieber, J. ; Peters, A. ; Stöckl, D. ; Thorand, B. ; Wolf, K.)

Diminishing benefits of urban living for children and adolescents’ growth and development.
Nat. Med. 29, 3149–3161 (2023)

Sirko, S. ; Schichor, C. ; Della Vecchia, P. ; Metzger, F. ; Sonsalla, G. ; Simon, T. ; Bürkle, M. ; Kalpazidou, S. ; Ninkovic, J. ; Masserdotti, G. ; Sauniere, J.F. ; Iacobelli, V. ; Iacobelli, S. ; Delbridge, C. ; Hauck, S.M. ; Tonn, J.C. ; Götz, M.

Injury-specific factors in the cerebrospinal fluid regulate astrocyte plasticity in the human brain.
Sci. Adv. 9:eadj3793 (2023)

Kos, A. ; Lopez, J.P. ; Bordes, J. ; De Donno, C. ; Dine, J. ; Brivio, E. ; Karamihalev, S. ; Luecken, M. ; Almeida-Correa, S. ; Gasperoni, S. ; Dick, A. ; Miranda, L. ; Büttner, M. ; Stoffel, R. ; Flachskamm, C. ; Theis, F.J. ; Schmidt, M.V. ; Chen, A.

Early life adversity shapes social subordination and cell type-specific transcriptomic patterning in the ventral hippocampus.

Shetab Boushehri, S. ; Essig, K. ; Chlis, N.K. ; Herter, S. ; Bacac, M. ; Theis, F.J. ; Glasmacher, E. ; Marr, C. ; Schmich, F.

Explainable machine learning for profiling the immunological synapse and functional characterization of therapeutic antibodies.
Nat. Mach. Intell. 5, 1176-1178 (2023)

Debus, C. ; Piraud, M. ; Streit, A. ; Theis, F.J. ; Götz, M.

Reporting electricity consumption is essential for sustainable AI.
Nat. Cell Biol. 12, 1873-1883 (2023)

Noack, F. ; Vangelisti, S. ; Ditzer, N. ; Chong, F. ; Albert, M. ; Bonev, B.

Joint epigenome profiling reveals cell-type-specific gene regulatory programmes in human cortical organoids.

Schmidt, S. ; Stautner, C. ; Vu, D.T. ; Heinz, A. ; Regensburger, M. ; Karayel, O. ; Trümbach, D. ; Artati, A. ; Kaltenhäuser, S. ; Nassef, M.Z. ; Hembach, S. ; Steinert, L. ; Winner, B. ; Jürgen, W. ; Jastroch, M. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Westmeyer, G.G. ; Adamski, J. ; Mann, M. ; Hiller, K. ; Giesert, F. ; Vogt Weisenhorn, D.M. ; Wurst, W.

A reversible state of hypometabolism in a human cellular model of sporadic Parkinson's disease.
BioSpektrum 29, 378-380 (2023)

Mairhörmann, B. ; Padovani, F. ; Schmoller, K.M.

Zugängliche KI-Algorithmen für bessere Zellmikroskopie.
Nucleic Acids Res. 51, 12303-12324 (2023)

Chanou, A. ; Weiß, M. ; Holler, K. ; Sajid, A. ; Straub, T. ; Krietsch, J. ; Sanchi, A. ; Ummethum, H. ; Lee, C.S.K. ; Kruse, E. ; Trauner, M. ; Werner, M. ; Lalonde, M. ; Lopes, M. ; Scialdone, A. ; Hamperl, S.

Single molecule MATAC-seq reveals key determinants of DNA replication origin efficiency.

Pal, M. ; Altamirano-Pacheco, L. ; Schauer, T. ; Torres-Padilla, M.E.

Reorganization of lamina-associated domains in early mouse embryos is regulated by RNA polymerase II activity.
Am. J. Physiol.-Cell Physiol. 325, C1131-C1143 (2023)

Maurer, J. ; Zhao, X. ; Irmler, M. ; Gudiksen, A. ; Pilmark, N.S. ; Li, Q. ; Goj, T. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Birkenfeld, A.L. ; Peter, A. ; Lehmann, R. ; Pilegaard, H. ; Karstoft, K. ; Xu, G. ; Weigert, C.

Redox state and altered pyruvate metabolism contribute to a dose-dependent metformin-induced lactate production of human myotubes.
ACS Nano 17, 21056-21072 (2023)

Han, L. ; Haefner, V. ; Yu, Y. ; Han, B. ; Ren, H. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Liu, Q. ; Feuchtinger, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Adler, H. ; Stöger, T.

Nanoparticle-exposure-triggered virus reactivation induces lung emphysema in mice.
Diabetes 72, 1870-1880 (2023)

Nogal, A. ; Tettamanzi, F. ; Dong, Q. ; Louca, P. ; Visconti, A. ; Christiansen, C. ; Breuninger, T.A. ; Linseisen, J. ; Grallert, H. ; Wawro, N. ; Asnicar, F. ; Wong, K. ; Baleanu, A.F. ; Michelotti, G.A. ; Segata, N. ; Falchi, M. ; Peters, A. ; Franks, P.W. ; Bagnardi, V. ; Spector, T.D. ; Bell, J.T. ; Gieger, C. ; Valdes, A.M. ; Menni, C.

A faecal metabolite signature of impaired fasting glucose: Results from twoindependent population-based cohorts.
Cardiovasc. Res. 119, 2743-2754 (2023)

Nogal, A. ; Alkis, T. ; Lee, Y. ; Kifer, D. ; Hu, J. ; Murphy, R.A. ; Huang, Z. ; Wang-Sattler, R. ; Kastenmüller, G. ; Linkohr, B. ; Barrios, C. ; Crespo, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Price, J. ; Rexrode, K.M. ; Yu, B. ; Menni, C.

Predictive metabolites for incident myocardial infarction: A two-step meta-analysis of individual patient data from six cohorts comprising 7,897 individuals from the the COnsortium of METabolomic Studies.
Clin. Epigenet. 15:166 (2023)

Costeira, R. ; Evangelista, L. ; Wilson, R. ; Yan, X. ; Hellbach, F. ; Sinke, L. ; Christiansen, C. ; Villicaña, S. ; Masachs, O.M. ; Tsai, P.C. ; Mangino, M. ; Menni, C. ; Berry, S.E. ; Beekman, M. ; van Heemst, D. ; Slagboom, P.E. ; Heijmans, B.T. ; Suhre, K. ; Kastenmüller, G. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Small, K.S. ; Linseisen, J. ; Waldenberger, M. ; Bell, J.T.

Metabolomic biomarkers of habitual B vitamin intakes unveil novel differentially methylated positions in the human epigenome.
Front. Genet. 14:1235337 (2023)

de Las Fuentes, L. ; Schwander, K.L. ; Brown, M.R. ; Bentley, A.R. ; Winkler, T.W. ; Sung, Y.J. ; Munroe, P.B. ; Miller, C.L. ; Aschard, H. ; Aslibekyan, S. ; Bartz, T.M. ; Bielak, L.F. ; Chai, J.F. ; Cheng, C.Y. ; Dorajoo, R. ; Feitosa, M.F. ; Guo, X. ; Hartwig, F.P. ; Horimoto, A.R. ; Kolcic, I. ; Lim, E. ; Liu, Y. ; Manning, A.K. ; Marten, J. ; Musani, S.K. ; Noordam, R. ; Padmanabhan, S. ; Rankinen, T. ; Richard, M.A. ; Ridker, P.M. ; Smith, A.V. ; Vojinovic, D. ; Zonderman, A.B. ; Alver, M. ; Boissel, M. ; Christensen, K. ; Freedman, B.I. ; Gao, C. ; Giulianini, F. ; Harris, S.E. ; He, M. ; Hsu, F.C. ; Kühnel, B. ; Laguzzi, F. ; Li, X. ; Lyytikäinen, L.P. ; Nolte, I.M. ; Poveda, A. ; Rauramaa, R. ; Riaz, M. ; Robino, A. ; Sofer, T. ; Takeuchi, F. ; Tayo, B.O. ; van der Most, P.J. ; Verweij, N. ; Ware, E.B. ; Weiss, S. ; Wen, W. ; Yanek, L.R. ; Zhan, Y. ; Amin, N. ; Arking, D.E. ; Ballantyne, C. ; Boerwinkle, E. ; Brody, J.A. ; Broeckel, U. ; Campbell, A. ; Canouil, M. ; Chai, X. ; Chen, Y.D.I. ; Chen, X. ; Chitrala, K.N. ; Concas, M.P. ; de Faire, U. ; de Mutsert, R. ; de Silva, H.J. ; de Vries, P.S. ; Do, A.N. ; Faul, J.D. ; Fisher, V. ; Floyd, J.S. ; Forrester, T. ; Friedlander, Y. ; Girotto, G. ; Gu, C.C. ; Hallmans, G. ; Heikkinen, S. ; Heng, C.K. ; Homuth, G. ; Hunt, S. ; Ikram, M.A. ; Jacobs, D.R. ; Kavousi, M. ; Khor, C.C. ; Kilpeläinen, T.O. ; Koh, W.P. ; Komulainen, P. ; Langefeld, C.D. ; Liang, J. ; Peters, A. ; Raitakari, O.T. ; Waldenberger, M. ; Wilson, G. ; Xuan, D. ; Yao, J. ; Gieger, C. ; Jonas, J.B. ; Kato, N. ; Lakka, T. ; Meitinger, T. ; Milaneschi, Y. ; Nauck, M. ; Palmer, N.D. ; Strauch, K. ; Sims, M. ; Bonnefond, A. ; Fox, E.R. ; Fornage, M.

Gene-educational attainment interactions in a multi-population genome-wide meta-analysis identify novel lipid loci.
Genome Biol. 24:234 (2023)

Sánchez Quant, E.S. ; Richter, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Martinez Jimenez, C.P.

Single-cell metabolic profiling reveals subgroups of primary human hepatocytes with heterogeneous responses to drug challenge.
Hemasphere 7:e958 (2023)

Swoboda, A.S. ; Arfelli, V.C. ; Danese, A. ; Windisch, R. ; Kerbs, P. ; Redondo Monte, E. ; Bagnoli, J.W. ; Chen-Wichmann, L. ; Caroleo, A. ; Cusan, M. ; Krebs, S. ; Blum, H. ; Sterr, M. ; Enard, W. ; Herold, T. ; Colomé-Tatché, M. ; Wichmann, C. ; Greif, P.A.

CSF3R T618I collaborates With RUNX1-RUNX1T1 to expand hematopoietic progenitors and sensitizes to GLI inhibition.

Ratajczak, F. ; Joblin, M. ; Hildebrandt, M. ; Ringsquandl, M. ; Falter-Braun, P. ; Heinig, M.

Speos: An ensemble graph representation learning framework to predict core gene candidates for complex diseases.
Genes Dev. 37, 779-780 (2023)

Stricker, S.H.

Folding makes an imprint.
Nat. Methods 20, 1683-1692 (2023)

De Donno, C. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Moinfar, A.A. ; Wagenstetter, M. ; Zappia, L. ; Lotfollahi, M. ; Theis, F.J.

Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples.

Frishberg, A. ; Milman, N. ; Alpert, A. ; Spitzer, H. ; Asani, B. ; Schiefelbein, J.B. ; Bakin, E. ; Regev-Berman, K. ; Priglinger, S.G. ; Schultze, J.L. ; Theis, F.J. ; Shen-Orr, S.S.

Reconstructing disease dynamics for mechanistic insights and clinical benefit.
iScience 26:108205 (2023)

Ori, C. ; Ansari, M. ; Angelidis, I. ; Olmer, R. ; Martin, U. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B. ; Drukker, M.

Human pluripotent stem cell fate trajectories toward lung and hepatocyte progenitors.
In: (26th International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI), Vancouver, CANADA, 8-12 October 2023). Gewerbestrasse 11, Cham, Ch-6330, Switzerland: Springer International Publishing Ag, 2023. 514-524 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 14227 LNCS)

Tran, M. ; Lahiani, A. ; Dicente Cid, Y. ; Boxberg, M. ; Lienemann, P. ; Matek, C. ; Wagner, S. ; Theis, F.J. ; Klaiman, E. ; Peng, T.

B-Cos Aligned Transformers Learn Human-Interpretable Features.
Nat. Struct. Mol. Biol. 30, 1628-1639 (2023)

Basu, S. ; Shukron, O. ; Hall, D. ; Parutto, P. ; Ponjavic, A. ; Shah, D. ; Boucher, W. ; Lando, D. ; Zhang, W. ; Reynolds, N. ; Sober, L.H. ; Jartseva, A. ; Ragheb, R. ; Ma, X. ; Cramard, J. ; Floyd, R. ; Balmer, J. ; Drury, T.A. ; Carr, A.R. ; Needham, L.M. ; Aubert, A. ; Communie, G. ; Gor, K. ; Steindel, M. ; Morey, L. ; Blanco, E. ; Bartke, T. ; di Croce, L. ; Berger, I. ; Schaffitzel, C. ; Lee, S.F. ; Stevens, T.J. ; Klenerman, D. ; Hendrich, B.D. ; Holcman, D. ; Laue, E.D.

Live-cell three-dimensional single-molecule tracking reveals modulation of enhancer dynamics by NuRD.
Nat. Struct. Mol. Biol. 30, 1549-1560 (2023)

Seel, A. ; Padovani, F. ; Mayer, M. ; Finster, A. ; Bureik, D. ; Thoma, F. ; Osman, C. ; Klecker, T. ; Schmoller, K.M.

Regulation with cell size ensures mitochondrial DNA homeostasis during cell growth.
Nat. Methods 20, 1037-1047 (2023)

Beagrie, R.A. ; Thieme, C.J. ; Annunziatella, C. ; Baugher, C. ; Zhang, Y. ; Schueler, M. ; Kukalev, A. ; Kempfer, R. ; Chiariello, A.M. ; Bianco, S. ; Li, Y. ; Davis, T. ; Scialdone, A. ; Welch, L.R. ; Nicodemi, M. ; Pombo, A.

Multiplex-GAM: genome-wide identification of chromatin contacts yields insights overlooked by Hi-C.
In:. 525 B Street, Suite 1900, San Diego, Ca 92101-4495 Usa: Elsevier Academic Press Inc, 2023. 199-219 (Methods Cell Biol. ; 182)

Lalonde, M. ; Ummethum, H. ; Trauner, M. ; Ettinger, A. ; Hamperl, S.

An automated image analysis pipeline to quantify the coordination and overlap of transcription and replication activity in mammalian genomes.
AoB Plants 15:plad032 (2023)

Auge, G. ; Hankofer, V. ; Groth, M. ; Antoniou-Kourounioti, R. ; Ratikainen, I. ; Lampei, C.

Plant environmental memory: Implications, mechanisms and opportunities for plant scientists and beyond.
Hum. Mol. Genet. 32, 2717-2734 (2023)

Lucienne, M. ; Gerlini, R. ; Rathkolb, B. ; Calzada-Wack, J. ; Forny, P. ; Wueest, S. ; Kaech, A. ; Traversi, F. ; Forny, M. ; Bürer, C. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Sauer, S. ; Kölker, S. ; Dewulf, J.P. ; Bommer, G.T. ; Hoces, D. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Rozman, J. ; Froese, D.S. ; Baumgartner, M.R. ; Hrabě de Angelis, M.

Insights into energy balance dysregulation from a mouse model of methylmalonic aciduria.
Ann. Am. Thorac. Soc. 20, 1124-1135 (2023)

Ngo, D. ; Pratte, K.A. ; Flexeder, C. ; Petersen, H. ; Dang, H. ; Ma, Y. ; Keyes, M.J. ; Gao, Y. ; Deng, S. ; Peterson, B.D. ; Farrell, L.A. ; Bhambhani, V.M. ; Palacios, C. ; Quadir, J. ; Gillenwater, L. ; Xu, H. ; Emson, C. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Graumann, J. ; Jain, D. ; Conomos, M.P. ; Tracy, R.P. ; Guo, X. ; Liu, Y. ; Johnson, W.C. ; Cornell, E. ; Durda, P. ; Taylor, K.D. ; Papanicolaou, G.J. ; Rich, S.S. ; Rotter, J.I. ; Rennard, S.I. ; Curtis, J.L. ; Woodruff, P.G. ; Comellas, A.P. ; Silverman, E.K. ; Crapo, J.D. ; Larson, M.G. ; Vasan, R.S. ; Wang, T.J. ; Correa, A. ; Sims, M. ; Wilson, J.G. ; Gerszten, R.E. ; O’Connor, G.T. ; Barr, R.G. ; Couper, D. ; Dupuis, J. ; Manichaikul, A. ; O’Neal, W.K. ; Tesfaigzi, Y. ; Schulz, H. ; Bowler, R.P.

Systemic markers of lung function and forced expiratory volume in 1 second decline across diverse cohorts.
Nat. Immunol. 24:1960 (2023)

Zhao, J.H. ; Stacey, D. ; Eriksson, N. ; Macdonald-Dunlop, E. ; Hedman, A.K. ; Kalnapenkis, A. ; Enroth, S. ; Cozzetto, D. ; Digby-Bell, J. ; Marten, J. ; Folkersen, L. ; Herder, C. ; Jonsson, L. ; Bergen, S.E. ; Gieger, C. ; Needham, E.J. ; Surendran, P. ; Metspalu, A. ; Milani, L. ; Mägi, R. ; Nelis, M. ; Hudjašov, G. ; Paul, D.S. ; Polasek, O. ; Thorand, B. ; Grallert, H. ; Roden, M. ; Võsa, U. ; Esko, T. ; Hayward, C. ; Johansson, A. ; Gyllensten, U. ; Powell, N. ; Hansson, O. ; Mattsson-Carlgren, N. ; Joshi, P.K. ; Danesh, J. ; Padyukov, L. ; Klareskog, L. ; Landen, M. ; Wilson, J.F. ; Siegbahn, A. ; Wallentin, L. ; Mälarstig, A. ; Butterworth, A.S. ; Peters, J.E.

Author Correction: Genetics of circulating inflammatory proteins identifies drivers of immune-mediated disease risk and therapeutic targets (Nature Immunology, (2023), 24, 9, (1540-1551), 10.1038/s41590-023-01588-w).
Nat. Genet. 55, 1448-1461 (2023)

Lagou, V. ; Jiang, L. ; Ulrich, A. ; Zudina, L. ; González, K.S.G. ; Balkhiyarova, Z. ; Faggian, A. ; Maina, J.G. ; Chen, S. ; Todorov, P.V. ; Sharapov, S. ; David, A. ; Marullo, L. ; Mägi, R. ; Rujan, R.M. ; Ahlqvist, E. ; Thorleifsson, G. ; Gao, Η. ; Εvangelou, Ε. ; Benyamin, B. ; Scott, R.A. ; Isaacs, A. ; Zhao, J.H. ; Willems, S.M. ; Johnson, T. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Meisinger, C. ; Müller-Nurasyid, M. ; Strawbridge, R.J. ; Goel, A. ; Rybin, D. ; Albrecht, E. ; Jackson, A.U. ; Stringham, H.M. ; Corrêa, I.R. ; Farber-Eger, E. ; Steinthorsdottir, V. ; Uitterlinden, A.G. ; Munroe, P.B. ; Brown, M.J. ; Schmidberger, J. ; Holmen, O. ; Thorand, B. ; Hveem, K. ; Wilsgaard, T. ; Mohlke, K.L. ; Wang, Z. ; den Hoed, M. ; Shmeliov, A. ; Loos, R.J.F. ; Kratzer, W. ; Haenle, M. ; Koenig, W. ; Boehm, B.O. ; Tan, T.M. ; Tomas, A. ; Salem, V. ; Barroso, I. ; Tuomilehto, J. ; Boehnke, M. ; Florez, J.C. ; Hamsten, A. ; Watkins, H. ; Njølstad, I. ; Wichmann, H.-E. ; Caulfield, M.J. ; Khaw, K.T. ; van Duijn, C.M. ; Hofman, A. ; Wareham, N.J. ; Langenberg, C. ; Whitfield, J.B. ; Martin, N.G. ; Montgomery, G. ; Scapoli, C. ; Tzoulaki, I. ; Elliott, P. ; Thorsteinsdottir, U. ; Stefansson, K. ; Brittain, E.L. ; McCarthy, M.I. ; Froguel, P. ; Sexton, P.M. ; Wootten, D. ; Groop, L. ; Dupuis, J. ; Meigs, J.B. ; Deganutti, G. ; Demirkan, A. ; Pers, T.H. ; Reynolds, C.A. ; Aulchenko, Y.S. ; Kaakinen, M.A. ; Jones, B. ; Prokopenko, I.

GWAS of random glucose in 476,326 individuals provide insights into diabetes pathophysiology, complications and treatment stratification.
Nat. Genet. 55, 1778-1779 (2023)

Shrine, N. ; Izquierdo, A.G. ; Chen, J. ; Packer, R. ; Hall, R.J. ; Guyatt, A.L. ; Batini, C. ; Thompson, R.J. ; Pavuluri, C. ; Malik, V. ; Hobbs, B.D. ; Moll, M. ; Kim, W. ; Tal-Singer, R. ; Bakke, P. ; Fawcett, K.A. ; John, C. ; Coley, K. ; Piga, N.N. ; Pozarickij, A. ; Lin, K. ; Millwood, I.Y. ; Chen, Z. ; Li, L. ; Wijnant, S.R.A. ; Lahousse, L. ; Brusselle, G. ; Uitterlinden, A.G. ; Manichaikul, A. ; Oelsner, E.C. ; Rich, S.S. ; Barr, R.G. ; Kerr, S.M. ; Vitart, V. ; Brown, M.R. ; Wielscher, M. ; Imboden, M. ; Jeong, A. ; Bartz, T.M. ; Gharib, S.A. ; Flexeder, C. ; Karrasch, S. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Stubbe, B. ; Hu, X. ; Ortega, V.E. ; Meyers, D.A. ; Bleecker, E.R. ; Gabriel, S.B. ; Gupta, N. ; Smith, A.V. ; Luan, J. ; Zhao, J.H. ; Hansen, A.F. ; Langhammer, A. ; Willer, C. ; Bhatta, L. ; Porteous, D. ; Smith, B.H. ; Campbell, A. ; Sofer, T. ; Lee, J. ; Daviglus, M.L. ; Yu, B. ; Lim, E. ; Xu, H. ; O’Connor, G.T. ; Thareja, G. ; Albagha, O.M.E. ; Ismail, S.I. ; Al-Muftah, W. ; Badji, R. ; Mbarek, H. ; Darwish, D. ; Fadl, T. ; Yasin, H. ; Ennaifar, M. ; Abdellatif, R. ; Alkuwari, F. ; Alvi, M. ; Al-Sarraj, Y. ; Saad, C. ; Althani, A. ; Fethnou, E. ; Qafoud, F. ; Alkhayat, E. ; Afifi, N. ; Tomei, S. ; Liu, W. ; Lorenz, S. ; Syed, N. ; Almabrazi, H. ; Vempalli, F.R. ; Temanni, R. ; Saqri, T.A. ; Khatib, M. ; Hamza, M. ; Zaid, T.A. ; El Khouly, A. ; Zeggini, E. ; Tobin, M.D.

Author Correction: Multi-ancestry genome-wide association analyses improve resolution of genes and pathways influencing lung function and chronic obstructive pulmonary disease risk (Nature Genetics, (2023), 55, 3, (410-422), 10.1038/s41588-023-01314-0).

Ramakrishnan, A. ; Symeonidi, A. ; Hanel, P. ; Schmid, K.T. ; Richter, M.L. ; Schubert, M. ; Colomé-Tatché, M.

epiAneufinder identifies copy number alterations from single-cell ATAC-seq data.
Microbiome 11:206 (2023)

Amar, Y. ; Rogner, D. ; Silva, R. ; Fösel, B. ; Ud-Dean, M. ; Lagkouvardos, I. ; Steimle‑Grauer, S.A. ; Niedermeier, S. ; Kublik, S. ; Jargosch, M. ; Heinig, M. ; Thomas, J. ; Eyerich, S. ; Wikström, J.D. ; Schloter, M. ; Eyerich, K. ; Biedermann, T. ; Köberle, M.

Correction: Darier’s disease exhibits a unique cutaneous microbial dysbiosis associated with inflammation and body malodour (Microbiome, (2023), 11, 1, (162), 10.1186/s40168-023-01587-x).

Ohnmacht, A. ; Stahler, A. ; Stintzing, S. ; Modest, D.P. ; Holch, J.W. ; Westphalen, C.B. ; Hölzel, L. ; Schübel, M.K. ; Galhoz, A. ; Farnoud, A. ; Ud-Dean, M. ; Vehling-Kaiser, U. ; Decker, T. ; Moehler, M. ; Heinig, M. ; Heinemann, V. ; Menden, M.P.

The Oncology Biomarker Discovery framework reveals cetuximab and bevacizumab response patterns in metastatic colorectal cancer.
Front. Plant Sci. 14:1124899 (2023)

Han, Y. ; Georgii, E. ; Priego-Cubero, S. ; Wurm, C. ; Hüther, P. ; Huber, G. ; Koller, R. ; Becker, C. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.

Arabidopsis histone deacetylase HD2A and HD2B regulate seed dormancy by repressing DELAY OF GERMINATION 1.

Han, Y. ; Haouel, A. ; Georgii, E. ; Priego-Cubero, S. ; Wurm, C. ; Hemmler, D. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Becker, C. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.

Histone deacetylases HD2A and HD2B undergo feedback regulation by ABA and modulate drought tolerance via mediating ABA-induced transcriptional repression.
Nat. Metab. 5, 1615-1637 (2023)

Hrovatin, K. ; Bastidas-Ponce, A. ; Bakhti, M. ; Zappia, L. ; Büttner, M. ; Salinno, C. ; Sterr, M. ; Böttcher, A. ; Migliorini, A. ; Lickert, H. ; Theis, F.J.

Delineating mouse β-cell identity during lifetime and in diabetes with a single cell atlas.

Henao, J. ; Lauber, M. ; Azevedo, M. ; Grekova, A. ; Theis, F.J. ; List, M. ; Ogris, C. ; Schubert, B.

Multi-omics regulatory network inference in the presence of missing data.
Stem Cell Rep. 18, 1972-1986 (2023)

Rosowski, S. ; Remmert, C. ; Marder, M. ; Akishiba, M. ; Bushe, J. ; Feuchtinger, A. ; Platen, A. ; Ussar, S. ; Theis, F.J. ; Wiedenmann, S. ; Meier, M.

Single-cell characterization of neovascularization using hiPSC-derived endothelial cells in a 3D microenvironment.
Mol. Syst. Biol. 19:e11799 (2023)

Polychronidou, M. ; Hou, J. ; Babu, M.M. ; Liberali, P. ; Amit, I. ; Deplancke, B. ; Lahav, G. ; Itzkovitz, S. ; Mann, M. ; Saez-Rodriguez, J. ; Theis, F.J. ; Eils, R.

Single-cell biology: What does the future hold?

Karl, L.A. ; Galanti, L. ; Bantele, S.C. ; Metzner, F. ; Šafarić, B. ; Rajappa, L. ; Foster, B. ; Pires, V.B. ; Bansal, P. ; Chacin, E. ; Basquin, J. ; Duderstadt, K.E. ; Kurat, C.F. ; Bartke, T. ; Hopfner, K.P. ; Pfander, B.

A SAM-key domain required for enzymatic activity of the Fun30 nucleosome remodeler.

Guthmann, M. ; Qian, C. ; Gialdini, I. ; Nakatani, T. ; Ettinger, A. ; Schauer, T. ; Kukhtevich, I. ; Schneider, R. ; Lamb, D.C. ; Burton, A. ; Torres-Padilla, M.E.

A change in biophysical properties accompanies heterochromatin formation in mouse embryos.

Nieborak, A. ; Lukauskas, S. ; Capellades, J. ; Heyn, P. ; Santos, G.S. ; Motzler, K. ; Zeigerer, A. ; Bester, R. ; Protzer, U. ; Schelter, F. ; Wagner, M. ; Carell, T. ; Hruscha, A. ; Schmid, B. ; Yanes, O. ; Schneider, R.

Depletion of pyruvate kinase (PK) activity causes glycolytic intermediate imbalances and reveals a PK-TXNIP regulatory axis.
Nucleic Acids Res. 51, 7709-7713 (2023)

Bannister, A.J. ; Schneider, R. ; Varga-Weisz, P.

Editorial: Colyn Crane-Robinson (1935-2023).

Lubatti, G. ; Stock, M. ; Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Riepl, M. ; Tyser, R.C.V. ; Danese, A. ; Colomé-Tatché, M. ; Theis, F.J. ; Srinivas, S. ; Torres-Padilla, M.E. ; Scialdone, A.

CIARA: A cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data.
Phys. Rev. E 107:044403 (2023)

Lazzardi, S. ; Valle, F. ; Mazzolini, A. ; Scialdone, A. ; Caselle, M. ; Osella, M.

Emergent statistical laws in single-cell transcriptomic data.
Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 24, 691-694 (2023)

Bell, O. ; Burton, A. ; Dean, C. ; Gasser, S.M. ; Torres-Padilla, M.E.

Heterochromatin definition and function.
Cell Rep. 42:112380 (2023)

Cossec, J.C. ; Traboulsi, T. ; Sart, S. ; Loe-Mie, Y. ; Guthmann, M. ; Hendriks, I.A. ; Theurillat, I. ; Nielsen, M.L. ; Torres-Padilla, M.E. ; Baroud, C.N. ; Dejean, A.

Transient suppression of SUMOylation in embryonic stem cells generates embryo-like structures.
EMBO Rep. 24:e56194 (2023)

Canat, A. ; Atilla, D. ; Torres-Padilla, M.E.

Hyperosmotic stress induces 2-cell-like cells through ROS and ATR signaling.
Blood 142, 90-105 (2023)

Bamezai, S. ; Pulikkottil, A.J. ; Yadav, T. ; Vegi, N.M. ; Mueller, J. ; Mark, J. ; Mandal, T. ; Feder, K. ; Ihme, S. ; Song, C. ; Rosler, R. ; Wiese, S. ; Hoell, J.I. ; Kloetgen, A. ; Karsan, A. ; Kumari, A. ; Wojenski, L. ; Sinha, A.U. ; González-Menéndez, I. ; Quintanilla-Martinez, L. ; Donato, E. ; Trumpp, A. ; Kruse, E. ; Hamperl, S. ; Zou, L. ; Rawat, V.P.S. ; Buske, C.

A noncanonical enzymatic function of PIWIL4 maintains genomic integrity and leukemic growth in AML.

Ouni, M. ; Eichelmann, F. ; Jähnert, M. ; Krause, C. ; Saussenthaler, S. ; Ott, C. ; Gottmann, P. ; Speckmann, T. ; Huypens, P. ; Wolter, S. ; Mann, O. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J. ; Kirchner, H. ; Schulze, M.B. ; Schürmann, A.

Differences in DNA methylation of HAMP in blood cells predicts the development of type 2 diabetes.

Duschek, E. ; Forer, L. ; Schönherr, S. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Kronenberg, F. ; Grallert, H. ; Lamina, C.

A polygenic and family risk score are both independently associated with risk of type 2 diabetes in a population-based study.
Nat. Genet. 55, 410-422 (2023)

Shrine, N. ; Izquierdo, A.G. ; Chen, J. ; Packer, R. ; Hall, R.J. ; Guyatt, A.L. ; Batini, C. ; Thompson, R.J. ; Pavuluri, C. ; Malik, V. ; Hobbs, B.D. ; Moll, M. ; Kim, W. ; Tal-Singer, R. ; Bakke, P. ; Fawcett, K.A. ; John, C. ; Coley, K. ; Piga, N.N. ; Pozarickij, A. ; Lin, K. ; Millwood, I.Y. ; Chen, Z. ; Li, L. ; Wijnant, S.R.A. ; Lahousse, L. ; Brusselle, G. ; Uitterlinden, A.G. ; Manichaikul, A. ; Oelsner, E.C. ; Rich, S.S. ; Barr, R.G. ; Kerr, S.M. ; Vitart, V. ; Brown, M.R. ; Wielscher, M. ; Imboden, M. ; Jeong, A. ; Bartz, T.M. ; Gharib, S.A. ; Flexeder, C. ; Karrasch, S. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Stubbe, B. ; Hu, X. ; Ortega, V.E. ; Meyers, D.A. ; Bleecker, E.R. ; Gabriel, S.B. ; Gupta, N. ; Smith, A.V. ; Luan, J. ; Zhao, J.H. ; Hansen, A.F. ; Langhammer, A. ; Willer, C. ; Bhatta, L. ; Porteous, D. ; Smith, B.H. ; Campbell, A. ; Sofer, T. ; Lee, J. ; Daviglus, M.L. ; Yu, B. ; Lim, E. ; Xu, H. ; O'Connor, G.T. ; Thareja, G. ; Albagha, O.M.E. ; Suhre, K. ; Granell, R. ; Faquih, T.O. ; Hiemstra, P.S. ; Slats, A.M. ; Mullin, B.H. ; Hui, J. ; James, A. ; Beilby, J. ; Patasova, K. ; Hysi, P. ; Koskela, J.T. ; Wyss, A.B. ; Jin, J. ; Sikdar, S. ; Lee, M. ; May-Wilson, S. ; Pirastu, N. ; Kentistou, K.A. ; Joshi, P.K. ; Timmers, P.R.H.J. ; Williams, A.T. ; Free, R.C. ; Wang, X. ; Morrison, J.L. ; Gilliland, F.D. ; Wang, C.A. ; Foong, R.E. ; Harris, S.E. ; Taylor, A. ; Redmond, P. ; Cook, J.P. ; Mahajan, A. ; Lind, L. ; Palviainen, T. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Kaprio, J. ; Rantanen, T. ; Pietiläinen, K.H. ; Cox, S.R. ; Pennell, C.E. ; Hall, G.L. ; Gauderman, W.J. ; Brightling, C. ; Wilson, J.F. ; Vasankari, T. ; Laitinen, T. ; Salomaa, V. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Timpson, N.J. ; Zeggini, E. ; Dupuis, J. ; Hayward, C. ; Brumpton, B. ; Langenberg, C. ; Weiss, S. ; Homuth, G. ; Schmidt, C.O. ; Probst-Hensch, N. ; Jarvelin, M.R. ; Morrison, A.C. ; Polasek, O. ; Rudan, I. ; Lee, J.H. ; Sayers, I. ; Rawlins, E.L. ; Dudbridge, F. ; Silverman, E.K. ; Strachan, D.P. ; Walters, R.G. ; Morris, A.P. ; London, S.J. ; Cho, M.H. ; Wain, L.V. ; Hall, I.P. ; Tobin, M.D.

Multi-ancestry genome-wide association analyses improve resolution of genes and pathways influencing lung function and chronic obstructive pulmonary disease risk.
Nature Aging 3, 450-458 (2023)

Cheng, Y. ; Gadd, D.A. ; Gieger, C. ; Monterrubio-Gómez, K. ; Zhang, Y. ; Berta, I. ; Stam, M.J. ; Szlachetka, N. ; Lobzaev, E. ; Wrobel, N. ; Murphy, L. ; Campbell, A. ; Nangle, C. ; Walker, R.M. ; Fawns-Ritchie, C. ; Peters, A. ; Rathmann, W. ; Porteous, D.J. ; Evans, K.L. ; McIntosh, A.M. ; Cannings, T.I. ; Waldenberger, M. ; Ganna, A. ; McCartney, D.L. ; Vallejos, C.A. ; Marioni, R.E.

Development and validation of DNA methylation scores in two European cohorts augment 10-year risk prediction of type 2 diabetes.
Nat. Genet. 55, 973-983 (2023)

Williamson, A. ; Norris, D.M. ; Yin, X. ; Broadaway, K.A. ; Moxley, A.H. ; Vadlamudi, S. ; Wilson, E.P. ; Jackson, A.U. ; Ahuja, V. ; Andersen, M.K. ; Arzumanyan, Z. ; Bonnycastle, L.L. ; Bornstein, S.R. ; Bretschneider, M.P. ; Buchanan, T.A. ; Chang, Y.C. ; Chuang, L.M. ; Chung, R.H. ; Clausen, T.D. ; Damm, P. ; Delgado, G.E. ; de Mello, V.D. ; Dupuis, J. ; Dwivedi, O.P. ; Erdos, M.R. ; Fernandes Silva, L. ; Frayling, T.M. ; Gieger, C. ; Goodarzi, M.O. ; Guo, X. ; Gustafsson, S. ; Hakaste, L. ; Hammar, U. ; Hatem, G. ; Herrmann, S. ; Højlund, K. ; Horn, K. ; Hsueh, W.A. ; Hung, Y.J. ; Hwu, C.M. ; Jonsson, A. ; Kårhus, L.L. ; Kleber, M.E. ; Kovacs, P. ; Lakka, T.A. ; Lauzon, M. ; Lee, I.T. ; Lindgren, C.M. ; Lindstrom, J. ; Linneberg, A. ; Liu, C.T. ; Luan, J. ; Aly, D.M. ; Mathiesen, E. ; Moissl, A.P. ; Morris, A.P. ; Narisu, N. ; Perakakis, N. ; Peters, A. ; Prasad, R.B. ; Rodionov, R.N. ; Roll, K. ; Rundsten, C.F. ; Sarnowski, C. ; Savonen, K. ; Scholz, M. ; Sharma, S. ; Stinson, S.E. ; Suleman, S. ; Tan, J. ; Taylor, K.D. ; Uusitupa, M. ; Vistisen, D. ; Witte, D.R. ; Walther, R. ; Wu, P. ; Xiang, A.H. ; Zethelius, B. ; Ahlqvist, E. ; Bergman, R.N. ; Chen, Y.I. ; Collins, F.S. ; Fall, T. ; Florez, J.C. ; Fritsche, A. ; Grallert, H. ; Groop, L. ; Hansen, T. ; Koistinen, H.A. ; Komulainen, P. ; Laakso, M. ; Lind, L. ; Loeffler, M. ; Marz, W. ; Meigs, J.B. ; Raffel, L.J. ; Rauramaa, R. ; Rotter, J.I. ; Schwarz, P.E. ; Stumvoll, M. ; Sundström, J. ; Tönjes, A. ; Tuomi, T. ; Tuomilehto, J. ; Wagner, R. ; Barroso, I. ; Walker, M. ; Grarup, N. ; Boehnke, M. ; Wareham, N.J. ; Mohlke, K.L. ; Wheeler, E. ; O'Rahilly, S. ; Fazakerley, D.J. ; Langenberg, C.

Genome-wide association study and functional characterization identifies candidate genes for insulin-stimulated glucose uptake.
BMC Genom Data 24:28 (2023)

Herold, J.M. ; Nano, J. ; Gorski, M. ; Winkler, T.W. ; Stanzick, K.J. ; Zimmermann, M.E. ; Brandl, C. ; Peters, A. ; Koenig, W. ; Burkhardt, R. ; Gessner, A. ; Heid, I. ; Gieger, C. ; Stark, K.J.

Polygenic scores for estimated glomerular filtration rate in a population of general adults and elderly - comparative results from the KORA and AugUR study.
Mov. Disord. 38, 1410-1418 (2023)

Harrer, P. ; Mirza-Schreiber, N. ; Mandel, V. ; Roeber, S. ; Stefani, A. ; Naher, S. ; Wagner, M. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Högl, B. ; Herms, J. ; Schormair, B. ; Zhao, C. ; Winkelmann, J. ; Oexle, K.

Epigenetic association analyses and risk prediction of RLS.
Nat. Immunol. 24, 1540-1551 (2023)

Zhao, J.H. ; Stacey, D. ; Eriksson, N. ; Macdonald-Dunlop, E. ; Hedman,  ; Kalnapenkis, A. ; Enroth, S. ; Cozzetto, D. ; Digby-Bell, J. ; Marten, J. ; Folkersen, L. ; Herder, C. ; Jonsson, L. ; Bergen, S.E. ; Gieger, C. ; Needham, E.J. ; Surendran, P. ; Paul, D.S. ; Polasek, O. ; Thorand, B. ; Grallert, H. ; Roden, M. ; Võsa, U. ; Esko, T. ; Hayward, C. ; Johansson,  ; Gyllensten, U. ; Powell, N. ; Hansson, O. ; Mattsson-Carlgren, N. ; Joshi, P.K. ; Danesh, J. ; Padyukov, L. ; Klareskog, L. ; Landen, M. ; Wilson, J.F. ; Siegbahn, A. ; Wallentin, L. ; Mälarstig, A. ; Butterworth, A.S. ; Peters, J.E.

Genetics of circulating inflammatory proteins identifies drivers of immune-mediated disease risk and therapeutic targets.
Mol. Psychiatry 28, 3874-3887 (2023)

van der Spek, A. ; Stewart, I.D. ; Kühnel, B. ; Pietzner, M. ; Alshehri, T. ; Gauß, F. ; Hysi, P.G. ; MahmoudianDehkordi, S. ; Heinken, A. ; Luik, A.I. ; Ladwig, K.-H. ; Kastenmüller, G. ; Menni, C. ; Hertel, J. ; Ikram, M.A. ; de Mutsert, R. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Strauch, K. ; Völzke, H. ; Meitinger, T. ; Mangino, M. ; Flaquer, A. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Thiele, I. ; Kaddurah-Daouk, R. ; Dunlop, B.W. ; Rosendaal, F.R. ; Wareham, N.J. ; Spector, T.D. ; Kunze, S. ; Grabe, H.J. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Langenberg, C. ; van Duijn, C.M. ; Amin, N.

Circulating metabolites modulated by diet are associated with depression.

Kliesmete, Z. ; Wange, L.E. ; Vieth, B. ; Esgleas Izquierdo, M. ; Radmer, J. ; Hülsmann, M. ; Geuder, J. ; Richter, D. ; Ohnuki, M. ; Götz, M. ; Hellmann, I. ; Enard, W.

Regulatory and coding sequences of TRNP1 co-evolve with brain size and cortical folding in mammals.
Genome Biol. 24:80 (2023)

Li, S. ; Schmid, K. ; de Vries, D.H. ; Korshevniuk, M. ; Losert, C. ; Oelen, R. ; van Blokland, I.V. ; Groot, H.E. ; Swertz, M.A. ; van der Harst, P. ; Westra, H.J. ; van der Wijst, M.G.P. ; Heinig, M. ; Franke, L.

Identification of genetic variants that impact gene co-expression relationships using large-scale single-cell data.

Krause, J. ; Nickel, A. ; Madsen, A. ; Aitken-Buck, H.M. ; Stoter, A.M.S. ; Schrapers, J. ; Ojeda, F. ; Geiger, K. ; Kern, M. ; Kohlhaas, M. ; Bertero, E. ; Hofmockel, P. ; Hübner, F. ; Assum, I. ; Heinig, M. ; Müller, C. ; Hansen, A. ; Krause, T. ; Park, D.D. ; Just, S. ; Aïssi, D. ; Börnigen, D. ; Lindner, D. ; Friedrich, N. ; Alhussini, K. ; Bening, C. ; Schnabel, R.B. ; Karakas, M. ; Iacoviello, L. ; Salomaa, V. ; Linneberg, A. ; Tunstall-Pedoe, H. ; Kuulasmaa, K. ; Kirchhof, P. ; Blankenberg, S. ; Christ, T. ; Eschenhagen, T. ; Lamberts, R.R. ; Maack, C. ; Stenzig, J. ; Zeller, T.

An arrhythmogenic metabolite in atrial fibrillation.
Microbiome 11:162 (2023)

Amar, Y. ; Rogner, D. ; Silva, R. ; Fösel, B. ; Ud-Dean, M. ; Lagkouvardos, I. ; Steimle-Grauer, S.A. ; Niedermeier, S. ; Kublik, S. ; Jargosch, M. ; Heinig, M. ; Thomas, J. ; Eyerich, S. ; Wikström, J.D. ; Schloter, M. ; Eyerich, K. ; Biedermann, T. ; Köberle, M.

Darier's disease exhibits a unique cutaneous microbial dysbiosis associated with inflammation and body malodour.
Antioxidants 12:16 (2023)

Szepesi, Á. ; Bakacsy, L. ; Fehér, A. ; Kovács, H. ; Pálfi, P. ; Poór, P. ; Szőllősi, R. ; Gondor, O.K. ; Janda, T. ; Szalai, G. ; Lindermayr, C. ; Szabados, L. ; Zsigmond, L.

L-aminoguanidine induces imbalance of ROS/RNS homeostasis and polyamine catabolism of tomato roots after short-term salt exposure.
PLOS Digit Health 2:e0000187 (2023)

Hehr, M. ; Sadafi, A. ; Matek, C. ; Lienemann, P. ; Pohlkamp, C. ; Haferlach, T. ; Spiekermann, K. ; Marr, C.

Explainable AI identifies diagnostic cells of genetic AML subtypes.
iScience 26:107328 (2023)

Buck, M.C. ; Bast, L. ; Hecker, J.S. ; Riviere, J. ; Rothenberg-Thurley, M. ; Vogel, L. ; Wang, D. ; Andrä, I. ; Theis, F.J. ; Bassermann, F. ; Metzeler, K.H. ; Oostendorp, R.A.J. ; Marr, C. ; Götze, K.S.

Progressive disruption of hematopoietic architecture from clonal hematopoiesis to MDS.
Nat. Biotechnol. 41, 1787-1800 (2023)

Meier, A.B. ; Zawada, D. ; De Angelis, M.T. ; Martens, L.D. ; Santamaria, G. ; Zengerle, S. ; Nowak-Imialek, M. ; Kornherr, J. ; Zhang, F. ; Tian, Q. ; Wolf, C.M. ; Kupatt, C. ; Sahara, M. ; Lipp, P. ; Theis, F.J. ; Gagneur, J. ; Goedel, A. ; Laugwitz, K.L. ; Dorn, T. ; Moretti, A.

Epicardioid single-cell genomics uncovers principles of human epicardium biology in heart development and disease.
Nat. Rev. Genet. 24, 550-572 (2023)

Heumos, L. ; Schaar, A. ; Lance, C. ; Litinetskaya, A. ; Drost, F. ; Zappia, L. ; Luecken, M. ; Strobl, D.C. ; Henao, J. ; Curion, F. ; Schiller, H. ; Theis, F.J.

Best practices for single-cell analysis across modalities.
Nat. Cancer 4, 454-467 (2023)

Bärthel, S. ; Falcomatà, C. ; Rad, R. ; Theis, F.J. ; Saur, D.

Single-cell profiling to explore pancreatic cancer heterogeneity, plasticity and response to therapy.
Sci. Adv. 9:eadd8564 (2023)

Vornholz, L. ; Isay, S.E. ; Kurgyis, Z. ; Strobl, D.C. ; Loll, P. ; Mosa, M.H. ; Luecken, M. ; Sterr, M. ; Lickert, H. ; Winter, C. ; Greten, F.R. ; Farin, H.F. ; Theis, F.J. ; Ruland, J.

Synthetic enforcement of STING signaling in cancer cells appropriates the immune microenvironment for checkpoint inhibitor therapy.
J. Invest. Dermatol. 143, 1461-1469.e5 (2023)

Fischer, F. ; Doll, A. ; Uereyener, D. ; Roenneberg, S. ; Hillig, C. ; Weber, L. ; Hackert, V. ; Meinel, M. ; Farnoud, A. ; Seiringer, P. ; Thomas, J. ; Anand, P. ; Graner, L. ; Schlenker, F. ; Zengerle, R. ; Jonsson, P. ; Jargosch, M. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Biedermann, T. ; Howell, M. ; Reich, K. ; Eyerich, K. ; Menden, M.P. ; Garzorz-Stark, N. ; Lauffer, F. ; Eyerich, S.

Gene expression-based molecular test as diagnostic aid for the differential diagnosis of psoriasis and eczema in formalin-fixed and paraffin-embedded tissue, microbiopsies, and tape strips.

Böhner, A. ; Jargosch, M. ; Müller, N.S. ; Garzorz-Stark, N. ; Pilz, A.C. ; Lauffer, F. ; Wang, R. ; Roenneberg, S. ; Zink, A. ; Thomas, J. ; Theis, F.J. ; Biedermann, T. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.

The neglected twin: Nummular eczema is a variant of atopic dermatitis with codominant TH2/TH17 immune response.
Nat. Med. 29, 1563-1577 (2023)

Sikkema, L. ; Ramirez Suastegui, C. ; Strobl, D.C. ; Gillett, T.E. ; Zappia, L. ; Madissoon, E. ; Markov, N.S. ; Zaragosi, L.E. ; Ji, Y. ; Ansari, M. ; Arguel, M.J. ; Apperloo, L. ; Banchero, M. ; Bécavin, C. ; Berg, M. ; Chichelnitskiy, E. ; Chung, M.I. ; Collin, A. ; Gay, A.C.A. ; Schniering, J. ; Hooshiar Kashani, B. ; Inecik, K. ; Jain, M. ; Kapellos, T. ; Kole, T.M. ; Leroy, S. ; Mayr, C. ; Oliver, A.J. ; von Papen, M. ; Peter, L. ; Taylor, C.J. ; Walzthoeni, T. ; Xu, C. ; Bui, L.T. ; De Donno, C. ; Dony, L. ; Faiz, A. ; Guo, M. ; Gutierrez, A.J. ; Heumos, L. ; Huang, N. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Jackson, N.D. ; Kadur Lakshminarasimha Murthy, P. ; Lotfollahi, M. ; Tabib, T. ; Talavera Lopez, C.N. ; Travaglini, K.J. ; Wilbrey-Clark, A. ; Worlock, K.B. ; Yoshida, M. ; van den Berge, M. ; Bossé, Y. ; Desai, T.J. ; Eickelberg, O. ; Kaminski, N. ; Krasnow, M.A. ; Lafyatis, R. ; Nikolić, M.Z. ; Powell, J.E. ; Rajagopal, J. ; Rojas, M. ; Rozenblatt-Rosen, O. ; Seibold, M.A. ; Sheppard, D. ; Shepherd, D.P. ; Sin, D.D. ; Timens, W. ; Tsankov, A.M. ; Whitsett, J. ; Xu, Y. ; Banovich, N.E. ; Barbry, P. ; Duong, T.E. ; Falk, C.S. ; Meyer, K.B. ; Kropski, J.A. ; Pe'er, D. ; Schiller, H. ; Tata, P.R. ; Schultze, J.L. ; Teichmann, S.A. ; Misharin, A.V. ; Nawijn, M.C. ; Luecken, M. ; Theis, F.J.

An integrated cell atlas of the lung in health and disease.
Nat. Methods 20, 1058-1069 (2023)

Spitzer, H. ; Berry, S. ; Donoghoe, M. ; Pelkmans, L. ; Theis, F.J.

Learning consistent subcellular landmarks to quantify changes in multiplexed protein maps.
Cell Rep. 42:112525 (2023)

Kapellos, T. ; Baßler, K. ; Fujii, W. ; Nalkurthi, C. ; Schaar, A. ; Bonaguro, L. ; Pecht, T. ; Galvao, I. ; Agrawal, S. ; Saglam, A. ; Dudkin, E. ; Frishberg, A. ; De Domenico, E. ; Horne, A. ; Donovan, C. ; Kim, R.Y. ; Gallego-Ortega, D. ; Gillett, T.E. ; Ansari, M. ; Schulte-Schrepping, J. ; Offermann, N. ; Antignano, I. ; Sivri, B. ; Lu, W. ; Eapen, M.S. ; van Uelft, M. ; Osei-Sarpong, C. ; van den Berge, M. ; Donker, H.C. ; Groen, H.J.M. ; Sohal, S.S. ; Klein, J. ; Schreiber, T. ; Feißt, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Schiller, H. ; Nawijn, M.C. ; Becker, M. ; Händler, K. ; Beyer, M. ; Capasso, M. ; Ulas, T. ; Hasenauer, J. ; Pizarro, C. ; Theis, F.J. ; Hansbro, P.M. ; Skowasch, D. ; Schultze, J.

Systemic alterations in neutrophils and their precursors in early-stage chronic obstructive pulmonary disease.
Mol. Syst. Biol. 19:e11503 (2023)

Thielert, M. ; Itang, E.C. ; Ammar, C. ; Rosenberger, F.A. ; Bludau, I. ; Schweizer, L. ; Nordmann, T.M. ; Skowronek, P. ; Wahle, M. ; Zeng, W.F. ; Zhou, X.X. ; Brunner, A.D. ; Richter, S. ; Levesque, M.P. ; Theis, F.J. ; Steger, M. ; Mann, M.

Robust dimethyl-based multiplex-DIA doubles single-cell proteome depth via a reference channel.
Cell 186, 3706-3725.e29 (2023)

Kolabas, Z.I. ; Kuemmerle, L. ; Perneczky, R. ; Förstera, B. ; Ulukaya, S. ; Ali, M. ; Kapoor, S. ; Bartos, L.M. ; Büttner, M. ; Caliskan, Ö.S. ; Rong, Z. ; Mai, H. ; Höher, L. ; Jeridi, D. ; Molbay, M. ; Khalin, I. ; Deligiannis, I.K. ; Negwer, M. ; Roberts, K. ; Simats, A. ; Carofiglio, O. ; Todorov, M.I. ; Horvath, I. ; Öztürk, F. ; Hummel, S. ; Biechele, G. ; Zatcepin, A. ; Unterrainer, M. ; Gnörich, J. ; Roodselaar, J. ; Shrouder, J. ; Khosravani, P. ; Tast, B. ; Richter, L. ; Díaz-Marugán, L. ; Kaltenecker, D. ; Lux, L. ; Chen, Y. ; Zhao, S. ; Rauchmann, B.S. ; Sterr, M. ; Kunze, I. ; Stanic Aguilera, K.N. ; Kan, V.W.Y. ; Besson-Girard, S. ; Katzdobler, S. ; Palleis, C. ; Schädler, J. ; Paetzold, J.C. ; Liebscher, S. ; Hauser, A.E. ; Gokce, O. ; Lickert, H. ; Steinke, H. ; Benakis, C. ; Braun, C. ; Martinez Jimenez, C.P. ; Buerger, K. ; Albert, N.L. ; Höglinger, G. ; Levin, J. ; Haass, C. ; Kopczak, A. ; Dichgans, M. ; Havla, J. ; Kümpfel, T. ; Kerschensteiner, M. ; Schifferer, M. ; Simons, M. ; Liesz, A. ; Krahmer, N. ; Bayraktar, O.A. ; Franzmeier, N. ; Plesnila, N. ; Erener, S. ; Puelles, V.G. ; Delbridge, C. ; Bhatia, H.S. ; Hellal, F. ; Elsner, M. ; Bechmann, I. ; Ondruschka, B. ; Brendel, M. ; Theis, F.J. ; Ertürk, A.

Distinct molecular profiles of skull bone marrow in health and neurological disorders.

Michielsen, L. ; Lotfollahi, M. ; Strobl, D.C. ; Sikkema, L. ; Reinders, M.J.T. ; Theis, F.J. ; Mahfouz, A.

Single-cell reference mapping to construct and extend cell-type hierarchies.
Cell Death Dis. 14:414 (2023)

Hammad, S. ; Ogris, C. ; Othman, A. ; Erdoesi, P. ; Schmidt-Heck, W. ; Biermayer, I. ; Helm, B. ; Gao, Y. ; Piorońska, W. ; Holland, C.H. ; D'Alessandro, L.A. ; De La Torre, C. ; Sticht, C. ; Al Aoua, S. ; Theis, F.J. ; Bantel, H. ; Ebert, M.P. ; Klingmüller, U. ; Hengstler, J.G. ; Dooley, S. ; Müller, N.S.

Tolerance of repeated toxic injuries of murine livers is associated with steatosis and inflammation.
Histochem. Cell Biol. 160, 223-251 (2023)

Moore, J. ; Basurto-Lozada, D. ; Besson, S. ; Bogovic, J. ; Bragantini, J. ; Brown, E.M. ; Burel, J.M. ; Casas Moreno, X. ; de Medeiros, G. ; Diel, E.E. ; Gault, D. ; Ghosh, S.S. ; Gold, I. ; Halchenko, Y.O. ; Hartley, M. ; Horsfall, D. ; Keller, M.S. ; Kittisopikul, M. ; Kovács, G. ; Küpcü Yoldaş, A. ; Kyoda, K. ; le Tournoulx de la Villegeorges, A. ; Li, T. ; Liberali, P. ; Lindner, D. ; Linkert, M. ; Lüthi, J. ; Maitin-Shepard, J. ; Manz, T. ; Marconato, L. ; McCormick, M. ; Lange, M. ; Mohamed, K. ; Moore, W. ; Norlin, N. ; Ouyang, W. ; Özdemir, B. ; Palla, G. ; Pape, C. ; Pelkmans, L. ; Pietzsch, T. ; Preibisch, S. ; Prete, M. ; Rzepka, N. ; Samee, S. ; Schaub, N. ; Sidky, H. ; Solak, A.C. ; Stirling, D.R. ; Striebel, J. ; Tischer, C. ; Toloudis, D. ; Virshup, I. ; Walczysko, P. ; Watson, A.M. ; Weisbart, E. ; Wong, F. ; Yamauchi, K.A. ; Bayraktar, O. ; Cimini, B.A. ; Gehlenborg, N. ; Haniffa, M. ; Hotaling, N. ; Onami, S. ; Royer, L.A. ; Saalfeld, S. ; Stegle, O. ; Theis, F.J. ; Swedlow, J.R.

OME-Zarr: A cloud-optimized bioimaging file format with international community support.
Nat. Biotechnol. 41, 604-606 (2023)

Virshup, I. ; Bredikhin, D. ; Heumos, L. ; Palla, G. ; Sturm, G. ; Gayoso, A. ; Kats, I. ; Koutrouli, M. ; Berger, B. ; Pe'er, D. ; Regev, A. ; Teichmann, S.A. ; Finotello, F. ; Wolf, F.A. ; Yosef, N. ; Stegle, O. ; Theis, F.J.

The scverse project provides a computational ecosystem for single-cell omics data analysis.
Mol. Syst. Biol. 19:e11517 (2023)

Lotfollahi, M. ; Klimovskaia Susmelj, A. ; De Donno, C. ; Hetzel, L. ; Ji, Y. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Srivatsan, S.R. ; Naghipourfar, M. ; Daza, R.M. ; Martin, B. ; Shendure, J. ; McFaline-Figueroa, J.L. ; Boyeau, P. ; Wolf, F.A. ; Yakubova, N. ; Günnemann, S. ; Trapnell, C. ; Lopez-Paz, D. ; Theis, F.J.

Predicting cellular responses to complex perturbations in high-throughput screens.
Nucleic Acids Res. 51, 4252-4265 (2023)

Sheikh, A.H. ; Nawaz, K. ; Tabassum, N. ; Almeida-Trapp, M. ; Mariappan, K.G. ; Alhoraibi, H. ; Rayapuram, N. ; Aranda, M. ; Groth, M. ; Hirt, H.

Linker histone H1 modulates defense priming and immunity in plants.
Metabolites 13:227 (2023)

Dong, Q. ; Sidra, S. ; Gieger, C. ; Wang-Sattler, R. ; Rathmann, W. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Koenig, W. ; Peters, A. ; Grallert, H. ; Sharma, S.

Metabolic signatures elucidate the effect of body mass index on type 2 diabetes.

Kenesi, E. ; Kolbert, Z. ; Kaszler, N. ; Klement, ; Ménesi, D. ; Molnár, ; Valkai, I. ; Feigl, G. ; Rigó, G. ; Cséplő, ; Lindermayr, C. ; Fehér, A.

ROP2 GTPase participates in nitric oxide (NO)-induced root shortening in arabidopsis.

Höllbacher, B. ; Strickland, B. ; Greulich, F. ; Uhlenhaut, N.H. ; Heinig, M.

Machine learning reveals STAT motifs as predictors for GR-mediated gene repression.
Neuron 111, 1241-1263.e16 (2023)

Vinopal, S. ; Dupraz, S. ; Alfadil, E. ; Pietralla, T. ; Bendre, S. ; Stiess, M. ; Falk, S. ; Camargo Ortega, G. ; Maghelli, N. ; Tolić, I.M. ; Smejkal, J. ; Götz, M. ; Bradke, F.

Centrosomal microtubule nucleation regulates radial migration of projection neurons independently of polarization in the developing brain.

Dreher, S.I. ; Irmler, M. ; Pivovarova-Ramich, O. ; Kessler, K. ; Jurchott, K. ; Sticht, C. ; Fritsche, L. ; Schneeweiss, P. ; Machann, J. ; Pfeiffer, A.F.H. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J. ; Birkenfeld, A.L. ; Peter, A. ; Niess, A.M. ; Weigert, C. ; Moller, A.

Acute and long-term exercise adaptation of adipose tissue and skeletal muscle in humans: A matched transcriptomics approach after 8-week training-intervention.
Nat. Cell Biol. 25, 337-350 (2023)

Lotfollahi, M. ; Rybakov, S. ; Hrovatin, K. ; Hediyeh-Zadeh, S. ; Talavera Lopez, C.N. ; Misharin, A.V. ; Theis, F.J.

Biologically informed deep learning to query gene programs in single-cell atlases.
Cell Rep. 42:112045 (2023)

Weiß, M. ; Chanou, A. ; Schauer, T. ; Tvardovskiy, A. ; Meiser, S. ; König, A.-C. ; Schmidt, T. ; Kruse, E. ; Ummethum, H. ; Trauner, M. ; Werner, M. ; Lalonde, M. ; Hauck, S.M. ; Scialdone, A. ; Hamperl, S.

Single-copy locus proteomics of early- and late-firing DNA replication origins identifies a role of Ask1/DASH complex in replication timing control.
Thyroid 33, 301-311 (2023)

Weihs, A. ; Chaker, L. ; Martin, T.C. ; Braun, K.V.E. ; Campbell, P.J. ; Cox, S.R. ; Fornage, M. ; Gieger, C. ; Grabe, H.J. ; Grallert, H. ; Harris, S.E. ; Kühnel, B. ; Marioni, R.E. ; Martin, N.G. ; McCartney, D.L. ; McRae, A.F. ; Meisinger, C. ; Meurs, J.V. ; Nano, J. ; Nauck, M. ; Peters, A. ; Prokisch, H. ; Roden, M. ; Selvin, E. ; Beekman, M. ; van Heemst, D. ; Slagboom, E.P. ; Swenson, B.R. ; Tin, A. ; Tsai, P.C. ; Uitterlinden, A.G. ; Visser, W.E. ; Völzke, H. ; Waldenberger, M. ; Walsh, J.P. ; Köttgen, A. ; Wilson, S.G. ; Peeters, R.P. ; Bell, J.T. ; Medici, M. ; Teumer, A.

Epigenome-wide association study reveals CpG sites associated with thyroid function and regulatory effects on KLF9.
JCI insight 8:e155968 (2023)

Rohwedder, I. ; Wackerbarth, L.M. ; Heinig, K. ; Ballweg, A. ; Altstätter, J. ; Ripphahn, M. ; Nussbaum, C. ; Salvermoser, M. ; Bierschenk, S. ; Straub, T. ; Gunzer, M. ; Schmidt-Supprian, M. ; Kolben, T. ; Schulz, C. ; Ma, A. ; Walzog, B. ; Heinig, M. ; Sperandio, M.

A20 and the non-canonical NF-κB pathway are key regulators of neutrophil recruitment during fetal ontogeny.
Hum. Mol. Genet. 32, 907–916 (2023)

Thareja, G. ; Belkadi, A. ; Arnold, M. ; Albagha, O.M.E. ; Graumann, J. ; Schmidt, F. ; Grallert, H. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Suhre, K.

Differences and commonalities in the genetic architecture of protein quantitative trait loci in European and Arab populations.
Nat. Biotechnol. 41, 140–149 (2023)

Kim, D.-K. ; Weller, B. ; Lin, C.-W. ; Sheykhkarimli, D. ; Knapp, J.J. ; Dugied, G. ; Zanzoni, A. ; Pons, C. ; Tofaute, M.J. ; Maseko, S.B. ; Spirohn, K. ; Laval, F. ; Lambourne, L. ; Kishore, N. ; Rayhan, A. ; Sauer, M. ; Young, V. ; Halder, H. ; Marin De La Rosa, N.A. ; Pogoutse, O. ; Strobel, A. ; Schwehn, P. ; Li, R. ; Rothballer, S.T. ; Altmann, M. ; Cassonnet, P. ; Coté, A.G. ; Elorduy Vergara, L. ; Hazelwood, I. ; Liu, B.B. ; Nguyen, M. ; Pandiarajan, R. ; Dohai, B.S.M. ; Rodriguez, P.A. ; Poirson, J. ; Giuliana, P. ; Willems, L. ; Taipale, M. ; Jacob, Y. ; Hao, T. ; Hill, D.E. ; Brun, C. ; Twizere, J.C. ; Krappmann, D. ; Heinig, M. ; Falter, C. ; Aloy, P. ; Demeret, C. ; Vidal, M. ; Calderwood, M.A. ; Roth, F.B. ; Falter-Braun, P.

A proteome-scale map of the SARS-CoV-2-human contactome.
2022 in
In: (Computing Research Repository). 2022. accepted

Aliee, H. ; Theis, F.J. ; Kilbertus, N.

Beyond predictions in neural ODEs: Identification and interventions
2022 in
In: (ICML Workshop on Computational Biology). 2022.

Engelmann, J.P. ; Hetzel, L. ; Palla, G. ; Sikkema, L. ; Luecken, M. ; Theis, F.J.

Uncertainty Quantification for Atlas-Level Cell Type Transfer.
2022 in
In: (ICLR 2022 Workshop MLDD). 2022.

Gigante, S. ; Raghavan, V. ; Robinson, A. ; Barton, R. ; Rahman, A. ; Wulsin, D. ; Banchereau, J. ; Solomon, N. ; Voloch, L. ; Theis, F.J.

SystemMatch: Optimizing preclinical drug models to human clinical outcomes via generative latent-space matching.
Nature 610, 704-712 (2022)

Yengo, L. ; Vedantam, S. ; Marouli, E. ; Sidorenko, J. ; Bartell, E. ; Sakaue, S. ; Graff, M. ; Eliasen, A.U. ; Jiang, Y. ; Raghavan, S. ; Miao, J. ; Arias, J.D. ; Graham, S.E. ; Mukamel, R.E. ; Spracklen, C.N. ; Yin, X. ; Chen, S.H. ; Ferreira, T. ; Highland, H.H. ; Ji, Y. ; Karaderi, T. ; Lin, K. ; Lüll, K. ; Malden, D.E. ; Medina-Gomez, C. ; Machado, M. ; Moore, A. ; Rüeger, S. ; Sim, X. ; Vrieze, S. ; Ahluwalia, T.S. ; Akiyama, M. ; Allison, M.A. ; Alvarez, M. ; Andersen, M.K. ; Ani, A. ; Appadurai, V. ; Arbeeva, L. ; Bhaskar, S. ; Bielak, L.F. ; Bollepalli, S. ; Bonnycastle, L.L. ; Bork-Jensen, J. ; Bradfield, J.P. ; Bradford, Y. ; Braund, P.S. ; Brody, J.A. ; Burgdorf, K.S. ; Cade, B.E. ; Cai, H. ; Cai, Q. ; Campbell, A. ; Cañadas-Garre, M. ; Catamo, E. ; Chai, J.F. ; Chai, X. ; Chang, L.C. ; Chang, Y.C. ; Chen, C.H. ; Chesi, A. ; Choi, S.H. ; Chung, R.H. ; Cocca, M. ; Concas, M.P. ; Couture, C. ; Cuellar-Partida, G. ; Danning, R. ; Daw, E.W. ; Degenhard, F. ; Delgado, G.E. ; Delitala, A. ; Demirkan, A. ; Deng, X. ; Devineni, P. ; Dietl, A. ; Dimitriou, M. ; Dimitrov, L. ; Dorajoo, R. ; Ekici, A.B. ; Engmann, J.E.L. ; Fairhurst-Hunter, Z. ; Farmaki, A.E. ; Faul, J.D. ; Fernandez-Lopez, J.C. ; Forer, L. ; Francescatto, M. ; Freitag-Wolf, S. ; Fuchsberger, C. ; Galesloot, T.E. ; Gao, Y. ; Gao, Z. ; Geller, F. ; Giannakopoulou, O. ; Giulianini, F. ; Gjesing, A.P. ; Goel, A. ; Gordon, S.D. ; Gorski, M. ; Grove, J. ; Guo, X. ; Hebbar, P. ; Hindy, G. ; Hottenga, J.-J. ; Gieger, C. ; Girotto, G. ; Golightly, Y.M. ; Grallert, H. ; Grarup, N. ; Hengstenberg , C. ; Pattaro, C. ; Peters, A. ; Raitakari, O. ; Redline, S. ; Rayner, N.W. ; Sidore, C. ; Sitlani, C.M. ; Southam, L. ; Steinthorsdottir, V. ; Sun, L. ; Zeggini, E. ; Zemel, B.S. ; Zheng, W. ; Zmuda, J.M ; Zonderman, A.B. ; Rivadeneira, F. ; Thorsteinsdottir, U. ; Stefansson, K. ; Walters, R.G. ; Esko, T. ; Assimes, T.L. ; Auton, A. ; Abecasis, G.R. ; Berndt, S.I ; Lettre, G. ; Frayling, T.M. ; Okada, Y. ; Wood, A.R. ; Visscher, P.M. ; Hirschhorn, J.N.

A saturated map of common genetic variants associated with human height.
2022 in
In: (Advances in Neural Information Processing Systems). 2022. ( ; 35)

Aliee, H. ; Richter, T. ; Solonin, M. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Theis, F.J. ; Kilbertus, N.

Sparsity in Continuous-Depth Neural Networks.
2022 in
In: (36th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS), 28 November-9 December 2022, ELECTR NETWORK). 2022. ( ; 35)

Hetzel, L. ; Böhm, S. ; Kilbertus, N. ; Günnemann, S. ; Lotfollahi, M. ; Theis, F.J.

Predicting Cellular Responses to Novel Drug Perturbations at a Single-Cell Resolution.
2022 in
In: (35th Conference on Neural Information Processing Systems - Competitions and Demonstrations, NeurIPS 2021, 6-14 December 2021, Virtual, Online). 2022. 162-176 ( ; 176)

Lance, C. ; Luecken, M. ; Burkhardt, D.B. ; Cannoodt, R. ; Rautenstrauch, P. ; Laddach, A. ; Ubingazhibov, A. ; Cao, Z.J. ; Deng, K. ; Khan, S. ; Liu, Q. ; Russkikh, N. ; Ryazantsev, G. ; Ohler, U. ; Pisco, A.O. ; Bloom, J. ; Krishnaswamy, S. ; Theis, F.J.

Multimodal single cell data integration challenge: Results and lessons learned.
Cell 185, 2623-2625 (2022)

Wang, S. ; Marr, L.C. ; Contreras, L.M. ; Theis, F.J. ; Nurse, P.

The challenges in finding your home as a multidisciplinary scientist.
Genome Biol. 23:268 (2022)

Kanoni, S. ; Graham, S.E. ; Wang, Y. ; Surakka, I. ; Ramdas, S. ; Zhu, X. ; Clarke, S.L. ; Bhatti, K.F. ; Vedantam, S. ; Winkler, T.W. ; Locke, A.E. ; Marouli, E. ; Zajac, G.J.M. ; Wu, K.H.H. ; Ntalla, I. ; Hui, Q. ; Klarin, D. ; Hilliard, A.T. ; Wang, Z. ; Xue, C. ; Thorleifsson, G. ; Helgadottir, A. ; Gudbjartsson, D.F. ; Holm, H. ; Olafsson, I. ; Hwang, M.Y. ; Han, S. ; Akiyama, M. ; Sakaue, S. ; Terao, C. ; Kanai, M. ; Zhou, W. ; Brumpton, B.M. ; Rasheed, H. ; Havulinna, A.S. ; Veturi, Y. ; Pacheco, J.A. ; Rosenthal, E.A. ; Lingren, T. ; Feng, Q.P. ; Kullo, I.J. ; Narita, A. ; Takayama, J. ; Martin, H.C. ; Hunt, K.A. ; Trivedi, B. ; Haessler, J. ; Giulianini, F. ; Bradford, Y. ; Miller, J.E. ; Campbell, A. ; Lin, K. ; Millwood, I.Y. ; Rasheed, A. ; Hindy, G. ; Faul, J.D. ; Zhao, W. ; Weir, D.R. ; Turman, C. ; Huang, H. ; Graff, M. ; Choudhury, A. ; Sengupta, D. ; Mahajan, A. ; Brown, M.R. ; Zhang, W. ; Yu, K. ; Schmidt, E.M. ; Pandit, A. ; Gustafsson, S. ; Yin, X. ; Luan, J. ; Zhao, J.H. ; Matsuda, F. ; Jang, H.M. ; Yoon, K. ; Medina-Gomez, C. ; Pitsillides, A. ; Hottenga, J.J. ; Wood, A.R. ; Ji, Y. ; Gao, Z. ; Haworth, S. ; Yousri, N.A. ; Mitchell, R.E. ; Chai, J.F. ; Aadahl, M. ; Bjerregaard, A.A. ; Yao, J. ; Manichaikul, A. ; Hwu, C.M. ; Hung, Y.J. ; Warren, H.R. ; Ramirez, J. ; Bork-Jensen, J. ; Kårhus, L.L. ; Goel, A. ; Sabater-Lleal, M. ; Noordam, R. ; Mauro, P. ; Møllehave, L.T. ; Munz, M. ; Zeng, L. ; Kurbasic, A. ; Lamina, C. ; Scholz, M. ; Zmuda, J.M ; Brody, J.A. ; Engmann, J. ; Slieker, R.C. ; Zilhao, N.R. ; Iha, H. ; Schmidt, B. ; Fernandez‑Lopez, J.C. ; Oldmeadow, C. ; Prasad, G. ; Lorés‑Motta, L. ; Nutile, T. ; Banas, B. ; Hebbar, P. ; Hofer, E. ; Bentley, A.R. ; Southam, L. ; Rayner, N.W. ; Wang, C.A. ; Couture, C. ; Cuellar‑Partida, G. ; Giannakopoulou, O. ; van Setten, J. ; Liang, J. ; Terzikhan, N. ; Kawaguchi, T. ; Nalls, M.A. ; Raitakari, O.T. ; Campbell, H. ; Ikram, M.A. ; Asselbergs, F.W. ; Pasterkamp, G. ; Bandinelli, S. ; Wickremasinghe, A.R. ; Bharadwaj, D. ; Koistinen, H.A. ; Yokota, M. ; Pramstaller, P.P. ; Kronenberg, F. ; Sabanayagam, C. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Hattersley, A.T. ; Pedersen, N.L. ; Cupples, L.A. ; Langenberg, C. ; Zeggini, E. ; Kuusisto, J. ; Laakso, M. ; Saleheen, D. ; Jousilahti, P. ; Salomaa, V. ; Zhang, J. ; Deloukas, P. ; Willer, C.J. ; Assimes, T. ; Peloso, G.M.

Implicating genes, pleiotropy, and sexual dimorphism at blood lipid loci through multi-ancestry meta-analysis.
In: (Bildverarbeitung für die Medizin). 2022. 159 (Inf. aktuell ; 923)

Matek, C. ; Krappe, S. ; Münzenmayer, C. ; Haferlach, T. ; Marr, C.

Abstract: A database and neural network for highly accurate classification of single bone marrow cells.
Oncol. Res. Treat. 45, 264-265 (2022)

van der Garde, M. ; Thomas, M. ; Riviere, J. ; Metzeler, K.H. ; Bassermann, F. ; Hecker, J. ; Marr, C. ; Goetze, K.

Single-cell MultiOmic analysis of CHIP bone marrow stem and progenitor cells provides evidence of early-stage malignant transformation.
Cell Rep. 41:111867 (2022)

Rehman, R. ; Miller, M. ; Krishnamurthy, S.S. ; Kjell, J. ; Elsayed, L. ; Hauck, S.M. ; olde Heuvel, F. ; Conquest, A. ; Chandrasekar, A. ; Ludolph, A. ; Boeckers, T. ; Mulaw, M.A. ; Götz, M. ; Morganti-Kossmann, M.C. ; Takeoka, A. ; Roselli, F.

Met/HGFR triggers detrimental reactive microglia in TBI.
2022 in
Vortrag: European Islet Study Group Workshop 2022, June 13-15, 2022, Strasbourg, France. (2022)

Spitzer, H. ; Sterr, M. ; Hrovatin, K. ; Böttcher, A. ; Theis, F.J. ; Lickert, H. ; de la O, S. ; Kemter, E. ; Sneddon, J. ; Wolf, E.

Single-cell multiomics cross-species comparison of pancreas development.

Schäbitz, A. ; Hillig, C. ; Mubarak, M. ; Jargosch, M. ; Farnoud, A. ; Scala, E. ; Kurzen, N. ; Pilz, A.C. ; Bhalla, N. ; Thomas, J. ; Stahle, M. ; Biedermann, T. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Theis, F.J. ; Garzorz-Stark, N. ; Eyerich, K. ; Menden, M.P. ; Eyerich, S.

Spatial transcriptomics landscape of lesions from non-communicable inflammatory skin diseases.
eLife 11:e82031 (2022)

Benakis, C. ; Simats, A. ; Tritschler, S. ; Heindl, S. ; Besson-Girard, S. ; Llovera, G. ; Pinkham, K. ; Kolz, A. ; Ricci, A. ; Theis, F.J. ; Bittner, S. ; Gökçe, A. ; Peters, A. ; Liesz, A.

T cells modulate the microglial response to brain ischemia.
Nature 612, 720–724 (2022)

Saunders, G.R.B. ; Wang, X. ; Chen, F. ; Jang, S.K. ; Liu, M. ; Wang, C. ; Gao, S. ; Jiang, Y. ; Khunsriraksakul, C. ; Otto, J.M. ; Addison, C. ; Akiyama, M. ; Albert, C.M. ; Aliev, F. ; Alonso, A. ; Arnett, D.K. ; Ashley-Koch, A.E. ; Ashrani, A.A. ; Barnes, K.C. ; Barr, R.G. ; Bartz, T.M. ; Becker, D.M. ; Bielak, L.F. ; Benjamin, E.J. ; Bis, J.C. ; Bjornsdottir, G. ; Blangero, J. ; Bleecker, E.R. ; Boardman, J.D. ; Boerwinkle, E. ; Boomsma, D.I. ; Boorgula, M.P. ; Bowden, D.W. ; Brody, J.A. ; Cade, B.E. ; Chasman, D.I. ; Chavan, S. ; Chen, Y.D.I. ; Chen, Z. ; Cheng, I. ; Cho, M.H. ; Choquet, H. ; Cole, J.W. ; Cornelis, M.C. ; Cucca, F. ; Curran, J.E. ; de Andrade, M. ; Dick, D.M. ; Docherty, A.R. ; Duggirala, R. ; Eaton, C.B. ; Ehringer, M.A. ; Esko, T. ; Faul, J.D. ; Silva, L.F.D. ; Fiorillo, E. ; Fornage, M. ; Freedman, B.I. ; Gabrielsen, M.E. ; Garrett, M.E. ; Gharib, S.A. ; Gieger, C. ; Gillespie, N.A. ; Glahn, D.C. ; Gordon, S.D. ; Gu, C.C. ; Gu, D. ; Gudbjartsson, D.F. ; Guo, X. ; Haessler, J. ; Hall, M.E. ; Haller, T. ; Harris, K.M. ; He, J. ; Herd, P. ; Hewitt, J.K. ; Hickie, I.B. ; Hidalgo, B. ; Hokanson, J.E. ; Hopfer, C.J. ; Hottenga, J.J. ; Hou, L. ; Huang, H. ; Hung, Y.J. ; Hunter, D.J. ; Hveem, K. ; Hwang, S.J. ; Hwu, C.M. ; Iacono, W.G. ; Irvin, M.R. ; Jee, Y.H. ; Johnson, E.O. ; Joo, Y.Y. ; Jorgenson, E. ; Justice, A.E. ; Kamatani, Y. ; Kaplan, R.C. ; Kaprio, J. ; Kardia, S.L.R. ; Keller, M.C. ; Peters, A. ; Peyser, P.A. ; Polderman, T.J.C. ; Redline, S. ; Reiner, A.P. ; Rice, J.P. ; Rich, S.S. ; Richmond, N.E. ; Schwartz, D.A. ; Shadyab, A.H. ; Sicinski, K. ; Sotoodehnia, N. ; Stallings, M.C. ; Stefánsson, H. ; Sun, X. ; Tal-Singer, R. ; Taylor, K.D. ; Turman, C. ; Tyrfingsson, T. ; Wall, T.L. ; Walters, R.G. ; Weiss, S.T. ; Whitfield, J.B. ; Wiggins, K.L. ; Willemsen, G. ; Winsvold, B.S. ; Yanek, L.R. ; Zhao, W. ; Zöllner, S. ; Zuccolo, L. ; Batini, C. ; Bergen, A.W. ; Bierut, L.J. ; David, S.P. ; Gagliano Taliun, S.A. ; Hancock, D.B. ; Munafò, M.R. ; Thorgeirsson, T.E. ; Liu, D.J. ; Vrieze, S.

Genetic diversity fuels gene discovery for tobacco and alcohol use.
ACR Open Rheumatol. 4, 528-533 (2022)

Scofield, R.H. ; Lewis, V.M. ; Cavitt, J. ; Kurien, B.T. ; Assassi, S. ; Martin, J. ; Gorlova, O. ; Gregersen, P.K. ; Lee, A. ; Rider, L.G. ; O'Hanlon, T.P. ; Rothwell, S. ; Lilleker, J.B. ; Liu, X. ; Kochi, Y. ; Terao, C. ; Igoe, A. ; Stevens, W. ; Sahhar, J. ; Roddy, J. ; Rischmueller, M. ; Lester, S. ; Proudman, S. ; Chen, S. ; Brown, M.A. ; Mayes, M.D. ; Lamb, J.A. ; Miller, F.W. ; Myositis Genetics Consortium (MYOGEN) (Gieger, C. ; Meitinger, T. ; Winkelmann, J.)

47XXY and 47XXX in scleroderma and myositis.
Environ. Sci. Technol. 56, 17815-17824 (2022)

Ni, W. ; Wolf, K. ; Breitner-Busch, S. ; Zhang, S. ; Nikolaou, N. ; Ward-Caviness, C.K. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Schneider, A.E.

Higher daily air temperature is associated with shorter leukocyte telomere length: KORA F3 and KORA F4.
Nat. Neurosci. 25, 1608-1625 (2022)

Zambusi, A. ; Novoselc, K.T. ; Hutten, S. ; Kalpazidou, S. ; Koupourtidou, C. ; Schieweck, R. ; Aschenbroich, S. ; Silva, L. ; Yazgili, A.S. ; van Bebber, F. ; Schmid, B. ; Möller, G. ; Tritscher, C. ; Stigloher, C. ; Delbridge, C. ; Sirko, S. ; Günes, Z.I. ; Liebscher, S. ; Schlegel, J. ; Aliee, H. ; Theis, F.J. ; Meiners, S. ; Kiebler, M. ; Dormann, D. ; Ninkovic, J.

TDP-43 condensates and lipid droplets regulate the reactivity of microglia and regeneration after traumatic brain injury.
Cell Rep. 41:111656 (2022)

Kukhtevich, I. ; Rivero-Romano, M. ; Rakesh, N. ; Bheda, P. ; Chadha, Y. ; Rosales-Becerra, P. ; Hamperl, S. ; Bureik, D. ; Dornauer, S. ; Dargemont, C. ; Kirmizis, A. ; Schmoller, K.M. ; Schneider, R.

Quantitative RNA imaging in single live cells reveals age-dependent asymmetric inheritance.
Nature 612:E7 (2022)

Mishra, A. ; Malik, R. ; Hachiya, T. ; Jürgenson, T. ; Namba, S. ; Posner, D.C. ; Kamanu, F.K. ; Koido, M. ; Le Grand, Q. ; Shi, M. ; He, Y. ; Georgakis, M.K. ; Caro, I. ; Krebs, K. ; Liaw, Y.C. ; Vaura, F.C. ; Lin, K. ; Winsvold, B.S. ; Srinivasasainagendra, V. ; Parodi, L. ; Bae, H.J. ; Chauhan, G. ; Chong, M.R. ; Tomppo, L. ; Akinyemi, R. ; Roshchupkin, G.V. ; Habib, N. ; Jee, Y.H. ; Thomassen, J.Q. ; Abedi, V. ; Cárcel-Márquez, J. ; Nygaard, M. ; Leonard, H.L. ; Yang, C. ; Yonova-Doing, E. ; Knol, M.J. ; Lewis, A.J. ; Judy, R.L. ; Ago, T. ; Amouyel, P. ; Armstrong, N.D. ; Bakker, M.K. ; Bartz, T.M. ; Bennett, D.A. ; Bis, J.C. ; Bordes, C. ; Børte, S. ; Cain, A. ; Ridker, P.M. ; Cho, K. ; Chen, Z. ; Cruchaga, C. ; Cole, J.W. ; de Jager, P.L. ; de Cid, R. ; Endres, M. ; Ferreira, L.E. ; Geerlings, M.I. ; Gasca, N.C. ; Gudnason, V. ; Hata, J. ; He, J. ; Heath, A.K. ; Ho, Y.L. ; Havulinna, A.S. ; Hopewell, J.C. ; Hyacinth, H.I. ; Jacob, M.A. ; Jeon, C.E. ; Jern, C. ; Kamouchi, M. ; Keene, K.L. ; Kitazono, T. ; Kittner, S.J. ; Konuma, T. ; Kumar, A. ; Lacaze, P. ; Launer, L.J. ; Lee, K.J.D. ; Lepik, K. ; Li, J. ; Li, L. ; Manichaikul, A. ; Markus, H.S. ; Marston, N.A. ; Meitinger, T. ; Mitchell, B.D. ; Montellano, F.A. ; Morisaki, T. ; Mosley, T.H. ; Nalls, M.A. ; Nordestgaard, B.G. ; O'Donnell, M.J. ; Onland-Moret, N.C. ; Ovbiagele, B. ; Peters, A. ; Psaty, B.M. ; Rich, S.S. ; Rosand, J. ; Sabatine, M.S. ; Sacco, R.L. ; Saleheen, D. ; Sandset, E.C. ; Salomaa, V. ; Sargurupremraj, M. ; Sasaki, M. ; Satizabal, C.L. ; Schmidt, C.O. ; Shimizu, A. ; Smith, N.L. ; Sloane, K.L. ; Sutoh, Y. ; Sun, Y.V. ; Tanno, K. ; Tiedt, S. ; Tatlisumak, T. ; Torres-Aguila, N.P. ; Tiwari, H.K. ; Trégouët, D.A. ; Trompet, S. ; Tuladhar, A.M. ; Tybjærg-Hansen, A. ; van Vugt, M. ; Vibo, R. ; Verma, S.S. ; Wiggins, K.L. ; Wennberg, P. ; Woo, D. ; Wilson, P.W.F. ; Xu, H. ; Yang, Q. ; Yoon, K. ; Millwood, I.Y. ; Gieger, C. ; Ninomiya, T. ; Grabe, H.J. ; Jukema, J.W. ; Rissanen, I.L. ; Strbian, D. ; Kim, Y.J. ; Chen, P.H. ; Mayerhofer, E. ; Howson, J.M.M. ; Irvin, M.R. ; Adams, H.H. ; Wassertheil-Smoller, S. ; Christensen, K. ; Ikram, M.A. ; Rundek, T. ; Worrall, B.B. ; Lathrop, G.M. ; Riaz, M. ; Simonsick, E.M. ; Kõrv, J. ; França, P.H.C. ; Zand, R. ; Prasad, K. ; Frikke-Schmidt, R. ; de Leeuw, F.E. ; Liman, T. ; Haeusler, K.G. ; Ruigrok, Y.M. ; Heuschmann, P.U. ; Longstreth, W.T. Jr. ; Jung, K.J. ; Bastarache, L. ; Paré, G. ; Damrauer, S.M. ; Chasman, D.I. ; Rotter, J.I. ; Anderson, C.D. ; Zwart, J.A. ; Niiranen, T.J. ; Fornage, M. ; Liaw, Y.P. ; Seshadri, S. ; Fernandez-Cadenas, I. ; Walters, R.G. ; Ruff, C.T. ; Owolabi, M.O. ; Huffman, J.E. ; Milani, L. ; Kamatani, Y. ; Dichgans, M. ; Debette, S.

Publisher Correction: Stroke genetics informs drug discovery and risk prediction across ancestries.
J. Lipid Res. 63, 11:100306 (2022)

Grüneis, R. ; Weissensteiner, H. ; Lamina, C. ; Schönherr, S. ; Forer, L. ; Di Maio, S. ; Streiter, G. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Kronenberg, F. ; Coassin, S.

The kringle IV type 2 domain variant 4925G>A causes the elusive association signal of the LPA pentanucleotide repeat.

Hawe, J. ; Saha, A. ; Waldenberger, M. ; Kunze, S. ; Wahl, S. ; Müller-Nurasyid, M. ; Prokisch, H. ; Grallert, H. ; Herder, C. ; Peters, A. ; Strauch, K. ; Theis, F.J. ; Gieger, C. ; Chambers, J. ; Battle, A. ; Heinig, M.

Network reconstruction for trans acting genetic loci using multi-omics data and prior information.
Biophys. J. 121, 4702-4713 (2022)

Freitag, M. ; Jaklin, S. ; Padovani, F. ; Radzichevici, E. ; Zernia, S. ; Schmoller, K.M. ; Stigler, J.

Single-molecule experiments reveal the elbow as an essential folding guide in SMC coiled coil arms.
PLoS Comput. Biol. 18:e1010640 (2022)

Schuh, L. ; Kukhtevich, I. ; Bheda, P. ; Schulz, M. ; Bordukova, M. ; Schneider, R. ; Marr, C.

Altered expression response upon repeated gene repression in single yeast cells.
Nat. Biotechnol., DOI: 10.1038/s41587-022-01467-z (2022)

Fischer, D.S. ; Schaar, A. ; Theis, F.J.

Modeling intercellular communication in tissues using spatial graphs of cells.

Ansari, S.A. ; Dantoft, W. ; Ruiz-Orera, J. ; Syed, A.P. ; Blachut, S. ; Van Heesch, S. ; Hübner, N. ; Uhlenhaut, N.H.

Integrative analysis of macrophage ribo-Seq and RNA-Seq data define glucocorticoid receptor regulated inflammatory response genes into distinct regulatory classes.
Lect. Notes Comput. Sc. 13432 LNCS, 699-708 (2022)

Koch, V. ; Holmberg, O. ; Spitzer, H. ; Schiefelbein, J. ; Asani, B. ; Hafner, M. ; Theis, F.J.

Noise transfer for unsupervised domain adaptation of retinal OCT images.
Nat. Cardio. Res. 1, 727–731 (2022)

Chen, K. ; Dubrow, R. ; Breitner-Busch, S. ; Wolf, K. ; Linseisen, J. ; Schmitz, T. ; Heier, M. ; von Scheidt, W. ; Kuch, B. ; Meisinger, C. ; Peters, A. ; Schneider, A.E. ; EUMODIC Consortium (Schwettmann, L. ; Leidl, R. ; Linkohr, B. ; Grallert, H. ; Gieger, C.)

Triggering of myocardial infarction by heat exposure is modified by medication intake.
Clin. Transl. Allergy 12:e12173 (2022)

Slob, E.M.A. ; Faiz, A. ; van Nijnatten, J. ; Vijverberg, S.J.H. ; Longo, C. ; Kutlu, M. ; Chew, F.T. ; Sio, Y.Y. ; Herrera-Luis, E. ; Espuela-Ortiz, A. ; Perez-Garcia, J. ; Pino-Yanes, M. ; Burchard, E.G. ; Potocnik, U. ; Gorenjak, M. ; Palmer, C. ; Maroteau, C. ; Turner, S. ; Verhamme, K. ; Karimi, L. ; Mukhopadhyay, S. ; Timens, W. ; Hiemstra, P.S. ; Pijnenburg, M.W. ; Neighbors, M. ; Grimbaldeston, M.A. ; Tew, G.W. ; Brandsma, C.A. ; Berce, V. ; Aliee, H. ; Theis, F.J. ; Sin, D.D. ; Li, X. ; van den Berge, M. ; Maitland-van der Zee, A.H. ; Koppelman, G.H.

Association of bronchial steroid inducible methylation quantitative trait loci with asthma and chronic obstructive pulmonary disease treatment response.

Ramdas, S. ; Judd, J. ; Graham, S.E. ; Kanoni, S. ; Wang, Y. ; Surakka, I. ; Wenz, B. ; Clarke, S.L. ; Chesi, A. ; Wells, A.U. ; Bhatti, K.F. ; Vedantam, S. ; Winkler, T.W. ; Locke, A.E. ; Marouli, E. ; Zajac, G.J.M. ; Wu, K.H.H. ; Ntalla, I. ; Hui, Q. ; Klarin, D. ; Hilliard, A.T. ; Wang, Z. ; Xue, C. ; Thorleifsson, G. ; Helgadottir, A. ; Gudbjartsson, D.F. ; Holm, H. ; Olafsson, I. ; Hwang, M.Y. ; Han, S.H. ; Akiyama, M. ; Sakaue, S. ; Terao, C. ; Kanai, M. ; Zhou, W. ; Brumpton, B.M. ; Rasheed, H. ; Havulinna, A.S. ; Veturi, Y. ; Pacheco, J.A. ; Rosenthal, E.A. ; Lingren, T. ; Feng, Q.P. ; Kullo, I.J. ; Narita, A. ; Takayama, J. ; Martin, H.C. ; Hunt, K.A. ; Trivedi, B. ; Haessler, J. ; Giulianini, F. ; Bradford, Y. ; Miller, J.E. ; Campbell, A. ; Lin, K. ; Millwood, I.Y. ; Rasheed, A. ; Hindy, G. ; Faul, J.D. ; Zhao, W. ; Weir, D.R. ; Turman, C. ; Huang, H. ; Graff, M. ; Choudhury, A. ; Sengupta, D. ; Mahajan, A. ; Brown, M.R. ; Zhang, W. ; Yu, K. ; Schmidt, E.M. ; Pandit, A. ; Gustafsson, S. ; Yin, X. ; Luan, J. ; Zhao, J.H. ; Matsuda, F. ; Jang, H.M. ; Yoon, K. ; Medina-Gomez, C. ; Pitsillides, A. ; Hottenga, J.J. ; Wood, A.R. ; Ji, Y. ; Gao, Z. ; Haworth, S. ; Mitchell, R.E. ; Chai, J.F. ; Aadahl, M. ; Bjerregaard, A.A. ; Yao, J. ; Manichaikul, A. ; Lee, W.J. ; Hsiung, C.A. ; Warren, H.R. ; Ramirez, J. ; Bork-Jensen, J. ; Kårhus, L.L. ; Goel, A. ; Sabater-Lleal, M. ; Matteo, F. ; Sattar, N. ; Poveda, A. ; Zmuda, J.M ; Slieker, R.C. ; Huo, S. ; Morgan, A. ; Southam, L. ; Rayner, N.W. ; van Setten, J. ; Warsinger Martin, L. ; Li, L. ; Thiery, J. ; Launer, L. ; Sabanayagam, C. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Magnusson, P.K.E. ; Boomsma, D.I. ; Ghanbari, M. ; Langenberg, C. ; Zeggini, E. ; Kuusisto, J. ; Kooner, J.S. ; Abbas, S. ; Tamiya, G. ; Jousilahti, P. ; O'Donnell, C.J. ; Wilson, P. ; Frayling, T.M. ; Hirschhorn, J.N. ; Boehnke, M. ; Morris, A.P. ; Deloukas, P. ; Peloso, G. ; Assimes, T.L. ; Willer, C.J. ; Zhu, X. ; Brown, C.D.

A multi-layer functional genomic analysis to understand noncoding genetic variation in lipids.
BMC Biol. 20:174 (2022)

Padovani, F. ; Mairhörmann, B. ; Falter-Braun, P. ; Lengefeld, J. ; Schmoller, K.M.

Segmentation, tracking and cell cycle analysis of live-cell imaging data with Cell-ACDC.
Diabetes Care 45, 2892–2899 (2022)

Aslam. A.A. ; Baksh, R.A. ; Paper, S.E. ; Strydom, A. ; Gulliford, M.C. ; Chan, L.F. ; GO-DS21 Consortium (Beckers, J.)

Diabetes and obesity in down syndrome across the lifespan: A retrospective cohort study using U.K. electronic health records.
Mol. Syst. Biol. 18:e11129 (2022)

Hersbach, B.A. ; Fischer, D.S. ; Masserdotti, G. ; Deeksha ; Mojžišová, K. ; Waltzhöni, T. ; Rodriguez-Terro, D. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Götz, M. ; Stricker, S.H.

Probing cell identity hierarchies by fate titration and collision during direct reprogramming.

Rahman, M. ; Irmler, M. ; Introna, M. ; Beckers, J. ; Palmberg, L. ; Johanson, G. ; Upadhyay, S. ; Ganguly, K.

Insight into the pulmonary molecular toxicity of heated tobacco products using human bronchial and alveolar mucosa models at air-liquid interface.

Beer, S. ; Wange, L.E. ; Zhang, X. ; Kuklik-Roos, C. ; Enard, W. ; Hammerschmidt, W. ; Scialdone, A. ; Kempkes, B.

EBNA2-EBF1 complexes promote MYC expression and metabolic processes driving S-phase progression of Epstein-Barr virus-infected B cells.
Cells 11:3289 (2022)

Brech, D. ; Herbstritt, A. ; Diederich, S. ; Straub, T. ; Kokolakis, E. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Büttner, F.A. ; Schaeffeler, E. ; Winter, S. ; Nelson, P.J. ; Nößner, E.

Dendritic cells or macrophages? The microenvironment of human clear cell renal cell carcinoma imprints a mosaic myeloid subtype associated with patient survival.
Nat. Genet. 54, 1227-1237 (2022)

Hu, B. ; Lelek, S. ; Spanjaard, B. ; El-Sammak, H. ; Simões, M.G. ; Mintcheva, J. ; Aliee, H. ; Schäfer, R. ; Meyer, A.M. ; Theis, F.J. ; Stainier, D.Y.R. ; Panáková, D. ; Junker, J.P.

Origin and function of activated fibroblast states during zebrafish heart regeneration.
Diabetes 71, 1962-1978 (2022)

Gottmann, P. ; Speckmann, T. ; Stadion, M. ; Zuljan, E. ; Aga, H. ; Sterr, M. ; Büttner, M. ; Santos, P.M. ; Jähnert, M. ; Bornstein, S.R. ; Theis, F.J. ; Lickert, H. ; Schürmann, A.

Heterogeneous development of β-cell populations In diabetes-resistant and -susceptible mice.
Neurology 99, E1738-E1754 (2022)

Jaworek, T. ; Xu, H. ; Gaynor, B.J. ; Cole, J.W. ; Rannikmäe, K. ; Stanne, T.M. ; Tomppo, L. ; Abedi, V. ; Amouyel, P. ; Armstrong, N.D. ; Attia, J. ; Bell, S. ; Benavente, O.R. ; Boncoraglio, G.B. ; Butterworth, A. ; Cárcel-Márquez, J. ; Chen, Z. ; Chong, M. ; Cruchaga, C. ; Cushman, M. ; Danesh, J. ; Debette, S. ; Duggan, D.J. ; Durda, J.P. ; Engström, G. ; Enzinger, C. ; Faul, J.D. ; Fecteau, N.S. ; Fernandez-Cadenas, I. ; Gieger, C. ; Giese, A.K. ; Grewal, R.P. ; Grittner, U. ; Havulinna, A.S. ; Heitsch, L. ; Hochberg, M.C. ; Holliday, E. ; Hu, J. ; Ilinca, A. ; Irvin, M.R. ; Jackson, R.D. ; Jacob, M.A. ; Janssen, R.R. ; Jimenez-Conde, J. ; Johnson, J.A. ; Kamatani, Y. ; Kardia, S.L. ; Koido, M. ; Kubo, M. ; Lange, L. ; Lee, J.M. ; Lemmens, R. ; Levi, C.R. ; Li, J. ; Li, L. ; Lin, K. ; Lopez, H. ; Luke, S. ; Maguire, J. ; McArdle, P.F. ; McDonough, C.W. ; Meschia, J.F. ; Metso, T.M. ; Müller-Nurasyid, M. ; O'Connor, T.D. ; O'Donnell, M. ; Peddareddygari, L.R. ; Pera, J. ; Perry, J.A. ; Peters, A. ; Putaala, J. ; Ray, D.W. ; Rexrode, K. ; Ribasés, M. ; Rosand, J. ; Rothwell, P.M. ; Rundek, T. ; Ryan, K.A. ; Sacco, R.L. ; Salomaa, V. ; Sánchez-Mora, C. ; Schmidt, R. ; Sharma, P. ; Slowik, A. ; Smith, J.A. ; Smith, N.L. ; Wassertheil-Smoller, S. ; Soederholm, M. ; Stine, O.C. ; Strbian, D. ; Sudlow, C.L. ; Tatlisumak, T. ; Terao, C. ; Thijs, V. ; Torres-Aguila, N.P. ; Tregouet, D.A. ; Tuladhar, A.M. ; Veldink, J.H. ; Walters, R.G. ; Weir, D.R. ; Woo, D. ; Worrall, B.B. ; Hong, C.C. ; Ross, O.A. ; Zand, R. ; Leeuw, F.E. ; Lindgren, A.G. ; Paré, G. ; Anderson, C.D. ; Markus, H.S. ; Jern, C. ; Malik, R. ; Dichgans, M. ; Mitchell, B.D. ; Kittner, S.J.

Contribution of common genetic variants to risk of early onset ischemic stroke.

Moitinho-Silva, L. ; Degenhardt, F. ; Rodriguez, E. ; Emmert, H. ; Juzenas, S. ; Möbus, L. ; Uellendahl-Werth, F. ; Sander, N. ; Baurecht, H. ; Tittmann, L. ; Lieb, W. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Ellinghaus, D. ; Bang, C. ; Franke, A. ; Weidinger, S. ; Rühlemann, M.C.

Host genetic factors related to innate immunity, environmental sensing and cellular functions are associated with human skin microbiota.
Immunity 55, 2285-2299.e7 (2022)

Petzold, T. ; Zhang, Z. ; Ballesteros, I. ; Saleh, I. ; Polzin, A. ; Thienel, M. ; Liu, L. ; Ul Ain, Q. ; Ehreiser, V. ; Weber, C. ; Kilani, B. ; Mertsch, P. ; Götschke, J. ; Cremer, S. ; Fu, W. ; Lorenz, M. ; Ishikawa-Ankerhold, H. ; Raatz, E. ; El-Nemr, S. ; Görlach, A. ; Marhuenda, E. ; Stark, K. ; Pircher, J. ; Stegner, D. ; Gieger, C. ; Schmidt-Supprian, M. ; Gaertner, F.C. ; Almendros, I. ; Kelm, M. ; Schulz, C. ; Hidalgo, A. ; Massberg, S.

Neutrophil "plucking" on megakaryocytes drives platelet production and boosts cardiovascular disease.
Science 377:eabo1984 (2022)

Reichart, D. ; Lindberg, E.L. ; Maatz, H. ; Miranda, A.M.A. ; Viveiros, A. ; Shvetsov, N. ; Gärtner, A. ; Nadelmann, E.R. ; Lee, M. ; Kanemaru, K. ; Ruiz-Orera, J. ; Strohmenger, V. ; DeLaughter, D.M. ; Patone, G. ; Zhang, H. ; Woehler, A. ; Lippert, C. ; Kim, Y. ; Adami, E. ; Gorham, J.M. ; Barnett, S.N. ; Brown, K. ; Buchan, R.J. ; Chowdhury, R.A. ; Constantinou, C. ; Cranley, J. ; Felkin, L.E. ; Fox, H. ; Ghauri, A. ; Gummert, J. ; Kanda, M. ; Li, R. ; Mach, L. ; McDonough, B. ; Samari, S. ; Shahriaran, F. ; Yapp, C. ; Stanasiuk, C. ; Theotokis, P.I. ; Theis, F.J. ; van den Bogaerdt, A. ; Wakimoto, H. ; Ware, J.S. ; Worth, C.L. ; Barton, P.J.R. ; Lee, Y.A. ; Teichmann, S.A. ; Milting, H. ; Noseda, M. ; Oudit, G.Y. ; Heinig, M. ; Seidman, J.G. ; Hubner, N. ; Seidman, C.E.

Pathogenic variants damage cell composition and single cell transcription in cardiomyopathies.
Nature 611, 115-123 (2022)

Mishra, A. ; Malik, R. ; Hachiya, T. ; Jürgenson, T. ; Namba, S. ; Posner, D.C. ; Kamanu, F.K. ; Koido, M. ; Le Grand, Q. ; Shi, M. ; He, Y. ; Georgakis, M.K. ; Caro, I. ; Krebs, K. ; Liaw, Y.C. ; Vaura, F.C. ; Lin, K. ; Winsvold, B.S. ; Srinivasasainagendra, V. ; Parodi, L. ; Bae, H.J. ; Chauhan, G. ; Chong, M.R. ; Tomppo, L. ; Akinyemi, R. ; Roshchupkin, G.V. ; Habib, N. ; Jee, Y.H. ; Thomassen, J.Q. ; Abedi, V. ; Cárcel-Márquez, J. ; Nygaard, M. ; Leonard, H.L. ; Yang, C. ; Yonova-Doing, E. ; Knol, M.J. ; Lewis, A.J. ; Judy, R.L. ; Ago, T. ; Amouyel, P. ; Armstrong, N.D. ; Bakker, M.K. ; Bartz, T.M. ; Bennett, D.A. ; Bis, J.C. ; Bordes, C. ; Børte, S. ; Cain, A. ; Ridker, P.M. ; Cho, K. ; Chen, Z. ; Cruchaga, C. ; Cole, J.W. ; de Jager, P.L. ; de Cid, R. ; Endres, M. ; Ferreira, L.E. ; Geerlings, M.I. ; Gasca, N.C. ; Gudnason, V. ; Hata, J. ; He, J. ; Heath, A.K. ; Ho, Y.L. ; Havulinna, A.S. ; Hopewell, J.C. ; Hyacinth, H.I. ; Jacob, M.A. ; Jeon, C.E. ; Jern, C. ; Kamouchi, M. ; Keene, K.L. ; Kitazono, T. ; Kittner, S.J. ; Konuma, T. ; Kumar, A. ; Lacaze, P. ; Launer, L.J. ; Lee, K.J.D. ; Lepik, K. ; Li, J. ; Li, L. ; Manichaikul, A. ; Markus, H.S. ; Marston, N.A. ; Meitinger, T. ; Mitchell, B.D. ; Montellano, F.A. ; Morisaki, T. ; Mosley, T.H. ; Nalls, M.A. ; Nordestgaard, B.G. ; O'Donnell, M.J. ; Onland-Moret, N.C. ; Ovbiagele, B. ; Peters, A. ; Psaty, B.M. ; Rich, S.S. ; Rosand, J. ; Sabatine, M.S. ; Sacco, R.L. ; Saleheen, D. ; Sandset, E.C. ; Salomaa, V. ; Sargurupremraj, M. ; Sasaki, M. ; Satizabal, C.L. ; Schmidt, C.O. ; Shimizu, A. ; Smith, N.L. ; Sloane, K.L. ; Sutoh, Y. ; Sun, Y.V. ; Tanno, K. ; Tiedt, S. ; Tatlisumak, T. ; Torres-Aguila, N.P. ; Tiwari, H.K. ; Tregouet, D.A. ; Trompet, S. ; Tuladhar, A.M. ; Tybjærg-Hansen, A. ; van Vugt, M. ; Vibo, R. ; Verma, S.S. ; Wiggins, K.L. ; Wennberg, P. ; Woo, D. ; Wilson, P.W.F. ; Xu, H. ; Yang, Q. ; Yoon, K. ; Millwood, I.Y. ; Gieger, C. ; Ninomiya, T. ; Grabe, H.J. ; Jukema, J.W. ; Rissanen, I.L. ; Strbian, D. ; Kim, Y.J. ; Chen, P.H. ; Mayerhofer, E. ; Howson, J.M.M. ; Irvin, M.R. ; Adams, H.H. ; Wassertheil-Smoller, S. ; Christensen, K. ; Ikram, M.A. ; Rundek, T. ; Worrall, B.B. ; Lathrop, G.M. ; Riaz, M. ; Simonsick, E.M. ; Kõrv, J. ; França, P.H.C. ; Zand, R. ; Prasad, K. ; Frikke-Schmidt, R. ; de Leeuw, F.E. ; Liman, T. ; Haeusler, K.G. ; Ruigrok, Y.M. ; Heuschmann, P.U. ; Longstreth, W.T. Jr. ; Jung, K.J. ; Bastarache, L. ; Paré, G. ; Damrauer, S.M. ; Chasman, D.I. ; Rotter, J.I. ; Anderson, C.D. ; Zwart, J.A. ; Niiranen, T.J. ; Fornage, M. ; Liaw, Y.P. ; Seshadri, S. ; Fernandez-Cadenas, I. ; Walters, R.G. ; Ruff, C.T. ; Owolabi, M.O. ; Huffman, J.E. ; Milani, L. ; Kamatani, Y. ; Dichgans, M. ; Debette, S. ; MEGASTROKE Consortium (Müller-Nurasyid, M. ; Strauch, K.)

Stroke genetics informs drug discovery and risk prediction across ancestries.
Nat. Genet. 54, 1332–1344 (2022)

Wang, Z. ; Emmerich, A. ; Pillon, N.J. ; Moore, T. ; Hemerich, D. ; Cornelis, M.C. ; Mazzaferro, E. ; Broos, S. ; Ahluwalia, T.S. ; Bartz, T.M. ; Bentley, A.R. ; Bielak, L.F. ; Chong, M. ; Chu, A.Y. ; Berry, D. ; Dorajoo, R. ; Dueker, N.D. ; Kasbohm, E. ; Feenstra, B. ; Feitosa, M.F. ; Gieger, C. ; Graff, M. ; Hall, L.M. ; Haller, T. ; Hartwig, F.P. ; Hillis, D.A. ; Huikari, V. ; Heard-Costa, N. ; Holzapfel, C. ; Jackson, A.U. ; Johansson, Å ; Jørgensen, A.M. ; Kaakinen, M.A. ; Karlsson, R. ; Kerr, K.F. ; Kim, B. ; Koolhaas, C.M. ; Kutalik, Z. ; Lagou, V. ; Lind, P.A. ; Lorentzon, M. ; Lyytikäinen, L.P. ; Mangino, M. ; Metzendorf, C. ; Monroe, K.R. ; Pacolet, A. ; Perusse, L. ; Pool, R. ; Richmond, R.C. ; Rivera, N.V. ; Robiou-du-Pont, S. ; Schraut, K.E. ; Schulz, C.A. ; Stringham, H.M. ; Tanaka, T. ; Teumer, A. ; Turman, C. ; van der Most, P.J. ; Vanmunster, M. ; van Rooij, F.J.A. ; van Vliet-Ostaptchouk, J.V. ; Zhang, X. ; Zhao, J.H. ; Zhao, W. ; Balkhiyarova, Z. ; Balslev-Harder, M.N. ; Baumeister, S.E. ; Beilby, J. ; Blangero, J. ; Boomsma, D.I. ; Brage, S. ; Braund, P.S. ; Brody, J.A. ; Bruinenberg, M. ; Ekelund, U. ; Liu, C.T. ; Cole, J.W. ; Collins, F.S. ; Cupples, L.A. ; Esko, T. ; Enroth, S. ; Faul, J.D. ; Fernandez-Rhodes, L. ; Fohner, A.E. ; Franco, O.H. ; Galesloot, T.E. ; Gordon, S.D. ; Grarup, N. ; Hartman, C.A. ; Heiss, G. ; Hui, J. ; Illig, T. ; Jago, R. ; James, A. ; Joshi, P.K. ; Jung, T. ; Kähönen, M. ; Kilpeläinen, T.O. ; Koh, W.P. ; Kolcic, I. ; Kraft, P.P. ; Kuusisto, J. ; Launer, L.J. ; Li, A. ; Linneberg, A. ; Luan, J. ; Vidal, P.M. ; Medland, S.E. ; Milaneschi, Y. ; Moscati, A. ; Musk, B. ; Nelson, C.P. ; Nolte, I.M. ; Pedersen, N.L. ; Peters, A. ; Peyser, P.A. ; Power, C. ; Raitakari, O.T. ; Reedik, M. ; Reiner, A.P. ; Ridker, P.M. ; Rudan, I. ; Ryan, K. ; Sarzynski, M.A. ; Scott, L.J. ; Scott, R.A. ; Sidney, S. ; Siggeirsdottir, K. ; Smith, A.V. ; Smith, J.A. ; Sonestedt, E. ; Strøm, M. ; Tai, E.S. ; Teo, K.K. ; Thorand, B. ; Tönjes, A. ; Tremblay, A. ; Uitterlinden, A.G. ; Vangipurapu, J. ; van Schoor, N.M. ; Völker, U. ; Willemsen, G. ; Williams, K. ; Wong, Q. ; Xu, H. ; Young, K.L. ; Yuan, J.M. ; Zillikens, M.C. ; Zonderman, A.B. ; Ameur, A. ; Bandinelli, S. ; Bis, J.C. ; Boehnke, M. ; Bouchard, C. ; Chasman, D.I. ; Smith, G.D. ; de Geus, E.J.C. ; Deldicque, L. ; Dörr, M. ; Evans, M.K. ; Ferrucci, L. ; Fornage, M. ; Fox, C. ; Garland, T. ; Gudnason, V. ; Gyllensten, U. ; Hansen, T. ; Hayward, C. ; Horta, B.L. ; Hyppönen, E. ; Jarvelin, M.R. ; Johnson, W.C. ; Kardia, S.L.R. ; Kiemeney, L.A. ; Laakso, M. ; Langenberg, C. ; Lehtimäki, T. ; Marchand, L.L. ; Magnusson, P.K.E. ; Martin, N.G. ; Melbye, M. ; Metspalu, A. ; Meyre, D. ; North, K.E. ; Ohlsson, C. ; Oldehinkel, A.J. ; Orho-Melander, M. ; Paré, G. ; Park, T. ; Pedersen, O. ; Penninx, B.W.J.H. ; Pers, T.H. ; Polasek, O. ; Prokopenko, I. ; Rotimi, C.N. ; Samani, N.J. ; Sim, X. ; Snieder, H. ; Sørensen, T.I.A. ; Spector, T.D. ; Timpson, N.J. ; van Dam, R.M. ; van der Velde, N. ; van Duijn, C.M. ; Vollenweider, P. ; Völzke, H. ; Voortman, T. ; Waeber, G. ; Wareham, N.J. ; Weir, D.R. ; Wichmann, H.-E. ; Wilson, J.F. ; Hevener, A.L. ; Krook, A. ; Zierath, J.R. ; Thomis, M.A.I. ; Loos, R.J.F. ; Hoed, M.D.

Genome-wide association analyses of physical activity and sedentary behavior provide insights into underlying mechanisms and roles in disease prevention.

Tritschler, S. ; Thomas, M. ; Böttcher, A. ; Ludwig, B. ; Schmid, J. ; Schubert, U. ; Kemter, E. ; Wolf, E. ; Lickert, H. ; Theis, F.J.

A transcriptional cross species map of pancreatic islet cells.
Life Sci. All. 5:e202201572 (2022)

Wang, X. ; Rosikiewicz, W. ; Sedkov, Y. ; Mondal, B. ; Martinez, T. ; Kallappagoudar, S. ; Tvardovskiy, A. ; Bajpai, R. ; Xu, B. ; Pruett-Miller, S.M. ; Schneider, R. ; Herz, H.M.

The MLL3/4 complexes and MiDAC co-regulate H4K20ac to control a specific gene expression program.
In: Histone Methyltransferases. 2022. 327-403 (Methods Mol. Biol. ; 2529)

Tvardovskiy, A. ; Nguyen, N. ; Bartke, T.

Identifying specific protein interactors of nucleosomes carrying methylated histones using quantitative mass spectrometry.
Cell Rep. Med. 3:100652 (2022)

Frishberg, A. ; Kooistra, E. ; Nuesch-Germano, M. ; Pecht, T. ; Milman, N. ; Reusch, N. ; Warnat-Herresthal, S. ; Bruse, N. ; Händler, K. ; Theis, H. ; Kraut, M. ; van Rijssen, E. ; van Cranenbroek, B. ; Koenen, H.J. ; Heesakkers, H. ; van den Boogaard, M.J. ; Zegers, M. ; Pickkers, P. ; Becker, M. ; Aschenbrenner, A.C. ; Ulas, T. ; Theis, F.J. ; Shen-Orr, S.S. ; Schultze, J.L. ; Kox, M.

Mature neutrophils and a NF-κB-to-IFN transition determine the unifying disease recovery dynamics in COVID-19.

Schmoller, K.M. ; Lanz, M.C. ; Kim, J. ; Koivomagi, M. ; Qu, Y. ; Tang, C. ; Kukhtevich, I. ; Schneider, R. ; Rudolf, F. ; Moreno, D.F. ; Aldea, M. ; Lucena, R. ; Skotheim, J.M.

Whi5 is diluted and protein synthesis does not dramatically increase in pre-Start G1.
Sleep 45:zsac098 (2022)

International EU-RLS-GENE Consortium (Schormair, B.) ; Zhao, C. ; Salminen, A.V. ; International EU-RLS-GENE Consortium (Oexle, K.) ; International EU-RLS-GENE Consortium (Winkelmann, J.) ; International EU-RLS-GENE Consortium (Oertel, W.H.) ; International EU-RLS-GENE Consortium (Gieger, C.) ; International EU-RLS-GENE Consortium (Peters, A.)

Reassessment of candidate gene studies for idiopathic restless legs syndrome in a large GWAS dataset of European ancestry.

van der Does, A.M. ; Mahbub, R.M. ; Ninaber, D.K. ; Rathnayake, S.N.H. ; Timens, W. ; van den Berge, M. ; Aliee, H. ; Theis, F.J. ; Nawijn, M.C. ; Hiemstra, P.S. ; Faiz, A.

Early transcriptional responses of bronchial epithelial cells to whole cigarette smoke mirror those of in-vivo exposed human bronchial mucosa.

Le Floch, E. ; Cosentino, T. ; Larsen, C.K. ; Beuschlein, F. ; Reincke, M. ; Amar, L. ; Rossi, G.P. ; De Sousa, K. ; Baron, S. ; Chantalat, S. ; Saintpierre, B. ; Lenzini, L. ; Frouin, A. ; Giscos-Douriez, I. ; Ferey, M. ; Abdellatif, A.B. ; Meatchi, T. ; Empana, J.P. ; Jouven, X. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Cusi, D. ; Salvi, E. ; Meneton, P. ; Touvier, M. ; Deschasaux, M. ; Druesne-Pecollo, N. ; Boulkroun, S. ; Fernandes-Rosa, F.L. ; Deleuze, J.F. ; Jeunemaitre, X. ; Zennaro, M.C.

Identification of risk loci for primary aldosteronism in genome-wide association studies.

Schmidt, S. ; Luecken, M. ; Trümbach, D. ; Hembach, S. ; Niedermeier, K.M. ; Wenck, N. ; Pflügler, K. ; Stautner, C. ; Böttcher, A. ; Lickert, H. ; Ramirez Suastegui, C. ; Ahmad, R. ; Ziller, M.J. ; Fitzgerald, J.C. ; Ruf, V. ; van de Berg, W.D.J. ; Jonker, A.J. ; Gasser, T. ; Winner, B. ; Winkler, J. ; Weisenhorn, D.M. ; Giesert, F. ; Theis, F.J. ; Wurst, W.

Primary cilia and SHH signaling impairments in human and mouse models of Parkinson's disease.

Spitzer, H. ; Ripart, M. ; Whitaker, K. ; D'Arco, F. ; Mankad, K. ; Chen, A.A. ; Napolitano, A. ; De Palma, L. ; De Benedictis, A. ; Foldes, S. ; Humphreys, Z. ; Zhang, K. ; Hu, W. ; Mo, J. ; Likeman, M. ; Davies, S. ; Guttler, C. ; Lenge, M. ; Cohen, N.T. ; Tang, Y. ; Wang, S. ; Chari, A. ; Tisdall, M. ; Bargallo, N. ; Conde-Blanco, E. ; Pariente, J.C. ; Pascual-Diaz, S. ; Delgado-Martinez, I. ; Perez-Enriquez, C. ; Lagorio, I. ; Abela, E. ; Mullatti, N. ; O'Muircheartaigh, J. ; Vecchiato, K. ; Liu, Y. ; Caligiuri, M.E. ; Sinclair, B. ; Vivash, L. ; Willard, A. ; Kandasamy, J. ; McLellan, A. ; Sokol, D. ; Semmelroch, M. ; Kloster, A.G. ; Opheim, G. ; Ribeiro, L. ; Yasuda, C. ; Rossi-Espagnet, C. ; Hamandi, K. ; Tietze, A. ; Barba, C. ; Guerrini, R. ; Gaillard, W.D. ; You, X. ; Wang, I. ; Gonzalez-Ortiz, S. ; Severino, M. ; Striano, P. ; Tortora, D. ; Kälviäinen, R. ; Gambardella, A. ; Labate, A. ; Desmond, P. ; Lui, E. ; O'Brien, T. ; Shetty, J. ; Jackson, G. ; Duncan, J.S. ; Winston, G.P. ; Pinborg, L.H. ; Cendes, F. ; Theis, F.J. ; Shinohara, R.T. ; Cross, J.H. ; Baldeweg, T. ; Adler, S. ; Wagstyl, K.

Interpretable surface-based detection of focal cortical dysplasias: A Multi-centre Epilepsy Lesion Detection study.
Nucleic Acids Res. 50, 8491-8511 (2022)

Stolz, P. ; Mantero, A.S. ; Tvardovskiy, A. ; Ugur, E. ; Wange, L.E. ; Mulholland, C.B. ; Cheng, Y. ; Wierer, M. ; Enard, W. ; Schneider, R. ; Bartke, T. ; Leonhardt, H. ; Elsässer, S.J. ; Bultmann, S.

TET1 regulates gene expression and repression of endogenous retroviruses independent of DNA demethylation.
Front. Immunol. 13:917232 (2022)

Bassler, K. ; Fujii, W. ; Kapellos, T.S. ; Dudkin, E. ; Reusch, N. ; Horne, A. ; Reiz, B. ; Luecken, M. ; Osei-Sarpong, C. ; Warnat-Herresthal, S. ; Bonaguro, L. ; Schulte-Schrepping, J. ; Wagner, A. ; Guenther, P. ; Pizarro, C. ; Schreiber, T. ; Knöll, R. ; Holsten, L. ; Kroeger, C. ; De Domenico, E. ; Becker, M. ; Haendler, K. ; Wohnhaas, C.T. ; Baumgartner, F. ; Koehler, M. ; Theis, H. ; Kraut, M. ; Wadsworth, M.H. ; Hughes, T.K. ; Ferreira, H.J. ; Hinkley, E. ; Kaltheuner, I.H. ; Geyer, M. ; Thiele, C. ; Shalek, A.K. ; Feisst, A. ; Thomas, D. ; Dickten, H. ; Beyer, M. ; Baum, P. ; Yosef, N. ; Aschenbrenner, A.C. ; Ulas, T. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J. ; Skowasch, D. ; Schultze, J.L.

Alveolar macrophages in early stage COPD show functional deviations with properties of impaired immune activation.
Cancers 14:3363 (2022)

Dumont, M. ; Weber-Lassalle, N. ; Joly-Beauparlant, C. ; Ernst, C. ; Droit, A. ; Feng, B. ; Dubois, S. ; Collin-Deschesnes, A. ; Soucy, P. ; Vallee, M. ; Fournier, F. ; Lemacon, A. ; Adank, M.A. ; Allen, J. ; Altmueller, J. ; Arnold, N. ; Ausems, M.G.E.M. ; Berutti, R. ; Bolla, M.K. ; Bull, S. ; Carvalho, S. ; Cornelissen, S. ; Dufault, M.R. ; Dunning, A.M. ; Engel, C. ; Gehrig, A. ; Geurts-Giele, W.R.R. ; Gieger, C. ; Green, J. ; Hackmann, K. ; Helmy, M. ; Hentschel, J. ; Hogervorst, F.B.L. ; Hollestelle, A. ; Hooning, M.J. ; Horvath, J. ; Ikram, M.A.A. ; Kaulfuss, S. ; Keeman, R. ; Kuang, D. ; Luccarini, C. ; Maier, W. ; Martens, J.W.M. ; Niederacher, D. ; Nürnberg, P. ; Ott, C. ; Peters, A. ; Pharoah, P.D.P. ; Ramirez, A. ; Ramser, J. ; Riedel-Heller, S. ; Schmidt, G. ; Shah, M. ; Scherer, M. ; Stäbler, A. ; Strom, T.M. ; Sutter, C. ; Thiele, H. ; van Asperen, C.J. ; van der Kolk, L. ; van der Luijt, R.B. ; Volk, A.E. ; Wagner, M. ; Waisfisz, Q. ; Wang, Q. ; Wang-Gohrke, S. ; Weber, B.H.F. ; Devilee, P. ; Tavtigian, S. ; Bader, G.D. ; Meindl, A. ; Goldgar, D.E. ; Andrulis, I.L. ; Schmutzler, R.K. ; Easton, D.F. ; Schmidt, M.K. ; Hahnen, E. ; Simard, J.

Uncovering the contribution of moderate-penetrance susceptibility genes to breast cancer by whole-exome sequencing and targeted enrichment sequencing of candidate genes in women of European ancestry.
Aging 14, 5620-5627 (2022)

von Falkenhausen, A.S. ; Freudling, R. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Müller-Nurasyid, M. ; Kääb, S. ; Sinner, M.F.

Common electrocardiogram measures are not associated with telomere length.
Stroke 53, 2331-2339 (2022)

Hämmerle, M. ; Forer, L. ; Schönherr, S. ; Peters, A. ; Grallert, H. ; Kronenberg, F. ; Gieger, C. ; Lamina, C.

A family and a genome-wide polygenic risk score are independentlyassociated with stroke in a population-based study.

Bakhti, M. ; Bastidas-Ponce, A. ; Tritschler, S. ; Czarnecki, O. ; Tarquis Medina, M. ; Nedvedova, E. ; Jaki, J. ; Willmann, S. ; Scheibner, K. ; Cota, P. ; Salinno, C. ; Boldt, K. ; Horn, N. ; Ueffing, M. ; Burtscher, I. ; Theis, F.J. ; Coskun, Ü. ; Lickert, H.

Synaptotagmin-13 orchestrates pancreatic endocrine cell egression and islet morphogenesis.
Front. Plant Sci. 13:877438 (2022)

Correa-Aragunde, N. ; Foresi, N. ; Lindermayr, C. ; Petřivalský, M.

Editorial: Functions of nitric oxide in photosynthetic organisms.

Baur, K. ; Abdullah, Y. ; Mandl, C. ; Hölzl-Wenig, G. ; Shi, Y. ; Edelkraut, U. ; Khatri, P. ; Hagenston, A.M. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Ciccolini, F.

A novel stem cell type at the basal side of the subventricular zone maintains adult neurogenesis.
Pancreatol. 22, 449-456 (2022)

Schmidt, A.W. ; Kühnapfel, A. ; Kirsten, H. ; Grallert, H. ; Hellerbrand, C. ; Kiefer, F. ; Mann, K. ; Mueller, S. ; Nöthen, M.M. ; Peters, A. ; Ridinger, M. ; Frank, J. ; Rietschel, M. ; Soranzo, N. ; Soyka, M. ; Wodarz, N. ; Malerba, G. ; Gambaro, G. ; Gieger, C. ; Scholz, M. ; Krug, S. ; Michl, P. ; Ewers, M. ; Witt, H. ; Laumen, H. ; Rosendahl, J.

Colocalization analysis of pancreas eQTLs with risk loci from alcoholic and novel non-alcoholic chronic pancreatitis GWAS suggests potential disease causing mechanisms.
Atherosclerosis 349, 151-159 (2022)

Grüneis, R. ; Lamina, C. ; Di Maio, S. ; Schönherr, S. ; Zoescher, P. ; Forer, L. ; Streiter, G. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Köttgen, A. ; Kronenberg, F. ; Coassin, S.

The effect of LPA Thr3888Pro on lipoprotein(a) and coronary artery disease is modified by the LPA KIV-2 variant 4925G>A.
Kidney Int. 102, 624-639 (2022)

Gorski, M. ; Rasheed, H. ; Teumer, A. ; Thomas, L.F. ; Graham, S.E. ; Sveinbjornsson, G. ; Winkler, T.W. ; Günther, F. ; Stark, K.J. ; Chai, J.F. ; Tayo, B.O. ; Wuttke, M. ; Li, Y. ; Tin, A. ; Ahluwalia, T.S. ; Ärnlöv, J. ; Asvold, B.O. ; Bakker, S.J.L. ; Banas, B. ; Bansal, N. ; Biggs, M.L. ; Biino, G. ; Böhnke, M. ; Boerwinkle, E. ; Bottinger, E.P. ; Brenner, H. ; Brumpton, B.M. ; Carroll, R.J. ; Chaker, L. ; Chalmers, J. ; Chee, M.L. ; Cheng, C.Y. ; Chu, A.Y. ; Ciullo, M. ; Cocca, M. ; Cook, J.P. ; Coresh, J. ; Cusi, D. ; de Borst, M.H. ; Degenhardt, F. ; Eckardt, K.U. ; Endlich, K. ; Evans, M.K. ; Feitosa, M.F. ; Franke, A. ; Freitag-Wolf, S. ; Fuchsberger, C. ; Gampawar, P. ; Gansevoort, R.T. ; Ghanbari, M. ; Ghasemi, S. ; Giedraitis, V. ; Gieger, C. ; Gudbjartsson, D.F. ; Hallan, S. ; Hamet, P. ; Hishida, A. ; Ho, K. ; Hofer, E. ; Holleczek, B. ; Holm, H. ; Hoppmann, A. ; Horn, K. ; Hutri-Kähönen, N. ; Hveem, K. ; Hwang, S.J. ; Ikram, M.A. ; Josyula, N.S. ; Jung, B. ; Kähönen, M. ; Karabegović, I. ; Khor, C.C. ; Koenig, W. ; Kramer, H. ; Krämer, B.K. ; Kühnel, B. ; Kuusisto, J. ; Laakso, M. ; Lange, L.A. ; Lehtimäki, T. ; Li, M. ; Lieb, W. ; Lifelines Cohort Study ; Lind, L. ; Lindgren, C.M. ; Loos, R.J.F. ; Lukas, M.A. ; Lyytikäinen, L.P. ; Mahajan, A. ; Matias-Garcia, P.R. ; Meisinger, C. ; Meitinger, T. ; Melander, O. ; Milaneschi, Y. ; Mishra, P.P. ; Mononen, N. ; Morris, A.P. ; Mychaleckyj, J.C. ; Nadkarni, G.N. ; Naito, M. ; Nakatochi, M. ; Nalls, M.A. ; Nauck, M. ; Nikus, K. ; Ning, B. ; Nolte, I.M. ; Nutile, T. ; O'Donoghue, M.L. ; O'Connell, J. ; Olafsson, I. ; Orho-Melander, M. ; Parsa, A. ; Pendergrass, S.A. ; Penninx, B.W.J.H. ; Pirastu, M. ; Preuss, M.H. ; Psaty, B.M. ; Raffield, L.M. ; Raitakari, O.T. ; Rheinberger, M. ; Rice, K.M. ; Rizzi, F. ; Rosenkranz, A.R. ; Rossing, P. ; Rotter, J.I. ; Ruggiero, D. ; Ryan, K.A. ; Sabanayagam, C. ; Salvi, E. ; Schmidt, H. ; Schmidt, R. ; Scholz, M. ; Schöttker, B. ; Schulz, C.A. ; Sedaghat, S. ; Shaffer, C.M. ; Sieber, K.B. ; Sim, X. ; Sims, M. ; Snieder, H. ; Stanzick, K.J. ; Thorsteinsdottir, U. ; Stocker, H.R. ; Strauch, K. ; Stringham, H.M. ; Sulem, P. ; Szymczak, S. ; Taylor, K.D. ; Thio, C.H.L. ; Tremblay, J. ; Vaccargiu, S. ; van der Harst, P. ; van der Most, P.J. ; Verweij, N. ; Völker, U. ; Wakai, K. ; Waldenberger, M. ; Wallentin, L. ; Wallner, S. ; Wang, J. ; Waterworth, D.M. ; White, H.D. ; Willer, C.J. ; Wong, T.Y. ; Woodward, M. ; Yang, Q. ; Yerges-Armstrong, L.M. ; Zimmermann, M. ; Zonderman, A.B. ; Bergler, T. ; Stefansson, K. ; Böger, C.A. ; Pattaro, C. ; Köttgen, A. ; Kronenberg, F. ; Heid, I.M.

Genetic loci and prioritization of genes for kidney function decline derived from a meta-analysis of 62 longitudinal genome-wide association studies.
Science 376:eabf9088 (2022)

O'Neill, A.C. ; Uzbas, F. ; Antognolli, G. ; Merino, F.L. ; Draganova, K. ; Jäck, A. ; Zhang, S. ; Pedini, G. ; Schessner, J.P. ; Cramer, K. ; Schepers, A. ; Metzger, F. ; Esgleas Izquierdo, M. ; Smialowski, P. ; Guerrini, R. ; Falk, S. ; Feederle, R. ; Freytag, S. ; Wang, Z. ; Bahlo, M. ; Jungmann, R. ; Bagni, C. ; Borner, G.H.H. ; Robertson, S.P. ; Hauck, S.M. ; Götz, M.

Spatial centrosome proteome of human neural cells uncovers disease-relevant heterogeneity.

Pardo, M. ; Offer, S. ; Hartner, E. ; Di Bucchianico, S. ; Bisig, B. ; Bauer, S. ; Pantzke, J. ; Zimmermann, E. ; Cao, X. ; Binder, S. ; Kuhn, E. ; Huber, A. ; Jeong, S. ; Käfer, U. ; Schneider, E. ; Mesceriakovas, A. ; Bendl, J. ; Brejcha, R. ; Buchholz, A. ; Gat, D. ; Hohaus, T. ; Rastak, N. ; Karg, E.W. ; Jakobi, G. ; Kalberer, M. ; Kanashova, T. ; Hu, Y. ; Ogris, C. ; Marsico, A. ; Theis, F.J. ; Shalit, T. ; Gröger, T.M. ; Rüger, C.P. ; Oeder, S. ; Orasche, J. ; Paul, A. ; Ziehm, T. ; Zhang, Z.H. ; Adam, T. ; Sippula, O. ; Sklorz, M. ; Schnelle-Kreis, J. ; Czech, H. ; Kiendler-Scharr, A. ; Zimmermann, R. ; Rudich, Y.

Exposure to naphthalene and β-pinene-derived secondary organic aerosol induced divergent changes in transcript levels of BEAS-2B cells.
Neuron 110, 2283-2298.e9 (2022)

Lopez, J.P. ; Luecken, M. ; Brivio, E. ; Karamihalev, S. ; Kos, A. ; De Donno, C. ; Benjamin, A. ; Yang, H. ; Dick, A.L.W. ; Stoffel, R. ; Flachskamm, C. ; Ressle, A. ; Roeh, S. ; Huettl, R.E. ; Parl, A. ; Eggert, C. ; Novak, B. ; Yan, Y. ; Yeoh, K. ; Holzapfel, M. ; Hauger, B. ; Harbich, D. ; Schmid, B. ; Di Giaimo, R. ; Turck, C.W. ; Schmidt, M.V. ; Deussing, J.M. ; Eder, M. ; Dine, J. ; Theis, F.J. ; Chen, A.

Ketamine exerts its sustained antidepressant effects via cell-type-specific regulation of Kcnq2.
Cell Rep. 39:110910 (2022)

Fougerat, A. ; Schoiswohl, G. ; Polizzi, A. ; Régnier, M. ; Wagner, C. ; Smati, S. ; Fougeray, T. ; Lippi, Y. ; Lasserre, F. ; Raho, I. ; Melin, V. ; Tramunt, B. ; Métivier, R. ; Sommer, C. ; Benhamed, F. ; Alkhoury, C. ; Greulich, F. ; Jouffe, C. ; Emile, A. ; Schupp, M. ; Gourdy, P. ; Dubot, P. ; Levade, T. ; Meynard, D. ; Ellero-Simatos, S. ; Gamet-Payrastre, L. ; Panasyuk, G. ; Uhlenhaut, N.H. ; Amri, E.Z. ; Cruciani-Guglielmacci, C. ; Postic, C. ; Wahli, W. ; Loiseau, N. ; Montagner, A. ; Langin, D. ; Lass, A. ; Guillou, H.

ATGL-dependent white adipose tissue lipolysis controls hepatocyte PPARα activity.
Sci. Adv. 8:eabg9287 (2022)

Thomas, J. ; Martinez-Reza, M.F. ; Thorwirth, M. ; Zarb, Y. ; Conzelmann, K.K. ; Hauck, S.M. ; Grade, S. ; Götz, M.

Excessive local host-graft connectivity in aging and amyloid-loaded brain.
Sci. Adv. 8:eabg9445 (2022)

Grade, S. ; Thomas, J. ; Zarb, Y. ; Thorwirth, M. ; Conzelmann, K.K. ; Hauck, S.M. ; Götz, M.

Brain injury environment critically influences the connectivity of transplanted neurons.
Trends Cell Biol. 32, 707-719 (2022)

Camargo Ortega, G. ; Götz, M.

Centrosome heterogeneity in stem cells regulates cell diversity.
Nat. Genet. 54, 560-572 (2022)

Mahajan, A. ; Spracklen, C.N. ; Zhang, W. ; Ng, M.C.Y. ; Petty, L.E. ; Kitajima, H. ; Yu, G.Z. ; Rüeger, S. ; Speidel, L. ; Kim, Y.J. ; Horikoshi, M. ; Mercader, J.M. ; Taliun, D. ; Moon, S. ; Kwak, S.H. ; Robertson, N.R. ; Rayner, N.W. ; Loh, M. ; Kim, B.J. ; Chiou, J. ; Miguel-Escalada, I. ; Della Briotta Parolo, P. ; Lin, K. ; Bragg, F. ; Preuss, M.H. ; Takeuchi, F. ; Nano, J. ; Guo, X. ; Lamri, A. ; Nakatochi, M. ; Scott, R.A. ; Lee, J.J. ; Huerta-Chagoya, A. ; Graff, M. ; Chai, J.F. ; Parra, E.J. ; Yao, J. ; Bielak, L.F. ; Tabara, Y. ; Hai, Y. ; Steinthorsdottir, V. ; Cook, J.P. ; Kals, M. ; Grarup, N. ; Schmidt, E.M. ; Pan, I. ; Sofer, T. ; Wuttke, M. ; Sarnowski, C. ; Gieger, C. ; Nousome, D. ; Trompet, S. ; Long, J. ; Sun, M. ; Tong, L. ; Chen, W.M. ; Ahmad, M. ; Noordam, R. ; Lim, V.J.Y. ; Tam, C.H.T. ; Joo, Y.Y. ; Chen, C.H. ; Raffield, L.M. ; Lecoeur, C. ; Prins, B.P. ; Nicolas, A. ; Yanek, L.R. ; Chen, G. ; Jensen, R.A. ; Tajuddin, S.M. ; Kabagambe, E.K. ; An, P. ; Xiang, A.H. ; Choi, H.S. ; Cade, B.E. ; Tan, J. ; Flanagan, J. ; Abaitua, F. ; Adair, L.S. ; Adeyemo, A. ; Aguilar-Salinas, C.A. ; Akiyama, M. ; Anand, S.S. ; Bertoni, A.G. ; Bian, Z. ; Bork-Jensen, J. ; Brandslund, I. ; Brody, J.A. ; Brummett, C.M. ; Buchanan, T.A. ; Canouil, M. ; Chan, J.C.N. ; Chang, L.C. ; Chee, M.L. ; Chen, J. ; Chen, S.H. ; Chen, Y.T. ; Chen, Z. ; Chuang, L.M. ; Cushman, M. ; Das, S.K. ; de Silva, H.J. ; Dedoussis, G. ; Dimitrov, L. ; Doumatey, A.P. ; Du, S. ; Duan, Q. ; Eckardt, K.U. ; Emery, L.S. ; Evans, D.S. ; Evans, M.K. ; Fischer, K. ; Floyd, J.S. ; Ford, I. ; Fornage, M. ; Franco, O.H. ; Frayling, T.M. ; Freedman, B.I. ; Fuchsberger, C. ; Genter, P. ; Gerstein, H.C. ; Giedraitis, V. ; González-Villalpando, C. ; Gonzalez-Villalpando, M.E. ; Goodarzi, M.O. ; Gordon-Larsen, P. ; Gorkin, D. ; Gross, M. ; Guo, Y. ; Hackinger, S. ; Han, S.H. ; Hattersley, A.T. ; Herder, C. ; Howard, A.G. ; Hsueh, W.A. ; Huang, M. ; Huang, W. ; Hung, Y.J. ; Hwang, M.Y. ; Hwu, C.M. ; Ichihara, S. ; Ikram, M.A. ; Ingelsson, M. ; Islam, M.T. ; Isono, M. ; Jang, H.M. ; Jasmine, F. ; Jiang, G. ; Jonas, J.B. ; Jørgensen, M.E. ; Jørgensen, T. ; Kamatani, Y. ; Kandeel, F.R. ; Kasturiratne, A. ; Katsuya, T. ; Kaur, V. ; Kawaguchi, T. ; Keaton, J.M. ; Kho, A.N. ; Khor, C.C. ; Kibriya, M.G. ; Kim, D.H. ; Kohara, K. ; Kriebel, J. ; Kronenberg, F. ; Kuusisto, J. ; Läll, K. ; Lange, L.A. ; Lee, M.S. ; Lee, N.R. ; Leong, A. ; Li, L. ; Li, Y. ; Li-Gao, R. ; Ligthart, S. ; Lindgren, C.M. ; Linneberg, A. ; Liu, C.T. ; Liu, J. ; Locke, A.E. ; Louie, T. ; Luan, J. ; Luk, A.O.Y. ; Luo, X. ; Lv, J. ; Lyssenko, V. ; Mamakou, V. ; Mani, K.R. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Morris, A.D. ; Nadkarni, G.N. ; Nadler, J.L. ; Nalls, M.A. ; Nayak, U. ; Nongmaithem, S.S. ; Ntalla, I. ; Okada, Y. ; Orozco, L. ; Patel, S.R. ; Pereira, M.A. ; Peters, A. ; Pirie, F.J. ; Porneala, B.C. ; Prasad, G. ; Preissl, S. ; Rasmussen-Torvik, L.J. ; Reiner, A.P. ; Roden, M. ; Rohde, R. ; Roll, K. ; Sabanayagam, C. ; Sander, M. ; Sandow, K. ; Sattar, N. ; Schönherr, S. ; Schurmann, C. ; Shahriar, M. ; Shi, J. ; Shin, D.M. ; Shriner, D. ; Smith, J.A. ; So, W.Y. ; Stancáková, A. ; Stilp, A.M. ; Strauch, K. ; Suzuki, K. ; Takahashi, A. ; Taylor, K.D. ; Thorand, B. ; Thorleifsson, G. ; Thorsteinsdottir, U. ; Tomlinson, B. ; Torres, J.M. ; Tsai, F.J. ; Tuomilehto, J. ; Tusié-Luna, T. ; Udler, M.S. ; Valladares-Salgado, A. ; van Dam, R.M. ; van Klinken, J.B. ; Varma, R. ; Vujkovic, M.R. ; Wacher-Rodarte, N. ; Wheeler, E. ; Whitsel, E.A. ; Wickremasinghe, A.R. ; van Dijk, K.W. ; Witte, D.R. ; Yajnik, C.S. ; Yamamoto, K. ; Yamauchi, T. ; Yengo, L. ; Yoon, K. ; Yu, C. ; Yuan, J.M. ; Yusuf, S. ; Zhang, L. ; Zheng, W. ; Raffel, L.J. ; Igase, M. ; Ipp, E. ; Redline, S. ; Cho, Y.S. ; Lind, L. ; Province, M.A. ; Hanis, C.L. ; Peyser, P.A. ; Ingelsson, E. ; Zonderman, A.B. ; Psaty, B.M. ; Wang, Y.X. ; Rotimi, C.N. ; Becker, D.M. ; Matsuda, F. ; Liu, Y. ; Zeggini, E. ; Yokota, M. ; Rich, S.S. ; Kooperberg, C. ; Pankow, J.S. ; Engert, J.C. ; Chen, Y.I. ; Froguel, P. ; Wilson, J.G. ; Sheu, W.H.H. ; Kardia, S.L.R. ; Wu, J.Y. ; Hayes, M.G. ; Ma, R.C.W. ; Wong, T.Y. ; Groop, L. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Chandak, G.R. ; Collins, F.S. ; Bharadwaj, D. ; Paré, G. ; Sale, M.M. ; Ahsan, H. ; Motala, A.A. ; Shu, X.O. ; Park, K.S. ; Jukema, J.W. ; Cruz, M. ; McKean-Cowdin, R. ; Grallert, H. ; Cheng, C.Y. ; Bottinger, E.P. ; Dehghan, A. ; Tai, E.S. ; Dupuis, J. ; Kato, N. ; Laakso, M. ; Köttgen, A. ; Koh, W.P. ; Palmer, C.N.A. ; Liu, S. ; Abecasis, G. ; Kooner, J.S. ; Loos, R.J.F. ; North, K.E. ; Haiman, C.A. ; Florez, J.C. ; Saleheen, D. ; Hansen, T. ; Pedersen, O. ; Mägi, R. ; Langenberg, C. ; Wareham, N.J. ; Maeda, S. ; Kadowaki, T. ; Lee, J. ; Millwood, I.Y. ; Walters, R.G. ; Stefansson, K. ; Myers, S.R. ; Ferrer, J. ; Gaulton, K.J. ; Meigs, J.B. ; Mohlke, K.L. ; Gloyn, A.L. ; Bowden, D.W. ; Below, J.E. ; Sim, X. ; Boehnke, M. ; Rotter, J.I. ; Morris, A.P.

Multi-ancestry genetic study of type 2 diabetes highlights the power of diverse populations for discovery and translation.
JCI insight 7:e157035 (2022)

Li, Y. ; Cheng, Y. ; Consolato, F. ; Schiano, G. ; Chong, M.R. ; Pietzner, M. ; Nguyen, N.Q.H. ; Scherer, N. ; Biggs, M.L. ; Kleber, M.E. ; Haug, S. ; Göçmen, B. ; Pigeyre, M. ; Sekula, P. ; Steinbrenner, I. ; Schlosser, P. ; Joseph, C.B. ; Brody, J.A. ; Grams, M.E. ; Hayward, C. ; Schultheiss, U.T. ; Krämer, B.K. ; Kronenberg, F. ; Peters, A. ; Seissler, J. ; Steubl, D. ; Then, C. ; Wuttke, M. ; März, W. ; Eckardt, K.U. ; Gieger, C. ; Boerwinkle, E. ; Psaty, B.M. ; Coresh, J. ; Oefner, P.J. ; Paré, G. ; Langenberg, C. ; Scherberich, J.E. ; Yu, B. ; Akilesh, S. ; Devuyst, O. ; Rampoldi, L. ; Köttgen, A.

Genome-wide studies reveal factors associated with circulating uromodulin and its relations with complex diseases.

Winkler, T.W. ; Rasheed, H. ; Teumer, A. ; Gorski, M. ; Rowan, B.X. ; Stanzick, K.J. ; Thomas, L.F. ; Tin, A. ; Hoppmann, A. ; Chu, A.Y. ; Tayo, B.O. ; Thio, C.H.L. ; Cusi, D. ; Chai, J.F. ; Sieber, K.B. ; Horn, K. ; Li, M. ; Scholz, M. ; Cocca, M. ; Wuttke, M. ; van der Most, P.J. ; Yang, Q. ; Ghasemi, S. ; Nutile, T. ; Li, Y. ; Pontali, G. ; Günther, F. ; Dehghan, A. ; Correa, A. ; Parsa, A. ; Feresin, A. ; de Vries, A.P.J. ; Zonderman, A.B. ; Smith, A.V. ; Oldehinkel, A.J. ; de Grandi, A. ; Rosenkranz, A.R. ; Franke, A. ; Teren, A. ; Metspalu, A. ; Hicks, A.A. ; Morris, A.P. ; Tönjes, A. ; Morgan, A. ; Podgornaia, A.I. ; Peters, A. ; Körner, A. ; Mahajan, A. ; Campbell, A. ; Freedman, B.I. ; Spedicati, B. ; Ponte, B. ; Schöttker, B. ; Brumpton, B.M. ; Banas, B. ; Krämer, B.K. ; Jung, B. ; Asvold, B.O. ; Smith, B.H. ; Ning, B. ; Penninx, B.W.J.H. ; Vanderwerff, B.R. ; Psaty, B.M. ; Kammerer, C.M. ; Langefeld, C.D. ; Hayward, C. ; Spracklen, C.N. ; Robinson-Cohen, C. ; Hartman, C.A. ; Lindgren, C.M. ; Wang, C. ; Sabanayagam, C. ; Heng, C.K. ; Lanzani, C. ; Khor, C.C. ; Cheng, C.Y. ; Fuchsberger, C. ; Gieger, C. ; Shaffer, C.M. ; Schulz, C.A. ; Willer, C.J. ; Chasman, D.I. ; Gudbjartsson, D.F. ; Ruggiero, D. ; Toniolo, D. ; Czamara, D. ; Porteous, D.J. ; Waterworth, D.M. ; Mascalzoni, D. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Reilly, D.F. ; Daw, E.W. ; Hofer, E. ; Boerwinkle, E. ; Salvi, E. ; Bottinger, E.P. ; Tai, E.S. ; Catamo, E. ; Rizzi, F. ; Guo, F. ; Rivadeneira, F. ; Guilianini, F. ; Sveinbjornsson, G. ; Ehret, G. ; Waeber, G. ; Biino, G. ; Girotto, G. ; Pistis, G. ; Nadkarni, G.N. ; Delgado, G.E. ; Montgomery, G.W. ; Snieder, H. ; Campbell, H. ; White, H.D. ; Gao, H. ; Stringham, H.M. ; Schmidt, H. ; Li, H. ; Brenner, H. ; Holm, H. ; Kirsten, H. ; Kramer, H. ; Rudan, I. ; Nolte, I.M. ; Tzoulaki, I. ; Olafsson, I. ; Martins, J. ; Cook, J.P. ; Wilson, J.F. ; Halbritter, J. ; Felix, J.F. ; Divers, J. ; Kooner, J.S. ; Lee, J.J. ; O'Connell, J. ; Rotter, J.I. ; Liu, J. ; Xu, J. ; Thiery, J. ; Ärnlöv, J. ; Kuusisto, J. ; Jakobsdottir, J. ; Tremblay, J. ; Whitfield, J.B. ; Gaziano, J.M. ; Marten, J. ; Coresh, J. ; Jonas, J.B. ; Mychaleckyj, J.C. ; Christensen, K. ; Eckardt, K.U. ; Mohlke, K.L. ; Endlich, K. ; Dittrich, K. ; Ryan, K.A. ; Rice, K.M. ; Taylor, K.D. ; Ho, K. ; Nikus, K. ; Matsuda, K. ; Strauch, K. ; Miliku, K. ; Hveem, K. ; Lind, L. ; Wallentin, L. ; Yerges-Armstrong, L.M. ; Raffield, L.M. ; Phillips, L.S. ; Launer, L.J. ; Lyytikäinen, L.P. ; Lange, L.A. ; Citterio, L. ; Klaric, L. ; Ikram, M.A. ; Ising, M. ; Kleber, M.E. ; Francescatto, M. ; Concas, M.P. ; Ciullo, M. ; Piratsu, M. ; Orho-Melander, M. ; Laakso, M. ; Loeffler, M. ; Perola, M. ; de Borst, M.H. ; Gögele, M. ; Bianca, M.R. ; Lukas, M.A. ; Feitosa, M.F. ; Biggs, M.L. ; Wojczynski, M.K. ; Kavousi, M. ; Kanai, M. ; Akiyama, M. ; Yasuda, M. ; Nauck, M. ; Waldenberger, M. ; Chee, M.L. ; Boehnke, M. ; Preuss, M.H. ; Stumvoll, M. ; Province, M.A. ; Evans, M.K. ; O'Donoghue, M.L. ; Kubo, M. ; Kähönen, M. ; Kastarinen, M. ; Nalls, M.A. ; Kuokkanen, M. ; Ghanbari, M. ; Bochud, M. ; Josyula, N.S. ; Martin, N.G. ; Tan, N.Y.Q. ; Palmer, N.D. ; Pirastu, N. ; Schupf, N. ; Verweij, N. ; Hutri-Kähönen, N. ; Mononen, N. ; Bansal, N. ; Devuyst, O. ; Melander, O. ; Raitakari, O.T. ; Polasek, O. ; Manunta, P. ; Gasparini, P. ; Mishra, P.P. ; Sulem, P. ; Magnusson, P.K.E. ; Elliott, P. ; Ridker, P.M. ; Hamet, P. ; Svensson, P.O. ; Joshi, P.K. ; Kovacs, P. ; Pramstaller, P.P. ; Rossing, P. ; Vollenweider, P. ; van der Harst, P. ; Dorajoo, R. ; Sim, R.Z.H. ; Burkhardt, R. ; Tao, R. ; Noordam, R. ; Mägi, R. ; Schmidt, R. ; de Mutsert, R. ; Rueedi, R. ; van Dam, R.M. ; Carroll, R.J. ; Gansevoort, R.T. ; Loos, R.J.F. ; Felicita, S.C. ; Sedaghat, S. ; Padmanabhan, S. ; Freitag-Wolf, S. ; Pendergrass, S.A. ; Graham, S.E. ; Gordon, S.D. ; Hwang, S.J. ; Kerr, S.M. ; Vaccargiu, S. ; Patil, S.B. ; Hallan, S. ; Bakker, S.J.L. ; Lim, S.C. ; Lucae, S. ; Vogelezang, S. ; Bergmann, S. ; Corre, T. ; Ahluwalia, T.S. ; Lehtimäki, T. ; Boutin, T.S. ; Meitinger, T. ; Wong, T.Y. ; Bergler, T. ; Rabelink, T.J. ; Esko, T. ; Haller, T. ; Thorsteinsdottir, U. ; Völker, U. ; Foo, V.H.X. ; Salomaa, V. ; Vitart, V. ; Giedraitis, V. ; Gudnason, V. ; Jaddoe, V.W.V. ; Huang, W. ; Zhang, W. ; Wei, W.B. ; Kiess, W. ; Marz, W. ; Koenig, W. ; Lieb, W. ; Gao, X. ; Sim, X. ; Wang, Y.X. ; Friedlander, Y. ; Tham, Y.C. ; Kamatani, Y. ; Okada, Y. ; Milaneschi, Y. ; Yu, Z. ; Stark, K.J. ; Stefansson, K. ; Böger, C.A. ; Hung, A.M. ; Kronenberg, F. ; Köttgen, A. ; Pattaro, C. ; Heid, I.M.

Differential and shared genetic effects on kidney function between diabetic and non-diabetic individuals.

Lutz, K. ; Musumeci, A. ; Sie, C. ; Dursun, E. ; Winheim, E. ; Bagnoli, J. ; Ziegenhain, C. ; Rausch, L. ; Bergen, V. ; Luecken, M. ; Oostendorp, R.A.J. ; Schraml, B.U. ; Theis, F.J. ; Enard, W. ; Korn, T. ; Krug, A.B.

Ly6D+Siglec-H+ precursors contribute to conventional dendritic cells via a Zbtb46+Ly6D+ intermediary stage.
Virology 569, 37-43 (2022)

Puchinger, K. ; Castelletti, N. ; Rubio-Acero, R. ; Geldmacher, C. ; Eser, T.M. ; Deák, F. ; Paunovic, I. ; Bakuli, A. ; Saathoff, E. ; von Meyer, A. ; Markgraf, A. ; Falk, P. ; Reich, J. ; Riess, F. ; Girl, P. ; Müller, K. ; Radon, K. ; Guggenbüehl Noller, J.M. ; Wölfel, R. ; Hoelscher, M. ; Kroidl, I. ; Wieser, A. ; Olbrich, L. ; KORA Study Group (Fuchs, C. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.)

The interplay of viral loads, clinical presentation, and serological responses in SARS-CoV-2 – Results from a prospective cohort of outpatient COVID-19 cases.
FEBS Lett. 596, 2596-2616 (2022)

Strickland, B.A. ; Ansari, S.A. ; Dantoft, W. ; Uhlenhaut, N.H.

How to tame your genes: Mechanisms of inflammatory gene repression by glucocorticoids.
Atherosclerosis 352, 10-17 (2022)

Schnitzer, F. ; Forer, L. ; Schönherr, S. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Kronenberg, F. ; Peters, A. ; Lamina, C.

Association between a polygenic and family risk score on the prevalence and incidence of myocardial infarction in the KORA-F3 study.
Aging Cell:e13608 (2022)

Huan, T. ; Nguyen, S. ; Colicino, E. ; Ochoa-Rosales, C. ; Hill, W.D. ; Brody, J.A. ; Soerensen, M. ; Zhang, Y. ; Baldassari, A. ; Elhadad, M.A. ; Toshiko, T. ; Zheng, Y. ; Domingo-Relloso, A. ; Lee, D.H. ; Ma, J. ; Yao, C. ; Liu, C. ; Hwang, S.J. ; Joehanes, R. ; Fornage, M. ; Bressler, J. ; van Meurs, J.B.J. ; Debrabant, B. ; Mengel-From, J. ; Hjelmborg, J.B.H. ; Christensen, K. ; Vokonas, P. ; Schwartz, J. ; Gahrib, S.A. ; Sotoodehnia, N. ; Sitlani, C.M. ; Kunze, S. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M. ; Deary, I.J. ; Ferrucci, L. ; Qu, Y. ; Greenland, P. ; Lloyd-Jones, D.M. ; Hou, L. ; Bandinelli, S. ; Voortman, T. ; Hermann, B. ; Baccarelli, A. ; Whitsel, E.A. ; Pankow, J.S. ; Levy, D.

Integrative analysis of clinical and epigenetic biomarkers of mortality.
Cells 11:520 (2022)

Sanchez-Gonzalez, R. ; Koupourtidou, C. ; Lepko, T. ; Zambusi, A. ; Novoselc, K.T. ; Durovic, T. ; Aschenbroich, S. ; Schwarz, V. ; Breunig, C. ; Straka, H. ; Huttner, H.B. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Wurst, W. ; Zwergal, A. ; Schauer, T. ; Straub, T. ; Czopka, T. ; Trümbach, D. ; Götz, M. ; Stricker, S.H. ; Ninkovic, J.

Innate immune pathways promote oligodendrocyte progenitor cell recruitment to the injury site in adult Zebrafish brain.

Coassin, S. ; Chemello, K. ; Khantalin, I. ; Forer, L. ; Döttelmayer, P. ; Schönherr, S. ; Grüneis, R. ; Chong-Hong-Fong, C. ; Nativel, B. ; Ramin-Mangata, S. ; Gallo, A. ; Roche, M. ; Mühlegger, B. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Zschocke, J. ; Marimoutou, C. ; Meilhac, O. ; Lamina, C. ; Kronenberg, F. ; Blanchard, V. ; Lambert, G.

Genome-wide characterization of a highly penetrant form of hyperlipoproteinemia associated with genetically elevated cardiovascular Risk.
eLife 11:e71802 (2022)

Gadd, D.A. ; Hillary, R.F. ; McCartney, D.L. ; Zaghlool, S.B. ; Stevenson, A.J. ; Cheng, Y. ; Fawns-Ritchie, C. ; Nangle, C. ; Campbell, A. ; Flaig, R. ; Harris, S.E. ; Walker, R.M. ; Shi, L. ; Tucker-Drob, E.M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M. ; Graumann, J. ; McRae, A.F. ; Deary, I.J. ; Porteous, D.J. ; Hayward, C. ; Visscher, P.M. ; Cox, S.R. ; Evans, K.L. ; McIntosh, A.M. ; Suhre, K. ; Marioni, R.E.

Epigenetic scores for the circulating proteome as tools for disease prediction.
Nat. Genet. 54, 437-449 (2022)

Okbay, A. ; Wu, Y. ; Wang, N. ; Jayashankar, H. ; Bennett, M.J. ; Nehzati, S.M. ; Sidorenko, J. ; Kweon, H. ; Goldman, G. ; Gjorgjieva, T. ; Jiang, Y. ; Hicks, B. ; Tian, C. ; Hinds, D.A. ; Ahlskog, R. ; Magnusson, P.K.E. ; Oskarsson, S. ; Hayward, C. ; Campbell, A. ; Porteous, D.J. ; Freese, J. ; Herd, P. ; Watson, C.R. ; Jala, J. ; Conley, D. ; Koellinger, P.D. ; Johannesson, M. ; Laibson, D. ; Meyer, M.N. ; Lee, J.J. ; Kong, A. ; Yengo, L. ; Cesarini, D. ; Turley, P. ; Visscher, P.M. ; Beauchamp, J.P. ; Benjamin, D.J. ; Young, A.I. ; Social Science Genetic Association Consortium (Gieger, C. ; Baumbach, C. ; Meisinger, C. ; Meitinger, T. ; Lichtner, P. ; Strauch, K.)

Polygenic prediction of educational attainment within and between families from genome-wide association analyses in 3 million individuals.
Sci. Rep. 12:6793 (2022)

Stirm, L. ; Huypens, P. ; Sass, S. ; Batra, R. ; Fritsche, L. ; Brucker, S. ; Abele, H. ; Hennige, A.M. ; Theis, F.J. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Fritsche, A. ; Häring, H.-U. ; Staiger, H.

Author Correction: Maternal whole blood cell miRNA-340 is elevated in gestational diabetes and inversely regulated by glucose and insulin (Scientific Reports, (2018), 8, 1, (1366), 10.1038/s41598-018-19200-9).
Front. Psychiatr. 13:815718 (2022)

Falkai, P. ; Koutsouleris, N. ; Bertsch, K. ; Bialas, M. ; Binder, E. ; Bühner, M. ; Buyx, A. ; Cai, N. ; Cappello, S. ; Ehring, T. ; Gensichen, J. ; Hamann, J. ; Hasan, A. ; Henningsen, P. ; Leucht, S. ; Möhrmann, K.H. ; Nagelstutz, E. ; Padberg, F. ; Peters, A. ; Pfäffel, L. ; Reich-Erkelenz, D. ; Riedl, V. ; Rueckert, D. ; Schmitt, A. ; Schulte-Körne, G. ; Scheuring, E. ; Schulze, T.G. ; Starzengruber, R. ; Stier, S. ; Theis, F.J. ; Winkelmann, J. ; Wurst, W. ; Priller, J.

Concept of the Munich/Augsburg Consortium Precision in Mental Health for the German Center of Mental Health.
Diagnostics 12:965 (2022)

Rospleszcz, S. ; Starnecker, F. ; Linkohr, B. ; von Scheidt, M. ; Gieger, C. ; Schunkert, H. ; Peters, A. ; DigiMed Bayern Consortium (Adam, J.) ; DigiMed Bayern Consortium (Berutti, R.) ; DigiMed Bayern Consortium (Brandmaier, S.)

Validation of the 30-year Framingham Risk Score in a German population-based cohort.
Biomedicines 10:616 (2022)

Frankó, A. ; Irmler, M. ; Prehn, C. ; Heinzmann, S.S. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Adamski, J. ; Beckers, J. ; von Kleist-Retzow, J.C. ; Wiesner, R. ; Häring, H.-U. ; Heni, M. ; Birkenfeld, A.L. ; Hrabě de Angelis, M.

Bezafibrate reduces elevated hepatic fumarate in insulin-deficient mice.
New Biotech. 68, 37-47 (2022)

Ghini, V. ; Abuja, P.M. ; Polasek, O. ; Kozera, L. ; Laiho, P. ; Anton, G. ; Zins, M. ; Klovins, J. ; Metspalu, A. ; Wichmann, H.-E. ; Gieger, C. ; Luchinat, C. ; Zatloukal, K. ; Turano, P.

Impact of the pre-examination phase on multicenter metabolomic studies.
Cell Rep. 38:110547 (2022)

Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Abou Moussa, E. ; Garabello, E. ; Nakahara, T.S. ; Makhlouf, M. ; Mathew, L.S. ; Wang, L. ; Valle, F. ; Huang, S.S.Y. ; Mainland, J.D. ; Caselle, M. ; Osella, M. ; Lorenz, S. ; Reisert, J. ; Logan, D.W. ; Malnic, B. ; Scialdone, A. ; Saraiva, L.R.

A 3D transcriptomics atlas of the mouse nose sheds light on the anatomical logic of smell.

Günsel, G.G. ; Conlon, T.M. ; Jeridi, A. ; Kim, R. ; Ertüz, Z. ; Lang, N.J. ; Ansari, M. ; Novikova, M. ; Jiang, D. ; Strunz, M. ; Gaianova, M. ; Hollauer, C. ; Gabriel, C. ; Angelidis, I. ; Doll, S. ; Pestoni, J. ; Edelmann, S.L. ; Kohlhepp, M.S. ; Guillot, A. ; Bassler, K. ; Van Eeckhoutte, H.P. ; Kayalar, Ö. ; Konyalilar, N. ; Kanashova, T. ; Rodius, S. ; Ballester-Lopez, C. ; Genes Robles, C.M. ; Smirnova, N.F. ; Rehberg, M. ; Agarwal, C. ; Krikki, I. ; Piavaux, B. ; Verleden, S.E. ; Vanaudenaerde, B. ; Königshoff, M. ; Dittmar, G. ; Bracke, K.R. ; Schultze, J.L. ; Watz, H. ; Eickelberg, O. ; Stöger, T. ; Burgstaller, G. ; Tacke, F. ; Heissmeyer, V. ; Rinkevich, Y. ; Bayram, H. ; Schiller, H. B. ; Conrad, M. ; Schneider, R. ; Yildirim, A.Ö.

The arginine methyltransferase PRMT7 promotes extravasation of monocytes resulting in tissue injury in COPD.

Giehrl-Schwab, J. ; Giesert, F. ; Rauser, B. ; Lao, C.L. ; Hembach, S. ; Lefort, S. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Koupourtidou, C. ; Luecken, M. ; Truong, D.-J.J. ; Fischer-Sternjak, J. ; Masserdotti, G. ; Prakash, N. ; Ninkovic, J. ; Hölter, S.M. ; Vogt Weisenhorn, D.M. ; Theis, F.J. ; Götz, M. ; Wurst, W.

Parkinson's disease motor symptoms rescue by CRISPRa-reprogramming astrocytes into GABAergic neurons.
Mol. Syst. Biol. 18:e10798 (2022)

Brunner, A.D. ; Thielert, M. ; Vasilopoulou, C.G. ; Ammar, C. ; Coscia, F. ; Mund, A. ; Hoerning, O.B. ; Bache, N. ; Apalategui, A. ; Lubeck, M. ; Richter, S. ; Fischer, D.S. ; Raether, O. ; Park, M.A. ; Meier, F. ; Theis, F.J. ; Mann, M.

Ultra-high sensitivity mass spectrometry quantifies single-cell proteome changes upon perturbation.

Jouffe, C. ; Weger, B.D. ; Martin, E. ; Atger, F. ; Weger, M. ; Gobet, C. ; Ramnath, D. ; Charpagne, A. ; Morin-Rivron, D. ; Powell, E.E. ; Sweet, M.J. ; Masoodi, M. ; Uhlenhaut, N.H. ; Gachon, F.

Disruption of the circadian clock component BMAL1 elicits an endocrine adaption impacting on insulin sensitivity and liver disease.
Nat. Struct. Mol. Biol. 29:282 (2022)

Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Noll, C. ; Schorpp, K.K. ; Rothenaigner, I. ; Lubatti, G. ; Agami, A. ; Hadian, K. ; Scialdone, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Author Correction: Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development.

Bauer, A. ; Puglisi, M. ; Nagl, D. ; Schick, J. ; Werner, T. ; Klingl, A. ; El Andari, J. ; Hornung, V. ; Kessler, H. ; Götz, M. ; Grimm, D. ; Brack-Werner, R.

Molecular signature of astrocytes for gene delivery by the synthetic adeno-associated viral vector rAAV9P1.
Nat. Neurosci. 25, 154-167 (2022)

Noack, F. ; Vangelisti, S. ; Raffl, G. ; Moreira Carido Pereira, M. ; Diwakar, S.J. ; Chong, F. ; Bonev, B.

Multimodal profiling of the transcriptional regulatory landscape of the developing mouse cortex identifies Neurog2 as a key epigenome remodeler.
Diabetologia 65, 763-776 (2022)

Fraszczyk, E. ; Spijkerman, A.M.W. ; Zhang, Y. ; Brandmaier, S. ; Day, F.R. ; Zhou, L. ; Wackers, P. ; Dollé, M.E.T. ; Bloks, V.W. ; Gao, X. ; Gieger, C. ; Kooner, J. ; Kriebel, J. ; Picavet, H.S.J. ; Rathmann, W. ; Schöttker, B. ; Loh, M. ; Verschuren, W.M.M. ; van Vliet-Ostaptchouk, J.V. ; Wareham, N.J. ; Chambers, J.C. ; Ong, K.K. ; Grallert, H. ; Brenner, H. ; Luijten, M. ; Snieder, H.

Epigenome-wide association study of incident type 2 diabetes: A meta-analysis of five prospective European cohorts.
New Phytol. 234, 1119-1125 (2022)

Seabra, A.B. ; Silveira, N.M. ; Ribeiro, R.V. ; Pieretti, J.C. ; Barroso, J.B. ; Corpas, F.J. ; Palma, J.M. ; Hancock, J.T. ; Petřivalský, M. ; Kapuganti, J.G. ; Wendehenne, D. ; Loake, G.J. ; Durner, J. ; Lindermayr, C. ; Molnár, D. ; Kolbert, Z. ; Oliveira, H.C.

Nitric oxide-releasing nanomaterials: From basic research to potential biotechnological applications in agriculture.
Nat. Genet. 54, 318–327 (2022)

Nakatani, T. ; Lin, J. ; Ji, F. ; Ettinger, A. ; Pontabry, J. ; Tokoro, M. ; Altamirano-Pacheco, L. ; Fiorentino, J. ; Mahammadov, E. ; Hatano, Y. ; Van Rechem, C. ; Chakraborty, D. ; Ruiz-Morales, E.R. ; Scialdone, A. ; Yamagata, K. ; Whetstine, J.R. ; Sadreyev, R.I. ; Torres-Padilla, M.E.

DNA replication fork speed underlies cell fate changes and promotes reprogramming.
Nat. Genet. 54, 358-360 (2022)

Eumorphia Consortium (Hrabě de Angelis, M. ; Wurst, W. ; Abe, K. ; Beckers, J. ; Busch, D.H. ; Dalke, C. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Graw, J. ; Hölter, S.M. ; Kallnik, M. ; Lengger, C. ; Pedersen, V. ; Puk, O. ; Vogt Weisenhorn, D.M. ; Wagner, S.) ; Quintanilla-Fend, L.

EMPReSS: Standardized phenotype screens for functional annotation of the mouse genome (vol 37, pg 1155, 2005).
Nat. Rev. Genet. 23, 563-580 (2022)

Millán-Zambrano, G. ; Burton, A. ; Bannister, A.J. ; Schneider, R.

Histone post-translational modifications - cause and consequence of genome function.
Nat. Biotechnol. 40, 163-166 (2022)

Gayoso, A. ; Lopez, R. ; Xing, G. ; Boyeau, P. ; Valiollah Pour Amiri, V. ; Hong, J. ; Wu, K. ; Jayasuriya, M. ; Mehlman, E. ; Langevin, M. ; Liu, Y. ; Samaran, J. ; Misrachi, G. ; Nazaret, A. ; Clivio, O. ; Xu, C. ; Ashuach, T. ; Gabitto, M. ; Lotfollahi, M. ; Svensson, V. ; da Veiga Beltrame, E. ; Kleshchevnikov, V. ; Talavera-López, C. ; Pachter, L. ; Theis, F.J. ; Streets, A. ; Jordan, M.I. ; Regier, J. ; Yosef, N.

A Python library for probabilistic analysis of single-cell omics data.
Nat. Methods 19, 171–178 (2022)

Palla, G. ; Spitzer, H. ; Klein, M. ; Fischer, D.S. ; Schaar, A. ; Kuemmerle, L. ; Rybakov, S. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Holmberg, O. ; Virshup, I. ; Lotfollahi, M. ; Richter, S. ; Theis, F.J.

Squidpy: A scalable framework for spatial omics analysis.
Nat. Commun. 13:1122 (2022)

Scholz, M. ; Horn, K. ; Pott, J. ; Gross, A. ; Kleber, M.E. ; Delgado, G.E. ; Mishra, P.P. ; Kirsten, H. ; Gieger, C. ; Müller-Nurasyid, M. ; Tönjes, A. ; Kovacs, P. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O. ; Kähönen, M. ; Gylling, H. ; Baber, R. ; Isermann, B. ; Stumvoll, M. ; Loeffler, M. ; März, W. ; Meitinger, T. ; Peters, A. ; Thiery, J. ; Teupser, D. ; Ceglarek, U.

Author Correction: Genome-wide meta-analysis of phytosterols reveals five novel loci and a detrimental effect on coronary atherosclerosis (Nature Communications, (2022), 13, 1, (143), 10.1038/s41467-021-27706-6).
Environ. Health Perspect. 130:27003 (2022)

Offer, S. ; Hartner, E. ; Di Bucchianico, S. ; Bisig, B. ; Bauer, S. ; Pantzke, J. ; Zimmermann, E. ; Cao, X. ; Binder, S. ; Kuhn, E. ; Huber, A. ; Jeong, S. ; Käfer, U. ; Martens, P. ; Mesceriakovas, A. ; Bendl, J. ; Brejcha, R. ; Buchholz, A. ; Gat, D. ; Hohaus, T. ; Rastak, N. ; Jakobi, G. ; Kalberer, M. ; Kanashova, T. ; Hu, Y. ; Ogris, C. ; Marsico, A. ; Theis, F.J. ; Pardo, M. ; Gröger, T.M. ; Oeder, S. ; Orasche, J. ; Paul, A. ; Ziehm, T. ; Zhang, Z.H. ; Adam, T. ; Sippula, O. ; Sklorz, M. ; Schnelle-Kreis, J. ; Czech, H. ; Kiendler-Scharr, A. ; Rudich, Y. ; Zimmermann, R.

Effect of atmospheric aging on soot particle toxicity in lung cell models at the air-liquid interface: Differential toxicological impacts of biogenic and anthropogenic Secondary Organic Aerosols (SOAs).
Nat. Biotechnol. 40, 308–318 (2022)

Palla, G. ; Fischer, D.S. ; Regev, A. ; Theis, F.J.

Spatial components of molecular tissue biology.
Eur. Respir. J. 59:2102057 (2022)

Luecken, M. ; Zaragosi, L.E. ; Madissoon, E. ; Sikkema, L. ; Firsova, A.B. ; De Domenico, E. ; Kuemmerle, L. ; Saglam, A. ; Berg, M. ; Gay, A.C.A. ; Schniering, J. ; Mayr, C. ; Abalo, X.M. ; Larsson, L. ; Sountoulidis, A. ; Teichmann, S. ; van Eunen, K. ; Koppelman, G.H. ; Saeb-Parsy, K. ; Leroy, S. ; Powell, P. ; Sarkans, U. ; Timens, W. ; Lundeberg, J. ; van den Berge, M. ; Nilsson, M. ; Horváth, P. ; Denning, J. ; Papatheodorou, I. ; Schultze, J.L. ; Schiller, H. B. ; Barbry, P. ; Petoukhov, I. ; Misharin, A.V. ; Adcock, I. ; von Papen, M. ; Theis, F.J. ; Samakovlis, C. ; Meyer, K.B. ; Nawijn, M.C.

The discovAIR project: A roadmap towards the Human Lung Cell Atlas.
Brief. Bioinform. 23:bbab535 (2022)

Han, S. ; Huang, J. ; Foppiano, F. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Li, Y. ; Matullo, G. ; Schliess, F. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

TIGER: Technical variation elimination for metabolomics data using ensemble learning architecture.
Nat. Genet. 54, 18–29 (2022)

Hawe, J. ; Wilson, R. ; Schmid, K. ; Zhou, L. ; Lakshmanan, L.N. ; Lehne, B.C. ; Kühnel, B. ; Scott, W.R. ; Wielscher, M. ; Yew, Y.W. ; Baumbach, C. ; Lee, D.P. ; Marouli, E. ; Bernard, M. ; Pfeiffer, L. ; Matias-Garcia, P.R. ; Autio, M.I. ; Bourgeois, S. ; Herder, C. ; Karhunen, V. ; Meitinger, T. ; Prokisch, H. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Sebert, S. ; Shin, J. ; Strauch, K. ; Zhang, W. ; Tan, W.L.W. ; Hauck, S.M. ; Merl-Pham, J. ; Grallert, H. ; Barbosa, E.G.V. ; Illig, T. ; Peters, A. ; Paus, T. ; Pausova, Z. ; Deloukas, P. ; Foo, R.S.Y. ; Jarvelin, M.R. ; Kooner, J.S. ; Loh, M. ; Heinig, M. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Chambers, J.C.

Genetic variation influencing DNA methylation provides insights into molecular mechanisms regulating genomic function.

Hindy, G. ; Dornbos, P. ; Chaffin, M.D. ; Liu, D.J. ; Wang, M. ; Selvaraj, M.S. ; Zhang, D. ; Park, J. ; Aguilar-Salinas, C.A. ; Antonacci-Fulton, L.L. ; Ardissino, D. ; Arnett, D.K. ; Aslibekyan, S. ; Atzmon, G. ; Ballantyne, C.M. ; Barajas-Olmos, F. ; Barzilai, N. ; Becker, L.C. ; Bielak, L.F. ; Bis, J.C. ; Blangero, J. ; Boerwinkle, E. ; Bonnycastle, L.L. ; Bottinger, E.B. ; Bowden, D.W. ; Bown, M.J. ; Brody, J.A. ; Broome, J.G. ; Burtt, N.P. ; Cade, B.E. ; Centeno-Cruz, F. ; Chan, E. ; Chang, Y.C. ; Chen, Y.I. ; Cheng, C.Y. ; Choi, W.J. ; Chowdhury, R. ; Contreras-Cubas, C. ; Córdova, E.J. ; Correa, A. ; Cupples, L.A. ; Curran, J.E. ; Danesh, J. ; de Vries, P.S. ; DeFronzo, R.A. ; Doddapaneni, H.V. ; Duggirala, R. ; Dutcher, S.K. ; Ellinor, P.T. ; Emery, L.S. ; Florez, J.C. ; Fornage, M. ; Freedman, B.I. ; Fuster, V. ; Garay-Sevilla, M.E. ; García-Ortiz, H. ; Germer, S. ; Gibbs, R.A. ; Gieger, C. ; Glaser, B. ; Gonzalez, C. ; Gonzalez-Villalpando, M.E. ; Graff, M. ; Graham, S.E. ; Grarup, N. ; Groop, L.C. ; Guo, X. ; Gupta, N. ; Han, S. ; Hanis, C.L. ; Hansen, T. ; He, J. ; Heard-Costa, N.L. ; Hung, Y.J. ; Hwang, M.Y. ; Irvin, M.R. ; Islas-Andrade, S. ; Jarvik, G.P. ; Kang, H.M. ; Kardia, S.L.R. ; Kelly, T.N. ; Kenny, E.E. ; Khan, A.T. ; Kim, B.J. ; Kim, R.W. ; Kim, Y.J. ; Koistinen, H.A. ; Kooperberg, C. ; Kuusisto, J. ; Kwak, S.H. ; Laakso, M. ; Lange, L.A. ; Lee, J. ; Lee, S. ; Lehman, D.M. ; Lemaitre, R.N. ; Linneberg, A. ; Liu, J. ; Loos, R.J.F. ; Lubitz, S.A. ; Lyssenko, V. ; Ma, R.C.W. ; Martin, L.W. ; Martínez-Hernández, A. ; Mathias, R.A. ; McGarvey, S.T. ; McPherson, R. ; Meigs, J.B. ; Meitinger, T. ; Melander, O. ; Mendoza-Caamal, E. ; Metcalf, G.A. ; Mi, X. ; Mohlke, K.L. ; Montasser, M.E. ; Moon, J.Y. ; Moreno-Macias, H. ; Morrison, A.C. ; Muzny, D.M. ; Nelson, S.C. ; Nilsson, P.M. ; O'Connell, J.R. ; Orho-Melander, M. ; Orozco, L. ; Palmer, C.N.A. ; Palmer, N.D. ; Park, C.J. ; Park, K.S. ; Pedersen, O. ; Peralta, J.M. ; Peyser, P.A. ; Post, W.S. ; Preuss, M. ; Psaty, B.M. ; Qi, Q. ; Rao, D.C. ; Redline, S. ; Reiner, A.P. ; Revilla-Monsalve, C. ; Rich, S.S. ; Samani, N. ; Schunkert, H. ; Schurmann, C. ; Seo, D. ; Seo, J.S. ; Sim, X. ; Sladek, R. ; Small, K.S. ; So, W.Y. ; Stilp, A.M. ; Tai, E.S. ; Tam, C.H.T. ; Taylor, K.D. ; Teo, Y.Y. ; Thameem, F. ; Tomlinson, B. ; Tsai, M.Y. ; Tuomi, T. ; Tuomilehto, J. ; Tusié-Luna, T. ; Udler, M.S. ; van Dam, R.M. ; Vasan, R.S. ; Viaud Martinez, K.A. ; Wang, F.F. ; Wang, X. ; Watkins, H. ; Weeks, D.E. ; Wilson, J.G. ; Witte, D.R. ; Wong, T.Y. ; Yanek, L.R. ; Kathiresan, S. ; Rader, D.J. ; Rotter, J.I. ; Boehnke, M. ; McCarthy, M.I. ; Willer, C.J. ; Natarajan, P. ; Flannick, J.A. ; Khera, A.V. ; Peloso, G.M.

Rare coding variants in 35 genes associate with circulating lipid levels-A multi-ancestry analysis of 170,000 exomes.

Assum, I. ; Krause, J. ; Scheinhardt, M.O. ; Müller, C. ; Hammer, E. ; Börschel, C.S. ; Völker, U. ; Conradi, L. ; Geelhoed, B. ; Zeller, T. ; Schnabel, R.B. ; Heinig, M.

Tissue-specific multi-omics analysis of atrial fibrillation.
Nat. Methods 19, 159–170 (2022)

Lange, M. ; Bergen, V. ; Klein, M. ; Setty, M. ; Reuter, B. ; Bakhti, M. ; Lickert, H. ; Ansari, M. ; Schniering, J. ; Schiller, H. B. ; Pe'er, D. ; Theis, F.J.

CellRank for directed single-cell fate mapping.

Magaletta, M.E. ; Lobo, M. ; Kernfeld, E.M. ; Aliee, H. ; Huey, J.D. ; Parsons, T.J. ; Theis, F.J. ; Maehr, R.

Integration of single-cell transcriptomes and chromatin landscapes reveals regulatory programs driving pharyngeal organ development.

Scholz, M. ; Horn, K. ; Pott, J. ; Gross, A. ; Kleber, M.E. ; Delgado, G.E. ; Mishra, P.P. ; Kirsten, H. ; Gieger, C. ; Müller-Nurasyid, M. ; Tönjes, A. ; Kovacs, P. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O. ; Kähönen, M. ; Gylling, H. ; Baber, R. ; Isermann, B. ; Stumvoll, M. ; Loeffler, M. ; März, W. ; Meitinger, T. ; Peters, A. ; Thiery, J. ; Teupser, D. ; Ceglarek, U.

Genome-wide meta-analysis of phytosterols reveals five novel loci and a detrimental effect on coronary atherosclerosis.
Nat. Methods 19, 41-50 (2022)

Luecken, M. ; Büttner, M. ; Chaichoompu, K. ; Danese, A. ; Interlandi, M. ; Müller, M. ; Strobl, D.C. ; Zappia, L. ; Dugas, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Theis, F.J.

Benchmarking atlas-level data integration in single-cell genomics.
Neuron 110, 366-393 (2022)

Bocchi, R. ; Masserdotti, G. ; Götz, M.

Direct neuronal reprogramming: Fast forward from new concepts toward therapeutic approaches.
Mol. Metab. 57:101396 (2022)

Hrovatin, K. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Toward modeling metabolic state from single-cell transcriptomics

Greulich, F. ; Bielefeld, K.A. ; Scheundel, R. ; Mechtidou, A. ; Strickland, B. ; Uhlenhaut, N.H.

Enhancer RNA expression in response to glucocorticoid treatment in murine macrophages.
Hum. Mol. Genet. 31, 3367-3376 (2022)

Aboulmaouahib, B. ; Kastenmüller, G. ; Suhre, K. ; Zöllner, S. ; Weissensteiner, H. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Gieger, C. ; Wang-Sattler, R. ; Lichtner, P. ; Strauch, K. ; Flaquer, A.

First mitochondrial genome wide association study with metabolomics.
Allergy 77, 690-694 (2022)

Aliee, H. ; Massip, F. ; Qi, C. ; Stella de Biase, M. ; van Nijnatten, J. ; Kersten, E.T.G. ; Kermani, N.Z. ; Khuder, B. ; Vonk, J.M. ; Vermeulen, R.C.H. ; U-BIOPRED study group ; Cambridge Lung Cancer Early Detection Programme ; INER-Ciencias Mexican Lung Program ; Neighbors, M. ; Tew, G.W. ; Grimbaldeston, M.A. ; Ten Hacken, N.H.T. ; Hu, S. ; Guo, Y. ; Zhang, X. ; Sun, K. ; Hiemstra, P.S. ; Ponder, B.A. ; Makela, M.J. ; Malmström, K. ; Rintoul, R.C. ; Reyfman, P.A. ; Theis, F.J. ; Brandsma, C.A. ; Adcock, I.M. ; Timens, W. ; Xu, C.J. ; van den Berge, M. ; Schwarz, R.F. ; Koppelman, G.H. ; Nawijn, M.C. ; Faiz, A.

Determinants of expression of SARS-CoV-2 entry-related genes in upper and lower airways.
Cardiovasc. Res. 118, 1088–1102 (2022)

Zeng, L. ; Moser, S. ; Mirza-Schreiber, N. ; Lamina, C. ; Coassin, S. ; Nelson, C.P. ; Annilo, T. ; Franzén, O. ; Kleber, M.E. ; Mack, S. ; Andlauer, T.F.M. ; Jiang, B. ; Stiller, B. ; Li, L. ; Willenborg, C. ; Munz, M. ; Kessler, T. ; Kastrati, A. ; Laugwitz, K.L. ; Erdmann, J. ; Moebus, S. ; Nöthen, M.M. ; Peters, A. ; Strauch, K. ; Müller-Nurasyid, M. ; Gieger, C. ; Meitinger, T. ; Steinhagen-Thiessen, E. ; März, W. ; Metspalu, A. ; Björkegren, J.L.M. ; Samani, N.J. ; Kronenberg, F. ; Müller-Myhsok, B. ; Schunkert, H.

Cis-epistasis at the LPA locus and risk of cardiovascular diseases.
2021 in
(2021)

Zappia, L. ; Theis, F.J.

1000 tools paper.
2021 in
(2021)

Dony, L. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Theislab sfaira Model Repository.
2021 in
In: (35th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2021) Track on Datasets and Benchmarks, 6-14 December 2021, Virtual, Online). 2021.

Luecken, M. ; Burkhardt, D.B. ; Cannoodt, R. ; Lance, C. ; Agrawal, A. ; Aliee, H. ; Chen, A.T. ; Deconinck, T. ; Detweiler, A.M. ; Granados, A. ; Huynh, S. ; Isacco, L. ; Kim, Y.J. ; Klein, D. ; De Kumar, B. ; Kuppasani, S. ; Lickert, H. ; McGeever, A. ; Mekonen, H. ; Caceres Melgarejo, J. ; Morri, M. ; Müller, M. ; Neff, N.F. ; Paul, S. ; Rieck, B. ; Schneider, K. ; Steelman, S. ; Sterr, M. ; Treacy, D.J. ; Tong, A. ; Villani, A.C. ; Wang, G. ; Yan, J. ; Zhang, C. ; Pisco, A.O. ; Krishnaswamy, S. ; Theis, F.J. ; Bloom, J.M.

A sandbox for prediction and integration of DNA, RNA, and protein data in single cells.
2021 in
Vortrag: XV European Meeting on Glial Cells in Health and Disease, 07-10 July 2021, online. (2021)

Natarajan, P. ; Masserdotti, G. ; Götz, M. ; Bocchi, R.

Unravelling the fate determinants of astrocytic identity and their impact in direct neuronal reprogramming.
Curr. Opin. Syst. Biol. 28:100347 (2021)

Hetzel, L. ; Fischer, D.S. ; Günnemann, S. ; Theis, F.J.

Graph representation learning for single cell biology.
Cell 184, 6243-6261.e27 (2021)

Wendisch, D. ; Dietrich, O. ; Mari, T. ; von Stillfried, S. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Mittermaier, M. ; Mache, C. ; Chua, R.L. ; Knöll, R. ; Timm, S. ; Brumhard, S. ; Krammer, T. ; Zauber, H. ; Hiller, A.L. ; Pascual-Reguant, A. ; Mothes, R. ; Bülow, R.D. ; Schulze, J. ; Leipold, A.M. ; Djudjaj, S. ; Erhard, F. ; Geffers, R. ; Pott, F. ; Kazmierski, J. ; Radke, J. ; Pergantis, P. ; Baßler, K. ; Conrad, C. ; Aschenbrenner, A.C. ; Sawitzki, B. ; Landthaler, M. ; Wyler, E. ; Horst, D. ; Hippenstiel, S. ; Hocke, A.C. ; Heppner, F.L. ; Uhrig, A. ; Garcia, C. ; Machleidt, F. ; Herold, S. ; Elezkurtaj, S. ; Thibeault, C. ; Witzenrath, M. ; Cochain, C. ; Suttorp, N. ; Drosten, C. ; Goffinet, C. ; Kurth, F. ; Schultze, J.L. ; Radbruch, H. ; Ochs, M. ; Eils, R. ; Müller-Redetzky, H. ; Hauser, A.E. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Wolff, T. ; Boor, P. ; Selbach, M. ; Saliba, A.E. ; Sander, L.E.

SARS-CoV-2 infection triggers profibrotic macrophage responses and lung fibrosis.

Tin, A. ; Schlosser, P. ; Matias-Garcia, P.R. ; Thio, C.H.L. ; Joehanes, R. ; Liu, H. ; Yu, Z. ; Weihs, A. ; Hoppmann, A. ; Grundner-Culemann, F. ; Min, J.L. ; Kuhns, V.L.H. ; Adeyemo, A.A. ; Agyemang, C. ; Ärnlöv, J. ; Aziz, N.A. ; Baccarelli, A. ; Bochud, M. ; Brenner, H. ; Bressler, J. ; Breteler, M.M.B. ; Carmeli, C. ; Chaker, L. ; Coresh, J. ; Corre, T. ; Correa, A. ; Cox, S.R. ; Delgado, G.E. ; Eckardt, K.U. ; Ekici, A.B. ; Endlich, K. ; Floyd, J.S. ; Fraszczyk, E. ; Gao, X. ; Gelber, A.C. ; Ghanbari, M. ; Ghasemi, S. ; Gieger, C. ; Greenland, P. ; Grove, M.L. ; Harris, S.E. ; Hemani, G. ; Henneman, P. ; Herder, C. ; Horvath, S. ; Hou, L. ; Hurme, M.A. ; Hwang, S.J. ; Kardia, S.L.R. ; Kasela, S. ; Kleber, M.E. ; Koenig, W. ; Kooner, J.S. ; Kronenberg, F. ; Kühnel, B. ; Ladd-Acosta, C. ; Lehtimäki, T. ; Lind, L. ; Liu, D. ; Lloyd-Jones, D.M. ; Lorkowski, S. ; Lu, A.T. ; Marioni, R.E. ; März, W. ; McCartney, D.L. ; Meeks, K.A.C. ; Milani, L. ; Mishra, P.P. ; Nauck, M. ; Nowak, C. ; Peters, A. ; Prokisch, H. ; Psaty, B.M. ; Raitakari, O.T. ; Ratliff, S.M. ; Reiner, A.P. ; Schöttker, B. ; Schwartz, J. ; Sedaghat, S. ; Smith, J.A. ; Sotoodehnia, N. ; Stocker, H.R. ; Stringhini, S. ; Sundström, J. ; Swenson, B.R. ; van Meurs, J.B.J. ; van Vliet-Ostaptchouk, J.V. ; Venema, A. ; Völker, U. ; Winkelmann, J. ; Wolffenbuttel, B.H.R. ; Zhao, W. ; Zheng, Y. ; Estonian Biobank Research Team ; Genetics of DNA Methylation Consortium ; Loh, M. ; Snieder, H. ; Waldenberger, M. ; Levy, D. ; Akilesh, S. ; Woodward, O.M. ; Susztak, K. ; Teumer, A. ; Köttgen, A.

Epigenome-wide association study of serum urate reveals insights into urate co-regulation and the SLC2A9 locus.

Schlosser, P. ; Tin, A. ; Matias-Garcia, P.R. ; Thio, C.H.L. ; Joehanes, R. ; Liu, H. ; Weihs, A. ; Yu, Z. ; Hoppmann, A. ; Grundner-Culemann, F. ; Min, J.L. ; Adeyemo, A.A. ; Agyemang, C. ; Ärnlöv, J. ; Aziz, N.A. ; Baccarelli, A. ; Bochud, M. ; Brenner, H. ; Breteler, M.M.B. ; Carmeli, C. ; Chaker, L. ; Chambers, J.C. ; Cole, S.A. ; Coresh, J. ; Corre, T. ; Correa, A. ; Cox, S.R. ; de Klein, N. ; Delgado, G.E. ; Domingo-Relloso, A. ; Eckardt, K.U. ; Ekici, A.B. ; Endlich, K. ; Evans, K.L. ; Floyd, J.S. ; Fornage, M. ; Franke, L. ; Fraszczyk, E. ; Gao, X. ; Ghanbari, M. ; Ghasemi, S. ; Gieger, C. ; Greenland, P. ; Grove, M.L. ; Harris, S.E. ; Hemani, G. ; Henneman, P. ; Herder, C. ; Horvath, S. ; Hou, L. ; Hurme, M.A. ; Hwang, S.J. ; Jarvelin, M.R. ; Kardia, S.L.R. ; Kasela, S. ; Kleber, M.E. ; Koenig, W. ; Kooner, J.S. ; Kramer, H. ; Kronenberg, F. ; Kühnel, B. ; Lehtimäki, T. ; Lind, L. ; Liu, D. ; Liu, Y. ; Lloyd-Jones, D.M. ; Lohman, K. ; Lorkowski, S. ; Lu, A.T. ; Marioni, R.E. ; März, W. ; McCartney, D.L. ; Meeks, K.A.C. ; Milani, L. ; Mishra, P.P. ; Nauck, M. ; Navas-Acien, A. ; Nowak, C. ; Peters, A. ; Prokisch, H. ; Psaty, B.M. ; Raitakari, O.T. ; Ratliff, S.M. ; Reiner, A.P. ; Rosas, S.E. ; Schöttker, B. ; Schwartz, J. ; Sedaghat, S. ; Smith, J.A. ; Sotoodehnia, N. ; Stocker, H.R. ; Stringhini, S. ; Sundström, J. ; Swenson, B.R. ; Tellez-Plaza, M. ; van Meurs, J.B.J. ; van Vliet-Ostaptchouk, J.V. ; Venema, A. ; Verweij, N. ; Walker, R.M. ; Wielscher, M. ; Winkelmann, J. ; Wolffenbuttel, B.H.R. ; Zhao, W. ; Zheng, Y. ; Estonian Biobank Research Team ; Genetics of DNA Methylation Consortium ; Loh, M. ; Snieder, H. ; Levy, D. ; Waldenberger, M. ; Susztak, K. ; Köttgen, A. ; Teumer, A.

Meta-analyses identify DNA methylation associated with kidney function and damage.

Holmberg, O. ; Lenz, T. ; Koch, V. ; Alyagoob, A. ; Utsch, L. ; Rank, A. ; Sabic, E. ; Seguchi, M. ; Xhepa, E. ; Kufner, S. ; Cassese, S. ; Kastrati, A. ; Marr, C. ; Joner, M. ; Nicol, P.

Histopathology-based deep-learning predicts atherosclerotic lesions in intravascular imaging.

Senís, E. ; Esgleas Izquierdo, M. ; Najas, S. ; Jiménez-Sábado, V. ; Bertani, C. ; Giménez-Alejandre, M. ; Escriche, A. ; Ruiz-Orera, J. ; Hergueta-Redondo, M. ; Jimenez, M. ; Giralt, A. ; Nuciforo, P. ; Albà, M.M. ; Peinado, H. ; Del Toro, D. ; Hove-Madsen, L. ; Götz, M. ; Abad, M.

TUNAR lncRNA encodes a microprotein that regulates neural differentiation and neurite formation by modulating calcium dynamics.
Nature 600, 675-679 (2021)

Graham, S.E. ; Clarke, S.L. ; Wu, K.H. ; Kanoni, S. ; Zajac, G.J.M. ; Ramdas, S. ; Surakka, I. ; Ntalla, I. ; Vedantam, S. ; Winkler, T.W. ; Locke, A.E. ; Marouli, E. ; Hwang, M.Y. ; Han, S. ; Narita, A. ; Choudhury, A. ; Bentley, A.R. ; Ekoru, K. ; Verma, A. ; Trivedi, B. ; Martin, H.C. ; Hunt, K.A. ; Hui, Q. ; Klarin, D. ; Zhu, X. ; Thorleifsson, G. ; Helgadottir, A. ; Gudbjartsson, D.F. ; Holm, H. ; Olafsson, I. ; Akiyama, M. ; Sakaue, S. ; Terao, C. ; Kanai, M. ; Zhou, W. ; Brumpton, B.M. ; Rasheed, H. ; Ruotsalainen, S.E. ; Havulinna, A.S. ; Veturi, Y. ; Feng, Q. ; Rosenthal, E.A. ; Lingren, T. ; Pacheco, J.A. ; Pendergrass, S.A. ; Haessler, J. ; Giulianini, F. ; Bradford, Y. ; Miller, J.E. ; Campbell, A. ; Lin, K. ; Millwood, I.Y. ; Hindy, G. ; Rasheed, A. ; Faul, J.D. ; Zhao, W. ; Weir, D.R. ; Turman, C. ; Huang, H. ; Graff, M. ; Mahajan, A. ; Brown, M.R. ; Zhang, W. ; Yu, K. ; Schmidt, E.M. ; Pandit, A. ; Gustafsson, S. ; Yin, X. ; Luan, J. ; Zhao, J.H. ; Matsuda, F. ; Jang, H.M. ; Yoon, K. ; Medina-Gomez, C. ; Pitsillides, A. ; Hottenga, J.J. ; Willemsen, G. ; Wood, A.R. ; Ji, Y. ; Gao, Z. ; Haworth, S. ; Mitchell, R.E. ; Chai, J.F. ; Aadahl, M. ; Yao, J. ; Manichaikul, A. ; Warren, H.R. ; Ramirez, J. ; Bork-Jensen, J. ; Kårhus, L.L. ; Goel, A. ; Sabater-Lleal, M. ; Noordam, R. ; Sidore, C. ; Fiorillo, E. ; McDaid, A.F. ; Marques-Vidal, P. ; Wielscher, M. ; Trompet, S. ; Sattar, N. ; Møllehave, L.T. ; Thuesen, B.H. ; Munz, M. ; Zeng, L. ; Huang, J. ; Yang, B. ; Poveda, A. ; Kurbasic, A. ; Lamina, C. ; Forer, L. ; Scholz, M. ; Galesloot, T.E. ; Bradfield, J.P. ; Daw, E.W. ; Zmuda, J.M. ; Mitchell, J.S. ; Fuchsberger, C. ; Christensen, H. ; Brody, J.A. ; Feitosa, M.F. ; Wojczynski, M.K. ; Preuss, M. ; Mangino, M. ; Christofidou, P. ; Verweij, N. ; Engmann, J. ; Kember, R.L. ; Slieker, R.C. ; Lo, K.S. ; Zilhao, N.R. ; Le, P. ; Kleber, M.E. ; Delgado, G.E. ; Huo, S. ; Ikeda, D.D. ; Iha, H. ; Yang, J. ; Liu, J. ; Leonard, H.L. ; Marten, J. ; Schmidt, B. ; Arendt, M. ; Smyth, L.J. ; Cañadas-Garre, M. ; Wang, C. ; Nakatochi, M. ; Wong, A. ; Hutri-Kähönen, N. ; Sim, X. ; Xia, R. ; Huerta-Chagoya, A. ; Fernandez-Lopez, J.C. ; Lyssenko, V. ; Ahmed, M. ; Jackson, A.U. ; Irvin, M.R. ; Oldmeadow, C. ; Kim, H.N. ; Ryu, S. ; Timmers, P.R.H.J. ; Arbeeva, L. ; Dorajoo, R. ; Lange, L.A. ; Chai, X. ; Prasad, G. ; Lorés-Motta, L. ; Pauper, M. ; Long, J. ; Li, X. ; Theusch, E. ; Takeuchi, F. ; Spracklen, C.N. ; Loukola, A. ; Bollepalli, S. ; Warner, S.C. ; Wang, Y.X. ; Wei, W.B. ; Nutile, T. ; Ruggiero, D. ; Sung, Y.J. ; Hung, Y.J. ; Chen, S. ; Liu, F. ; Kentistou, K.A. ; Gorski, M. ; Brumat, M. ; Meidtner, K. ; Bielak, L.F. ; Smith, J.A. ; Hebbar, P. ; Farmaki, A.E. ; Hofer, E. ; Lin, M. ; Xue, C. ; Zhang, J. ; Concas, M.P. ; Vaccargiu, S. ; van der Most, P.J. ; Pitkänen, N. ; Cade, B.E. ; Lee, J. ; van der Laan, S.W. ; Chitrala, K.N. ; Weiss, S. ; Zimmermann, M.E. ; Lee, J.Y. ; Choi, H.S. ; Nethander, M. ; Freitag-Wolf, S. ; Southam, L. ; Rayner, N.W. ; Wang, C.A. ; Lin, S.Y. ; Wang, J.S. ; Couture, C. ; Lyytikäinen, L.P. ; Nikus, K. ; Cuellar-Partida, G. ; Vestergaard, H. ; Hildalgo, B. ; Giannakopoulou, O. ; Cai, Q. ; Obura, M.O. ; van Setten, J. ; Schwander, K. ; Terzikhan, N. ; Shin, J.H. ; Jackson, R.D. ; Reiner, A.P. ; Martin, L.W. ; Chen, Z. ; Li, L. ; Highland, H.M. ; Young, K.L. ; Kawaguchi, T. ; Thiery, J. ; Bis, J.C. ; Nadkarni, G.N. ; Launer, L.J. ; Li, H. ; Nalls, M.A. ; Raitakari, O.T. ; Ichihara, S. ; Wild, S.H. ; Nelson, C.P. ; Campbell, H. ; Jäger, S. ; Nabika, T. ; Al-Mulla, F. ; Niinikoski, H. ; Braund, P.S. ; Kolcic, I. ; Kovacs, P. ; Giardoglou, T. ; Katsuya, T. ; Bhatti, K.F. ; de Kleijn, D.P. ; de Borst, G.J. ; Kim, E.K. ; Adams, H.H.H. ; Ikram, M.A. ; Asselbergs, F.W. ; Kraaijeveld, A.O. ; Beulens, J.W.J. ; Shu, X.O. ; Rallidis, L.S. ; Pedersen, O. ; Hansen, T. ; Mitchell, P. ; Hewitt, A.W. ; Kähönen, M. ; Perusse, L. ; Bouchard, C. ; Tönjes, A. ; Chen, Y.I. ; Pennell, C.E. ; Mori, T.A. ; Lieb, W. ; Franke, A. ; Ohlsson, C. ; Mellström, D. ; Cho, Y.S. ; Lee, H. ; Yuan, J.M. ; Koh, W.P. ; Rhee, S.Y. ; Woo, J.T. ; Heid, I.M. ; Stark, K.J. ; Völzke, H. ; Homuth, G. ; Evans, M.K. ; Zonderman, A.B. ; Polasek, O. ; Pasterkamp, G. ; Hoefer, I.E. ; Redline, S. ; Pahkala, K. ; Oldehinkel, A.J. ; Snieder, H. ; Biino, G. ; Schmidt, R. ; Schmidt, H. ; Chen, Y.E. ; Bandinelli, S. ; Dedoussis, G. ; Thanaraj, T.A. ; Kardia, S.L.R. ; Kato, N. ; Schulze, M.B. ; Girotto, G. ; Jung, B. ; Böger, C.A. ; Joshi, P.K. ; Bennett, D.A. ; de Jager, P.L. ; Lu, X. ; Mamakou, V. ; Brown, M. ; Caulfield, M.J. ; Munroe, P.B. ; Guo, X. ; Ciullo, M. ; Jonas, J.B. ; Samani, N.J. ; Kaprio, J. ; Pajukanta, P. ; Adair, L.S. ; Bechayda, S.A. ; de Silva, H.J. ; Wickremasinghe, A.R. ; Krauss, R.M. ; Wu, J.Y. ; Zheng, W. ; den Hollander, A.I. ; Bharadwaj, D. ; Correa, A. ; Wilson, J.G. ; Lind, L. ; Heng, C.K. ; Nelson, A.E. ; Golightly, Y.M. ; Wilson, J.F. ; Penninx, B. ; Kim, H.L. ; Attia, J. ; Scott, R.J. ; Rao, D.C. ; Arnett, D.K. ; Walker, M. ; Koistinen, H.A. ; Chandak, G.R. ; Yajnik, C.S. ; Mercader, J.M. ; Tusié-Luna, T. ; Aguilar-Salinas, C.A. ; Villalpando, C.G. ; Orozco, L. ; Fornage, M. ; Tai, E.S. ; van Dam, R.M. ; Lehtimäki, T. ; Chaturvedi, N. ; Yokota, M. ; Reilly, D.F. ; McKnight, A.J. ; Kee, F. ; Jöckel, K.H. ; McCarthy, M.I. ; Palmer, C.N.A. ; Vitart, V. ; Hayward, C. ; Simonsick, E. ; van Duijn, C.M. ; Lu, F. ; Qu, J. ; Hishigaki, H. ; Lin, X. ; März, W. ; Parra, E.J. ; Cruz, M. ; Gudnason, V. ; Tardif, J.C. ; Lettre, G. ; 't Hart, L.M. ; Elders, P.J.M. ; Damrauer, S.M. ; Kumari, M. ; Kivimaki, M. ; van der Harst, P. ; Spector, T.D. ; Loos, R.J.F. ; Province, M.A. ; Psaty, B.M. ; Brandslund, I. ; Pramstaller, P.P. ; Christensen, K. ; Ripatti, S. ; Widen, E. ; Hakonarson, H. ; Grant, S.F.A. ; Kiemeney, L.A.L.M. ; de Graaf, J. ; Loeffler, M. ; Kronenberg, F. ; Gu, D. ; Erdmann, J. ; Schunkert, H. ; Franks, P.W. ; Linneberg, A. ; Jukema, J.W. ; Khera, A.V. ; Männikkö, M. ; Jarvelin, M.R. ; Kutalik, Z. ; Cucca, F. ; Mook-Kanamori, D.O. ; van Dijk, K.W. ; Watkins, H. ; Strachan, D.P. ; Grarup, N. ; Sever, P. ; Poulter, N. ; Rotter, J.I. ; Dantoft, T.M. ; Karpe, F. ; Neville, M.J. ; Timpson, N.J. ; Cheng, C.Y. ; Wong, T.Y. ; Khor, C.C. ; Sabanayagam, C. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Hattersley, A.T. ; Pedersen, N.L. ; Magnusson, P.K.E. ; Boomsma, D.I. ; de Geus, E.J.C. ; Cupples, L.A. ; van Meurs, J.B.J. ; Ghanbari, M. ; Gordon-Larsen, P. ; Huang, W. ; Kim, Y.J. ; Tabara, Y. ; Wareham, N.J. ; Langenberg, C. ; Zeggini, E. ; Kuusisto, J. ; Laakso, M. ; Ingelsson, E. ; Abecasis, G. ; Chambers, J.C. ; Kooner, J.S. ; de Vries, P.S. ; Morrison, A.C. ; North, K.E. ; Daviglus, M. ; Kraft, P. ; Martin, N.G. ; Whitfield, J.B. ; Abbas, S. ; Saleheen, D. ; Walters, R.G. ; Holmes, M.V. ; Black, C. ; Smith, B.H. ; Justice, A.E. ; Baras, A. ; Buring, J.E. ; Ridker, P.M. ; Chasman, D.I. ; Kooperberg, C. ; Wei, W.Q. ; Jarvik, G.P. ; Namjou, B. ; Hayes, M.G. ; Ritchie, M.D. ; Jousilahti, P. ; Salomaa, V. ; Hveem, K. ; Asvold, B.O. ; Kubo, M. ; Kamatani, Y. ; Okada, Y. ; Murakami, Y. ; Thorsteinsdottir, U. ; Stefansson, K. ; Ho, Y.L. ; Lynch, J.A. ; Rader, D.J. ; Tsao, P.S. ; Chang, K.M. ; Cho, K. ; O'Donnell, C.J. ; Gaziano, J.M. ; Wilson, P.F. ; Rotimi, C.N. ; Hazelhurst, S. ; Ramsay, M. ; Trembath, R.C. ; van Heel, D.A. ; Tamiya, G. ; Yamamoto, M. ; Kim, B.J. ; Mohlke, K.L. ; Frayling, T.M. ; Hirschhorn, J.N. ; Kathiresan, S. ; VA Million Veteran Program ; Global Lipids Genetics Consortium* ; Boehnke, M. ; Natarajan, P. ; Peloso, G.M. ; Brown, C.D. ; Morris, A.P. ; Assimes, T.L. ; Deloukas, P. ; Sun, Y.V. ; Willer, C.J.

The power of genetic diversity in genome-wide association studies of lipids.
BMC Cardiovasc. Disord. 21:586 (2021)

Yang, C. ; Starnecker, F. ; Pang, S. ; Chen, Z. ; Güldener, U. ; Li, L. ; Heinig, M. ; Schunkert, H.

Polygenic risk for coronary artery disease in the Scottish and English population.
Sci. Adv. 7:eabb3673 (2021)

Gerckens, M. ; Schorpp, K.K. ; Pelizza, F. ; Wögrath, M. ; Reichau, K. ; Ma, H. ; Dworsky, A.-M. ; Sengupta, A. ; Stoleriu, M.-G. ; Heinzelmann, K. ; Merl-Pham, J. ; Irmler, M. ; Alsafadi, H.N. ; Trenkenschuh, E. ; Sarnova, L. ; Jirouskova, M. ; Frieß, W. ; Hauck, S.M. ; Beckers, J. ; Kneidinger, N. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Hadian, K. ; Lindner, M. ; Königshoff, M. ; Eickelberg, O. ; Gregor, M. ; Plettenburg, O. ; Yildirim, A.Ö. ; Burgstaller, G.

Phenotypic drug screening in a human fibrosis model identified a novel class of antifibrotic therapeutics.
Viruses 13:2537 (2021)

Rahman, M. ; Irmler, M. ; Keshavan, S. ; Introna, M. ; Beckers, J. ; Palmberg, L. ; Johanson, G. ; Ganguly, K. ; Upadhyay, S.

Differential effect of SARS-CoV-2 spike glycoprotein 1 on human bronchial and alveolar lung mucosa models: Implications for pathogenicity.
Nat. Cell Biol. 23, 1221-1223 (2021)

Canat, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Retrotransposing a promoter for development.
Cells 10:3443 (2021)

Dreher, S.I. ; Höckele, S. ; Huypens, P. ; Irmler, M. ; Hoffmann, C. ; Jeske, T. ; Hastreiter, M. ; Moller, A. ; Birkenfeld, A.L. ; Häring, H.-U. ; Peter, A. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Weigert, C.

Tgf-β induction of mir-143/145 is associated to exercise response by influencing differentiation and insulin signaling molecules in human skeletal muscle.
Nature 600, 285-289 (2021)

Tyser, R.C.V. ; Mahammadov, E. ; Nakanoh, S. ; Vallier, L. ; Scialdone, A. ; Srinivas, S.

Single-cell transcriptomic characterization of a gastrulating human embryo.

Betz, I.R. ; Qaiyumi, S.J. ; Goeritzer, M. ; Thiele, A. ; Brix, S. ; Beyhoff, N. ; Grune, J. ; Klopfleisch, R. ; Greulich, F. ; Uhlenhaut, N.H. ; Kintscher, U. ; Foryst-Ludwig, A.

Cardioprotective effects of palmitoleic acid (C16:1n7) in a mouse model of catecholamine-induced cardiac damage are mediated by PPAR activation.

Büttner, M. ; Ostner, J. ; Müller, C.L. ; Theis, F.J. ; Schubert, B.

scCODA is a Bayesian model for compositional single-cell data analysis.

Della Torre, S. ; Benedusi, V. ; Pepe, G. ; Meda, C. ; Rizzi, N. ; Uhlenhaut, N.H. ; Maggi, A.

Dietary essential amino acids restore liver metabolism in ovariectomized mice via hepatic estrogen receptor α.

Hoene, M. ; Kappler, L. ; Kollipara, L. ; Hu, C. ; Irmler, M. ; Bleher, D. ; Hoffmann, C. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Häring, H.-U. ; Birkenfeld, A.L. ; Peter, A. ; Sickmann, A. ; Xu, G. ; Lehmann, R. ; Weigert, C.

Exercise prevents fatty liver by modifying the compensatory response of mitochondrial metabolism to excess substrate availability.

Lin, W.Y. ; Fordham, S.E. ; Hungate, E. ; Sunter, N.J. ; Elstob, C. ; Xu, Y. ; Park, C. ; Quante, A.S. ; Strauch, K. ; Gieger, C. ; Skol, A. ; Rahman, T. ; Sucheston-Campbell, L. ; Wang, J. ; Hahn, T. ; Clay-Gilmour, A.I. ; Jones, G.L. ; Marr, H.J. ; Jackson, G.H. ; Menne, T. ; Collin, M. ; Ivey, A. ; Hills, R.K. ; Burnett, A.K. ; Russell, N.H. ; Fitzgibbon, J. ; Larson, R.A. ; Le Beau, M.M. ; Stock, W. ; Heidenreich, O. ; Alharbi, A. ; Allsup, D.J. ; Houlston, R.S. ; Norden, J. ; Dickinson, A.M. ; Douglas, E. ; Lendrem, C. ; Daly, A.K. ; Palm, L. ; Piechocki, K. ; Jeffries, S. ; Bornhäuser, M. ; Röllig, C. ; Altmann, H. ; Ruhnke, L. ; Kunadt, D. ; Wagenführ, L. ; Cordell, H.J. ; Darlay, R. ; Andersen, M.K. ; Fontana, M.C. ; Martinelli, G. ; Marconi, G. ; Sanz, M.A. ; Cervera, J. ; Gómez-Seguí, I. ; Cluzeau, T. ; Moreilhon, C. ; Raynaud, S. ; Sill, H. ; Voso, M.T. ; Lo-Coco, F. ; Dombret, H. ; Cheok, M. ; Preudhomme, C. ; Gale, R.E. ; Linch, D. ; Gaal-Wesinger, J. ; Masszi, A. ; Nowak, D. ; Hofmann, W.K. ; Gilkes, A. ; Porkka, K. ; Milosevic Feenstra, J.D. ; Kralovics, R. ; Grimwade, D. ; Meggendorfer, M. ; Haferlach, T. ; Krizsán, S. ; Bödör, C. ; Stölzel, F. ; Onel, K. ; Allan, J.M.

Genome-wide association study identifies susceptibility loci for acute myeloid leukemia.

Schmid, K. ; Höllbacher, B. ; Cruceanu, C. ; Böttcher, A. ; Lickert, H. ; Binder, E.B. ; Theis, F.J. ; Heinig, M.

scPower accelerates and optimizes the design of multi-sample single cell transcriptomic studies.

Cruceanu, C. ; Dony, L. ; Krontira, A.C. ; Fischer, D.S. ; Roeh, S. ; Di Giaimo, R. ; Kyrousi, C. ; Kaspar, L. ; Knauer-Arloth, J. ; Czamara, D. ; Martinelli, S. ; Wehner, S. ; Breen, M.S. ; Koedel, M. ; Sauer, S. ; Sportelli, V. ; Rex-Haffner, M. ; Cappello, S. ; Theis, F.J. ; Binder, E.B.

Cell-type-specific impact of glucocorticoid receptor activation on the developing brain: A cerebral organoid study.
Mol. Cell 81, 4861-4875.e7 (2021)

Swaffer, M.P. ; Kim, J. ; Chandler-Brown, D. ; Langhinrichs, M. ; Marinov, G.K. ; Greenleaf, W.J. ; Kundaje, A. ; Schmoller, K.M. ; Skotheim, J.M.

Transcriptional and chromatin-based partitioning mechanisms uncouple protein scaling from cell size.

Reddy, K.D. ; Lan, A. ; Boudewijn, I.M. ; Rathnayake, S.N.H. ; Koppelman, G.H. ; Aliee, H. ; Theis, F.J. ; Oliver, B.G. ; van den Berge, M. ; Faiz, A.

Current smoking alters gene expression and DNA methylation in the nasal epithelium of patients with asthma.

Grosche, S. ; Marenholz, I. ; Esparza-Gordillo, J. ; Arnau-Soler, A. ; Pairo-Castineira, E. ; Rüschendorf, F. ; Ahluwalia, T.S. ; Almqvist, C. ; Arnold, A. ; Baurecht, H. ; Bisgaard, H. ; Bønnelykke, K. ; Brown, S.J. ; Bustamante, M. ; Curtin, J.A. ; Custovic, A. ; Dharmage, S.C. ; Esplugues, A. ; Falchi, M. ; Fernandez-Orth, D. ; Ferreira, M.A.R. ; Franke, A. ; Gerdes, S. ; Gieger, C. ; Hakonarson, H. ; Holt, P.G. ; Homuth, G. ; Hubner, N. ; Hysi, P.G. ; Jarvelin, M.R. ; Karlsson, R. ; Koppelman, G.H. ; Lau, S. ; Lutz, M. ; Magnusson, P.K.E. ; Marks, G.B. ; Müller-Nurasyid, M. ; Nöthen, M.M. ; Paternoster, L. ; Pennell, C.E. ; Peters, A. ; Rawlik, K. ; Robertson, C.F. ; Rodriguez, E. ; Sebert, S. ; Simpson, A. ; Sleiman, P.M.A. ; Standl, M. ; Stölzl, D. ; Strauch, K. ; Szwajda, A. ; Tenesa, A. ; Thompson, P.J. ; Ullemar, V. ; Visconti, A. ; Vonk, J.M. ; Wang, C.A. ; Weidinger, S. ; Wielscher, M. ; Worth, C.L. ; Xu, C.J. ; Lee, Y.A.

Rare variant analysis in eczema identifies exonic variants in DUSP1, NOTCH4 and SLC9A4.
PLoS Biol. 19:e3001419 (2021)

Way, G.P. ; Greene, C.S. ; Carninci, P. ; Carvalho, B.S. ; de Hoon, M. ; Finley, S. ; Gosline, S.J.C. ; Le Cao, K.A. ; Lee, J.S.H. ; Marchionni, L. ; Robine, N. ; Sindi, S.S. ; Theis, F.J. ; Yang, J.Y.H. ; Carpenter, A.E. ; Fertig, E.J.

A field guide to cultivating computational biology.
In: (3rd MICCAI Workshop on Domain Adaptation and Representation Transfer, DART 2021, 27 September-01 October 2021, Virtual, Online). 2021. 216-225 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 12968 LNCS)

Sadafi, A. ; Makhro, A. ; Livshits, L. ; Navab, N. ; Bogdanova, A. ; Albarqouni, S. ; Marr, C.

Sickle cell disease severity prediction from percoll gradient images using graph convolutional networks.
In: (24th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, MICCAI 2021, 27 September-01 October 2021, Virtual, Online). 2021. 257-266 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 12908 LNCS)

Wagner, S.J. ; Khalili, N. ; Sharma, R. ; Boxberg, M. ; Marr, C. ; de Back, W. ; Peng, T.

Structure-preserving multi-domain stain color augmentation using style-transfer with disentangled representations.
Diabetologie 17, 788–798 (2021)

Nguyen, B.H.P. ; Ohnmacht, A. ; Galhoz, A. ; Büttner, M. ; Theis, F.J. ; Menden, M.P.

Künstliche Intelligenz und maschinelles Lernen in der Diabetesforschung.
Brain, DOI: 10.1093/brain/awab360 (2021)

Mirza-Schreiber, N. ; Zech, M. ; Wilson, R. ; Brunet, T. ; Wagner, M. ; Jech, R. ; Boesch, S. ; Škorvánek, M. ; Necpál, J. ; Weise, D. ; Weber, S. ; Mollenhauer, B. ; Trenkwalder, C. ; Maier, E.M. ; Borggraefe, I. ; Vill, K. ; Hackenberg, A. ; Pilshofer, V. ; Kotzaeridou, U. ; Schwaibold, E.M.C. ; Hoefele, J. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Meitinger, T. ; Schormair, B. ; Winkelmann, J. ; Oexle, K.

Blood DNA methylation provides an accurate biomarker of KMT2B-related dystonia and predicts onset.
Cell Tissue Res., DOI: 10.1007/s00441-021-03539-z (2021)

Deshpande, S.S. ; Malik, S.C. ; Conforti, P. ; Lin, J.d. ; Chu, Y.H. ; Nath, S. ; Greulich, F. ; Dumbach, M.A. ; Uhlenhaut, N.H. ; Schachtrup, C.

P75 neurotrophin receptor controls subventricular zone neural stem cell migration after stroke.
Immunity 54, 2497-2513.e9 (2021)

Bortoluzzi, S. ; Dashtsoodol, N. ; Engleitner, T. ; Drees, C. ; Helmrath, S. ; Mir, J. ; Toska, A. ; Flossdorf, M. ; Öllinger, R. ; Solovey, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Kalfaoglu, B. ; Ono, M. ; Buch, T. ; Ammon, T. ; Rad, R. ; Schmidt-Supprian, M.

Brief homogeneous TCR signals instruct common iNKT progenitors whose effector diversification is characterized by subsequent cytokine signaling.
Nat. Hum. Behav. 5, 1717-1730 (2021)

Mills, M.C. ; Tropf, F.C. ; Brazel, D.M. ; van Zuydam, N. ; Vaez, A. ; Pers, T.H. ; Snieder, H. ; Perry, J.R.B. ; Ong, K.K. ; den Hoed, M. ; Barban, N. ; Day, F.R. ; eQTLGen Consortium (Müller-Nurasyid, M. ; Prokisch, H. ; Schramm, K.) ; Human Reproductive Behaviour Consortium (Gieger, C.) ; Human Reproductive Behaviour Consortium (Kühnel, B.) ; Human Reproductive Behaviour Consortium (Meitinger, T.) ; Human Reproductive Behaviour Consortium (Strauch, K. ; Peters, A. ; Stöckl, D.) ; Human Reproductive Behaviour Consortium (Waldenberger, M.)

Identification of 371 genetic variants for age at first sex and birth linked to externalising behaviour.

Yang, T. ; Jackson, V.E. ; Smith, A.V. ; Chen, H. ; Bartz, T.M. ; Sitlani, C.M. ; Psaty, B.M. ; Gharib, S.A. ; O'Connor, G.T. ; Dupuis, J. ; Xu, J. ; Lohman, K. ; Liu, Y. ; Kritchevsky, S.B. ; Cassano, P.A. ; Flexeder, C. ; Gieger, C. ; Karrasch, S. ; Peters, A. ; Schulz, H. ; Harris, S.E. ; Starr, J.M. ; Deary, I.J. ; Manichaikul, A. ; Oelsner, E.C. ; Barr, R.G. ; Taylor, K.D. ; Rich, S.S. ; Bonten, T.N. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Noordam, R. ; Li-Gao, R. ; Jarvelin, M.R. ; Wielscher, M. ; Terzikhan, N. ; Lahousse, L. ; Brusselle, G. ; Weiss, S. ; Ewert, R. ; Gläser, S. ; Homuth, G. ; Shrine, N. ; Hall, I.P. ; Tobin, M. ; London, S.J. ; Wei, P. ; Morrison, A.C.

Rare and low-frequency exonic variants and gene-by-smoking interactions in pulmonary function.
Epilepsia 62, 1518-1527 (2021)

Stevelink, R. ; Luykx, J.J. ; Lin, B.D. ; Leu, C. ; Lal, D. ; Smith, A.W. ; Schijven, D. ; Carpay, J.A. ; Rademaker, K. ; Rodrigues Baldez, R.A. ; Devinsky, O. ; Braun, K.P.J. ; Jansen, F.E. ; Smit, D.J.A. ; Koeleman, B.P.C. ; The International League Against Epilepsy Consortium on Complex Epilepsies (Gieger, C.) ; The International League Against Epilepsy Consortium on Complex Epilepsies (Strauch, K.)

Shared genetic basis between genetic generalized epilepsy and background electroencephalographic oscillations.

Ohlig, S. ; Clavreul, S. ; Thorwirth, M. ; Simon-Ebert, T. ; Bocchi, R. ; Ulbricht, S. ; Kannayian, N. ; Rossner, M.J. ; Sirko, S. ; Smialowski, P. ; Fischer-Sternjak, J. ; Götz, M.

Molecular diversity of diencephalic astrocytes reveals adult astrogenesis regulated by Smad4.

Oppenländer, L. ; Palit, S. ; Stemmer, K. ; Greisle, T. ; Sterr, M. ; Salinno, C. ; Bastidas-Ponce, A. ; Feuchtinger, A. ; Böttcher, A. ; Ansarullah ; Theis, F.J. ; Lickert, H.

Vertical sleeve gastrectomy triggers fast β-cell recovery upon overt diabetes.
Front. Publ. Health 9:583377 (2021)

Verdun, C.M. ; Fuchs, T. ; Harar, P. ; Elbrächter, D. ; Fischer, D.S. ; Berner, J. ; Grohs, P. ; Theis, F.J. ; Krahmer, F.

Group testing for SARS-CoV-2 allows for up to 10-fold efficiency increase across realistic scenarios and testing strategies.
Lancet 398, 957-980 (2021)

NCD Risk Factors Collaboration (Döring, A. ; Gieger, C. ; Heier, M. ; Meisinger, C. ; Peters, A. ; Stieber, J. ; Stöckl, D. ; Thorand, B.)

Worldwide trends in hypertension prevalence and progress in treatment and control from 1990 to 2019: A pooled analysis of 1201 population-representative studies with 104 million participants.

Danese, A. ; Richter, M. ; Chaichoompu, K. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J. ; Colomé-Tatché, M.

EpiScanpy: Integrated single-cell epigenomic analysis.
Mol. Syst. Biol. 17:e10282 (2021)

Bergen, V. ; Soldatov, R.A. ; Kharchenko, P.V. ; Theis, F.J.

RNA velocity-current challenges and future perspectives.
Genome Biol. 22:248 (2021)

Fischer, D.S. ; Dony, L. ; König, M. ; Moeed, A. ; Zappia, L. ; Heumos, L. ; Tritschler, S. ; Holmberg, O. ; Aliee, H. ; Theis, F.J.

Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics.
Nat. Metab. 3, 1202-1216 (2021)

Aliluev, A. ; Tritschler, S. ; Sterr, M. ; Oppenländer, L. ; Hinterdobler, J. ; Greisle, T. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Sun, N. ; Walch, A.K. ; Stemmer, K. ; Kindt, A. ; Krumsiek, J. ; Tschöp, M.H. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lickert, H. ; Böttcher, A.

Diet-induced alteration of intestinal stem cell function underlies obesity and prediabetes in mice.
Nat. Biotechnol., DOI: 10.1038/s41587-021-01001-7 (2021)

Lotfollahi, M. ; Naghipourfar, M. ; Luecken, M. ; Khajavi, M. ; Büttner, M. ; Wagenstetter, M. ; Avsec, Z. ; Gayoso, A. ; Yosef, N. ; Interlandi, M. ; Rybakov, S. ; Misharin, A.V. ; Theis, F.J.

Mapping single-cell data to reference atlases by transfer learning.
Acta Hortic. 1315, 105-112 (2021)

Jamshidnia, M. ; Kazemitabar, S.K. ; Lindermayr, C. ; Zarini, H.N.

Transient expression of HDA19 recombinant protein in Nicotiana benthamiana.
Nature 596, 393-397 (2021)

Ruth, K.S. ; Day, F.R. ; Hussain, J. ; Martínez-Marchal, A. ; Aiken, C.E. ; Azad, A. ; Thompson, D.J. ; Knoblochova, L. ; Abe, H. ; Tarry-Adkins, J.L. ; Gonzalez, J.M. ; Fontanillas, P. ; Claringbould, A. ; Bakker, O.B. ; Sulem, P. ; Walters, R.G. ; Terao, C. ; Turon, S. ; Horikoshi, M. ; Lin, K. ; Onland-Moret, N.C. ; Sankar, A. ; Hertz, E.P.T. ; Timshel, P.N. ; Shukla, V. ; Borup, R. ; Olsen, K.W. ; Aguilera, P. ; Ferrer-Roda, M. ; Huang, Y. ; Stankovic, S. ; Timmers, P.R.H.J. ; Ahearn, T.U. ; Alizadeh, B.Z. ; Naderi, E. ; Andrulis, I.L. ; Arnold, A.M. ; Aronson, K.J. ; Augustinsson, A. ; Bandinelli, S. ; Barbieri, C.M. ; Beaumont, R.N. ; Becher, H. ; Beckmann, M.W. ; Benonisdottir, S. ; Bergmann, S. ; Bochud, M. ; Boerwinkle, E. ; Bojesen, S.E. ; Bolla, M.K. ; Boomsma, D.I. ; Bowker, N. ; Brody, J.A. ; Broer, L. ; Buring, J.E. ; Campbell, A. ; Campbell, H. ; Castelao, J.E. ; Catamo, E. ; Chanock, S.J. ; Chenevix-Trench, G. ; Ciullo, M. ; Corre, T. ; Couch, F.J. ; Cox, A. ; Crisponi, L. ; Cross, S.S. ; Cucca, F. ; Czene, K. ; Smith, G.D. ; de Geus, E.J.C.N. ; de Mutsert, R. ; de Vivo, I. ; Demerath, E.W. ; Dennis, J. ; Dunning, A.M. ; Dwek, M. ; Eriksson, M. ; Esko, T. ; Fasching, P.A. ; Faul, J.D. ; Ferrucci, L. ; Franceschini, N. ; Frayling, T.M. ; Gago-Dominguez, M. ; Mezzavilla, M. ; Garcia-Closas, M. ; Gieger, C. ; Giles, G.G. ; Grallert, H. ; Gudbjartsson, D.F. ; Gudnason, V. ; Guénel, P. ; Haiman, C.A. ; Håkansson, N. ; Hall, P. ; Hayward, C. ; He, C. ; He, W. ; Heiss, G. ; Høffding, M.K. ; Hopper, J.L. ; Hottenga, J.J. ; Hu, F. ; Ikram, M.A. ; Jackson, R.D. ; Joaquim, M.D.R. ; John, E.M. ; Joshi, P.K. ; Karasik, D. ; Kardia, S.L.R. ; Kartsonaki, C. ; Karlsson, R. ; Kitahara, C.M. ; Kolcic, I. ; Kooperberg, C. ; Kraft, P. ; Kurian, A.W. ; Kutalik, Z. ; La Bianca, M. ; Lachance, G. ; Langenberg, C. ; Launer, L.J. ; Laven, J.S.E. ; Lawlor, D.A. ; Le Marchand, L. ; Li, J. ; Lindblom, A. ; Lindström, S. ; Lindstrom, T. ; Linet, M. ; Liu, Y. ; Liu, S. ; Luan, J. ; Mägi, R. ; Magnusson, P.K.E. ; Mangino, M. ; Mannermaa, A. ; Marco, B. ; Marten, J. ; Martin, N.G. ; Mbarek, H. ; McKnight, B. ; Medland, S.E. ; Meisinger, C. ; Meitinger, T. ; Menni, C. ; Metspalu, A. ; Milani, L. ; Milne, R.L. ; Montgomery, G.W. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Mulas, A. ; Mulligan, A.M. ; Murray, A. ; Nalls, M.A. ; Newman, A. ; Noordam, R. ; Nutile, T. ; Nyholt, D.R. ; Olshan, A.F. ; Olsson, H. ; Painter, J.N. ; Patel, A.V. ; Pedersen, N.L. ; Perjakova, N. ; Peters, A. ; Peters, U. ; Pharoah, P.D.P. ; Polasek, O. ; Porcu, E. ; Psaty, B.M. ; Rahman, I. ; Rennert, G. ; Rennert, H.S. ; Ridker, P.M. ; Ring, S.M. ; Robino, A. ; Rose, L.M. ; Rosendaal, F.R. ; Rossouw, J. ; Rudan, I. ; Rueedi, R. ; Ruggiero, D. ; Sala, C.F. ; Saloustros, E. ; Sandler, D.P. ; Sanna, S. ; Sawyer, E.J. ; Sarnowski, C. ; Schlessinger, D. ; Schmidt, M.K. ; Schoemaker, M.J. ; Schraut, K.E. ; Scott, C.E. ; Shekari, S. ; Shrikhande, A. ; Smith, A.V. ; Smith, B.H. ; Smith, J.A. ; Sorice, R. ; Southey, M.C. ; Spector, T.D. ; Spinelli, J.J. ; Stampfer, M. ; Stöckl, D. ; van Meurs, J.B.J. ; Strauch, K. ; Styrkarsdottir, U. ; Swerdlow, A.J. ; Tanaka, T. ; Teras, L.R. ; Teumer, A. ; Þorsteinsdottir, U. ; Timpson, N.J. ; Toniolo, D. ; Traglia, M. ; Troester, M.A. ; Truong, T. ; Tyrrell, J. ; Uitterlinden, A.G. ; Ulivi, S. ; Vachon, C.M. ; Vitart, V. ; Völker, U. ; Vollenweider, P. ; Völzke, H. ; Wang, Q. ; Wareham, N.J. ; Weinberg, C.R. ; Weir, D.R. ; Wilcox, A.N. ; van Dijk, K.W. ; Willemsen, G. ; Wilson, J.F. ; Wolffenbuttel, B.H.R. ; Wolk, A. ; Wood, A.R. ; Zhao, W. ; Zygmunt, M. ; Biobank-based Integrative Omics Study (BIOS) Consortium ; eQTLGen Consortium ; Biobank Japan Project ; China Kadoorie Biobank Collaborative Group ; kConFab Investigators ; Lifelines Cohort Study ; InterAct consortium ; 23andMe Research Team ; Chen, Z. ; Li, L. ; Franke, L. ; Burgess, S. ; Deelen, P. ; Pers, T.H. ; Grøndahl, M.L. ; Andersen, C.Y. ; Pujol, A. ; Lopez-Contreras, A.J. ; Daniel, J.A. ; Stefansson, K. ; Chang-Claude, J. ; van der Schouw, Y.T. ; Lunetta, K.L. ; Chasman, D.I. ; Easton, D.F. ; Visser, J.A. ; Ozanne, S.E. ; Namekawa, S.H. ; Solc, P. ; Murabito, J.M. ; Ong, K.K. ; Hoffmann, E.R. ; Roig, I. ; Perry, J.R.B.

Genetic insights into biological mechanisms governing human ovarian ageing.
Nat. Cell Biol. 23, 814-816 (2021)

Burton, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Deconfining heterochromatin for expression.
J. Hypertens. 39, 2527-2533 (2021)

Kifer, D. ; Louca, P. ; Cvetko, A. ; Deriš, H. ; Cindrić, A. ; Grallert, H. ; Peters, A. ; Polasek, O. ; Gornik, O. ; Mangino, M. ; Spector, T.D. ; Valdes, A.M. ; Padmanabhan, S. ; Gieger, C. ; Lauc, G. ; Menni, C.

N-glycosylation of immunoglobulin G predicts incident hypertension.

Fischer, D.S. ; Ansari, M. ; Wagner, K.I. ; Jarosch, S. ; Huang, Y. ; Mayr, C. ; Strunz, M. ; Lang, N.J. ; D'Ippolito, E. ; Hammel, M. ; Mateyka, L. ; Weber, S. ; Wolff, L.S. ; Witter, K. ; Fernandez, I.E. ; Leuschner, G. ; Milger, K. ; Frankenberger, M. ; Nowak, L. ; Heinig-Menhard, K. ; Koch, I. ; Stoleriu, M.-G. ; Hilgendorff, A. ; Behr, J. ; Pichlmair, A. ; Schubert, B. ; Theis, F.J. ; Busch, D.H. ; Schiller, H. B. ; Schober, K.

Single-cell RNA sequencing reveals ex vivo signatures of SARS-CoV-2-reactive T cells through 'reverse phenotyping'.
Curr. Opin. Genet. Dev. 70, III-V (2021)

Stricker, S.H. ; Berninger, B. ; Götz, M.

Editorial overview: Fluidity of cell fates - from reprogramming to repair.
Front. Cell Dev. Biol. 9:699771 (2021)

Chanou, A. ; Hamperl, S.

Single-molecule techniques to study chromatin.
Cell Rep. 36:109409 (2021)

Kempf, J. ; Knelles, K. ; Hersbach, B.A. ; Petrik, D. ; Riedemann, T. ; Bednarova, V. ; Janjic, A. ; Simon-Ebert, T. ; Enard, W. ; Smialowski, P. ; Götz, M. ; Masserdotti, G.

Heterogeneity of neurons reprogrammed from spinal cord astrocytes by the proneural factors Ascl1 and Neurogenin2.
Blood 138, 1917-1927 (2021)

Matek, C. ; Krappe, S. ; Münzenmayer, C. ; Haferlach, T. ; Marr, C.

Highly accurate differentiation of bone marrow cell morphologies using deep neuralnetworks on a large image dataset
Nat. Cell Biol., DOI: 10.1038/s41556-021-00735-5 (2021)

Scheibner, K. ; Schirge, S. ; Burtscher, I. ; Büttner, M. ; Sterr, M. ; Yang, D. ; Böttcher, A. ; Ansarullah ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Cernilogar, F.M. ; Schotta, G. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.

Publisher Correction: Epithelial cell plasticity drives endoderm formation during gastrulation.
Antioxidants 10:1128 (2021)

Rudolf, E.E. ; Hüther, P. ; Forne, I. ; Georgii, E. ; Han, Y. ; Hell, R. ; Wirtz, M. ; Imhof, A. ; Becker, C. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.

Gsnor contributes to demethylation and expression of transposable elements and stress-responsive genes.

Claude, K.-L. ; Bureik, D. ; Chatzitheodoridou, D. ; Adarska, P. ; Singh, A. ; Schmoller, K.M.

Transcription coordinates histone amounts and genome content.
Genes Dev. 35, 1142-1160 (2021)

Antonio Urrutia, G. ; Ramachandran, H. ; Cauchy, P. ; Boo, K. ; Ramamoorthy, S. ; Boller, S. ; Dogan, E. ; Clapes, T. ; Trompouki, E. ; Torres-Padilla, M.E. ; Palvimo, J.J. ; Pichler, A. ; Grosschedl, R.

ZFP451-mediated SUMOylation of SATB2 drives embryonic stem cell differentiation.
Genome Biol. 22:194 (2021)

McCartney, D.L. ; Min, J.L. ; Richmond, R.C. ; Lu, A.T. ; Sobczyk, M.K. ; Davies, G. ; Broer, L. ; Guo, X. ; Jeong, A. ; Jung, J. ; Kasela, S. ; Katrinli, S. ; Kuo, P.L. ; Matias-Garcia, P.R. ; Mishra, P.P. ; Nygaard, M. ; Palviainen, T. ; Patki, A. ; Raffield, L.M. ; Ratliff, S.M. ; Richardson, T.G. ; Robinson, O. ; Soerensen, M. ; Sun, D. ; Tsai, P.C. ; van der Zee, M.D. ; Walker, R.M. ; Wang, X. ; Wang, Y. ; Xia, R. ; Xu, Z. ; Yao, J. ; Zhao, W. ; Correa, A. ; Boerwinkle, E. ; Dugué, P.A. ; Durda, P. ; Elliott, H.R. ; Gieger, C. ; de Geus, E.J.C. ; Harris, S.E. ; Hemani, G. ; Imboden, M. ; Kähönen, M. ; Kardia, S.L.R. ; Kresovich, J.K. ; Li, S. ; Lunetta, K.L. ; Mangino, M. ; Mason, D. ; McIntosh, A.M. ; Mengel-From, J. ; Moore, A.Z. ; Murabito, J.M. ; Ollikainen, M. ; Pankow, J.S. ; Pedersen, N.L. ; Peters, A. ; Polidoro, S. ; Porteous, D.J. ; Raitakari, O. ; Rich, S.S. ; Sandler, D.P. ; Sillanpää, E. ; Smith, A.K. ; Southey, M.C. ; Strauch, K. ; Tiwari, H. ; Tanaka, T. ; Tillin, T. ; Uitterlinden, A.G. ; Van Den Berg, D.J. ; van Dongen, J. ; Wilson, J.G. ; Wright, J. ; Yet, I. ; Arnett, D. ; Bandinelli, S. ; Bell, J.T. ; Binder, A.M. ; Boomsma, D.I. ; Chen, W. ; Christensen, K. ; Conneely, K.N. ; Elliott, P. ; Ferrucci, L. ; Fornage, M. ; Hägg, S. ; Hayward, C. ; Irvin, M.R. ; Kaprio, J. ; Lawlor, D.A. ; Lehtimäki, T. ; Lohoff, F.W. ; Milani, L. ; Milne, R.L. ; Probst-Hensch, N. ; Reiner, A.P. ; Ritz, B. ; Rotter, J.I. ; Smith, J.A. ; Taylor, J.A. ; van Meurs, J.B.J. ; Vineis, P. ; Waldenberger, M. ; Deary, I.J. ; Relton, C.L. ; Horvath, S. ; Marioni, R.E.

Genome-wide association studies identify 137 genetic loci for DNA methylation biomarkers of aging.
ERJ Open Res. 7:00104-2021 (2021)

Ditz, B. ; Boekhoudt, J.G. ; Aliee, H. ; Theis, F.J. ; Nawijn, M.C. ; Brandsma, C.A. ; Hiemstra, P.S. ; Timens, W. ; Tew, G.W. ; Grimbaldeston, M.A. ; Neighbors, M. ; Guryev, V. ; van den Berge, M. ; Faiz, A.

Comparison of genome-wide gene expression profiling by RNA Sequencing versus microarray in bronchial biopsies of COPD patients before and after inhaled corticosteroid treatment: Does it provide new insights?
Clin. Chem. 67, 1153-1155 (2021)

Ghini, V. ; Abuja, P.M. ; Polasek, O. ; Kozera, L. ; Laiho, P. ; Anton, G. ; Zins, M. ; Klovins, J. ; Metspalu, A. ; Wichmann, H.-E. ; Gieger, C. ; Luchinat, C. ; Zatloukal, K. ; Turano, P.

Metabolomic fingerprints in large population cohorts: Impact of preanalytical heterogeneity.
Mol. Cell 81, 2944-2959.e10 (2021)

Skalska, L. ; Begley, V. ; Beltran, M. ; Lukauskas, S. ; Khandelwal, G. ; Faull, P. ; Bhamra, A. ; Tavares, M. ; Wellman, R. ; Tvardovskiy, A. ; Foster, B. ; Ruiz de Los Mozos, I. ; Herrero, J. ; Surinova, S. ; Snijders, A.P. ; Bartke, T. ; Jenner, R.G.

Nascent RNA antagonizes the interaction of a set of regulatory proteins with chromatin.
Nat. Metab. 3, 1091-1108 (2021)

Lima, A. ; Lubatti, G. ; Burgstaller, J. ; Hu, D. ; Green, A.P. ; di Gregorio, A. ; Zawadzki, T. ; Pernaute, B. ; Mahammadov, E. ; Perez-Montero, S. ; Dore, M. ; Sanchez, J.M. ; Bowling, S. ; Sancho, M. ; Kolbe, T. ; Karimi, M.M. ; Carling, D. ; Jones, N. ; Srinivas, S. ; Scialdone, A. ; Rodriguez, T.A.

Cell competition acts as a purifying selection to eliminate cells with mitochondrial defects during early mouse development.
Life 11:637 (2021)

Lalonde, M. ; Trauner, M. ; Werner, M. ; Hamperl, S.

Consequences and resolution of transcription-replication conflicts.
Nat. Commun. 12:4256 (2021)

Jhun, M.A. ; Mendelson, M. ; Wilson, R. ; Gondalia, R. ; Joehanes, R. ; Salfati, E.L. ; Zhao, X. ; Braun, K.V.E. ; Do, A.N. ; Hedman, A.K. ; Zhang, T. ; Carnero-Montoro, E. ; Shen, J. ; Bartz, T.M. ; Brody, J.A. ; Montasser, M.E. ; O'Connell, J.R. ; Yao, C. ; Xia, R. ; Boerwinkle, E. ; Grove, M. ; Guan, W. ; Pfeiffer, L. ; Singmann, P. ; Müller-Nurasyid, M. ; Meitinger, T. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Zhao, W. ; Ware, E.B. ; Smith, J.A. ; Dhana, K. ; van Meurs, J. ; Uitterlinden, A. ; Ikram, M.A. ; Ghanbari, M. ; Zhi, D. ; Gustafsson, S. ; Lind, L. ; Li, S. ; Sun, D. ; Spector, T.D. ; Chen, Y.I. ; Damcott, C. ; Shuldiner, A.R. ; Absher, D.M. ; Horvath, S. ; Tsao, P.S. ; Kardia, S. ; Psaty, B.M. ; Sotoodehnia, N. ; Bell, J.T. ; Ingelsson, E. ; Chen, W. ; Dehghan, A. ; Arnett, D.K. ; Waldenberger, M. ; Hou, L. ; Whitsel, E.A. ; Baccarelli, A. ; Levy, D. ; Fornage, M. ; Irvin, M.R. ; Assimes, T.L.

Publisher Correction: A multi-ethnic epigenome-wide association study of leukocyte DNA methylation and blood lipids.

Richter, M. ; Deligiannis, I.K. ; Yin, K. ; Danese, A. ; Lleshi, E. ; Coupland, P. ; Vallejos, C.A. ; Matchett, K.P. ; Henderson, N.C. ; Colomé-Tatché, M. ; Martinez Jimenez, C.P.

Single-nucleus RNA-seq2 reveals functional crosstalk between liver zonation and ploidy.
Genome Biol. 22:191 (2021)

Witte, F. ; Ruiz-Orera, J. ; Mattioli, C.C. ; Blachut, S. ; Adami, E. ; Schulz, J.F. ; Schneider-Lunitz, V. ; Hummel, O. ; Patone, G. ; Mücke, M.B. ; Silhavý, J. ; Heinig, M. ; Bottolo, L. ; Sanchis, D. ; Vingron, M. ; Chekulaeva, M. ; Pravenec, M. ; Hubner, N. ; Van Heesch, S.

A trans locus causes a ribosomopathy in hypertrophic hearts that affects mRNA translation in a protein length-dependent fashion.
Mol. Metab. 53, 101295 (2021)

Klaus, V. ; Schriever, S.C. ; Monroy Kuhn, J.M. ; Peter, A. ; Irmler, M. ; Tokarz, J. ; Prehn, C. ; Kastenmüller, G. ; Beckers, J. ; Adamski, J. ; Königsrainer, A. ; Müller, T.D. ; Heni, M. ; Tschöp, M.H. ; Pfluger, P.T. ; Lutter, D.

Correlation guided Network Integration (CoNI) reveals novel genes affecting hepatic metabolism.
Cardiovasc. Res. 118:1742–1757 (2021)

Portero, V. ; Nicol, T. ; Podliesna, S. ; Marchal, G.A. ; Baartscheer, A. ; Casini, S. ; Tadros, R. ; Treur, J.L. ; Tanck, M.W.T. ; Cox, I.J. ; Probert, F. ; Hough, T.A. ; Falcone, S. ; Beekman, L. ; Müller-Nurasyid, M. ; Kastenmüller, G. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Kääb, S. ; Sinner, M.F. ; Blease, A. ; Verkerk, A.O. ; Bezzina, C.R. ; Potter, P.K. ; Remme, C.A.

Chronically elevated branched chain amino acid levels are pro-arrhythmic.
Cell Syst. 12, 522-537 (2021)

Ji, Y. ; Lotfollahi, M. ; Wolf, F.A. ; Theis, F.J.

Machine learning for perturbational single-cell omics.

Lesch, S. ; Blumenberg, V. ; Stoiber, S. ; Gottschlich, A. ; Ogonek, J. ; Cadilha, B.L. ; Dantes, Z. ; Rataj, F. ; Dorman, K. ; Lutz, J. ; Karches, C.H. ; Heise, C. ; Kurzay, M. ; Larimer, B.M. ; Grassmann, S. ; Rapp, M. ; Nottebrock, A. ; Krüger, S. ; Tokarew, N. ; Metzger, P. ; Hoerth, C. ; Benmebarek, M.R. ; Dhoqina, D. ; Grünmeier, R. ; Seifert, M. ; Oener, A. ; Umut, Ö. ; Joaquina, S. ; Vimeux, L. ; Tran, T. ; Hank, T. ; Baba, T. ; Huynh, D. ; Megens, R.T.A. ; Janssen, K.P. ; Jastroch, M. ; Lamp, D. ; Ruehland, S. ; Di Pilato, M. ; Pruessmann, J.N. ; Thomas, M. ; Marr, C. ; Ormanns, S. ; Reischer, A. ; Hristov, M. ; Tartour, E. ; Donnadieu, E. ; Rothenfußer, S. ; Duewell, P. ; König, L.M. ; Schnurr, M. ; Subklewe, M. ; Liss, A.S. ; Halama, N. ; Reichert, M. ; Mempel, T.R. ; Endres, S. ; Kobold, S.

T cells armed with C-X-C chemokine receptor type 6 enhance adoptive cell therapy for pancreatic tumours.
Clin. Epigenet. 13:121 (2021)

Matias-Garcia, P.R. ; Ward-Caviness, C.K. ; Raffield, L.M. ; Gao, X. ; Zhang, Y. ; Wilson, R. ; Nano, J. ; Bostom, A. ; Colicino, E. ; Correa, A. ; Coull, B. ; Eaton, C. ; Hou, L. ; Just, A.C. ; Kunze, S. ; Lange, L. ; Lange, E.M. ; Lin, X. ; Liu, S. ; Nwanaji-Enwerem, J.C. ; Reiner, A. ; Shen, J. ; Schöttker, B. ; Vokonas, P. ; Zheng, Y. ; Young, B. ; Schwartz, J. ; Horvath, S. ; Lu, A. ; Whitsel, E.A. ; Koenig, W. ; Adamski, J. ; Winkelmann, J. ; Brenner, H. ; Baccarelli, A.A. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Franceschini, N. ; Waldenberger, M.

DNAm-based signatures of accelerated aging and mortality in blood are associated with low renal function.
Genet. Epidemiol. 45, 633-650 (2021)

Bauer, A. ; Zierer, A. ; Gieger, C. ; Büyüközkan, M. ; Müller-Nurasyid, M. ; Grallert, H. ; Meisinger, C. ; Strauch, K. ; Prokisch, H. ; Roden, M. ; Peters, A. ; Krumsiek, J. ; Herder, C. ; Koenig, W. ; Thorand, B. ; Huth, C.

Comparison of genetic risk prediction models to improve prediction of coronary heart disease in two large cohorts of the MONICA/KORA study.

Goodrich, J.K. ; Singer-Berk, M. ; Son, R. ; Sveden, A. ; Wood, J. ; England, E. ; Cole, J.B. ; Weisburd, B. ; Watts, N. ; Caulkins, L. ; Dornbos, P. ; Koesterer, R. ; Zappala, Z. ; Zhang, H. ; Maloney, K.A. ; Dahl, A. ; Aguilar-Salinas, C.A. ; Atzmon, G. ; Barajas-Olmos, F. ; Barzilai, N. ; Blangero, J. ; Boerwinkle, E. ; Bonnycastle, L.L. ; Bottinger, E.B. ; Bowden, D.W. ; Centeno-Cruz, F. ; Chambers, J.C. ; Chami, N. ; Chan, E. ; Chan, J. ; Cheng, C.Y. ; Cho, Y.S. ; Contreras-Cubas, C. ; Córdova, E. ; Correa, A. ; DeFronzo, R.A. ; Duggirala, R. ; Dupuis, J. ; Garay-Sevilla, M.E. ; García-Ortiz, H. ; Gieger, C. ; Glaser, B. ; González-Villalpando, C. ; Gonzalez, M.E. ; Grarup, N. ; Groop, L. ; Gross, M. ; Haiman, C. ; Han, S. ; Hanis, C.L. ; Hansen, T. ; Heard-Costa, N.L. ; Henderson, B.E. ; Hernandez, J.M.M. ; Hwang, M.Y. ; Islas-Andrade, S. ; Jørgensen, M.E. ; Kang, H.M. ; Kim, B.J. ; Kim, Y.J. ; Koistinen, H.A. ; Kooner, J.S. ; Kuusisto, J. ; Kwak, S.H. ; Laakso, M. ; Lange, L. ; Lee, J.Y. ; Lee, J. ; Lehman, D.M. ; Linneberg, A. ; Liu, J. ; Loos, R.J.F. ; Lyssenko, V. ; Ma, R.C.W. ; Martínez-Hernández, A. ; Meigs, J.B. ; Meitinger, T. ; Mendoza-Caamal, E. ; Mohlke, K.L. ; Morris, A.D. ; Morrison, A.C. ; Ng, M.C.Y. ; Nilsson, P.M. ; O’Donnell, C.J. ; Orozco, L. ; Palmer, C.N.A. ; Park, K.S. ; Post, W.S. ; Pedersen, O. ; Preuss, M. ; Psaty, B.M. ; Reiner, A.P. ; Revilla-Monsalve, C. ; Rich, S.S. ; Rotter, J.I. ; Saleheen, D. ; Schurmann, C. ; Sim, X. ; Sladek, R. ; Small, K.S. ; So, W.Y. ; Spector, T.D. ; Strauch, K. ; Strom, T.M. ; Tai, E.S. ; Tam, C.H.T. ; Teo, Y.Y. ; Thameem, F. ; Tomlinson, B. ; Tracy, R.P. ; Tuomi, T. ; Tuomilehto, J. ; Tusié-Luna, T. ; van Dam, R.M. ; Vasan, R.S. ; Wilson, J.G. ; Witte, D.R ; Wong, T.-Y. ; Burtt, N.P. ; Zaitlen, N. ; McCarthy, M.I. ; Boehnke, M. ; Pollin, T.I. ; Flannick, J. ; Mercader, J.M. ; O'Donnell-Luria, A. ; Baxter, A. ; Florez, J.C ; MacArthur, D.G. ; Udler, M.S.

Determinants of penetrance and variable expressivity in monogenic metabolic conditions across 77,184 exomes.
Sci. Adv. 7:eabi5781 (2021)

Cadilha, B.L. ; Benmebarek, M.R. ; Dorman, K. ; Oner, A. ; Lorenzini, T. ; Obeck, H. ; Vänttinen, M. ; Pilato, M.D. ; Pruessmann, J.N. ; Stoiber, S. ; Huynh, D. ; Märkl, F. ; Seifert, M. ; Manske, K. ; Suarez-Gosalvez, J. ; Zeng, Y. ; Lesch, S. ; Karches, C.H. ; Heise, C. ; Gottschlich, A. ; Thomas, M. ; Marr, C. ; Zhang, J. ; Pandey, D. ; Feuchtinger, T. ; Subklewe, M. ; Mempel, T.R. ; Endres, S. ; Kobold, S.

Combined tumor-directed recruitment and protection from immune suppression enable CAR T cell efficacy in solid tumors.

Jhun, M.A. ; Mendelson, M. ; Wilson, R. ; Gondalia, R. ; Joehanes, R. ; Salfati, E.L. ; Zhao, X. ; Braun, K.V.E. ; Do, A.N. ; Hedman, A.K. ; Zhang, T. ; Carnero-Montoro, E. ; Shen, J. ; Bartz, T.M. ; Brody, J.A. ; Montasser, M.E. ; O’Connell, J.R. ; Yao, C. ; Xia, R. ; Boerwinkle, E. ; Grove, M. ; Guan, W. ; Pfeiffer, L. ; Singmann, P. ; Müller-Nurasyid, M. ; Meitinger, T. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Zhao, W. ; Ware, E.B. ; Smith, J.A. ; Dhana, K. ; van Meurs, J. ; Uitterlinden, A. ; Ikram, M.A. ; Ghanbari, M. ; Zhi, D. ; Gustafsson, S. ; Lind, L. ; Li, S. ; Sun, D. ; Spector, T.D. ; Chen, Y.D.I. ; Damcott, C. ; Shuldiner, A.R. ; Absher, D.M. ; Horvath, S. ; Tsao, P.S. ; Kardia, S. ; Psaty, B.M. ; Sotoodehnia, N. ; Bell, J.T. ; Ingelsson, E. ; Chen, W. ; Dehghan, A. ; Arnett, D.K. ; Waldenberger, M. ; Hou, L. ; Whitsel, E.A. ; Baccarelli, A. ; Levy, D. ; Fornage, M. ; Irvin, M.R. ; Assimes, T.L.

A multi-ethnic epigenome-wide association study of leukocyte DNA methylation and blood lipids.

Matias-Garcia, P.R. ; Wilson, R. ; Guo, Q. ; Zaghlool, S. ; Eales, J. ; Xu, X. ; Charchar, F.J. ; Dormer, J. ; Maalmi, H. ; Schlosser, P. ; Elhadad, M.A. ; Nano, J. ; Sharma, S. ; Peters, A. ; Fornoni, A. ; Mook-Kanamori, D. ; Winkelmann, J. ; Danesh, J. ; di Angelantonio, E. ; Ouwehand, W. ; Watkins, N. ; Roberts, D. ; Petrera, A. ; Graumann, J. ; Koenig, W. ; Hveem, K. ; Jonasson, C. ; Köttgen, A. ; Butterworth, A. ; Prunotto, M. ; Hauck, S.M. ; Herder, C. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Tomaszewski, M. ; Teumer, A. ; Waldenberger, M.

Plasma proteomics of renal function: A trans-ethnic metaanalysis and Mendelian randomization study.
Blood 138, 1727-1732 (2021)

Hecker, J.S. ; Hartmann, L. ; Riviere, J. ; Buck, M.C. ; van der Garde, M. ; Rothenberg-Thurley, M. ; Fischer, L. ; Winter, S. ; Ksienzyk, B. ; Ziemann, F. ; Solovey, M. ; Rauner, M. ; Tsourdi, E. ; Sockel, K. ; Schneider, M. ; Kubasch, A.S. ; Nolde, M. ; Hausmann, D. ; Paulus, A.C. ; Lützner, J. ; Roth, A. ; Bassermann, F. ; Spiekermann, K. ; Marr, C. ; Hofbauer, L.C. ; Platzbecker, U. ; Metzeler, K.H. ; Götze, K.S.

CHIP & HIPs: Clonal hematopoiesis is common in hip arthroplasty patients and associates with autoimmune disease.
EMBO Rep. 22:e52774 (2021)

Nitsch, S. ; Zorro Shahidian, L. ; Schneider, R.

Histone acylations and chromatin dynamics: Concepts, challenges, and links to metabolism.
Nat. Cell Biol. 23, 692-703 (2021)

Scheibner, K. ; Schirge, S. ; Burtscher, I. ; Büttner, M. ; Sterr, M. ; Yang, D. ; Böttcher, A. ; Ansarullah ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Cernilogar, F.M. ; Schotta, G. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.

Epithelial cell plasticity drives endoderm formation during gastrulation.
Nat. Struct. Mol. Biol. 28, 521-532 (2021)

Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Noll, C. ; Schorpp, K.K. ; Rothenaigner, I. ; Ruiz-Morales, E.R. ; Lubatti, G. ; Agami, A. ; Hadian, K. ; Scialdone, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development.
Mol. Psychiatry 26, 7372–7383 (2021)

Zacharias, H.U. ; Hertel, J. ; Johar, H. ; Pietzner, M. ; Lukaschek, K. ; Atasoy, S. ; Kunze, S. ; Völzke, H. ; Nauck, M. ; Friedrich, N. ; Kastenmüller, G. ; Grabe, H.J. ; Gieger, C. ; Krumsiek, J. ; Ladwig, K.-H.

A metabolome-wide association study in the general population reveals decreased levels of serum laurylcarnitine in people with depression.

Warnat-Herresthal, S. ; Schultze, H. ; Shastry, K.L. ; Manamohan, S. ; Mukherjee, S. ; Garg, V. ; Sarveswara, R. ; Händler, K. ; Pickkers, P. ; Aziz, N.A. ; Ktena, S. ; Tran, F. ; Bitzer, M. ; Ossowski, S. ; Casadei, N. ; Herr, C. ; Petersheim, D. ; Behrends, U. ; Kern, F. ; Fehlmann, T. ; Schommers, P. ; Lehmann, C. ; Augustin, M. ; Rybniker, J. ; Altmüller, J. ; Mishra, N. ; Bernardes, J.P. ; Krämer, B.F. ; Bonaguro, L. ; Schulte-Schrepping, J. ; De Domenico, E. ; Siever, C. ; Kraut, M. ; Desai, M. ; Monnet, B. ; Saridaki, M. ; Siegel, C.M. ; Drews, A. ; Nuesch-Germano, M. ; Theis, H. ; Heyckendorf, J. ; Schreiber, S. ; Kim-Hellmuth, S. ; Nattermann, J. ; Skowasch, D. ; Kurth, I. ; Keller, A. ; Bals, R. ; Nürnberg, P. ; Rieß, O. ; Rosenstiel, P. ; Netea, M.G. ; Theis, F.J. ; Backes, M. ; Aschenbrenner, A.C. ; Ulas, T. ; Deutsche COVID-19 Omics Initiative (DeCOI) (De La Rosa Velázquez, I.A.) ; Breteler, M.M.B. ; Giamarellos-Bourboulis, E.J. ; Kox, M. ; Beck, M. ; Cheran, S. ; Woodacre, M.S. ; Lim Goh, E. ; Schultze, J.L.

Swarm Learning for decentralized and confidential clinical machine learning.
Plant Physiol. 187, 336-360 (2021)

Ageeva-Kieferle, A. ; Georgii, E. ; Winkler, B. ; Ghirardo, A. ; Albert, A. ; Hüther, P. ; Mengel, A. ; Becker, C. ; Schnitzler, J.-P. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.

Nitric oxide coordinates growth, development, and stress response via histone modification and gene expression.

von Streitberg, A. ; Jäkel, S. ; Eugenin von Bernhardi, J. ; Straube, C. ; Buggenthin, F. ; Marr, C. ; Dimou, L.

NG2-glia transiently overcome their homeostatic network and contribute to wound closure after brain injury.
Epigenomics 13, 981-984 (2021)

Pinheiro, I. ; Torres-Padilla, M.E. ; Almouzni, G.

Epigenomics in the single cell era, an important read out for genome function and cell identity.
Cardiovasc. Diabetol. 20:111 (2021)

Elhadad, M.A. ; Wilson, R. ; Zaghlool, S.B. ; Huth, C. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Graumann, J. ; Rathmann, W. ; Koenig, W. ; Sinner, M.F. ; Hveem, K. ; Suhre, K. ; Thorand, B. ; Jonasson, C. ; Waldenberger, M. ; Peters, A.

Metabolic syndrome and the plasma proteome: From association to causation.
Heredity 127, 190–202 (2021)

Denkena, J. ; Johannes, F. ; Colomé-Tatché, M.

Region-level epimutation rates in Arabidopsis thaliana.
Mol. Cell 81, 2793-2807.e8 (2021)

Santos-Rosa, H. ; Millán-Zambrano, G. ; Han, N. ; Leonardi, T. ; Klimontova, M. ; Nasiscionyte, S. ; Pandolfini, L. ; Tzelepis, K. ; Bartke, T. ; Kouzarides, T.

Methylation of histone H3 at lysine 37 by Set1 and Set2 prevents spurious DNA replication.

Klinger, E. ; Motta, A. ; Marr, C. ; Theis, F.J. ; Helmstaedter, M.

Cellular connectomes as arbiters of local circuit models in the cerebral cortex.
2021 in
Vortrag: Cell Bio Virtual 2020, 2-16 December 2020, Virtual. (2021)

Schmoller, K.M.

Coordination of mitochondrial homeostasis with cell size.
Diabetes akt. 19, 62-65 (2021)

Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Schürmann, A.

Einfluss von Genetik und Epigenetik auf die Entstehung von Diabetes.
Diabetologia 64, 1850-1865 (2021)

Giroud, M. ; Tsokanos, F.-F. ; Caratti, G. ; Kotschi, S. ; Khani, S. ; Jouffe, C. ; Vogl, E.S. ; Irmler, M. ; Glantschnig, C. ; Gil Lozano, M. ; Haß, D. ; Khan, A.A. ; Rios Garcia, M. ; Mattijssen, F. ; Maida, A. ; Tews, D. ; Fischer-Posovszky, P. ; Feuchtinger, A. ; Virtanen, K.A. ; Beckers, J. ; Wabitsch, M. ; Uhlenhaut, N.H. ; Blüher, M. ; Tuckermann, J. ; Scheideler, M. ; Bartelt, A. ; Herzig, S.

HAND2 is a novel obesity-linked adipogenic transcription factor regulated by glucocorticoid signalling.
Mol. Psychiatry 26, 6293-6304 (2021)

Wang, H. ; Noordam, R. ; Cade, B.E. ; Schwander, K. ; Winkler, T.W. ; Lee, J. ; Sung, Y.J. ; Bentley, A.R. ; Manning, A.K. ; Aschard, H. ; Kilpeläinen, T.O. ; Ilkov, M. ; Brown, M.R. ; Horimoto, A.R. ; Richard, M. ; Bartz, T.M. ; Vojinovic, D. ; Lim, E. ; Nierenberg, J.L. ; Liu, Y. ; Chitrala, K. ; Rankinen, T. ; Musani, S.K. ; Franceschini, N. ; Rauramaa, R. ; Alver, M. ; Zee, P.C. ; Harris, S.E. ; van der Most, P.J. ; Nolte, I.M. ; Munroe, P.B. ; Palmer, N.D. ; Kühnel, B. ; Weiss, S. ; Wen, W. ; Hall, K.A. ; Lyytikäinen, L.P. ; O'Connell, J. ; Eiriksdottir, G. ; Launer, L.J. ; de Vries, P.S. ; Arking, D.E. ; Chen, H. ; Boerwinkle, E. ; Krieger, J.E. ; Schreiner, P.J. ; Sidney, S. ; Shikany, J.M. ; Rice, K. ; Chen, Y.I. ; Gharib, S.A. ; Bis, J.C. ; Luik, A.I. ; Ikram, M.A. ; Uitterlinden, A.G. ; Amin, N. ; Xu, H. ; Levy, D. ; He, J. ; Lohman, K.K. ; Zonderman, A.B. ; Rice, T.K. ; Sims, M. ; Wilson, G. ; Sofer, T. ; Rich, S.S. ; Palmas, W. ; Yao, J. ; Guo, X. ; Rotter, J.I. ; Biermasz, N.R. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Martin, L.W. ; Barac, A. ; Wallace, R.B. ; Gottlieb, D.J. ; Komulainen, P. ; Heikkinen, S. ; Mägi, R. ; Milani, L. ; Metspalu, A. ; Starr, J.M. ; Milaneschi, Y. ; Waken, R.J. ; Gao, C. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Strauch, K. ; Meitinger, T. ; Roenneberg, T. ; Völker, U. ; Dörr, M. ; Shu, X.O. ; Mukherjee, S. ; Hillman, D.R. ; Kähönen, M. ; Wagenknecht, L.E. ; Gieger, C. ; Grabe, H.J. ; Zheng, W. ; Palmer, L.J. ; Lehtimäki, T. ; Gudnason, V. ; Morrison, A.C. ; Pereira, A.C. ; Fornage, M. ; Psaty, B.M. ; van Duijn, C.M. ; Liu, C.T. ; Kelly, T.N. ; Evans, M.K. ; Bouchard, C. ; Fox, E.R. ; Kooperberg, C. ; Zhu, X. ; Lakka, T.A. ; Esko, T. ; North, K.E. ; Deary, I.J. ; Snieder, H. ; Penninx, B.W.J.H. ; Gauderman, W.J. ; Rao, D.C. ; Redline, S. ; van Heemst, D.

Multi-ancestry genome-wide gene-sleep interactions identify novel loci for blood pressure.
Nat. Cell Biol. 23, 566-576 (2021)

Böttcher, A. ; Büttner, M. ; Tritschler, S. ; Sterr, M. ; Aliluev, A. ; Oppenländer, L. ; Burtscher, I. ; Sass, S. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Ziegenhain, C. ; Enard, W. ; Schamberger, A.C. ; Verhamme, F.M. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.

Author Correction: Non-canonical Wnt/PCP signalling regulates intestinal stem cell lineage priming towards enteroendocrine and Paneth cell fates.

Schouten, J.P.E. ; Matek, C. ; Jacobs, L.F.P. ; Buck, M.C. ; Bošnački, D. ; Marr, C.

Tens of images can suffice to train neural networks for malignant leukocyte detection.

Moitinho-Silva, L. ; Boraczynski, N. ; Emmert, H. ; Baurecht, H. ; Szymczak, S. ; Schulz, H. ; Haller, D. ; Linseisen, J. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Tittmann, L. ; Lieb, W. ; Bang, C. ; Franke, A. ; Rodriguez, E. ; Weidinger, S.

Host traits, lifestyle and environment are associated with the human skin bacteria.
Mol. Syst. Biol. 17:e9923 (2021)

Türei, D. ; Valdeolivas, A. ; Gul, L. ; Palacio-Escat, N. ; Klein, M. ; Ivanova, O. ; Ölbei, M. ; Gábor, A. ; Theis, F.J. ; Módos, D. ; Korcsmáros, T. ; Saez-Rodriguez, J.

Integrated intra- and intercellular signaling knowledge for multicellular omics analysis.
Plant Sci. 307:110860 (2021)

Del Castello, F. ; Foresi, N. ; Nejamkin, A. ; Lindermayr, C. ; Buegger, F. ; Lamattina, L. ; Correa-Aragunde, N.

Cyanobacterial NOS expression improves nitrogen use efficiency, nitrogen-deficiency tolerance and yield in Arabidopsis.

Suwandhi, L. ; Altun, I. ; Karlina, R. ; Miok, V. ; Wiedemann, T. ; Fischer, D.S. ; Walzthoeni, T. ; Lindner, C. ; Böttcher, A. ; Heinzmann, S.S. ; Israel, A. ; Khalil, A. ; Braun, A. ; Pramme-Steinwachs, I. ; Burtscher, I. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Heinig, M. ; Elsner, M. ; Lickert, H. ; Theis, F.J. ; Ussar, S.

Asc-1 regulates white versus beige adipocyte fate in a subcutaneous stromal cell population.
Nature 592:E1 (2021)

Ansarullah ; Jain, C. ; Far, F.F. ; Homberg, S. ; Wißmiller, K. ; von Hahn, F. ; Raducanu, A. ; Schirge, S. ; Sterr, M. ; Bilekova, S. ; Siehler, J. ; Wiener, J. ; Oppenländer, L. ; Morshedi, A. ; Bastidas-Ponce, A. ; Collden, G. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Feuchtinger, A. ; Grzybek, M. ; Ahlbrecht, C. ; Feederle, R. ; Plettenburg, O. ; Müller, T.D. ; Meier, M. ; Tschöp, M.H. ; Coskun, Ü. ; Lickert, H.

Author Correction: Inceptor counteracts insulin signalling in β-cells to control glycaemia.
Epidemiology 32, 378-388 (2021)

Weberpals, J. ; Becker, T. ; Davies, J. ; Schmich, F. ; Rüttinger, D. ; Theis, F.J. ; Bauer-Mehren, A.

Deep learning-based propensity scores for confounding control in comparative effectiveness research: A large-scale, real-world data study.

Salinno, C. ; Büttner, M. ; Cota, P. ; Tritschler, S. ; Tarquis-Medina, M. ; Bastidas-Ponce, A. ; Scheibner, K. ; Burtscher, I. ; Böttcher, A. ; Theis, F.J. ; Bakhti, M. ; Lickert, H.

CD81 marks immature and dedifferentiated pancreatic β-cells.

Sun, D. ; Richard, M.A. ; Musani, S.K. ; Sung, Y.U. ; Winkler, T.W. ; Schwander, K. ; Chai, J.F. ; Guo, X. ; Kilpeläinen, T.O. ; Vojinovic, D. ; Aschard, H. ; Bartz, T.M. ; Bielak, L.F. ; Brown, M.R. ; Chitrala, K. ; Hartwig, F.P. ; Horimoto, A.R.V.R. ; Liu, Y. ; Manning, A.K. ; Noordam, R. ; Smith, A.V. ; Harris, S.E. ; Kühnel, B. ; Lyytikäinen, L.-P. ; Nolte, I.M. ; Rauramaa, R. ; van der Most, P.J. ; Wang, R. ; Ware, E.B. ; Weiss, S. ; Wen, W. ; Yanek, L.R. ; Arking, D.E. ; Arnett, D.K. ; Barac, A. ; Boerwinkle, E. ; Broeckel, U. ; Chakravarti, A. ; Chen, Y.-C. D. ; Cupples, L.A. ; Davigulus, M.L. ; de Las Fuentes, L. ; de Mutsert, R. ; de Vries, P.S. ; Delaney, J.A.C. ; Diez Roux, A.V. ; Dörr, M. ; Faul, J.D. ; Fretts, A.M. ; Gallo, L.C. ; Grabe, H.J. ; Gu, C.C. ; Harris, T.B. ; Hartman, C.C.A. ; Heikkinen, S. ; Ikram, M.A. ; Isasi, C. ; Johnson, W.C. ; Jonas, J.B. ; Kaplan, R.C. ; Komulainen, P. ; Krieger, J.E. ; Levy, D. ; Liu, J. ; Lohman, K. ; Luik, A.I. ; Martin, L.W. ; Meitinger, T. ; Milaneschi, Y. ; O’Connell, J.R. ; Palmas, W.R. ; Peters, A. ; Peyser, P.A. ; Pulkki-Råback, L. ; Raffel, L.J. ; Reiner, A.P. ; Rice, K. ; Robinson, J.G. ; Rosendaal, F.R. ; Schmidt, C.O. ; Schreiner, P.J. ; Schwettmann, L. ; Shikany, J.M. ; Shu, X.O. ; Sidney, S. ; Sims, M. ; Smith, J.A. ; Sotoodehnia, N. ; Strauch, K. ; Tai, E.S. ; Taylor, K.D. ; Uitterlinden, A.G. ; van Duijn, C.M. ; Waldenberger, M. ; Wee, H.L. ; Wei, W.B. ; Wilson, G. ; Xuan, D. ; Yao, J. ; Zeng, D. ; Zhao, W. ; Zhu, X. ; Zonderman, A.B. ; Becker, D.M. ; Deary, I.J. ; Gieger, C. ; Lakka, T.A. ; Lehtimäki, T. ; North, K.E. ; Oldehinkel, A.J. ; Penninx, B.W.J.H. ; Snieder, H. ; Wang, Y.X. ; Weir, D.R. ; Zheng, W. ; Evans, M.K. ; Gauderman, W.J. ; Gudnason, V. ; Horta, B.L. ; Liu, C.-T. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Morrison, A.C. ; Pereira, A.C. ; Psaty, B.M. ; Amin, N. ; Fox, E.R. ; Kooperberg, C. ; Sim, X. ; Bierut, L. ; Rotter, J.I. ; Kardia, S.L.R. ; Franceschini, N ; Rao, D.C. ; Fornage, M.

Multi-ancestry genome-wide association study accounting for gene-psychosocial factor interactions identifies novel loci for blood pressure traits.
EMBO Mol. Med. 13:e12871 (2021)

Mayr, C. ; Simon, L. ; Leuschner, G. ; Ansari, M. ; Schniering, J. ; Geyer, P.E. ; Angelidis, I. ; Strunz, M. ; Singh, P. ; Kneidinger, N. ; Reichenberger, F. ; Silbernagel, E. ; Böhm, S. ; Adler, H. ; Lindner, M. ; Maurer, B. ; Hilgendorff, A. ; Prasse, A. ; Behr, J. ; Mann, M. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.

Integrative analysis of cell state changes in lung fibrosis with peripheral protein biomarkers.
Nature 589, E6 (2021)

Conlon, T.M. ; John-Schuster, G. ; Heide, D. ; Pfister, D. ; Lehmann, M. ; Hu, Y. ; Ertüz, Z. ; López, M.A. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Mayr, C. ; Angelidis, I. ; Ciminieri, C. ; Costa, R. ; Kohlhepp, M.S. ; Guillot, A. ; Güneş, G. ; Jeridi, A. ; Funk, M.C. ; Beroshvili, G. ; Prokosch, S. ; Hetzer, J. ; Verleden, S.E. ; Alsafadi, H.N. ; Lindner, M. ; Burgstaller, G. ; Becker, L. ; Irmler, M. ; Dudek, M. ; Janzen, J. ; Goffin, E. ; Gosens, R. ; Knolle, P. ; Pirotte, B. ; Stöger, T. ; Beckers, J. ; Wagner, D.E. ; Singh, I. ; Theis, F.J. ; Hrabě de Angelis, M. ; O’Connor, T. ; Tacke, F. ; Boutros, M. ; Dejardin, E. ; Eickelberg, O. ; Schiller, H. B. ; Königshoff, M. ; Heikenwalder, M. ; Yildirim, A.Ö.

Publisher Correction: Inhibition of LTβR signalling activates WNT-induced regeneration in lung (Nature, (2020), 588, 7836, (151-156), 10.1038/s41586-020-2882-8).
Nature 592:E8 (2021)

Rajewsky, N. ; Almouzni, G. ; Gorski, S.A. ; Aerts, S. ; Amit, I. ; Bertero, M.G. ; Bock, C. ; Bredenoord, A.L. ; Cavalli, G. ; Chiocca, S. ; Clevers, H. ; de Strooper, B. ; Eggert, A. ; Ellenberg, J. ; Fernández, X.M. ; Figlerowicz, M. ; Gasser, S.M. ; Hubner, N. ; Kjems, J. ; Knoblich, J.A. ; Krabbe, G. ; Lichter, P. ; Linnarsson, S. ; Marine, J.C. ; Marioni, J.C. ; Marti-Renom, M.A. ; Netea, M.G. ; Nickel, D. ; Nollmann, M. ; Novak, H.R. ; Parkinson, H. ; Piccolo, S. ; Pinheiro, I. ; Pombo, A. ; Popp, C. ; Reik, W. ; Roman-Roman, S. ; Rosenstiel, P. ; Schultze, J.L. ; Stegle, O. ; Tanay, A. ; Testa, G. ; Thanos, D. ; Theis, F.J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Valencia, A. ; Vallot, C. ; van Oudenaarden, A. ; Vidal, M. ; Voet, T. ; LifeTime Community (Schiller, H. B. ; Ziegler, A.-G.)

Publisher Correction: LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine (Nature, (2020), 587, 7834, (377-386), 10.1038/s41586-020-2715-9).
iScience 24:102120 (2021)

Bast, L. ; Buck, M.C. ; Hecker, J.S. ; Oostendorp, R.A.J. ; Götze, K.S. ; Marr, C.

Computational modeling of stem and progenitor cell kinetics identifies plausible hematopoietic lineage hierarchies.
Nat. Commun. 12:995 (2021)

Lagou, V. ; Mägi, R. ; Hottenga, J.J. ; Grallert, H. ; Perry, J.R.B. ; Bouatia-Naji, N. ; Marullo, L. ; Rybin, D. ; Jansen, R. ; Min, J.L. ; Dimas, A.S. ; Ulrich, A. ; Zudina, L. ; Gådin, J.R. ; Jiang, L. ; Faggian, A. ; Bonnefond, A. ; Fadista, J. ; Stathopoulou, M.G. ; Isaacs, A. ; Willems, S.M. ; Navarro, P. ; Tanaka, T. ; Jackson, A.U. ; Montasser, M.E. ; O'Connell, J.R. ; Bielak, L.F. ; Webster, R.J. ; Saxena, R. ; Stafford, J.M. ; Pourcain, B.S. ; Timpson, N.J. ; Salo, P. ; Shin, S.Y. ; Amin, N. ; Smith, A.V. ; Li, G. ; Verweij, N. ; Goel, A. ; Ford, I. ; Johnson, P.C.D. ; Johnson, T. ; Kapur, K. ; Thorleifsson, G. ; Strawbridge, R.J. ; Rasmussen-Torvik, L.J. ; Esko, T. ; Mihailov, E. ; Fall, T. ; Fraser, R.M. ; Mahajan, A. ; Kanoni, S. ; Giedraitis, V. ; Kleber, M.E. ; Silbernagel, G. ; Meyer, J. ; Müller-Nurasyid, M. ; Ganna, A. ; Sarin, A.P. ; Yengo, L. ; Shungin, D. ; Luan, J. ; Horikoshi, M. ; An, P. ; Sanna, S. ; Boettcher, Y. ; Rayner, N.W. ; Nolte, I.M. ; Zemunik, T. ; Iperen, E.V. ; Kovacs, P. ; Hastie, N.D. ; Wild, S.H. ; McLachlan, S. ; Campbell, S. ; Polasek, O. ; Carlson, O. ; Egan, J. ; Kiess, W. ; Willemsen, G. ; Kuusisto, J. ; Laakso, M. ; Dimitriou, M. ; Hicks, A.A. ; Rauramaa, R. ; Bandinelli, S. ; Thorand, B. ; Liu, Y. ; Miljkovic, I. ; Lind, L. ; Doney, A. ; Perola, M. ; Hingorani, A. ; Kivimaki, M. ; Kumari, M. ; Bennett, A.J. ; Groves, C.J. ; Herder, C. ; Koistinen, H.A. ; Kinnunen, L. ; Faire, U. ; Bakker, S.J.L. ; Uusitupa, M. ; Palmer, C.N.A. ; Jukema, J.W. ; Sattar, N. ; Pouta, A. ; Snieder, H. ; Boerwinkle, E. ; Pankow, J.S. ; Magnusson, P.K. ; Krus, U. ; Scapoli, C. ; de Geus, E.J.C.N. ; Blüher, M. ; Wolffenbuttel, B.H.R. ; Province, M.A. ; Abecasis, G.R. ; Meigs, J.B. ; Hovingh, G.K. ; Lindström, J. ; Wilson, J.F. ; Wright, A.F. ; Dedoussis, G.V. ; Bornstein, S.R. ; Schwarz, P.E. ; Tönjes, A. ; Winkelmann, B.R. ; Boehm, B.O. ; März, W. ; Metspalu, A. ; Price, J.F. ; Deloukas, P. ; Körner, A. ; Lakka, T.A. ; Keinanen-Kiukaanniemi, S.M. ; Saaristo, T.E. ; Bergman, R.N. ; Tuomilehto, J. ; Wareham, N.J. ; Langenberg, C. ; Männistö, S. ; Franks, P.W. ; Hayward, C. ; Vitart, V. ; Kaprio, J. ; Visvikis-Siest, S. ; Balkau, B. ; Altshuler, D. ; Rudan, I. ; Stumvoll, M. ; Campbell, H. ; van Duijn, C.M. ; Gieger, C. ; Illig, T. ; Ferrucci, L. ; Pedersen, N.L. ; Pramstaller, P.P. ; Boehnke, M. ; Frayling, T.M. ; Shuldiner, A.R. ; Peyser, P.A. ; Kardia, S.L.R. ; Palmer, L.J. ; Penninx, B.W. ; Meneton, P. ; Harris, T.B. ; Navis, G. ; Harst, P.V. ; Smith, G.D. ; Forouhi, N.G. ; Loos, R.J.F. ; Salomaa, V. ; Soranzo, N. ; Boomsma, D.I. ; Groop, L. ; Tuomi, T. ; Hofman, A. ; Munroe, P.B. ; Gudnason, V. ; Siscovick, D.S. ; Watkins, H. ; Lecoeur, C. ; Vollenweider, P. ; Franco-Cereceda, A. ; Eriksson, P. ; Jarvelin, M.R. ; Stefansson, K. ; Hamsten, A. ; Nicholson, G. ; Karpe, F. ; Dermitzakis, E.T. ; Lindgren, C.M. ; McCarthy, M.I. ; Froguel, P. ; Kaakinen, M.A. ; Lyssenko, V. ; Watanabe, R.M. ; Ingelsson, E. ; Florez, J.C. ; Dupuis, J. ; Barroso, I. ; Morris, A.P. ; Prokopenko, I.

Publisher Correction: Sex-dimorphic genetic effects and novel loci for fasting glucose and insulin variability.

Yao, C. ; Joehanes, R. ; Wilson, R. ; Tanaka, T. ; Ferrucci, L. ; Kretschmer, A. ; Prokisch, H. ; Schramm, K. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Waldenberger, M. ; Marzi, C. ; Herder, C. ; Levy, D.

Epigenome-wide association study of whole blood gene expression in Framingham Heart Study participants provides molecular insight into the potential role of CHRNA5 in cigarette smoking-related lung diseases.
Cell Rep. 34:108742 (2021)

Greulich, F. ; Wierer, M. ; Mechtidou, A. ; Gonzalez-Garcia, O. ; Uhlenhaut, N.H.

The glucocorticoid receptor recruits the COMPASS complex to regulate inflammatory transcription at macrophage enhancers.
Sci. Adv. 7:eabe4497 (2021)

Lopez, J.P. ; Brivio, E. ; Santambrogio, A. ; De Donno, C. ; Kos, A. ; Peters, M. ; Rost, N. ; Czamara, D. ; Brückl, T.M. ; Roeh, S. ; Pöhlmann, M.L. ; Engelhardt, C. ; Ressle, A. ; Stoffel, R. ; Tontsch, A. ; Villamizar, J.M. ; Reincke, M. ; Riester, A. ; Sbiera, S. ; Fassnacht, M. ; Mayberg, H.S. ; Craighead, W.E. ; Dunlop, B.W. ; Nemeroff, C.B. ; Schmidt, M.V. ; Binder, E.B. ; Theis, F.J. ; Beuschlein, F. ; Andoniadou, C.L. ; Chen, A.

Single-cell molecular profiling of all three components of the HPA axis reveals adrenal ABCB1 as a regulator of stress adaptation.
J. Hum. Genet. 66, 625–636 (2021)

Crawford, A.A. ; Bankier, S. ; Altmaier, E. ; Barnes, C.L.K. ; Clark, D.W. ; Ermel, R. ; Friedrich, N. ; van der Harst, P. ; Joshi, P.K. ; Karhunen, V. ; Lahti, J. ; Mahajan, A. ; Mangino, M. ; Nethander, M. ; Neumann, A. ; Pietzner, M. ; Sukhavasi, K. ; Wang, C.A. ; Bakker, S.J.L. ; Bjorkegren, J.L.M. ; Campbell, H. ; Eriksson, J. ; Gieger, C. ; Hayward, C. ; Jarvelin, M.R. ; McLachlan, S. ; Morris, A.P. ; Ohlsson, C. ; Pennell, C.E. ; Price, J. ; Rudan, I. ; Ruusalepp, A. ; Spector, T. ; Tiemeier, H. ; Völzke, H. ; Wilson, J.F. ; Michoel, T. ; Timpson, N.J. ; Smith, G.D. ; Walker, B.R.

Variation in the SERPINA6/SERPINA1 locus alters morning plasma cortisol, hepatic corticosteroid binding globulin expression, gene expression in peripheral tissues, and risk of cardiovascular disease.

Lagou, V. ; Mägi, R. ; Hottenga, J.J. ; Grallert, H. ; Perry, J.R.B. ; Bouatia-Naji, N. ; Marullo, L. ; Rybin, D. ; Jansen, R. ; Min, J.L. ; Dimas, A.S. ; Ulrich, A. ; Zudina, L. ; Gådin, J.R. ; Jiang, L. ; Faggian, A. ; Bonnefond, A. ; Fadista, J. ; Stathopoulou, M.G. ; Isaacs, A. ; Willems, S.M. ; Navarro, P. ; Tanaka, T. ; Jackson, A.U. ; Montasser, M.E. ; O'Connell, J.R. ; Bielak, L.F. ; Webster, R.J. ; Saxena, R. ; Stafford, J.M. ; Pourcain, B.S. ; Timpson, N.J. ; Salo, P. ; Shin, S.Y. ; Amin, N. ; Smith, A.V. ; Li, G. ; Verweij, N. ; Goel, A. ; Ford, I. ; Johnson, P.C.D. ; Johnson, T. ; Kapur, K. ; Thorleifsson, G. ; Strawbridge, R.J. ; Rasmussen-Torvik, L.J. ; Esko, T. ; Mihailov, E. ; Fall, T. ; Fraser, R.M. ; Mahajan, A. ; Kanoni, S. ; Giedraitis, V. ; Kleber, M.E. ; Silbernagel, G. ; Meyer, J. ; Müller-Nurasyid, M. ; Ganna, A. ; Sarin, A.P. ; Yengo, L. ; Shungin, D. ; Luan, J. ; Horikoshi, M. ; An, P. ; Sanna, S. ; Boettcher, Y. ; Rayner, N.W. ; Nolte, I.M. ; Zemunik, T. ; Iperen, E.V. ; Kovacs, P. ; Hastie, N.D. ; Wild, S.H. ; McLachlan, S. ; Campbell, S. ; Polasek, O. ; Carlson, O. ; Egan, J. ; Kiess, W. ; Willemsen, G. ; Kuusisto, J. ; Laakso, M. ; Dimitriou, M. ; Hicks, A.A. ; Rauramaa, R. ; Bandinelli, S. ; Thorand, B. ; Liu, Y. ; Miljkovic, I. ; Lind, L. ; Doney, A. ; Perola, M. ; Hingorani, A. ; Kivimaki, M. ; Kumari, M. ; Bennett, A.J. ; Groves, C.J. ; Herder, C. ; Koistinen, H.A. ; Kinnunen, L. ; Faire, U. ; Bakker, S.J.L. ; Uusitupa, M. ; Palmer, C.N.A. ; Jukema, J.W. ; Sattar, N. ; Pouta, A. ; Snieder, H. ; Boerwinkle, E. ; Pankow, J.S. ; Magnusson, P.K. ; Krus, U. ; Scapoli, C. ; de Geus, E.J.C.N. ; Blüher, M. ; Wolffenbuttel, B.H.R. ; Province, M.A. ; Abecasis, G.R. ; Meigs, J.B. ; Hovingh, G.K. ; Lindström, J. ; Wilson, J.F. ; Wright, A.F. ; Dedoussis, G.V. ; Bornstein, S.R. ; Schwarz, P.E. ; Tönjes, A. ; Winkelmann, B.R. ; Boehm, B.O. ; März, W. ; Metspalu, A. ; Price, J.F. ; Deloukas, P. ; Körner, A. ; Lakka, T.A. ; Keinanen-Kiukaanniemi, S.M. ; Saaristo, T.E. ; Bergman, R.N. ; Tuomilehto, J. ; Wareham, N.J. ; Langenberg, C. ; Männistö, S. ; Franks, P.W. ; Hayward, C. ; Vitart, V. ; Kaprio, J. ; Visvikis-Siest, S. ; Balkau, B. ; Altshuler, D. ; Rudan, I. ; Stumvoll, M. ; Campbell, H. ; van Duijn, C.M. ; Gieger, C. ; Illig, T. ; Ferrucci, L. ; Pedersen, N.L. ; Pramstaller, P.P. ; Boehnke, M. ; Frayling, T.M. ; Shuldiner, A.R. ; Peyser, P.A. ; Kardia, S.L.R. ; Palmer, L.J. ; Penninx, B.W. ; Meneton, P. ; Harris, T.B. ; Navis, G. ; Harst, P.V. ; Smith, G.D. ; Forouhi, N.G. ; Loos, R.J.F. ; Salomaa, V. ; Soranzo, N. ; Boomsma, D.I. ; Groop, L. ; Tuomi, T. ; Hofman, A. ; Munroe, P.B. ; Gudnason, V. ; Siscovick, D.S. ; Watkins, H. ; Lecoeur, C. ; Vollenweider, P. ; Franco-Cereceda, A. ; Eriksson, P. ; Jarvelin, M.R. ; Stefansson, K. ; Hamsten, A. ; Nicholson, G. ; Karpe, F. ; Dermitzakis, E.T. ; Lindgren, C.M. ; McCarthy, M.I. ; Froguel, P. ; Kaakinen, M.A. ; Lyssenko, V. ; Watanabe, R.M. ; Ingelsson, E. ; Florez, J.C. ; Dupuis, J. ; Barroso, I. ; Morris, A.P. ; Prokopenko, I.

Sex-dimorphic genetic effects and novel loci for fasting glucose and insulin variability.
Nature 590, 326–331 (2021)

Ansarullah ; Jain, C. ; Far, F.F. ; Homberg, S. ; Wissmiller, K. ; Gräfin von Hahn, F. ; Raducanu, A. ; Schirge, S. ; Sterr, M. ; Bilekova, S. ; Siehler, J. ; Wiener, J. ; Oppenländer, L. ; Morshedi, A. ; Bastidas-Ponce, A. ; Collden, G. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Feuchtinger, A. ; Grzybek, M. ; Ahlbrecht, C. ; Feederle, R. ; Plettenburg, O. ; Müller, T.D. ; Meier, M. ; Tschöp, M.H. ; Coskun, Ü. ; Lickert, H.

Inceptor counteracts insulin signalling in β-cells to control glycaemia.
Nat. Neurosci. 24, 312-325 (2021)

Escartin, C. ; Galea, E. ; Lakatos, A. ; O'Callaghan, J.P. ; Petzold, G.C. ; Serrano-Pozo, A. ; Steinhäuser, C. ; Volterra, A. ; Carmignoto, G. ; Agarwal, A. ; Allen, N.J. ; Araque, A. ; Barbeito, L. ; Barzilai, A. ; Bergles, D.E. ; Bonvento, G. ; Butt, A.M. ; Chen, W.T. ; Cohen-Salmon, M. ; Cunningham, C. ; Deneen, B. ; de Strooper, B. ; Díaz-Castro, B. ; Farina, C. ; Freeman, M. ; Gallo, V. ; Goldman, J.E. ; Goldman, S.A. ; Götz, M. ; Gutiérrez, A. ; Haydon, P.G. ; Heiland, D.H. ; Hol, E.M. ; Holt, M.G. ; Iino, M. ; Kastanenka, K.V. ; Kettenmann, H. ; Khakh, B.S. ; Koizumi, S. ; Lee, C.J. ; Liddelow, S.A. ; MacVicar, B.A. ; Magistretti, P. ; Messing, A. ; Mishra, A. ; Molofsky, A.V. ; Murai, K.K. ; Norris, C.M. ; Okada, S. ; Oliet, S.H.R. ; Oliveira, J.F. ; Panatier, A. ; Parpura, V. ; Pekna, M. ; Pekny, M. ; Pellerin, L. ; Perea, G. ; Pérez-Nievas, B.G. ; Pfrieger, F.W. ; Poskanzer, K.E. ; Quintana, F.J. ; Ransohoff, R.M. ; Riquelme-Perez, M. ; Robel, S. ; Rose, C.R. ; Rothstein, J.D. ; Rouach, N. ; Rowitch, D.H. ; Semyanov, A. ; Sirko, S. ; Sontheimer, H. ; Swanson, R.A. ; Vitorica, J. ; Wanner, I.B. ; Wood, L.B. ; Wu, J. ; Zheng, B. ; Zimmer, E.R. ; Zorec, R. ; Sofroniew, M.V. ; Verkhratsky, A.

Reactive astrocyte nomenclature, definitions, and future directions.
In: Epigenetic Reprogramming During Mouse Embryogenesis. 2021. 265-282 (Methods Mol. Biol. ; 2214)

Pal, M. ; Kind, J. ; Torres-Padilla, M.E.

DamID to map genome-protein interactions in preimplantation mouse embryos.
2021 in
In: (2021 IEEE 18th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 13-16 April 2021, Nice, France). 2021. 966-970

Sadafi, A. ; Moya Sans, L.M. ; Makhro, A. ; Livshits, L. ; Navab, N. ; Bogdanova, A. ; Albarqouni, S. ; Marr, C.

Fourier transform of percol gradients boosts CNN classification ofhereditary hemolytic anemias.
Research Square, in press (2021)

Yu, Z. ; Han, X. ; Zhao, B. ; Zhuo, Y. ; Ren, Y. ; Xue, X. ; Lamm, L. ; Feng, J. ; Marr, C. ; Shan, F. ; Peng, T. ; Zhang, X.-Y.

DABC-Net for robust pneumonia segmentation and prediction of COVID-19 progression on chest CT scans.

Hartleben, G. ; Schorpp, K.K. ; Kwon, Y. ; Betz, B. ; Tsokanos, F.-F. ; Dantes, Z. ; Schäfer, A. ; Rothenaigner, I. ; Monroy Kuhn, J.M. ; Morigny, P. ; Mehr, L. ; Lin, S. ; Seitz, S. ; Tokarz, J. ; Artati, A. ; Adamski, J. ; Plettenburg, O. ; Lutter, D. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Reichert, M. ; Hadian, K. ; Zeigerer, A. ; Herzig, S. ; Berriel Diaz, M.

Combination therapies induce cancer cell death through the integrated stress response and disturbed pyrimidine metabolism.

Zaghlool, S.B. ; Sharma, S. ; Molnar, M. ; Matias-Garcia, P.R. ; Elhadad, M.A. ; Waldenberger, M. ; Peters, A. ; Rathmann, W. ; Graumann, J. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Suhre, K.

Revealing the role of the human blood plasma proteome in obesity using genetic drivers.

Meier, F. ; Köhler, N. ; Brunner, A.D. ; Wanka, J.-M.H. ; Voytik, E. ; Strauss, M.T. ; Theis, F.J. ; Mann, M.

Deep learning the collisional cross sections of the peptide universe from a million experimental values.
J. Invest. Dermatol. 141, 681-685.e6 (2021)

Thomas, J. ; Wang, R. ; Batra, R. ; Böhner, A. ; Garzorz-Stark, N. ; Eberlein, B. ; Theis, F.J. ; Biedermann, T. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Zink, A. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S.

CD23 levels on B cells determine long-term therapeutic response in patients with atopic eczema treated with selective IgE immune apheresis.
Front. Plant Sci. 12:639262 (2021)

Lindermayr, C. ; Oracz, K. ; Cuypers, A. ; Schnitzler, J.-P. ; Durner, J.

Editorial: Highlights of POG 2019 - Plant Oxygen Group Conference.
Metabolites 11:89 (2021)

Huang, J. ; Covic, M. ; Huth, C. ; Rommel, M. ; Adam, J. ; Zukunft, S. ; Prehn, C. ; Wang, L. ; Nano, J. ; Scheerer, M.F. ; Neschen, S. ; Kastenmüller, G. ; Gieger, C. ; Laxy, M. ; Schliess, F. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Hrabě de Angelis, M. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Validation of candidate phospholipid biomarkers of chronic kidney disease in hyperglycemic individuals and their organ-specific exploration in leptin receptor-deficient db/db mouse.

Gomez Alonso, M.D.C. ; Kretschmer, A. ; Wilson, R. ; Pfeiffer, L. ; Karhunen, V. ; Seppälä, I. ; Zhang, W. ; Mittelstraß, K. ; Wahl, S. ; Matias-Garcia, P.R. ; Prokisch, H. ; Horn, S. ; Meitinger, T. ; Serrano Garcia, L.R. ; Sebert, S. ; Raitakari, O. ; Loh, M. ; Rathmann, W. ; Müller-Nurasyid, M. ; Herder, C. ; Roden, M. ; Hurme, M. ; Jarvelin, M.R. ; Ala-Korpela, M. ; Kooner, J.S. ; Peters, A. ; Lehtimäki, T. ; Gieger, C. ; Kettunen, J. ; Waldenberger, M.

DNA methylation and lipid metabolism: An EWAS of 226 metabolic measures.

Kunze, S. ; Cecil, A. ; Prehn, C. ; Möller, G. ; Ohlmann, A. ; Wildner, G. ; Thurau, S. ; Unger, K. ; Rößler, U. ; Hölter, S.M. ; Tapio, S. ; Wagner, F. ; Beyerlein, A. ; Theis, F.J. ; Zitzelsberger, H. ; Kulka, U. ; Adamski, J. ; Graw, J. ; Dalke, C.

Posterior subcapsular cataracts are a late effect after acute exposure to 0.5 Gy ionizing radiation in mice.
Cell Rep. 34:108748 (2021)

Trefzer, A. ; Kadam, P. ; Wang, S.H. ; Pennavaria, S. ; Lober, B. ; Akçabozan, B. ; Kranich, J. ; Brocker, T. ; Nakano, N. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Straub, T. ; Obst, R.

Dynamic adoption of anergy by antigen-exhausted CD4+ T cells.
Kidney Int. 99, 926-939 (2021)

Gorski, M. ; Jung, B. ; Li, Y. ; Matias-Garcia, P.R. ; Wuttke, M. ; Coassin, S. ; Thio, C.H.L. ; Kleber, M.E. ; Winkler, T.W. ; Wanner, V. ; Chai, J.F. ; Chu, A.Y. ; Cocca, M. ; Feitosa, M.F. ; Ghasemi, S. ; Hoppmann, A. ; Horn, K. ; Li, M. ; Nutile, T. ; Scholz, M. ; Sieber, K.B. ; Teumer, A. ; Tin, A. ; Wang, J. ; Tayo, B.O. ; Ahluwalia, T.S. ; Almgren, P. ; Bakker, S.J.L. ; Banas, B. ; Bansal, N. ; Biggs, M.L. ; Boerwinkle, E. ; Bottinger, E.P. ; Brenner, H. ; Carroll, R.J. ; Chalmers, J. ; Chee, M.L. ; Cheng, C.Y. ; Coresh, J. ; de Borst, M.H. ; Degenhardt, F. ; Eckardt, K.U. ; Endlich, K. ; Franke, A. ; Freitag-Wolf, S. ; Gampawar, P. ; Gansevoort, R.T. ; Ghanbari, M. ; Gieger, C. ; Hamet, P. ; Ho, K. ; Hofer, E. ; Holleczek, B. ; Xian Foo, V.H. ; Hutri-Kähönen, N. ; Hwang, S.J. ; Ikram, M.A. ; Josyula, N.S. ; Kähönen, M. ; Khor, C.C. ; Koenig, W. ; Kramer, H. ; Krämer, B.K. ; Kühnel, B. ; Lange, L.A. ; Lehtimäki, T. ; Lieb, W. ; Loos, R.J.F. ; Lukas, M.A. ; Lyytikäinen, L.P. ; Meisinger, C. ; Meitinger, T. ; Melander, O. ; Milaneschi, Y. ; Mishra, P.P. ; Mononen, N. ; Mychaleckyj, J.C. ; Nadkarni, G.N. ; Nauck, M. ; Nikus, K. ; Ning, B. ; Nolte, I.M. ; O'Donoghue, M.L. ; Orho-Melander, M. ; Pendergrass, S.A. ; Penninx, B.W.J.H. ; Preuss, M.H. ; Psaty, B.M. ; Raffield, L.M. ; Raitakari, O.T. ; Rettig, R. ; Rheinberger, M. ; Rice, K.M. ; Rosenkranz, A.R. ; Rossing, P. ; Rotter, J.I. ; Sabanayagam, C. ; Schmidt, H. ; Schmidt, R. ; Schöttker, B. ; Schulz, C.A. ; Sedaghat, S. ; Shaffer, C.M. ; Strauch, K. ; Szymczak, S. ; Taylor, K.D. ; Tremblay, J. ; Chaker, L. ; van der Harst, P. ; van der Most, P.J. ; Verweij, N. ; Völker, U. ; Waldenberger, M. ; Wallentin, L. ; Waterworth, D.M. ; White, H.D. ; Wilson, J.G. ; Wong, T.Y. ; Woodward, M. ; Yang, Q. ; Yasuda, M. ; Yerges-Armstrong, L.M. ; Zhang, Y. ; Snieder, H. ; Wanner, C. ; Böger, C.A. ; Köttgen, A. ; Kronenberg, F. ; Pattaro, C. ; Heid, I.M.

Meta-analysis uncovers genome-wide significant variants for rapid kidney function decline.
Science 371:eabb2986 (2021)

Tyser, R.C.V. ; Ibarra-Soria, X. ; McDole, K. ; A Jayaram, S. ; Godwin, J. ; van den Brand, T.A.H. ; Miranda, A.M.A. ; Scialdone, A. ; Keller, P.J. ; Marioni, J.C. ; Srinivas, S.

Characterization of a common progenitor pool of the epicardium and myocardium.
Nat. Cell Biol. 23, 23-31 (2021)

Böttcher, A. ; Büttner, M. ; Tritschler, S. ; Sterr, M. ; Aliluev, A. ; Oppenländer, L. ; Burtscher, I. ; Sass, S. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Ziegenhain, C. ; Enard, W. ; Schamberger, A.C. ; Verhamme, F.M. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.

Non-canonical Wnt/PCP signalling regulates intestinal stem cell lineage priming towards enteroendocrine and Paneth cell fates.

Galatà, G. ; García-Montero, A.C. ; Kristensen, T. ; Dawoud, A.A.Z. ; Muñoz-González, J.I. ; Meggendorfer, M. ; Guglielmelli, P. ; Hoade, Y. ; Alvarez-Twose, I. ; Gieger, C. ; Strauch, K. ; Ferrucci, L. ; Tanaka, T. ; Bandinelli, S. ; Schnurr, T.M. ; Haferlach, T. ; Broesby-Olsen, S. ; Vestergaard, H. ; Møller, M.B. ; Bindslev-Jensen, C. ; Vannucchi, A.M. ; Orfao, A. ; Radia, D. ; Reiter, A. ; Chase, A.J. ; Cross, N.C.P. ; Tapper, W.J.

Genome-wide association study identifies novel susceptibility loci for KIT D816V positive mastocytosis.
Cell 184, 709-722.e13 (2021)

Gengatharan, A. ; Malvaut, S. ; Marymonchyk, A. ; Ghareghani, M. ; Snapyan, M. ; Fischer-Sternjak, J. ; Ninkovic, J. ; Götz, M. ; Saghatelyan, A.

Adult neural stem cell activation in mice is regulated by the day/night cycle and intracellular calcium dynamics.
PLoS Genet. 16:e1009190 (2021)

Swan, A.L. ; Schütt, C. ; Rozman, J. ; Del Mar Muñiz Moreno, M. ; Brandmaier, S. ; Simon, M. ; Leuchtenberger, S. ; Griffiths, M. ; Brommage, R. ; Keskivali-Bond, P. ; Grallert, H. ; Werner, T. ; Teperino, R. ; Becker, L. ; Miller, G. ; Moshiri, A. ; Seavitt, J.R. ; Cissell, D.D. ; Meehan, T.F. ; Acar, E.F. ; Lelliott, C.J. ; Flenniken, A.M. ; Champy, M.F. ; Sorg, T. ; Ayadi, A. ; Braun, R.E. ; Cater, H. ; Dickinson, M.E. ; Flicek, P. ; Gallegos, J. ; Ghirardello, E.J. ; Heaney, J.D. ; Jacquot, S. ; Lally, C. ; Logan, J.G. ; Teboul, L. ; Mason, J. ; Spielmann, N. ; McKerlie, C. ; Murray, S.A. ; Nutter, L.M.J. ; Odfalk, K.F. ; Parkinson, H. ; Prochazka, J. ; Reynolds, C.L. ; Selloum, M. ; Spoutil, F. ; Svenson, K.L. ; Vales, T.S. ; Wells, S.E. ; White, J.K. ; Sedlacek, R. ; Wurst, W. ; Lloyd, K.K.C. ; Croucher, P.I. ; Fuchs, H. ; Williams, G.R. ; Bassett, D. ; Gailus-Durner, V. ; Herault, Y. ; Mallon, A.M. ; Brown, S.D.M. ; Mayer-Kuckuk, P. ; Hrabě de Angelis, M. ; IMPC Consortium (Aguilar-Pimentel, J.A. ; Amarie, O.V. ; Bürger, A. ; Calzada-Wack, J. ; Cho, Y.-L. ; Giesert, F. ; Garrett, L. ; Graw, J. ; Hörlein, A. ; Hölter, S.M. ; Klein-Rodewald, T. ; Kühn, R. ; Lengger, C. ; Marschall, S. ; Rathkolb, B. ; Sanz-Moreno, A. ; Seisenberger, C. ; Steinkamp, R. ; Stoeger, C. ; Treise, I. ; Zimprich, A.) ; Beckers, J.

Mouse mutant phenotyping at scale reveals novel genes controlling bone mineral density.
EMBO Rep. 22:e51009 (2021)

Zorro Shahidian, L. ; Haas, M. ; Le Gras, S. ; Nitsch, S. ; Mourao, A. ; Geerlof, A. ; Margueron, R. ; Michaelis, J. ; Daujat, S. ; Schneider, R.

Succinylation of H3K122 destabilizes nucleosomes and enhances transcription.
Nucleic Acids Res. 49, 3020–3032 (2021)

Petryk, N. ; Bultmann, S. ; Bartke, T. ; Defossez, P.-A.

Staying true to yourself: Mechanisms of DNA methylation maintenance in mammals
Life Sci. All. 4:e202000924 (2021)

Karlina, R. ; Lutter, D. ; Miok, V. ; Fischer, D.S. ; Altun, I. ; Schöttl, T. ; Schorpp, K.K. ; Israel, A. ; Cero, C. ; Johnson, J.W. ; Kapser-Fischer, I. ; Böttcher, A. ; Keipert, S. ; Feuchtinger, A. ; Graf, E. ; Strom, T.M. ; Walch, A.K. ; Lickert, H. ; Walzthoeni, T. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; García-Cáceres, C. ; Cypess, A.M. ; Ussar, S.

Identification and characterization of distinct brown adipocyte subtypes in C57BL/6J mice.
Cell Stem Cell 28, 524-534.e7 (2021)

Russo, G.L. ; Sonsalla, G. ; Natarajan, P. ; Breunig, C. ; Bulli, G. ; Merl-Pham, J. ; Schmitt, S. ; Giehrl-Schwab, J. ; Giesert, F. ; Jastroch, M. ; Zischka, H. ; Wurst, W. ; Stricker, S.H. ; Hauck, S.M. ; Masserdotti, G. ; Götz, M.

CRISPR-mediated induction of neuron-enriched mitochondrial proteins boosts direct glia-to-neuron conversion.
Mov. Disord. 36, 449-459 (2021)

Shadrin, A.A. ; Mucha, S. ; Ellinghaus, D. ; Makarious, M.B. ; Blauwendraat, C. ; Sreelatha, A.A.K. ; Heras-Garvin, A. ; Ding, J. ; Hammer, M. ; Foubert-Samier, A. ; Meissner, W.G. ; Rascol, O. ; Pavy-Le Traon, A. ; Frei, O. ; O’Connell, K.S. ; Bahrami, S. ; Schreiber, S. ; Lieb, W. ; Müller-Nurasyid, M. ; Schminke, U. ; Homuth, G. ; Schmidt, C.O. ; Nöthen, M.M. ; Hoffmann, P. ; Gieger, C. ; Wenning, G. ; Gibbs, J.R. ; Franke, A. ; Hardy, J. ; Stefanova, N. ; Gasser, T. ; Singleton, A. ; Houlden, H. ; Scholz, S.W. ; Andreassen, O.A. ; Sharma, M.

Shared genetics of multiple system atrophy and inflammatory bowel disease.
Nat. Hum. Behav. 5, 59–70 (2021)

Cuellar-Partida, G. ; Eriksson, N. ; Albrecht, E. ; Aliev, F. ; Andreassen, O.A. ; Barroso, I. ; Beckmann, J.S. ; Boks, M.P. ; Boomsma, D.I. ; Boyd, H.A. ; Breteler, M.M.B. ; Campbell, H. ; Chasman, D.I. ; Cherkas, L.F. ; Davies, G. ; de Geus, E.J.C. ; Deary, I.J. ; Deloukas, P. ; Dick, D.M. ; Duffy, D.L. ; Eriksson, J.G. ; Esko, T. ; Feenstra, B. ; Geller, F. ; Gieger, C. ; Giegling, I. ; Gordon, S.D. ; Han, J. ; Hansen, T.F. ; Hartmann, A.M. ; Hayward, C. ; Heikkilä, K. ; Hicks, A.A. ; Hirschhorn, J.N. ; Hottenga, J.J. ; Huffman, J.E. ; Hwang, L.D. ; Ikram, M.A. ; Kaprio, J. ; Kemp, J.P. ; Khaw, K.T. ; Klopp, N. ; Konte, B. ; Kutalik, Z. ; Lahti, J. ; Li, X. ; Loos, R.J.F. ; Luciano, M. ; Magnusson, S.H. ; Mangino, M. ; Marques-Vidal, P.M. ; Martin, N.G. ; McArdle, W.L. ; McCarthy, M.I. ; Medina-Gomez, C. ; Melbye, M. ; Melville, S.A. ; Metspalu, A. ; Milani, L. ; Mooser, V. ; Nelis, M. ; Nyholt, D.R. ; O’Connell, K.S. ; Ophoff, R.A. ; Palmer, C. ; Palotie, A. ; Palviainen, T. ; Paré, G. ; Paternoster, L. ; Peltonen, L. ; Penninx, B.W.J.H. ; Polasek, O. ; Pramstaller, P.P. ; Prokopenko, I. ; Räikkönen, K. ; Ripatti, S. ; Rivadeneira, F. ; Rudan, I. ; Rujescu, D. ; Smit, J.H. ; Smith, G.D. ; Smoller, J.W. ; Soranzo, N. ; Spector, T.D. ; Pourcain, B.S. ; Starr, J.M. ; Stefánsson, H. ; Steinberg, S. ; Teder-Laving, M. ; Thorleifsson, G. ; Stefánsson, K. ; Timpson, N.J. ; Uitterlinden, A.G. ; van Duijn, C.M. ; van Rooij, F.J.A. ; Vink, J.M. ; Vollenweider, P. ; Vuoksimaa, E. ; Waeber, G. ; Wareham, N.J. ; Warrington, N. ; Waterworth, D. ; Werge, T. ; Wichmann, H.-E. ; Widen, E. ; Willemsen, G. ; Wright, A.F. ; Wright, M.J. ; Xu, M. ; Zhao, J.H. ; Kraft, P. ; Hinds, D.A. ; Lindgren, C.M. ; Mägi, R. ; Neale, B.M. ; Evans, D.M ; Medland, S.E.

Genome-wide association study identifies 48 common genetic variants associated with handedness.
Pediatr. Allergy Immunol. 32, 295-304 (2021)

Krautenbacher, N. ; Kabesch, M. ; Horak, E. ; Braun-Fahrländer, C. ; Genuneit, J. ; Boznanski, A. ; von Mutius, E. ; Theis, F.J. ; Fuchs, C. ; Ege, M.J. ; GABRIELA, PASTURE study groups

Asthma in farm children is more determined by genetic polymorphisms and in non-farm children by environmental factors.
Methods Mol. Biol. 2214, 175-187 (2021)

Ancelin, K. ; Miyanari, Y. ; Leroy, O. ; Torres-Padilla, M.E. ; Heard, E.

Mapping of chromosome territories by 3D-chromosome painting during early mouse development.
Glia 69, 165-181 (2021)

Lange Canhos, L. ; Chen, M. ; Falk, S. ; Popper, B. ; Straub, T. ; Götz, M. ; Sirko, S.

Repetitive injury and absence of monocytes promote astrocyte self-renewal and neurological recovery.
Physiol. Rev. 101, 177-211 (2021)

Breunig, C. ; Köferle, A. ; Neuner, A.M. ; Wiesbeck, M. ; Baumann, V. ; Stricker, S.H.

CRISPR-tools for physiology & cell state changes - potential of transcriptional engineering and epigenome editing.
Glycobiology 31, 82-88 (2021)

Sharapov, S.Z. ; Shadrina, A.S. ; Tsepilov, Y.A. ; Elgaeva, E.E. ; Tiys, E.S. ; Feoktistova, S.G. ; Zaytseva, O.O. ; Vučković, F. ; Cuadrat, R. ; Jäger, S. ; Wittenbecher, C. ; Karssen, L.C. ; Timofeeva, M. ; Tillin, T. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Štambuk, T. ; Rudman, N. ; Krištić, J. ; Šimunović, J. ; Momčilović, A. ; Vilaj, M. ; Jurić, J. ; Slana, A. ; Gudelj, I. ; Klarić, T. ; Puljak, L. ; Skelin, A. ; Kadić, A.J. ; Van Zundert, J. ; Chaturvedi, N. ; Campbell, H. ; Dunlop, M. ; Farrington, S.M. ; Doherty, M. ; Dagostino, C. ; Gieger, C. ; Allegri, M. ; Williams, F. ; Schulze, M.B. ; Lauc, G. ; Aulchenko, Y.S.

Replication of fifteen loci involved in human plasma protein N-glycosylation in 4,802 samples from four cohorts.
Mol. Psychiatry 26, 2111–2125 (2021)

de Las Fuentes, L. ; Sung, Y.J. ; Noordam, R. ; Winkler, T. ; Feitosa, M.F. ; Schwander, K. ; Bentley, A.R. ; Brown, M.R. ; Guo, X. ; Manning, A. ; Chasman, D.I. ; Aschard, H. ; Bartz, T.M. ; Bielak, L.F. ; Campbell, A. ; Cheng, C.Y. ; Dorajoo, R. ; Hartwig, F.P. ; Horimoto, A.R.V.R. ; Li, C. ; Li-Gao, R. ; Liu, Y. ; Marten, J. ; Musani, S.K. ; Ntalla, I. ; Rankinen, T. ; Richard, M. ; Sim, X. ; Smith, A.V. ; Tajuddin, S.M. ; Tayo, B.O. ; Vojinovic, D. ; Warren, H.R. ; Xuan, D. ; Alver, M. ; Boissel, M. ; Chai, J.F. ; Chen, X. ; Christensen, K. ; Divers, J. ; Evangelou, E. ; Gao, C. ; Girotto, G. ; Harris, S.E. ; He, M. ; Hsu, F.C. ; Kühnel, B. ; Laguzzi, F. ; Li, X. ; Lyytikäinen, L.P. ; Nolte, I.M. ; Poveda, A. ; Rauramaa, R. ; Riaz, M. ; Rueedi, R. ; Shu, X.O. ; Snieder, H. ; Sofer, T. ; Takeuchi, F. ; Verweij, N. ; Ware, E.B. ; Weiss, S. ; Yanek, L.R. ; Amin, N. ; Arking, D.E. ; Arnett, D.K. ; Bergmann, S. ; Boerwinkle, E. ; Brody, J.A. ; Broeckel, U. ; Brumat, M. ; Burke, G. ; Cabrera, C.P. ; Canouil, M. ; Chee, M.L. ; Chen, Y.I. ; Cocca, M. ; Connell, J. ; de Silva, H.J. ; de Vries, P.S. ; Eiriksdottir, G. ; Faul, J.D. ; Fisher, V. ; Forrester, T. ; Fox, E.F. ; Friedlander, Y. ; Gao, H. ; Gigante, B. ; Giulianini, F. ; Gu, C.C. ; Gu, D. ; Harris, T.B. ; He, J. ; Heikkinen, S. ; Heng, C.K. ; Hunt, S. ; Ikram, M.A. ; Irvin, M.R. ; Kähönen, M. ; Kavousi, M. ; Khor, C.C. ; Kilpeläinen, T.O. ; Koh, W.P. ; Komulainen, P. ; Kraja, A.T. ; Krieger, J.E. ; Langefeld, C.D. ; Li, Y. ; Liang, J. ; Liewald, D.C.M. ; Liu, C.T. ; Liu, J. ; Lohman, K.K. ; Mägi, R. ; McKenzie, C.A. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Milaneschi, Y. ; Milani, L. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Nalls, M.A. ; Nelson, C.P. ; Norris, J.M. ; O'Connell, J. ; Ogunniyi, A. ; Padmanabhan, S. ; Palmer, N.D. ; Pedersen, N.L. ; Perls, T. ; Peters, A. ; Petersmann, A. ; Peyser, P.A. ; Polasek, O. ; Porteous, D.J. ; Raffel, L.J. ; Rice, T.K. ; Rotter, J.I. ; Rudan, I. ; Rueda-Ochoa, O.L. ; Sabanayagam, C. ; Salako, B.L. ; Schreiner, P.J. ; Shikany, J.M. ; Sidney, S.S. ; Sims, M. ; Sitlani, C.M. ; Smith, J.A. ; Starr, J.M. ; Strauch, K. ; Swertz, M.A. ; Teumer, A. ; Tham, Y.C. ; Uitterlinden, A.G. ; Vaidya, D. ; van der Ende, M.Y. ; Waldenberger, M. ; Wang, L. ; Wang, Y.X. ; Wei, W.B. ; Weir, D.R. ; Wen, W. ; Yao, J. ; Yu, B. ; Yu, C. ; Yuan, J.M. ; Zhao, W. ; Zonderman, A.B. ; Becker, D.M. ; Bowden, D.W. ; Deary, I.J. ; Dörr, M. ; Esko, T. ; Freedman, B.I. ; Froguel, P. ; Gasparini, P. ; Gieger, C. ; Jonas, J.B. ; Kammerer, C.M. ; Kato, N. ; Lakka, T.A. ; Leander, K. ; Lehtimäki, T. ; Magnusson, P.K.E. ; Marques-Vidal, P. ; Penninx, B.W.J.H. ; Samani, N.J. ; van der Harst, P. ; Wagenknecht, L.E. ; Wu, T. ; Zheng, W. ; Zhu, X. ; Bouchard, C. ; Cooper, R.S. ; Correa, A. ; Evans, M.K. ; Gudnason, V. ; Hayward, C. ; Horta, B.L. ; Kelly, T.N. ; Kritchevsky, S.B. ; Levy, D. ; Palmas, W.R. ; Pereira, A.C. ; Province, M.M. ; Psaty, B.M. ; Ridker, P.M. ; Rotimi, C.N. ; Tai, E.S. ; van Dam, R.M. ; van Duijn, C.M. ; Wong, T.Y. ; Rice, K. ; Gauderman, W.J. ; Morrison, A.C. ; North, K.E. ; Kardia, S.L.R. ; Caulfield, M.J. ; Elliott, P. ; Munroe, P.B. ; Franks, P.W. ; Rao, D.C. ; Fornage, M.

Gene-educational attainment interactions in a multi-ancestry genome-wide meta-analysis identify novel blood pressure loci.
Addict. Biol. 26:e12855 (2021)

Dugué, P.A. ; Wilson, R. ; Lehne, B. ; Jayasekara, H. ; Wang, X. ; Jung, C.H. ; Joo, J.E. ; Makalic, E. ; Schmidt, D.F. ; Baglietto, L. ; Severi, G. ; Gieger, C. ; Ladwig, K.-H. ; Peters, A. ; Kooner, J.S. ; Southey, M.C. ; English, D.R. ; Waldenberger, M. ; Giles, G.G. ; Milne, R.L.

Alcohol consumption is associated with widespread changes in blood DNA methylation: Analysis of cross-sectional and longitudinal data.
EMBO J. 39:e105725 (2020)

Torres-Padilla, M.E. ; Bredenoord, A.L. ; Jongsma, K.R. ; Lunkes, A. ; Marelli, L. ; Pinheiro, I. ; Testa, G.

Thinking "ethical" when designing an international, cross-disciplinary biomedical research consortium.
Curr. Top. Dev. Biol. 142, 1-66 (2020)

Villalba, A. ; Götz, M. ; Borrell, V.

The regulation of cortical neurogenesis.

Ngo, D. ; Pratte, K.A. ; Flexeder, C. ; Petersen, H. ; Dang, H. ; Ma, Y. ; Keyes, M.J. ; Petersonl, B.D. ; Sitars, V. ; Gillenwater, L.A. ; Xu, H. ; Emson, C. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Graumann, J. ; Jain, D. ; Conomos, M.P. ; Tracy, R.P. ; Guo, X. ; Liu, Y. ; Johnson, W. ; Cornell, E. ; Durda, P. ; Taylor, K.D. ; Papanicolaou, G.J. ; Rich, S.S. ; Rotter, J.I. ; Rennard, S.I. ; Curtis, J.L. ; Woodruff, P. ; Comellas, A.P. ; Silverman, E.K. ; Crapo, J.D. ; Larson, M.G. ; Ramachandran, V.S. ; Wang, T.J. ; Gerszten, R.E. ; O'Connor, G.T. ; Barr, R. ; Couper, D. ; Dupuis, J. ; Manichaikul, A. ; O'Neal, W.K. ; Tesfaigzi, Y. ; Schulz, H. ; Bowler, R.P.

Systemic biomarkers of lung function and FEV1 decline across multiple cohorts.
BMC Public Health 20:1335 (2020)

Radon, K. ; Saathoff, E. ; Pritsch, M. ; Guggenbühl Noller, J.M. ; Kroidl, I. ; Olbrich, L. ; Thiel, V. ; Diefenbach, M. ; Riess, F. ; Förster, F. ; Theis, F.J. ; Wieser, A. ; Hoelscher, M. ; the KoCo19 collaboration group (Hasenauer, J. ; Fuchs, C. ; Castelletti, N. ; Zeggini, E. ; Laxy, M. ; Leidl, R. ; Schwettmann, L.)

Protocol of a population-based prospective COVID-19 cohort study Munich, Germany (KoCo19) (vol 20, 1036, 2020).
In:. 2020. 246-256 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 12265 LNCS)

Sadafi, A. ; Makhro, A. ; Bogdanova, A. ; Navab, N. ; Peng, T. ; Albarqouni, S. ; Marr, C.

Attention based multiple instance learning for classification of blood cell disorders.
STAR Protoc. 1:100228 (2020)

Bheda, P. ; Aguilar-Gómez, D. ; Kukhtevich, I. ; Becker, J. ; Charvin, G. ; Kirmizis, A. ; Schneider, R.

Microfluidics for single-cell lineage tracking over time to characterize transmission of phenotypes in Saccharomyces cerevisiae.
Cell Syst. 11, 653-662.e8 (2020)

Schuh, L. ; Loos, C. ; Pokrovsky, D. ; Imhof, A. ; Rupp, R.A.W. ; Marr, C.

H4K20 methylation is differently regulated by dilution and demethylation in proliferating and cell-cycle-arrested xenopus embryos.
In:. 2020. 174-183 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 12265 LNCS)

Peng, T. ; Lamm, L. ; Loeffler, D. ; Ahmed, N. ; Navab, N. ; Schroeder, T. ; Marr, C.

Background and illumination correction for time-lapse microscopy data with correlated foreground.
Nucleic Acids Res. 48, 11335-11346 (2020)

Chlis, N.-K. ; Rausch, L. ; Brocker, T. ; Kranich, J. ; Theis, F.J.

Predicting single-cell gene expression profiles of imaging flow cytometry data with machine learning.
Bioinformatics 36, 2, i610-i617 (2020)

Lotfollahi, M. ; Naghipourfar, M. ; Theis, F.J. ; Wolf, F.A.

Conditional out-of-distribution generation for unpaired data using transfer VAE.
Front. Immunol. 11:606338 (2020)

Ruschil, C. ; Gabernet, G. ; Lepennetier, G. ; Heumos, S. ; Kaminski, M. ; Hracsko, Z. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Ziemann, U. ; Nahnsen, S. ; Owens, G.P. ; Bennett, J.L. ; Hemmer, B. ; Kowarik, M.C.

Specific induction of double negative B cells during protective and pathogenic immune responses.
In:. 2020. 455-462 (Acta Hortic. ; 1297)

Jamshidnia, M. ; Kazemitabar, S.K. ; Lindermayr, C. ; Najafi Zarini, H.

Transformation of Nicotiana tabacum using the herbicide resistance bar gene as a selectable marker.
Annu. Rev. Genet. 54, 167-187 (2020)

Fiorentino, J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Scialdone, A.

Measuring and modeling single-cell heterogeneity and fate decision in mouse embryos.
Nature 588, 466-472 (2020)

Litviňuková, M. ; Talavera-López, C. ; Maatz, H. ; Reichart, D. ; Worth, C.L. ; Lindberg, E.L. ; Kanda, M. ; Polanski, K. ; Heinig, M. ; Lee, M. ; Nadelmann, E.R. ; Roberts, K. ; Tuck, L. ; Fasouli, E.S. ; DeLaughter, D.M. ; McDonough, B. ; Wakimoto, H. ; Gorham, J.M. ; Samari, S. ; Mahbubani, K.T. ; Saeb-Parsy, K. ; Patone, G. ; Boyle, J.J. ; Zhang, H. ; Viveiros, A. ; Oudit, G.Y. ; Bayraktar, O.A. ; Seidman, J.G. ; Seidman, C.E. ; Noseda, M. ; Hubner, N. ; Teichmann, S.A.

Cells of the adult human heart.
Tumordiagnos. Ther. 41, 666-668 (2020)

Matek, C. ; Spiekermann, K. ; Marr, C.

Zytomorphologische Diagnostik mithilfe von künstlicher Intelligenz (KI).

Kranich, J. ; Chlis, N.-K. ; Rausch, L. ; Latha, A. ; Schifferer, M. ; Kurz, T. ; Foltyn-Arfa Kia, A. ; Simons, M. ; Theis, F.J. ; Brocker, T.

In vivo identification of apoptotic and extracellular vesicle-bound live cells using image-based deep learning.
Photoacoustics 20:100203 (2020)

Chlis, N.-K. ; Karlas, A. ; Fasoula, N.-A. ; Kallmayer, M. ; Eckstein, H.H. ; Theis, F.J. ; Ntziachristos, V. ; Marr, C.

A sparse deep learning approach for automatic segmentation of human vasculature in multispectral optoacoustic tomography.
Lect. Notes Comput. Sc. 12396 LNCS, 105-114 (2020)

Ansari, M. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.

Learning Tn5 sequence bias from ATAC-seq on naked chromatin.
Nucleic Acids Res. 48, 11394-11407 (2020)

Monteagudo-Sánchez, A. ; Hernandez Mora, J.R. ; Simon, C. ; Burton, A. ; Tenorio, J. ; Lapunzina, P. ; Clark, S. ; Esteller, M. ; Kelsey, G. ; López-Siguero, J.P. ; de Nanclares, G.P. ; Torres-Padilla, M.E. ; Monk, D.

The role of ZFP57 and additional KRAB-zinc finger proteins in the maintenance of human imprinted methylation and multi-locus imprinting disturbances.
Genome Biol. 21:259 (2020)

Hofmeister, B.T. ; Denkena, J. ; Colomé-Tatché, M. ; Shahryary, Y. ; Hazarika, R. ; Grimwood, J. ; Mamidi, S. ; Jenkins, J. ; Grabowski, P.P. ; Sreedasyam, A. ; Shu, S. ; Barry, K. ; Lail, K. ; Adam, C. ; Lipzen, A. ; Sorek, R. ; Kudrna, D. ; Talag, J. ; Wing, R. ; Hall, D.W. ; Jacobsen, D. ; Tuskan, G.A. ; Schmutz, J. ; Johannes, F. ; Schmitz, R.J.

A genome assembly and the somatic genetic and epigenetic mutation rate in a wild long-lived perennial Populus trichocarpa.
Genome Biol. 21:33023650 (2020)

Shahryary, Y. ; Symeonidi, A. ; Hazarika, R.R. ; Denkena, J. ; Mubeen, T. ; Hofmeister, B. ; Van Gurp, T. ; Colomé-Tatché, M. ; Verhoeven, K.J.F. ; Tuskan, G. ; Schmitz, R.J. ; Johannes, F.

AlphaBeta: Computational inference of epimutation rates and spectra from high-throughput DNA methylation data in plants.
iScience 23:101601 (2020)

Fischer, C.A, ; Besora-Casals, L. ; Rolland, S.G. ; Haeussler, S. ; Singh, K. ; Duchen, M. ; Conradt, B. ; Marr, C.

MitoSegNet: Easy-to-use deep learning segmentation for analyzing mitochondrial morphology.

Jiang, D. ; Christ, S. ; Correa-Gallegos, D. ; Ramesh, P. ; Kalgudde Gopal, S. ; Wannemacher, J. ; Mayr, C. ; Lupperger, V. ; Yu, Q. ; Ye, H. ; Mück-Häusl, M. ; Rajendran, V. ; Wan, L. ; Liu, J. ; Mirastschijski, U. ; Volz, T. ; Marr, C. ; Schiller, H. B. ; Rinkevich, Y.

Injury triggers fascia fibroblast collective cell migration to drive scar formation through N-cadherin.
Nat. Mach. Intell. 2, 719-726 (2020)

Holmberg, O. ; Köhler, N. ; Martins, T. ; Siedlecki, J. ; Herold, T. ; Keidel, L. ; Asani, B. ; Schiefelbein, J. ; Priglinger, S. ; Kortuem, K.U. ; Theis, F.J.

Self-supervised retinal thickness prediction enables deep learning from unlabelled data to boost classification of diabetic retinopathy.
Nature 588, 151–156 (2020)

Conlon, T.M. ; John-Schuster, G. ; Heide, D. ; Pfister, D. ; Lehmann, M. ; Hu, Y. ; Ertüz, Z. ; López, M.A. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Mayr, C. ; Ciminieri, C. ; Costa, R. ; Kohlhepp, M.S. ; Guillot, A. ; Güneş, G. ; Jeridi, A. ; Funk, M.C. ; Beroshvili, G. ; Prokosch, S. ; Hetzer, J. ; Verleden, S.E. ; Alsafadi, H.N. ; Lindner, M. ; Burgstaller, G. ; Becker, L. ; Irmler, M. ; Dudek, M. ; Janzen, J. ; Goffin, E. ; Gosens, R. ; Knolle, P. ; Pirotte, B. ; Stöger, T. ; Beckers, J. ; Wagner, D.E. ; Singh, I. ; Theis, F.J. ; Hrabě de Angelis, M. ; O’Connor, T. ; Tacke, F. ; Boutros, M. ; Dejardin, E. ; Eickelberg, O. ; Schiller, H. B. ; Königshoff, M. ; Heikenwalder, M. ; Yildirim, A.Ö.

Inhibition of LTβR signalling activates WNT-induced regeneration in lung.
Nat. Genet. 52, 1151-1157 (2020)

Szabo, Q. ; Donjon, A. ; Jerković, I. ; Papadopoulos, G.L. ; Cheutin, T. ; Bonev, B. ; Nora, E.P. ; Bruneau, B.G. ; Bantignies, F. ; Cavalli, G.

Regulation of single-cell genome organization into TADs and chromatin nanodomains.
Adv. Mater. 32:e2003913 (2020)

Kokot, H. ; Kokot, B. ; Sebastijanović, A. ; Voss, C. ; Podlipec, R. ; Zawilska, P. ; Berthing, T. ; Ballester-Lopez, C. ; Danielsen, P.H. ; Contini, C. ; Ivanov, M. ; Krišelj, A. ; Čotar, P. ; Zhou, Q. ; Ponti, J. ; Zhernovkov, V. ; Schneemilch, M. ; Doumandji, Z. ; Pušnik, M. ; Umek, P. ; Pajk, S. ; Joubert, O. ; Schmid, O. ; Urbančič, I. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Lobaskin, V. ; Halappanavar, S. ; Quirke, N. ; Lyubartsev, A.P. ; Vogel, U. ; Koklič, T. ; Stöger, T. ; Štrancar, J.

Prediction of chronic inflammation for inhaled particles: The impact of material cycling and quarantining in the lung epithelium.

Nouri, P. ; Götz, S. ; Rauser, B. ; Irmler, M. ; Peng, C. ; Trümbach, D. ; Kempny, C. ; Lechermeier, C.G. ; Bryniok, A. ; Dlugos, A. ; Euchner, E. ; Beckers, J. ; Brodski, C. ; Klümper, C. ; Wurst, W. ; Prakash, N.

Dose-dependent and subset-specific regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation by LEF1-mediated WNT1/b-catenin signaling.

Chhabra, N.F. ; Amarie, O.V. ; Wu, M. ; Amend, A.-L. ; Rubey, M. ; Gradinger, D. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Rathkolb, B. ; Wolf, E. ; Feuchtinger, A. ; Huypens, P. ; Teperino, R. ; Rozman, J. ; Przemeck, G.K.H. ; Hrabě de Angelis, M.

PAX6 mutation alters circadian rhythm and beta cell function in mice without affecting glucose tolerance.
Front. Plant Sci. 11:549913 (2020)

Zhang, J. ; Ghirardo, A. ; Gori, A. ; Albert, A. ; Buegger, F. ; Pace, R. ; Georgii, E. ; Grote, R. ; Schnitzler, J.-P. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.

Improving air quality by nitric oxide consumption of climate-resilient trees suitable for urban greening.
Nature 587, 377–386 (2020)

Rajewsky, N. ; Almouzni, G. ; Gorski, S.A. ; Aerts, S. ; Amit, I. ; Bertero, M.G. ; Bock, C. ; Bredenoord, A.L. ; Cavalli, G. ; Chiocca, S. ; Clevers, H. ; de Strooper, B. ; Eggert, A. ; Ellenberg, J. ; Fernández, X.M. ; Figlerowicz, M. ; Gasser, S.M. ; Hubner, N. ; Kjems, J. ; Knoblich, J.A. ; Krabbe, G. ; Lichter, P. ; Linnarsson, S. ; Marine, J.C. ; Marioni, J. ; Marti-Renom, M.A. ; Netea, M.G. ; Nickel, D. ; Nollmann, M. ; Novak, H.R. ; Parkinson, H. ; Piccolo, S. ; Pinheiro, I. ; Pombo, A. ; Popp, C. ; Reik, W. ; Roman-Roman, S. ; Rosenstiel, P. ; Schultze, J.L. ; Stegle, O. ; Tanay, A. ; Testa, G. ; Thanos, D. ; Theis, F.J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Valencia, A. ; Vallot, C. ; van Oudenaarden, A. ; Vidal, M. ; Voet, T. ; LifeTime Community (Schiller, H. B.) ; LifeTime Community (Ziegler, A.-G.)

LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine.
Sci. Adv. 6:eaaz4551 (2020)

Ignatova, V.V. ; Kaiser, S. ; Ho, J.S.Y. ; Bing, X. ; Stolz, P. ; Tan, Y.X. ; Lee, C.L. ; Gay, F.P.H. ; Lastres, P.R. ; Gerlini, R. ; Rathkolb, B. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Sanz-Moreno, A. ; Klein-Rodewald, T. ; Calzada-Wack, J. ; Ibragimov, E. ; Valenta, M. ; Lukauskas, S. ; Pavesi, A. ; Marschall, S. ; Leuchtenberger, S. ; Fuchs, H. ; Gailus-Durner, V. ; Hrabě de Angelis, M. ; Bultmann, S. ; Rando, O.J. ; Guccione, E. ; Kellner, S.M. ; Schneider, R.

METTL6 is a tRNA m3C methyltransferase that regulates pluripotency and tumor cell growth.
Int. J. Cancer 147, 3523-3538 (2020)

Bogner, E.-M. ; Daly, A.F. ; Gulde, S. ; Karhu, A. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Mohr, H. ; Beckers, A. ; Pellegata, N.S.

miR-34a is upregulated in AIP-mutated somatotropinomas and promotes octreotide resistance.
Glia 69, 346-361 (2020)

Götz, S. ; Bribian, A. ; López-Mascaraque, L. ; Götz, M. ; Grothe, B. ; Kunz, L.

Heterogeneity of astrocytes: Electrophysiological properties of juxtavascular astrocytes before and after brain injury.
Mol. Syst. Biol. 16:e9416 (2020)

Fischer, D.S. ; Wu, Y. ; Schubert, B. ; Theis, F.J.

Predicting antigen specificity of single T cells based on TCR CDR3 regions.
Diabetes 69, 2756-2765 (2020)

Huang, J. ; Huth, C. ; Covic, M. ; Troll, M. ; Adam, J. ; Zukunft, S. ; Prehn, C. ; Wang, L. ; Nano, J. ; Scheerer, M.F. ; Neschen, S. ; Kastenmüller, G. ; Suhre, K. ; Laxy, M. ; Schliess, F. ; Gieger, C. ; Adamski, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Machine learning approaches reveal metabolic signatures of incident chronic kidney disease in individuals with prediabetes and type 2 diabetes.
R. Soc. Open Sci. 7:200701 (2020)

Heni, M. ; Eckstein, S.S. ; Schittenhelm, J. ; Böhm, A. ; Hogrefe, N. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Häring, H.-U. ; Fritsche, A. ; Staiger, H.

Ectopic fat accumulation in human astrocytes impairs insulin action.
Diabetes 69, 2766-2778 (2020)

Elhadad, M.A. ; Jonasson, C. ; Huth, C. ; Wilson, R. ; Gieger, C. ; Matias-Garcia, P.R. ; Grallert, H. ; Graumann, J. ; Gailus-Durner, V. ; Rathmann, W. ; von Toerne, C. ; Hauck, S.M. ; Koenig, W. ; Sinner, M.F. ; Oprea, T.I. ; Suhre, K. ; Thorand, B. ; Hveem, K. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.

Deciphering the plasma proteome of type 2 diabetes.
Curr. Genet. 66, 1029–1035 (2020)

Bheda, P. ; Kirmizis, A. ; Schneider, R.

The past determines the future: Sugar source history and transcriptional memory.

Strunz, M. ; Simon, L. ; Ansari, M. ; Kathiriya, J.J. ; Angelidis, I. ; Mayr, C. ; Tsidiridis, G. ; Lange, M. ; Mattner, L. ; Yee, M. ; Ogar, P. ; Sengupta, A. ; Kukhtevich, I. ; Schneider, R. ; Zhao, Z. ; Voss, C. ; Stöger, T. ; Neumann, J.H.L. ; Hilgendorff, A. ; Behr, J. ; O'Reilly, M. ; Lehmann, M. ; Burgstaller, G. ; Königshoff, M. ; Chapman, H.A. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.

Alveolar regeneration through a Krt8+transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis.
Ann. Neurol. 88, 736-746 (2020)

Tiedt, S. ; Brandmaier, S. ; Kollmeier, H. ; Duering, M. ; Artati, A. ; Adamski, J. ; Klein, M. ; Liebig, T. ; Holdt, L.M. ; Teupser, D. ; Wang-Sattler, R. ; Schwedhelm, E. ; Gieger, C. ; Dichgans, M.

Circulating metabolites differentiate acute ischemic stroke from stroke mimics.
Nat. Biotechnol. 38, 1408–1414 (2020)

Bergen, V. ; Lange, M. ; Peidli, S. ; Wolf, F.A. ; Theis, F.J.

Generalizing RNA velocity to transient cell states through dynamical modeling.
Aging 12, 15222-15259 (2020)

Štambuk, J. ; Nakić, N. ; Vučković, F. ; Pučić-Baković, M. ; Razdorov, G. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Novokmet, M. ; Keser, T. ; Vilaj, M. ; Štambuk, T. ; Gudelj, I. ; Šimurina, M. ; Song, M. ; Wang, H. ; Salihović, M.P. ; Campbell, H. ; Rudan, I. ; Kolčić, I. ; Eller, L.A. ; McKeigue, P. ; Robb, M.L. ; Halfvarson, J. ; Kurtoglu, M. ; Annese, V. ; Škarić-Jurić, T. ; Molokhia, M. ; Polašek, O. ; Hayward, C. ; Kibuuka, H. ; Thaqi, K. ; Primorac, D. ; Gieger, C. ; Nitayaphan, S. ; Spector, T. ; Wang, Y. ; Tillin, T. ; Chaturvedi, N. ; Wilson, J.F. ; Schanfield, M. ; Filipenko, M. ; Wang, W. ; Lauc, G.

Global variability of the human IgG glycome.

Moll, M. ; Sakornsakolpat, P. ; Shrine, N. ; Hobbs, B.D. ; DeMeo, D.L. ; John, C. ; Guyatt, A.L. ; McGeachie, M.J. ; Gharib, S.A. ; Obeidat, M. ; Lahousse, L. ; Wijnant, S.R.A. ; Brusselle, G. ; Meyers, D.A. ; Bleecker, E.R. ; Li, X. ; Tal-Singer, R. ; Manichaikul, A. ; Rich, S.S. ; Won, S. ; Kim, W.J. ; Do, A.R. ; Washko, G.R. ; Barr, R.G. ; Psaty, B.M. ; Bartz, T.M. ; Hansel, N.N. ; Barnes, K. ; Hokanson, J.E. ; Crapo, J.D. ; Lynch, D. ; Bakke, P. ; Gulsvik, A. ; Hall, I.P. ; Wain, L. ; Soler Artigas, M. ; Jackson, V.E. ; Strachan, D.P. ; Hui, J. ; James, A.L. ; Kerr, S.M. ; Polasek, O. ; Vitart, V. ; Marten, J. ; Rudan, I. ; Kähönen, M. ; Surakka, I. ; SpiroMeta Consortium (Gieger, C. ; Karrasch, S. ; Rawal, R. ; Schulz, H. ; Zeggini, E.) ; Deary, I.J. ; Harris, SE. ; Enroth, S. ; Gyllensten, U. ; Imboden, M. ; Probst-Hensch, N ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Langenberg, C. ; Luan, J. ; Wareham, N. ; Zhao, J.H. ; Hayward, C. ; Murray, A. ; Porteous, D.J. ; Smith, B.H. ; Jarvelin, M.R. ; Wielscher, M. ; Joshi, P.K. ; Kentistou, K.A. ; Timmers, P.R. ; Wilson, J.F. ; Cook, J.P. ; Lind, L. ; Mahajan, A. ; Morris, A.P. ; Ewert, R. ; Homuth, G. ; Stubbe, B. ; Weiss, S. ; Weiss, S.T. ; Silverman, E.K. ; Dudbridge, F. ; Tobin, M.D. ; Cho, M.H.

Chronic obstructive pulmonary disease and related phenotypes: Polygenic risk scores in population-based and case-control cohorts.
J. Clin. Invest. 130, 6093-6108 (2020)

Schriever, S.C. ; Kabra, D.G. ; Pfuhlmann, K. ; Baumann, P. ; Baumgart, E.V. ; Nagler, J. ; Seebacher, F. ; Harrison, L. ; Irmler, M. ; Kullmann, S. ; Corrêa-da-Silva, F. ; Giesert, F. ; Jain, R. ; Schug, H. ; Castel, J. ; Martinez, S. ; Wu, M. ; Häring, H.-U. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J. ; Müller, T.D. ; Stemmer, K. ; Wurst, W. ; Rozman, J. ; Nogueiras, R. ; de Angelis, M. ; Molkentin, J.D. ; Krahmer, N. ; Yi, C.-X. ; Schmidt, M.V. ; Luquet, S. ; Heni, M. ; Tschöp, M.H. ; Pfluger, P.T.

Type 2 diabetes risk gene Dusp8 regulates hypothalamic Jnk signaling and insulin sensitivity.
Nat. Cell Biol. 22, 767-778 (2020)

Burton, A. ; Brochard, V. ; Galan, C. ; Ruiz-Morales, E.R. ; Rovira, Q. ; Rodriguez-Terrones, D. ; Kruse, K. ; Le Gras, S. ; Udayakumar, V.S. ; Chin, H.G. ; Eid, A. ; Liu, X. ; Wang, C. ; Gao, S. ; Pradhan, S. ; Vaquerizas, J.M. ; Beaujean, N. ; Jenuwein, T. ; Torres-Padilla, M.E.

Heterochromatin establishment during early mammalian development is regulated by pericentromeric RNA and characterized by non-repressive H3K9me3.
Mamm. Genome, DOI: 10.1007/s00335-020-09843-3 (2020)

Beckers, J. ; Teperino, R. ; Hérault, Y. ; Hrabě de Angelis, M.

Introduction to mammalian genome special issue: Epigenetics.
Curr. Opin. Genet. Dev. 64, 26-30 (2020)

Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Torres-Padilla, M.E.

A cell in hand is worth two in the embryo: Recent advances in 2-cell like cell reprogramming.

Esgleas Izquierdo, M. ; Falk, S. ; Forné, I. ; Thiry, M. ; Najas, S. ; Zhang, S. ; Mas-Sanchez, A. ; Geerlof, A. ; Niessing, D. ; Wang, Z. ; Imhof, A. ; Götz, M.

Trnp1 organizes diverse nuclear membrane-less compartments in neural stem cells.

Haimerl, P. ; Bernhardt, U. ; Schindela, S. ; Henkel, F. ; Lechner, A. ; Zissler, U.M. ; Pastor, X. ; Thomas, D. ; Cecil, A. ; Ge, Y. ; Haid, M. ; Prehn, C. ; Tokarz, J. ; Heinig, M. ; Adamski, J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Chaker, A. ; Esser-von Bieren, J.

Inflammatory macrophage memory in nonsteroidal anti-inflammatory drug–exacerbated respiratory disease.
Nucleic Acids Res. 48, 8393-8407 (2020)

Escoter Torres, L. ; Greulich, F. ; Quagliarini, F. ; Wierer, M. ; Uhlenhaut, N.H.

Anti-inflammatory functions of the glucocorticoid receptor require DNA binding.
BMC Public Health 20:1036 (2020)

Radon, K. ; Saathoff, E. ; Pritsch, M. ; Guggenbühl Noller, J.M. ; Kroidl, I. ; Olbrich, L. ; Thiel, V. ; Diefenbach, M. ; Riess, F. ; Förster, F. ; Theis, F.J. ; Wieser, A. ; Hoelscher, M. ; the KoCo19 collaboration group (Hasenauer, J. ; Castelletti, N. ; Zeggini, E. ; Laxy, M. ; Leidl, R. ; Schwettmann, L.) ; the KoCo19 collaboration group (Fuchs, C.)

Protocol of a population-based prospective COVID-19 cohort study Munich, Germany (KoCo19).

Huang, S.S.Y. ; Makhlouf, M. ; AbouMoussa, E.H. ; Ruiz Tejada Segura, M.L. ; Mathew, L.S. ; Wang, K. ; Leung, M.C. ; Chaussabel, D. ; Logan, D.W. ; Scialdone, A. ; Garand, M. ; Saraiva, L.R.

Differential regulation of the immune system in a brain-liver-fats organ network during short-term fasting.
Comp. Struc. Biotech. J. 18, 1330-1341 (2020)

Höllbacher, B. ; Balazs, K. ; Heinig, M. ; Uhlenhaut, N.H.

Seq-ing answers: Current data integration approaches to uncover mechanisms of transcriptional regulation.
Nature 582, 592–596 (2020)

Müller, J.B. ; Geyer, P.E. ; Colaço, A.R. ; Treit, P.V. ; Strauss, M.T. ; Oroshi, M. ; Doll, S. ; Virreira Winter, S. ; Bader, J.M. ; Koehler, N. ; Theis, F.J. ; Santos, A. ; Mann, M.

The proteome landscape of the kingdoms of life.

Fischer, A. ; Koopmans, T. ; Ramesh, P. ; Christ, S. ; Strunz, M. ; Wannemacher, J. ; Aichler, M. ; Feuchtinger, A. ; Walch, A.K. ; Ansari, M. ; Theis, F.J. ; Schorpp, K.K. ; Hadian, K. ; Neumann, P.A. ; Schiller, H. B. ; Rinkevich, Y.

Post-surgical adhesions are triggered by calcium-dependent membrane bridges between mesothelial surfaces.

Ihantola, T. ; Di Bucchianico, S. ; Happo, M. ; Uski, O. ; Bauer, S. ; Kuuspalo, K. ; Sippula, O. ; Tissari, J. ; Oeder, S. ; Hartikainen, A. ; Rönkkö, T.J. ; Martikainen, M.-V. ; Huttunen, K. ; Vertiainen, P. ; Suhonen, H. ; Kortelainen, M. ; Lamberg, H. ; Leskinen, A. ; Sklorz, M. ; Michalke, B. ; Dilger, M. ; Weiss, C. ; Dittmar, G. ; Beckers, J. ; Irmler, M. ; Buters, J.T.M. ; Cadeias, J. ; Czech, H. ; Yli-Pirilä, P. ; Abbaszade, G. ; Jakobi, G. ; Orasche, J. ; Schnelle-Kreis, J. ; Kanashova, T. ; Karg, E.W. ; Streibel, T. ; Passig, G. ; Hakkarainen, H. ; Jokiniemi, J. ; Zimmermann, R. ; Hirvonen, M.-R. ; Jalava, P.I.

Influence of wood species on toxicity of log-wood stove combustion aerosols: A parallel animal and air-liquid interface cell exposure study on spruce and pine smoke.

Kukhtevich, I. ; Lohrberg, N. ; Padovani, F. ; Schneider, R. ; Schmoller, K.M.

Cell size sets the diameter of the budding yeast contractile ring.
Mol. Cell 78, 915-925 (2020)

Bheda, P. ; Aguilar-Gomez, D. ; Becker, N.B. ; Becker, J. ; Stavrou, E. ; Kukhtevich, I. ; Höfer, T. ; Maerkl, S. ; Charvin, G. ; Marr, C. ; Kirmizis, A. ; Schneider, R.

Single-cell tracing dissects regulation of maintenance and inheritance of transcriptional reinduction memory.
New Phytol. 227, 1319-1325 (2020)

Gupta, K.J. ; Kolbert, Z. ; Durner, J. ; Lindermayr, C. ; Corpas, F.J. ; Brouquisse, R. ; Barroso, J.B. ; Umbreen, S. ; Palma, J.M. ; Hancock, J.T. ; Petrivalsky, M. ; Wendehenne, D. ; Loake, G.J.

Regulating the regulator: Nitric oxide control of post-translational modifications.
Front. Genet. 11:450 (2020)

Ummethum, H. ; Hamperl, S.

Proximity labeling techniques to study chromatin.
In: Bildverarbeitung für die Medizin 2020. 2020. 53-54 (Inf. aktuell)

Matek, C. ; Schwarz, S. ; Spiekermann, K. ; Marr, C.

Abstract: Recognition of AML blast cells in a curated single-cell dataset of leukocyte morphologies using deep convolutional neural networks.
Cell 181, 1016-1035 (2020)

Ziegler, C.G.K. ; Allon, S.J. ; Nyquist, S.K. ; Mbano, I.M. ; Miao, V.N. ; Tzouanas, C.N. ; Cao, Y. ; Yousif, A.S. ; Bals, J. ; Hauser, B.M. ; Feldman, J. ; Muus, C. ; Wadsworth, M.H. ; Kazer, S.W. ; Hughes, T.K. ; Doran, B. ; Gatter, G.J. ; Vukovic, M. ; Taliaferro, F. ; Mead, B.E. ; Guo, Z. ; Wang, J.P. ; Gras, D. ; Plaisant, M. ; Ansari, M. ; Angelidis, I. ; Adler, H. ; Sucre, J.M.S. ; Taylor, C.J. ; Lin, B. ; Waghray, A. ; Mitsialis, V. ; Dwyer, D.F. ; Buchheit, K.M. ; Boyce, J.A. ; Barrett, N.A. ; Laidlaw, T.M. ; Carroll, S.L. ; Colonna, L. ; Tkachev, V. ; Peterson, C.W. ; Yu, A. ; Zheng, H.B. ; Gideon, H.P. ; Winchell, C.G. ; Lin, P.L. ; Bingle, C.D. ; Snapper, S.B. ; Kropski, J.A. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B. ; Zaragosi, L.E. ; Barbry, P. ; Leslie, A. ; Kiem, H.P. ; Flynn, J.L. ; Fortune, S.M. ; Berger, B. ; Finberg, R.W. ; Kean, L.S. ; Garber, M. ; Schmidt, A.G. ; Lingwood, D. ; Shalek, A.K. ; Ordovas-Montanes, J.

SARS-CoV-2 receptor ACE2 is an interferon-stimulated gene in human airway epithelial cells and is detected in specific cell subsets across tissues.
Curr. Opin. Pharmacol. 53, 35-44 (2020)

Syed, A.P. ; Greulich, F. ; Ansari, S.A. ; Uhlenhaut, N.H.

Anti-inflammatory glucocorticoid action: Genomic insights and emerging concepts.
Mol. Metab. 38:100951 (2020)

Lindermayr, C. ; Rudolf, E.E. ; Durner, J. ; Groth, M.

Interactions between metabolism and chromatin in plant models.
Cell 181, 1189-1193 (2020)

Zeggini, E. ; Baumann, M. ; Götz, M. ; Herzig, S. ; Hrabě de Angelis, M. ; Tschöp, M.H.

Biomedical research goes viral: Dangers and opportunities.

Fischer, K. ; Fenzl, A. ; Liu, D. ; Dyar, K.A. ; Kleinert, M. ; Brielmeier, M. ; Clemmensen, C. ; Fedl, A. ; Finan, B. ; Gessner, A. ; Jastroch, M. ; Huang, J. ; Keipert, S. ; Klingenspor, M. ; Brüning, J.C. ; Kneilling, M. ; Maier, F.C. ; Othman, A.E. ; Pichler, B.J. ; Pramme-Steinwachs, I. ; Sachs, S. ; Scheideler, A. ; Thaiss, W.M. ; Uhlenhaut, N.H. ; Ussar, S. ; Woods, S.C. ; Zorn, J. ; Stemmer, K. ; Collins, S. ; Diaz-Meco, M. ; Moscat, J. ; Tschöp, M.H. ; Müller, T.D.

The scaffold protein p62 regulates adaptive thermogenesis through ATF2 nuclear target activation.
Acta Physiol. 230:e13496 (2020)

Solagna, F. ; Nogara, L. ; Dyar, K.A. ; Greulich, F. ; Mir, A.A. ; Türk, C. ; Bock, T. ; Geremia, A. ; Baraldo, M. ; Sartori, R. ; Farup, J. ; Uhlenhaut, N.H. ; Vissing, K. ; Krüger, M. ; Blaauw, B.

Exercise-dependent increases in protein synthesis are accompanied by chromatin modifications and increased MRTF-SRF signalling.
Cell Syst. 10, 363-378.e12 (2020)

Schuh, L. ; Saint-Antoine, M. ; Sanford, E.M. ; Emert, B.L. ; Singh, A. ; Marr, C. ; Raj, A. ; Goyal, Y.

Gene networks with transcriptional bursting recapitulate rare transient coordinated high expression states in cancer.
EMBO Mol. Med. 12:e11419 (2020)

Di Matteo, F. ; Pipicelli, F. ; Kyrousi, C. ; Tovecci, I. ; Penna, E. ; Crispino, M. ; Chambery, A. ; Russo, R. ; Ayo-Martin, A.C. ; Giordano, M. ; Hoffmann, A. ; Ciusani, E. ; Canafoglia, L. ; Götz, M. ; Di Giaimo, R. ; Cappello, S.

Cystatin B is essential for proliferation and interneuron migration in individuals with EPM1 epilepsy.
Nat. Med. 26, 681–687 (2020)

Sungnak, W. ; Huang, N. ; Bécavin, C. ; Berg, M. ; Queen, R. ; Litvinukova, M. ; Talavera-López, C. ; Maatz, H. ; Reichart, D. ; Sampaziotis, F. ; Worlock, K.B. ; Yoshida, M. ; Barnes, J.L. ; HCA Lung Biological Network (Schiller, H. B. ; Theis, F.J.)

SARS-CoV-2 entry factors are highly expressed in nasal epithelial cells together with innate immune genes.
Nat. Metab. 2, 380 (2020)

Sachs, S. ; Bastidas-Ponce, A. ; Tritschler, S. ; Bakhti, M. ; Böttcher, A. ; Sánchez-Garrido, M.A. ; Tarquis Medina, M. ; Kleinert, M. ; Fischer, K. ; Jall, S. ; Harger, A. ; Bader, E. ; Roscioni, S. ; Ussar, S. ; Feuchtinger, A. ; Yesildag, B. ; Neelakandhan, A. ; Jensen, C.B. ; Cornu, M. ; Yang, B. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Tschöp, M.H. ; Theis, F.J. ; Hofmann, S.M. ; Müller, T.D. ; Lickert, H.

Author Correction: Targeted pharmacological therapy restores β-cell function for diabetes remission (Nature Metabolism, (2020), 2, 2, (192-209), 10.1038/s42255-020-0171-3).
Nat. Biotechnol. 38, 1061–1072 (2020)

Mahaddalkar, P.U. ; Scheibner, K. ; Pfluger, S. ; Ansarullah ; Sterr, M. ; Beckenbauer, J. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Knöbel, S. ; Lickert, H.

Generation of pancreatic β cells from CD177+ anterior definitive endoderm.
Wound Repair Regen. 28, A16-A16 (2020)

Jiang, D. ; Ramesh, P. ; Christ, S. ; Correa-Gallegos, D. ; Gopal, S.K. ; Yu, Q. ; Lupperger, V. ; Marr, C. ; Rinkevich, Y.

Scar formation is driven by N-cadherin dependent collective fibroblast migration.
Mamm. Genome 31, 119–133 (2020)

Kaspar, D. ; Hastreiter, S. ; Irmler, M. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J.

Nutrition and its role in epigenetic inheritance of obesity and diabetes across generations.
Curr. Biol. 30, 1142-1151 (2020)

Kozak, E.L. ; Palit, S. ; Miranda Rodriguez, J.R. ; Janjic, A. ; Böttcher, A. ; Lickert, H. ; Enard, W. ; Theis, F.J. ; López-Schier, H.

Epithelial planar bipolarity emerges from Notch-mediated asymmetric inhibition of Emx2.
Genome Biol. 21:31 (2020)

Lähnemann, D. ; Köster, J. ; Szczurek, E. ; McCarthy, D.J. ; Hicks, S.C. ; Robinson, M.D. ; Vallejos, C.A. ; Campbell, K.R. ; Beerenwinkel, N. ; Mahfouz, A. ; Pinello, L. ; Skums, P. ; Stamatakis, A. ; Attolini, C.S.O. ; Aparicio, S. ; Baaijens, J. ; Balvert, M. ; Barbanson, B.d. ; Cappuccio, A. ; Corleone, G. ; Dutilh, B.E. ; Florescu, M. ; Guryev, V. ; Holmer, R. ; Jahn, K. ; Lobo, T.J. ; Keizer, E.M. ; Khatri, I. ; Kielbasa, S.M. ; Korbel, J.O. ; Kozlov, A.M. ; Kuo, T.H. ; Lelieveldt, B.P.F. ; Mandoiu, I.I. ; Marioni, J.C. ; Marschall, T. ; Mölder, F. ; Niknejad, A. ; Raczkowski, L. ; Reinders, M. ; Ridder, J.d. ; Saliba, A.E. ; Somarakis, A. ; Stegle, O. ; Theis, F.J. ; Yang, H. ; Zelikovsky, A. ; McHardy, A.C. ; Raphael, B.J. ; Shah, S.P. ; Schönhuth, A.

Eleven grand challenges in single-cell data science.
Wound Repair Regen. 28, A7-A7 (2020)

Strunz, M. ; Simon, L. ; Ansari, M. ; Mattner, L. ; Angelidis, I. ; Mayr, C. ; Kathiriya, J. ; Yee, M. ; Ogar, P. ; Voss, C. ; Stöger, T. ; Kukhtevich, I. ; Schneider, R. ; Lehmann, M. ; Koenigshoff, M. ; Burgstaller, G. ; O'Reilly, M. ; Chapman, H. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.

Fate trajectory modeling reveals convergence of airway derived progenitors and AT2 cells on transient KRT8+alveolar cell state during lung regeneration.
Philos. Trans. R. Soc. B - Biol. Sci. 375:20190339 (2020)

Torres-Padilla, M.E.

On transposons and totipotency.
eLife 9:e52155 (2020)

van der Wijst, M. ; de Vries, D.H. ; Groot, H.E. ; Trynka, G. ; Hon, C.C. ; Bonder, M.J. ; Stegle, O. ; Nawijn, M.C. ; Idaghdour, Y. ; van der Harst, P. ; Ye, C.J. ; Powell, J. ; Theis, F.J. ; Mahfouz, A. ; Heinig, M. ; Franke, L.

The single-cell eQTLGen consortium.
Mamm. Genome 31, 30-48 (2020)

Kollmus, H. ; Fuchs, H. ; Lengger, C. ; Haselimashhadi, H. ; Bogue, M.A. ; Östereicher, M.A. ; Horsch, M. ; Adler, T. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Amarie, O.V. ; Becker, L. ; Beckers, J. ; Calzada-Wack, J. ; Garrett, L. ; Hans, W. ; Hölter, S.M. ; Klein-Rodewald, T. ; Maier, H. ; Mayer-Kuckuk, P. ; Miller, G. ; Moreth, K. ; Neff, F. ; Rathkolb, B. ; Rácz, I. ; Rozman, J. ; Spielmann, N. ; Treise, I. ; Busch, D.H. ; Graw, J. ; Klopstock, T. ; Wolf, E. ; Wurst, W. ; Yildirim, A.Ö. ; Mason, J. ; Torres, A. ; Balling, R. ; Mehaan, T. ; Gailus-Durner, V. ; Schughart, K. ; Hrabě de Angelis, M.

A comprehensive and comparative phenotypic analysis of the collaborative founder strains identifies new and known phenotypes.
Bioinformatics 36, 4291-4295 (2020)

Angerer, P. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J. ; Scialdone, A. ; Marr, C.

Automatic identification of relevant genes from low-dimensional embeddings of single-cell RNA-seq data.

Ignatova, V.V. ; Stolz, P. ; Kaiser, S. ; Gustafsson, T.H. ; Lastres, P.R. ; Sanz-Moreno, A. ; Cho, Y.-L. ; Amarie, O.V. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Klein-Rodewald, T. ; Calzada-Wack, J. ; Becker, L. ; Marschall, S. ; Kraiger, M. ; Garrett, L. ; Seisenberger, C. ; Hölter, S.M. ; Borland, K. ; Van De Logt, E. ; Jansen, P.W.T.C. ; Baltissen, M.P. ; Valenta, M. ; Vermeulen, M. ; Wurst, W. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Hrabě de Angelis, M. ; Rando, O.J. ; Kellner, S.M. ; Bultmann, S. ; Schneider, R.

The rRNA m6A methyltransferase METTL5 is involved in pluripotency and developmental programs.

Li, C. ; Lotta, L.A. ; Warner, S. ; Albrecht, E. ; Allione, A. ; Arp, P.P. ; Broer, L. ; Buxton, J.L. ; da Silva Couto Alves, A. ; Deelen, J. ; Fedko, I.O. ; Gordon, S.D. ; Jiang, T. ; Karlsson, R. ; Kerrison, N. ; Loe, T.K. ; Mangino, M. ; Milaneschi, Y. ; Miraglio, B. ; Pervjakova, N. ; Russo, A. ; Surakka, I. ; van der Spek, A. ; Verhoeven, J.E. ; Amin, N. ; Beekman, M. ; Blakemore, A.I. ; Canzian, F. ; Hamby, S.E. ; Hottenga, J.J. ; Jones, P.D. ; Jousilahti, P. ; Mägi, R. ; Medland, S.E. ; Montgomery, G.W. ; Nyholt, D.R. ; Perola, M. ; Pietiläinen, K.H. ; Salomaa, V. ; Sillanpää, E. ; Suchiman, H.E. ; van Heemst, D. ; Willemsen, G. ; Agudo, A. ; Boeing, H. ; Boomsma, D.I. ; Chirlaque, M.D. ; Fagherazzi, G. ; Ferrari, P. ; Franks, P. ; Gieger, C. ; Eriksson, J.G. ; Günter, M. ; Hägg, S. ; Hovatta, I. ; Imaz, L. ; Kaprio, J. ; Kaaks, R. ; Key, T. ; Krogh, V. ; Martin, N.G. ; Melander, O. ; Metspalu, A. ; Moreno, C. ; Onland-Moret, N.C. ; Nilsson, P. ; Ong, K.K. ; Overvad, K. ; Palli, D. ; Panico, S. ; Pedersen, N.L. ; Penninx, B.W.J.H. ; Quirós, J.R. ; Jarvelin, M.R. ; Rodríguez-Barranco, M. ; Scott, R.A. ; Severi, G. ; Slagboom, P.E. ; Spector, T.D. ; Tjonneland, A. ; Trichopoulou, A. ; Tumino, R. ; Uitterlinden, A.G. ; van der Schouw, Y.T. ; van Duijn, C.M. ; Weiderpass, E. ; Denchi, E.L. ; Matullo, G. ; Samani, N.J. ; Wareham, N.J. ; Nelson, C.P. ; Langenberg, C. ; Codd, V.

Genome-wide association analysis in humans links nucleotide metabolism to leukocyte telomere length.
Cell Rep. 30, 1223-1234 (2020)

Alabert, C. ; Loos, C. ; Voelker-Albert, M. ; Graziano, S. ; Forné, I. ; Reveron-Gomez, N. ; Schuh, L. ; Hasenauer, J. ; Marr, C. ; Imhof, A. ; Groth, A.

Domain model explains propagation dynamics and stability of histone H3K27 and H3K36 methylation landscapes.
Nature 578, 522-524 (2020)

Masserdotti, G. ; Götz, M.

Turning connective tissue into neurons for 10 years.
Life Sci. All. 3:e201900499 (2020)

Schukken, K.M. ; Lin, Y.-C. ; Bakker, P.L. ; Schubert, M. ; Preuss, S.F. ; Simon, J.E. ; van den Bos, H. ; Storchova, Z. ; Colomé-Tatché, M. ; Bastians, H. ; Spierings, D.C. ; Foijer, F.

Altering microtubule dynamics is synergistically toxic with spindle assembly checkpoint inhibition.
PLoS Comput. Biol. 16:e1007147 (2020)

Raimundez-Alvarez, E. ; Keller, S. ; Ebert, K. ; Hug, S. ; Theis, F.J. ; Maier, D. ; Luber, B. ; Hasenauer, J.

Model-based analysis of response and resistance factors of cetuximab treatment in gastric cancer cell lines.
Diabetes Care 43, 875-884 (2020)

Ochoa-Rosales, C. ; Portilla-Fernandez, E. ; Nano, J. ; Wilson, R. ; Lehne, B. ; Mishra, P.P. ; Gao, X. ; Ghanbari, M. ; Rueda-Ochoa, O.L. ; Juvinao-Quintero, D. ; Loh, M. ; Zhang, W. ; Kooner, J.S. ; Grabe, H.J. ; Felix, S.B. ; Schöttker, B. ; Zhang, Y. ; Gieger, C. ; Müller-Nurasyid, M. ; Heier, M. ; Peters, A. ; Lehtimäki, T. ; Teumer, A. ; Brenner, H. ; Waldenberger, M. ; Ikram, M.A. ; van Meurs, J.B.J. ; Franco, O.H. ; Voortman, T. ; Stricker, B.H. ; Muka, T.

Epigenetic link between statin therapy and type 2 diabetes.
Nat. Plants 6:328 (2020)

Ricci, W.A. ; Lu, Z. ; Ji, L. ; Marand, A.P. ; Ethridge, C.L. ; Murphy, N.G. ; Noshay, J.M. ; Galli, M. ; Mejía-Guerra, M.K. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F. ; Rowley, M.J. ; Corces, V.G. ; Zhai, J. ; Scanlon, M.J. ; Buckler, E.S. ; Gallavotti, A. ; Springer, N.M. ; Schmitz, R.J. ; Zhang, X.

Author Correction: Widespread long-range cis-regulatory elements in the maize genome.
PLoS Comput. Biol. 16:e1007616 (2020)

Knauer-Arloth, J. ; Eraslan, G. ; Andlauer, T.F.M. ; Martins, J. ; Iurato, S. ; Kühnel, B. ; Waldenberger, M. ; Frank, J. ; Gold, R. ; Hemmer, B. ; Luessi, F. ; Nischwitz, S. ; Paul, F. ; Wiendl, H. ; Gieger, C. ; Heilmann-Heimbach, S. ; Kacprowski, T. ; Laudes, M. ; Meitinger, T. ; Peters, A. ; Rawal, R. ; Strauch, K. ; Lucae, S. ; Müller-Myhsok, B. ; Rietschel, M. ; Theis, F.J. ; Binder, E.B. ; Müller, N.S.

DeepWAS: Multivariate genotype-phenotype associations by directly integrating regulatory information using deep learning.
2020 in
In: Beyond Our Genes. 2020. 175-208

Irmler, M. ; Kaspar, D. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J.

The (not so) controversial role of DNA methylation in epigenetic inheritance across generations.
Nat. Metab. 2, 192-209 (2020)

Sachs, S. ; Bastidas-Ponce, A. ; Tritschler, S. ; Bakhti, M. ; Böttcher, A. ; Sánchez-Garrido, M.A. ; Tarquis Medina, M. ; Kleinert, M. ; Fischer, K. ; Jall, S. ; Harger, A. ; Bader, E. ; Roscioni, S. ; Ussar, S. ; Feuchtinger, A. ; Yesildag, B. ; Neelakandhan, A. ; Jensen, C.B. ; Cornu, M. ; Yang, B. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Tschöp, M.H. ; Theis, F.J. ; Hofmann, S.M. ; Müller, T.D. ; Lickert, H.

Targeted pharmacological therapy restores β-cell function for diabetes remission.
PLoS ONE 15:e0227648 (2020)

Matias-Garcia, P.R. ; Wilson, R. ; Mussack, V. ; Reischl, E. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Anton, G. ; Peters, A. ; Kühn-Steven, A.

Impact of long-term storage and freeze-thawing on eight circulating microRNAs in plasma samples.

Zaghlool, S.B. ; Kühnel, B. ; Elhadad, M.A. ; Kader, S. ; Halama, A. ; Thareja, G. ; Engelke, R. ; Sarwath, H. ; Al-Dous, E.K. ; Mohamoud, Y.A. ; Meitinger, T. ; Wilson, R. ; Strauch, K. ; Peters, A. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Graumann, J. ; Malek, J.A. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Suhre, K.

Epigenetics meets proteomics in an epigenome-wide association study with circulating blood plasma protein traits.
Cell Stem Cell 26, 277-293.e8 (2020)

Kjell, J. ; Fischer-Sternjak, J. ; Thompson, A.J. ; Friess, C. ; Sticco, M.J. ; Salinas, F. ; Cox, J. ; Martinelli, D.C. ; Ninkovic, J. ; Franze, K. ; Schiller, H. B. ; Götz, M.

Defining the adult neural stem cell niche proteome identifies key regulators of adult neurogenesis.
Mol. Cell 77, 294-309.e9 (2020)

Boxer, L.D. ; Renthal, W. ; Greben, A.W. ; Whitwam, T. ; Silberfeld, A. ; Stroud, H. ; Li, E. ; Yang, M.G. ; Kinde, B. ; Griffith, E.C. ; Bonev, B. ; Greenberg, M.E.

MeCP2 represses the rate of transcriptional initiation of highly methylated long genes.
EMBO Rep. 21:e48354 (2020)

Rodriguez-Terrones, D. ; Hartleben, G. ; Gaume, X. ; Eid, A. ; Guthmann, M. ; Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Torres-Padilla, M.E.

A distinct metabolic state arises during the emergence of 2-cell-like cells.
Bioinformatics 36, 1260-1261 (2020)

Porubsky, D. ; Sanders, A.D. ; Taudt, A. ; Colomé-Tatché, M. ; Lansdorp, P.M. ; Guryev, V.

breakpointR: An R/Bioconductor package to localize strand state changes in Strand-seq data.
J. Allergy Clin. Immunol. 145, 1208-1218 (2020)

Mucha, S. ; Baurecht, H. ; Novak, N. ; Rodríguez, E. ; Bej, S. ; Mayr, G. ; Emmert, H. ; Stölzl, D. ; Gerdes, S. ; Jung, E.S. ; Degenhardt, F. ; Hübenthal, M. ; Ellinghaus, E. ; Kässens, J.C. ; Wienbrandt, L. ; Lieb, W. ; Müller-Nurasyid, M. ; Hotze, M. ; Dand, N. ; Grosche, S. ; Marenholz, I. ; Arnold, A. ; Homuth, G. ; Schmidt, C.O. ; Wehkamp, U. ; Nöthen, M.M. ; Hoffmann, P. ; Paternoster, L. ; Standl, M. ; Bønnelykke, K. ; Ahluwalia, T.S. ; Bisgaard, H. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Schulz, H. ; Strauch, K. ; Werfel, T. ; Lee, Y.A. ; Wolfien, M. ; Rosenstiel, P. ; Wolkenhauer, O. ; Schreiber, S. ; Franke, A. ; Weidinger, S. ; Ellinghaus, D.

Protein-coding variants contribute to the risk of atopic dermatitis and skin-specific gene expression.
Ann. Neurol. 87, 184-193 (2020)

Tilch, E. ; Schormair, B. ; Zhao, C. ; Salminen, A.V. ; Antic Nikolic, A. ; Holzknecht, E. ; Högl, B. ; Poewe, W. ; Bachmann, C.G. ; Paulus, W. ; Trenkwalder, C. ; Oertel, W.H. ; Hornyak, M. ; Fietze, I. ; Berger, K. ; Lichtner, P. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Müller-Myhsok, B. ; Hoischen, A. ; Winkelmann, J. ; Oexle, K.

Identification of restless legs syndrome genes by mutational load analysis.

Lauffer, F. ; Jargosch, M. ; Baghin, V. ; Krause, L. ; Kempf, W. ; Absmaier-Kijak, M. ; Morelli, M. ; Madonna, S. ; Marsais, F. ; Lepescheux, L. ; Albanesi, C. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Biedermann, T. ; Vandeghinste, N. ; Steidl, S. ; Eyerich, K.

IL-17C amplifies epithelial inflammation in human psoriasis and atopic eczema.
Biochim. Biophys. Acta-Gene Regul. Mech. 1863:194444 (2020)

Schubert, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Foijer, F.

Gene networks in cancer are biased by aneuploidies and sample impurities.
New Phytol. 225, 1828-1834 (2020)

Gupta, K.J. ; Hancock, J.T. ; Petrivalsky, M. ; Kolbert, Z. ; Lindermayr, C. ; Durner, J. ; Barroso, J.B. ; Palma, J.M. ; Brouquisse, R. ; Wendehenne, D. ; Corpas, F.J. ; Loake, G.J.

Recommendations on terminology and experimental best practice associated with plant nitric oxide research.

Riedl, A. ; Wawro, N. ; Gieger, C. ; Meisinger, C. ; Peters, A. ; Rathmann, W. ; Koenig, W. ; Strauch, K. ; Quante, A.S. ; Thorand, B. ; Huth, C. ; Daniel, H. ; Hauner, H. ; Linseisen, J.

Modifying effect of metabotype on diet-diabetes associations.
Thorax 75, 184-187 (2020)

Förster, K. ; Ertl-Wagner, B. ; Ehrhardt, H. ; Busen, H. ; Sass, S. ; Pomschar, A. ; Naehrlich, L. ; Schulze, A. ; Flemmer, A.W. ; Hübener, C. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Dietrich, O. ; Hilgendorff, A.

Altered relaxation times in MRI indicate bronchopulmonary dysplasia.
Brief. Bioinform. 21, 272-281 (2020)

Pitea, A. ; Kondofersky, I. ; Sass, S. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Unger, K.

Copy number aberrations from Affymetrix SNP 6.0 genotyping data-how accurate are commonly used prediction approaches?
2019 in
In: Translational Research Methods in Diabetes, Obesity, and Nonalcoholic Fatty Liver Disease. 2019. 309-347

Grallert, H. ; Marzi, C. ; Hauck, S.M. ; Gieger, C.

Omics: Potential role in early phase drug development.
2019 in
Poster: Intestinal organoids - from stem cells to metabolism and microbiome interactions, 29 September 2019, Kopenhagen. (2019)

Sterr, M. ; Aliluev, A. ; Tritschler, S. ; Cernilogar, F.M. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Schotta, G. ; Böttcher, A. ; Lickert, H.

Gradual pioneer factor expression resolves enteroendocrine lineage recruitment from intestinal stem cells.
Eur. Neuropsychopharmacol. 29, S7-S8 (2019)

Cruceanu, C. ; Dony, L. ; Kontira, A.C. ; Fischer, D.S. ; Roeh, S. ; DiGiaimo, R. ; Cappello, S. ; Theis, F.J. ; Binder, E.B.

Brain organoids as models of the developing human brain: deciphering the molecular signature of prenatal stress.
GigaScience 8:giz162 (2019)

Tsepilov, Y.A. ; Sharapov, S.Z. ; Zaytseva, O.O. ; Krumsiek, J. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Wang-Sattler, R. ; Strauch, K. ; Gieger, C. ; Aulchenko, Y.S.

A network-based conditional genetic association analysis of the human metabolome (vol 7, gij137, 2018).
Glia 67, E689-E690 (2019)

Koupourtidou, C. ; Schwarz, V. ; Sanchez-Gonzalez, R. ; Breunig, C. ; Fischer, J. ; Sirko, S. ; Götz, M. ; Hauck, S.M. ; Stricker, S.H. ; Ninkovic, J.

Tlr2 and Cxcr3 pathways modulate scar formation after traumatic brain injury.
Glia 67, E693-E693 (2019)

Sirko, S. ; Schichor, C. ; Tonn, J.-. ; Götz, M.

Injury-induced plasticity of parenchymal astrocytes in the human cerebral cortex.
Glia 67, E758-E758 (2019)

Bres, E.E. ; Safina, D. ; Mueller, J. ; Esser, A. ; Yang, H. ; Bedner, P. ; Helluy, X. ; Jansen, S. ; Manahan-Vaughan, D. ; Steinhaeuser, C. ; Pietrzik, C.U. ; Götz, M. ; Faissner, A.

Lrp1 loss in radial glia and their progeny - astrocytic dysfunctions contribute to spontaneous epileptogenesis.
J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. 33, 2380-2380 (2019)

Thomas, J. ; Küpper, M. ; Batra, R. ; Jargosch, M. ; Atenhan, A. ; Baghin, V. ; Krause, L. ; Lauffer, F. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Eyerich, K. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Garzorz-Stark, N.

Is the humoral immunity dispensable for the pathogenesis of psoriasis? (vol 33, pg 115, 2019).
Nat. Plants 5, 1237-1249 (2019)

Ricci, W.A. ; Lu, Z. ; Ji, L. ; Marand, A.P. ; Ethridge, C.L. ; Murphy, N.G. ; Noshay, J.M. ; Galli, M. ; Mejía-Guerra, M.K. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F. ; Rowley, M.J. ; Corces, V.G. ; Zhai, J. ; Scanlon, M.J. ; Buckler, E.S. ; Gallavotti, A. ; Springer, N.M. ; Schmitz, R.J. ; Zhang, X.

Widespread long-range cis-regulatory elements in the maize genome.

Noordam, R. ; Bos, M.M. ; Wang, H. ; Winkler, T.W. ; Bentley, A.R. ; Kilpeläinen, T.O. ; de Vries, P.S. ; Sung, Y.J. ; Schwander, K. ; Cade, B.E. ; Manning, A. ; Aschard, H. ; Brown, M.R. ; Chen, H. ; Franceschini, N. ; Musani, S.K. ; Richard, M. ; Vojinovic, D. ; Aslibekyan, S. ; Bartz, T.M. ; de Las Fuentes, L. ; Feitosa, M. ; Horimoto, A.R. ; Ilkov, M. ; Kho, M. ; Kraja, A. ; Li, C. ; Lim, E. ; Liu, Y. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Rankinen, T. ; Tajuddin, S.M. ; van der Spek, A. ; Wang, Z. ; Marten, J. ; Laville, V. ; Alver, M. ; Evangelou, E. ; Graff, M.E. ; He, M. ; Kühnel, B. ; Lyytikäinen, L.P. ; Marques-Vidal, P. ; Nolte, I.M. ; Palmer, N.D. ; Rauramaa, R. ; Shu, X.O. ; Snieder, H. ; Weiss, S. ; Wen, W. ; Yanek, L.R. ; Adolfo, C. ; Ballantyne, C. ; Bielak, L. ; Biermasz, N.R. ; Boerwinkle, E. ; Dimou, N. ; Eiriksdottir, G. ; Gao, C. ; Gharib, S.A. ; Gottlieb, D.J. ; Haba-Rubio, J. ; Harris, T.B. ; Heikkinen, S. ; Heinzer, R. ; Hixson, J.E. ; Homuth, G. ; Ikram, M.A. ; Komulainen, P. ; Krieger, J.E. ; Lee, J. ; Liu, J. ; Lohman, K.K. ; Luik, A.I. ; Mägi, R. ; Martin, L.W. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Milaneschi, Y. ; Nalls, M.A. ; O'Connell, J. ; Peters, A. ; Peyser, P. ; Raitakari, O.T. ; Reiner, A.P. ; Rensen, P.C.N. ; Rice, T.K. ; Rich, S.S. ; Roenneberg, T. ; Rotter, J.I. ; Schreiner, P.J. ; Shikany, J. ; Sidney, S.S. ; Sims, M. ; Sitlani, C.M. ; Sofer, T. ; Strauch, K. ; Swertz, M.A. ; Taylor, K.D. ; Uitterlinden, A.G. ; van Duijn, C.M. ; Völzke, H. ; Waldenberger, M. ; Wallance, R.B. ; van Dijk, K.W. ; Yu, C. ; Zonderman, A.B. ; Becker, D.M. ; Elliott, P. ; Esko, T. ; Gieger, C. ; Grabe, H.J. ; Lakka, T.A. ; Lehtimäki, T. ; North, K.E. ; Penninx, B.W.J.H. ; Vollenweider, P. ; Wagenknecht, L.E. ; Wu, T. ; Xiang, Y.B. ; Zheng, W. ; Arnett, D.K. ; Bouchard, C. ; Evans, M.K. ; Gudnason, V. ; Kardia, S. ; Kelly, T.N. ; Kritchevsky, S.B. ; Loos, R.J.F. ; Pereira, A.C. ; Province, M. ; Psaty, B.M. ; Rotimi, C. ; Zhu, X. ; Amin, N. ; Cupples, L.A. ; Fornage, M. ; Fox, E.F. ; Guo, X. ; Gauderman, W.J. ; Rice, K. ; Kooperberg, C. ; Munroe, P.B. ; Liu, C.T. ; Morrison, A.C. ; Rao, D.C. ; van Heemst, D. ; Redline, S.

Multi-ancestry sleep-by-SNP interaction analysis in 126,926 individuals reveals lipid loci stratified by sleep duration.
Lect. Notes Comput. Sc. 11764 LNCS, 676-684 (2019)

Peng, T. ; Boxberg, M. ; Weichert, W. ; Navab, N. ; Marr, C.

Multi-task learning of a deep K-nearest neighbour network for histopathological image classification and retrieval.
Lect. Notes Comput. Sc. 11764 LNCS, 685-693 (2019)

Sadafi, A. ; Koehler, N. ; Makhro, A. ; Bogdanova, A. ; Navab, N. ; Marr, C. ; Peng, T.

Multiclass deep active learning for detecting red blood cell subtypes in brightfield microscopy.
Nat. Struct. Mol. Biol., DOI: 10.1038/s41594-019-0341-8 (2019)

Beltran, M. ; Tavares, M. ; Justin, N. ; Khandelwal, G. ; Ambrose, J. ; Foster, B. ; Worlock, K.B. ; Tvardovskiy, A. ; Kunzelmann, S. ; Herrero, J. ; Bartke, T. ; Gamblin, S.J. ; Wilson, J.R. ; Jenner, R.G.

Author Correction: G-tract RNA removes Polycomb repressive complex 2 from genes (Nature Structural & Molecular Biology, (2019), 26, 10, (899-909), 10.1038/s41594-019-0293-z).
2019 in
In: (Conference on Lasers and Electro-Optics Europe and European Quantum Electronics Conference, CLEO/Europe-EQEC 2019, 23-27 June 2019, Munich, Germany). 2019.:8871546

Leonardo, C. ; Kepesidis, K.V. ; Linkohr, B. ; Voronina, L. ; Huber, M. ; Trubetskov, M. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Krausz, F. ; Zigman, M.

Broadband IR-fingerprinting of human blood as a universal tool for diseases diagnostics.

Clark, D.W. ; Okada, Y. ; Moore, K.H.S. ; Mason, D. ; Pirastu, N. ; Gandin, I. ; Mattsson, H. ; Barnes, C.L.K. ; Lin, K. ; Zhao, J.H. ; Deelen, P. ; Rohde, R. ; Schurmann, C. ; Guo, X. ; Giulianini, F. ; Zhang, W. ; Medina-Gomez, C. ; Karlsson, R. ; Bao, Y. ; Bartz, T.M. ; Baumbach, C. ; Biino, G. ; Bixley, M.J. ; Brumat, M. ; Chai, J.F. ; Corre, T. ; Cousminer, D.L. ; Dekker, A.M. ; Eccles, D.A. ; van Eijk, K.R. ; Fuchsberger, C. ; Gao, H. ; Germain, M. ; Gordon, S.D. ; de Haan, H.G. ; Harris, S.E. ; Hofer, E. ; Huerta-Chagoya, A. ; Igartua, C. ; Jansen, I.E. ; Jia, Y. ; Kacprowski, T. ; Karlsson, T. ; Kleber, M.E. ; Li, S.A. ; Li-Gao, R. ; Mahajan, A. ; Matsuda, K. ; Meidtner, K. ; Meng, W. ; Montasser, M.E. ; van der Most, P.J. ; Munz, M. ; Nutile, T. ; Palviainen, T. ; Prasad, G. ; Prasad, R.B. ; Priyanka, T.D.S. ; Rizzi, F. ; Salvi, E. ; Sapkota, B.R. ; Shriner, D. ; Skotte, L. ; Smart, M.C. ; Smith, A.V. ; van der Spek, A. ; Spracklen, C.N. ; Strawbridge, R.J. ; Tajuddin, S.M. ; Trompet, S. ; Turman, C. ; Verweij, N. ; Viberti, C. ; Wang, L. ; Warren, H.R. ; Wootton, R.E. ; Yanek, L.R. ; Yao, J. ; Yousri, N.A. ; Zhao, W. ; Adeyemo, A.A. ; Afaq, S. ; Aguilar-Salinas, C.A. ; Akiyama, M. ; Albert, M.L. ; Allison, M.A. ; Alver, M. ; Aung, T. ; Azizi, F. ; Bentley, A.R. ; Boeing, H. ; Boerwinkle, E. ; Borja, J.B. ; de Borst, G.J. ; Bottinger, E.P. ; Broer, L. ; Campbell, H. ; Chanock, S. ; Chee, M.L. ; Chen, G. ; Chen, Y.I. ; Chen, Z. ; Chiu, Y.F. ; Cocca, M. ; Collins, F.S. ; Concas, M.P. ; Corley, J. ; Cugliari, G. ; van Dam, R.M. ; Damulina, A. ; Daneshpour, M.S. ; Day, F.R. ; Delgado, G.E. ; Dhana, K. ; Doney, A.S.F. ; Dörr, M. ; Doumatey, A.P. ; Dzimiri, N. ; Ebenesersdóttir, S.S. ; Elliott, J. ; Ewert, R. ; Felix, J.F. ; Fischer, K. ; Freedman, B.I. ; Girotto, G. ; Goel, A. ; Gögele, M. ; Goodarzi, M.O. ; Graff, M. ; Granot-Hershkovitz, E. ; Grodstein, F. ; Guarrera, S. ; Gudbjartsson, D.F. ; Guity, K. ; Gunnarsson, B. ; Guo, Y. ; Hagenaars, S.P. ; Haiman, C.A. ; Halevy, A. ; Harris, T.B. ; Hedayati, M. ; van Heel, D.A. ; Hirata, M. ; Höfer, I. ; Hsiung, C.A. ; Huang, J. ; Hung, Y.J. ; Ikram, M.A. ; Jagadeesan, A. ; Jousilahti, P. ; Kamatani, Y. ; Kanai, M. ; Kerrison, N.D. ; Kessler, T. ; Khaw, K.T. ; Khor, C.C. ; de Kleijn, D.P.V. ; Koh, W.P. ; Kolcic, I. ; Kraft, P. ; Krämer, B.K. ; Kutalik, Z. ; Kuusisto, J. ; Langenberg, C. ; Launer, L.J. ; Lawlor, D.A. ; Lee, I.T. ; Lee, W.J. ; Lerch, M.M. ; Li, L. ; Liu, J. ; Loh, M. ; London, S.J. ; Loomis, S.J. ; Lu, Y. ; Luan, J. ; Mägi, R. ; Manichaikul, A.W. ; Manunta, P. ; Másson, G. ; Matoba, N. ; Mei, X.W. ; Meisinger, C. ; Meitinger, T. ; Mezzavilla, M. ; Milani, L. ; Millwood, I.Y. ; Momozawa, Y. ; Moore, A. ; Morange, P.E. ; Moreno-Macías, H. ; Mori, T.A. ; Morrison, A.C. ; Muka, T. ; Murakami, Y. ; Murray, A.D. ; de Mutsert, R. ; Mychaleckyj, J.C. ; Nalls, M.A. ; Nauck, M. ; Neville, M.J. ; Nolte, I.M. ; Ong, K.K. ; Orozco, L. ; Padmanabhan, S. ; Pálsson, G. ; Pankow, J.S. ; Pattaro, C. ; Pattie, A. ; Polasek, O. ; Poulter, N. ; Pramstaller, P.P. ; Quintana-Murci, L. ; Räikkönen, K. ; Ralhan, S. ; Rao, D.C. ; van Rheenen, W. ; Rich, S.S. ; Ridker, P.M. ; Rietveld, C.A. ; Robino, A. ; van Rooij, F.J.A. ; Ruggiero, D. ; Saba, Y. ; Sabanayagam, C. ; Sabater-Lleal, M. ; Sala, C.F. ; Salomaa, V. ; Sandow, K. ; Schmidt, H. ; Scott, L.J. ; Scott, W.R. ; Sedaghati-Khayat, B. ; Sennblad, B. ; van Setten, J. ; Sever, P.J. ; Sheu, W.H. ; Shi, Y. ; Shrestha, S. ; Shukla, S.R. ; Sigurdsson, J.K. ; Sikka, T.T. ; Singh, J.R. ; Smith, B.H. ; Stancáková, A. ; Stanton, A. ; Starr, J.M. ; Stefansdottir, L. ; Straker, L. ; Sulem, P. ; Sveinbjornsson, G. ; Swertz, M.A. ; Taylor, A.M. ; Taylor, K.D. ; Terzikhan, N. ; Tham, Y.C. ; Thorleifsson, G. ; Thorsteinsdottir, U. ; Tillander, A. ; Tracy, R.P. ; Tusié-Luna, T. ; Tzoulaki, I. ; Vaccargiu, S. ; Vangipurapu, J. ; Veldink, J.H. ; Vitart, V. ; Völker, U. ; Vuoksimaa, E. ; Wakil, S.M. ; Waldenberger, M. ; Wander, G.S. ; Wang, Y.X. ; Wareham, N.J. ; Wild, S. ; Yajnik, C.S. ; Yuan, J.M. ; Zeng, L. ; Zhang, L. ; Zhou, J. ; Amin, N. ; Asselbergs, F.W. ; Bakker, S.J.L. ; Becker, D.M. ; Lehne, B. ; Bennett, D.A. ; van den Berg, L.H. ; Berndt, S.I. ; Bharadwaj, D. ; Bielak, L.F. ; Bochud, M. ; Boehnke, M. ; Bouchard, C. ; Bradfield, J.P. ; Brody, J.A. ; Campbell, A. ; Carmi, S. ; Caulfield, M.J. ; Cesarini, D. ; Chandak, G.R. ; Cheng, C.Y. ; Ciullo, M. ; Cornelis, M. ; Cusi, D. ; Smith, G.D. ; Deary, I.J. ; Dorajoo, R. ; van Duijn, C.M. ; Ellinghaus, D. ; Erdmann, J. ; Evangelou, E. ; Evans, M.K. ; Faul, J.D. ; Feenstra, B. ; Feitosa, M. ; Foisy, S. ; Franke, A. ; Friedlander, Y. ; Gasparini, P. ; Gieger, C. ; Gonzalez, C. ; Goyette, P. ; Grant, S.F.A. ; Griffiths, L.R. ; Groop, L. ; Gudnason, V. ; Gyllensten, U. ; Hakonarson, H. ; Hamsten, A. ; van der Harst, P. ; Heng, C.K. ; Hicks, A.A. ; Hochner, H. ; Huikuri, H. ; Hunt, S.C. ; Jaddoe, V.W.V. ; de Jager, P.L. ; Johannesson, M. ; Johansson, Å ; Jonas, J.B. ; Jukema, J.W. ; Junttila, J. ; Kaprio, J. ; Kardia, S.L.R. ; Karpe, F. ; Kumari, M. ; Laakso, M. ; van der Laan, S.W. ; Lahti, J. ; Laudes, M. ; Lea, R.A. ; Lieb, W. ; Lumley, T. ; Martin, N.G. ; März, W. ; Matullo, G. ; McCarthy, M.I. ; Medland, S.E. ; Merriman, T.R. ; Metspalu, A. ; Meyer, B.F. ; Mohlke, K.L. ; Montgomery, G.W. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Munroe, P.B. ; North, K.E. ; Nyholt, D.R. ; O'Connell, J.R. ; Ober, C. ; Oldehinkel, A.J. ; Palmas, W. ; Palmer, C. ; Pasterkamp, G.G. ; Patin, E. ; Pennell, C.E. ; Perusse, L. ; Peyser, P.A. ; Pirastu, M. ; Polderman, T.J.C. ; Porteous, D.J. ; Posthuma, D. ; Psaty, B.M. ; Rioux, J.D. ; Rivadeneira, F. ; Rotimi, C. ; Rotter, J.I. ; Rudan, I. ; den Ruijter, H.M. ; Sanghera, D.K. ; Sattar, N. ; Schmidt, R. ; Schulze, M.B. ; Schunkert, H. ; Scott, R.A. ; Shuldiner, A.R. ; Sim, X. ; Small, N. ; Smith, J.A. ; Sotoodehnia, N. ; Tai, E.S. ; Teumer, A. ; Timpson, N.J. ; Toniolo, D. ; Tregouet, D.A. ; Tuomi, T. ; Vollenweider, P. ; Wang, C.A. ; Weir, D.R. ; Whitfield, J.B. ; Wijmenga, C. ; Wong, T.Y. ; Wright, J. ; Yang, J. ; Yu, L. ; Zemel, B.S. ; Zonderman, A.B. ; Perola, M. ; Magnusson, P.K.E. ; Uitterlinden, A.G. ; Kooner, J.S. ; Chasman, D.I. ; Loos, R.J.F. ; Franceschini, N. ; Franke, L. ; Haley, C.S. ; Hayward, C. ; Walters, R.G. ; Perry, J.R.B. ; Esko, T. ; Helgason, A. ; Stefansson, K. ; Joshi, P.K. ; Kubo, M. ; Wilson, J.F.

Associations of autozygosity with a broad range of human phenotypes.
Mol. Cell 76, 531-545.e5 (2019)

Quagliarini, F. ; Mir, A.A. ; Balazs, K. ; Wierer, M. ; Dyar, K.A. ; Jouffe, C. ; Makris, K. ; Hawe, J. ; Heinig, M. ; Filipp, F.V. ; Barish, G.D. ; Uhlenhaut, N.H.

Cistromic reprogramming of the diurnal glucocorticoid hormone response by high-fat diet.

Holmberg, O. ; Kortuem, K.U. ; Koehler, N. ; Theis, F.J.

Predicting retinal thickness from fundus images across modalities using deep learning.
Genome Biol. 20:225 (2019)

Hanna, C.W. ; Pérez-Palacios, R. ; Gahurova, L. ; Schubert, M. ; Krueger, F. ; Biggins, L. ; Andrews, S. ; Colomé-Tatché, M. ; Bourc'his, D. ; Dean, W. ; Kelsey, G.

Endogenous retroviral insertions drive non-canonical imprinting in extra-embryonic tissues.
Mult. Scler. J. 25, 906-907 (2019)

Knauer-Arloth, J. ; Eraslan, G. ; Andlauer, T. ; Gieger, C. ; Gold, R. ; Heilmann-Heimbach, S. ; Kacprowski, T. ; Meitinger, T. ; Laudes, M. ; Luessi, F. ; Müller-Myhsok, B. ; Nischwitz, S. ; Peters, A. ; Paul, F. ; Rawal, R. ; Strauch, K. ; Wiendl, H. ; Hemmer, B. ; Theis, F.J. ; Binder, E. ; Müller, N.S.

Identification of functionally relevant genetic variants associated with multiple sclerosis using deep learning.
Xenotransplantation 26 (2019)

Böttcher, A. ; Tritschler, S. ; Yang, K. ; Theis, F.J. ; Lickert, H. ; Wolf, E. ; Kemter, E.

Studying in vivo beta cell maturation in pigs by scRNAseq.
Development 146:dev185025 (2019)

Bruneau, B.G. ; Koseki, H. ; Strome, S. ; Torres-Padilla, M.E.

Chromatin and epigenetics in development: A Special Issue.
Nat. Struct. Mol. Biol. 26, 899-909 (2019)

Beltran, M. ; Tavares, M. ; Justin, N. ; Khandelwal, G. ; Ambrose, J. ; Foster, B. ; Worlock, K.B. ; Kunzelmann, S. ; Herrero, J. ; Bartke, T. ; Gamblin, S.J. ; Wilson, J.R. ; Jenner, R.G.

G-tract RNA removes Polycomb repressive complex 2 from genes.
In:. 2019. 184-186 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 11729 LNCS)

Waibel, D.J.E. ; Tiemann, U. ; Lupperger, V. ; Semb, H. ; Marr, C.

In-silico staining from bright-field and fluorescent images using deep learning.
Lect. Notes Comput. Sc. 11731 LNCS, 289-298 (2019)

Mishra, M. ; Schmitt, S. ; Zischka, H. ; Strasser, M. ; Navab, N. ; Marr, C. ; Peng, T.

Quantifying structural heterogeneity of healthy and cancerous mitochondria using a combined segmentation and classification USK-net.
Lect. Notes Comput. Sc. 11731 LNCS, v-vii (2019)

Tetko, I.V. ; Theis, F.J. ; Karpov, P. ; Kůrková, V.

Preface.
Eur. J. Immunol. 49, 48-48 (2019)

Musumeci, A. ; Lutz, K. ; Dursun, E. ; Sie, C. ; Ziegenhain, C. ; Bagnoli, J. ; Luecken, M. ; Korn, T. ; Enard, W. ; Theis, F.J. ; Krug, A.

Identification of a DC precursor population with pDC and cDC potential responding to endosomal TLR stimulation with increased pDC output.
Eur. J. Immunol. 49, 88-88 (2019)

Rausch, L. ; Kranich, J. ; Chlis, N.-K. ; Schifferer, M. ; Simons, M. ; Theis, F.J. ; Brocker, T.

Analysis of EV-decorated CD8+T cells during viral infection.

Bakhti, M. ; Scheibner, K. ; Tritschler, S. ; Bastidas-Ponce, A. ; Tarquis-Medina, M. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.

Establishment of a high-resolution 3D modeling system for studying pancreatic epithelial cell biology in vitro.
Lect. Notes Comput. Sc. 11729 LNCS, v-vii (2019)

Tetko, I.V. ; Theis, F.J. ; Karpov, P. ; Kůrková, V.

Preface.
Lect. Notes Comput. Sc. 11728 LNCS, v-vii (2019)

Tetko, I.V. ; Theis, F.J. ; Karpov, P. ; Kůrková, V.

Preface.
Lect. Notes Comput. Sc. 11727 LNCS, v-vii (2019)

Tetko, I.V. ; Theis, F.J. ; Karpov, P. ; Kůrková, V.

Preface.
Neuron 103, 1086-1095.e5 (2019)

Mattugini, N. ; Bocchi, R. ; Scheuss, V. ; Russo, G.L. ; Torper, O. ; Lao, C.L. ; Götz, M.

Inducing different neuronal subtypes from astrocytes in the injured mouse cerebral cortex.
Nitric oxide 93, 53-70 (2019)

Kolbert, Z. ; Barroso, J.B. ; Brouquisse, R. ; Corpas, F.J. ; Gupta, K.J. ; Lindermayr, C. ; Loake, G.J. ; Palma, J.M. ; Petřivalský, M. ; Wendehenne, D. ; Hancock, J.T.

A forty year journey: The generation and roles of NO in plants.
mBio 10:e01723-19 (2019)

Pich, D. ; Mrozek-Gorska, P. ; Bouvet, M. ; Sugimoto, A. ; Akidil, E. ; Grundhoff, A. ; Hamperl, S. ; Ling, P.D. ; Hammerschmidt, W.

First days in the life of naïve human B-lymphocytes infected with Epstein-Barr Virus.
Nat. Genet. 51, 1459-1474 (2019)

Tin, A. ; Marten, J. ; Halperin Kuhns, V.L. ; Li, Y. ; Wuttke, M. ; Kirsten, H. ; Sieber, K.B. ; Qiu, C. ; Gorski, M. ; Yu, Z. ; Giri, A. ; Sveinbjornsson, G. ; Li, M. ; Chu, A.Y. ; Hoppmann, A. ; O'Connor, L.J. ; Prins, B. ; Nutile, T. ; Noce, D. ; Akiyama, M. ; Cocca, M. ; Ghasemi, S. ; van der Most, P.J. ; Horn, K. ; Xu, Y. ; Fuchsberger, C. ; Sedaghat, S. ; Afaq, S. ; Amin, N. ; Ärnlöv, J. ; Bakker, S.J.L. ; Bansal, N. ; Baptista, D. ; Bergmann, S. ; Biggs, M.L. ; Biino, G. ; Boerwinkle, E. ; Bottinger, E.P. ; Boutin, T.S. ; Brumat, M. ; Burkhardt, R. ; Campana, E. ; Campbell, A. ; Campbell, H. ; Carroll, R.J. ; Catamo, E. ; Ciullo, M. ; Concas, M.P. ; Coresh, J. ; Corre, T. ; Cusi, D. ; Felicita, S.C. ; de Borst, M.H. ; de Grandi, A. ; de Mutsert, R. ; de Vries, A.P.J. ; Delgado, G. ; Demirkan, A. ; Devuyst, O. ; Dittrich, K. ; Eckardt, K.U. ; Ehret, G. ; Endlich, K. ; Evans, M.K. ; Gansevoort, R.T. ; Gasparini, P. ; Giedraitis, V. ; Gieger, C. ; Girotto, G. ; Gögele, M. ; Gordon, S.D. ; Gudbjartsson, D.F. ; Gudnason, V. ; Haller, T. ; Hamet, P. ; Harris, T.B. ; Hayward, C. ; Hicks, A.A. ; Hofer, E. ; Holm, H. ; Huang, W. ; Hutri-Kähönen, N. ; Hwang, S.J. ; Ikram, M.A. ; Lewis, R.M. ; Ingelsson, E. ; Jakobsdottir, J. ; Jonsdottir, I. ; Jonsson, H. ; Joshi, P.K. ; Josyula, N.S. ; Jung, B. ; Kähönen, M. ; Kamatani, Y. ; Kanai, M. ; Kerr, S.M. ; Kiess, W. ; Kleber, M.E. ; Koenig, W. ; Kooner, J.S. ; Körner, A. ; Kovacs, P. ; Krämer, B.K. ; Kronenberg, F. ; Kubo, M. ; Kühnel, B. ; La Bianca, M. ; Lange, L.A. ; Lehne, B. ; Lehtimäki, T. ; Liu, J. ; Loeffler, M. ; Loos, R.J.F. ; Lyytikäinen, L.P. ; Mägi, R. ; Mahajan, A. ; Martin, N.G. ; März, W. ; Mascalzoni, D. ; Matsuda, K. ; Meisinger, C. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Milaneschi, Y. ; O'Donnell, C.J. ; Wilson, O.D. ; Gaziano, J.M. ; Mishra, P.P. ; Mohlke, K.L. ; Mononen, N. ; Montgomery, G.W. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Müller-Nurasyid, M. ; Nadkarni, G.N. ; Nalls, M.A. ; Nauck, M. ; Nikus, K. ; Ning, B. ; Nolte, I.M. ; Noordam, R. ; O'Connell, J.R. ; Olafsson, I. ; Padmanabhan, S. ; Penninx, B.W.J.H. ; Perls, T. ; Peters, A. ; Pirastu, M. ; Pirastu, N. ; Pistis, G. ; Polasek, O. ; Ponte, B. ; Porteous, D.J. ; Poulain, T. ; Preuss, M.H. ; Rabelink, T.J. ; Raffield, L.M. ; Raitakari, O.T. ; Rettig, R. ; Rheinberger, M. ; Rice, K.M. ; Rizzi, F. ; Robino, A. ; Rudan, I. ; Krajcoviechova, A. ; Cifkova, R. ; Rueedi, R. ; Ruggiero, D. ; Ryan, K.A. ; Saba, Y. ; Salvi, E. ; Schmidt, H. ; Schmidt, R. ; Shaffer, C.M. ; Smith, A.V. ; Smith, B.H. ; Spracklen, C.N. ; Strauch, K. ; Stumvoll, M. ; Sulem, P. ; Tajuddin, S.M. ; Teren, A. ; Thiery, J. ; Thio, C.H.L. ; Thorsteinsdottir, U. ; Toniolo, D. ; Tönjes, A. ; Tremblay, J. ; Uitterlinden, A.G. ; Vaccargiu, S. ; van der Harst, P. ; van Duijn, C.M. ; Verweij, N. ; Völker, U. ; Vollenweider, P. ; Waeber, G. ; Waldenberger, M. ; Whitfield, J.B. ; Wild, S.H. ; Wilson, J.F. ; Yang, Q. ; Zhang, W. ; Zonderman, A.B. ; Bochud, M. ; Wilson, J.G. ; Pendergrass, S.A. ; Ho, K. ; Parsa, A. ; Pramstaller, P.P. ; Psaty, B.M. ; Böger, C.A. ; Snieder, H. ; Butterworth, A.S. ; Okada, Y. ; Edwards, T.L. ; Stefansson, K. ; Susztak, K. ; Scholz, M. ; Heid, I.M. ; Hung, A.M. ; Teumer, A. ; Pattaro, C. ; Woodward, O.M. ; Vitart, V. ; Köttgen, A.

Target genes, variants, tissues and transcriptional pathways influencing human serum urate levels.

Sluka, S.H.M. ; Stämpfli, S.F. ; Akhmedov, A. ; Klein-Rodewald, T. ; Sanz-Moreno, A. ; Horsch, M. ; Grest, P. ; Rothmeier, A.S. ; Rathkolb, B. ; Schrewe, A. ; Beckers, J. ; Neff, F. ; Wolf, E. ; Camici, G.G. ; Fuchs, H. ; Gailus-Durner, V. ; Hrabě de Angelis, M. ; Lüscher, T.F. ; Ruf, W. ; Tanner, F.C.

Murine tissue actor disulfide mutation causes a bleeding phenotype with sex specific organ pathology and lethality.
EMBO Rep. 20:e48552 (2019)

Glantschnig, C. ; Mattijssen, F. ; Vogl, E.S. ; Ali Khan, A. ; Rios Garcia, M. ; Fischer, K. ; Müller, T.D. ; Uhlenhaut, N.H. ; Nawroth, P.P. ; Scheideler, M. ; Rose, A.J. ; Pellegata, N.S. ; Herzig, S.

The glucocorticoid receptor in brown adipocytes is dispensable for control of energy homeostasis.

Mameishvili, E. ; Serafimidis, I. ; Iwaszkiewicz, S. ; Lesche, M. ; Reinhardt, S. ; Bölicke, N. ; Büttner, M. ; Stellas, D. ; Papadimitropoulou, A. ; Szabolcs, M. ; Anastassiadis, K. ; Dahl, A. ; Theis, F.J. ; Efstratiadis, A. ; Gavalas, A.

Aldh1b1 expression defines progenitor cells in the adult pancreas and is required for Kras-induced pancreatic cancer.
Circulation 140, 645-657 (2019)

Agha, G. ; Mendelson, M.M. ; Ward-Caviness, C.K. ; Joehanes, R. ; Huan, T. ; Gondalia, R. ; Salfati, E.L. ; Brody, J.A. ; Fiorito, G. ; Bressler, J. ; Chen, B.H. ; Ligthart, S. ; Guarrera, S. ; Colicino, E. ; Just, A.C. ; Wahl, S. ; Gieger, C. ; Vandiver, A.R. ; Tanaka, T. ; Hernandez, D.G. ; Pilling, L.C. ; Singleton, A.B. ; Sacerdote, C. ; Krogh, V. ; Panico, S. ; Tumino, R. ; Li, Y. ; Zhang, G. ; Stewart, J.D. ; Floyd, J.S. ; Wiggins, K.L. ; Rotter, J.I. ; Multhaup, M. ; Bakulski, K. ; Horvath, S. ; Tsao, P.S. ; Absher, D.M. ; Vokonas, P. ; Hirschhorn, J. ; Fallin, M.D. ; Liu, C. ; Bandinelli, S. ; Boerwinkle, E. ; Dehghan, A. ; Schwartz, J.D. ; Psaty, B.M. ; Feinberg, A.P. ; Hou, L. ; Ferrucci, L. ; Sotoodehnia, N. ; Matullo, G. ; Peters, A. ; Fornage, M. ; Assimes, T.L. ; Whitsel, E.A. ; Levy, D. ; Baccarelli, A.A.

Blood leukocyte DNA methylation predicts risk of future myocardial infarction and coronary heart disease: A longitudinal study of 11,461 participants from population-based cohorts.
Genome Biol. 20:183 (2019)

Ashuach, T. ; Fischer, D.S. ; Kreimer, A. ; Ahituv, N. ; Theis, F.J. ; Yosef, N.

MPRAnalyze: Statistical framework for massively parallel reporter assays.

Castro Dias, M. ; Coisne, C. ; Baden, P. ; Enzmann, G. ; Garrett, L. ; Becker, L. ; Hölter, S.M. ; Hrabě de Angelis, M. ; Deutsch, U. ; Engelhardt, B. ; German Mouse Clinic Consortium (Aguilar-Pimentel, J.A. ; Adler, T. ; Spielmann, N. ; Moreth, K. ; Hans, W. ; Amarie, O.V. ; Graw, J. ; Rozman, J. ; Neff, F. ; Calzada-Wack, J. ; Rathkolb, B. ; Wurst, W. ; Beckers, J. ; Östereicher, M.A. ; Miller, G. ; Maier, H. ; Stoeger, C. ; Leuchtenberger, S. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H.)

Claudin-12 is not required for blood-brain barrier tight junction function.

Ragazzini, R. ; Pérez-Palacios, R. ; Baymaz, I.H. ; Diop, S. ; Ancelin, K. ; Zielinski, D. ; Michaud, A. ; Givelet, M. ; Borsos, M. ; Aflaki, S. ; Legoix, P. ; Jansen, P.W.T.C. ; Servant, N. ; Torres-Padilla, M.E. ; Bourc'his, D. ; Fouchet, P. ; Vermeulen, M. ; Margueron, R.

EZHIP constrains Polycomb Repressive Complex 2 activity in germ cells.
Eur. Neuropsychopharmacol. 29, 1037-1037 (2019)

Czamara, D. ; Eraslan, G. ; Lahti, J. ; Figueiredo, A.S. ; Girchenko, P. ; Lahti-Pulkkinen, M. ; Hämäläinen, E. ; Kajantie, E. ; Laivuori, H. ; Villa, P. ; Reynolds, R. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Räikkönen, K. ; Binder, E.

Genotype, prenatal environment or both-what shapes the newborn´s epigenome?
Eur. Neuropsychopharmacol. 29, 1161-1161 (2019)

Schaupp, S. ; Budde, M. ; Kondofersky, I. ; Papiol, S. ; Heilbronner, U. ; Gade, K. ; Anderson-Schmidt, H. ; Kalman, J. ; Senner, F. ; Andlauer, T.F.M. ; Rietschel, M. ; Degenhardt, F. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Schulze, T.

Polygenic risk score analysis of trajectories of cognitive performance in psychiatric patients.
Eur. Neuropsychopharmacol. 29, 1257-1258 (2019)

Schulte, E. ; Kondofersky, I. ; Budde, M. ; Adorjan, K. ; Aldinger, F. ; Anderson-Schmidt, H. ; Gade, K. ; Heilbronner, U. ; Kalman, J. ; Papiol, S. ; Theis, F.J. ; Falkai, P. ; Müller, N.S. ; Schulze, T.G.

Polygenic burden analysis of longitudinal clusters of psychopathological features in a cross-diagnostic group of individuals with severe mental illness.
Pharmacoepidemiol. Drug Saf. 28, 585-586 (2019)

Weberpals, J. ; Becker, T. ; Schmich, F. ; Ruettinger, D. ; Theis, F.J. ; Bauer-Mehren, A.

Deep learning-based propensity score computation: Cohort study in second line treated advanced non-small cell lung cancer (aNSCLC) patients.
Front. Immunol. 10:1859 (2019)

Escoter Torres, L. ; Caratti, G. ; Mechtidou, A. ; Tuckermann, J. ; Uhlenhaut, N.H. ; Vettorazzi, S.

Fighting the fire: Mechanisms of inflammatory gene regulation by the glucocorticoid receptor.

Tirier, S.M. ; Park, J. ; Preußer, F. ; Amrhein, L. ; Gu, Z. ; Steiger, S. ; Mallm, J.P. ; Krieger, T. ; Waschow, M. ; Eismann, B. ; Gut, M. ; Gut, I.G. ; Rippe, K. ; Schlesner, M. ; Theis, F.J. ; Fuchs, C. ; Ball, C.R. ; Glimm, H. ; Conrad, C.

Pheno-seq - linking visual features and gene expression in 3D cell culture systems.
Nat. Methods 16, 715-721 (2019)

Lotfollahi, M. ; Wolf, F.A. ; Theis, F.J.

scGen predicts single-cell perturbation responses.
Genome Biol. 20:155 (2019)

Uzbas, F. ; Opperer, F. ; Sönmezer, C. ; Shaposhnikov, D. ; Sass, S. ; Krendl, C. ; Angerer, P. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Drukker, M.

BART-Seq: cost-effective massively parallelized targeted sequencing for genomics, transcriptomics, and single-cell analysis.

Mrozek-Gorska, P. ; Buschle, A. ; Pich, D. ; Schwarzmayr, T. ; Fechtner, R. ; Scialdone, A. ; Hammerschmidt, W.

Epstein-Barr virus reprograms human B lymphocytes immediately in the prelatent phase of infection.
Plant Cell Physiol. 60, 2449-2463 (2019)

Kolbert, Z. ; Molnar, A. ; Oláh, D. ; Feigl, G. ; Horváth, E. ; Erdei, L. ; Ördög, A. ; Rudolf, E.E. ; Barth, T.K. ; Lindermayr, C.

S-nitrosothiol signaling is involved in regulating hydrogen peroxide metabolism of zinc-stressed Arabidopsis.
Cytometry A 95, 952-965 (2019)

Caicedo, J.C. ; Roth, J. ; Goodman, A. ; Becker, T. ; Karhohs, K.W. ; Broisin, M. ; Molnar, C. ; McQuin, C. ; Singh, S. ; Theis, F.J. ; Carpenter, A.E.

Evaluation of deep learning strategies for nucleus segmentation in fluorescence images.
Stem Cell Res. Ther. 10:218 (2019)

Hladik, D. ; Höfig, I. ; Oestreicher, U. ; Beckers, J. ; Matjanovski, M. ; Bao, X. ; Scherthan, H. ; Atkinson, M.J. ; Rosemann, M.

Long-term culture of mesenchymal stem cells impairs ATM-dependent recognition of DNA breaks and increases genetic instability.
Front. Immunol. 10:1515 (2019)

Patil, S. ; Heuser, C. ; de Almeida, G.P. ; Theis, F.J. ; Zielinski, C.E.

Meeting the challenges of high-dimensional single-cell data analysis in immunology.

Lepko, T. ; Pusch, M. ; Müller, T. ; Schulte, D. ; Ehses, J. ; Kiebler, M. ; Hasler, J. ; Huttner, H.B. ; Vandenbroucke, R.E. ; Vandendriessche, C. ; Modic, M. ; Martin-Villalba, A. ; Zhao, S. ; LLorens-Bobadilla, E. ; Schneider, A. ; Fischer, A. ; Breunig, C. ; Stricker, S.H. ; Götz, M. ; Ninkovic, J.

Choroid plexus-derived miR-204 regulates the number of quiescent neural stem cells in the adult brain.
Nature 571, 419-423 (2019)

Erhard, F. ; Baptista, M.A.P. ; Krammer, T. ; Hennig, T. ; Lange, M. ; Arampatzi, P. ; Jürges, C.S. ; Theis, F.J. ; Saliba, A.-E. ; Dölken, L.

scSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells.
JAMA Cardiol. 4, 575-579 (2019)

Lamina, C. ; Kronenberg, F. ; Mack, S. ; Coassin, S. ; Rueedi, R. ; Yousri, N.A. ; Seppälä, I. ; Lp(a)-GWAS-Consortium (Gieger, C.) ; Schönherr, S. ; Forer, L. ; Erhart, G. ; Marques-Vidal, P. ; Lp(a)-GWAS-Consortium (Ried, J.S.) ; Waeber, G. ; Bergmann, S. ; Daehnhardt, D. ; Stoeckl, A. ; Raitakari, O.T. ; Kähönen, M. ; Lp(a)-GWAS-Consortium (Peters, A.) ; Lp(a)-GWAS-Consortium (Meitinger, T.) ; Lp(a)-GWAS-Consortium (Strauch, K.) ; Kedenko, L. ; Paulweber, B. ; Lehtimäki, T. ; Hunt, S.C. ; Vollenweider, P.

Estimation of the required lipoprotein(a)-lowering therapeutic effect size for reduction in coronary heart disease outcomes a mendelian randomization analysis.
Front. Genet. 10:535 (2019)

Hawe, J. ; Theis, F.J. ; Heinig, M.

Inferring interaction networks from multi-omics data.

Zhang, J. ; Buegger, F. ; Albert, A. ; Ghirardo, A. ; Winkler, J.B. ; Schnitzler, J.-P. ; Hebelstrup, K.H. ; Durner, J. ; Lindermayr, C.

Phytoglobin overexpression promotes barley growth in the presence of enhanced level of atmospheric nitric oxide.
Development 146:dev170506 (2019)

Tritschler, S. ; Büttner, M. ; Fischer, D.S. ; Lange, M. ; Bergen, V. ; Lickert, H. ; Theis, F.J.

Concepts and limitations for learning developmental trajectories from single cell genomics.

Zwarts, I. ; van Zutphen, T. ; Kruit, J.K. ; Liu, W. ; Oosterveer, M.H. ; Verkade, H.J. ; Uhlenhaut, N.H. ; Jonker, J.W.

Identification of the fructose transporter GLUT5 (SLC2A5) as a novel target of nuclear receptor LXR.
Nat. Med. 25, 1153-1163 (2019)

Vieira Braga, F.A. ; Kar, G. ; Berg, M. ; Carpaij, O.A. ; Polanski, K. ; Simon, L. ; Brouwer, S. ; Gomes, T. ; Hesse, L. ; Jiang, J. ; Fasouli, E.S. ; Efremova, M. ; Vento-Tormo, R. ; Talavera-López, C. ; Jonker, M.R. ; Affleck, K. ; Palit, S. ; Strzelecka, P.M. ; Firth, H.V. ; Mahbubani, K.T. ; Cvejic, A. ; Meyer, K.B. ; Saeb-Parsy, K. ; Luinge, M. ; Brandsma, C.A. ; Timens, W. ; Angelidis, I. ; Strunz, M. ; Koppelman, G.H. ; van Oosterhout, A.J. ; Schiller, H. B. ; Theis, F.J. ; van den Berge, M. ; Nawijn, M.C. ; Teichmann, S.A.

A cellular census of human lungs identifies novel cell states in health and in asthma.
Bioinformatics 35, 4834-4836 (2019)

Jeske, T. ; Huypens, P. ; Stirm, L. ; Höckele, S. ; Wurmser, C.M. ; Böhm, A. ; Weigert, C. ; Staiger, H. ; Klein, C. ; Beckers, J. ; Hastreiter, M.

DEUS: An R package for accurate small RNA profiling based on differential expression of unique sequences.

Czamara, D. ; Eraslan, G. ; Page, C.M. ; Lahti, J. ; Lahti-Pulkkinen, M. ; Hämäläinen, E. ; Kajantie, E. ; Laivuori, H. ; Villa, P.M. ; Reynolds, R.M. ; Nystad, W. ; Håberg, S.E. ; London, S.J. ; O'Donnell, K.J. ; Garg, E. ; Meaney, M.J. ; Entringer, S. ; Wadhwa, P.D. ; Buss, C. ; Jones, M.J. ; Lin, D.T.S. ; MacIsaac, J.L. ; Kobor, M.S. ; Koen, N. ; Zar, H.J. ; Koenen, K.C. ; Dalvie, S. ; Stein, D.J. ; Kondofersky, I. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Räikkönen, K. ; Binder, E.B.

Integrated analysis of environmental and genetic influences on cord blood DNA methylation in new-borns.
Hum. Mol. Genet. 28, 2062-2077 (2019)

Sharapov, S.Z. ; Tsepilov, Y.A. ; Klaric, L. ; Mangino, M. ; Thareja, G. ; Shadrina, A.S. ; Simurina, M. ; Dagostino, C. ; Dmitrieva, J. ; Vilaj, M. ; Vučković, F. ; Pavić, T. ; Stambuk, J. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Krištić, J. ; Simunovic, J. ; Momcilovic, A. ; Campbell, H. ; Doherty, M. ; Dunlop, M.G. ; Farrington, S.M. ; Pučić-Baković, M. ; Gieger, C. ; Allegri, M. ; Louis, E. ; Georges, M. ; Suhre, K. ; Spector, T. ; Williams, F.M.K. ; Lauc, G. ; Aulchenko, Y.S.

Defining the genetic control of human blood plasma N-glycome using genome-wide association study.
Nat. Genet. 51, 957-972 (2019)

Wuttke, M. ; Li, Y. ; Li, M. ; Sieber, K.B. ; Feitosa, M.F. ; Gorski, M. ; Tin, A. ; Wang, L. ; Chu, A.Y. ; Hoppmann, A. ; Kirsten, H. ; Giri, A. ; Chai, J.F. ; Sveinbjornsson, G. ; Tayo, B.O. ; Nutile, T. ; Fuchsberger, C. ; Marten, J. ; Cocca, M. ; Ghasemi, S. ; Xu, Y. ; Horn, K. ; Noce, D. ; van der Most, P.J. ; Sedaghat, S. ; Yu, Z. ; Akiyama, M. ; Afaq, S. ; Ahluwalia, T.S. ; Almgren, P. ; Amin, N. ; Ärnlöv, J. ; Bakker, S.J.L. ; Bansal, N. ; Baptista, D. ; Bergmann, S. ; Biggs, M.L. ; Biino, G. ; Boehnke, M. ; Boerwinkle, E. ; Boissel, M. ; Bottinger, E.P. ; Boutin, T.S. ; Brenner, H. ; Brumat, M. ; Burkhardt, R. ; Butterworth, A.S. ; Campana, E. ; Campbell, A. ; Campbell, H. ; Canouil, M. ; Carroll, R.J. ; Catamo, E. ; Chambers, J.C. ; Chee, M.L. ; Chen, X. ; Cheng, C.Y. ; Cheng, Y. ; Christensen, K. ; Cifkova, R. ; Ciullo, M. ; Concas, M.P. ; Cook, J.P. ; Coresh, J. ; Corre, T. ; Sala, C.F. ; Cusi, D. ; Danesh, J. ; Daw, E.W. ; de Borst, M.H. ; de Grandi, A. ; de Mutsert, R. ; de Vries, A.P.J. ; Degenhardt, F. ; Delgado, G. ; Demirkan, A. ; di Angelantonio, E. ; Dittrich, K. ; Divers, J. ; Dorajoo, R. ; Eckardt, K.U. ; Ehret, G. ; Elliott, P. ; Endlich, K. ; Evans, M.K. ; Felix, J.F. ; Foo, V.H.X. ; Franco, O.H. ; Franke, A. ; Freedman, B.I. ; Freitag-Wolf, S. ; Friedlander, Y. ; Froguel, P. ; Gansevoort, R.T. ; Gao, H. ; Gasparini, P. ; Gaziano, J.M. ; Giedraitis, V. ; Gieger, C. ; Girotto, G. ; Giulianini, F. ; Gögele, M. ; Gordon, S.D. ; Gudbjartsson, D.F. ; Gudnason, V. ; Haller, T. ; Hamet, P. ; Harris, T.B. ; Hartman, C.A. ; Hayward, C. ; Hellwege, J.N. ; Heng, C.K. ; Hicks, A.A. ; Hofer, E. ; Huang, W. ; Hutri-Kähönen, N. ; Hwang, S.J. ; Ikram, M.A. ; Indridason, O.S. ; Ingelsson, E. ; Ising, M. ; Jaddoe, V.W.V. ; Jakobsdottir, J. ; Jonas, J.B. ; Joshi, P.K. ; Josyula, N.S. ; Jung, B. ; Kähönen, M. ; Kamatani, Y. ; Kammerer, C.M. ; Kanai, M. ; Kastarinen, M. ; Kerr, S.M. ; Khor, C.C. ; Kiess, W. ; Kleber, M.E. ; Koenig, W. ; Kooner, J.S. ; Körner, A. ; Kovacs, P. ; Kraja, A.T. ; Krajcoviechova, A. ; Kramer, H. ; Krämer, B.K. ; Kronenberg, F. ; Kubo, M. ; Kühnel, B. ; Kuokkanen, M. ; Kuusisto, J. ; La Bianca, M. ; Laakso, M. ; Lange, L.A. ; Langefeld, C.D. ; Lee, J.J. ; Lehne, B. ; Lehtimäki, T. ; Lieb, W. ; Lim, S.C. ; Lind, L. ; Lindgren, C.M. ; Liu, J. ; Loeffler, M. ; Loos, R.J.F. ; Lucae, S. ; Lukas, M.A. ; Lyytikäinen, L.P. ; Mägi, R. ; Magnusson, P.K.E. ; Mahajan, A. ; Martin, N.G. ; Martins, J. ; März, W. ; Mascalzoni, D. ; Matsuda, K. ; Meisinger, C. ; Meitinger, T. ; Melander, O. ; Metspalu, A. ; Mikaelsdottir, E.K. ; Milaneschi, Y. ; Miliku, K. ; Mishra, P.P. ; Mohlke, K.L. ; Mononen, N. ; Montgomery, G.W. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Mychaleckyj, J.C. ; Nadkarni, G.N. ; Nalls, M.A. ; Nauck, M. ; Nikus, K. ; Ning, B. ; Nolte, I.M. ; Noordam, R. ; O'Connell, J. ; O'Donoghue, M.L. ; Olafsson, I. ; Oldehinkel, A.J. ; Orho-Melander, M. ; Ouwehand, W.H. ; Padmanabhan, S. ; Palmer, N.D. ; Palsson, R. ; Penninx, B.W.J.H. ; Perls, T. ; Perola, M. ; Pirastu, M. ; Pirastu, N. ; Pistis, G. ; Podgornaia, A.I. ; Polasek, O. ; Ponte, B. ; Porteous, D.J. ; Poulain, T. ; Pramstaller, P.P. ; Preuss, M.H. ; Prins, B.P. ; Province, M.A. ; Rabelink, T.J. ; Raffield, L.M. ; Raitakari, O.T. ; Reilly, D.F. ; Rettig, R. ; Rheinberger, M. ; Rice, K.M. ; Ridker, P.M. ; Rivadeneira, F. ; Rizzi, F. ; Roberts, D.J. ; Robino, A. ; Rossing, P. ; Rudan, I. ; Rueedi, R. ; Ruggiero, D. ; Ryan, K.A. ; Saba, Y. ; Sabanayagam, C. ; Salomaa, V. ; Salvi, E. ; Saum, K.U. ; Schmidt, H. ; Schmidt, R. ; Schöttker, B. ; Schulz, C.A. ; Schupf, N. ; Shaffer, C.M. ; Shi, Y. ; Smith, A.V. ; Smith, B.H. ; Soranzo, N. ; Spracklen, C.N. ; Strauch, K. ; Stringham, H.M. ; Stumvoll, M. ; Svensson, P.O. ; Szymczak, S. ; Tai, E.S. ; Tajuddin, S.M. ; Tan, N.Y.Q. ; Taylor, K.D. ; Teren, A. ; Tham, Y.C. ; Thiery, J. ; Thio, C.H.L. ; Thomsen, H. ; Thorleifsson, G. ; Toniolo, D. ; Tönjes, A. ; Tremblay, J. ; Tzoulaki, I. ; Uitterlinden, A.G. ; Vaccargiu, S. ; van Dam, R.M. ; van der Harst, P. ; van Duijn, C.M. ; Velez Edward, D.R. ; Verweij, N. ; Vogelezang, S. ; Völker, U. ; Vollenweider, P. ; Waeber, G. ; Waldenberger, M. ; Wallentin, L. ; Wang, Y.X. ; Wang, C. ; Waterworth, D.M. ; Bin Wei, W. ; White, H. ; Whitfield, J.B. ; Wild, S.H. ; Wilson, J.F. ; Wojczynski, M.K. ; Wong, C. ; Wong, T.Y. ; Xu, L. ; Yang, Q. ; Yasuda, M. ; Yerges-Armstrong, L.M. ; Zhang, W. ; Zonderman, A.B. ; Rotter, J.I. ; Bochud, M. ; Psaty, B.M. ; Vitart, V. ; Wilson, J.G. ; Dehghan, A. ; Parsa, A. ; Chasman, D.I. ; Ho, K. ; Morris, A.P. ; Devuyst, O. ; Akilesh, S. ; Pendergrass, S.A. ; Sim, X. ; Böger, C.A. ; Okada, Y. ; Edwards, T.L. ; Snieder, H. ; Stefansson, K. ; Hung, A.M. ; Heid, I.M. ; Scholz, M. ; Teumer, A. ; Köttgen, A. ; Pattaro, C.

A catalog of genetic loci associated with kidney function from analyses of a million individuals.
Am. J. Epidemiol. 188, 991-1012 (2019)

Yu, B. ; Zanetti, K.A. ; Temprosa, M. ; Albanes, D. ; Appel, N. ; Barrera, C.B. ; Ben-Shlomo, Y. ; Boerwinkle, E. ; Casas, J.P. ; Clish, C. ; Dale, C.E. ; Dehghan, A. ; Derkach, A. ; Eliassen, A.H. ; Elliott, P. ; Fahy, E. ; Gieger, C. ; Gunter, M.J. ; Harada, S. ; Harris, T. ; Herr, D.R. ; Herrington, D. ; Hirschhorn, J.N. ; Hoover, E. ; Hsing, A.W. ; Johansson, M. ; Kelly, R.S. ; Khoo, C.M. ; Kivimäki, M. ; Kristal, B.S. ; Langenberg, C. ; Lasky-Su, J. ; Lawlor, D.A. ; Lotta, L.A. ; Mangino, M. ; Le Marchand, L. ; Mathé, E. ; Matthews, C.E. ; Menni, C. ; Mucci, L.A. ; Murphy, R. ; Oresič, M. ; Orwoll, E.S. ; Ose, J. ; Pereira, A.C. ; Playdon, M.C. ; Poston, L. ; Price, J. ; Qi, Q. ; Rexrode, K. ; Risch, A. ; Sampson, J. ; Seow, W.J. ; Sesso, H.D. ; Shah, S.H. ; Shu, X.O. ; Smith, G.C.S. ; Sovio, U. ; Stevens, V.L. ; Stolzenberg-Solomon, R.S. ; Takebayashi, T. ; Tillin, T. ; Travis, R. ; Tzoulaki, I. ; Ulrich, C.M. ; Vasan, R.S. ; Verma, M. ; Wang, Y. ; Wareham, N.J. ; Wong, A. ; Younes, N. ; Zhao, H. ; Zheng, W. ; Moore, S.C.

The consortium of metabolomics studies (COMETS): Metabolomics in 47 prospective cohort studies.

Bastidas-Ponce, A. ; Tritschler, S. ; Dony, L. ; Scheibner, K. ; Tarquis-Medina, M. ; Salinno, C. ; Schirge, S. ; Burtscher, I. ; Böttcher, A. ; Theis, F.J. ; Lickert, H. ; Bakhti, M.

Comprehensive single cell mRNA profiling reveals a detailed roadmap for pancreatic endocrinogenesis.
Nature 569, 342-343 (2019)

Theis, F.J. ; Lickert, H.

A map of beta-cell differentiation.
Curr. Opin. Genet. Dev. 55, 52-58 (2019)

Jansz, N. ; Torres-Padilla, M.E.

Genome activation and architecture in the early mammalian embryo.
Hum. Mol. Genet. 28, 2615-2633 (2019)

Sung, Y.J. ; de Las Fuentes, L. ; Winkler, T.W. ; Chasman, D.I. ; Bentley, A.R. ; Kraja, A.T. ; Ntalla, I. ; Warren, H.R. ; Guo, X. ; Schwander, K. ; Manning, A.K. ; Brown, M.R. ; Aschard, H. ; Feitosa, M.F. ; Franceschini, N. ; Lu, Y. ; Cheng, C.Y. ; Sim, X. ; Vojinovic, D. ; Marten, J. ; Musani, S.K. ; Kilpeläinen, T.O. ; Richard, M.A. ; Aslibekyan, S. ; Bartz, T.M. ; Dorajoo, R. ; Li, C. ; Liu, Y. ; Rankinen, T. ; Smith, A.V. ; Tajuddin, S.M. ; Tayo, B.O. ; Zhao, W. ; Zhou, Y. ; Matoba, N. ; Sofer, T. ; Alver, M. ; Amini, M. ; Boissel, M. ; Chai, J.F. ; Chen, X. ; Divers, J. ; Gandin, I. ; Gao, C. ; Giulianini, F. ; Goel, A. ; Harris, S.E. ; Hartwig, F.P. ; He, M. ; Horimoto, A.R.V.R. ; Hsu, F.C. ; Jackson, A.U. ; Kammerer, C.M. ; Kasturiratne, A. ; Komulainen, P. ; Kühnel, B. ; Leander, K. ; Lee, W.J. ; Lin, K.H. ; Luan, J. ; Lyytikäinen, L.P. ; McKenzie, C.A. ; Nelson, C.P. ; Noordam, R. ; Scott, R.A. ; Sheu, W.H.H. ; Stancáková, A. ; Takeuchi, F. ; van der Most, P.J. ; Varga, T.V. ; Waken, R.J. ; Wang, H. ; Wang, Y. ; Ware, E.B. ; Weiss, S. ; Wen, W. ; Yanek, L.R. ; Zhang, W. ; Zhao, J.H. ; Afaq, S. ; Alfred, T. ; Amin, N. ; Arking, D.E. ; Aung, T. ; Barr, R.G. ; Bielak, L.F. ; Boerwinkle, E. ; Bottinger, E.P. ; Braund, P.S. ; Brody, J.A. ; Broeckel, U. ; Cade, B. ; Campbell, A. ; Canouil, M. ; Chakravarti, A. ; Cocca, M. ; Collins, F.S. ; Connell, J.M. ; de Mutsert, R. ; de Silva, H.J. ; Dörr, M. ; Duan, Q. ; Eaton, C.B. ; Ehret, G. ; Evangelou, E. ; Faul, J.D. ; Forouhi, N.G. ; Franco, O.H. ; Friedlander, Y. ; Gao, H. ; Gigante, B. ; Gu, C.C. ; Gupta, P. ; Hagenaars, S.P. ; Harris, T.B. ; He, J. ; Heikkinen, S. ; Heng, C.K. ; Hofman, A. ; Howard, B.V. ; Hunt, S.C. ; Irvin, M.R. ; Jia, Y. ; Katsuya, T. ; Kaufman, J. ; Kerrison, N.D. ; Khor, C.C. ; Koh, W.P. ; Koistinen, H.A. ; Kooperberg, C.B. ; Krieger, J.E. ; Kubo, M. ; Kutalik, Z. ; Kuusisto, J. ; Lakka, T.A. ; Langefeld, C.D. ; Langenberg, C. ; Launer, L.J. ; Lee, J.H. ; Lehne, B. ; Levy, D. ; Lewis, C.E. ; Li, Y. ; Lim, S.H. ; Liu, C.T. ; Liu, J. ; Loh, M. ; Lohman, K.K. ; Louie, T. ; Mägi, R. ; Matsuda, K. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Milani, L. ; Momozawa, Y. ; Mosley, T.H. ; Nalls, M.A. ; Nasri, U. ; O'Connell, J.R. ; Ogunniyi, A. ; Palmas, W.R. ; Palmer, N.D. ; Pankow, J.S. ; Pedersen, N.L. ; Peters, A. ; Peyser, P.A. ; Polasek, O. ; Porteous, D. ; Raitakari, O.T. ; Renström, F. ; Rice, T.K. ; Ridker, P.M. ; Robino, A. ; Robinson, J.G. ; Rose, L.M. ; Rudan, I. ; Sabanayagam, C. ; Salako, B.L. ; Sandow, K. ; Schmidt, C.O. ; Schreiner, P.J. ; Scott, W.R. ; Sever, P. ; Sims, M. ; Sitlani, C.M. ; Smith, B.H. ; Smith, J.A. ; Snieder, H. ; Starr, J.M. ; Strauch, K. ; Tang, H. ; Taylor, K.D. ; Teo, Y.Y. ; Tham, Y.C. ; Uitterlinden, A.G. ; Waldenberger, M. ; Wang, L. ; Wang, Y.X. ; Wei, W.B. ; Wilson, G. ; Wojczynski, M.K. ; Xiang, Y.B. ; Yao, J. ; Yuan, J.M. ; Zonderman, A.B. ; Becker, D.M. ; Boehnke, M. ; Bowden, D.W. ; Chambers, J.C. ; Chen, Y.I. ; Weir, D.R. ; de Faire, U. ; Deary, I.J. ; Esko, T. ; Farrall, M. ; Forrester, T. ; Freedman, B.I. ; Froguel, P. ; Gasparini, P. ; Gieger, C. ; Horta, B.L. ; Hung, Y.J. ; Jonas, J.B. ; Kato, N. ; Kooner, J.S. ; Laakso, M. ; Lehtimäki, T. ; Liang, K.W. ; Magnusson, P.K.E. ; Oldehinkel, A.J. ; Pereira, A.C. ; Perls, T. ; Rauramaa, R. ; Redline, S. ; Rettig, R. ; Samani, N.J. ; Scott, J. ; Shu, X.O. ; van der Harst, P. ; Wagenknecht, L.E. ; Wareham, N.J. ; Watkins, H. ; Wickremasinghe, A.R. ; Wu, T. ; Kamatani, Y. ; Laurie, C.C. ; Bouchard, C. ; Cooper, R.S. ; Evans, M.K. ; Gudnason, V. ; Hixson, J. ; Kardia, S.L.R. ; Kritchevsky, S.B. ; Psaty, B.M. ; van Dam, R.M. ; Arnett, D.K. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Fornage, M. ; Fox, E.R. ; Hayward, C. ; van Duijn, C.M. ; Tai, E.S. ; Wong, T.Y. ; Loos, R.J.F. ; Reiner, A.P. ; Rotimi, C.N. ; Bierut, L.J. ; Zhu, X. ; Cupples, L.A. ; Province, M.A. ; Rotter, J.I. ; Franks, P.W. ; Rice, K. ; Elliott, P. ; Caulfield, M.J. ; Gauderman, W.J. ; Munroe, P.B. ; Rao, D.C. ; Morrison, A.C.

A multi-ancestry genome-wide study incorporating gene-smoking interactions identifies multiple new loci for pulse pressure and mean arterial pressure.
Nature 569, 729-733 (2019)

Borsos, M. ; Perricone, S.M. ; Schauer, T. ; Pontabry, J. ; de Luca, K.L. ; de Vries, S.S. ; Ruiz-Morales, E.R. ; Torres-Padilla, M.E. ; Kind, J.

Genome-lamina interactions are established de novo in the early mouse embryo.
Nature 570, 71-76 (2019)

Flannick, J. ; Mercader, J.M. ; Fuchsberger, C. ; Udler, M.S. ; Mahajan, A. ; Wessel, J. ; Teslovich, T.M. ; Caulkins, L. ; Koesterer, R. ; Barajas-Olmos, F. ; Blackwell, T.W. ; Boerwinkle, E. ; Brody, J.A. ; Centeno-Cruz, F. ; Chen, L. ; Chen, S. ; Contreras-Cubas, C. ; Córdova, E. ; Correa, A. ; Cortes, M. ; DeFronzo, R.A. ; Dolan, L. ; Drews, K.L. ; Elliott, A. ; Floyd, J.S. ; Gabriel, S. ; Garay-Sevilla, M.E. ; García-Ortiz, H. ; Gross, M. ; Han, S. ; Heard-Costa, N.L. ; Jackson, A.U. ; Jørgensen, M.E. ; Kang, H.M. ; Kelsey, M. ; Kim, B.J. ; Koistinen, H.A. ; Kuusisto, J. ; Leader, J.B. ; Linneberg, A. ; Liu, C.T. ; Liu, J. ; Lyssenko, V. ; Manning, A.K. ; Marcketta, A. ; Malacara-Hernandez, J.M. ; Martínez-Hernández, A. ; Matsuo, K. ; Mayer-Davis, E. ; Mendoza-Caamal, E. ; Mohlke, K.L. ; Morrison, A.C. ; Ndungu, A. ; Ng, M.C.Y. ; O'Dushlaine, C. ; Payne, A.J. ; Pihoker, C. ; Post, W.S. ; Preuss, M. ; Psaty, B.M. ; Vasan, R.S. ; Rayner, N.W. ; Reiner, A.P. ; Revilla-Monsalve, C. ; Robertson, N.R. ; Santoro, N. ; Schurmann, C. ; So, W.Y. ; Soberón, X. ; Stringham, H.M. ; Strom, T.M. ; Tam, C.H.T. ; Thameem, F. ; Tomlinson, B. ; Torres, J.M. ; Tracy, R.P. ; van Dam, R.M. ; Vujkovic, M.R. ; Wang, S. ; Welch, R.P. ; Witte, D.R. ; Wong, T.Y. ; Atzmon, G. ; Barzilai, N. ; Blangero, J. ; Bonnycastle, L.L. ; Bowden, D.W. ; Chambers, J.C. ; Chan, E. ; Cheng, C.Y. ; Cho, Y.S. ; Collins, F.S. ; de Vries, P.S. ; Duggirala, R. ; Glaser, B. ; Gonzalez, C. ; Gonzalez, M.E. ; Groop, L. ; Kooner, J.S. ; Kwak, S.H. ; Laakso, M. ; Lehman, D.M. ; Nilsson, P. ; Spector, T.D. ; Tai, E.S. ; Tuomi, T. ; Tuomilehto, J. ; Wilson, J.G. ; Aguilar-Salinas, C.A. ; Bottinger, E.B. ; Burke, B. ; Carey, D.J. ; Chan, J.C.N. ; Dupuis, J. ; Frossard, P. ; Heckbert, S.R. ; Hwang, M.Y. ; Kim, Y.J. ; Kirchner, H.L. ; Lee, J.Y. ; Lee, J. ; Loos, R.J.F. ; Ma, R.C.W. ; Morris, A.D. ; O'Donnell, C.J. ; Palmer, C.N.A. ; Pankow, J. ; Park, K.S. ; Rasheed, A. ; Saleheen, D. ; Sim, X. ; Small, K.S. ; Teo, Y.Y. ; Haiman, C. ; Hanis, C.L. ; Henderson, B.E. ; Orozco, L. ; Tusié-Luna, T. ; Dewey, F.E. ; Baras, A. ; Gieger, C. ; Meitinger, T. ; Strauch, K. ; Lange, L.A. ; Grarup, N. ; Hansen, T. ; Pedersen, O. ; Zeitler, P. ; Dabelea, D. ; Abecasis, G. ; Bell, G.I. ; Cox, N.J. ; Seielstad, M. ; Sladek, R. ; Meigs, J.B. ; Rich, S.S. ; Rotter, J.I. ; Altshuler, D. ; Burtt, N.P. ; Scott, L.J. ; Morris, A.P. ; Florez, J.C. ; McCarthy, M.I. ; Boehnke, M.

Exome sequencing of 20,791 cases of type 2 diabetes and 24,440 controls.
PLoS ONE 14:e0216110 (2019)

Matejka, K. ; Stückler, F. ; Salomon, M. ; Ensenauer, R. ; Reischl, E. ; Hoerburger, L. ; Grallert, H. ; Kastenmüller, G. ; Peters, A. ; Daniel, H. ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J. ; Hauner, H. ; Laumen, H.

Dynamic modelling of an ACADS genotype in fatty acid oxidation - Application of cellular models for the analysis of common genetic variants.

Zannas, A.S. ; Jia, M. ; Hafner, K. ; Baumert, J.J. ; Wiechmann, T. ; Pape, J.C. ; Knauer-Arloth, J. ; Ködel, M. ; Martinelli, S. ; Roitman, M. ; Röh, S. ; Haehle, A. ; Emeny, R.T. ; Iurato, S. ; Carrillo-Roa, T. ; Lahti, J. ; Räikkönen, K. ; Eriksson, J.G. ; Drake, A.J. ; Waldenberger, M. ; Wahl, S. ; Kunze, S. ; Lucae, S. ; Bradley, B. ; Gieger, C. ; Hausch, F. ; Smith, A.K. ; Ressler, K.J. ; Müller-Myhsok, B. ; Ladwig, K.-H. ; Rein, T. ; Gassen, N.C. ; Binder, E.B.

Epigenetic upregulation of FKBP5 by aging and stress contributes to NF-kappa B-driven inflammation and cardiovascular risk.
Eur. Heart J. 40, 2883-2896 (2019)

Tzoulaki, I. ; Castagné, R. ; Boulangé, C.L. ; Karaman, I. ; Chekmeneva, E. ; Evangelou, E. ; Ebbels, T.M.D. ; Kaluarachchi, M.R. ; Chadeau-Hyam, M. ; Mosen, D. ; Dehghan, A. ; Moayyeri, A. ; Ferreira, D.L.S. ; Guo, X. ; Rotter, J.I. ; Taylor, K.D. ; Kavousi, M. ; de Vries, P.S. ; Lehne, B. ; Loh, M. ; Hofman, A. ; Nicholson, J.K. ; Chambers, J. ; Gieger, C. ; Holmes, E. ; Tracy, R. ; Kooner, J. ; Greenland, P. ; Franco, O.H. ; Herrington, D. ; Lindon, J.C. ; Elliott, P.

Serum metabolic signatures of coronary and carotid atherosclerosis and subsequent cardiovascular disease.

Baumann, V. ; Wiesbeck, M. ; Breunig, C.T. ; Braun, J.M. ; Köferle, A. ; Ninkovic, J. ; Götz, M. ; Stricker, S.H.

Targeted removal of epigenetic barriers during transcriptional reprogramming.
2019 in
Poster: CSH meeting: mechanisms of metabolic signaling, 14 May 2019, Cold Spring Harbour, NY, USA. (2019)

Pellegrino, J. ; Shahjahanpour, A. ; Lukauskas, S. ; Olayo Alarcon, R. ; Ramakrishnan, A. ; Colomé-Tatché, M. ; Schneider, R.

Glucose starvation in Huh7 cells triggers a transcriptional memory.
2019 in
Poster: RECOMB 2019, 4-8 May 2019, Washington D.C.. (2019)

Hawe, J. ; Lehne, B. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Chambers, J. ; Heinig, M.

Reconstructing regulatory networks from multi-omics data using prior information.
Am. J. Epidemiol. 188, 1033-1054 (2019)

de Vries, P.S. ; Brown, M.R. ; Bentley, A.R. ; Sung, Y.J. ; Winkler, T.W. ; Ntalla, I. ; Schwander, K. ; Kraja, A.T. ; Guo, X. ; Franceschini, N. ; Cheng, C.Y. ; Sim, X. ; Vojinovic, D. ; Huffman, J.E. ; Musani, S.K. ; Li, C. ; Feitosa, M.F. ; Richard, M.A. ; Noordam, R. ; Aschard, H. ; Bartz, T.M. ; Bielak, L.F. ; Deng, X. ; Dorajoo, R. ; Lohman, K.K. ; Manning, A.K. ; Rankinen, T. ; Smith, A.V. ; Tajuddin, S.M. ; Evangelou, E. ; Graff, M. ; Alver, M. ; Boissel, M. ; Chai, J.F. ; Chen, X. ; Divers, J. ; Gandin, I. ; Gao, C. ; Goel, A. ; Hagemeijer, Y. ; Harris, S.E. ; Hartwig, F.P. ; He, M. ; Horimoto, A.R.V.R. ; Hsu, F.C. ; Jackson, A.U. ; Kasturiratne, A. ; Komulainen, P. ; Kühnel, B. ; Laguzzi, F. ; Lee, J.H. ; Luan, J. ; Lyytikäinen, L.P. ; Matoba, N. ; Nolte, I.M. ; Pietzner, M. ; Riaz, M. ; Said, M.A. ; Scott, R.A. ; Sofer, T. ; Stancáková, A. ; Takeuchi, F. ; Tayo, B.O. ; van der Most, P.J. ; Varga, T.V. ; Wang, Y. ; Ware, E.B. ; Wen, W. ; Yanek, L.R. ; Zhang, W. ; Zhao, J.H. ; Afaq, S. ; Amin, N. ; Amini, M. ; Arking, D.E. ; Aung, T. ; Ballantyne, C. ; Boerwinkle, E. ; Broeckel, U. ; Campbell, A. ; Canouil, M. ; Charumathi, S. ; Chen, Y.I. ; Connell, J.M. ; de Faire, U. ; de Las Fuentes, L. ; de Mutsert, R. ; de Silva, H.J. ; Ding, J. ; Dominiczak, A.F. ; Duan, Q. ; Eaton, C.B. ; Eppinga, R.N. ; Faul, J.D. ; Fisher, V. ; Forrester, T. ; Franco, O.H. ; Friedlander, Y. ; Ghanbari, M. ; Giulianini, F. ; Grabe, H.J. ; Grove, M.L. ; Gu, C.C. ; Harris, T.B. ; Heikkinen, S. ; Heng, C.K. ; Hirata, M. ; Hixson, J.E. ; Howard, B.V. ; Ikram, M.A. ; Jacobs, D.R. ; Johnson, C. ; Jonas, J.B. ; Kammerer, C.M. ; Katsuya, T. ; Khor, C.C. ; Kilpeläinen, T.O. ; Koh, W.P. ; Koistinen, H.A. ; Kolcic, I. ; Kooperberg, C. ; Krieger, J.E. ; Kritchevsky, S.B. ; Kubo, M. ; Kuusisto, J. ; Lakka, T.A. ; Langefeld, C.D. ; Langenberg, C. ; Launer, L.J. ; Lehne, B. ; Lemaitre, R.N. ; Li, Y. ; Liang, J. ; Liu, J. ; Liu, K. ; Loh, M. ; Louie, T. ; Mägi, R. ; Manichaikul, A.W. ; McKenzie, C.A. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Milaneschi, Y. ; Milani, L. ; Mohlke, K.L. ; Mosley, T.H. ; Mukamal, K.J. ; Nalls, M.A. ; Nauck, M. ; Nelson, C.P. ; Sotoodehnia, N. ; O'Connell, J.R. ; Palmer, N.D. ; Pazoki, R. ; Pedersen, N.L. ; Peters, A. ; Peyser, P.A. ; Polasek, O. ; Poulter, N. ; Raffel, L.J. ; Raitakari, O.T. ; Reiner, A.P. ; Rice, T.K. ; Rich, S.S. ; Robino, A. ; Robinson, J.G. ; Rose, L.M. ; Rudan, I. ; Schmidt, C.O. ; Schreiner, P.J. ; Scott, W.R. ; Sever, P. ; Shi, Y. ; Sidney, S. ; Sims, M. ; Smith, B.H. ; Smith, J.A. ; Snieder, H. ; Starr, J.M. ; Strauch, K. ; Tan, N. ; Taylor, K.D. ; Teo, Y.Y. ; Tham, Y.C. ; Uitterlinden, A.G. ; van Heemst, D. ; Vuckovic, D. ; Waldenberger, M. ; Wang, L. ; Wang, Z. ; Wei, W.B. ; Williams, C. ; Wilson, G. ; Wojczynski, M.K. ; Yao, J. ; Yu, B. ; Yu, C. ; Yuan, J.M. ; Zhao, W. ; Zonderman, A.B. ; Becker, D.M. ; Boehnke, M. ; Bowden, D.W. ; Chambers, J.C. ; Deary, I.J. ; Esko, T. ; Farrall, M. ; Franks, P.W. ; Freedman, B.I. ; Froguel, P. ; Gasparini, P. ; Gieger, C. ; Horta, B.L. ; Kamatani, Y. ; Kato, N. ; Kooner, J.S. ; Laakso, M. ; Leander, K. ; Lehtimäki, T. ; Magnusson, P.K.E. ; Penninx, B. ; Pereira, A.C. ; Rauramaa, R. ; Samani, N.J. ; Scott, J. ; Shu, X.O. ; van der Harst, P. ; Wagenknecht, L.E. ; Wang, Y.X. ; Wareham, N.J. ; Watkins, H. ; Weir, D.R. ; Wickremasinghe, A.R. ; Zheng, W. ; Elliott, P. ; North, K.E. ; Bouchard, C. ; Evans, M.K. ; Gudnason, V. ; Liu, C.T. ; Liu, Y. ; Psaty, B.M. ; Ridker, P.M. ; van Dam, R.M. ; Kardia, S.L.R. ; Zhu, X. ; Rotimi, C.N. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Fornage, M. ; Kelly, T.N. ; Fox, E.R. ; Hayward, C. ; van Duijn, C.M. ; Tai, E.S. ; Wong, T.Y. ; Rotter, J.I. ; Gauderman, W.J. ; Province, M.A. ; Munroe, P.B. ; Rice, K. ; Chasman, D.I. ; Cupples, L.A. ; Rao, D.C. ; Morrison, A.C.

Multiancestry genome-wide association study of lipid levels incorporating gene-alcohol interactions.

Ignatova, V.V. ; Jansen, P.W.T.C. ; Baltissen, M.P. ; Vermeulen, M. ; Schneider, R.

The interactome of a family of potential methyltransferases in HeLa cells.
Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 61, 31-41 (2019)

Schiller, H. B. ; Montoro, D.T. ; Simon, L. ; Rawlins, E.L. ; Meyer, K.B. ; Strunz, M. ; Vieira Braga, F. ; Timens, W. ; Koppelman, G.H. ; Budinger, G.R.S. ; Burgess, J.K. ; van den Berge, M. ; Theis, F.J. ; Regev, A. ; Kaminski, N. ; Rajagopal, J. ; Teichmann, S.A. ; Misharin, A.V. ; Nawijn, M.C.

The Human Lung Cell Atlas: A high-resolution reference map of the human lung in health and disease.
EBioMedicine 43, 562-575 (2019)

Ballester-Lopez, C. ; Conlon, T.M. ; Ertüz, Z. ; Greiffo, F.R. ; Irmler, M. ; Verleden, S.E. ; Beckers, J. ; Fernandez, I.E. ; Eickelberg, O. ; Yildirim, A.Ö.

The Notch ligand DNER regulates macrophage IFN gamma release in chronic obstructive pulmonary disease.

Laimighofer, M. ; Lickert, R. ; Fuerst, R. ; Theis, F.J. ; Winkler, C. ; Bonifacio, E. ; Ziegler, A.-G. ; Krumsiek, J.

Common patterns of gene regulation associated with Cesarean section and the development of islet autoimmunity - indications of immune cell activation.
Nat. Rev. Genet. 20, 389-403 (2019)

Eraslan, G. ; Avsec, Ž. ; Gagneur, J. ; Theis, F.J.

Deep learning: New computational modelling techniques for genomics.

Vetrivel, S. ; Tiso, N. ; Kügler, A. ; Irmler, M. ; Horsch, M. ; Beckers, J. ; Hladik, D. ; Giesert, F. ; Gailus-Durner, V. ; Fuchs, H. ; Sabrautzki, S. ; Adler, T. ; Treise, I. ; Busch, D.H. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Ollert, M. ; Götz, A. ; Amarie, O.V. ; Stöger, T. ; Schulz, H. ; Becker, L. ; Klopstock, T. ; Schrewe, A. ; Spielmann, N. ; Bekeredjian, R. ; Garrett, L. ; Hölter, S.M. ; Zimprich, A. ; Wurst, W. ; Mayer-Kuckuk, P. ; Hans, W. ; Rozman, J. ; Klingenspor, M. ; Neff, F. ; da Silva Buttkus, P. ; Calzada-Wack, J. ; Rácz, I. ; Zimmer, A. ; Rathkolb, B. ; Wolf, E. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Östereicher, M.A. ; Miller, G. ; Steinkamp, R. ; Lengger, C. ; Maier, H. ; Stoeger, C. ; Leuchtenberger, S. ; Hrabě de Angelis, M. ; Graw, J.

Mutation in the mouse histone gene Hist2h3c1 leads to degeneration of the lens vesicle and severe microphthalmia.
Nat. Genet. 51, 636-648 (2019)

Bentley, A.R. ; Sung, Y.J. ; Brown, M.R. ; Winkler, T.W. ; Kraja, A.T. ; Ntalla, I. ; Schwander, K. ; Chasman, D. ; Lim, E. ; Deng, X. ; Guo, X. ; Liu, J. ; Lu, Y. ; Cheng, C. ; Sim, X. ; Vojinovic, D. ; Huffman, J.E. ; Musani, S.K. ; Li, C. ; Feitosa, M.F. ; Richard, M.A. ; Noordam, R. ; Baker, J. ; Chen, G. ; Aschard, H. ; Bartz, T.M. ; Ding, J. ; Dorajoo, R. ; Manning, A.K. ; Rankinen, T. ; Smith, A. ; Tajuddin, S.M. ; Zhao, W. ; Graff, M. ; Alver, M. ; Boissel, M. ; Chai, J.F. ; Chen, X. ; Divers, J. ; Evangelou, E. ; Gao, C. ; Goel, A. ; Hagemeijer, Y. ; Harris, S.E. ; Hartwig, F.P. ; He, M. ; Horimoto, A.R.V.R. ; Hsu, F.-C. ; Hung, Y. ; Jackson, A.U. ; Kasturiratne, A. ; Komulainen, P. ; Kühnel, B. ; Leander, K. ; Lin, K. ; Luan, J. ; Lyytikainen, L. ; Matoba, N. ; Nolte, I.M. ; Pietzner, M. ; Prins, B. ; Riaz, M. ; Robino, A. ; Said, M.A. ; Schupf, N. ; Scott, R.A. ; Sofer, T. ; Stancáková, A. ; Takeuchi, F. ; Tayo, B.O. ; van der Most, P.J. ; Varga, T.V. ; Wang, T. ; Wang, Y. ; Ware, E.B. ; Wen, W. ; Xiang, Y. ; Yanek, L.R. ; Zhang, W. ; Zhao, J.H. ; Adeyemo, A. ; Afaq, S. ; Amin, N. ; Amini, M. ; Arking, D.E. ; Arzumanyan, Z. ; Aung, T. ; Ballantyne, C. ; Barr, R.G. ; Bielak, L.F. ; Boerwinkle, E. ; Bottinger, E.P. ; Broeckel, U. ; Brown, M. ; Cade, B.E. ; Campbell, A. ; Canouil, M. ; Charumathi, S. ; Chen, Y.I. ; Christensen, K. ; Concas, M.P. ; Connell, J.M. ; de Las Fuentes, L. ; de Silva, H.J. ; de Vries, P.S. ; Doumatey, A. ; Duan, Q. ; Eaton, C.B. ; Eppinga, R.N. ; Faul, J.D. ; Floyd, J.S. ; Forouhi, N.G. ; Forrester, T. ; Friedlander, Y. ; Gandin, I. ; Gao, H. ; Ghanbari, M. ; Gharib, S.A. ; Gigante, B. ; Giulianini, F. ; Grabe, H.J. ; Gu, C.C. ; Harris, T.B. ; Heikkinen, S. ; Heng, C. ; Hirata, M. ; Hixson, J.E. ; Ikram, M.A. ; Jia, Y. ; Joehanes, R. ; Johnson, C. ; Jonas, J.B. ; Justice, A.E. ; Katsuya, T. ; Khor, C.C. ; Kilpeläinen, T.O. ; Koh, W. ; Kolcic, I. ; Kooperberg, C. ; Krieger, J.E. ; Kritchevsky, S.B. ; Kubo, M. ; Kuusisto, J. ; Lakka, T.A. ; Langefeld, C.D. ; Langenberg, C. ; Launer, L.J. ; Lehne, B. ; Lewis, C.E. ; Li, Y. ; Liang, J. ; Lin, S. ; Liu, C. ; Liu, K. ; Loh, M. ; Lohman, K.K. ; Louie, T. ; Luzzi, A. ; Mägi, R. ; Mahajan, A. ; Manichaikul, A.W. ; McKenzie, C.A. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Milaneschi, Y. ; Milani, L. ; Mohlke, K.L. ; Momozawa, Y. ; Morris, A.P. ; Murray, A.D. ; Nalls, M.A. ; Nauck, M. ; Nelson, C.P. ; North, K.E. ; O'Connell, J.R. ; Palmer, N.D. ; Papanicolau, G.J. ; Pedersen, N.L. ; Peters, A. ; Peyser, P.A. ; Polasek, O. ; Poulter, N. ; Raitakari, O.T. ; Reiner, A.P. ; Renström, F. ; Rice, T.K. ; Rich, S.S. ; Robinson, J.G. ; Rose, L.M. ; Rosendaal, F.R. ; Rudan, I. ; Schmidt, C.O. ; Schreiner, P.J. ; Scott, W.R. ; Sever, P. ; Shi, Y. ; Sidney, S. ; Sims, M. ; Smith, J.A. ; Snieder, H. ; Starr, J.M. ; Strauch, K. ; Stringham, H.M. ; Tan, N.Y.Q. ; Tang, H. ; Taylor, K.D. ; Teo, Y.Y. ; Tham, Y.C. ; Tiemeier, H. ; Turner, S.T. ; Uitterlinden, A.G. ; van Heemst, D. ; Waldenberger, M. ; Wang, H. ; Wang, L. ; Wei, W.B. ; Williams, C.A. ; Wilson, G. ; Wojczynski, M.K. ; Yao, J. ; Young, K. ; Yu, C. ; Yuan, J. ; Zhou, J. ; Zonderman, A.B. ; Becker, D.M. ; Boehnke, M. ; Bowden, D.W. ; Chambers, J.C. ; Cooper, R.S. ; de Faire, U. ; Deary, I.J. ; Elliott, P. ; Esko, T. ; Farrall, M. ; Franks, P.W. ; Freedman, B. ; Froguel, P. ; Gasparini, P. ; Gieger, C. ; Horta, B.L. ; Juang, J.J. ; Kamatani, Y. ; Kammerer, C.M. ; Kato, N. ; Kooner, J.S. ; Laakso, M. ; Laurie, C.C. ; Lee, I. ; Lehtimäki, T. ; Magnusson, P.K.E. ; Oldehinkel, A.J. ; Penninx, B.W.J.H. ; Pereira, A.C. ; Rauramaa, R. ; Redline, S. ; Samani, N.J. ; Scott, J. ; Shu, X. ; van der Harst, P. ; Wagenknecht, L.E. ; Wang, J. ; Wang, Y.X. ; Wareham, N.J. ; Watkins, H. ; Weir, D.R. ; Wickremasinghe, A.R. ; Wu, T. ; Zeggini, E. ; Zheng, W. ; Bouchard, C. ; Evans, M.K. ; Gudnason, V. ; Kardia, S.L.R. ; Liu, Y. ; Psaty, B.M. ; Ridker, P.M. ; van Dam, R.M. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Fornage, M. ; Province, M.A. ; Kelly, T.N. ; Fox, E.R. ; Hayward, C. ; van Duijn, C.M. ; Tai, E.S. ; Wong, T.Y. ; Loos, R.J.F. ; Franceschini, N. ; Rotter, J.I. ; Zhu, X. ; Bierut, L.J. ; Gauderman, W.J. ; Rice, K. ; Munroe, P.B. ; Morrison, A.C. ; Rao, D.C. ; Rotimi, C.N. ; Cupples, L.A.

Multi-ancestry genome-wide gene–smoking interaction study of 387,272 individuals identifies new loci associated with serum lipids.
Nat. Biotechnol. 37, 461-468 (2019)

Fischer, D.S. ; Fiedler, A. ; Kernfeld, E.M. ; Genga, R.M.J. ; Bastidas-Ponce, A. ; Bakhti, M. ; Lickert, H. ; Hasenauer, J. ; Maehr, R. ; Theis, F.J.

Inferring population dynamics from single-cell RNA-sequencing time series data.
Metabolites 9:61 (2019)

Yu, B. ; Flexeder, C. ; McGarrah, R.W. ; Wyss, A. ; Morrison, A.C. ; North, K.E. ; Boerwinkle, E. ; Kastenmüller, G. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Karrasch, S. ; Peters, A. ; Wagner, G.R. ; Michelotti, G.A. ; Mohney, R.P. ; Schulz, H. ; London, S.J.

Metabolomics identifies novel blood biomarkers of pulmonary function and COPD in the general population.

Adlam, D. ; Olson, T.M. ; Combaret, N. ; Kovacic, J.C. ; Iismaa, S.E. ; Al-Hussani, A. ; O'Byrne, M.M. ; Bouajila, S. ; Georges, A. ; Mishra, K. ; Braund, P.S. ; d’Escamard, V. ; Huang, S. ; Margaritis, M. ; Nelson, C.P. ; de Andrade, M. ; Kadian-Dodov, D. ; Welch, C.A. ; Bouatia-Naji, N. ; CARDIoGRAMplusC4D Consortium (Gieger, C. ; Meitinger, T. ; Peters, A.)

Association of the PHACTR1/EDN1 genetic locus with spontaneous coronary artery dissection.
Allergy 74, 1364-1373 (2019)

Krautenbacher, N. ; Flach, N. ; Böck, A. ; Laubhahn, K. ; Laimighofer, M. ; Theis, F.J. ; Ankerst, D.P. ; Fuchs, C. ; Schaub, B.

A strategy for high-dimensional multivariable analysis classifies childhood asthma phenotypes from genetic, immunological, and environmental factors.
Exp. Dermatol. 28, E13-E13 (2019)

Jiang, D. ; Christ, S. ; Gallegos, D.C. ; Ramesh, P. ; Gopal, S.K. ; Yu, Q. ; Mayr, C. ; Lupperger, V. ; Liu, J. ; Marr, C. ; Schiller, H. B. ; Rinkevich, Y.

Visualizing scar development in living tissues reveals the collective migration of fibroblasts mediated by N-cadherin.
Exp. Dermatol. 28, E29-E30 (2019)

Wang, R. ; Thomas, J. ; Batra, R. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.

CD23 is a biomarker of clinical response to IgE-specific immunoadsorption in patients with severe atopic eczema.
Hum. Genet. 138, 375–388 (2019)

Schlicht, K. ; Nyczka, P. ; Caliebe, A. ; Freitag-Wolf, S. ; Claringbould, A. ; Franke, L. ; Võsa, U. ; Kardia, S.L.R. ; Smith, J.A. ; Zhao, W. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Prokisch, H. ; Strauch, K. ; Baurecht, H. ; Weidinger, S. ; Rosenstiel, P. ; Hütt, M.T. ; Knecht, C. ; Szymczak, S. ; Krawczak, M.

The metabolic network coherence of human transcriptomes is associated with genetic variation at the cadherin 18 locus.
Nitric oxide 88, 10-26 (2019)

Keisham, M. ; Jain, P. ; Singh, N. ; von Toerne, C. ; Bhatla, S.C. ; Lindermayr, C.

Deciphering the nitric oxide, cyanide and iron-mediated actions of sodium nitroprusside in cotyledons of salt stressed sunflower seedlings.
Metabolites 9:44 (2019)

Chak, C.M. ; Lacruz, M.E. ; Adam, J. ; Brandmaier, S. ; Covic, M. ; Huang, J. ; Meisinger, C. ; Tiller, D. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Berger, U. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Kluttig, A. ; Wang-Sattler, R.

Ageing investigation using two-time-point metabolomics data from KORA and CARLA studies.
Genome Biol. 20:59 (2019)

Wolf, F.A. ; Hamey, F.K. ; Plass, M. ; Solana, J. ; Dahlin, J.S. ; Göttgens, B. ; Rajewsky, N. ; Simon, L. ; Theis, F.J.

PAGA: Graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells.

Wang, X. ; Sterr, M. ; Ansarullah ; Burtscher, I. ; Böttcher, A. ; Beckenbauer, J. ; Siehler, J. ; Meitinger, T. ; Häring, H.-U. ; Staiger, H. ; Cernilogar, F.M. ; Schotta, G. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Wright, C.V.E. ; Bakhti, M. ; Lickert, H.

Point mutations in the PDX1 transactivation domain impair human beta-cell development and function.
Nat. Med. 25, 561–568 (2019)

Klaus, J. ; Kanton, S. ; Kyrousi, C. ; Ayo-Martin, A.C. ; Di Giaimo, R. ; Riesenberg, S. ; O'Neill, A.C. ; Camp, J.G. ; Tocco, C. ; Santel, M. ; Rusha, E. ; Drukker, M. ; Schroeder, M. ; Götz, M. ; Robertson, S.P. ; Treutlein, B. ; Cappello, S.

Altered neuronal migratory trajectories in human cerebral organoids derived from individuals with neuronal heterotopia.
NPJ Syst. Biol. Appl. 5:11 (2019)

Fröhlich, F. ; Reiser, A. ; Fink, L. ; Woschée, D. ; Ligon, T. ; Theis, F.J. ; Rädler, J.O. ; Hasenauer, J.

Publisher Correction: Multi-experiment nonlinear mixed effectmodeling of single-cell translation kinetics after transfection.
Nat. Genet. 51, 481-493 (2019)

Shrine, N. ; Guyatt, A.L. ; Erzurumluoglu, A.M. ; Jackson, V.E. ; Hobbs, B.D. ; Melbourne, C.A. ; Batini, C. ; Fawcett, K.A. ; Song, K. ; Sakornsakolpat, P. ; Li, X. ; Boxall, R. ; Reeve, N.F. ; Obeidat, M. ; Zhao, J.H. ; Wielscher, M. ; Weiss, S. ; Kentistou, K.A. ; Cook, J.P. ; Sun, B.B. ; Zhou, J. ; Hui, J. ; Karrasch, S. ; Imboden, M. ; Harris, S.E. ; Marten, J. ; Enroth, S. ; Kerr, S.M. ; Surakka, I. ; Vitart, V. ; Lehtimäki, T. ; Allen, R.J. ; Bakke, P.S. ; Beaty, T.H. ; Bleecker, E.R. ; Bossé, Y. ; Brandsma, C.A. ; Chen, Z. ; Crapo, J.D. ; Danesh, J. ; DeMeo, D.L. ; Dudbridge, F. ; Ewert, R. ; Gieger, C. ; Gulsvik, A. ; Hansell, A.L. ; Hao, K. ; Hoffman, J.D. ; Hokanson, J.E. ; Homuth, G. ; Joshi, P.K. ; Joubert, P. ; Langenberg, C. ; Li, L. ; Lin, K. ; Lind, L. ; Locantore, N. ; Luan, J. ; Mahajan, A. ; Maranville, J.C. ; Murray, A. ; Nickle, D.C. ; Packer, R. ; Parker, M.M. ; Paynton, M.L. ; Porteous, D.J. ; Prokopenko, D. ; Qiao, D. ; Rawal, R. ; Runz, H. ; Sayers, I. ; Sin, D.D. ; Smith, B.H. ; Soler Artigas, M. ; Sparrow, D. ; Tal-Singer, R. ; Timmers, P.R.H.J. ; van den Berge, M. ; Whittaker, J.C. ; Woodruff, P.G. ; Yerges-Armstrong, L.M. ; Troyanskaya, O.G. ; Raitakari, O.T. ; Kähönen, M. ; Polašek, O. ; Gyllensten, U. ; Rudan, I. ; Deary, I.J. ; Probst-Hensch, N.M. ; Schulz, H. ; James, A.L. ; Wilson, J.F. ; Stubbe, B. ; Zeggini, E. ; Jarvelin, M.R. ; Wareham, N.J. ; Silverman, E.K. ; Hayward, C. ; Morris, A.P. ; Butterworth, A.S. ; Scott, R.A. ; Walters, R.G. ; Meyers, D.A. ; Cho, M.H. ; Strachan, D.P. ; Hall, I.P. ; Tobin, M.D. ; Wain, L.V.

New genetic signals for lung function highlight pathways and chronic obstructive pulmonary disease associations across multiple ancestries.
Nat. Genet. 51, 494-505 (2019)

Sakornsakolpat, P. ; Prokopenko, D. ; Lamontagne, M. ; Reeve, N.F. ; Guyatt, A.L. ; Jackson, V.E. ; Shrine, N. ; Qiao, D. ; Bartz, T.M. ; Kim, D.K. ; Lee, M.K. ; Latourelle, J.C. ; Li, X. ; Morrow, J.D. ; Obeidat, M. ; Wyss, A.B. ; Bakke, P. ; Barr, R.G. ; Beaty, T.H. ; Belinsky, S.A. ; Brusselle, G.G. ; Crapo, J.D. ; de Jong, K. ; DeMeo, D.L. ; Fingerlin, T.E. ; Gharib, S.A. ; Gulsvik, A. ; Hall, I.P. ; Hokanson, J.E. ; Kim, W.J. ; Lomas, D.A. ; London, S.J. ; Meyers, D.A. ; O’Connor, G.T. ; Rennard, S.I. ; Schwartz, D.A. ; Sliwinski, P. ; Sparrow, D.B. ; Strachan, D.P. ; Tal-Singer, R. ; Tesfaigzi, Y. ; Vestbo, J. ; Vonk, J.M. ; Yim, J.-J. ; Zhou, X. ; Bossé, Y. ; Manichaikul, A. ; Lahousse, L. ; Silverman, E.K. ; Boezen, H.M. ; Wain, L.V. ; Tobin, M.D. ; Hobbs, B.D. ; Cho, M.H. ; SpiroMeta Consortium (Karrasch, S. ; Gieger, C. ; Rawal, R. ; Schulz, H. ; Zeggini, E.)

Genetic landscape of chronic obstructive pulmonary disease identifies heterogeneous cell-type and phenotype associations.
Nat. Cell Biol. 21, 311-318 (2019)

Nakamura, K. ; Saredi, G. ; Becker, J.R. ; Foster, B. ; Nguyen, N.V. ; Beyer, T.E. ; Cesa, L.C. ; Faull, P.A. ; Lukauskas, S. ; Frimurer, T. ; Chapman, J.R. ; Bartke, T. ; Groth, A.

H4K20meO recognition by BRCA1-BARD1 directs homologous recombination to sister chromatids.
Nature 567, 113-117 (2019)

Camargo Ortega, G. ; Falk, S. ; Johansson, P.A. ; Peyre, E. ; Broix, L. ; Sahu, S.K. ; Hirst, W. ; Schlichthaerle, T. ; de Juan Romero, C. ; Draganova, K. ; Vinopal, S. ; Chinnappa, K. ; Gavranovic, A. ; Karakaya, T. ; Steininger, T. ; Merl-Pham, J. ; Feederle, R. ; Shao, W. ; Shi, S.H. ; Hauck, S.M. ; Jungmann, R. ; Bradke, F. ; Borrell, V. ; Geerlof, A. ; Reber, S. ; Tiwari, V.K. ; Huttner, W.B. ; Wilsch-Bräuninger, M. ; Nguyen, L.A. ; Götz, M.

The centrosome protein AKNA regulates neurogenesis via microtubule organization.

Angelidis, I. ; Simon, L. ; Fernandez, I.E. ; Strunz, M. ; Mayr, C. ; Greiffo, F.R. ; Tsitsiridis, G. ; Ansari, M. ; Graf, E. ; Strom, T.M. ; Nagendran, M. ; Desai, T. ; Eickelberg, O. ; Mann, M. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.

An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics.

Kilpeläinen, T.O. ; Bentley, A.R. ; Noordam, R. ; Sung, Y.J. ; Schwander, K. ; Winkler, T.W. ; Jakupović, H. ; Chasman, D.I. ; Manning, A. ; Ntalla, I. ; Aschard, H. ; Brown, M.R. ; de Las Fuentes, L. ; Franceschini, N. ; Guo, X. ; Vojinovic, D. ; Aslibekyan, S. ; Feitosa, M.F. ; Kho, M. ; Musani, S.K. ; Richard, M. ; Wang, H. ; Wang, Z. ; Bartz, T.M. ; Bielak, L.F. ; Campbell, A. ; Dorajoo, R. ; Fisher, V. ; Hartwig, F.P. ; Horimoto, A.R.V.R. ; Li, C. ; Lohman, K.K. ; Marten, J. ; Sim, X. ; Smith, A.V. ; Tajuddin, S.M. ; Alver, M. ; Amini, M. ; Boissel, M. ; Chai, J.F. ; Chen, X. ; Divers, J. ; Evangelou, E. ; Gao, C. ; Graff, M. ; Harris, S.E. ; He, M. ; Hsu, F.C. ; Jackson, A.U. ; Zhao, J.H. ; Kraja, A.T. ; Kühnel, B. ; Laguzzi, F. ; Lyytikäinen, L.P. ; Nolte, I.M. ; Rauramaa, R. ; Riaz, M. ; Robino, A. ; Rueedi, R. ; Stringham, H.M. ; Takeuchi, F. ; van der Most, P.J. ; Varga, T.V. ; Verweij, N. ; Ware, E.B. ; Wen, W. ; Li, X. ; Yanek, L.R. ; Amin, N. ; Arnett, D.K. ; Boerwinkle, E. ; Brumat, M. ; Cade, B. ; Canouil, M. ; Chen, Y.D.I. ; Concas, M.P. ; Connell, J. ; de Mutsert, R. ; de Silva, H.J. ; de Vries, P.S. ; Demirkan, A. ; Ding, J. ; Eaton, C.B. ; Faul, J.D. ; Friedlander, Y. ; Gabriel, K.P. ; Ghanbari, M. ; Giulianini, F. ; Gu, C.C. ; Gu, D. ; Harris, T.B. ; He, J. ; Heikkinen, S. ; Heng, C.-K. ; Hunt, S.C. ; Ikram, M.A. ; Jonas, J.B. ; Koh, W.-P. ; Komulainen, P. ; Krieger, J.E. ; Kritchevsky, S.B. ; Kutalik, Z. ; Kuusisto, J. ; Langefeld, C.D. ; Langenberg, C. ; Launer, L.J. ; Leander, K. ; Lemaitre, R.N. ; Lewis, C.E. ; Liang, J. ; Lifelines Cohort Study ; Liu, J. ; Mägi, R. ; Manichaikul, A. ; Meitinger, T. ; Metspalu, A. ; Milaneschi, Y. ; Mohlke, K.L. ; Mosley, T.H Jr. ; Murray, A.D. ; Nalls, M.A. ; Nang, E.-E. K. ; Nelson, C.P. ; Nona, S. ; Norris, J.M. ; Nwuba, C.V. ; O’Connell, J. ; Palmer, N.D. ; Papanicolau, G.J. ; Pazoki, R. ; Pedersen, N.L. ; Peters, A. ; Peyser, P.A. ; Polasek, O. ; Porteous, D.J. ; Poveda, A. ; Raitakari, O.T. ; Rich, S.S. ; Risch, N. ; Robinson, J.G. ; Rose, L.M. ; Rudan, I. ; Schreiner, P.J. ; Scott, R.A. ; Sidney, S.S. ; Sims, M. ; Smith, J.A. ; Snieder, H. ; Sofer, T. ; Starr, J.M. ; Sternfeld, B. ; Strauch, K. ; Tang, H. ; Taylor, K.D. ; Tsai, M.Y. ; Tuomilehto, J. ; Uitterlinden, A.G. ; van der Ende, M.Y. ; van Heemst, D. ; Voortman, T. ; Waldenberger, M. ; Wennberg, P. ; Wilson, G. ; Xiang, Y.-B. ; Yao, J. ; Yu, C. ; Yuan, J.-M. ; Zhao, W. ; Zonderman, A.B. ; Becker, D.M. ; Boehnke, M. ; Bowden, D.W ; de Faire, U. ; Deary, I.J. ; Elliott, P. ; Esko, T. ; Freedman, B.I. ; Froguel, P. ; Gasparini, P. ; Gieger, C. ; Kato, N. ; Laakso, M. ; Lakka, T.A. ; Lehtimäki, T. ; Magnusson, P.K.E. ; Oldehinkel, A.J. ; Penninx, B.W.J.H. ; Samani, N.J. ; Shu, X.-O. ; van der Harst, P. ; van Vliet-Ostaptchouk, J.V. ; Vollenweider, P. ; Wagenknecht, L.E. ; Wang, Y.X. ; Wareham, N.J. ; Weir, D.R. ; Wu, T. ; Zheng, W. ; Zhu, X. ; Evans, M.K. ; Franks, P.W. ; Gudnason, V. ; Hayward, C. ; Horta, B.L. ; Kelly, T.N. ; Liu, Y. ; North, K.E. ; Pereira, A.C. ; Ridker, P.M. ; Tai, E.S. ; van Dam, R.M. ; Fox, E.R. ; Kardia, S.L.R. ; Liu, C.-T. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Province, M.A. ; Redline, S. ; van Duijn, C.M. ; Rotter, J.I. ; Kooperberg, C. ; Gauderman, W.J. ; Psaty, B.M. ; Rice, K. ; Munroe, P.B. ; Fornage, M. ; Cupples, L.A. ; Rotimi, C.N. ; Morrison, A.C. ; Rao, D.C. ; Loos, R.J.F.

Multi-ancestry study of blood lipid levels identifies four loci interacting with physical activity.

Karasik, D. ; Zillikens, M.C. ; Hsu, Y.H. ; Aghdassi, A. ; Åkesson, K. ; Amin, N. ; Barroso, I. ; Bennett, D.A. ; Bertram, L. ; Bochud, M. ; Borecki, I.B. ; Broer, L. ; Buchman, A.S. ; Byberg, L. ; Campbell, H. ; Campos-Obando, N. ; Cauley, J.A. ; Cawthon, P.M. ; Chambers, J.C. ; Chen, Z. ; Cho, N.H. ; Choi, H.J. ; Chou, W.C. ; Cummings, S.R. ; de Groot, L.C.P.G.M. ; de Jager, P.L. ; Demuth, I. ; Diatchenko, L. ; Econs, M.J. ; Eiriksdottir, G. ; Enneman, A.W. ; Eriksson, J. ; Eriksson, J.G. ; Estrada, K. ; Evans, D.S. ; Feitosa, M.F. ; Fu, M. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Gudnason, V. ; Lenore, L.J. ; Hayward, C. ; Hofman, A. ; Homuth, G. ; Huffman, K.M. ; Husted, L.B. ; Illig, T. ; Ingelsson, E. ; Ittermann, T. ; Jansson, J.O. ; Johnson, T. ; Biffar, R. ; Jordan, J.M. ; Jula, A. ; Karlsson, M. ; Khaw, K.T. ; Kilpeläinen, T.O. ; Klopp, N. ; Kloth, J.S.L. ; Koller, D.L. ; Kooner, J.S. ; Kraus, W.E. ; Kritchevsky, S.B. ; Kutalik, Z. ; Kuulasmaa, T. ; Kuusisto, J. ; Laasko, M. ; Lahti, J. ; Lang, T. ; Langdahl, B.L. ; Lerch, M.M. ; Lewis, J.R. ; Lill, C. ; Lind, L. ; Lindgren, C. ; Liu, Y. ; Livshits, G. ; Ljunggren, O. ; Loos, R.J.F. ; Lorentzon, M. ; Luan, J. ; Luben, R.N. ; Malkin, I. ; McGuigan, F.E. ; Medina-Gomez, C. ; Meitinger, T. ; Melhus, H. ; Mellström, D. ; Michaëlsson, K. ; Mitchell, B.D. ; Morris, A.P. ; Mosekilde, L. ; Nethander, M. ; Newman, A.B. ; O'Connell, J.R. ; Oostra, B.A. ; Orwoll, E.S. ; Palotie, A. ; Peacock, M. ; Perola, M. ; Peters, A. ; Prince, R.L. ; Psaty, B.M. ; Räikkönen, K. ; Ralston, S.H. ; Ripatti, S ; Rivadeneira, F. ; Robbins, J.A. ; Rotter, J.I. ; Rudan, I. ; Salomaa, V. ; Satterfield, S. ; Schipf, S. ; Shin, C.S. ; Smith, A.V. ; Smith, S.B. ; Soranzo, N. ; Spector, T.D. ; Stancáková, A. ; Stefansson, K. ; Steinhagen-Thiessen, E. ; Stolk, L. ; Streeten, E.A. ; Styrkarsdottir, U. ; Swart, K.M.A. ; Thompson, P. ; Thomson, C.A. ; Thorleifsson, G. ; Thorsteinsdottir, U. ; Tikkanen, E. ; Tranah, G.J. ; Uitterlinden, A.G. ; van Duijn, C.M. ; van Schoor, N.M. ; Vandenput, L. ; Vollenweider, P. ; Völzke, H. ; Wactawski-Wende, J. ; Walker, M. ; Wareham, N.J. ; Waterworth, D. ; Weedon, M.N ; Wichmann, H.-E. ; Widen, E. ; Williams, F.M.K. ; Wilson, J.F. ; Wright, N.C. ; Yerges-Armstrong, L.M. ; Yu, L. ; Zhang, W. ; Zhao, J.H. ; Zhou, Y. ; Nielson, C.M. ; Harris, T.B. ; Demissie, S. ; Kiel, D.P. ; Ohlsson, C.

Disentangling the genetics of lean mass.
Nat. Genet. 51, 245-257 (2019)

Karlsson Linnér, R. ; Biroli, P. ; Kong, E. ; Meddens, S.F.W. ; Wedow, R. ; Fontana, M.A. ; Lebreton, M. ; Tino, S.P. ; Abdellaoui, A. ; Hammerschlag, A.R. ; Nivard, M.G. ; Okbay, A. ; Rietveld, C.A. ; Timshel, P.N. ; Trzaskowski, M. ; Vlaming, R.d. ; Zünd, C.L. ; Bao, Y. ; Buzdugan, L. ; Caplin, A.H. ; Chen, C.Y. ; Eibich, P. ; Fontanillas, P. ; Gonzalez, J.R. ; Joshi, P.K. ; Karhunen, V. ; Kleinman, A. ; Levin, R.Z. ; Lill, C.M. ; Meddens, G.A. ; Muntané, G. ; Sanchez-Roige, S. ; Rooij, F.J.v. ; Taskesen, E. ; Wu, Y. ; Zhang, F. ; 23and Me Research Team ; eQTLGen Consortium (Prokisch, H. ; Schramm, K.) ; International Cannabis Consortium ; Social Science Genetic Association Consortium (Baumbach, C. ; Meisinger, C. ; Meitinger, T. ; Strauch, K. ; Gieger, C.) ; Auton, A. ; Boardman, J.D. ; Clark, D.W. ; Conlin, A. ; Dolan, C.C. ; Fischbacher, U. ; Groenen, P.J.F. ; Mullan Harris, K. ; Hasler, G. ; Hofman, A. ; Ikram, M.A. ; Jain, S. ; Karlsson, R. ; Kessler, R.C. ; Kooyman, M. ; MacKillop, J. ; Männikkö, M. ; Morcillo-Suarez, C. ; McQueen, M.B. ; Schmidt, K.M. ; Smart, M.C. ; Sutter, M. ; Thurik, A.R. ; Uitterlinden, A.G. ; White, J. ; de Wit, H. ; Yang, J. ; Bertram, L. ; Boomsma, D.I. ; Esko, T. ; Fehr, E. ; Hinds, D.A. ; Johannesson, M. ; Kumari, M. ; Laibson, D. ; Magnusson, P.K.E. ; Meyer, M.N. ; Navarro, A. ; Palmer, A.A. ; Pers, T.H. ; Posthuma, D. ; Schunk, D. ; Stein, M.B, ; Svento, R. ; Tiemeier, H. ; Timmers, P.R.H.J. ; Turley, P. ; Ursano, R.J. ; Wagner, G.G. ; Wilson, J.F. ; Gratten, J. ; Lee, J.J. ; Cesarini, D. ; Benjamin, D.J. ; Koellinger, P.D. ; Beauchamp, J.P.

Genome-wide association analyses of risk tolerance and risky behaviors in over 1 million individuals identify hundreds of loci and shared genetic influences.

Sheng, X. ; Nenseth, H.Z. ; Qu, S. ; Kuzu, O.F. ; Frahnow, T. ; Simon, L. ; Greene, S. ; Zeng, Q. ; Fazli, L. ; Rennie, P.S. ; Mills, I.G. ; Danielsen, H. ; Theis, F.J. ; Patterson, J.B. ; Jin, Y. ; Saatcioglu, F.

IRE1α-XBP1s pathway promotes prostate cancer by activating c-MYC signaling.
FASEB J. 33, 5924-5941 (2019)

Glantschnig, C. ; Koenen, M. ; Gil Lozano, M. ; Karbiener, M. ; Pickrahn, I. ; Williams-Dautovich, J. ; Patel, R. ; Cummins, C.L. ; Giroud, M. ; Hartleben, G. ; Vogl, E.S. ; Blüher, M. ; Tuckermann, J. ; Uhlenhaut, N.H. ; Herzig, S. ; Scheideler, M.

A miR-29a-driven negative feedback loop regulates peripheral glucocorticoid receptor signaling.
Epigenomics 11, 363-366 (2019)

Brockers, K. ; Schneider, R.

Histone H1, the forgotten histone.

Eraslan, G. ; Simon, L. ; Mircea, M. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J.

Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder.

Hemmer, M.C. ; Wierer, M. ; Schachtrup, K. ; Downes, M. ; Hübner, N. ; Evans, R.M. ; Uhlenhaut, N.H.

E47 modulates hepatic glucocorticoid action.
Front. Microbiol. 9:3338 (2019)

Kaderali, L. ; Theis, F.J. ; Ganusov, V.V. ; Ciupe, S.M. ; Mehr, R. ; Ribeiro, R.M. ; Hernandez-Vargas, E.A.

Editorial: Integrative computational systems biology approaches in immunology and medicine.
Trends Cancer 5, 5-7 (2019)

Singh, H.R. ; Stricker, S.H.

Glucose-regulated TET2 activity links cancer to diabetes.
Nat. Methods 16, 43-49 (2019)

Büttner, M. ; Miao, Z. ; Wolf, F.A. ; Teichmann, S.A. ; Theis, F.J.

A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction.
Methods Mol. Biol. 1896, 159-190 (2019)

van den Bos, H. ; Bakker, B. ; Taudt, A. ; Guryev, V. ; Colomé-Tatché, M. ; Lansdorp, P.M. ; Foijer, F. ; Spierings, D.C.J.

Quantification of aneuploidy in mammalian systems.

Tischler, J. ; Gruhn, W.H. ; Reid, J. ; Allgeyer, E. ; Buettner, F. ; Marr, C. ; Theis, F.J. ; Simons, B.D. ; Wernisch, L. ; Surani, M.A.

Metabolic regulation of pluripotency and germ cell fate through alpha-ketoglutarate.

Thomas, J. ; Küpper, M. ; Batra, R. ; Jargosch, M. ; Atenhan, A. ; Baghin, V. ; Krause, L. ; Lauffer, F. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S. ; Garzorz-Stark, N.

Is the humoral immunity dispensable for the pathogenesis of psoriasis?
Science 362, 1182-1186 (2018)

Harris, C. ; Scheibe, M. ; Wongpalee, S.P. ; Liu, W. ; Cornett, E.M. ; Vaughan, R. ; Li, X. ; Chen, W. ; Xue, Y. ; Zhong, Z. ; Yen, L. ; Barshop, W.D. ; Rayatpisheh, S. ; Gallego-Bartolome, J. ; Groth, M. ; Wang, Z. ; Wohlschlegel, J.A. ; Du, J. ; Rothbart, S.B. ; Butter, F. ; Jacobsen, S.E.

A DNA methylation reader complex that enhances gene transcription.
2018 in
In: Lecture Notes in Bioengineerin. 2018. 85-100

Backofen, R. ; Costa, F. ; Theis, F.J. ; Marr, C. ; Preusse, M. ; Becker, C. ; Saunders, S. ; Palme, K. ; Dovzhenko, O.

MicroRNA as an integral part of cell communication: Regularized target prediction and network prediction.
2018 in
In: Lecture Notes in Bioengineering. 2018. 115-136

Müller, N.S. ; Sass, S. ; Offermann, B. ; Singh, A. ; Knauer, S. ; Schüttler, A. ; Minardi, J.N. ; Theis, F.J. ; Busch, H. ; Boerries, M.

Information theoretic concepts to unravel cell–cell communication.
Eur. Heart J. 39, 998-998 (2018)

Elhadad, M.A. ; Wilson, R. ; Zaghlool, S. ; Huth, C. ; Kriebel, J. ; Grallert, H. ; Rathmann, W. ; Graumann, J. ; Suhre, K. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M.

Using the plasma proteome to decipher metabolic syndrome pathophysiology and discover a diagnostic biomarker panel.

Breunig, C. ; Neuner, A.M. ; Giehrl-Schwab, J. ; Wurst, W. ; Götz, M. ; Stricker, S.H.

A customizable protocol for string assembly gRNA cloning (STAgR).
Sci. Adv. 4:eaar8082 (2018)

Szabo, Q. ; Jost, D.T. ; Chang, J.M. ; Cattoni, D.I. ; Papadopoulos, G.L. ; Bonev, B. ; Sexton, T. ; Gurgo, J. ; Jacquier, C. ; Nollmann, M. ; Bantignies, F. ; Cavalli, G.

TADs are 3D structural units of higher-order chromosome organization in Drosophila.

Chatzopoulou, E.I. ; Raharja-Liu, P. ; Murschhauser, A. ; Sekhavati, F. ; Buggenthin, F. ; Vollmar, A.M. ; Marr, C. ; Rädler, J.O.

A single-cell micro-trench platform for automatic monitoring of cell division and apoptosis after chemotherapeutic drug administration.
Clin. Epigenet. 10:161 (2018)

Ward-Caviness, C.K. ; Agha, G. ; Chen, B.H. ; Pfeiffer, L. ; Wilson, R. ; Wolf, P. ; Gieger, C. ; Schwartz, J. ; Vokonas, P.S. ; Hou, L. ; Just, A.C. ; Bandinelli, S. ; Hernandez, D.G. ; Singleton, A.B. ; Prokisch, H. ; Meitinger, T. ; Kastenmüller, G. ; Ferrucci, L. ; Baccarelli, A.A. ; Waldenberger, M. ; Peters, A.

Analysis of repeated leukocyte DNA methylation assessments reveals persistent epigenetic alterations after an incident myocardial infarction.
Cell Rep. 25, 3231-3240.e8 (2018)

Bast, L. ; Calzolari, F. ; Strasser, M. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J. ; Ninkovic, J. ; Marr, C.

Increasing neural stem cell division asymmetry and quiescence are predicted to contribute to the age-related decline in neurogenesis.

Abou-Khalil, B. ; Auce, P. ; Avbersek, A. ; Bahlo, M. ; Balding, D.J. ; Bast, T. ; Baum, L. ; Becker, A.J. ; Becker, F. ; Berghuis, B. ; Berkovic, S.F. ; Boysen, K.E. ; Bradfield, J.P. ; Brody, L.C. ; Buono, R.J. ; Campbell, E. ; Cascino, G.D. ; Catarino, C.B. ; Cavalleri, G.L. ; Cherny, S.S. ; Chinthapalli, K. ; Coffey, A.J. ; Compston, A. ; Coppola, A. ; Cossette, P. ; Craig, J.J. ; de Haan, G.J. ; de Jonghe, P. ; de Kovel, C.G.F. ; Delanty, N. ; Depondt, C. ; Devinsky, O. ; Dlugos, D.J. ; Doherty, C.P. ; Elger, C.E. ; Eriksson, J.G. ; Ferraro, T.N. ; Feucht, M. ; Francis, B. ; Franke, A. ; French, J.A. ; Freytag, S. ; Gaus, V. ; Geller, E.B. ; Gieger, C. ; Glauser, T. ; Glynn, S. ; Goldstein, D.B. ; Gui, H. ; Guo, Y. ; Haas, K.F. ; Hakonarson, H. ; Hallmann, K. ; Strauch, K. ; Zara, F. ; Helbig, I. ; Hengsbach, C. ; Hjalgrim, H. ; Iacomino, M. ; Ingason, A. ; Jamnadas-Khoda, J. ; Johnson, M.R. ; Kälviäinen, R. ; Kantanen, A.M. ; Kasperavičiūte, D. ; Kasteleijn-Nolst Trenite, D. ; Kirsch, H.E. ; Knowlton, R.C. ; Koeleman, B.P.C. ; Krause, R. ; Krenn, M. ; Kunz, W.S. ; Kuzniecky, R. ; Kwan, P. ; Zimprich, F.

Genome-wide mega-analysis identifies 16 loci and highlights diverse biological mechanisms in the common epilepsies.

Fröhlich, F. ; Reiser, A. ; Fink, L. ; Woschée, D. ; Ligon, T. ; Theis, F.J. ; Rädler, J.O. ; Hasenauer, J.

Multi-experiment nonlinear mixed effect modeling of single-cell translation kinetics after transfection.
Cell Rep. 25, 3241-3251.e5 (2018)

di Giaimo, R. ; Durovic, T. ; Barquin, P. ; Kociaj, A. ; Lepko, T. ; Aschenbroich, S. ; Breunig, C. ; Irmler, M. ; Cernilogar, F.M. ; Schotta, G. ; Barbosa, J.S. ; Trümbach, D. ; Baumgart, E.V. ; Neuner, A.M. ; Beckers, J. ; Wurst, W. ; Stricker, S.H. ; Ninkovic, J.

The aryl hydrocarbon receptor pathway defines the time frame for restorative neurogenesis.
Chem. Senses 44, 7-9 (2018)

Manoel, D. ; Makhlouf, M. ; Scialdone, A. ; Saraiva, L.R.

Interspecific variation of olfactory preferences in flies, mice, and humans.
Cell Syst. 7, 567-579 (2018)

Fröhlich, F. ; Kessler, T. ; Weindl, D. ; Shadrin, A. ; Schmiester, L. ; Hache, H. ; Muradyan, A. ; Schütte, M. ; Lim, J.H. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Lehrach, H. ; Wierling, C. ; Lange, B. ; Hasenauer, J.

Efficient parameter estimation enables the prediction of drug response using a mechanistic pan-cancer pathway model.

Ngo, D. ; Jacobson, S. ; Flexeder, C. ; Petersen, H. ; Keyes, M. ; Herzig, M. ; Manichaikul, A. ; Oelsner, E. ; Gerszten, R.E. ; Gieger, C. ; Kechris, K. ; Comellas, A.P. ; John, J.E. ; Barr, R. ; Couper, D. ; Tesfaigzi, Y. ; Schulz, H. ; Bowler, R.P.

Proteomic profiling identifies novel circulating markers associated with lung function.

Foerster, K. ; Ertl-Wagner, B. ; Sass, S. ; Stoecklein, S. ; Schoeppe, F. ; Dietrich, O. ; Pomschar, A. ; Schulze, A. ; Huebener, C. ; Theis, F.J. ; Ehrhardt, H. ; Flemmer, A. ; Hilgendorff, A.

Quantitative MRI measurements to detect pulmonary hypertension in bronchopulomnary dysplasia.
Cell Rep. 25, 2729-2741.e6 (2018)

O'Neill, A.C. ; Kyrousi, C. ; Klaus, J. ; Leventer, R.J. ; Kirk, E.P. ; Fry, A. ; Pilz, D.T. ; Morgan, T. ; Jenkins, Z.A. ; Drukker, M. ; Berkovic, S.F. ; Scheffer, I.E. ; Guerrini, R. ; Markie, D.M. ; Götz, M. ; Cappello, S. ; Robertson, S.P.

A primate-specific isoform of PLEKHG6 regulates neurogenesis and neuronal migration.

Nawijn, M.C. ; Rajagopal, J. ; Koppelman, G.H. ; van den Berge, M. ; Rose-Zerilli, M.J. ; Holloway, J.W. ; Schultze, J.L. ; Barbry, P. ; Teichmann, S.A. ; Prabhakar, S. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.

The human lung cell atlas: A comprehensive reference map for all cell types in the healthy human lung.

Foerster, K. ; Sass, S. ; Pomschar, A. ; Ehrhardt, H. ; Naehrlich, L. ; Schulze, A. ; Flemmer, A. ; Huebener, C. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Dietrich, O. ; Ertl-Wagner, B. ; Hilgendorff, A.

Diagnosis of bronchopulmonary dysplasia using magnetic resonance imaging analysis.

Schweiger, R. ; Fisher, E. ; Weissbrod, O. ; Rahmani, E. ; Müller-Nurasyid, M. ; Kunze, S. ; Gieger, C. ; Waldenberger, M. ; Rosset, S. ; Halperin, E.

Detecting heritable phenotypes without a model using fast permutation testing for heritability and set-tests.
GigaScience 7, DOI: 10.1093/gigascience/giy137 (2018)

Tsepilov, Y.A. ; Sharapov, S.Z. ; Zaytseva, O.O. ; Krumsiek, J. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Wang-Sattler, R. ; Strauch, K. ; Gieger, C. ; Aulchenko, Y.S.

A network-based conditional genetic association analysis of the human metabolome.

Adriaens, M.E. ; Lodder, E.M. ; Moreno-Moral, A. ; Silhavý, J. ; Heinig, M. ; Glinge, C. ; Belterman, C. ; Wolswinkel, R. ; Petretto, E. ; Pravenec, M. ; Remme, C.A. ; Bezzina, C.R.

Systems genetics approaches in rat identify novel genes and gene networks associated with cardiac conduction.
EBioMedicine 38, 206-216 (2018)

Parmar, P. ; Lowry, E. ; Cugliari, G. ; Suderman, M. ; Wilson, R. ; Karhunen, V. ; Andrew, T. ; Wiklund, P. ; Wielscher, M. ; Guarrera, S. ; Teumer, A. ; Lehne, B. ; Milani, L. ; de Klein, N. ; Mishra, P.P. ; Melton, P.E. ; Mandaviya, P.R. ; Kasela, S. ; Nano, J. ; Zhang, W. ; Zhang, Y. ; Uitterlinden, A.G. ; Peters, A. ; Schöttker, B. ; Gieger, C. ; Anderson, D. ; Boomsma, D.I. ; Grabe, H.J. ; Panico, S. ; Veldink, J.H. ; van Meurs, J.B.J. ; van den Berg, L.H. ; Beilin, L.J. ; Franke, L. ; Loh, M. ; Van Greevenbroek, M.M.J. ; Nauck, M. ; Kähönen, M. ; Li, S. ; Chambers, J.C. ; Sebert, S. ; Slagboom, P.E. ; van der Harst, P. ; Kunze, S. ; Felix, S.B. ; Zhang, T. ; Chen, W. ; Mori, T.A. ; Bonnefond, A. ; Heijmans, B.T. ; Muka, T. ; Kooner, J.S. ; Fischer, K. ; Waldenberger, M. ; Froguel, P. ; Huang, R.-C. ; Lehtimäki, T. ; Rathmann, W. ; Relton, C.L. ; Matullo, G. ; Brenner, H. ; Verweij, N. ; Järvelin, M.-R.

Association of maternal prenatal smoking GFI1-locus and cardiometabolic phenotypes in 18,212 adults.
Cell Stem Cell 23, 742-757.e8 (2018)

Cossec, J.C. ; Theurillat, I. ; Chica, C. ; Búa Aguín, S. ; Gaume, X. ; Andrieux, A. ; Iturbide Martinez De Albeniz, A. ; Jouvion, G. ; Li, H. ; Bossis, G. ; Seeler, J.S. ; Torres-Padilla, M.E. ; Dejean, A.

SUMO safeguards somatic and pluripotent cell identities by enforcing distinct chromatin states.
Nat. Genet. 50, 1505-1513 (2018)

Mahajan, A. ; Taliun, D. ; Thurner, M. ; Robertson, N.R. ; Torres, J.M. ; Rayner, N.W. ; Payne, A.J. ; Steinthorsdottir, V. ; Scott, R.A. ; Grarup, N. ; Cook, J.P. ; Schmidt, E.M. ; Wuttke, M. ; Sarnowski, C. ; Magill, R. ; Nano, J. ; Gieger, C. ; Trompet, S. ; Lecoeur, C. ; Preuss, M.H. ; Prins, B.P. ; Guo, X. ; Bielak, L.F. ; Below, J.E. ; Bowden, D.W. ; Chambers, J.C. ; Kim, Y.J. ; Ng, M.C.Y. ; Petty, L.E. ; Sim, X. ; Zhang, W. ; Bennett, A.J. ; Bork-Jensen, J. ; Brummett, C.M. ; Canouil, M. ; Kardt, K.E. ; Fischer, K. ; Kardia, S.L.R. ; Kronenberg, F. ; Läll, K. ; Liu, C. ; Locke, A.E. ; Luan, J. ; Ntalla, L. ; Nylander, V. ; Schoenherr, S. ; Schurmann, C. ; Yengo, L. ; Bottinger, E.P. ; Brandslund, I. ; Christensen, C. ; Dedoussis, G. ; Florez, J.C ; Ford, I. ; France, O.H. ; Frayling, T.M. ; Giedraitis, V. ; Hackinger, S. ; Hattersley, A.T. ; Herder, C. ; Ikram, M.A. ; Ingelsson, M. ; Jorgensen, M.E. ; Jorgensen, T. ; Kriebel, J. ; Kuusisto, J. ; Ligthart, S. ; Lindgren, C.M. ; Linneberg, A. ; Lyssenko, V. ; Mamakou, V. ; Meitinger, T. ; Mohlke, K.L. ; Morris, A.D. ; Nadkarni, G. ; Pankow, J.S. ; Peters, A. ; Sattar, N. ; Stancáková, A. ; Strauch, K. ; Taylor, K.D. ; Thorand, B. ; Thorleifsson, G. ; Thorsteinsdottir, U. ; Tuomilehto, J. ; Witte, D.R. ; Dupuis, J. ; Peyser, P.A. ; Zeggini, E. ; Loos, R.J.F. ; Froguel, P. ; Ingelsson, E. ; Lind, L. ; Groop, L. ; Laakso, M. ; Collins, F.S. ; Jukema, J.W. ; Palmer, C.N.A. ; Grallert, H. ; Metspalu, A. ; Dehghan, A. ; Koettgen, A. ; Abecasis, G.R. ; Meigs, J.B. ; Rotter, J.I. ; Marchini, J. ; Pedersen, O. ; Hansen, T. ; Langenberg, C. ; Wareham, N.J. ; Stefansson, K. ; Gloyn, A.L. ; Morris, A.P. ; Boehnke, M. ; McCarthy, M.

Fine-mapping type 2 diabetes loci to single-variant resolution using high-density imputation and islet-specific epigenome maps.
Nat. Genet. 50, 1514-1523 (2018)

Klarin, D. ; Damrauer, S.M. ; Cho, K.-H. ; Sun, Y. ; Teslovich, T.M. ; Honerlaw, J. ; Gagnon, D.R. ; Du Vall, S.L. ; Li, J. ; Peloso, G.M. ; Chaffin, M. ; Small, A.M. ; Huang, J. ; Tang, H. ; Lynch, J.A. ; Ho, Y.H. ; Liu, D. ; Emdin, C.A. ; Li, A.H. ; Huffman, J.E. ; Lee, J.S. ; Natarajan, P. ; Chowdhury, R. ; Saleheen, D. ; Vujkovic, M.R. ; Baras, A. ; Pyarajan, S. ; di Angelantonio, E. ; Neale, B.M. ; Naheed, A.I. ; Khera, A.V. ; Danesh, J. ; Chan, K. ; Abecasis, G. ; Willer, C. ; Dewey, F.E. ; Carey, D.J. ; Concato, J. ; Gaziano, J.M. ; O'Donnell, C. ; Tsao, P.S. ; Kathiresan, S. ; Rader, D.J. ; Wilson, P.W.F. ; Assimes, T.L. ; Global Lipids Genetics Consortium (Strauch, K. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Müller-Nurasyid, M. ; Peters, A. ; Waldenberger, M.)

Genetics of blood lipids among similar to 300,000 multi-ethnic participants of the Million Veteran Program.
Mol. Cell 72, 739-752 (2018)

Foster, B. ; Stolz, P. ; Mulholland, C.B. ; Montoya, A. ; Kramer, H. ; Bultmann, S. ; Bartke, T.

Critical role of the UBL domain in stimulating the E3 ubiquitin ligase activity of UHRF1 toward chromatin.

Neschen, S. ; Wu, M. ; Fuchs, C. ; Kondofersky, I. ; Theis, F.J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Häring, H.-U. ; Sartorius, T.

Impact of brain fatty acid signaling on peripheral insulin action in mice.
Genet. Epidemiol. 42, 719-720 (2018)

Müller-Nurasyid, M. ; Schramm, K. ; Heier, M. ; Pietzner, M. ; Budde, K. ; Adamski, J. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Kastenmüller, G. ; Strauch, K.

Pharmacogenetic effects in population-based metabolic profiles.

Teumer, A. ; Chaker, L. ; Groeneweg, S. ; Li, Y. ; Di Munno, C. ; Barbieri, C. ; Schultheiss, U.T. ; Traglia, M. ; Ahluwalia, T.S. ; Akiyama, M. ; Appel, E.V.R. ; Arking, D.E. ; Arnold, A. ; Astrup, A. ; Beekman, M. ; Beilby, J.P. ; Bekaert, S. ; Boerwinkle, E. ; Brown, S.J. ; De Buyzere, M. ; Campbell, P.J. ; Ceresini, G. ; Cerqueira, C. ; Cucca, F. ; Deary, I.J. ; Deelen, J. ; Eckardt, K.U. ; Ekici, A.B. ; Eriksson, J.G. ; Ferrrucci, L. ; Fiers, T. ; Fiorillo, E. ; Ford, I. ; Fox, C.S. ; Fuchsberger, C. ; Galesloot, T.E. ; Gieger, C. ; Gögele, M. ; de Grandi, A. ; Grarup, N. ; Greiser, K.H. ; Haljas, K. ; Hansen, T. ; Harris, S.E. ; van Heemst, D. ; den Heijer, M. ; Hicks, A.A. ; den Hollander, W. ; Homuth, G. ; Hui, J. ; Ikram, M.A. ; Ittermann, T. ; Jensen, R.A. ; Jing, J. ; Jukema, J.W. ; Kajantie, E. ; Kamatani, Y. ; Kasbohm, E. ; Kaufman, J.M. ; Kiemeney, L.A. ; Kloppenburg, M. ; Kronenberg, F. ; Kubo, M. ; Lahti, J. ; Lapauw, B. ; Li, S. ; Liewald, D.C.M. ; Lim, E.M. ; Linneberg, A. ; Marina, M. ; Mascalzoni, D. ; Matsuda, K. ; Medenwald, D. ; Meisinger, C. ; Meulenbelt, I. ; de Meyer, T. ; Meyer zu Schwabedissen, H.E. ; Mikolajczyk, R. ; Moed, M. ; Netea-Maier, R.T. ; Nolte, I.M. ; Okada, Y. ; Pala, M. ; Pattaro, C. ; Pedersen, O. ; Petersmann, A. ; Porcu, E. ; Postmus, I. ; Pramstaller, P.P. ; Psaty, B.M. ; Ramos, Y.F.M. ; Rawal, R. ; Redmond, P. ; Richards, J.B. ; Rietzschel, E.R. ; Rivadeneira, F. ; Roef, G.L. ; Rotter, J.I. ; Sala, C.F. ; Schlessinger, D. ; Selvin, E. ; Slagboom, P.E. ; Soranzo, N. ; Sørensen, T.I.A. ; Spector, T.D. ; Starr, J.M. ; Stott, D.J. ; Taes, Y.E. ; Taliun, D. ; Tanaka, T. ; Thuesen, B. ; Tiller, D. ; Toniolo, D. ; Uitterlinden, A.G. ; Visser, W.E. ; Walsh, J.P. ; Wilson, S.G. ; Wolffenbuttel, B.H.R. ; Yang, Q. ; Zheng, H.F. ; Cappola, A. ; Peeters, R.P. ; Naitza, S. ; Völzke, H. ; Sanna, S. ; Köttgen, A. ; Visser, T.J. ; Medici, M.

Genome-wide analyses identify a role for SLC17A4 and AADAT in thyroid hormone regulation.
Dev. Cell 47, 205-221.e7 (2018)

Krahmer, N. ; Najafi, B. ; Schueder, F. ; Quagliarini, F. ; Steger, M. ; Seitz, S. ; Kasper, R. ; Salinas, F. ; Cox, J. ; Uhlenhaut, N.H. ; Walther, T.C. ; Jungmann, R. ; Zeigerer, A. ; Borner, G.H.H. ; Mann, M.

Organellar proteomics and phospho-proteomics reveal subcellular teorganization in diet-induced hepatic steatosis.
2018 in
Poster: 40 years Myc, 50 years Polymerase II, and 65 years Dirk Eick!, 9 November 2018, Planegg-Martinsried. (2018)

Andrau, J.-C. ; Geyer, M. ; Hermeking, H. ; Hölzel, M. ; Imhof, A. ; Murphy, S. ; Schneider, R.

Regulation of transcription: RNA Pol II and Myc.

Barrios, C. ; Zierer, J. ; Würtz, P. ; Haller, T. ; Metspalu, A. ; Gieger, C. ; Thorand, B. ; Meisinger, C. ; Waldenberger, M. ; Raitakari, O. ; Lehtimäki, T. ; Otero, S. ; Rodríguez, E. ; Pedro-Botet, J. ; Kähönen, M. ; Ala-Korpela, M. ; Kastenmüller, G. ; Spector, T.D. ; Pascual, J. ; Menni, C.

Circulating metabolic biomarkers of renal function in diabetic and non-diabetic populations.
Nat. Genet. 50, 1352-1358 (2018)

Marti-Renom, M.A. ; Almouzni, G. ; Bickmore, W.A. ; Bystricky, K. ; Cavalli, G. ; Fraser, P. ; Gasser, S.M. ; Giorgetti, L. ; Heard, E. ; Nicodemi, M. ; Nollmann, M. ; Orozco, M. ; Pombo, A. ; Torres-Padilla, M.E.

Challenges and guidelines toward 4D nucleome data and model standards.
Nat. Genet. 50, 1412-1425 (2018)

Evangelou, E. ; Warren, H.R. ; Mosen-Ansorena, D. ; Mifsud, B. ; Pazoki, R. ; Gao, H. ; Ntritsos, G. ; Dimou, N.L. ; Cabrera, C.P. ; Karaman, I. ; Ng, F.L. ; Evangelou, M. ; Witkowska, K. ; Tzanis, E. ; Hellwege, J.N. ; Giri, A. ; Velez Edwards, D.R. ; Sun, Y.V. ; Cho, K.-H. ; Gaziano, J.M. ; Wilson, P.W.F. ; Tsao, P.S. ; Kovesdy, C.P. ; Esko, T. ; Mägi, R. ; Milani, L. ; Almgren, P. ; Boutin, T. ; Debette, S. ; Ding, J. ; Giulianini, F. ; Holliday, E.G. ; Jackson, A.U. ; Li-Gao, R. ; Lin, W.Y. ; Luan, J. ; Mangino, M. ; Oldmeadow, C. ; Prins, B.P. ; Qian, Y. ; Sargurupremraj, M. ; Shah, N. ; Surendran, P. ; Thériault, S. ; Verweij, N. ; Willems, S.M. ; Zhao, J.H. ; Amouyel, P. ; Connell, J. ; de Mutsert, R. ; Doney, A.S.F. ; Farrall, M. ; Menni, C. ; Morris, A.D. ; Noordam, R. ; Paré, G. ; Poulter, N.R. ; Shields, D.C. ; Stanton, A. ; Thom, S. ; Abecasis, G. ; Amin, N. ; Arking, D.E. ; Ayers, K.L. ; Barbieri, C.M. ; Batini, C. ; Bis, J.C. ; Blake, T. ; Bochud, M. ; Boehnke, M. ; Boerwinkle, E. ; Boomsma, D.I. ; Bottinger, E.P. ; Braund, P.S. ; Brumat, M. ; Campbell, A. ; Campbell, H. ; Chakravarti, A. ; Chambers, J.C. ; Chauhan, G. ; Ciullo, M. ; Cocca, M. ; Collins, F.C. ; Cordell, H.J. ; Davies, G. ; Borst, M.H. ; Geus, E.J. ; Deary, I.J. ; Deelen, J. ; Del Greco M, F. ; Demirkale, C.Y. ; Dörr, M. ; Ehret, G.B. ; Elosua, R. ; Enroth, S. ; Ferreira, T. ; Frånberg, M. ; Franco, O.H. ; Gandin, I. ; Gasparini, P. ; Giedraitis, V. ; Gieger, C. ; Girotto, G. ; Goel, A. ; Gow, A.J. ; Gudnason, V. ; Guo, X. ; Gyllensten, U. ; Hamsten, A. ; Harris, T.B. ; Harris, S.E. ; Hartman, C.A. ; Havulinna, A.S. ; Hicks, A.A. ; Hofer, E. ; Hofman, A. ; Hottenga, J.J. ; Huffman, J.E. ; Hwang, S.J. ; Ingelsson, E. ; James, A. ; Jansen, R. ; Jarvelin, M.R. ; Joehanes, R. ; Johansson, Å ; Johnson, A.D. ; Joshi, P.K. ; Jousilahti, P. ; Jukema, J.W. ; Jula, A. ; Kähönen, M. ; Kathiresan, S. ; Keavney, B.D. ; Khaw, K.T. ; Knekt, P. ; Knight, J. ; Kolcic, I. ; Kooner, J.S. ; Koskinen, S. ; Kristiansson, K. ; Kutalik, Z. ; Laan, M. ; Larson, M.G. ; Launer, L.J. ; Lehne, B. ; Lehtimäki, T. ; Liewald, D.C.M. ; Lin, L. ; Lind, L. ; Lindgren, C.M. ; Liu, Y. ; Loos, R.J.F. ; Lopez, L.M. ; Lu, Y. ; Lyytikäinen, L.-P. ; Mahajan, A. ; Mamasoula, C. ; Marrugat, J. ; Marten, J. ; Milaneschi, Y. ; Morgan, A. ; Morris, A.P. ; Morrison, A.C. ; Munson, P.J. ; Nalls, M.A. ; Nandakumar, P. ; Nelson, C.P. ; Niiranen, T. ; Nolte, I.M. ; Nutile, T. ; Oldehinkel, A.J. ; Oostra, B.A. ; O'Reilly, P.F. ; Org, E. ; Padmanabhan, S. ; Palmas, W. ; Palotie, A. ; Pattie, A. ; Penninx, B.W.J.H. ; Perola, M. ; Peters, A. ; Polasek, O. ; Pramstaller, P.P. ; Nguyen, Q.T. ; Raitakari, O.T. ; Ren, M. ; Rettig, R. ; Rice, K. ; Ridker, P.M. ; Ried, J.S. ; Riese, H. ; Ripatti, S. ; Robino, A. ; Rose, L.M. ; Rotter, J.I. ; Rudan, I. ; Ruggiero, D. ; Saba, Y. ; Sala, C.F. ; Salomaa, V. ; Samani, N.J. ; Sarin, A.P. ; Schmidt, R. ; Schmidt, H. ; Shrine, N. ; Siscovick, D. ; Smith, A.V. ; Snieder, H. ; Sõber, S. ; Sorice, R. ; Starr, J.M. ; Stott, D.J. ; Strachan, D.P. ; Strawbridge, R.J. ; Sundström, J. ; Swertz, M.A. ; Taylor, K.D. ; Teumer, A. ; Tobin, M.D. ; Tomaszewski, M. ; Toniolo, D. ; Traglia, M. ; Trompet, S. ; Tuomilehto, J. ; Tzourio, C. ; Uitterlinden, A.G. ; Vaez, A. ; van der Most, P.J. ; van Duijn, C.M. ; Vergnaud, A.C. ; Verwoert, G.C. ; Vitart, V. ; Völker, U. ; Vollenweider, P. ; Vuckovic, D. ; Watkins, H. ; Wild, S.H. ; Willemsen, G. ; Wilson, J.F. ; Wright, A.F. ; Yao, J. ; Zemunik, T. ; Zhang, W. ; Attia, J.R. ; Butterworth, A.S. ; Chasman, D.I. ; Conen, D. ; Cucca, F. ; Danesh, J. ; Hayward, C. ; Howson, J.M.M. ; Laakso, M. ; Lakatta, E.G. ; Langenberg, C. ; Melander, O. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Palmer, C.N.A. ; Risch, L. ; Scott, R.A. ; Scott, R.J. ; Sever, P. ; Spector, T.D. ; van der Harst, P. ; Wareham, N.J. ; Zeggini, E. ; Levy, D. ; Munroe, P.B. ; Newton-Cheh, C. ; Brown, M.J. ; Metspalu, A. ; Hung, A.M. ; O'Donnell, C.J. ; Edwards, T.L. ; Psaty, B.M. ; Tzoulaki, I. ; Barnes, M.R. ; Wain, L.V. ; Elliott, P.R. ; Caulfield, M.J.

Genetic analysis of over 1 million people identifies 535 new loci associated with blood pressure traits.

Gielen, M. ; Hageman, G.J. ; Antoniou, E.E. ; Nordfjall, K. ; Mangino, M. ; Balasubramanyam, M. ; de Meyer, T. ; Hendricks, A.E. ; Giltay, E.J. ; Hunt, S.C. ; Nettleton, J.A. ; Salpea, K.D. ; Diaz, V.A. ; Farzaneh-Far, R. ; Atzmon, G. ; Harris, S.E. ; Hou, L. ; Gilley, D. ; Hovatta, I. ; Kark, J.D. ; Nassar, H. ; Kurz, D.J. ; Mather, K.A. ; Willeit, P. ; Zheng, Y. ; Pavanello, S. ; Demerath, E.W. ; Rode, L. ; Bunout, D. ; Steptoe, A. ; Boardman, L. ; Marti, A. ; Needham, B. ; Zheng, W. ; Ramsey-Goldman, R. ; Pellatt, A.J. ; Kaprio, J. ; Hofmann, J.N. ; Gieger, C. ; Paolisso, G. ; Hjelmborg, J.B.H. ; Mirabello, L. ; Seeman, T. ; Wong, J.A. ; van der Harst, P. ; Broer, L. ; Kronenberg, F. ; Kollerits, B. ; Strandberg, T.E. ; Eisenberg, D.T.A. ; Duggan, C. ; Verhoeven, J.E. ; Schaakxs, R. ; Zannolli, R. ; dos Reis, R.M.R. ; Charchar, F.J. ; Tomaszewski, M. ; Mons, U. ; Demuth, I. ; Molli, A.E.I. ; Cheng, G. ; Krasnienkov, D. ; D'Antono, B. ; Kasielski, M. ; McDonnell, B.J. ; Ebstein, R.P. ; Sundquist, K. ; Paré, G. ; Chong, M. ; Zeegers, M.P. ; TELOMAAS group (Baumbach, C.) ; TELOMAAS group (Peters, A.) ; TELOMAAS group (Müller-Nurasyid, M.)

Body mass index is negatively associated with telomere length: A collaborative cross-sectional meta-analysis of 87 observational studies.
Nat. Commun. 9:3853 (2018)

Yao, C. ; Chen, G. ; Song, C. ; Keefe, J. ; Mendelson, M. ; Huan, T. ; Sun, B.B. ; Laser, A. ; Maranville, J.C. ; Wu, H. ; Ho, J.E. ; Courchesne, P. ; Lyass, A. ; Larson, M.G. ; Gieger, C. ; Graumann, J. ; Johnson, A.D. ; Danesh, J. ; Runz, H. ; Hwang, S.J. ; Liu, C. ; Butterworth, A.S. ; Suhre, K. ; Levy, D.

Genome-wide mapping of plasma protein QTLs identifies putatively causal genes and pathways for cardiovascular disease (vol 9, 3268, 2018).
Metabolomics 14:128 (2018)

Do, K.T. ; Wahl, S. ; Raffler, J. ; Molnos, S. ; Laimighofer, M. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Strauch, K. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Langenberg, C. ; Stewart, I.D. ; Theis, F.J. ; Grallert, H. ; Kastenmüller, G. ; Krumsiek, J.

Characterization of missing values in untargeted MS-based metabolomics data and evaluation of missing data handling strategies.
Diabetologia 61, S259-S259 (2018)

Saussenthaler, S. ; Ouni, M. ; Jaehnert, M. ; Huypens, P. ; Beckers, J. ; Schuermann, A.

Interindividual susceptibility to type 2 diabetes in mice: Hepatic transcriptome and DNA methylome profiling.
Nature 561, 253-257 (2018)

Scaturro, P. ; Stukalov, A. ; Haas, D.A. ; Cortese, M. ; Draganova, K. ; Płaszczyca, A. ; Bartenschlager, R. ; Götz, M. ; Pichlmair, A.

An orthogonal proteomic survey uncovers novel Zika virus host factors.
2018 in
In: Lecture Notes in Computer Science (16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, 12-14 September 2018, Brno; Czech Republic). 2018. 300-306 ( ; 11095 LNBI)

Feigelman, J ; Weindl, D. ; Theis, F.J. ; Marr, C. ; Hasenauer, J.

LNA++: Linear noise approximation with first and second order sensitivities.

Yao, C. ; Chen, G. ; Song, C. ; Keefe, J. ; Mendelson, M. ; Huan, T. ; Sun, B.B. ; Laser, A. ; Maranville, J.C. ; Wu, H. ; Ho, J.E. ; Courchesne, P. ; Lyass, A. ; Larson, M.G. ; Gieger, C. ; Graumann, J. ; Johnson, A.D. ; Danesh, J. ; Runz, H. ; Hwang, S.-J. ; Liu, C. ; Butterworth, A.S. ; Suhre, K. ; Levy, D.

Genome-wide mapping of plasma protein QTLs identifies putatively causal genes and pathways for cardiovascular disease.
Allergy 73, 732-733 (2018)

Thomas, J. ; Kuepper, M.K. ; Batra, R. ; Jargosch, M. ; Atenhan, A. ; Baghin, V. ; Krause, L. ; Lauffer, F. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S. ; Garzorz-Stark, N.

The role of humoral immunity in the pathogenesis of psoriasis.
Nat. Genet. 50:1343 (2018)

Waage, J. ; Standl, M. ; Curtin, J.A. ; Jessen, L.E. ; Thorsen, J. ; Tian, C. ; Schoettler, N. ; Flores, C. ; Abdellaoui, A. ; Ahluwalia, T.S. ; Alves, A.C. ; Amaral, A.F.S. ; Antò, J.M. ; Arnold, A. ; Barreto-Luis, A. ; Baurecht, H. ; van Beijsterveldt, C.E.M. ; Bleecker, E.R. ; Bonàs-Guarch, S. ; Boomsma, D.I. ; Brix, S. ; Bunyavanich, S. ; Burchard, E.G. ; Chen, Z. ; Curjuric, I. ; Custovic, A. ; den Dekker, H.T. ; Dharmage, S.C. ; Dmitrieva, J. ; Duijts, L. ; Ege, M.J. ; Gauderman, W.J. ; Georges, M. ; Gieger, C. ; Gilliland, F. ; Granell, R. ; Gui, H. ; Hansen, T. ; Heinrich, J. ; Henderson, J. ; Hernandez-Pacheco, N. ; Holt, P. ; Imboden, M. ; Jaddoe, V.W.V. ; Jarvelin, M.R. ; Jarvis, D.L. ; Jensen, K.K. ; Jónsdóttir, I. ; Kabesch, M. ; Kaprio, J. ; Kumar, A. ; Lee, Y.A. ; Levin, A.M. ; Li, X. ; Lorenzo-Diaz, F. ; Melén, E. ; Mercader, J.M. ; Meyers, D.A. ; Myers, R. ; Nicolae, D.L. ; Nohr, E.A. ; Palviainen, T. ; Paternoster, L. ; Pennell, C.E. ; Pershagen, G. ; Pino-Yanes, M. ; Probst-Hensch, N.M. ; Rüschendorf, F. ; Simpson, A. ; Stefansson, K. ; Sunyer, J. ; Sveinbjornsson, G. ; Thiering, E. ; Thompson, P.J. ; Torrent, M. ; Torrents, D. ; Tung, J.Y. ; Wang, C.A. ; Weidinger, S. ; Weiss, S. ; Willemsen, G. ; Williams, L.K. ; Ober, C. ; Hinds, D.A. ; Ferreira, M.A. ; Bisgaard, H. ; Strachan, D.P. ; Bønnelykke, K.

Author correction: Genome-wide association and HLA fine-mapping studies identify risk loci and genetic pathways underlying allergic rhinitis.
Diabetologie 14, 486-492 (2018)

Jarasch, A. ; Glaser, A. ; Häring, H.-U. ; Roden, M. ; Schürmann, A. ; Solimena, M. ; Theis, F.J. ; Tschöp, M.H. ; Wess, G. ; Hrabě de Angelis, M.

Mit Big Data zur personalisierten Diabetesprävention.

Riedl, A. ; Wawro, N. ; Gieger, C. ; Meisinger, C. ; Peters, A. ; Roden, M. ; Kronenberg, F. ; Herder, C. ; Rathmann, W. ; Völzke, H. ; Reincke, M. ; Koenig, W. ; Wallaschofski, H. ; Hauner, H. ; Daniel, H. ; Linseisen, J.

Identification of comprehensive metabotypes associated with cardiometabolic diseases in the population-based KORA study.
Cell 174, 1571-1585.e11 (2018)

Dyar, K.A. ; Lutter, D. ; Artati, A. ; Ceglia, N.J. ; Liu, Y. ; Armenta, D. ; Jastroch, M. ; Schneider, S. ; de Mateo, S. ; Cervantes, M. ; Abbondante, S. ; Tognini, P. ; Orozco-Solis, R. ; Kinouchi, K. ; Wang, C. ; Swerdloff, R. ; Nadeef, S. ; Masri, S. ; Magistretti, P. ; Orlando, V. ; Borrelli, E. ; Uhlenhaut, N.H. ; Baldi, P. ; Adamski, J. ; Tschöp, M.H. ; Eckel-Mahan, K.L. ; Sassone-Corsi, P.

Atlas of circadian metabolism reveals system-wide coordination and communication between clocks.
PLoS Biol. 16:e2005886 (2018)

Dyar, K.A. ; Huber, M.J. ; Mir, A.A. ; Ciciliot, S. ; Lutter, D. ; Greulich, F. ; Quagliarini, F. ; Kleinert, M. ; Fischer, K. ; Eichmann, T.O. ; Wright, L.E. ; Peña Paz, M.I. ; Casarin, A. ; Pertegato, V. ; Romanello, V. ; Albiero, M. ; Mazzucco, S. ; Rizzuto, R. ; Salviati, L. ; Biolo, G. ; Blaauw, B. ; Schiaffino, S. ; Uhlenhaut, N.H.

Transcriptional programming of lipid and amino acid metabolism by the skeletal muscle circadian clock.
Nat. Genet. 52, 1112-1121 (2018)

Lee, J.J. ; Wedow, R. ; Okbay, A. ; Kong, E. ; Maghzian, O. ; Zacher, M. ; Nguyen-Viet, T.A. ; Bowers, P. ; Sidorenko, J. ; Karlsson Linnér, R. ; Fontana, M.A. ; Kundu, T. ; Lee, C. ; Li, H. ; Li, R. ; Royer, R. ; Timshel, P.N. ; Walters, R.K. ; Willoughby, E.A. ; Yengo, L. ; Agee, M. ; Alipanahi, B. ; Auton, A. ; Bell, R.K. ; Bryc, K. ; Elson, S.L. ; Fontanillas, P. ; Hinds, D.A. ; McCreight, J.C. ; Huber, K.E. ; Litterman, N.K. ; McIntyre, M.H. ; Mountain, J.L. ; Noblin, E.S. ; Northover, C.A.M. ; Pitts, S.J. ; Sathirapongsasuti, J.F. ; Sazonova, O.V. ; Shelton, J.F. ; Shringarpure, S. ; Tian, C. ; Vacic, V. ; Wilson, C.H. ; Beauchamp, J.P. ; Pers, T.H. ; Rietveld, C.A. ; Turley, P. ; Chen, G.B. ; Emilsson, V. ; Meddens, S.F.W. ; Oskarsson, S. ; Pickrell, J.K. ; Social Science Genetic Association Consortium (Lichtner, P. ; Meitinger, T. ; Gieger, C. ; Baumbach, C. ; Strauch, K. ; Meisinger, C.) ; Abdellaoui, A. ; Ahluwalia, T.S. ; Bacelis, J. ; Bjornsdottir, G. ; Brandsma, J.H. ; Concas, M.P. ; Derringer, J. ; Furlotte, N.A. ; Galesloot, T.E. ; Girotto, G. ; Gupta, R. ; Hall, L.M. ; Harris, S.E. ; Hofer, E. ; Visscher, P.M. ; Benjamin, D.J. ; Cesarini, D.

Gene discovery and polygenic prediction from a genome-wide association study of educational attainment in 1.1 million individuals.
Trends Genet. 34, 806-820 (2018)

Rodriguez-Terrones, D. ; Torres-Padilla, M.E.

Nimble and ready to mingle: Transposon outbursts of early development.
Diabetes 67, 1414-1427 (2018)

van Zuydam, N.R. ; Ahlqvist, E. ; Sandholm, N. ; Deshmukh, H. ; Rayner, N.W. ; Ladenvall, C. ; Ziemek, D. ; Fauman, E. ; Robertson, N.R. ; McKeigue, P.M. ; Valo, E. ; Forsblom, C. ; Harjutsalo, V. ; Perna, A. ; Rurali, E. ; Marcovecchio, M.L. ; Igo, R.P. ; Salem, R.M. ; Perico, N. ; Lajer, M. ; Käräjämäki, A. ; Imamura, M. ; Kubo, M. ; Takahashi, A. ; Sim, X. ; Liu, J. ; van Dam, R.M. ; Jiang, G. ; Tam, C.H.T. ; Luk, A.O.Y. ; Lee, H.M. ; Lim, C.K.P. ; Szeto, C.C. ; So, W.Y. ; Chan, J.C.N. ; Ang, S.F. ; Dorajoo, R. ; Wang, L. ; Clara, T.S.H. ; McKnight, A.J. ; Duffy, S. ; Pezzolesi, M.G. ; Marre, M. ; Gyorgy, B. ; Hadjadj, S. ; Hiraki, L.T. ; Ahluwalia, T.S. ; Almgren, P. ; Schulz, C.A. ; Orho-Melander, M. ; Linneberg, A. ; Christensen, C. ; Witte, D.R. ; Grarup, N. ; Brandslund, I. ; Melander, O. ; Paterson, A.D. ; Tregouet, D. ; Maxwell, A.P. ; Lim, S.C. ; Ma, R.C.W. ; Tai, E.S. ; Maeda, S. ; Lyssenko, V. ; Tuomi, T. ; Krolewski, A.S. ; Rich, S.S. ; Hirschhorn, J.N. ; Florez, J.C ; Dunger, D.B. ; Pedersen, O. ; Hansen, T. ; Rossing, P. ; Remuzzi, G. ; SUMMIT Investigators (Thorand, B. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Ludwig, T. ; Nitz, B. ; Wang-Sattler, R. ; Zierer, A.)

A genome-wide association study of diabetic kidney disease in subjects with type 2 diabetes.
Blood 132, 1842-1850 (2018)

Ward-Caviness, C.K. ; Huffman, J.E. ; Evertt, K. ; Germain, M. ; van Dongen, J. ; Hill, W.D. ; Jhun, M.A. ; Brody, J.A. ; Ghanbari, M. ; Du, L. ; Roetker, N.S. ; de Vries, P.S. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Wolf, P. ; Prokisch, H. ; Koenig, W. ; O'Donnell, C.J. ; Levy, D. ; Liu, C. ; Truong, V. ; Wells, P.S. ; Trégouët, D.A. ; Tang, W. ; Morrison, A.C. ; Boerwinkle, E. ; Wiggins, K.L. ; McKnight, B. ; Guo, X. ; Psaty, B.M. ; Sotoodehnia, N. ; Boomsa, D.I. ; Willemsen, G. ; Ligthart, L. ; Deary, I.J. ; Zhao, W. ; Ware, E.B. ; Kardia, S.L.R. ; van Meurs, J.B.J. ; Uitterlinden, A.G. ; Franco, O.H. ; Eriksson, P. ; Franco-Cereceda, A. ; Pankow, J.S. ; Johnson, A.D. ; Gagnon, F. ; Morange, P.E. ; de Geus, E.J.C. ; Starr, J.M. ; Smith, J.A. ; Dehghan, A. ; Björck, H.M. ; Smith, N.L. ; Peters, A.

DNA methylation age is associated with an altered hemostatic profile in a multiethnic meta-analysis.
Nat. Genet. 50, 1072–1080 (2018)

Waage, J. ; Standl, M. ; Curtin, J.A. ; Jessen, L.E. ; Thorsen, J. ; Tian, C. ; Schoettler, N. ; Flores, C. ; Abdellaoui, A. ; Ahluwalia, T.S. ; Alves, A.C. ; Amaral, A.F.S. ; Antò, J.M. ; Arnold, A. ; Barreto-Luis, A. ; Baurecht, H. ; van Beijsterveldt, C.E.M. ; Bleecker, E.R. ; Bonàs-Guarch, S. ; Boomsma, D.I. ; Brix, S. ; Bunyavanich, S. ; Burchard, E.G. ; Chen, Z. ; Curjuric, I. ; Custovic, A. ; den Dekker, H.T. ; Dharmage, S.C. ; Dmitrieva, J. ; Duijts, L. ; Ege, M.J. ; Gauderman, W.J. ; Georges, M. ; Gieger, C. ; Gilliland, F. ; Granell, R. ; Gui, H. ; Hansen, T. ; Heinrich, J. ; Henderson, J. ; Hernandez-Pacheco, N. ; Holt, P. ; Imboden, M. ; Jaddoe, V.W.V. ; Jarvelin, M.R. ; Jarvis, D.L. ; Jensen, K.K. ; Jónsdóttir, I. ; Kabesch, M. ; Kaprio, J. ; Kumar, A. ; Lee, Y.A. ; Levin, A.M. ; Li, X. ; Lorenzo-Diaz, F. ; Melén, E. ; Mercader, J.M. ; Meyers, D.A. ; Myers, R. ; Nicolae, D.L. ; Nohr, E.A. ; Palviainen, T. ; Paternoster, L. ; Pennell, C.E. ; Pershagen, G. ; Pino-Yanes, M. ; Probst-Hensch, N.M. ; Rüschendorf, F. ; Simpson, A. ; Stefansson, K. ; Sunyer, J. ; Sveinbjornsson, G. ; Thiering, E. ; Thompson, P.J. ; Torrent, M. ; Torrents, D. ; Tung, J.Y. ; Wang, C.A. ; Weidinger, S. ; Weiss, S. ; Willemsen, G. ; Williams, L.K. ; Ober, C. ; Hinds, D.A. ; Ferreira, M.A. ; Bisgaard, H. ; Strachan, D.P. ; Bønnelykke, K.

Genome-wide association and HLA fine-mapping studies identify risk loci and genetic pathways underlying allergic rhinitis.
Neuron 98, 1069-1071 (2018)

Götz, M.

  Q&A Magdalena Götz
Curr. Opin. Syst. Biol. 7, 54-59 (2018)

Colomé-Tatché, M. ; Theis, F.J.

Statistical single cell multi-omics integration.

Strasser, M. ; Hoppe, P.S. ; Loeffler, D. ; Kokkaliaris, K.D. ; Schroeder, T. ; Theis, F.J. ; Marr, C.

Lineage marker synchrony in hematopoietic genealogies refutes the PU.1/GATA1 toggle switch paradigm.

Makowski, M.M. ; Grawe, C. ; Foster, B. ; Nguyen, N.V. ; Bartke, T. ; Vermeulen, M.

Global profiling of protein-DNA and protein-nucleosome binding affinities using quantitative mass spectrometry.
Mol. Syst. Biol. 14:e8046 (2018)

Griffiths, J.A. ; Scialdone, A. ; Marioni, J.C.

Using single-cell genomics to understand developmental processes and cell fate decisions.
BMC Genomics 19:444 (2018)

Taudt, A. ; Roquis, D. ; Vidalis, A. ; Wardenaar, R. ; Johannes, F. ; Colomé-Tatché, M.

METHimpute: Imputation-guided construction of complete methylomes from WGBS data.
JAMA Cardiol. 3, 463-472 (2018)

Aslibekyan, S. ; Agha, G. ; Colicino, E. ; Do, A.N. ; Lahti, J. ; Ligthart, S. ; Marioni, R.E. ; Marzi, C. ; Mendelson, M.M. ; Tanaka, T. ; Wielscher, M. ; Absher, D.M. ; Ferrucci, L. ; Franco, O.H. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Hernandez, D. ; Huan, T. ; Iurato, S. ; Joehanes, R. ; Just, A.C. ; Kunze, S. ; Lin, H. ; Liu, C. ; Meigs, J.B. ; van Meurs, J.B.J. ; Moore, A.Z. ; Peters, A. ; Prokisch, H. ; Räikkönen, K. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Schramm, K. ; Schwartz, J.D. ; Starr, J.M. ; Uitterlinden, A.G. ; Vokonas, P. ; Waldenberger, M. ; Yao, C. ; Zhi, D. ; Baccarelli, A.A. ; Bandinelli, S. ; Deary, I.J. ; Dehghan, A. ; Eriksson, J. ; Herder, C. ; Järvelin, M.R. ; Levy, D. ; Arnett, D.K.

Association of methylation signals with incident coronary heart disease in an epigenome-wide assessment of circulating tumor necrosis factor.
Nat. Neurosci. 21, 932–940 (2018)

Karow, M. ; Camp, J.G. ; Falk, S. ; Gerber, T. ; Pataskar, A. ; Gac-Santel, M. ; Kageyama, J. ; Brazovskaja, A. ; Garding, A. ; Fan, W. ; Riedemann, T. ; Casamassa, A. ; Smiyakin, A. ; Schichor, C. ; Götz, M. ; Tiwari, V.K. ; Treutlein, B. ; Berninger, B.

Direct pericyte-to-neuron reprogramming via unfolding of a neural stem cell-like program.
J. Exp. Bot. 69, 3507-3510 (2018)

Lindermayr, C. ; Durner, J.

Nitric oxide sensor proteins with revolutionary potential.
GigaScience 7, 1-8 (2018)

Simon, L. ; Karg, S. ; Westermann, A.J. ; Engel, M. ; Elbehery, A.H.A. ; Hense, B.A. ; Heinig, M. ; Deng, L. ; Theis, F.J.

MetaMap: An atlas of metatranscriptomic reads in human disease-related RNA-seq data.
Stem Cell Rep. 10, 58-69 (2018)

Hastreiter, S. ; Skylaki, S. ; Loeffler, D. ; Reimann, A. ; Hilsenbeck, O. ; Hoppe, P.S. ; Coutu, D.L. ; Kokkaliaris, K.D. ; Schwarzfischer, M. ; Anastassiadis, K. ; Theis, F.J. ; Schroeder, T.

Inductive and selective effects of GSK3 and MEK inhibition on nanog heterogeneity in embryonic stem cells.
Circulation 138, 2007-2020 (2018)

Wei, Y. ; Corbalán-Campos, J. ; Gurung, R. ; Natarelli, L. ; Zhu, M. ; Exner, N. ; Erhard, F. ; Greulich, F. ; Geißler, C. ; Uhlenhaut, N.H. ; Zimmer, R. ; Schober, A.

Dicer in macrophages prevents atherosclerosis by promoting mitochondrial oxidative metabolism.
Science 360:eaaq1723 (2018)

Plass, M. ; Solana, J. ; Wolf, F.A. ; Ayoub, S. ; Misios, A. ; Glažar, P. ; Obermayer, B. ; Theis, F.J. ; Kocks, C. ; Rajewsky, N.

Cell type atlas and lineage tree of a whole complex animal by single-cell transcriptomics.
eLife 7:e30823 (2018)

Viader Llargues, O. ; Lupperger, V. ; Pola-Morell, L. ; Marr, C. ; López-Schier, H.

Live cell-lineage tracing and machine learning reveal patterns of organ regeneration.
Nat. Genet. 50, 834-848 (2018)

Tedja, M.S. ; Wojciechowski, R. ; Hysi, P.G. ; Eriksson, N. ; Furlotte, N.A. ; Verhoeven, V.J.M. ; Iglesias, A.I. ; Meester-Smoor, M.A. ; Tompson, S.W. ; Fan, Q. ; Khawaja, A.P. ; Cheng, C.Y. ; Höhn, R. ; Yamashiro, K. ; Wenocur, A. ; Grazal, C. ; Haller, T. ; Metspalu, A. ; Wedenoja, J. ; Jonas, J.B. ; Wang, Y.X. ; Xie, J. ; Mitchell, P. ; Foster, P.J. ; Klein, B.E.K. ; Klein, R. ; Paterson, A.D. ; Hosseini, S.M. ; Shah, R.L. ; Williams, C. ; Teo, Y.Y. ; Tham, Y.C. ; Gupta, P. ; Zhao, W. ; Shi, Y. ; Saw, W.Y. ; Tai, E.S. ; Sim, X.L. ; Huffman, J.E. ; Polašek, O. ; Hayward, C. ; Bencic, G. ; Rudan, I. ; Wilson, J.F. ; Joshi, P.K. ; Tsujikawa, A. ; Matsuda, F. ; Whisenhunt, K.N. ; Zeller, T. ; van der Spek, P.J. ; Haak, R. ; Meijers-Heijboer, H. ; van Leeuwen, E.M. ; Iyengar, S.K. ; Lass, J.H. ; Hofman, A. ; Rivadeneira, F. ; Uitterlinden, A.G. ; Vingerling, J.R. ; Lehtimäki, T. ; Raitakari, O.T. ; Biino, G. ; Concas, M.P. ; Schwantes-An, T.H. ; Igo, R.P. ; Cuellar-Partida, G. ; Martin, N.G. ; Craig, J.E. ; Gharahkhani, P. ; Williams, K.M. ; Nag, A. ; Rahi, J.S. ; Cumberland, P.M. ; Delcourt, C. ; Bellenguez, C. ; Ried, J.S. ; Bergen, A.A. ; Meitinger, T. ; Gieger, C. ; Wong, T.Y. ; Hewitt, A.W. ; Mackey, D.A. ; Simpson, C.L. ; Pfeiffer, N. ; Pärssinen, O. ; Baird, P.N. ; Vitart, V. ; Amin, N. ; van Duijn, C.M. ; Bailey-Wilson, J.E. ; Young, T.L. ; Saw, S.M. ; Stambolian, D. ; MacGregor, S. ; Guggenheim, J.A. ; Tung, J.Y. ; Hammond, C.J. ; Klaver, C.C.W.

Genome-wide association meta-analysis highlights light-induced signaling as a driver for refractive error.
2018 in
In: (Workshop on Bildverarbeitung fur die Medizin, 11-13 March 2018, Erlangen). 2018. 10-10

Matek, C. ; Marr, C. ; Spiekermann, K.

Digital cytomorphology: Deep learning on an image data set of cell morphologies in acute myeloid leukemia.
J. Neurochem. 146, 500-525 (2018)

Uzquiano, A. ; Gladwyn-Ng, I. ; Nguyen, L.A. ; Reiner, O. ; Götz, M. ; Matsuzaki, F. ; Francis, F.

Cortical progenitor biology: Key features mediating proliferation versus differentiation.
Cell Stem Cell 22, 865-878.e8 (2018)

Petrik, D. ; Myoga, M.H. ; Grade, S. ; Gerkau, N.J. ; Pusch, M. ; Rose, C.R. ; Grothe, B. ; Götz, M.

Epithelial sodium channel regulates adult neural stem cell proliferation in a flow-dependent manner.
PLoS Genet. 14:e1007329 (2018)

Rivas, M.A. ; Avila, B.E. ; Koskela, J. ; Huang, H. ; Stevens, C.F. ; Pirinen, M. ; Haritunians, T. ; Neale, B.M. ; Kurki, M. ; Ganna, A. ; Graham, D. ; Glaser, B. ; Peter, I. ; Atzmon, G. ; Barzilai, N. ; Levine, A.P. ; Schiff, E. ; Pontikos, N. ; Weisburd, B. ; Lek, M. ; Karczewski, K.J. ; Bloom, J. ; Minikel, E.V. ; Petersen, B.-S. ; Beaugerie, L. ; Seksik, P. ; Cosnes, J. ; Schreiber, S. ; Bokemeyer, B. ; Bethge, J. ; Heap, G. ; Ahmad, T. ; Plagnol, V. ; Segal, A.W. ; Targan, S. ; Turner, D. ; Saavalainen, P. ; Farkkila, M. ; Kontula, K. ; Palotie, A. ; Brant, S.R. ; Duerr, R.H. ; Silverberg, M.S. ; Rioux, J.D. ; Weersma, R.K. ; Franke, A. ; Jostins, L. ; Anderson, C.A. ; Barrett, J.C. ; MacArthur, D.G. ; Jalas, C. ; Sokol, H. ; Xavier, R.J. ; Pulver, A. ; Cho, J.H. ; McGovern, D.P.B. ; Daly, M.J. ; International IBD Genetics Consortium (IIBDGC) (Gieger, C. ; Winkelmann, J.) ; T2D-GENES Consortium (Schwarzmayr, T. ; Hrabě de Angelis, M. ; Thorand, B. ; Meisinger, C. ; Peters, A. ; Grallert, H. ; Strauch, K. ; Strom, T.M. ; Meitinger, T.)

Insights into the genetic epidemiology of Crohn's and rare diseases in the Ashkenazi Jewish population.

O'Neill, A.C. ; Kyrousi, C. ; Einsiedler, M. ; Burtscher, I. ; Drukker, M. ; Markie, D.M. ; Kirk, E.P. ; Götz, M. ; Robertson, S.P. ; Cappello, S.

Mob2 insufficiency disrupts neuronal migration in the developing cortex.
Nature 557, 329-334 (2018)

Barker, R.A. ; Götz, M. ; Parmar, M.

New approaches for brain repair-from rescue to reprogramming.
Exp. Mol. Med. 50:e453 (2018)

Apweiler, R. ; Beissbarth, T. ; Berthold, M.R. ; Blüthgen, N. ; Burmeister, Y. ; Dammann, O. ; Deutsch, A.J. ; Feuerhake, F. ; Franke, A. ; Hasenauer, J. ; Hoffmann, S. ; Höfer, T. ; Jansen, P.L.M. ; Kaderali, L. ; Klingmüller, U. ; Koch, I. ; Kohlbacher, O. ; Kuepfer, L. ; Lammert, F. ; Maier, D. ; Pfeifer, N. ; Radde, N. ; Rehm, M. ; Roeder, I. ; Saez-Rodriguez, J. ; Sax, U. ; Schmeck, B.T. ; Schuppert, A. ; Seilheimer, B. ; Theis, F.J. ; Vera, J. ; Wolkenhauer, O.

Whither systems medicine?
Nutrients 10:547 (2018)

Hoene, M. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Häring, H.-U. ; Weigert, C.

A vitamin E-enriched antioxidant diet interferes with the acute adaptation of the liver to physical exercise in mice.
Mol. Metab., DOI: 10.1016/j.molmet.2018.01.007 (2018)

Nieborak, A. ; Schneider, R.

Metabolic intermediates - Cellular messengers talking to chromatin modifiers.

Dehmel, S. ; Nathan, P. ; Bartel, S. ; El-Mehrie, N. ; Scherb, H. ; Milger, K. ; John-Schuster, G. ; Yildirim, A.Ö. ; Hyklema, M. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Schaub, B. ; Eickelberg, O. ; Krauss-Etschmann, S.

Intrauterine smoke exposure deregulates lung function, pulmonary transcriptomes, and in particular insulin-like growth factor (IGF)-1 in a sex-specific manner.
PLoS ONE 13:e0196015 (2018)

Breunig, C. ; Durovic, T. ; Neuner, A.M. ; Baumann, V. ; Wiesbeck, M.F. ; Köferle, A. ; Götz, M. ; Ninkovic, J. ; Stricker, S.H.

One step generation of customizable gRNA vectors for multiplex CRISPR approaches through string assembly gRNA cloning (STAgR).
EMBO Rep. 19:e45294 (2018)

Frik, J. ; Merl-Pham, J. ; Plesnila, N. ; Mattugini, N. ; Kjell, J. ; Kraska, J. ; Gómez, R.M. ; Hauck, S.M. ; Sirko, S. ; Götz, M.

Cross-talk between monocyte invasion and astrocyte proliferation regulates scarring in brain injury.
Open Biol. 8:180013 (2018)

Bultmann, S. ; Stricker, S.H.

Entering the post-epigenomic age: Back to epigenetics.
Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 38, 1230-1241 (2018)

Erhart, G. ; Lamina, C. ; Lehtimäki, T. ; Marques-Vidal, P. ; Kähönen, M. ; Vollenweider, P. ; Raitakari, O.T. ; Waeber, G. ; Thorand, B. ; Strauch, K. ; Gieger, C. ; Meitinger, T. ; Peters, A. ; Kronenberg, F. ; Coassin, S.

Genetic factors explain a major fraction of the 50% lower lipoprotein(a) concentrations in Finns.
Glia 66, 1644-1662 (2018)

Mattugini, N. ; Merl-Pham, J. ; Petrozziello, E. ; Schindler, L. ; Bernhagen, J. ; Hauck, S.M. ; Götz, M.

Influence of white matter injury on gray matter reactive gliosis upon stab wound in the adult murine cerebral cortex.

Jia, J. ; Conlon, T.M. ; Sarker, R.S. ; Taşdemir, D. ; Smirnova, N.F. ; Srivastava, B. ; Verleden, S.E. ; Güneş, G. ; Wu, X. ; Prehn, C. ; Gao, J. ; Heinzelmann, K. ; Lintelmann, J. ; Irmler, M. ; Pfeiffer, S. ; Schloter, M. ; Zimmermann, R. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J. ; Adamski, J. ; Bayram, H. ; Eickelberg, O. ; Yildirim, A.Ö.

Cholesterol metabolism promotes B-cell positioning during immune pathogenesis of chronic obstructive pulmonary disease.

Wang, X. ; Sterr, M. ; Burtscher, I. ; Chen, S. ; Hieronimus, A. ; Machicao, F. ; Staiger, H. ; Häring, H.-U. ; Lederer, G. ; Meitinger, T. ; Cernilogar, F.M. ; Schotta, G. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Ray, M. ; Wright, C.V.E. ; Bakhti, M. ; Lickert, H.

Genome-wide analysis of PDX1 target genes in human pancreatic progenitors.

Lauffer, F. ; Jargosch, M. ; Krause, L. ; Garzorz-Stark, N. ; Franz, R. ; Roenneberg, S. ; Böhner, A. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Biedermann, T. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.

Type I immune response induces keratinocyte necroptosis and is associated with interface dermatitis.