INET core publications

Lambourne, L. ; Yadav, A. ; Wang, Y. ; Desbuleux, A. ; Kim, D.K. ; Laval, F. ; Spirohn-Fitzgerald, K. ; Cafarelli, T. ; Pons, C. ; Kovács, I.A. ; Jailkhani, N. ; Schlabach, S. ; De Ridder, D. ; Luck, K. ; Botchkarev, V.V. ; Debnath, O. ; Bian, W. ; Shen, Y. ; Yang, Z. ; Mee, M.W. ; Helmy, M. ; Jacob, Y. ; Lemmens, I. ; Rolland, T. ; McClain, G.G. ; Coté, A.G. ; Gebbia, M. ; Kishore, N. ; Knapp, J.J. ; Mellor, J.C. ; Memisoglu, G. ; Reimand, J. ; Tavernier, J. ; Cusick, M.E. ; Zhong, Q. ; Aloy, P. ; Hao, T. ; Charloteaux, B. ; Roth, F.P. ; De Las Rivas, J. ; Falter-Braun, P. ; Hill, D.E. ; Calderwood, M.A. ; Twizere, J.C. ; Vidal, M.

Experimental assessment of AI-based interactome mapping.
J. Neurovirol. 32:11 (2026)

Weller, B. ; Lin, C.-W. ; Rothballer, S.T. ; Calderwood, M.A. ; Falter-Braun, P. ; Falter, C.

NeuroViOme: A viral orfeome collection for studies of neurodegenerative disease.
Sci. Adv. 12:eady7317 (2026)

Dragunas, G. ; Klotz, M. ; Chen, S. ; Ertüz, Z. ; Tan, X. ; Korkmaz, R.Ü. ; Shankhwar, S. ; Rankl, B. ; Dhakad, D. ; Omony, J. ; Mayr, C.H. ; Chen, Y. ; Agami, A. ; Lin, C.-W. ; Müller, C. ; Lunding, L. ; Wegmann, M. ; Berner, J. ; Popovic, J. ; Schraml, B.U. ; Adler, H. ; Falter-Braun, P. ; Schiller, H.B. ; Watz, H. ; Conlon, T.M. ; Jeridi, A. ; Kapellos, T. ; von Mutius, E. ; Yildirim, A.Ö.

A beneficial environment promotes immune resilience through epigenetic regulation.
Nat. Microbiol. 11, 442-460 (2026)

Young, V. ; Dohai, B.S.M. ; Halder, H. ; Fernandez-Macgregor, J. ; van Heusden, N.S. ; Hitch, T.C.A. ; Weller, B. ; Hyden, P. ; Saha, D. ; Pieren, D.K.J. ; Rittchen, S. ; Lambourne, L. ; Maseko, S.B. ; Lin, C.-W. ; Tun, Y.M. ; Bibus, J. ; Pletschacher, L. ; Boujeant, M. ; Choteau, S.A. ; Bergogne, L. ; Perrin, J. ; Ober, F. ; Schwehn, P. ; Rothballer, S.T. ; Altmann, M. ; Altmann, S. ; Strobel, A. ; Rothballer, M. ; Tofaute, M.J. ; Kotlarz, D.M. ; Heinig, M. ; Clavel, T. ; Calderwood, M.A. ; Vidal, M. ; Twizere, J.C. ; Vincentelli, R. ; Krappmann, D. ; Boes, M. ; Falter, C. ; Rattei, T. ; Brun, C. ; Zanzoni, A. ; Falter-Braun, P.

Effector-host interactome map links type III secretion systems in healthy gut microbiomes to immune modulation.

Padovani, F. ; Stegmaier, T. ; Mairhörmann, B. ; Schmoller, K.M.

Analysis of multidimensional microscopy data using cell-ACDC.

Ratajczak, F. ; Heinig, M. ; Falter-Braun, P.

Exploring the omnigenic architecture of selected complex traits.

Dugied, G. ; Laurent, E.M. ; Attia, M. ; Gimeno, J.P. ; Bachiri, K. ; Samavarchi-Tehrani, P. ; Donati, F. ; Rahou, Y. ; Munier, S. ; Amara, F. ; Dos Santos, M. ; Soler, N. ; Volant, S. ; Pietrosemoli, N. ; Gingras, A.C. ; Pavlopoulos, G.A. ; van der Werf, S. ; Falter-Braun, P. ; Aloy, P. ; Jacob, Y. ; Komarova, A. ; Sofianatos, Y. ; Coyaud, E. ; Demeret, C.

Multimodal SARS-CoV-2 interactome sketches the virus-host spatial organization.
ACS App. Optic. Mat. 3, 676-688 (2025)

Zhou, J. ; Ridderbeek, K. ; Zou, P. ; Naden, A.B. ; Gaussmann, S. ; Song, F. ; Falter-Braun, P. ; Kay, E.R. ; Sattler, M. ; Cui, J.

Modular nanoparticle platform for solution-phase optical sensing of protein-protein interactions.
Nature 629, 1126-1132 (2024)

Bohn, L. ; Huang, J. ; Weidig, S. ; Yang, Z. ; Heidersberger, C. ; Genty, B. ; Falter-Braun, P. ; Christmann, A. ; Grill, E.

The temperature sensor TWA1 is required for thermotolerance in Arabidopsis.
J. Cell Biol. 223:e202311125 (2024)

Wiese, C. ; Abele, M. ; Al, B. ; Altmann, M. ; Steiner, A. ; Kalbfuß, N. ; Strohmayr, A. ; Ravikumar, R. ; Park, C.H. ; Brunschweiger, B. ; Meng, C. ; Facher, E. ; Ehrhardt, D.W. ; Falter-Braun, P. ; Wang, Z.Y. ; Ludwig, C. ; Assaad, F.F.

Regulation of adaptive growth decisions via phosphorylation of the TRAPPII complex in Arabidopsis.
Biosci. Rep. 44:BSR20231418 (2024)

Tofaute, M.J. ; Weller, B. ; Grass, C. ; Halder, H. ; Dohai, B.S.M. ; Falter-Braun, P. ; Krappmann, D.

SARS-CoV-2 NSP14 MTase activity is critical for inducing canonical NF-κB activation.
Radiol. Artif. Intell. 5:e220239 (2023)

Mairhörmann, B. ; Castelblanco, A. ; Häfner, F. ; Koliogiannis, V. ; Haist, L. ; Winter, D. ; Flemmer, A.W. ; Ehrhardt, H. ; Stöcklein, S. ; Dietrich, O. ; Förster, K. ; Hilgendorff, A. ; Schubert, B.

Automated MRI lung segmentation and 3D morphologic features for quantification of neonatal lung disease.
BioSpektrum 29, 378-380 (2023)

Mairhörmann, B. ; Padovani, F. ; Schmoller, K.M.

Zugängliche KI-Algorithmen für bessere Zellmikroskopie.

Ratajczak, F. ; Joblin, M. ; Hildebrandt, M. ; Ringsquandl, M. ; Falter-Braun, P. ; Heinig, M.

Speos: An ensemble graph representation learning framework to predict core gene candidates for complex diseases.
Genes Genomes Genetics G3 13:6 (2023)

Weller, B. ; Lin, C.-W. ; Pogoutse, O. ; Sauer, M. ; Marin De La Rosa, N.A. ; Strobel, A. ; Young, V. ; Knapp, J.J. ; Rayhan, A. ; Falter, C. ; Kim, D.K. ; Roth, F.P. ; Falter-Braun, P.

A resource of human coronavirus protein-coding sequences in a flexible, multipurpose Gateway Entry clone collection.

Osborne, R. ; Rehneke, L. ; Lehmann, S. ; Roberts, J. ; Altmann, M. ; Altmann, S. ; Zhang, Y. ; Köpff, E. ; Dominguez-Ferreras, A. ; Okechukwu, E. ; Sergaki, C. ; Rich-Griffin, C. ; Ntoukakis, V. ; Eichmann, R. ; Shan, W. ; Falter-Braun, P. ; Schäfer, P.

Symbiont-host interactome mapping reveals effector-targeted modulation of hormone networks and activation of growth promotion.
Nat. Biotechnol. 41, 140–149 (2023)

Kim, D.-K. ; Weller, B. ; Lin, C.-W. ; Sheykhkarimli, D. ; Knapp, J.J. ; Dugied, G. ; Zanzoni, A. ; Pons, C. ; Tofaute, M.J. ; Maseko, S.B. ; Spirohn, K. ; Laval, F. ; Lambourne, L. ; Kishore, N. ; Rayhan, A. ; Sauer, M. ; Young, V. ; Halder, H. ; Marin De La Rosa, N.A. ; Pogoutse, O. ; Strobel, A. ; Schwehn, P. ; Li, R. ; Rothballer, S.T. ; Altmann, M. ; Cassonnet, P. ; Coté, A.G. ; Elorduy Vergara, L. ; Hazelwood, I. ; Liu, B.B. ; Nguyen, M. ; Pandiarajan, R. ; Dohai, B.S.M. ; Rodriguez, P.A. ; Poirson, J. ; Giuliana, P. ; Willems, L. ; Taipale, M. ; Jacob, Y. ; Hao, T. ; Hill, D.E. ; Brun, C. ; Twizere, J.C. ; Krappmann, D. ; Heinig, M. ; Falter, C. ; Aloy, P. ; Demeret, C. ; Vidal, M. ; Calderwood, M.A. ; Roth, F.B. ; Falter-Braun, P.

A proteome-scale map of the SARS-CoV-2-human contactome.

McLellan, H. ; Harvey, S.E. ; Steinbrenner, J. ; Armstrong, M.R. ; He, Q. ; Clewes, R. ; Pritchard, L. ; Wang, W. ; Wang, S. ; Nussbaumer, T. ; Dohai, B.S.M. ; Luo, Q. ; Kumari, P. ; Duan, H. ; Roberts, A. ; Boevink, P.C. ; Neumann, C. ; Champouret, N. ; Hein, I. ; Falter-Braun, P. ; Beynon, J. ; Denby, K. ; Birch, P.R.J.

Exploiting breakdown in nonhost effector-target interactions to boost host disease resistance.
BMC Biol. 20:174 (2022)

Padovani, F. ; Mairhörmann, B. ; Falter-Braun, P. ; Lengefeld, J. ; Schmoller, K.M.

Segmentation, tracking and cell cycle analysis of live-cell imaging data with Cell-ACDC.
Front. Microbiol. 13:923515 (2022)

Kuhl-Nagel, T. ; Rodriguez, P.A. ; Gantner, I. ; Chowdhury, S.P. ; Schwehn, P. ; Rosenkranz, M. ; Schnitzler, J.-P. ; Kublik, S. ; Schloter, M. ; Rothballer, M. ; Falter-Braun, P.

Novel Pseudomonas sp. SCA7 promotes plant growth in two plant families and induces systemic resistance in Arabidopsis thaliana.

Gruner, K. ; Leissing, F. ; Sinitski, D. ; Thieron, H. ; Axstmann, C. ; Baumgarten, K. ; Reinstädler, A. ; Winkler, P. ; Altmann, M. ; Flatley, A. ; Jaouannet, M. ; Zienkiewicz, K. ; Feussner, I. ; Keller, H. ; Coustau, C. ; Falter-Braun, P. ; Feederle, R. ; Bernhagen, J. ; Panstruga, R.

Chemokine-like MDL proteins modulate flowering time and innate immunity in plants.
Plant Direct 4:e00248 (2020)

Parry, G. ; Provart, N.J. ; Brady, S.M. ; Uzilday, B. ; Multinational Arabidopsis Steering Committee (Falter-Braun, P.) ; Multinational Arabidopsis Steering Committee (Mayer, K.F.X.)

Current status of the multinational Arabidopsis community.
Nat. Plants 6, 1275–1288 (2020)

Kulich, I. ; Vogler, F. ; Bleckmann, A. ; Cyprys, P. ; Lindemeier, M. ; Fuchs, I. ; Krassini, L. ; Schubert, T. ; Steinbrenner, J. ; Beynon, J. ; Falter-Braun, P. ; Längst, G. ; Dresselhaus, T. ; Sprunck, S.

ARMADILLO REPEAT ONLY proteins confine Rho GTPase signalling to polar growth sites.
Plant Cell 32, 2424-2443 (2020)

Garcia, V.J. ; Xu, S. ; Ravikumar, R. ; Wang, W. ; Elliott, L. ; Gonzalez, E. ; Fesenko, M. ; Altmann, M. ; Brunschweiger, B. ; Falter-Braun, P. ; Moore, I. ; Burlingame, A. ; Assaad, F.F. ; Wang, Z.

TRIPP is a plant-specific component of the Arabidopsis TRAPPII membrane trafficking complex with important roles in plant development.
Nature 583, 271-276 (2020)

Altmann, M. ; Altmann, S. ; Rodriguez, P.A. ; Weller, B. ; Elorduy Vergara, L. ; Palme, J. ; Marin De La Rosa, N.A. ; Sauer, M. ; Wenig, M. ; Villaécija-Aguilar, J.A. ; Sales, J. ; Lin, C.-W. ; Pandiarajan, R. ; Young, V. ; Strobel, A. ; Gross, L. ; Carbonnel, S. ; Kugler, K.G. ; Garcia-Molina ; Bassel, G.W. ; Falter, C. ; Mayer, K.F.X. ; Gutjahr, C. ; Vlot, A.C. ; Grill, E. ; Falter-Braun, P.

Extensive signal integration by the phytohormone protein network.

Wierbowski, S.D. ; Vo, T.V. ; Falter-Braun, P. ; Jobe, T.O. ; Kruse, L.H. ; Wei, X. ; Liang, J. ; Meyer, M.J. ; Akturk, N. ; Rivera-Erick, C.A. ; Cordero, N.A. ; Paramo, M.I. ; Shayhidin, E.E. ; Bertolotti, M. ; Tippens, N.D. ; Akther, K. ; Sharma, R. ; Katayose, Y. ; Salehi-Ashtiani, K. ; Hao, T. ; Ronald, P.C. ; Ecker, J.R. ; Schweitzer, P.A. ; Kikuchi, S. ; Mizuno, H. ; Hill, D.E. ; Vidal, M. ; Moghe, G.D. ; McCouch, S.R. ; Yu, H.

A massively parallel barcoded sequencing pipeline enables generation of the first ORFeome and interactome map for rice.
Plant Cell 32, 1018-1034 (2020)

Lantzouni, O. ; Alkofer, A. ; Falter-Braun, P. ; Schwechheimer, C.

Growth-regulating factors interact with DELLAs and regulate growth in cold stress.
Nature 579, 409-414 (2020)

Mergner, J. ; Frejno, M. ; List, M. ; Papacek, M. ; Chen, X. ; Chaudhary, A. ; Samaras, P. ; Richter, S. ; Shikata, H. ; Messerer, M. ; Lang, D. ; Altmann, S. ; Cyprys, P. ; Zolg, D.P. ; Mathieson, T. ; Bantscheff, M. ; Hazarika, R.R. ; Schmidt, T. ; Dawid, C. ; Dunkel, A. ; Hofmann, T. ; Sprunck, S. ; Falter-Braun, P. ; Johannes, F. ; Mayer, K.F.X. ; Jürgens, G. ; Wilhelm, M. ; Baumbach, J. ; Grill, E. ; Schneitz, K. ; Schwechheimer, C. ; Kuster, B.

Mass-spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome.
Plant J. 100, 279-297 (2019)

Kalde, M. ; Elliott, L. ; Ravikumar, R. ; Rybak, K. ; Altmann, M. ; Klaeger, S. ; Wiese, C. ; Abele, M. ; Al, B. ; Kalbfuß, N. ; Qi, X. ; Steiner, A. ; Meng, C. ; Zheng, H. ; Kuster, B. ; Falter-Braun, P. ; Ludwig, C. ; Moore, I. ; Assaad, F.F.

Interactions between Transport Protein Particle (TRAPP) complexes and Rab GTPases in Arabidopsis.
Mol. Plant 12, 804-821 (2019)

Rodriguez, P.A. ; Rothballer, M. ; Chowdhury, S.P. ; Nussbaumer, T. ; Gutjahr, C. ; Falter-Braun, P.

Systems biology of plant-microbiome interactions.
Mol. Plant 12, 727-730 (2019)

Falter-Braun, P. ; Brady, S. ; Gutiérrez, R.A. ; Coruzzi, G. ; Krouk, G.

iPlant Systems Biology (iPSB): An international network hub in the plant community.
New Phytol. 223, 783-797 (2019)

Marin De La Rosa, N.A. ; Lin, C.-W. ; Kang, Y.J. ; Dhondt, S. ; Gonzalez, N. ; Inzé, D. ; Falter-Braun, P.

Drought resistance is mediated by divergent strategies in closely related Brassicaceae.

Ravikumar, R. ; Kalbfuß, N. ; Gendre, D. ; Steiner, A. ; Altmann, M. ; Altmann, S. ; Rybak, K. ; Edelmann, H. ; Stephan, F. ; Lampe, M. ; Facher, E. ; Wanner, G. ; Falter-Braun, P. ; Bhalerao, R.P. ; Assaad, F.F.

Independent yet overlapping pathways ensure the robustness and responsiveness of trans-Golgi network functions in Arabidopsis.
Curr. Protoc. Plant Biol. 26:e20067 (2018)

Altmann, M. ; Altmann, S. ; Falter, C. ; Falter-Braun, P.

High-quality yeast-2-hybrid interaction network mapping.
Plant Physiol. 175, 1499-1509 (2017)

Friesner, J. ; Assmann, S.M. ; Bastow, R. ; Bailey-Serres, J. ; Beynon, J. ; Brendel, V. ; Buell, C.R. ; Bucksch, A. ; Busch, W. ; Demura, T. ; Dinneny, J.R. ; Doherty, C.J. ; Eveland, A.L. ; Falter-Braun, P. ; Gehan, M.A. ; Gonzales, M. ; Grotewold, E. ; Gutiérrez, R.A. ; Krämer, U. ; Krouk, G. ; Ma, S.L. ; Markelz, R.J.C. ; Megraw, M. ; Meyers, B.C. ; Murray, J.A.H. ; Provart, N.J. ; Rhee, S. ; Smith, R. ; Spalding, E.P. ; Taylor, C. ; Teal, T.K. ; Torii, K.U. ; Town, C. ; Vaughn, M. ; Vierstra, R. ; Ware, D. ; Wilkins, O. ; Williams, C. ; Brady, S.M.

The next generation of training for arabidopsis researchers: Bioinformatics and quantitative biology.

Garcia-Molina, A. ; Altmann, M. ; Alkofer, A. ; Epple, P.M. ; Dangl, J.L. ; Falter-Braun, P.

LSU network hubs integrate abiotic and biotic stress responses via interaction with the superoxide dismutase FSD2.

Falter-Braun, P. ; Calderwood, M.A.

Big data biology - just the next big hype?