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Firsova, A.B. ; Marco Salas, S. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Sountoulidis, A. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Alonso Galicia, L. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Gote-Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K.B. ; Timens, W. ; Schiller, H.B. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C. ; Samakovlis, C.
Spatial single-cell atlas reveals regional variations in healthy and diseased human lung.Voss, C. ; Han, L. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Haefner, V. ; Angelidis, I. ; Mayr, C.H. ; Berthing, T. ; Zhou, Q. ; Günther, E. ; Huzain, O. ; Schmid, O. ; Vogel, U. ; Schniering, J. ; Gaedcke, S. ; Theis, F.J. ; Schiller, H.B. ; Stöger, T.
Toward a ToxAtlas of carbon-based nanomaterials: Single-cell RNA sequencing reveals initiating cell circuits in pulmonary inflammation.Kadri, S. ; Fischer, A. ; Mück-Häusl, M. ; Han, W. ; Kadri, A. ; Lin, Y. ; Yang, L. ; Hu, S. ; Ye, H. ; Ramesh, P. ; Ansari, M. ; Schiller, H.B. ; Machens, H.G. ; Rinkevich, Y.
A mesothelial differentiation gateway drives fibrosis.Zhao, A. ; Rojas, J.J. ; Cao, C. ; Zhang, Y. ; Semenova, A. ; Schiller, H. ; Estépar, R.S.J. ; Bhattacharya, D. ; Sauler, M. ; Polverino, F.
Lung Marginal Zone-like B Cells: A Novel Pathogenic Immune Cell Population in Chronic Obstructive Pulmonary Disease.Zöller, M. ; Mayr, C.H. ; Mastalerz, M. ; Dick, E. ; Chakraborty, A. ; Nakayma, M. ; Simon, L. ; Merl-Pham, J. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Schmid, O. ; Hauck, S.M. ; Schiller, H. ; Staab-Weijnitz, C.A.
Transient and Persistent Airway Proteome Changes Induced by Cigarette Smoke.Stoleriu, M.-G. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Schamberger, A.C. ; Heydarian, M. ; Gabriel, C. ; Najak, A. ; Disovic, A. ; Schneider, J. ; Gerckens, M. ; Burgstaller, G. ; Ding, Y. ; Doryab, A. ; Voss, C. ; Ketscher, C. ; Sienel, W. ; Kauke, T. ; Fertmann, J. ; Schneider, C. ; Behr, J. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Schubert, B. ; Hauck, S.M. ; Hatz, R. ; Schmid, O. ; Stöger, T. ; Schiller, H. ; Hilgendorff, A.
Development of advanced in-vitro human bronchial epithelial models and lung cell atlas in COPD enabled by thoracic surgery translational research.Jirouskova, M. ; Harant, K. ; Cejnar, P. ; Ojha, S. ; Korelova, K. ; Sarnova, L. ; Sticova, E. ; Mayr, C.H. ; Schiller, H.B. ; Gregor, M.
Dynamics of compartment-specific proteomic landscapes of hepatotoxic and cholestatic models of liver fibrosis.Fischer, A. ; Han, W. ; Hu, S. ; Mück-Häusl, M. ; Wannemacher, J. ; Kadri, S. ; Lin, Y. ; Dai, R. ; Christ, S. ; Su, Y. ; Dasgupta, B. ; Sardogan, A. ; Deisenhofer, C. ; Dutta, S. ; Kadri, A. ; Güney, T.G. ; Correa-Gallegos, D. ; Mayr, C.H. ; Hatz, R. ; Stoleriu, M.G. ; Lindner, M. ; Hilgendorff, A. ; Adler, H. ; Machens, H.G. ; Schiller, H.B. ; Hauck, S.M. ; Rinkevich, Y.
Author Correction: Targeting pleuro-alveolar junctions reverses lung fibrosis in mice.Fischer, A. ; Han, W. ; Hu, S. ; Mück-Häusl, M. ; Wannemacher, J. ; Kadri, S. ; Lin, Y. ; Dai, R. ; Christ, S. ; Su, Y. ; Dasgupta, B. ; Sardogan, A. ; Deisenhofer, C. ; Dutta, S. ; Kadri, A. ; Güney, T.G. ; Correa-Gallegos, D. ; Mayr, C.H. ; Hatz, R. ; Stoleriu, M.G. ; Lindner, M. ; Hilgendorff, A. ; Adler, H. ; Machens, H.G. ; Schiller, H.B. ; Hauck, S.M. ; Rinkevich, Y.
Targeting pleuro-alveolar junctions reverses lung fibrosis in mice.Samakovlis, C. ; Firsova, A.B. ; Salas, S.M. ; Kuemmerle, L. ; Abalo, X.M. ; Larsson, L. ; Mahbubani, K.T. ; Sountoulidis, A. ; Theelke, J. ; Andrusivova, Z. ; Galicia, L.A. ; Liontos, A. ; Balassa, T. ; Kovács, F. ; Horvath, P. ; Chen, Y. ; Schniering, J. ; Stoleriu, M.-G. ; Behr, J. ; Meyer, K. ; Timens, W. ; Schiller, H. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Lundeberg, J. ; Nilsson, M. ; Nawijn, M.C.
Topographic atlas of cell states identifies regional gene expression in the adult human lung.Yang, L. ; Liu, Q. ; Kumar, P. ; Sengupta, A. ; Farnoud, A. ; Shen, R. ; Trofimova, D. ; Ziegler, S. ; Davoudi, N. ; Doryab, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Diefenbacher, M. ; Schiller, H. ; Razansky, D. ; Piraud, M. ; Burgstaller, G. ; Kreyling, W.G. ; Isensee, F. ; Rehberg, M. ; Stöger, T. ; Schmid, O.
LungVis 1.0: An automatic AI-powered 3D imaging ecosystem unveils spatial profiling of nanoparticle delivery and acinar migration of lung macrophages.Burgy, O. ; Mayr, C.H. ; Schenesse, D. ; Fousekis Papakonstantinou, E. ; Ballester, B. ; Sengupta, A. ; She, Y. ; Hu, Q. ; Melo-Narváez, M.C ; Jain, E. ; Pestoni, J. ; Mozurak, M. ; Estrada-Bernal, A. ; Onwuka, U. ; Coughlan, C. ; Parimon, T. ; Chen, P. ; Heimerl, T. ; Bange, G. ; Schmeck, B.T. ; Lindner, M. ; Hilgendorff, A. ; Ruppert, C. ; Guenther, A. ; Mann, M. ; Yildirim, A.Ö. ; Eickelberg, O. ; Jung, A.L. ; Schiller, H. ; Lehmann, M. ; Burgstaller, G. ; Königshoff, M.
Fibroblast-derived extracellular vesicles contain SFRP1 and mediate pulmonary fibrosis.Heumos, L. ; Ehmele, P. ; Treis, T. ; Upmeier Zu Belzen, J. ; Roellin, E. ; May, L. ; Namsaraeva, A. ; Horlava, N. ; Shitov, V.A. ; Zhang, X. ; Zappia, L. ; Knöll, R. ; Lang, N.J. ; Hetzel, L. ; Virshup, I. ; Sikkema, L. ; Curion, F. ; Eils, R. ; Schiller, H. ; Hilgendorff, A. ; Theis, F.J.
An open-source framework for end-to-end analysis of electronic health record data.Hu, Y. ; Hu, Q. ; Ansari, M. ; Riemondy, K. ; Pineda, R.H. ; Sembrat, J. ; Leme, A.S. ; Ngo, K. ; Morgenthaler, O. ; Ha, K. ; Gao, B. ; Janssen, W.J. ; Basil, M.C. ; Kliment, C.R. ; Morrisey, E. ; Lehmann, M. ; Evans, C.M. ; Schiller, H. ; Königshoff, M.
Airway derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD.Curion, F. ; Wu, X. ; Heumos, L. ; Gonzales André, M.M. ; Halle, L. ; Ozols, M. ; Grant-Peters, M. ; Rich-Griffin, C. ; Yeung, H.Y. ; Dendrou, C.A. ; Schiller, H. ; Theis, F.J.
hadge: A comprehensive pipeline for donor deconvolution in single-cell studies.Stoleriu, M.-G. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Schamberger, A.C. ; Heydarian, M. ; Ding, Y. ; Voss, C. ; Schneider, J.J. ; Gerckens, M. ; Burgstaller, G. ; Castelblanco, A. ; Kauke, T. ; Fertmann, J. ; Schneider, C. ; Behr, J. ; Lindner, M. ; Stacher-Priehse, E. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Schubert, B. ; Hauck, S.M. ; Schmid, O. ; Hatz, R.A. ; Stöger, T. ; Schiller, H. ; Hilgendorff, A.
COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors.Mayr, C. ; Sengupta, A. ; Asgharpour, S. ; Ansari, M. ; Pestoni, J. ; Ogar, P. ; Angelidis, I. ; Liontos, A. ; Rodriguez-Castillo, J.A. ; Lang, N.J. ; Strunz, M. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Gerckens, M. ; De Sadeleer, L.J. ; Oehrle, B. ; Viteri-Alvarez, V. ; Fernandez, I.E. ; Tallquist, M. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Eickelberg, O. ; Stoleriu, M.G. ; Behr, J. ; Kneidinger, N. ; Wuyts, W.A. ; Wasnick, R. ; Yildirim, A.Ö. ; Ahlbrecht, K. ; Morty, R.E. ; Samakovlis, C. ; Theis, F.J. ; Burgstaller, G. ; Schiller, H.
Sfrp1 inhibits lung fibroblast invasion during transition to injury induced myofibroblasts.De Sadeleer, L.J. ; Chen, Y. ; Jentzsch, R.C. ; Wang, Z. ; Qazi, N. ; Lang, N.J. ; Albanese, P. ; Jankevics, A. ; Theis, F.J. ; Scheltema, R.A. ; Wuyts, W.A. ; Gote-Schniering, J. ; Schiller, H.
Evolution of epithelial-mesenchymal cell circuits in the progression of pulmonary fibrosis.Chen, Y. ; Schniering, J. ; Müller, M. ; Albanese, P. ; Jankevics, A. ; Jentzsch, R.C. ; Tata, A. ; Ansari, M. ; De Sadeleer, L.J. ; Yang, L. ; Heumos, L. ; Agami, A. ; Zhou, S. ; Mayr, C. ; Hatz, R. ; Schneider, C.P. ; Behr, J. ; Hilgendorff, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Stoleriu, M.G. ; Dorfmueller, P. ; Theis, F.J. ; Tata, P.R. ; Luecken, M. ; Scheltema, R.A. ; Schiller, H.
A spatially resolved extracellular matrix proteome atlas of the distal human lung.Lang, N.J. ; Schniering, J. ; Porras-Gonzalez, D.L. ; Yang, L. ; De Sadeleer, L.J. ; Jentzsch, R.C. ; Shitov, V.A. ; Zhou, S. ; Ansari, M. ; Agami, A. ; Mayr, C. ; Hooshiar Kashani, B. ; Chen, Y. ; Heumos, L. ; Pestoni, J. ; Molnar, E.S. ; Geeraerts, E. ; Anquetil, V. ; Saniere, L. ; Wögrath, M. ; Gerckens, M. ; Lehmann, M. ; Yildirim, A.Ö. ; Hatz, R.A. ; Kneidinger, N. ; Behr, J. ; Wuyts, W.A. ; Stoleriu, M.-G. ; Luecken, M. ; Theis, F.J. ; Burgstaller, G. ; Schiller, H.
Ex vivo tissue perturbations coupled to single-cell RNA-seq reveal multilineage cell circuit dynamics in human lung fibrogenesis.Correa-Gallegos, D. ; Ye, H. ; Dasgupta, B. ; Sardogan, A. ; Kadri, S. ; Kandi, R. ; Dai, R. ; Lin, Y. ; Kopplin, R. ; Shantaram Shenai, D. ; Wannemacher, J. ; Ichijo, R. ; Jiang, D. ; Strunz, M. ; Ansari, M. ; Angelidis, I. ; Schiller, H. ; Voltz, T. ; Machens, H.G. ; Rinkevich, Y.
CD201+ fascia progenitors choreograph injury repair.Leuschner, G. ; Semenova, A. ; Mayr, C. ; Kapellos, T. ; Ansari, M. ; Seeliger, B. ; Frankenberger, M. ; Kneidinger, N. ; Hatz, R.A. ; Hilgendorff, A. ; Prasse, A. ; Behr, J. ; Mann, M. ; Schiller, H.
Mass spectrometry-based autoimmune profiling reveals predictive autoantigens in idiopathic pulmonary fibrosis.Rosenberger, F.A. ; Thielert, M. ; Strauss, M.T. ; Schweizer, L. ; Ammar, C. ; Mädler, S.C. ; Metousis, A. ; Skowronek, P. ; Wahle, M. ; Madden, K. ; Schniering, J. ; Semenova, A. ; Schiller, H. ; Rodriguez, E. ; Nordmann, T.M. ; Mund, A. ; Mann, M.
Spatial single-cell mass spectrometry defines zonation of the hepatocyte proteome.Heumos, L. ; Schaar, A. ; Lance, C. ; Litinetskaya, A. ; Drost, F. ; Zappia, L. ; Luecken, M. ; Strobl, D.C. ; Henao, J. ; Curion, F. ; Schiller, H. ; Theis, F.J.
Best practices for single-cell analysis across modalities.Sikkema, L. ; Ramirez Suastegui, C. ; Strobl, D.C. ; Gillett, T.E. ; Zappia, L. ; Madissoon, E. ; Markov, N.S. ; Zaragosi, L.E. ; Ji, Y. ; Ansari, M. ; Arguel, M.J. ; Apperloo, L. ; Banchero, M. ; Bécavin, C. ; Berg, M. ; Chichelnitskiy, E. ; Chung, M.I. ; Collin, A. ; Gay, A.C.A. ; Schniering, J. ; Hooshiar Kashani, B. ; Inecik, K. ; Jain, M. ; Kapellos, T. ; Kole, T.M. ; Leroy, S. ; Mayr, C. ; Oliver, A.J. ; von Papen, M. ; Peter, L. ; Taylor, C.J. ; Walzthoeni, T. ; Xu, C. ; Bui, L.T. ; De Donno, C. ; Dony, L. ; Faiz, A. ; Guo, M. ; Gutierrez, A.J. ; Heumos, L. ; Huang, N. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Jackson, N.D. ; Kadur Lakshminarasimha Murthy, P. ; Lotfollahi, M. ; Tabib, T. ; Talavera Lopez, C.N. ; Travaglini, K.J. ; Wilbrey-Clark, A. ; Worlock, K.B. ; Yoshida, M. ; van den Berge, M. ; Bossé, Y. ; Desai, T.J. ; Eickelberg, O. ; Kaminski, N. ; Krasnow, M.A. ; Lafyatis, R. ; Nikolić, M.Z. ; Powell, J.E. ; Rajagopal, J. ; Rojas, M. ; Rozenblatt-Rosen, O. ; Seibold, M.A. ; Sheppard, D. ; Shepherd, D.P. ; Sin, D.D. ; Timens, W. ; Tsankov, A.M. ; Whitsett, J. ; Xu, Y. ; Banovich, N.E. ; Barbry, P. ; Duong, T.E. ; Falk, C.S. ; Meyer, K.B. ; Kropski, J.A. ; Pe'er, D. ; Schiller, H. ; Tata, P.R. ; Schultze, J.L. ; Teichmann, S.A. ; Misharin, A.V. ; Nawijn, M.C. ; Luecken, M. ; Theis, F.J.
An integrated cell atlas of the lung in health and disease.Kapellos, T. ; Baßler, K. ; Fujii, W. ; Nalkurthi, C. ; Schaar, A. ; Bonaguro, L. ; Pecht, T. ; Galvao, I. ; Agrawal, S. ; Saglam, A. ; Dudkin, E. ; Frishberg, A. ; De Domenico, E. ; Horne, A. ; Donovan, C. ; Kim, R.Y. ; Gallego-Ortega, D. ; Gillett, T.E. ; Ansari, M. ; Schulte-Schrepping, J. ; Offermann, N. ; Antignano, I. ; Sivri, B. ; Lu, W. ; Eapen, M.S. ; van Uelft, M. ; Osei-Sarpong, C. ; van den Berge, M. ; Donker, H.C. ; Groen, H.J.M. ; Sohal, S.S. ; Klein, J. ; Schreiber, T. ; Feißt, A. ; Yildirim, A.Ö. ; Schiller, H. ; Nawijn, M.C. ; Becker, M. ; Händler, K. ; Beyer, M. ; Capasso, M. ; Ulas, T. ; Hasenauer, J. ; Pizarro, C. ; Theis, F.J. ; Hansbro, P.M. ; Skowasch, D. ; Schultze, J.
Systemic alterations in neutrophils and their precursors in early-stage chronic obstructive pulmonary disease.Kalgudde Gopal, S. ; Dai, R. ; Stefanska, A.M. ; Ansari, M. ; Zhao, J. ; Ramesh, P. ; Bagnoli, J.W. ; Correa-Gallegos, D. ; Lin, Y. ; Christ, S. ; Angelidis, I. ; Lupperger, V. ; Marr, C. ; Davies, L.C. ; Enard, W. ; Machens, H.G. ; Schiller, H. ; Jiang, D. ; Rinkevich, Y.
Wound infiltrating adipocytes are not myofibroblasts.