Stapel Zeitschriften

Publications of Andreas Ruepp

Nucleic Acids Res. 53, D651-D657 (2025)

Steinkamp, R. ; Tsitsiridis, G. ; Brauner, B. ; Montrone, C. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Avram, S. ; Oprea, T.I. ; Ruepp, A.

CORUM in 2024: Protein complexes as drug targets.
Cardiovasc. Diabetol. 22:141 (2023)

Shi, M. ; Han, S. ; Klier, K. ; Fobo, G. ; Montrone, C. ; Yu, S. ; Harada, M. ; Henning, A.K. ; Friedrich, N. ; Bahls, M. ; Dörr, M. ; Nauck, M. ; Völzke, H. ; Homuth, G. ; Grabe, H.J. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Rathmann, W. ; Ruepp, A. ; Hertel, J. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.

Identification of candidate metabolite biomarkers for metabolic syndrome and its five components in population-based human cohorts.
Nat. Cardio. Res. 1, 529-531 (2022)

Spielmann, N. ; Miller, G. ; Oprea, T.I. ; Hsu, C.W. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Haseli Mashhadi, H. ; Mason, J. ; Munoz Fuentes, V. ; Leuchtenberger, S. ; Ruepp, A. ; Wagner, M. ; Westphal, D.S. ; Wolf, C. ; Görlach, A. ; Sanz-Moreno, A. ; Cho, Y.-L. ; Teperino, R. ; Brandmaier, S. ; Sharma, S. ; Galter, I. ; Östereicher, M.A. ; Zapf, L. ; Mayer-Kuckuk, P. ; Rozman, J. ; Teboul, L. ; Bunton-Stasyshyn, R.K.A. ; Cater, H. ; Stewart, M. ; Christou, S. ; Westerberg, H. ; Willett, A.M. ; Wotton, J.M. ; Roper, W.B. ; Christiansen, A.E. ; Ward, C.S. ; Heaney, J.D. ; Reynolds, C.L. ; Prochazka, J. ; Bower, L. ; Clary, D. ; Selloum, M. ; Bou About, G. ; Wendling, O. ; Jacobs, H. ; Leblanc, S. ; Meziane, H. ; Sorg, T. ; Audain, E. ; Gilly, A. ; Rayner, N.W. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Becker, L. ; Garrett, L. ; Hölter, S.M. ; Amarie, O.V. ; Calzada-Wack, J. ; Klein-Rodewald, T. ; da Silva Buttkus, P. ; Lengger, C. ; Stoeger, C. ; Gerlini, R. ; Rathkolb, B. ; Mayr, D. ; Seavitt, J. ; Gaspero, A. ; Green, J.R. ; Garza, A. ; Bohat, R. ; Wong, L. ; McElwee, M.L. ; Kalaga, S. ; Rasmussen, T.L. ; Lorenzo, I. ; Lanza, D.G. ; Samaco, R.C. ; Veeraragaven, S. ; Gallegos, J.J. ; Kasparek, P. ; Petrezselyova, S. ; King, R. ; Johnson, S. ; Cleak, J. ; Szkoe-Kovacs, Z. ; Codner, G.F. ; Mackenzie, M. ; Caulder, A. ; Kenyon, J. ; Gardiner, W. ; Phelps, H. ; Hancock, R. ; Norris, C.M. ; Moore, M.A. ; Seluke, A.M. ; Urban, R. ; Kane, C. ; Goodwin, L.O. ; Peterson, K.A. ; Mckay, M.

Publisher Correction: Extensive identification of genes involved in congenital and structural heart disorders and cardiomyopathy (Nature Cardiovascular Research, (2022), 1, 2, (157-173), 10.1038/s44161-022-00018-8).
Nucleic Acids Res. 51, D539-D545 (2022)

Tsitsiridis, G. ; Steinkamp, R. ; Giurgiu, M. ; Brauner, B. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Ruepp, A.

CORUM: The comprehensive resource of mammalian protein complexes-2022.
Viruses 14:1591 (2022)

Liu, H. ; Bergant, V. ; Frishman, G. ; Ruepp, A. ; Pichlmair, A. ; Vincendeau, M. ; Frishman, D.

Influenza A virus infection reactivates human endogenous retroviruses associated with modulation of antiviral immunity.
Nat. Cardio. Res. 1, 157-173 (2022)

Spielmann, N. ; Miller, G. ; Oprea, T.I. ; Hsu, C.-W. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Hasel Mashhadi, H. ; Mason, J. ; Munoz Fuentes, V. ; Leuchtenberger, S. ; Ruepp, A. ; Wagner, M. ; Westphal, D.S. ; Wolf, C. ; Görlach, A. ; Sanz-Moreno, A. ; Cho, Y.-L. ; Teperino, R. ; Brandmaier, S. ; Sharma, S. ; Galter, I. ; Östereicher, M.A. ; Zapf, L. ; Mayer-Kuckuk, P. ; Rozman, J. ; Teboul, L. ; Bunton, R.K.A. ; Cater, H. ; Stewart, M. ; Christou, S. ; Westerberg, H. ; Willet, A.M. ; Wotton, J.M. ; Roper, W.B. ; Christiansen, A.E. ; Ward, C.S. ; Heaney, J.D. ; Reynolds, C.L. ; Prochazka, J. ; Bower, L. ; Clary, D. ; Selloum, M. ; Bou About, G. ; Wendling, O. ; Jacobs, H. ; Leblanc, S. ; Meziane, H. ; Sorg, T. ; Audain, E. ; Gilly, A. ; Rayner, N.W. ; Hitz, M.-P. ; Zeggini, E. ; Wolf, E. ; Sedlacek, R. ; Murray, S.A. ; Svenson, K.L. ; Braun, R.E. ; White, J.K. ; Kelsey, L. ; Gao, X. ; Shiroishi, T. ; Xu, Y. ; Seong, J.K. ; Mammano, F. ; Tocchini-Valentini, G.P. ; Beaudet, A.L. ; Meehan, T.F. ; Parkinson, H. ; Smedley, D. ; Mallon, A.-M. ; Wells, S.E. ; Grallert, H. ; Wurst, W. ; Marschall, S. ; Fuchs, H. ; Brown, S.D.M. ; Flenniken, A.M. ; Nutter, L.M.J. ; McKerlie, C. ; Herault, Y. ; Lloyd, K.C.K. ; Dickinson, M.E. ; Gailus-Durner, V. ; Hrabě de Angelis, M. ; IMPC Consortium (Aguilar-Pimentel, J.A. ; Becker, L. ; Garrett, L. ; Hölter, S.M. ; Amarie, O.V. ; Calzada-Wack, J. ; Klein-Rodewald, T. ; Lengger, C. ; Stoeger, C. ; Gerlini, R. ; Rathkolb, B. ; Seisenberger, C. ; Bürger, A. ; Giesert, F.)

Extensive identification of genes involved in congenital and structural heart disorders and cardiomyopathy.
Mol. Syst. Biol. 17:e10851 (2021)

Ostaszewski, M. ; Niarakis, A. ; Mazein, A. ; Kuperstein, I. ; Phair, R. ; Orta-Resendiz, A. ; Singh, V. ; Aghamiri, S.S. ; Acencio, M.L. ; Glaab, E. ; Ruepp, A. ; Fobo, G. ; Montrone, C. ; Brauner, B. ; Frishman, G. ; Monraz Gómez, L.C. ; Somers, J. ; Hoch, M. ; Kumar Gupta, S. ; Scheel, J. ; Borlinghaus, H. ; Czauderna, T. ; Schreiber, F. ; Montagud, A. ; Ponce de Leon, M. ; Funahashi, A. ; Hiki, Y. ; Hiroi, N. ; Yamada, T.G. ; Dräger, A. ; Renz, A. ; Naveez, M. ; Bocskei, Z. ; Messina, F. ; Börnigen, D. ; Fergusson, L. ; Conti, M. ; Rameil, M. ; Nakonecnij, V. ; Vanhoefer, J. ; Schmiester, L. ; Wang, M. ; Ackerman, E.E. ; Shoemaker, J.E. ; Zucker, J. ; Oxford, K. ; Teuton, J. ; Kocakaya, E. ; Summak, G.Y. ; Hanspers, K. ; Kutmon, M. ; Coort, S. ; Eijssen, L. ; Ehrhart, F. ; Rex, D.A.B. ; Slenter, D. ; Martens, M. ; Pham, N. ; Haw, R. ; Jassal, B. ; Matthews, L. ; Orlic-Milacic, M. ; Senff-Ribeiro, A. ; Rothfels, K. ; Shamovsky, V. ; Stephan, R. ; Sevilla, C. ; Varusai, T. ; Ravel, J. ; Fraser, R. ; Ortseifen, V. ; Marchesi, S. ; Gawron, P. ; Smula, E. ; Heirendt, L. ; Satagopam, V. ; Wu, G. ; Riutta, A. ; Golebiewski, M. ; Owen, S. ; Goble, C. ; Hu, X. ; Overall, R.W. ; Maier, D. ; Bauch, A. ; Gyori, B.M. ; Bachman, J.A. ; Vega, C. ; Grouès, V. ; Vázquez, M.J. ; Porras, P. ; Licata, L. ; Iannuccelli, M. ; Sacco, F. ; Nesterova, A. ; Yuryev, A. ; de Waard, A. ; Türei, D. ; Luna, A. ; Babur, O. ; Soliman, S. ; Valdeolivas, A. ; Esteban-Medina, M. ; Peña-Chilet, M. ; Rian, K. ; Helikar, T. ; Puniya, B.L. ; Módos, D. ; Treveil, A. ; Ölbei, M. ; De Meulder, B. ; Ballereau, S. ; Dugourd, A. ; Naldi, A. ; Noël, V. ; Calzone, L. ; Sander, C. ; Demir, E. ; Korcsmáros, T. ; Freeman, T.C. ; Augé, F. ; Beckmann, J.S. ; Hasenauer, J. ; Wolkenhauer, O. ; Willighagen, E.L. ; Pico, A.R. ; Evelo, C.T. ; Gillespie, M.E. ; Stein, L.D. ; Hermjakob, H. ; D'Eustachio, P. ; Saez-Rodriguez, J. ; Dopazo, J. ; Valencia, A. ; Kitano, H. ; Barillot, E. ; Auffray, C. ; Balling, R. ; Schneider, R.

COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus-host interaction mechanisms (vol 17, e10387, 2021).
Mol. Syst. Biol. 17:e10387 (2021)

Ostaszewski, M. ; Niarakis, A. ; Mazein, A. ; Kuperstein, I. ; Phair, R. ; Orta-Resendiz, A. ; Singh, V. ; Aghamiri, S.S. ; Acencio, M.L. ; Glaab, E. ; Ruepp, A. ; Fobo, G. ; Montrone, C. ; Brauner, B. ; Frishman, G. ; Monraz Gómez, L.C. ; Somers, J. ; Hoch, M. ; Kumar Gupta, S. ; Scheel, J. ; Borlinghaus, H. ; Czauderna, T. ; Schreiber, F. ; Montagud, A. ; Ponce de Leon, M. ; Funahashi, A. ; Hiki, Y. ; Hiroi, N. ; Yamada, T.G. ; Dräger, A. ; Renz, A. ; Naveez, M. ; Bocskei, Z. ; Messina, F. ; Börnigen, D. ; Fergusson, L. ; Conti, M. ; Rameil, M. ; Nakonecnij, V. ; Vanhoefer, J. ; Schmiester, L. ; Wang, M. ; Ackerman, E.E. ; Shoemaker, J.E. ; Zucker, J. ; Oxford, K. ; Teuton, J. ; Kocakaya, E. ; Summak, G.Y. ; Hanspers, K. ; Kutmon, M. ; Coort, S. ; Eijssen, L. ; Ehrhart, F. ; Rex, D.A.B. ; Slenter, D. ; Martens, M. ; Pham, N. ; Haw, R. ; Jassal, B. ; Matthews, L. ; Orlic-Milacic, M. ; Senff Ribeiro, A. ; Rothfels, K. ; Shamovsky, V. ; Stephan, R. ; Sevilla, C. ; Varusai, T. ; Ravel, J.M. ; Fraser, R. ; Ortseifen, V. ; Marchesi, S. ; Gawron, P. ; Smula, E. ; Heirendt, L. ; Satagopam, V.P. ; Wu, G. ; Riutta, A. ; Golebiewski, M. ; Owen, S. ; Goble, C. ; Hu, X. ; Overall, R.W. ; Maier, D. ; Bauch, A. ; Gyori, B.M. ; Bachman, J.A. ; Vega, C. ; Grouès, V. ; Vázquez, M.J. ; Porras, P. ; Licata, L. ; Iannuccelli, M. ; Sacco, F. ; Nesterova, A. ; Yuryev, A. ; de Waard, A. ; Turei, D. ; Luna, A. ; Babur, O. ; Soliman, S. ; Valdeolivas, A. ; Esteban-Medina, M. ; Peña-Chilet, M. ; Rian, K. ; Helikar, T. ; Lal Puniya, B. ; Módos, D. ; Treveil, A. ; Olbei, M. ; De Meulder, B. ; Ballereau, S. ; Dugourd, A. ; Naldi, A. ; Noël, V. ; Calzone, L. ; Sander, C. ; Demir, E. ; Korcsmáros, T. ; Freeman, T.C. ; Augé, F. ; Beckmann, J.S. ; Hasenauer, J. ; Wolkenhauer, O. ; Wilighagen, E.L. ; Pico, A.R. ; Evelo, C.T. ; Gillespie, M.E. ; Stein, L.D. ; Hermjakob, H. ; D'Eustachio, P. ; Saez-Rodriguez, J. ; Dopazo, J. ; Valencia, A. ; Kitano, H. ; Barillot, E. ; Auffray, C. ; Balling, R. ; Schneider, R.

COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms.
Cell Stem Cell 28, 1566-1581.e8 (2021)

Padmanabhan Nair, V. ; Liu, H. ; Ciceri, G. ; Jungverdorben, J. ; Frishman, G. ; Tchieu, J. ; Cederquist, G.Y. ; Rothenaigner, I. ; Schorpp, K.K. ; Klepper, L. ; Walsh, R.M. ; Kim, T.W. ; Cornacchia, D. ; Ruepp, A. ; Mayer, J. ; Hadian, K. ; Frishman, D. ; Studer, L. ; Vincendeau, M.

Activation of HERV-K(HML-2) disrupts cortical patterning and neuronal differentiation by increasing NTRK3.
Sci. Rep. 10:4350 (2020)

Kataka, E. ; Zaucha, J. ; Frishman, G. ; Ruepp, A. ; Frishman, D.

Edgetic perturbation signatures represent known and novel cancer biomarkers.
Nucleic Acids Res. 47, D559-D563 (2019)

Giurgiu, M. ; Reinhard, J. ; Brauner, B. ; Dunger-Kaltenbach, I. ; Fobo, G. ; Frishman, D. ; Montrone, C. ; Ruepp, A.

CORUM: The comprehensive resource of mammalian protein complexes2019.

Adler, A. ; Kirchmeier, P. ; Reinhard, J. ; Brauner, B. ; Dunger, I. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Mewes, H.-W. ; Arnold, M. ; Ruepp, A.

PhenoDis: A comprehensive database for phenotypic characterization of rare cardiac diseases.
Sci. Rep. 7:4555 (2017)

Allebrandt, K.V. ; Teder-Laving, M. ; Cusumano, P. ; Frishman, G. ; Levandovski, R. ; Ruepp, A. ; Hidalgo, M.P.L. ; Costa, R. ; Metspalu, A. ; Roenneberg, T. ; De Pittà, C.

Identifying pathways modulating sleep duration: From genomics to transcriptomics.
Heart 103, 1278-1285 (2017)

Ward-Caviness, C.K. ; Xu, T. ; Aspelund, T. ; Thorand, B. ; Montrone, C. ; Meisinger, C. ; Dunger-Kaltenbach, I. ; Zierer, A. ; Yu, Z. ; Helgadottir, I.R. ; Harris, T.B. ; Launer, L.J. ; Ganna, A. ; Lind, L. ; Eiriksdottir, G. ; Waldenberger, M. ; Prehn, C. ; Suhre, K. ; Illig, T. ; Adamski, J. ; Ruepp, A. ; Koenig, W. ; Gudnason, V. ; Emilsson, V. ; Wang-Sattler, R. ; Peters, A.

Improvement of myocardial infarction risk prediction via inflammation-associated metabolite biomarkers.
Cell Chem. Bio. 23, 1302-1313 (2016)

Liu, X. ; Baarsma, H.A. ; Thiam, C.H. ; Montrone, C. ; Brauner, B. ; Fobo, G. ; Heier, J.S. ; Duscha, S. ; Königshoff, M. ; Angeli, V. ; Ruepp, A. ; Campillos, M.

Systematic identification of pharmacological targets from small-molecule phenotypic screens.
PLoS ONE 11:e0163362 (2016)

Kostareva, A. ; Kiselev, A. ; Gudkova, A. ; Frishman, G. ; Ruepp, A. ; Frishman, D. ; Smolina, N. ; Tarnovskaya, S. ; Nilsson, D. ; Zlotina, A. ; Khodyuchenko, T. ; Vershinina, T. ; Pervunina, T. ; Klyushina, A. ; Kozlenok, A. ; Sjoberg, G. ; Golovljova, I. ; Sejersen, T. ; Shlyakhto, E.

Genetic spectrum of idiopathic restrictive cardiomyopathy uncovered by next-generation sequencing.
Diabetes Care 38, 1858-1867 (2015)

Xu, T. ; Brandmaier, S. ; Messias, A.C. ; Herder, C. ; Draisma, H.H. ; Demirkan, A. ; Yu, Z. ; Ried, J.S. ; Haller, T. ; Heier, M. ; Campillos, M. ; Fobo, G. ; Stark, R.G. ; Holzapfel, C. ; Adam, J. ; Chi, S. ; Rotter, M. ; Panni, T. ; Quante, A.S. ; He, Y. ; Prehn, C. ; Römisch-Margl, W. ; Kastenmüller, G. ; Willemsen, G. ; Pool, R. ; Kasa, K. ; van Dijk, K.W. ; Hankemeier, T. ; Meisinger, C. ; Thorand, B. ; Ruepp, A. ; Hrabě de Angelis, M. ; Li, Y. ; Wichmann, H.-E. ; Stratmann, B. ; Strauch, K. ; Metspalu, A. ; Gieger, C. ; Suhre, K. ; Adamski, J. ; Illig, T. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Peters, A. ; van Duijn, C.M. ; Boomsma, D.I. ; Meitinger, T. ; Wang-Sattler, R.

Effects of metformin on metabolite profiles and LDL cholesterol in patients with type 2 diabetes.
Neuron 86, 1189-1202 (2015)

Knauer-Arloth, J. ; Bogdan, R. ; Weber, P. ; Frishman, G. ; Menke, A. ; Wagner, K.V. ; Balsevich, G. ; Schmidt, M.V. ; Karbalai, N. ; Czamara, D. ; Altmann, A. ; Trümbach, D. ; Wurst, W. ; Mehta, D. ; Uhr, M. ; Klengel, T. ; Erhardt, A. ; Carey, C.E. ; Conley, E.D. ; Ruepp, A. ; Müller-Myhsok, B. ; Hariri, A.R. ; Binder, E.B.

Genetic differences in the immediate transcriptome response to stress predict risk-related brain function and psychiatric disorders.
Psychol. Med. 44, 2309-2322 (2014)

Mehta, D. ; Newport, D.J. ; Frishman, G. ; Kraus, L. ; Rex-Haffner, M. ; Ritchie, J.C. ; Lori, A. ; Knight, B.T. ; Stagnaro, E. ; Ruepp, A. ; Stowe, Z.N. ; Binder, E.B.

Early predictive biomarkers for postpartum depression point to a role for estrogen receptor signaling.
Nucleic Acids Res. 42, D396-D400 (2014)

Blohm, P. ; Frishman, G. ; Smialowski, P. ; Goebels, F. ; Wachinger, B. ; Ruepp, A. ; Frishman, D.

Negatome 2.0: A database of non-interacting proteins derived by literature mining, manual annotation and protein structure analysis.
Nucleic Acids Res. 42, D671-D676 (2014)

Bleves, S. ; Dunger, I. ; Walter, M.C. ; Frangoulidis, D. ; Kastenmüller, G. ; Voulhoux, R. ; Ruepp, A.

HoPaCI-DB: Host-Pseudomonas and Coxiella interaction database.
PLoS ONE 8:e70348 (2013)

Montrone, C. ; Kokkaliaris, K.D. ; Loeffler, D. ; Lechner, M. ; Kastenmüller, G. ; Schroeder, T. ; Ruepp, A.

HSC-Explorer: A curated database for hematopoietic stem cells.
Methods Mol. Biol. 822, 249-260 (2012)

Ruepp, A. ; Kowarsch, A. ; Theis, F.J.

PhenomiR: MicroRNAs in human diseases and biological processes.
Genome Biol. 13:R62 (2012)

Lechner, M. ; Höhn, V. ; Brauner, B. ; Dunger, I. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Kastenmüller, G. ; Wägele, B. ; Ruepp, A.

CIDeR: Multifactorial interaction networks in human diseases.
BMC Syst. Biol. 5:136 (2011)

Sass, S. ; Dietmann, S. ; Burk, U.C. ; Brabletz, S. ; Lutter, D. ; Kowarsch, A. ; Mayer, K.F.X. ; Brabletz, T. ; Ruepp, A. ; Theis, F.J. ; Wang, Y.

MicroRNAs coordinately regulate protein complexes.
Nucleic Acids Res. 38, 1, D497-D501 (2010)

Ruepp, A. ; Wägele, B. ; Lechner, M. ; Brauner, B. ; Dunger-Kaltenbach, I. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Mewes, H.-W.

CORUM: The comprehensive resource of mammalian protein complexes - 2009.
Nucleic Acids Res. 39, 1, D220-D224 (2010)

Mewes, H.-W. ; Ruepp, A. ; Theis, F.J. ; Rattei, T. ; Walter, M.C. ; Frishman, D. ; Suhre, K. ; Spannagl, M. ; Mayer, K.F.X. ; Stuempflen, V. ; Antonov, A.

MIPS: Curated databases and comprehensive secondary data resources in 2010.
PLoS ONE 5:e11154 (2010)

Kowarsch, A. ; Marr, C. ; Schmidl, D. ; Ruepp, A. ; Theis, F.J.

Tissue-specific target analysis of disease-associated microRNAs in human signaling pathways.
Genome Biol. 11:R6 (2010)

Ruepp, A. ; Kowarsch, A. ; Schmidl, D. ; Buggenthin, F. ; Brauner, B. ; Dunger, I. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Theis, F.J.

PhenomiR: A knowledgebase for microRNA expression in diseases and biological processes.
Nucleic Acids Res. 38, 1, D540-D544 (2010)

Smialowski, P. ; Pagel, P. ; Wong, P. ; Brauner, B. ; Dunger, I. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Rattei, T. ; Frishman, D. ; Ruepp, A.

The Negatome database: A reference set of non-interacting protein pairs.
J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 16, 81-90 (2009)

Antranikian, G. ; Ruepp, A. ; Gordon, P.M. ; Ballschmiter, M. ; Zibat, A. ; Stark, M. ; Sensen, C.W. ; Frishman, D. ; Liebl, W. ; Klenk, H.P.

Rapid access to genes of biotechnologically useful enzymes by partial genome sequencing: The thermoalkaliphile Anaerobranca gottschalkii.
Bioinformatics 25, 141-143 (2009)

Wägele, B. ; Dunger-Kaltenbach, I. ; Fobo, G. ; Montrone, C. ; Mewes, H.-W. ; Ruepp, A.

CRONOS: The cross-reference navigation server.
BMC Genomics 9:629 (2008)

Wong, P. ; Althammer, S. ; Hildebrand, A. ; Kirschner, A. ; Pagel, P. ; Geissler, B. ; Smialowski, P. ; Blöchl, F. ; Oesterheld, M. ; Schmidt, T. ; Strack, N. ; Theis, F.J. ; Ruepp, A. ; Frishman, D.

An evolutionary and structural characterization of mammalian protein complex organization.
J. Food Prot. 71, 13-18 (2008)

Grimm, M. ; Stephan, R. ; Iversen, C. ; Manzardo, G.G. ; Rattei, T. ; Riedel, K. ; Ruepp, A. ; Frishman, D. ; Lehner, A.

Cellulose as an extracellular matrix component present in Enterobacter sakazakii biofilms.
Nucleic Acids Res. 36, W140-W144 (2008)

Wägele, B. ; Schmidt, T. ; Mewes, H.-W. ; Ruepp, A.

OREST: The online resource for EST analysis.
Genomics 91, 553-554 (2008)

Pfeiffer, F. ; Schuster, S.C. ; Broicher, A. ; Falb, M. ; Palm, P. ; Rodewald, K. ; Ruepp, A. ; Soppa, J. ; Tittor, J. ; Oesterhelt, D.

Genome sequences of Halobacterium salinarum: A reply.
Nucleic Acids Res. 36, D646-D650 (2008)

Ruepp, A. ; Brauner, B. ; Dunger-Kaltenbach, I. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Stransky, M. ; Wägele, B. ; Schmidt, T. ; Doudieu, O.N. ; Stuempflen, V. ; Mewes, H.-W.

CORUM: The comprehensive resource of mammalian protein complexes.
Nucleic Acids Res. 36, D196-D201 (2008)

Mewes, H.-W. ; Dietmann, S. ; Frishman, D. ; Gregory, R. ; Mannhaupt, G. ; Mayer, K.F.X. ; Münsterkötter, M. ; Ruepp, A. ; Spannagl, M. ; Stuempflen, V. ; Rattei, T.

MIPS: Analysis and annotation of genome information in 2007.
Genomics 91, 335-346 (2008)

Pfeiffer, F. ; Schuster, S.C. ; Broicher, A. ; Falb, M. ; Palm, P. ; Rodewald, K. ; Ruepp, A. ; Soppa, J. ; Tittor, J. ; Oesterhelt, D.

Evolution in the laboratory: The genome of Halobacterium salinarum strain R1 compared to that of strain NRC-1.
BMC Genomics 8:190 (2007)

Datson, N.A. ; Morsink, M.C. ; Atanasova, S. ; Armstrong, V.W. ; Zischler, H. ; Schlumbohm, C. ; Dutilh, B.E. ; Huynen, M.A. ; Wägele, B. ; Ruepp, A. ; de Kloet, E.R. ; Fuchs, E.

Development of the first marmoset-specific DNA microarray (EUMAMA): A new genetic tool for large-scale expression profiling in a non-human primate.
Archaea 2, 127-135 (2007)

Brügger, K. ; Chen, L. ; Stark, M. ; Zibat, A. ; Redder, P. ; Ruepp, A. ; Awayez, M. ; She, Q. ; Garrett, R.A. ; Klenk, H.P.

The genome of Hyperthermus butylicus: A sulfur-reducing, peptide fermenting, neutrophilic Crenarchaeote growing up to 108 °C.
Syst. Appl. Microbiol. 29, 609-625 (2006)

Lehner, A. ; Riedel, K. ; Rattei, T. ; Ruepp, A. ; Frishman, D. ; Breeuwer, P. ; Diep, B. ; Eberl, L. ; Stephan, R.

Molecular characterization of the alpha-glucosidase activity in Enterobacter sakazakii reveals the presence of a putative gene cluster for palatinose metabolism.
Drug Discov. To. Techn. 3, 145-151 (2006)

Ruepp, A. ; Mewes, H.-W.

Prediction and classification of protein functions.
Nucleic Acids Res. 34, D568–D571 (2006)

Ruepp, A. ; Doudieu, O.N. ; van den Oever, J. ; Brauner, B. ; Dunger-Kaltenbach, I. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Skornia, C. ; Wanka, S. ; Rattei, T. ; Pagel, P. ; Riley, M.L. ; Frishman, D. ; Surmeli, D. ; Tetko, I.V. ; Oesterheld, M. ; Stuempflen, V. ; Mewes, H.-W.

The mouse functional genome database (MfunGD) :Functional annotation of proteins in the light of their cellular context.
Nucleic Acids Res. 34, 436-441 (2006)

Güldener, U. ; Münsterkötter, M. ; Oesterheld, M. ; Pagel, P. ; Ruepp, A. ; Mewes, H.-W. ; Stuempflen, V.

MPact: The MIPS protein interaction resource on yeast.
Nucleic Acids Res. 34, D169-D172 (2006)

Mewes, H.-W. ; Frishman, D. ; Mayer, K.F.X. ; Münsterkötter, M. ; Noubibou, O. ; Pagel, P. ; Rattei, T. ; Oesterheld, M. ; Ruepp, A. ; Stuempflen, V.

MIPS: Analysis and annotation of proteins from whole genomes in 2005.
FEMS Microbiol. Lett. 265, 244-248 (2006)

Lehner, A. ; Grimm, M. ; Rattei, T. ; Ruepp, A. ; Frishman, D. ; Manzardo, G.G.G. ; Stephan, R.

Cloning and characterization of Enterobacter sakazakii pigment genes and in situ spectroscopic analysis of the pigment.
Curr. Pharm. Des. 12, 3723-3734 (2006)

Dietmann, S. ; Aguilar, D. ; Mader, M.T. ; Oesterheld, M. ; Ruepp, A. ; Stuempflen, V. ; Mewes, H.-W.

Resources and tools for investigating biomolecular networks in mammals.
Nucleic Acids Res. 34, D705-D711 (2006)

Prokisch, H. ; Andreoli, C. ; Ahting, U. ; Heiss, K. ; Ruepp, A. ; Scharfe, C. ; Meitinger, T.

MitoP2: The mitochondrial proteome database-now including mouse data.
BMC Bioinformatics 6:82 (2005)

Tetko, I.V. ; Facius, A. ; Ruepp, A. ; Mewes, H.-W.

Super paramagnetic clustering of protein sequences.
Bioinformatics 21, 2520-2521 (2005)

Tetko, I.V. ; Brauner, B. ; Dunger-Kaltenbach, I. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Fobo, G. ; Ruepp, A. ; Antonov, A.V.

MIPS bacterial genomes functional annotation benchmark dataset.
Bioinformatics 21, 832-834 (2005)

Pagel, P. ; Kovac, S. ; Oesterheld, M. ; Brauner, B. ; Dunger-Kaltenbach, I. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Mark, P. ; Stuempflen, V. ; Mewes, H.-W. ; Ruepp, A.

The MIPS mammalian protein-protein interaction database.
Nucleic Acids Res. 32, 5539-5545 (2004)

Ruepp, A. ; Zollner, A. ; Maier, D. ; Albermann, K. ; Hani, J. ; Mokrejs, M. ; Tetko, I.V. ; Güldener, U. ; Mannhaupt, G. ; Münsterkötter, M. ; Mewes, H.-W.

The FunCat, a functional annotation scheme for systematic classification of proteins from whole genomes.
Nucleic Acids Res. 32, D41-D44 (2004)

Mewes, H.-W. ; Amid, C. ; Arnold, R. ; Frishman, D. ; Güldener, U. ; Mannhaupt, G. ; Münsterkötter, M. ; Pagel, P. ; Strack, N. ; Stuempflen, V. ; Warfsmann, J. ; Ruepp, A.

MIPS : analysis and annotation of proteins from whole genomes.