Als Forschungsdirektor am Helmholtz Zentrum München leitet Martin Hrabĕ de Angelis das Institut für Experimentelle Genetik, das Teil des Helmholtz Diabetes Center ist. Im Laufe seiner Karriere entdeckte er neue genetische Netzwerke, die bei der Pathogenese von Stoffwechselerkrankungen wie beispielsweise Diabetes eine Rolle spielen können.
Dabei nimmt die Entwicklung von Datenbanken und die Anwendung moderner Data-Mining-Methoden einen hohen Stellenwert ein. Ebenso entdeckte er mit seinen Kolleginnen und Kollegen, dass eine durch Fehlernährung erworbene Fettleibigkeit und Diabetes sowohl über Eizellen als auch über Spermien epigenetisch an die Nachkommen vererbt werden können.
Martin Hrabĕ de Angelis publizierte über 550 Originalarbeiten, welche über 35.000-mal zitiert wurden und ist Autor mehrerer Fachbücher. Er leitet Forschungsprojekte auf nationaler und internationaler Ebene, erhielt zahlreiche Ehrungen und ist einer der Gründer sowie Sprecher und Vorstand des Deutschen Zentrums für Diabetesforschung. Seit 2018 ist er Mitglied der nationalen Akademie der Wissenschaften, Leopoldina. Zugleich ist er Direktor des europäischen Forschungskonsortiums Infrafrontier, die weltweit erste Einrichtung zur systemischen Analyse von Modellen für menschliche Erkrankungen.
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