Skip to main content
Epigenetics@HelmholtzMunich Banner
Helmholtz Munich | Emily Steed & Amelie J. Kraus

Epigenetics @HelmholtzMunich

Dozens of researchers at Helmholtz Munich joined forces

to reveal the myriad of secrets of Epigenetics.

The Epigenetics@HelmholtzMunich Community Research consists of almost 30 labs from 17 Helmholtz Munich institutes, committed all to performing ground-breaking research in the field of epigenetics. These groups are pioneers in their respective disciplines, utilizing cutting edge techniques to answer the complex questions of today.

The topics studied by the community include: stem cells, cellular plasticity, metabolism, diabetes, computational biology, epidemiology, immunology, development and systems biology. 

Dozens of researchers @Helmholtz Munich join forces to reveal the myriad of secrets of Epigenetics.

Learn more about us below.

Recent Publications

Back

2024Vortrag: ICLR 2024 Workshops (2024)

Hajiramezanali, E. ; Bunne, C. ; Hasanzadeh, A. ; Biancalani, T. ; Nguyen, E. ; Jin, Y. ; Brbic, M. ; Regev, A. ; Theis, F.J.

Machine learning for genomics explorations.

2024 Nature Neuroscience Nat. Neurosci., DOI: 10.1038/s41593-024-01858-2 (2024)

Bonev, B. ; Castelo-Branco, G. ; Chen, F. ; Codeluppi, S. ; Corces, M.R. ; Fan, J. ; Heiman, M. ; Harris, K. ; Inoue, F. ; Kellis, M. ; Levine, A.P. ; Lotfollahi, M. ; Luo, C. ; Maynard, K.R. ; Nitzan, M. ; Ramani, V. ; Satijia, R. ; Schirmer, L. ; Shen, Y. ; Sun, N. ; Green, G.S. ; Theis, F. ; Wang, X. ; Welch, J.D. ; Gokce, O. ; Konopka, G. ; Liddelow, S.A. ; Macosko, E. ; Ali Bayraktar, O. ; Habib, N. ; Nowakowski, T.J.

Author Correction: Opportunities and challenges of single-cell and spatially resolved genomics methods for neuroscience discovery.

2024 Scientific Article in Communications Medicine Commun. Med. 4:265 (2024)

Nguyen, B.H.P. ; Garger, D. ; Lu, D. ; Maalmi, H. ; Prokisch, H. ; Thorand, B. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Waldenberger, M. ; Gieger, C. ; Peters, A. ; Suhre, K. ; Bönhof, G.J. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Grallert, H. ; Ziegler, D. ; Herder, C. ; Menden, M.P.

Interpretable multimodal machine learning (IMML) framework reveals pathological signatures of distal sensorimotor polyneuropathy.

2024 Review in Cell Cell 187, 7045-7063 (2024)

Bunne, C. ; Roohani, Y. ; Rosen, Y. ; Gupta, A. ; Zhang, X. ; Roed, M. ; Alexandrov, T. ; AlQuraishi, M. ; Brennan, P. ; Burkhardt, D.B. ; Califano, A. ; Cool, J. ; Dernburg, A.F. ; Ewing, K. ; Fox, E.B. ; Haury, M. ; Herr, A.E. ; Horvitz, E. ; Hsu, P.D. ; Jain, V. ; Johnson, G.R. ; Kalil, T. ; Kelley, D.R. ; Kelley, S.O. ; Kreshuk, A. ; Mitchison, T. ; Otte, S. ; Shendure, J. ; Sofroniew, N.J. ; Theis, F.J. ; Theodoris, C.V. ; Upadhyayula, S. ; Valer, M. ; Wang, B. ; Xing, E. ; Yeung-Levy, S. ; Zitnik, M. ; Karaletsos, T. ; Regev, A. ; Lundberg, E. ; Leskovec, J. ; Quake, S.R.

How to build the virtual cell with artificial intelligence: Priorities and opportunities.

2024 Scientific Article in Nature biomedical engineering Nat. Bio. Eng., DOI: 10.1038/s41551-024-01273-9 (2024)

Papargyriou, A. ; Najajreh, M. ; Cook, D.P. ; Maurer, C.H. ; Bärthel, S. ; Messal, H.A. ; Ravichandran, S.K. ; Richter, T. ; Knolle, M. ; Metzler, T. ; Shastri, A.R. ; Öllinger, R. ; Jasper, J. ; Schmidleitner, L. ; Wang, S. ; Schneeweis, C. ; Ishikawa-Ankerhold, H. ; Engleitner, T. ; Mataite, L. ; Semina, M. ; Trabulssi, H. ; Lange, S. ; Ravichandra, A. ; Schuster, M. ; Mueller, S. ; Peschke, K. ; Schäfer, A. ; Dobiasch, S. ; Combs, S.E. ; Schmid, R.M. ; Bausch, A.R. ; Braren, R. ; Heid, I. ; Scheel, C. ; Schneider, G. ; Zeigerer, A. ; Luecken, M. ; Steiger, K. ; Kaissis, G. ; van Rheenen, J. ; Theis, F.J. ; Saur, D. ; Rad, R. ; Reichert, M.

Heterogeneity-driven phenotypic plasticity and treatment response in branched-organoid models of pancreatic ductal adenocarcinoma.

2024 Scientific Article in Nature Methods Nat. Methods, DOI: 10.1038/s41592-024-02555-5 (2024)

Caporale, N. ; Castaldi, D. ; Rigoli, M.T. ; Cheroni, C. ; Valenti, A. ; Stucchi, S. ; Lessi, M. ; Bulgheresi, D. ; Trattaro, S. ; Pezzali, M. ; Vitriolo, A. ; Lopez-Tobon, A. ; Bonfanti, M. ; Ricca, D. ; Schmid, K. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Villa, C.E. ; Testa, G.

Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution.

2024 Scientific Article in Cancer Research Cancer Res., DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-24-0456 (2024)

Turnham, R.E. ; Pitea, A. ; Jang, G.M. ; Xu, Z. ; Lim, H.C. ; Choi, A.L. ; Von Dollen, J. ; Levin, R.S. ; Webber, J.T. ; McCarthy, E. ; Hu, J. ; Li, X. ; Che, L. ; Singh, A. ; Yoon, A.J. ; Chan, G. ; Kelley, R.K. ; Swaney, D.L. ; Zhang, W. ; Bandyopadhyay, S. ; Theis, F.J. ; Eckhardt, M. ; Chen, X. ; Shokat, K.M. ; Ideker, T. ; Krogan, N.J. ; Gordan, J.D.

HBV remodels PP2A complexes to rewire kinase signaling in hepatocellular carcinoma.

2024 Review in Nature Neuroscience Nat. Neurosci. 27, 2292-2309 (2024)

Bonev, B. ; Gonçalo, C.B. ; Chen, F. ; Codeluppi, S. ; Corces, M.R. ; Fan, J. ; Heiman, M. ; Harris, K. ; Inoue, F. ; Kellis, M. ; Levine, A.P. ; Lotfollahi, M. ; Luo, C. ; Maynard, K.R. ; Nitzan, M. ; Ramani, V. ; Satijia, R. ; Schirmer, L. ; Shen, Y. ; Sun, N. ; Green, G.S. ; Theis, F. ; Wang, X. ; Welch, J.D. ; Gokce, O. ; Konopka, G. ; Liddelow, S.A. ; Macosko, E. ; Bayraktar, O. ; Habib, N. ; Nowakowski, T.J.

Opportunities and challenges of single-cell and spatially resolved genomics methods for neuroscience discovery.

Contact

PilarOkenveRamos_SelfPortrait_Personnel

Dr. Pilar Okenve-Ramos

Scientific Coordinator for Epigenetics

Contact Office

Epigenetics at Helmholtz Munich logo

Epigenetics Coordination Office

  • Twitter: