Publications
Stiel, A.-C. ; Niessing, D. ; Ntziachristos, V. ; Chmyrov, A.
Sense and switch across scales – Prototyping genetically encoded, reversibly switchable indicators for sub-diffraction microscopy and whole animal optoacoustic Ca2+ imaging.Skopelitou, K. ; Rossella, F. ; Larbi, R.A. ; Gribbon, P. ; Cirino, T. ; Tetko, I.V.
2nd EUOS/SLAS Joint Challenge: Prediction of spectral properties of compounds.Krüger, F. ; Österbacka, N. ; Kabeshov, M. ; Engkvist, O. ; Tetko, I.V.
MolEncoder: Towards optimal masked language modeling for molecules.Liesenhoff, C. ; Hillenmayer, M. ; Havertz, C. ; Geerlof, A. ; Hartmann, D. ; Priglinger, S.G. ; Priglinger, C.S. ; Ohlmann, A.
Role of endogenous galectin-3 on cell biology of immortalized retinal pigment epithelial cells in vitro.Daniilidis, M. ; Günsel, U. ; Broutzakis, G. ; Leitl, K.D. ; Janowski, R. ; Fredriksen, K. ; Niessing, D. ; Gatsogiannis, C. ; Hagn, F.
Structural basis of apoptosis induction by the mitochondrial voltage-dependent anion channel.Bostock, M.J. ; Kolloff, C. ; Jerschke, E. ; Asami, S. ; Skerra, A. ; Olsson, S. ; Sattler, M.
Conformational quenching in an engineered lipocalin protein achieves high affinity binding to the toxin colchicine.Zhang, F. ; Dorn, T. ; Gnutti, B. ; Anikster, Y. ; Kuebler, S. ; Ahrens-Nicklas, R. ; Gosselin, R. ; Rahman, S. ; Durst, R. ; Zanuttigh, E. ; Güra, M. ; Poch, C.M. ; Meier, A.B. ; Laugwitz, K.L. ; Schüller, H.J. ; Messias, A.C. ; Sibon, O.C. ; Finazzi, D. ; Rippert, A.L. ; Li, D. ; Truxal, K. ; Nandi, D. ; Lampert, B.C. ; Yeo, M. ; Gardham, A. ; Nissan, B. ; Horowitz Cederboim, S. ; Moretti, A. ; Iuso, A.
Pantethine ameliorates dilated cardiomyopathy features in PPCS deficiency disorder in patients and cell line models.Grygier, P. ; Pustelny, K. ; Cardoso Micu Menezes, F.M. ; Jemiola-Rzeminska, M. ; Suder, P. ; Dubin, G. ; Czarna, A.
Structural perspective on the design of selective DYRK1B inhibitors.Klimenko, V. ; Reiners, J. ; Applegate, V. ; Reimann, K. ; Popowicz, G.M. ; Hoeppner, A. ; Papadopoulos, A. ; Smits, S.H.J. ; Nowack, E.C.M.
The Paulinella chromatophore transit peptide part2 adopts a structural fold similar to the γ-glutamyl-cyclotransferase fold.Müther, M. ; Böning, G. ; Gildehaus, F.J. ; Delbridge, C. ; Albert, N.L. ; Schäfers, M. ; Delker, A. ; Stegger, L. ; Zeidler, R. ; Reulen, H.J. ; Röll, W. ; Stummer, W.
P07.21.A A PHASE I TRIAL TO DETERMINE THE MAXIMUM TOLERATED DOSE AND PATIENT-SPECIFIC DOSIMETRY OF FRACTIONATED INTRACAVITARY RADIOIMMUNOTHERAPY WITH LUTETIUM-177 LABELED 6A10 FAB FRAGMENTS IN PATIENTS WITH GLIOBLASTOMA - PRELIMINARY RESULTS FROM THE FIRST PATIENT COHORT.Pérez-Ràfols, A. ; Pérez-Ropero, G. ; Cerofolini, L. ; Sperotto, L. ; Roca-Martínez, J. ; Higuera-Rodriguez, R.A. ; Russomanno, P. ; Kaiser, W.J. ; Vranken, W.F. ; Danielson, U.H. ; Provenzani, A. ; Martelli, T. ; Sattler, M. ; Buijs, J. ; Fragai, M.
Deciphering the RNA recognition by Musashi-1 to design protein and RNA variants for in vitro and in vivo applications.Hagl, B. ; Spielberger, B.D. ; Neumann, B. ; Pelham, S.J. ; Pandey, D. ; Schlundt, A. ; Barro, C. ; Lechner, A. ; Wolf, C. ; Deenick, E.K. ; Sattler, M. ; Tangye, S.G. ; Rothenfusser, S. ; Renner, E.D.
Signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) variant p.K709N causes hyper-IgE syndrome likely by impaired STAT3-dimer formation.Eytcheson, S.A. ; Tetko, I.V.
Which modern AI methods provide accurate predictions of toxicological end points? Analysis of Tox24 challenge results.Roncaglioni, A. ; Kovarich, S. ; Mansouri, K. ; Tetko, I.V.
Advancing human and environmental safety science using In Silico methods.Tetko, I.V. ; Clevert, D.A.
Advanced machine learning for innovative drug discovery.Nowacki, M. ; Cardoso Micu Menezes, F.M. ; Pykacz, E. ; Popiołek, M. ; Napolitano, V. ; Krishna, C.K. ; Kalel, V.C. ; Erdmann, R. ; Fröhlich, T. ; Plettenburg, O. ; Sattler, M. ; Popowicz, G.M. ; Dawidowski, M.
Quantum mechanics-driven structure-activity relationship study of PEX5-PEX14 protein-protein interaction inhibitors based on a dibenzo[b,e]azepin-6(6H)-one scaffold.Singh, I. ; Onogi, Y. ; Cardoso Micu Menezes, F.M. ; Khasanova, D. ; Kang, L. ; Wang, C. ; Ruiz-Trave, J. ; Sharma, S. ; Khalil, A. ; Reichenbach, V.K. ; Shi, Y. ; Flatley, A. ; Yan, X. ; Israel, A. ; Dragano, N.R.V. ; Aguilar-Pimentel, J.A. ; Hoffmann, A. ; Ghosh, A. ; Noé, F. ; Wolfrum, C. ; Cucuruz, S. ; König, A.-C. ; Burtscher, I. ; Hauck, S.M. ; Lickert, H. ; Hofmann, S.M. ; Feederle, R. ; Schriever, S.C. ; Hernandez-Bautista, R. ; Sancar, G. ; Cebrian Serrano, A. ; Tetko, I.V. ; Fuchs, H. ; Gailus-Durner, V. ; Blüher, M. ; Hrabě de Angelis, M. ; Ussar, S.
NRAC controls CD36-mediated fatty acid uptake in adipocytes and lipid clearance in vivo.Waas, D. ; Juraschitz, M. ; Chen, Y.A. ; Waltenberger, H. ; Hammerschmidt, W. ; Zeidler, R. ; Molinaro, S. ; Gärtner, K.
Development of broadly applicable reference EVs expressing horseradish peroxidase.Dürauer, S. ; Kang, H.-S. ; Wiebeler, C. ; Machida, Y. ; Schnapka, D.S. ; Yaneva, D. ; Renz, C. ; Götz, M.J. ; Weickert, P. ; Major, A.C. ; Rahmanto, A.S. ; Gutenthaler-Tietze, S.M. ; Daumann, L.J. ; Beli, P. ; Ulrich, H.D. ; Sattler, M. ; Machida, Y.J. ; Schwierz, N. ; Stingele, J.
Allosteric activation of the SPRTN protease by ubiquitin maintains genome stability.Hipp, C. ; Mussgnug, S. ; Choudhary, P. ; Kang, H.-S. ; Asami, S. ; Sastre, J. ; Donau, C. ; Böttcher, R. ; Gemmecker, G. ; Boekhoven, J. ; Förstemann, K. ; Sattler, M.
Molecular mechanisms of biomolecular condensate formation in Drosophila melanogaster siRNA biogenesis.Wilhelm, A.D. ; Flynn, C. ; Hammer, E. ; Rössler, J. ; Haller, B. ; Napieralski, R. ; Leuthner, M. ; Tosheska, S. ; Knoops, K. ; Mathew, A. ; Ciarimboli, G. ; Kranich, J. ; Flaskamp, L. ; King, S. ; Gevensleben, H. ; Emslander, Q. ; Pastucha, A. ; Reisbeck, M. ; Rief, L. ; Bronger, H. ; Dreyer, T. ; Bausch, A.R. ; Pichlmair, A. ; Brocker, T. ; Zeidler, R. ; Hammerschmidt, W. ; Piedavent-Salomom, M. ; López-Iglesias, C. ; Schricker, G. ; Haydn, O. ; Kiechle, M. ; Grill, S.W. ; Heeren, R. ; Knolle, P.A. ; Wilhelm, O. ; Höchst, B.
Two-dimensional analysis of plasma-derived extracellular vesicles to determine the HER2 status in breast cancer patients.Berouti, M. ; Wagner, M. ; Greulich, W. ; Piseddu, I. ; Gärtig, J. ; Hansbauer, L. ; Müller-Hermes, C. ; Heiss, M. ; Pichler, A. ; Tölke, A.J. ; Witte, G. ; Hopfner, K.P. ; Anz, D. ; Sattler, M. ; Carell, T. ; Hornung, V.
Pseudouridine RNA avoids immune detection through impaired endolysosomal processing and TLR engagement.Gaber, T. ; Monecke, T. ; Grabowski, J. ; Simon, B. ; Williams, T. ; Roman, V. ; Chao, J. ; Hennig, J. ; Ephrussi, A. ; Niessing, D. ; Heber, S.D.
A direct interaction between the RNA-binding proteins Staufen and Tm1-I/C in the oskar mRNA transport complex.Müller-Hermes, C. ; Piomponi, V. ; Hilber, S. ; Asami, S. ; Kreutz, C. ; Bussi, G. ; Sattler, M.
Unique conformational dynamics and protein recognition of A-to-I hyper-edited dsRNA.Du, Y. ; Lv, X. ; Siebenmorgen, T. ; Popowicz, G.M. ; Feng, C. ; Ma, Y. ; Wang, Y.
Enhancing catalytic activity of a Baeyer-Villiger monooxygenase from Oceanicola granulosus: Simultaneous engineering of the distal site and active site.Walla, B. ; Dietrich, A. ; Brames, E. ; Bischoff, D. ; Fritzsche, S. ; Castiglione, K. ; Janowski, R. ; Niessing, D. ; Weuster‐Botz, D.
Application of a rational crystal contact engineering strategy on a poly(ethylene terephthalate)-degrading cutinase.Walla, B. ; Maslakova, A. ; Bischoff, D. ; Janowski, R. ; Niessing, D. ; Weuster-Botz, D.
Rational introduction of electrostatic interactions at crystal contacts to enhance protein crystallization of an ene reductase.Wang, Z. ; Cao, G. ; Collier, M.P. ; Qiu, X. ; Broadway-Stringer, S. ; Šaman, D. ; Ng, J.Z.Y. ; Sen, N. ; Azad, A.J. ; Hooper, C. ; Zimmermann, J. ; McDonough, M.A. ; Brem, J. ; Rabe, P. ; Song, H. ; Alderson, T.R. ; Schofield, C.J. ; Bolla, J.R. ; Djinovic-Carugo, K. ; Fürst, D.O. ; Warscheid, B. ; Degiacomi, M.T. ; Allison, T.M. ; Hochberg, G.K.A. ; Robinson, C.V. ; Gehmlich, K. ; Benesch, J.L.P.
Filamin C dimerisation is regulated by HSPB7.Geilenkeuser, J. ; Armbrust, N. ; Steinmaßl, E. ; Du, S.W. ; Schmidt, S. ; Binder, E.M.H. ; Li, Y. ; Warsing, N.W. ; Wendel, S.V. ; von der Linde, F. ; Schiele, E.M. ; Niu, X. ; Stroppel, L. ; Berezin, O. ; Santl, T. ; Orschmann, T. ; Nelson, K. ; Gruber, C. ; Palczewska, G. ; Menezes, C.R. ; Risaliti, E. ; Engfer, Z.J. ; Koleci, N. ; Schmidts, A. ; Geerlof, A. ; Palczewski, K. ; Westmeyer, G.G. ; Truong, D.J.J.
Engineered nucleocytosolic vehicles for loading of programmable editors.Luo ; Molbay, M. ; Chen, Y. ; Horvath, I. ; Kadletz, K. ; Kick, B. ; Zhao, S. ; Al-Maskari, R. ; Singh, I. ; Ali, M. ; Bhatia, H.S. ; Minde, D.-P. ; Negwer, M. ; Höher, L. ; Calandra, G.M. ; Groschup, B. ; Su, J. ; Kimna, C. ; Rong, Z. ; Galensowske, N. ; Todorov, M.I. ; Jeridi, D. ; Ohn, T.-L. ; Roth, S. ; Simats, A. ; Singh, V. ; Khalin, I. ; Pan, C. ; Arus, B.A. ; Bruns, O.T. ; Zeidler, R. ; Liesz, A. ; Protzer, U. ; Plesnila, N. ; Ussar, S. ; Hellal, F. ; Paetzold, J.C. ; Elsner, M. ; Dietz, H. ; Ertürk, A.
Nanocarrier imaging at single-cell resolution across entire mouse bodies with deep learning.Mousa, N. ; Varbanov, H.P. ; Kaipanchery, V. ; Gabano, E. ; Ravera, M. ; Toropov, A.A. ; Charochkina, L. ; Cardoso Micu Menezes, F.M. ; Godin, G. ; Tetko, I.V.
Online OCHEM multi-task model for solubility and lipophilicity prediction of platinum complexes.Kaeuferle, T. ; Zwermann, M. ; Stoll, N. ; Ferrada-Ernst, P. ; Jablonowski, L. ; Zeidler, R. ; Willier, S. ; Stenger, D. ; Yassin, A. ; Stripecke, R. ; Feuchtinger, T.
All-in-one CRISPR/Cas-engineered glucocorticoid-receptor knock-out EBV-gp350-CAR knock-in T cells are potent and resistant to dexamethasone.Krüger, F. ; Östman, J. ; Mervin, L. ; Tetko, I.V. ; Engkvist, O.
Publishing neural networks in drug discovery might compromise training data privacy.Herdering, E. ; Reif-Trauttmansdorff, T. ; Kumar, A. ; Habenicht, T. ; Hochberg, G.K.A. ; Bohn, S. ; Schüller, J. ; Schmitz, R.A.
2-oxoglutarate triggers assembly of active dodecameric Methanosarcina mazei glutamine synthetase.Shekhar, A. ; Di Lucrezia, R. ; Jerye, K. ; Korotkov, V.S. ; Harmrolfs, K. ; Rox, K. ; Weich, H.A. ; Ghai, I. ; Delhommel, F. ; Becher, I. ; Degenhart, C. ; Fansa, E. ; Unger, A. ; Habenberger, P. ; Klebl, B. ; Lukat, P. ; Schmelz, S. ; Henke, S. ; Borgert, S. ; Lang, J.C. ; Sasse, F. ; Diestel, R. ; Richter, C. ; Schneider-Daum, N. ; Hinkelmann, B. ; Niemz, J. ; Lehr, C.M. ; Jänsch, L. ; Huehn, J. ; Alm, R. ; Savitski, M.M. ; Welte, T. ; Hesterkamp, T. ; Sattler, M. ; Winterhalter, M. ; Blankenfeldt, W. ; Medina, E. ; Bilitewski, U. ; Dinkel, K. ; Brönstrup, M.
Highly potent quinoxalinediones inhibit α-hemolysin and ameliorate Staphylococcus aureus lung infections.Cardoso Micu Menezes, F.M. ; Slugocka, E. ; Więckowska, A.
Hückel beyond quantum.Zhou, J. ; Ridderbeek, K. ; Zou, P. ; Naden, A.B. ; Gaussmann, S. ; Song, F. ; Falter-Braun, P. ; Kay, E.R. ; Sattler, M. ; Cui, J.
Modular nanoparticle platform for solution-phase optical sensing of protein-protein interactions.Bárbara, M.A. ; Candeias, N.R. ; Veiros, L.F. ; Cardoso Micu Menezes, F.M. ; Gualandi, A. ; Cozzi, P.G. ; Afonso, C.A.M.
Protecting group-free photocatalyzed O-arylation of quinic acid.Oberheide, A. ; van den Oetelaar, M.C.M. ; Scheele, J.J.A. ; Borggräfe, J. ; Engelen, S.F.H. ; Sattler, M. ; Ottmann, C. ; Cossar, P.J. ; Brunsveld, L.
Site-specific molecular glues for the 14-3-3/Tau pS214 protein-protein interaction via reversible covalent imine tethering.Schmidt, T. ; Wiesbeck, M. ; Egert, L. ; Truong, T.-T. ; Danese, A. ; Voshagen, L. ; Imhof, S. ; Iraci Borgia, M. ; Deeksha ; Neuner, A.M. ; Köferle, A. ; Geerlof, A. ; Mourao, A. ; Stricker, S.H.
Efficient DNA- and virus-free engineering of cellular transcriptomic states using dCas9 ribonucleoprotein (dRNP) complexes.Torren Peraire, P. ; Verhoeven, J.E. ; Herman, D.S. ; Ceulemans, H. ; Tetko, I.V. ; Wegner, J.K.
Improving route development using convergent retrosynthesis planning.Zech, M. ; Dzinovic, I. ; Škorvánek, M. ; Harrer, P. ; Necpál, J. ; Kopajtich, R. ; Kittke, V. ; Tilch, E. ; Zhao, C. ; Tsoma, E. ; Sorrentino, U. ; Indelicato, E. ; Stehr, A.M. ; Saparov, A. ; Abela, L. ; Adamovičová, M. ; Afenjar, A. ; Assmann, B. ; Baloghova, J. ; Baumann, M. ; Berutti, R. ; Brezna, Z. ; Brugger, M. ; Brunet, T. ; Cogné, B. ; Colangelo, I. ; Conboy, E. ; Distelmaier, F. ; Eckenweiler, M. ; Garavaglia, B. ; Geerlof, A. ; Graf, E. ; Hackenberg, A. ; Harvanova, D. ; Haslinger, B. ; Havránková, P. ; Hoffmann, G.F. ; Janzarik, W.G. ; Keren, B. ; Kolníková, M. ; Kolokotronis, K. ; Kosutzka, Z. ; Koy, A. ; Krenn, M. ; Krygier, M. ; Kusikova, K. ; Maier, O. ; Meitinger, T. ; Mertes, C. ; Milenkovic, I. ; Monfrini, E. ; Mourao, A. ; Musacchio, T. ; Nizon, M. ; Ostrozovičová, M. ; Pavlov, M. ; Příhodová, I. ; Rektorová, I. ; Romito, L.M. ; Rybanska, B. ; Sadr-Nabavi, A. ; Schwenger, S. ; Shoeibi, A. ; Sitzberger, A. ; Smirnov, D. ; Švantnerová, J. ; Tautanova, R. ; Toelle, S.P. ; Ulmanová, O. ; Vetrini, F. ; Vill, K. ; Wagner, M. ; Weise, D. ; Zorzi, G. ; Di Fonzo, A. ; Oexle, K. ; Berweck, S. ; Mall, V. ; Boesch, S. ; Schormair, B. ; Prokisch, H. ; Jech, R. ; Winkelmann, J.
Combined genomics and proteomics unveils elusive variants and vast aetiologic heterogeneity in dystonia.Lenzen, B. ; Rösch, F. ; Legen, J. ; Ruwe, H. ; Kachariya, N. ; Sattler, M. ; Small, I. ; Schmitz-Linneweber, C.
The chloroplast RNA-binding protein CP29A supports rbcL expression during cold acclimation.Hartog, P. ; Westerlund, A.M. ; Tetko, I.V. ; Genheden, S.
Investigations into the efficiency of computer-aided synthesis planning.Huang, Y. ; Stankevych, M. ; Gujrati, V. ; Klemm, U. ; Mohammed, A. ; Wiesner, D. ; Saccomano, M. ; Tost, M. ; Feuchtinger, A. ; Mishra, K. ; Bruns, O.T. ; Geerlof, A. ; Ntziachristos, V. ; Stiel, A.-C.
Photoswitching protein-XTEN fusions as injectable optoacoustic probes.Van Herck, J. ; Gil, M.V. ; Jablonka, K.M. ; Abrudan, A. ; Anker, A.S. ; Asgari, M. ; Blaiszik, B. ; Buffo, A. ; Choudhury, L. ; Corminboeuf, C. ; Daglar, H. ; Elahi, A.M. ; Foster, I.T. ; García, S.A. ; Garvin, M. ; Godin, G. ; Good, L.L. ; Gu, J. ; Xiao Hu, N. ; Jin, X. ; Junkers, T. ; Keskin, S. ; Knowles, T.P.J. ; Laplaza, R. ; Lessona, M. ; Majumdar, S.K. ; Mashhadimoslem, H. ; McIntosh, R.D. ; Moosavi, S.M. ; Mouriño, B. ; Nerli, F. ; Pevida, C. ; Poudineh, N. ; Rajabi-Kochi, M. ; Saar, K.L. ; Hooriabad Saboor, F. ; Sagharichiha, M. ; Schmidt, K.J. ; Shi, J. ; Simone, E. ; Svatunek, D. ; Taddei, M. ; Tetko, I.V. ; Tolnai, D. ; Vahdatifar, S. ; Whitmer, J. ; Wieland, D.C.F. ; Willumeit-Römer, R. ; Züttel, A. ; Smit, B.
Assessment of fine-tuned large language models for real-world chemistry and material science applications.Torren Peraire, P. ; Verhoeven, J.E. ; Herman, D.S. ; Ceulemans, H. ; Tetko, I.V. ; Wegner, J.K.
Improving route development using convergent retrosynthesis planning.Han, Z. ; Xia, Z. ; Xia, J. ; Tetko, I.V. ; Wu, S.
The state-of-the-art machine learning model for plasma protein binding prediction: Computational modeling with OCHEM and experimental validation.