Epigenetics @HelmholtzMunich

Dozens of researchers @Helmholtz Munich join forces to reveal the myriad of secrets of Epigenetics.

Learn more about us below.

Follow us on LinkedIn

Follow us on BlueSky

Dozens of researchers at Helmholtz Munich joined forces

to reveal the myriad of secrets of Epigenetics.

The Epigenetics@HelmholtzMunich Community Research consists of almost 30 labs from 17 Helmholtz Munich institutes, committed to performing ground-breaking research in the field of epigenetics. These groups are pioneers in their respective disciplines, utilizing cutting edge techniques to answer the complex questions of today.

The topics studied by the community include: stem cells, cellular plasticity, metabolism, diabetes, computational biology, epidemiology, immunology, development, and systems biology. 

Follow us on LinkedIn

Follow us on BlueSky

Epigenetics@HelmholtzMunich Banner

Beads on a string
chromatin visualized using 3D-printed nucleosomes (by Igor Kukhtevich) and crochet yarn

Epigenetics in Numbers

28
Research Groups
16
Institutes
6
Departments

Key Activities

News & Highlights

Alle ansehen
12.07.2023, Neuherberg: Helmholtz Pioneer Campus Opening. Foto: Matthias Balk/Helmholtz Zentrum München

Stem Cells, IES, Computational Health, ICB, Bioengineering, IBMI, Pioneer Campus,

Three Helmholtz Munich Researchers Elected to Bavarian Academy

At its most recent plenary session, the Bavarian Academy of Sciences and Humanities (BAdW) elected 13 distinguished scholars as new members. Among them are three researchers from Helmholtz Munich: Prof. Maria-Elena Torres-Padilla, Prof. Fabian Theis,…

photosynthesis green pattern

Environmental Health, EPI, Molecular Targets and Therapeutics, IFE,

More Than Waste: Photorespiration Shapes the Plant Epigenome

Photorespiration has long been regarded as an energetically costly side reaction of photosynthesis, reducing plants’ net carbon gain. Now, researchers at Helmholtz Munich, in collaboration with Heidelberg University and the Technical University of…

When Metabolism Meets Chromatin: Histone Acylations Tune Gene Expression

IFE,

When Metabolism Meets Chromatin: Histone Acylations Tune Gene Expression

Metabolic dysfunction is a hallmark of numerous diseases, including diabetes and other metabolic disorders. But how do changes in our metabolism affect our cells and the way they function? How do they influence our genes?

The DNA is packaged into chromatin

IES, IFE,

Empowering Young Scientists: Applications Open for 2026 Chromatin Summer School

Talented PhD students are encouraged to apply for the upcoming Chromatin Summer School taking place from 17 - 29 August 2026

Verleihung des Bayerischen Maximiliansordens

Awards & Grants, Stem Cells, IES,

Maria-Elena Torres-Padilla Honored With the Maximiliansorden

Prof. Maria-Elena Torres-Padilla, this year’s Leibniz Prize winner, has received the Bavarian Maximiliansorden for Science and Art. Minister-President Dr. Markus Söder presented the distinguished state honor to her at the State Chancellery,…

Talent Forum Welcome

Events, Stem Cells, IES,

A Platform for Emerging Talent: The Helmholtz Munich Talent Forum 2025

The Helmholtz Munich Talent Forum took place on November 18–19, 2025, at the Helmholtz Munich Conference Center, bringing together eight outstanding early-career scientists from around the world working in the fields of Epigenetics and Nucleic Acids…

Businessmen shaking hands to seal a deal with his partner. Business and entrepreneurship award ceremony theme.

Recent Publications

Nat. Plants 12, 653-664 (2026)

Hankofer, V. ; Ghirardo, A. ; Obermaier, L. ; Poschet, G. ; Kumar, J.S. ; Gross, I. ; Durner, J. ; Rychlik, M. ; Wirtz, M. ; Hell, R. ; Schnitzler, J.-P. ; Groth, M.

Photorespiration is linked to DNA methylation by formate as a one-carbon source.
Nature, DOI: 10.1038/s41586-026-10187-2 (2026)

Mueller, S. ; de Andrade Krätzig, N. ; Tschurtschenthaler, M. ; Silva, M.G. ; Thordsen, C. ; Trozzo, R. ; Simon, P. ; Saab, F. ; Kaltenbacher, T. ; Zukowska, M. ; Lucarelli, D. ; Öllinger, R. ; Griger, J. ; Groß, N. ; Groll, T. ; Löprich, J. ; Zaurito, A.E. ; Schömig, L.R. ; Bugter, J.M. ; Bärthel, S. ; Falcomatà, C. ; Strong, A. ; Brandt, C. ; Najajreh, M. ; Papargyriou, A. ; Maresch, R. ; Collins, K.A.N. ; Sailer, D. ; Schneeweis, C. ; Burger, S. ; Fröhlich, L.M. ; Klement, C. ; Belka, A. ; Montero, J.J. ; Jungwirth, U. ; Reichert, M. ; Moser, M. ; Neumann, J. ; Vassiliou, G. ; Cadiñanos, J. ; Varela, I. ; Marr, C. ; Alonso, D.F. ; Lollini, P.L. ; Zhao, J. ; Chesler, L. ; Isacke, C.M. ; Riedel, A. ; Braun, C.J. ; Sos, M.L. ; Beleggia, F. ; Reinhardt, H.C. ; Musteanu, M. ; Barbacid, M. ; Quante, M. ; Schmidt-Supprian, M. ; Schneider, G. ; Clare, S. ; Lawley, T.D. ; Dougan, G. ; Steiger, K. ; Conte, N. ; Bradley, A. ; Rad, L. ; Saur, D. ; Rad, R.

A disease model resource reveals core principles of tissue-specific cancer evolution.
Cell 189, 2128-2147.e25 (2026)

Bader, J.M. ; Makarov, C. ; Richter, S. ; Strauss, M.T. ; Held, F. ; Wahle, M. ; Lorenz, M.B. ; Pöschl, L. ; Skowronek, P. ; Thielert, M. ; Berthele, A. ; Zeng, W.F. ; Ammar, C. ; Bludau, I. ; Schubert, B. ; Theis, F.J. ; Gasperi, C. ; Hemmer, B. ; Mann, M.

Large-scale proteomics across neurological disorders uncovers biomarker panel and targets in multiple sclerosis.
Comm. Biol. 9:352 (2026)

Richter, T. ; Wang, W. ; Palma, A. ; Theis, F.J.

Generative models of cell dynamics: From Neural ODEs to flow matching.
J. Allergy Clin. Immunol., DOI: 10.1016/j.jaci.2026.02.012 (2026)

Maier, L. ; Sun, Y. ; Kronberg, J. ; Abner, E. ; Coley, K. ; Marenholz, I. ; Weiss, S. ; Foraita, R. ; Karramass, T. ; Mykkänen, J. ; Hernandez-Pacheco, N. ; Wang, C.A. ; Kitaba, N.T. ; Pechlivanis, S. ; Bouzigon, E. ; Tingskov Pedersen, C.E. ; Schoos, A.M. ; Curtin, J. ; Kress, S. ; Hernangomez-Laderas, A. ; Foppiano, F. ; Ashley, S. ; Batini, C. ; Bryant, L. ; Homuth, G. ; Gieger, C. ; Gilles, S. ; Lyytikäinen, L.P. ; Rovio, S. ; Pahkala, K. ; Vernet, R. ; Valenta, R. ; Llop, S. ; Torrent, M. ; Böck, A. ; Tang, M.L.K. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Metspalu, A. ; Esko, T. ; Sprikkelman, A.B. ; John, C. ; Lee, Y.A. ; Beyer, K. ; Völzke, H. ; Pigeot, I. ; Traidl-Hoffmann, C. ; Duijts, L. ; Lu, H. ; Raitakari, O.T. ; Lehtimäki, T. ; Kähönen, M. ; Tio, C.H.L. ; Melén, E. ; Pennell, C.E. ; Holloway, J.W. ; von Mutius, E. ; Siroux, V. ; Bønnelykke, K. ; Custovic, A. ; Simpson, A. ; Schikowski, T. ; Bilbao, J.R. ; Schaub, B. ; Peters, R. ; Kersten, E.T.G. ; Vonk, J.M. ; Thiering, E. ; Peters, A. ; Koppelman, G.H. ; Standl, M.

Meta-analysis of genome-wide association studies of food allergy and IgE-sensitization.
Nat. Genet. 58, 673–674 (2026)

Li, J. ; Wang, J. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Cheng, X. ; Luecken, M. ; Lu, J. ; Monavarfeshani, A. ; Yan, W. ; Zheng, Y. ; Zuo, Z. ; Colborn, S.L.Z. ; Cortez, B.S. ; Owen, L.A. ; Wick, B. ; Bao, X. ; Choi, J. ; Haeussler, M. ; Tran, N.M. ; Shekhar, K. ; Sanes, J.R. ; Stout, J.T. ; Chen, S. ; Li, Y. ; DeAngelis, M.M. ; Theis, F.J. ; Chen, R.

Author Correction: Single-cell atlas of the transcriptome and chromatin accessibility in the human retina.
Cell Syst. 17:101534 (2026)

Bahrami, M. ; Richter, T. ; Schmacke, N.A. ; Egea Lavandera, A. ; Theis, F.J.

From modality-specific to compositional foundation models for cell biology.
Nat. Cell Biol. 28, 323-337 (2026)

Langstein-Skora, I. ; Schmid, A. ; Huth, F. ; Shabani, D. ; Spechtenhauser, L. ; Likhodeeva, M. ; Kunert, F. ; Metzner, F.J. ; Emenecker, R.J. ; Richardson, M.O. ; Aftab, W. ; Götz, M.J. ; Payer, S. ; Pietrantoni, N. ; Valka, V. ; Ravichandran, S.K. ; Bartke, T. ; Karl-Peter, H. ; Gerland, U. ; Korber, P. ; Holehouse, A.S.

Sequence and chemical specificity define the functional landscape of intrinsically disordered regions.
J. Proteome Res. 25, 1515-1530 (2026)

Stephan, N. ; Halama, A. ; Thareja, G. ; Sarwath, H. ; Grallert, H. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Schmidt, F. ; Graumann, J. ; Suhre, K.

Identification of protein signatures reflecting latent variation in aptamer-based affinity proteomics.
Diabetes Metab. Res. Rev. 42:e70157 (2026)

Laurent, K. ; Teperino, R. ; Hrabě de Angelis, M. ; Skerrett-Byrne, D.A. ; Beckers, J.

Epigenetic legacy: The role of sperm miRNAs in the paternal inheritance of diabetes and obesity development.

Casalone, E. ; Rosselli, M. ; Birolo, G. ; Debernardi, C. ; Catalano, C. ; Aneli, S. ; Allione, A. ; Di Primio, C. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Anton, G. ; Vineis, P. ; Sacerdote, C. ; Matullo, G.

Integration of short non coding RNA and genetic factors for coronary artery disease risk prediction in a prospective study.
Nat. Biotechnol., DOI: 10.1038/s41587-026-03004-8 (2026)

Tiesmeyer, S. ; Müller-Bötticher, N. ; Malt, A. ; Ma, L. ; Marco-Salas, S. ; Kiessling, P. ; Horn, P. ; Guillot, A. ; Kuemmerle, L. ; Tacke, F. ; Theis, F.J. ; Kuppe, C. ; Nilsson, M. ; Eils, R. ; Long, B. ; Ishaque, N.

Identifying 3D signal overlaps in spatial transcriptomics data with ovrlpy.
Mol. Cell 86, 640-655.e6 (2026)

Marmolejo, C.O. ; Sanchez, C. ; Helms, E. ; McEvoy, M.J. ; Lee, J. ; Werner, M. ; Roberts, P. ; Hamperl, S. ; Saldivar, J.C.

Precise control of transcription condensates across S phase balances linker histone expression with DNA replication, ensuring genome stability.

Sinke, L. ; van Dongen, J. ; Delerue, T. ; Wilson, R. ; Xia, Y. ; Beekman, M. ; Willemsen, G. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Koenig, W. ; Peters, A. ; de Geus, E.J.C. ; Ordovas, J.M. ; Bell, J.T. ; Waldenberger, M. ; Boomsma, D.I. ; Slagboom, P.E. ; Heijmans, B.T.

Epigenome-wide association study of circulating interleukin-6 connects DNA methylation to immunometabolic and inflammatory health.
Blood, DOI: 10.1182/blood.2025031266 (2026)

Ranasinghe, D. ; Lin, W.Y. ; Fordham, S.E. ; Alharbi, A.A. ; Sunter, N.J. ; Elstob, C. ; Nahari, M.H. ; Xu, Y. ; Park, C. ; Hungate, E. ; Quante, A. ; Strauch, K. ; Gieger, C. ; Skol, A.D. ; Rahman, T. ; Sucheston-Campbell, L. ; Hahn, T. ; Clay-Gilmour, A.I. ; Jones, G.L. ; Marr, H.J. ; Jackson, G.H. ; Menne, T. ; Collin, M. ; Ivey, A. ; Hills, R.K. ; Burnett, A.K. ; Russell, N.H. ; Fitzgibbon, J. ; Larson, R.A. ; Le Beau, M.M. ; Stock, W. ; Heidenreich, O. ; Enshaei, A. ; Gunasinghe, D. ; Hawking, Z.L. ; Heslop, H.S. ; Nandana, D. ; Di, B. ; Plokhuta, A. ; Brown, I.T. ; Allsup, D.J. ; Houlston, R.S. ; Collins, A. ; Milne, P. ; Norden, J. ; Dickinson, A.M. ; Lendrem, B.C. ; Daly, A.K. ; Palm, L. ; Piechocki, K. ; Jeffries, S. ; Bornhäuser, M. ; Röllig, C. ; Altmann, H. ; Ruhnke, L. ; Kunadt, D. ; Wagenführ, L. ; Cordell, H.J. ; Darlay, R. ; Andersen, M.K. ; Fontana, M.C. ; Martinelli, G. ; Marconi, G. ; Sanz, M. ; Cervera, J. ; Gomez-Segui, I. ; Cluzeau, T. ; Moreilhon, C. ; Raynaud, S. ; Sill, H. ; Voso, M.T. ; Dombret, H. ; Cheok, M.H. ; Preudhomme, C. ; Gale, R.E. ; Linch, D.C. ; Weisinger, J. ; Masszi, A. ; Nowak, D. ; Hofmann, W.K. ; Gilkes, A.F. ; Porkka, K. ; Milosevic Feenstra, J.D. ; Kralovics, R. ; Wang, J. ; Meggendorfer, M. ; Haferlach, T. ; Krizsán, S. ; Bödör, C. ; Parkin, B.L. ; Malek, S.N. ; Stölzel, F. ; Onel, K. ; Allan, J.M.

Common variation at 1q23.3, 2p23.3, 2q33.3, and 2p21 influences risk of acute myeloid leukemia.
Nat. Protoc., DOI: 10.1038/s41596-025-01314-w (2026)

Weiler, P. ; Theis, F.J.

CellRank: Consistent and data view agnostic fate mapping for single-cell genomics.

Contact Office

Epigenetics at Helmholtz Munich logo
Epigenetics Coordination Office
Panorama München

EpiCrossBorders

International Helmholtz-Edinburgh Research School for Epigenetics

Explore our exciting PhD program